Team:KIT-Kyoto/Notebook/LabNote/DIAP2-MALT9

From 2011.igem.org

(Difference between revisions)
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<div id=NAKAMI>
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==''9月1日''==
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<b>Member</b>
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<br>
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:武田
 +
<br>
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:DIAP2について、以下の条件でPCRを行った。
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:<table border="0"><tr><td>
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:<table border="0" width="150">
 +
:<tr><td align="center">PCR条件</td></tr>
 +
:</table>
 +
:<table border="1" width="250">
 +
:<tr><td width="150" align="center">10 µM Primer F</td><td width="100"  align="right">1.5 µl</td></tr>
 +
:<tr><td align="center">10 µM Primer R</td><td align="right">1.5 µl</td></tr>
 +
:<tr><td align="center">Template DNA</td><td align="right">1 µl</td></tr>
 +
:<tr><td align="center">10 x PCR Buffer</td><td align="right">5 µl</td></tr>
 +
:<tr><td align="center">dNTPs</td><td align="right">5 µl</td></tr>
 +
:<tr><td align="center">MgSO<sub>4</sub></td><td align="right">2 µl or 4 µl</td></tr>
 +
:<tr><td align="center">ddH<sub>2</sub>O</td><td align="right">33 µl or 31 µl</td></tr>
 +
:<tr><td align="center">KOD<sup>+</sup> polymelase</td><td align="right">1 µl</td></tr>
 +
:<tr><td>&nbsp;</td><td align="right">total 50 µl</td></tr>
 +
:</table>
 +
:</td><td></td><td></td><td>
 +
:<table border="0" width="100">
 +
:<tr><td align="center">Cycle条件</td></tr>
 +
:</table>
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:<table border="1" width="400">
 +
:<tr><td width="100" align="center">Pre-Denature</td><td width="100"  align="center">94°C</td><td width="100"  align="center">2min</td><td width="100">&nbsp;</td></tr>
 +
:<tr><td align="center">Denature</td><td align="center">94°C</td><td align="center">15sec</td><td align="center" rowspan="3">35 Cyle</td></tr>
 +
:<tr><td align="center">Anneling</td><td align="center">50.5°C</td><td align="center">30sec</td></tr>
 +
:<tr><td align="center">Extension</td><td align="center">68°C</td><td align="center">100sec</td></tr>
 +
:<tr><td align="center">End</td><td align="center">4°C</td><td align="center">keep</td><td width="100">&nbsp;</td></tr>
 +
:</table></td></tr></table>
 +
:PCR産物が増幅していることを確認するため、電気泳動を行った。
 +
<br>
 +
<b>Results</b>
 +
:泳動後の写真<BR>
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:<html><body>
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<IMG src="https://static.igem.org/mediawiki/2011/d/dd/2011.09.01_%E6%A8%AA%E4%BA%95%E5%B7%9DPCR%E5%BE%8CDIAP2.JPG" width="240px" height="280px" border="0">
 +
</body></html>
 +
<br>
 +
:正しい位置にバンドが見られた。
 +
<br>
 +
==''9月5日''==
 +
<b>Member</b>
 +
<br>
 +
:横井川
 +
<br>
 +
:1日に確認したDIAP2をフェノールクロロホルム処理し、下表に従って制限酵素処理を行った。(37°C、overnight)
 +
:<table border="0">
 +
:<tr><td>DIAP2</td></tr>
 +
:</table>
 +
:<table border="1" width="250">
 +
:<tr><td width="150px" align="center">PCR産物 in ddH<sub>2</sub>O</td><td width="100px" align="right">44 μl</td></tr>
