Summer events/2011 JAPAN Meetup

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==iGEM Japan Summer Meeting==
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第三回iGEM学生懇親会＠理学部2号館　第一講義室
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This year, iGEM Japan teams hold iGEM Japan second Meeting at Tokyo Metropolitan University and third meeting at Kyoto University to help iGEM Japan teams and to announce team projects to each other. This event begins from iGEM 2010.<br>
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時間　14:30～18:00
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===What is iGEM Japan?===
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iGEM Japan aims at helping iGEM team in Japan and exchanging opinions, and comprises eight universities in Japan.<br>
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This organization is organized by iGEM Kyoto in iGEM 2010.<br>
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We have held 2010 Summer Meeting at Kyoto University  and 2011 Spring Meeting at University of Tokyo.<br>
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More information is described in [http://igemjapan.net/wiki/ iGEM Japan].<br>
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参加人数　約35人　
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==2011 Summer Meeting(June 26)==
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===Date===
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June 26 2011
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内容　
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===Place===
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Tokyo Metropolitan University<br>[[File:TMU2.jpg|200px]]
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・各大学によるプロジェクトの発表と質疑応答
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===Participant===
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KAIT_Japan<br>
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Kyoto<br>
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Tokyo_Metropolitan<br>
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Tokyo_NoKoGen<br>
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Tokyo_Tech<br>
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UT-Tokyo<br>
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Waseda-Japan<br>
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Scigem(team for iGEM2012)<br>
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・歓談（３グループに分かれ自由に意見交換や話をした）
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===Schedule===
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[[File:Program3.jpg]]
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===Report===
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2nd Japan meet up was taken place on June 26th in Tokyo_Metropolitan University. 8 teams, 50 persons attended the meeting.<br>
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*************************************************************
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At first, we introduced ourselves and talked “What to do during this hot summer”. Each self-introduction was unique. <br>
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Next, we talk freely through playing game. This ice break time lead us to worthwhile project session.<br>
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[[File:Ice_break.jpg|300px]]<br>
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内容
 
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○各大学によるプロジェクトの発表と質疑応答
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In project session, 6 universities (Waseda-Japan, Tokyo_Tech, UT-Tokyo, Tokyo_Metropolitan, KAIT_Japan, Kyoto) presented our team project. <br>
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[[File:Waseda.jpg|300px|Waseda-Japan]]
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[[File:Tokyo_Tech.jpg|300px|Tokyo_Tech]]<br>
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[[File:Tokyo.jpg|300px|UT-Tokyo]]
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[[File:Kyoto.jpg|300px|Kyoto]]<br>
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＜大阪大学＞
 
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発表時間７分５０秒
 
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質疑応答１１分
 
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テーマ「生体線量計」
 
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目標
 
-
①UV刺激に応答する色素生産回路の作成
 
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②放射線に対する耐性強化
 
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In Discussion, each team shared information about how to deal team management, procedures of experiments. All　of team have some worry and idea to accomplish team project. <br>
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At last, we enjoyed dinner time. Thanks to this time, we got more deeply involved.<br> [[File:Dinner.jpg|300px]]
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[[File:DinnerB.jpg|300px]]
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[[File:Way to home.jpg|300px]]<br>
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[[File:Gather.jpg|center]]
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手段
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==2011 Summer Meeting(August 29)==
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①→カルテノイド系色素を用いる
+
===Date===
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②→放射線耐性菌のタンパク（RecA,PprA,PprI,PprM)を用い、Biobrick化する
+
August 29 2011
-
　評価：放射線照射時間や強度に応じた生存率を調べる
+
-
+
===Place===
 +
Kyoto University<br>[[File:Kyoyo-univesity.jpg|200px]]
-
質疑応答
+
===Participant===
-
・DNAを損傷させるものは何か
+
Kyoto<br>
-
→UVと薬品によってDNAを損傷させる
+
Tokyo_Metropolitan<br>
-
・カルテノイド系色素でのレスポンスはどの程度なのか
+
Tokyo_Tech<br>
-
→応答に時間がかかってしまうので、リアルタイムでの計測が難しい。今後の課題に
+
KIT-Kyoto<br>
-
・大腸菌で敢えて行うメリットは
+
-
→既製のものを使うより学生が容易に扱えて実験できる大腸菌を使った方が楽しい
+
-
・どの程度RecAプロモーターはDNA損傷度を分かるのか、またどの程度UVを照射したらどれくらい損傷するのか
+
-
→未だ不明
+
-
・もともと大腸菌内にRecAが存在するというのになぜ耐性をつけて強化するのか
+
-
→確かに耐性を付加させるとあまり損傷されなくなりRecAが正常に働かなくなる可能性もあるが未だ調査中
+
-
 
