Team:KIT-Kyoto/GFP-MLF実験かんたん

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(Difference between revisions)

Revision as of 05:14, 3 October 2011

8/22(月)
吉村、中川、松浪

・BBa_E0240のトランスフォーメーション
【結果】
コロニーの生育がみられた。

8/23(火)
吉村、中川

・BBa_E0240のプレカルチャー

【結果】
全てのサンプルに大腸菌の増殖がみられた。

・BBa_E0240からno ATG GFPを作るため以下のようにプライマー設計をした。

F: 3' TTGAATTCTTTCTAGATTCGTAAAGGAGAAGAA
　　　　　EcoRⅠ　　　　XbaⅠ
Tm値:67.75゜C　　33塩基

R: 5' AAACTGCAGAAAACTAGTTTTTTATTATTTGTATAG
　　　　　 PstⅠ　　　　　SpeⅠ
Tm値:67.66゜C　　36塩基

8/24(水)　11:00～
吉村、中川

BBa_E0240のアルカリミニプレップをした後、下表に従って、30分37℃で制限酵素処理を行った。

ddH₂O	2 µl
BBa_E0240	50 µl
EcoRⅠ	1 µl
PstⅠ	1 µl
10 x H Buffer	6 µl
	total 60 µl

制限酵素処理後、100 V 30minで電気泳動した。
【結果】
泳動後の写真

800bpあたりにバンドが出ていた。

8/25(木)　11:00～
吉村、中川

PCR

以下の条件でPCRを行った。

PCR条件

10 µM GFP Primer F	1.5 µl
10 µM GFP Primer R	1.5 µl
鋳型 DNA	1 µl
10 x PCR Buffer for KOD Plus	5 µl
dNTPs	4 µl
MgSO₄	4 µl
ddH₂O	32 µl
KOD Plus	1 µl
	total 50 µl

Cycle条件

Start	95°C、30秒
Cycle x 30	95°C、30秒(熱変性)
	50°C、1分(アニーリング)
	68°C、1kb/分(伸長)
End	4°Cで保持

PCR産物が増幅していることを確認するため、アガロース電気泳動を行った。

泳動後の写真

800bpあたりにバンドが見られ、PCR産物の増幅が確認できた。

PCR産物の増幅を確認した後、下表に従ってPCR産物の制限酵素処理を行った。

ddH₂O	2 µl
BBa_E0240	50 µl
EcoRⅠ	1 µl
PstⅠ	1 µl
10 x H Buffer	6 µl
	total 60 µl

37゜Cでインキュベートした(overnight)。

8/26(金)
中川　17:00～

・ゲルからのDNA抽出

ゲル切り出し後の写真

濃度は510 ng/µlだった。

・pSB1C3のトランスフォーメーション

【結果】
小さいが、コロニーが生えていた。
念のために、翌日再度トランスフォーメーションをする。

8/27(土)
吉村

pSB1C3のトランスフォーメーション

【結果】
小さいコロニーの生育がみられた。

8/29(月)
中川
・pSB1C3のプレカルチャーを6サンプル行った。

【結果】
6サンプルのうち3サンプルは培養に成功したが、3サンプルはコンタミの可能性があるため、念を入れて翌日もプレカルチャーを行うことにした。

8/30(火)
中川
大会提出用ベクターpSB1C3のプレカルチャーを6サンプル行った。

【結果】
コンタミすることなく培養に成功した。

・8/23に設計したプライマーだと、フレームシフトをおこしている可能性があったため、プライマーの再設計を行った。
F: 3' TTGAATTCTTTTCTAGATTTCGTAAAGGAGAAGAA
　　　　　EcoRⅠ　　　　XbaⅠ
Tm値:68.8゜C　　35塩基

8/31(水)
中川

pSB1C3のアルカリミニプレップ、フェノールクロロホルム処理をした後、下表に従って、30分37℃で制限酵素処理を行った。

ddH₂O	2 µl
BBa_E0240	50 µl
EcoRⅠ	1 µl
PstⅠ	1 µl
10 x H Buffer	6 µl
	total 60 µl

制限酵素処理後、100 V 30minで電気泳動した。
【結果】
泳動後の写真

@@ Line 94: / Line 94: @@
 <tr><td align=center>ddH<sub>2</sub>O</td><td align=right>32 µl</td></tr>
 <tr><td align=center>KOD Plus</td><td align=right>1 µl</td></tr>
-<tr><td>&nbsp;</td><td align=right>全量 50 µl</td></tr>
+<tr><td>&nbsp;</td><td align=right>total 50 µl</td></tr>
 </table>
 </td><TD></TD><TD></TD><td>
@@ Line 103: / Line 103: @@
 <tr><td width="100px" align=center>Start</td><td width="200px"  align=right>95°C、30秒</td></tr>
 <tr><td align=center rowspan=3>Cycle x 30</td><td align=right>95°C、30秒(熱変性)</td></tr>
-<tr><td align=right>(Tm-5)°C、1分(アニーリング)</td></tr>
+<tr><td align=right>50°C、1分(アニーリング)</td></tr>
 <tr><td align=right>68°C、1kb/分(伸長)</td></tr>
 <tr><td align=center>End</td><td align=right>4°Cで保持</td></tr>