 +
:<tr><td align="center">10 x H Buffer</td><td align="right">5 μl</td></tr>
 +
:<tr><td align="center"><i>Xho</i>Ⅰ</td><td align="right">1 μl</td></tr>
 +
:<tr><td>&nbsp;</td><td align="right">total 50 μl</td></tr>
 +
:</table>
 +
:37°Cで20時間静置した
 +
<br>
 +
==''9月6日''==
 +
<b>Member</b>
 +
<br>
 +
:横井川
 +
<br>
 +
:1日に確認したDIAP2をフェノールクロロホルム処理し、下表に従って制限酵素処理を行った。(37°C、overnight)
 +
 +
:<table border="0">
 +
:<tr><td>DIAP2</td></tr>
 +
:</table>
 +
:<table border="1" width="250">
 +
:<tr><td width="150px" align="center">PCR産物 in ddH<sub>2</sub>O</td><td width="100px" align="right">44 μl</td></tr>
 +
:<tr><td align="center">10 x M Buffer</td><td align="right">5 μl</td></tr>
 +
:<tr><td align="center"><i>Xba</i>Ⅰ</td><td align="right">1 μl</td></tr>
 +
:<tr><td>&nbsp;</td><td align="right">total 50 μl</td></tr>
 +
:</table>
 +
 +
:37°Cで20時間静置した。
 +
<br>
 +
 +
==''9月7日''==
 +
<b>Member</b>
 +
<br>
 +
:横井川
 +
<br>
 +
:[http://www.qiagen.com/products/dnacleanup/gelpcrsicleanupsystems/qiaquickgelextractionkit.aspx QIAquick Gel Extraction Kit]を使用してゲルからDIAP2のDNAを抽出した。
 +
<br>
 +
<b>Results</b>
 +
:バンドが確認できなかったためゲル抽出を行う事が出来なかった。
 +
<br>
 +
 +
==''9月12日''==
 +
<b>Member</b>
 +
<br>
 +
:松浪、横井川
 +
<br>
 +
:DIAP2について以下のプライマーを用いて、以下の条件でPCRを行った。
 +
 +
:F primer GCTTCTCGATTGACGGAGCTGGGCATGGAGCT<br> 
 +
:Tm値    62 °C<br>
 +
:R primer GCCGTCTAGATCACGAAAGGAACGTGCGCA<br>
 +
:Tm値    66.4°C<br>
 +
:増幅サイズ  約1514 bp<br>
 +
<br>
 +
:<table border="0"><tr><td>
 +
:<table border="0" width="150px">
 +
:<tr><td align=center>PCR条件</td></tr>
 +
:</table>
 +
:<table border=1 width="250px">
 +
:<tr><td width="150px" align=center>10 µM Primer F</td><td width="100px"  align=right>1.5 µl</td></tr>
 +
:<tr><td align=center>10 µM Primer R</td><td align=right>1.5 µl</td></tr>
 +
:<tr><td align=center>Template DNA</td><td align=right>1 µl</td></tr>
 +
:<tr><td align=center>10 x PCR Buffer</td><td align=right>5 µl</td></tr>
 +
:<tr><td align=center>dNTPs</td><td align=right>5 µl</td></tr>
 +
:<tr><td align=center>MgSO<sub>4</sub></td><td align=right>2 µl</td></tr>
 +
:<tr><td align=center>ddH<sub>2</sub>O</td><td align=right>33 µl</td></tr>
 +
:<tr><td align=center>KOD<sup>+</sup> polymelase</td><td align=right>1 µl</td></tr>
 +
:<tr><td>&nbsp;</td><td align=right>total 50 µl</td></tr>
 +
:</table>
 +
:</td><TD></TD><TD></TD><td>
 +
:<table border="0" width="100px">
 +
:<tr><td align=center>Cycle条件</td></tr>
 +
:</table>
 +
:<table border=1 width="400px">
 +
:<tr><td width="100px" align=center>Pre-Denature</td><td width="100px"  align=center>94°C</td><td width="100px"  align=center>2min</td><td width="100px">&nbsp;</td></tr>
 +
:<tr><td align=center>Denature</td><td align=center>94°C</td><td align=center>15sec</td><td align=center rowspan=3>35 Cycle</td></tr>
 +
:<tr><td align=center>Anneling</td><td align=center>50.5°C</td><td align=center>30sec</td></tr>
 +
:<tr><td align=center>Extension</td><td align=center>68°C</td><td align=center>1min40sec</td></tr>
 +
:<tr><td align=center>End</td><td align=center>4°C</td><td align=center>keep</td><td width="100px">&nbsp;</td></tr>
 +
:</table>
 +
:</td></tr>
 +
:</table>
 +
<br>