-
***************************************************************
 
-
+
{|The number of participants
 +
|35
 +
|}
-
＜首都大学東京＞
+
Unfortunately, participating teams were four teams because of Japan touhoku earthquake.<br>
-
発表時間１５分１０秒
+
However, we could exchange profitable opinions.<br>
-
質疑応答９分
+
[[File:iGEMJapan-Summermeeting.jpg]]<br/>
-
テーマ「BeE.coli」
+
-
目標
+
-
①Speedを上げる
+
-
②Targetを追うようにする
+
-
③刺す
+
 +
===Schedule===
 +
{| border="1"
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!|Time
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|Team
 +
|Title
 +
|-
 +
|14:30~15:00
 +
|Osaka
 +
|<html><a href="https://2011.igem.org/Team:Osaka">Bio-dosimeter</a></html>
 +
|-
 +
|15:00~15:30
 +
|Tokyo Metropolitan
 +
|<html><a href="https://2011.igem.org/Team:Tokyo_Metropolitan">BeE.coli</a></html>
 +
|-
 +
|15:30~16:00
 +
|colspan="2"|break time
 +
|-
 +
|16:00~16:30
 +
|UT-Tokyo
 +
|<html><a href="https://2011.igem.org/Team:UT-Tokyo">SMART E.coli</a></html>
 +
|-
 +
|16:30~17:00
 +
|Kyoto
 +
|<html><a href="https://2011.igem.org/Team:Kyoto">Carnivorous E.coli</a></html>
 +
|-
 +
|17:00~18:00
 +
|colspan="2"|pleasant talk time
 +
|}
-
手段
+
In pleasant talk time,
-
①→H-NS108Iタンパクを発現させることで、鞭毛を制御し移動速度を増加させる
+
*we listened to encouragement of iGEM OB, OG and advisers
-
検証実験
+
*we was divided to three groups and freely talked with each other in these groups.
-
円筒状の容器の底部（酸素濃度小）に作成した大腸菌と標準大腸菌を入れ、上部（酸素濃度大）に向かって一定時間移動させ、その距離で評価する
+
-
②菌の分泌するAHL濃度が高いところを感知する→CheZを発現させて大腸菌を直進させる
+
After summer meeting program, we went to dinner and
-
検証実験
+
-
作成した大腸菌が濾紙かプレート上でAHLとControlのどちらに向かって進むかで検証
+
-
③大腸菌の接合と利用し、致死遺伝子を対象に送り込む
+
==='''Photographs'''===
-
検証実験
+
<html><style type="text/css">
-
接合だけしたらRFPにより赤色、接合と送り込みに成功したらGFPとRFPの両方が蛍光するようにし、三種類の試験管を用意（BeE.coliのみ、BeE.coliとTarget、Targetのみ）し、両方入れたものだけがGFPのみ光れば成功
+
.photo {
 +
    width: 50%;
 +
    float: left;
 +
}
 +
</style></html>
 +
<div class="photo">
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[[File:iGEMJapan-Summermeeting1.jpg]]<br/>
 +
The presentation of team iGEM Osaka
 +
</div>
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<div class="photo">
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[[File:iGEMJapan-Summermeeting2.jpg]]<br/>
 +
The presentation of team Metropolitan Tokyo
 +
</div>
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<div class="photo">
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[[File:iGEMJapan-Summermeeting3.jpg]]<br/>
 +
The presentation of team UT-Tokyo
 +
</div>
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<div class="photo">
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[[File:iGEMJapan-Summermeeting4.jpg]]<br/>
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The presentation of team Kyoto
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</div>
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<div class="photo" style="width:33%;">
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[[File:igemjapan1.jpg|275px]]<br/>
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</div>
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<div class="photo" style="width:33%;">
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[[File:igemjapan9.jpg|275px]]<br/>
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</div>
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<div class="photo" style="width:33%;">
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[[File:igemjapan8.jpg|275px]]<br/>
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</div>
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<div class="photo" style="width:33%;">
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[[File:igemjapan10.jpg|275px]]<br/>
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<div class="photo" style="width:33%;">
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[[File:igemjapan3.jpg|275px]]<br/>
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</div>
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<div class="photo" style="width:33%;">
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[[File:igemjapan5.jpg|275px]]<br/>
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</div>
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<div class="photo" style="width:33%;">
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[[File:igemjapan7.jpg|275px]]<br/>
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</div>
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<div class="photo" style="width:33%;">
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[[File:igemjapan6.jpg|275px]]<br/>
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</div>
-
課題
 
