De Lundi 1 Août à Vendredi 5 Août

Lundi

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Plaques 24 puits en milieu LB/2 et en milieu M63 pour tester l'adhérence des bactéries au Cobalt.
On a mis des souches adhérentes (PHL818), des souches non adhérentes (NM522), et notre part de synthèse Amp résistant avec des concentrations croissantes de Cobalt.

Test de floculation des mêmes souches dans des tubes en milieux LB/2 et M63.

Miniprep de colonies transformées avec les plasmides contenants Prcn / Pcurli-GFP / Pcurli - Operon curli.
-> aucun des clones isolés n'avaient le plasmide pour Prcn et Pcurli, -> culture liquide de nouveaux clones
-> deux clones avec la part Pcurli-opéron curli -> mise en collection

Mardi

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Les tests de floculations de lundi montrent qu'il y a bien, pour les milieux poussant en LB/2, floculation pour la souche adhérente (PHL818) et aucune pour la souche non adhérente. Nous avons des débuts de floculations pour la souche contenant du Cobalt.
Pas de mise en evidence de floculation pour la souche contenant du Cobalt en M63. On utilisera donc de préférence le LB/2 au M63.

De nouveaux tests de floculation sont faits, en milieux LB et LB/2, avec une plus grande gamme de concentration et la part de synthèse Cm résistant.

Révélation de la plaque 24 puits de lundi poussant en LB/2. La moitié des puits seront révélés au Cristal Violet, qui permet de visualiser la formation de biofilm à la surface du puit.
Pour les autres puits, on a gardé le surnageant et le biofilm dans des tubes afin de faire la DO600.

Miniprep sur les clones refait la veille.
-> deux clones ont la part pour Prcn et un pour Pcurli-GFP.

Mercredi

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Mesure de la DO600 des puits de la plaque poussant en LB/2, qui permet de calculer le pourcentage d'adhérence de chacune des souches.

Révélation de la plaque 24 puits en milieu M63. 1/4 des puits sont traités au Cristal Violet, et on prend la DO600 des autres.

Observation des tests de floculations lancés mardi. On observe de meilleurs résultats en milieu LB/2 par rapport au LB , bien qu'ils ne soient pas significatifs. On va donc garder le milieu LB/2 pour nos plaques 24 puits.

Mesure au nona drop des plasmides mis en collection.

Jeudi

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On refait des plaques 24 puits, qui permettent de mettre en évidence :

• l'effet du Cobalt (en concentration constante),
• la différence entre la souche Amp résistant et Cm résistant,
• l'effet de l'antibiotique,
• l'effet du traitement de la plaque à l'EDTA,
• l'effet de l'EDTA (en concentration croissante) sur la souche.

Caractérisation de OmpR234, avec une plaque 24 puits et un test de floculation

Test en milieu CFA qui permet de mettre en évidence la formation de Biofilm en le colorant en rouge.
On met sur boîte 10 microL de PHL818 (témoin positif, souche adhérente), de NM522 (témoin négatif), de notre promoteur fort avec et sans la part OmpR234, de notre part de synthèse Amp résistant et celle Cm résistant.

Construction de la part Prcn-GFP(LVA).
digestion du plasmide Prcn avec S et P = linéarisation du plasmide -> erreur : la part sort du plasmide
-> utilisation d'autres tubes d'enzymes, mais mêmes résultats, idem pour la simple digestion -> nos tubes d'enzymes sont contaminés
digestion plasmide RBS fort - GFP avec X et P -> OK

Vendredi

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Répétition du test de floculation pour la caractérisation de OmpR234.

Répétition du test en milieu CFA.