 +
 +
==''9月13日''==
 +
<b>Member</b>
 +
<br>
 +
:松浪、横井川
 +
<br>
 +
:12日のPCR産物が増幅しているか確かめるため、電気泳動を行った。
 +
<br>
 +
<b>Results</b>
 +
:泳動後の写真<br>
 +
:<html><body>
 +
<IMG src="https://static.igem.org/mediawiki/2011/f/f4/2011.09.13_DIAP2.JPG" width="250px" height="250px" border="0">
 +
</body></html>
 +
<br>
 +
:左から順に1レーン;マーカー(1 Kbp)、2・3レーン;DIAP2<br>
 +
:期待される場所にバンドが見られた。
 +
<br>
 +
 +
==''9月14日''==
 +
<b>Member</b>
 +
<br>
 +
:松浪、横井川
 +
<br>
 +
:API2-MALT1について以下のプライマーを用いて、以下の条件でPCRを行った。
 +
 +
:F primer GCCGCTCGAGAACATAGTAGAAAACAGCAT<br>
 +
:Tm値    57.8 °C<br>
 +
:R primer GCCGGCTAGCTCATTTTTCAGAAATTCTGA<br>
 +
:Tm値    56.5 °C<br>
 +
:増幅サイズ  約3131 bp<br>
 +
<br>
 +
:<table border="0"><tr><td>
 +
:<table border="0" width="150px">
 +
:<tr><td align=center>PCR条件</td></tr>
 +
:</table>
 +
:<table border=1 width="250px">
 +
:<tr><td width="150px" align=center>10 µM Primer F</td><td width="100px"  align=right>0.4 µl</td></tr>
 +
:<tr><td align=center>10 µM Primer R</td><td align=right>0.4 µl</td></tr>
 +
:<tr><td align=center>Template DNA</td><td align=right>1 µl</td></tr>
 +
:<tr><td align=center>10 x Ex Taq Buffer</td><td align=right>2 µl</td></tr>
 +
:<tr><td align=center>Takara Ex Taq</td><td align=right>0.1 µl</td></tr>
 +
:<tr><td align=center>2.0 mM dNTPs</td><td align=right>2 µl</td></tr>
 +
:<tr><td align=center>ddH<sub>2</sub>O</td><td align=right>14.1 µl</td></tr>
 +
:<tr><td>&nbsp;</td><td align=right>total 20 µl</td></tr>
 +
:</table>
 +
:</td><TD></TD><TD></TD><td>
 +
:<table border="0" width="100px">
 +
:<tr><td align=center>Cycle条件</td></tr>
 +
:</table>
 +
:<table border=1 width="400px">
 +
:<tr><td width="100px" align=center>Pre-Denature</td><td width="100px"  align=center>94°C</td><td width="100px"  align=center>2min</td><td width="100px">&nbsp;</td></tr>
 +
:<tr><td align=center>Denature</td><td align=center>94°C</td><td align=center>30sec</td><td align=center rowspan=3>37 Cycle</td></tr>
 +
:<tr><td align=center>Anneling</td><td align=center>51.5°C</td><td align=center>30sec</td></tr>
 +
:<tr><td align=center>Extension</td><td align=center>72°C</td><td align=center>3min20sec</td></tr>
 +
:<tr><td align=center>+Extension</td><td align=center>72°C</td><td align=center>10min</td><td width="100px">&nbsp;</td></tr>
 +
:<tr><td align=center>End</td><td align=center>4°C</td><td align=center>keep</td><td width="100px">&nbsp;</td></tr>
 +
:</table>
 +
:</td></tr>
 +
:</table>
 +
 +
:PCR産物が増幅していることを確認するため、電気泳動を行った。
 +
<br>
 +
<b>Results</b>
 +
:泳動後の写真<br>
 +
:<html><body>
 +
<IMG src="https://static.igem.org/mediawiki/2011/e/ed/%E6%9D%BE%E6%B5%AA%EF%BC%92.JPG" width="250px" height="250px" border="0">
 +
</body></html>
 +
<br>
 +
マーカー(1 Kbp)のみバンドが見られた。
 +
<br>
 +
 +
==''9月15日''==
 +
<b>Member</b>
 +
<br>
 +
:松浪、横井川
 +
<br>
 +
:API2-MALT1、DIAP2について、以下の条件でPCRを行った。
 +
 +
:API2-MALT1<br>
 +
:<table border="0"><tr><td>
 +
:<table border="0" width="150px">
 +
:<tr><td align=center>PCR条件</td></tr>
 +
:</table>
 +
:<table border=1 width="250px">
 +
:<tr><td width="150px" align=center>10 µM Primer F</td><td width="100px"  align=right>0.4 µl</td></tr>
 +
:<tr><td align=center>10 µM Primer R</td><td align=right>0.4 µl</td></tr>