-
・方向制御
 
-
・preventing from getting tolerance
 
-
・in the intestines
 
-
・specification of the target
 
-
Future
 
-
・Application for medical field
 
-
 
-
質疑応答
 
-
・①の検証実験で酸素濃度が低いと大腸菌が弱まるのでは
 
-
→比較実験なので大丈夫
 
-
・①で酸素濃度はどうするのか
 
-
→定量的には酸素濃度は計測しない
 
-
・②で濾紙などの培地を使用すると、AHLが時間によって拡散しプレート上に広がるので実験の検証は難しいのでは
 
-
→検討してみる
 
-
・H-NS108Iで速度が50％上がるのは直進には直接関係しないのか
 
-
→ちゃんと文献によればうまくいくはず
 
-
・③で送り込むのは全てのプラスミドか、ならば自身が死なないようするための致死遺伝子抑制因子はおくられないのか
 
-
→抑制するものは別のプラスミドにコードされているので大丈夫だろう
 
-
・速度的なことはコロニーが移動するのか
 
-
→コロニーの広がりを移動とみなす
 
-
・AHLは大腸菌自身も出しているが
 
-
→大腸菌のAHLとは異なるAHLを使用する予定
 
-
 
-
**********************************************************
+
Whoever want to see more photographs, please click [[media:photographs.zip| here]].
 +
<div style="float: left; width:100%">
 +
==Reference==
 +
[1]https://2010.igem.org/Japan_Meetup_2010<br>
 +
[2]http://igemjapan.net/wiki/<br>
-
＜東大＞
+
</div>
-
発表時間１０分４０秒
+
-
質疑応答１３分１０秒
+
-
概要
+
-
環境分野において特定物質を探知する過程で多数の大腸菌を用いて行う
+
-
 
+
-
 
+
-
目標
+
-
①AspでE.coliを引き寄せる
+
-
②２種類の大腸菌を作る
+
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　a信号を受けるとAspを放出する
+
-
　b鞭毛を動かして運動させる
+
-
 
+
-
 
+
-
手段
+
-
a→アスパラギン酸濃度勾配を形成させる（信号＜UV＞→破裂→アスパラギン酸放出→濃度勾配発生）
+
-
b→CheZを用いて運動を制御（Asp→UV領域への移動→CheZの消失→停滞）
+
-
 
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+
-
 
+
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質疑応答
+
-
・Aspは十分量放出されるのか
+
-
→文献では大腸菌が認識するレベルまでは放出される
+
-
・UVで大腸菌は死なないのか
+
-
→a:アスパラギン酸を放出し破裂するのでそもそも死ぬ
+
-
　b:即死しない程度のUVで行うため、支障はないのではないか
+
-
・Aspによって大腸菌が密集するが、大腸菌自体の行動に影響が出ないか
+
-
→Aspの濃度などは基本影響しないと思われるが、大腸菌自体の密度による影響は確かに考えられる
+
-
・UVを使うのは扱いやすいためか、UV探知を目的としたためか
+
-
→DNA損傷物質である放射線の代用としてUVを選んだが、入力信号の一つとしてそして損傷物質としてUVを用いているが、他の入力信号でも応用可能が期待されるから
+
-
・セルライシスが足りないのではないか
+
-
→SOSインデュースは40種類以上あり、応答時間や強度が変動するので組み合わせを考えることでうまく機能するものを見つける。UV以外の入力の時は、別のプロモーターを選択する必要がある
+
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・Asp合成酵素はうまく機能するのか
+
-
→時間差のある特異的な系であるので、うまくいくと思う
+
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・Aspを外部に放出させる際に、トランスポーターを用いないのか
+
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→調整が難しく面倒なので、破裂させるようにした
+
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-
 
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***********************************************************
+
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+
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+
-
 
+
-
＜京大＞
+
-
発表時間１９分３０秒
+
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質疑応答１１分４０秒
+
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テーマ「食虫大腸菌」
+
-
目標
+
-
①飢餓遺伝子を発現させる
+
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②発光する
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③捕虫
+
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④消化
+
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手段
+
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①飢餓：グルタミン濃度の減少を飢餓状態とする
+
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②発光：発光大腸菌を利用する（BioBrick)
+
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③捕虫：N－アセチルグルコサミンを用いる
+
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④消化：放線菌由来のキチナーゼとプロテアーゼを用いる
+
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-
 