 +
:<tr><td align=center>Template DNA</td><td align=right>1 µl</td></tr>
 +
:<tr><td align=center>10 x Ex Taq Buffer</td><td align=right>2 µl</td></tr>
 +
:<tr><td align=center>Takara Ex Taq</td><td align=right>0.1 µl</td></tr>
 +
:<tr><td align=center>2.0 mM dNTPs</td><td align=right>2 µl</td></tr>
 +
:<tr><td align=center>ddH<sub>2</sub>O</td><td align=right>14.1 µl</td></tr>
 +
:<tr><td>&nbsp;</td><td align=right>total 20 µl</td></tr>
 +
:</table>
 +
:</td><TD></TD><TD></TD><td>
 +
:<table border="0" width="100px">
 +
:<tr><td align=center>Cycle条件</td></tr>
 +
:</table>
 +
:<table border=1 width="400px">
 +
:<tr><td width="100px" align=center>Pre-Denature</td><td width="100px"  align=center>94°C</td><td width="100px"  align=center>2min</td><td width="100px">&nbsp;</td></tr>
 +
:<tr><td align=center>Denature</td><td align=center>94°C</td><td align=center>30sec</td><td align=center rowspan=3>37 Cycle</td></tr>
 +
:<tr><td align=center>Anneling</td><td align=center>53°C</td><td align=center>30sec</td></tr>
 +
:<tr><td align=center>Extension</td><td align=center>72°C</td><td align=center>3min20sec</td></tr>
 +
:<tr><td align=center>+Extension</td><td align=center>72°C</td><td align=center>10min</td><td width="100px">&nbsp;</td></tr>
 +
:<tr><td align=center>End</td><td align=center>4°C</td><td align=center>keep</td><td width="100px">&nbsp;</td></tr>
 +
:</table>
 +
:</td></tr>
 +
:</table>
 +
<BR>
 +
:DIAP2<br>
 +
:<table border="0"><tr><td>
 +
:<table border="0" width="150px">
 +
:<tr><td align=center>PCR条件</td></tr>
 +
:</table>
 +
:<table border=1 width="250px">
 +
:<tr><td width="150px" align=center>10 µM Primer F</td><td width="100px"  align=right>1.5 µl</td></tr>
 +
:<tr><td align=center>10 µM Primer R</td><td align=right>1.5 µl</td></tr>
 +
:<tr><td align=center>Template DNA</td><td align=right>1 µl</td></tr>
 +
:<tr><td align=center>10 x PCR Buffer for KOD Plus</td><td align=right>5 µl</td></tr>
 +
:<tr><td align=center>dNTPs</td><td align=right>5 µl</td></tr>
 +
:<tr><td align=center>MgSO<sub>4</sub></td><td align=right>2 µl</td></tr>
 +
:<tr><td align=center>ddH<sub>2</sub>O</td><td align=right>33 µl</td></tr>
 +
:<tr><td align=center>KOD Plus</td><td align=right>1 µl</td></tr>
 +
:<tr><td>&nbsp;</td><td align=right>total 50 µl</td></tr>
 +
:</table>
 +
:</td><TD></TD><TD></TD><td>
 +
:<table border="0" width="100px">
 +
:<tr><td align=center>Cycle条件</td></tr>
 +
:</table>
 +
:<table border=1 width="400px">
 +
:<tr><td width="100px" align=center>Pre-Denature</td><td width="100px"  align=center>94°C</td><td width="100px" align=center>2min</td><td width="100px">&nbsp;</td></tr>
 +
:<tr><td align=center>Denature</td><td align=center>94°C</td><td align=center>15sec</td><td align=center rowspan=3>35 Cycle</td></tr>
 +
:<tr><td align=center>Anneling</td><td align=center>50.5°C</td><td align=center>30sec</td></tr>
 +
:<tr><td align=center>Extension</td><td align=center>68°C</td><td align=center>1min 40sec</td></tr>
 +
:<tr><td align=center>End</td><td align=center>4°C</td><td align=center>keep</td><td width="100px">&nbsp;</td></tr>
 +
:</table>
 +
:</td></tr>
 +
:</table>
 +
 +
:PCR産物が増幅していることを確認するため、電気泳動を行った。
 +
<br>
 +
:DIAP2のPCR産物を、下表に従って制限酵素処理を行った。(37°C、overnight)
 +
 +
:<table border="0">
 +
:<tr><td>DIAP2</td></tr>
 +
:</table>
 +
:<table border=1 width="250px">
 +
:<tr><td width="150px" align=center>PCR産物 in ddH<sub>2</sub>O</td><td width="100px" align=right>44 µl</td></tr>
 +
:<tr><td align=center>10 x H Buffer</td><td align=right>5 µl</td></tr>
 +
:<tr><td align=center><I>Xho</I>Ⅰ</td><td align=right>1 µl</td></tr>
 +
:<tr><td>&nbsp;</td><td align=right>total 50 µl</td></tr>
 +
:</table>
 +
 +
37°Cで20時間静置した。
 +
<br>
 +
<b>Results</b>
 +
:泳動後の写真<br>
 +
:<html><body>
 +
<IMG src="https://static.igem.org/mediawiki/2011/8/86/2011.09.15_%E6%9D%BE%E6%B5%AA.JPG" width="250px" height="250px" border="0">
 +
</body></html>
 +
<br>
 +
:左から順に1レーン;マーカー(1 Kbp)、2~5レーン;DIAP2、6~8レーン;API2-MALT1
 +
:DIAP2に関しては予想される位置にバンドが見られたが、API2-MALT1は見られなかった。
 +
<br>
 +
 +
==''9月16日''==
 +
<b>Member</b>
 +
<br>
 +
:松浪、横井川
 +
<br>
 +
:DIAP2のPCR産物を、下表に従って制限酵素処理を行った。(37°C、overnight)
 +
 +
:<table border="0">
 +
:<tr><td>DIAP2</td></tr>
 +
:</table>
 +
:<table border=1 width="250px">
 +
:<tr><td width="150px" align=center>PCR産物 in ddH<sub>2</sub>O</td><td width="100px" align=right>44 µl</td></tr>
 +
:<tr><td align=center>10 x M Buffer</td><td align=right>5 µl</td></tr>
 +
:<tr><td align=center><I>Xba</I>Ⅰ</td><td align=right>1 µl</td></tr>
 +
:<tr><td>&nbsp;</td><td align=right>total 50 µl</td></tr>
 +
:</table>
 +
<br>
 +
 +
==''9月17日''==
 +
<b>Member</b>
 +
<br>
 +
:松浪、横井川
 +
<br>
 +
:制限酵素処理を行ったDIAP2のプラスミドを確認するため、電気泳動を行った。
 +
<br>
 +
<b>Results</b>
 +
:泳動後の写真<br>
 +
:<html><body>
 +
<IMG src="https://static.igem.org/mediawiki/2011/e/e9/%E6%9D%BE%E6%B5%AA%EF%BC%91.JPG" width="250px" height="250px" border="0">
 +
</body></html>
 +
<br>
 +
:マーカー(1 Kbp)のバンドのみが見られた。制限酵素処理を行ったDIAP2のサンプルはすべてバンドが見られなかった。
 +
<br>
 +
 +
==''9月18日''==
 +
<b>Member</b>
 +
<br>
 +
:松浪
 +
<br>
 +
:コンピテントセル(DH5α)を作成した。
 +
<br>
 +
 +
==''9月19日''==
 +
<b>Member</b>
 +
<br>
 +
:松浪
 +
<br>
 +
:コンピテントセル(DH5α)を作成した。
 +
<br>
 +
 +
==''9月21日''==
 +
<b>Member</b>
 +
<br>
 +
:松浪
 +
<br>
 +
:1.コンピテントセル(DH5α)を作成した。
 +
 +
:2.DIAP2について、以下の条件でPCRを行った。
 +
 +
:<table border="0"><tr><td>
 +
:<table border="0" width="150px">
 +
:<tr><td align=center>PCR条件</td></tr>
 +
:</table>
 +
:<table border=1 width="250px">
 +
:<tr><td width="150px" align=center>10 µM Primer F</td><td width="100px"  align=right>1.5 µl</td></tr>
 +
:<tr><td align=center>10 µM Primer R</td><td align=right>1.5 µl</td></tr>
 +
:<tr><td align=center>Template DNA</td><td align=right>1 µl</td></tr>
 +
:<tr><td align=center>10 x PCR Buffer</td><td align=right>5 µl</td></tr>
 +
:<tr><td align=center>dNTPs</td><td align=right>5 µl</td></tr>
 +
:<tr><td align=center>MgSO<sub>4</sub></td><td align=right>2 µl</td></tr>
 +
:<tr><td align=center>ddH<sub>2</sub>O</td><td align=right>33 µl</td></tr>
 +
:<tr><td align=center>KOD<sup>+</sup> polymelase</td><td align=right>1 µl</td></tr>
 +
:<tr><td>&nbsp;</td><td align=right>total 50 µl</td></tr>
 +
:</table>
 +
:</td><TD></TD><TD></TD><td>
 +
:<table border="0" width="100px">
 +
:<tr><td align=center>Cycle条件</td></tr>