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質疑応答
+
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・④のプロテアーゼは周辺環境（実験環境）によって活性が変化するが、その実験方法は考慮しているのか
+
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→最適pHでなくても、プロテアーゼは働きをする程度で良いと思っている
+
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・（↑に続き）膜などに対してどういう環境がベストなのか
+
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→不明
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-
・どれくらいプロテアーゼがでたら溶かせるのか
+
-
→不明
+
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・ハエ以外でもやってみたらよかったのでは
+
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→了解
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・捕虫したあとも発光したままなのか
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→文献では周りにアミノ酸があれば発光は止んでいくらしい
+
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→→そこまで踏み込んだ方がストーリー性があってよい
+
-
・②の発光でコロニーによる光量は大丈夫か
+
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→未だ不明だが、だめなら液体培地を利用するなどの手段をとりたい
+
-
・発現量のチェックはどうするか
+
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→（ハエの捕虫に関して）実際にくっつくかを実験する程度
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以上です。
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お忙しいなか、参加してくださいましたＯＢ・ＯＧの方、ならびにiGEM関係者
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の方々、本当にありがとうございました。貴重なご助言を活かし、これからも
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いっそう尽力していきますので、今後とも応援よろしくお願いいたします。
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Latest revision as of 19:28, 5 October 2011

Contents

iGEM Japan Summer Meeting

This year, iGEM Japan teams hold iGEM Japan second Meeting at Tokyo Metropolitan University and third meeting at Kyoto University to help iGEM Japan teams and to announce team projects to each other. This event begins from iGEM 2010.

What is iGEM Japan?

iGEM Japan aims at helping iGEM team in Japan and exchanging opinions, and comprises eight universities in Japan.
This organization is organized by iGEM Kyoto in iGEM 2010.
We have held 2010 Summer Meeting at Kyoto University and 2011 Spring Meeting at University of Tokyo.
More information is described in [http://igemjapan.net/wiki/ iGEM Japan].

2011 Summer Meeting(June 26)

Date

June 26 2011

Place

Tokyo Metropolitan University
TMU2.jpg

Participant

KAIT_Japan
Kyoto
Tokyo_Metropolitan
Tokyo_NoKoGen
Tokyo_Tech
UT-Tokyo
Waseda-Japan
Scigem(team for iGEM2012)

Schedule

Program3.jpg

Report

2nd Japan meet up was taken place on June 26th in Tokyo_Metropolitan University. 8 teams, 50 persons attended the meeting.

At first, we introduced ourselves and talked “What to do during this hot summer”. Each self-introduction was unique.
Next, we talk freely through playing game. This ice break time lead us to worthwhile project session.
Ice break.jpg


In project session, 6 universities (Waseda-Japan, Tokyo_Tech, UT-Tokyo, Tokyo_Metropolitan, KAIT_Japan, Kyoto) presented our team project.
Waseda-Japan Tokyo_Tech
UT-Tokyo Kyoto


In Discussion, each team shared information about how to deal team management, procedures of experiments. All　of team have some worry and idea to accomplish team project.
At last, we enjoyed dinner time. Thanks to this time, we got more deeply involved.
Dinner.jpg DinnerB.jpg Way to home.jpg

Gather.jpg

2011 Summer Meeting(August 29)

Date

August 29 2011

Place

Kyoto University
Kyoyo-univesity.jpg

Participant

Kyoto
Tokyo_Metropolitan
Tokyo_Tech
KIT-Kyoto


35

Unfortunately, participating teams were four teams because of Japan touhoku earthquake.
However, we could exchange profitable opinions.
IGEMJapan-Summermeeting.jpg

Schedule

Time Team Title
14:30~15:00 Osaka Bio-dosimeter
15:00~15:30 Tokyo Metropolitan BeE.coli
15:30~16:00 break time
16:00~16:30 UT-Tokyo SMART E.coli
16:30~17:00 Kyoto Carnivorous E.coli
17:00~18:00 pleasant talk time

In pleasant talk time,

  • we listened to encouragement of iGEM OB, OG and advisers
  • we was divided to three groups and freely talked with each other in these groups.

After summer meeting program, we went to dinner and

Photographs

IGEMJapan-Summermeeting1.jpg
The presentation of team iGEM Osaka

IGEMJapan-Summermeeting2.jpg
The presentation of team Metropolitan Tokyo

IGEMJapan-Summermeeting3.jpg
The presentation of team UT-Tokyo

IGEMJapan-Summermeeting4.jpg
The presentation of team Kyoto

Igemjapan1.jpg

Igemjapan9.jpg

Igemjapan8.jpg

Igemjapan10.jpg

Igemjapan3.jpg

Igemjapan5.jpg

Igemjapan7.jpg

Igemjapan6.jpg



Whoever want to see more photographs, please click here.

Reference

[1]https://2010.igem.org/Japan_Meetup_2010
[2]http://igemjapan.net/wiki/

Retrieved from "http://2011.igem.org/Summer_events/2011_JAPAN_Meetup"