 +
:</table>
 +
:<table border=1 width="400px">
 +
:<tr><td width="100px" align=center>Pre-Denature</td><td width="100px"  align=center>94°C</td><td width="100px"  align=center>2min</td><td width="100px">&nbsp;</td></tr>
 +
:<tr><td align=center>Denature</td><td align=center>94°C</td><td align=center>15sec</td><td align=center rowspan=3>35 Cycle</td></tr>
 +
:<tr><td align=center>Anneling</td><td align=center>50.5°C</td><td align=center>30sec</td></tr>
 +
:<tr><td align=center>Extension</td><td align=center>68°C</td><td align=center>1kb/min</td></tr>
 +
:<tr><td align=center>End</td><td align=center>4°C</td><td align=center>keep</td><td width="100px">&nbsp;</td></tr>
 +
:</table>
 +
:</td></tr>
 +
:</table>
 +
 +
:PCR産物が増幅していることを確認するため、電気泳動を行った。
 +
<br>
 +
:DIAP2のPCR産物を、下表に従って制限酵素処理を行った。(37°C、overnight)
 +
 +
<table border="0">
 +
<tr><td>DIAP2</td></tr>
 +
</table>
 +
<table border=1 width="250px">
 +
<tr><td width="150px" align=center>PCR産物 in ddH<sub>2</sub>O</td><td width="100px" align=right>44 µl</td></tr>
 +
<tr><td align=center>10 x H Buffer</td><td align=right>5 µl</td></tr>
 +
<tr><td align=center><I>Xho</I>Ⅰ</td><td align=right>1 µl</td></tr>
 +
<tr><td>&nbsp;</td><td align=right>total 50 µl</td></tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
<b>Results</b>
 +
:1.ODを測定したが、OD=0.9を超えてしまった。
 +
 +
:泳動後の写真<br>
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:<html><body>
 +
<IMG src="https://static.igem.org/mediawiki/2011/4/44/2011.09.21_DIAP2.2-7.JPG" width="250px" height="250px" border="0">
 +
</body></html>
 +
<br>
 +
:左から順に1レーン;マーカー(1 Kbp)、2~7レーン;DIAP2<br>
 +
:全てのサンプルでPCRが成功した。
 +
<br>
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==''9月22日''==
 +
<b>Member</b>
 +
<br>
 +
:不明★
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<br>
 +
:DIAP2のPCR産物を、下表に従って制限酵素処理を行った。(37°C、overnight)
 +
 +
:<table border="0">
 +
:<tr><td>DIAP2</td></tr>
 +
:</table>
 +
:<table border=1 width="250px">
 +
:<tr><td width="150px" align=center>PCR産物 in ddH<sub>2</sub>O</td><td width="100px" align=right>44 µl</td></tr>
 +
:<tr><td align=center>10 x M Buffer</td><td align=right>5 µl</td></tr>
 +
:<tr><td align=center><I>Xba</I>Ⅰ</td><td align=right>1 µl</td></tr>
 +
:<tr><td>&nbsp;</td><td align=right>total 50 µl</td></tr>
 +
:</table>
 +
<br>
 +
 +
==''9月23日''==
 +
<b>Member</b>
 +
<br>
 +
:松浪
 +
<br>
 +
:制限酵素処理を行ったDIAP2のプラスミドを確認するため、電気泳動を行った。
 +
<br>
 +
<b>Results</b>
 +
:泳動後の写真<br>
 +
:<html><body>
 +
<IMG src="https://static.igem.org/mediawiki/2011/1/1f/%E6%9D%BE%E6%B5%AA%EF%BC%94.JPG" width="250px" height="250px" border="0">
 +
</body></html>
 +
<br>
 +
:マーカー(1 Kbp)のみバンドが見られ、制限酵素処理を行ったDIAP2のサンプルはすべてバンドが見られなった。<br>
 +
<br>
 +
 +
==''9月25日''==
 +
<b>Member</b>
 +
<br>
 +
:松浪
 +
<br>
 +
:コンピテントセル(DH5α)を作成した。
 +
<br>
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==''9月27日''==
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<b>Member</b>
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:松浪
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:コンピテントセル(DH5α)を作成した。
 +
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Revision as of 17:04, 5 October 2011



Home Team Project Parts Notebook Safety Human Practice Attributions


Home > Notebook > Lab Note > September Language:English/Japanese

9月1日

Member

武田


DIAP2について、以下の条件でPCRを行った。
PCR条件
10 µM Primer F1.5 µl
10 µM Primer R1.5 µl
Template DNA1 µl
10 x PCR Buffer5 µl
dNTPs5 µl
MgSO42 µl or 4 µl
ddH2O33 µl or 31 µl
KOD+ polymelase1 µl
 total 50 µl
Cycle条件
Pre-Denature94°C2min 
Denature94°C15sec35 Cyle
Anneling50.5°C30sec
Extension68°C100sec
End4°Ckeep 
PCR産物が増幅していることを確認するため、電気泳動を行った。


Results

泳動後の写真


正しい位置にバンドが見られた。


9月5日

Member

横井川


1日に確認したDIAP2をフェノールクロロホルム処理し、下表に従って制限酵素処理を行った。(37°C、overnight)
DIAP2
PCR産物 in ddH2O44 μl
10 x H Buffer5 μl
Xho1 μl
 total 50 μl
37°Cで20時間静置した


9月6日

Member

横井川


1日に確認したDIAP2をフェノールクロロホルム処理し、下表に従って制限酵素処理を行った。(37°C、overnight)
DIAP2
PCR産物 in ddH2O44 μl
10 x M Buffer5 μl
Xba1 μl
 total 50 μl
37°Cで20時間静置した。


9月7日

Member

横井川


[http://www.qiagen.com/products/dnacleanup/gelpcrsicleanupsystems/qiaquickgelextractionkit.aspx QIAquick Gel Extraction Kit]を使用してゲルからDIAP2のDNAを抽出した。


Results

バンドが確認できなかったためゲル抽出を行う事が出来なかった。


9月12日

Member

松浪、横井川


DIAP2について以下のプライマーを用いて、以下の条件でPCRを行った。
F primer GCTTCTCGATTGACGGAGCTGGGCATGGAGCT
Tm値    62 °C
R primer GCCGTCTAGATCACGAAAGGAACGTGCGCA
Tm値    66.4°C
増幅サイズ  約1514 bp


PCR条件
10 µM Primer F1.5 µl
10 µM Primer R1.5 µl
Template DNA1 µl
10 x PCR Buffer5 µl
dNTPs5 µl
MgSO42 µl
ddH2O33 µl
KOD+ polymelase1 µl
 total 50 µl
Cycle条件
Pre-Denature94°C2min 
Denature94°C15sec35 Cycle
Anneling50.5°C30sec
Extension68°C1min40sec
End4°Ckeep 


9月13日

Member

松浪、横井川


12日のPCR産物が増幅しているか確かめるため、電気泳動を行った。


Results

泳動後の写真


左から順に1レーン;マーカー(1 Kbp)、2・3レーン;DIAP2
期待される場所にバンドが見られた。


9月14日

Member

松浪、横井川


API2-MALT1について以下のプライマーを用いて、以下の条件でPCRを行った。
F primer GCCGCTCGAGAACATAGTAGAAAACAGCAT
Tm値    57.8 °C
R primer GCCGGCTAGCTCATTTTTCAGAAATTCTGA
Tm値    56.5 °C
増幅サイズ  約3131 bp


PCR条件
10 µM Primer F0.4 µl
10 µM Primer R0.4 µl
Template DNA1 µl
10 x Ex Taq Buffer2 µl
Takara Ex Taq0.1 µl
2.0 mM dNTPs2 µl
ddH2O14.1 µl
 total 20 µl
Cycle条件
Pre-Denature94°C2min 
Denature94°C30sec37 Cycle
Anneling51.5°C30sec
Extension72°C3min20sec
+Extension72°C10min 
End4°Ckeep 
PCR産物が増幅していることを確認するため、電気泳動を行った。


Results

泳動後の写真


マーカー(1 Kbp)のみバンドが見られた。

9月15日

Member

松浪、横井川


API2-MALT1、DIAP2について、以下の条件でPCRを行った。
API2-MALT1
PCR条件
10 µM Primer F0.4 µl
10 µM Primer R0.4 µl
Template DNA1 µl
10 x Ex Taq Buffer2 µl
Takara Ex Taq0.1 µl
2.0 mM dNTPs2 µl
ddH2O14.1 µl
 total 20 µl
Cycle条件
Pre-Denature94°C2min 
Denature94°C30sec37 Cycle
Anneling53°C30sec
Extension72°C3min20sec
+Extension72°C10min 
End4°Ckeep 


DIAP2
PCR条件
10 µM Primer F1.5 µl
10 µM Primer R1.5 µl
Template DNA1 µl
10 x PCR Buffer for KOD Plus5 µl
dNTPs5 µl
MgSO42 µl
ddH2O33 µl
KOD Plus1 µl
 total 50 µl
Cycle条件
Pre-Denature94°C2min 
Denature94°C15sec35 Cycle
Anneling50.5°C30sec
Extension68°C1min 40sec
End4°Ckeep 
PCR産物が増幅していることを確認するため、電気泳動を行った。


DIAP2のPCR産物を、下表に従って制限酵素処理を行った。(37°C、overnight)
DIAP2
PCR産物 in ddH2O44 µl
10 x H Buffer5 µl
Xho1 µl
 total 50 µl

37°Cで20時間静置した。
Results

泳動後の写真


左から順に1レーン;マーカー(1 Kbp)、2~5レーン;DIAP2、6~8レーン;API2-MALT1
DIAP2に関しては予想される位置にバンドが見られたが、API2-MALT1は見られなかった。


9月16日

Member

松浪、横井川


DIAP2のPCR産物を、下表に従って制限酵素処理を行った。(37°C、overnight)
DIAP2
PCR産物 in ddH2O44 µl
10 x M Buffer5 µl
Xba1 µl
 total 50 µl


9月17日

Member

松浪、横井川


制限酵素処理を行ったDIAP2のプラスミドを確認するため、電気泳動を行った。


Results

泳動後の写真


マーカー(1 Kbp)のバンドのみが見られた。制限酵素処理を行ったDIAP2のサンプルはすべてバンドが見られなかった。


9月18日

Member

松浪


コンピテントセル(DH5α)を作成した。


9月19日

Member

松浪


コンピテントセル(DH5α)を作成した。


9月21日

Member

松浪


1.コンピテントセル(DH5α)を作成した。
2.DIAP2について、以下の条件でPCRを行った。
PCR条件
10 µM Primer F1.5 µl
10 µM Primer R1.5 µl
Template DNA1 µl
10 x PCR Buffer5 µl
dNTPs5 µl
MgSO42 µl
ddH2O33 µl
KOD+ polymelase1 µl
 total 50 µl
Cycle条件
Pre-Denature94°C2min 
Denature94°C15sec35 Cycle
Anneling50.5°C30sec
Extension68°C1kb/min
End4°Ckeep 
PCR産物が増幅していることを確認するため、電気泳動を行った。


DIAP2のPCR産物を、下表に従って制限酵素処理を行った。(37°C、overnight)
DIAP2
PCR産物 in ddH2O44 µl
10 x H Buffer5 µl
Xho1 µl
 total 50 µl


Results

1.ODを測定したが、OD=0.9を超えてしまった。
泳動後の写真


左から順に1レーン;マーカー(1 Kbp)、2~7レーン;DIAP2
全てのサンプルでPCRが成功した。


9月22日

Member

不明★


DIAP2のPCR産物を、下表に従って制限酵素処理を行った。(37°C、overnight)
DIAP2
PCR産物 in ddH2O44 µl
10 x M Buffer5 µl
Xba1 µl
 total 50 µl


9月23日

Member

松浪


制限酵素処理を行ったDIAP2のプラスミドを確認するため、電気泳動を行った。


Results

泳動後の写真


マーカー(1 Kbp)のみバンドが見られ、制限酵素処理を行ったDIAP2のサンプルはすべてバンドが見られなった。


9月25日

Member

松浪


コンピテントセル(DH5α)を作成した。


9月27日

Member

松浪


コンピテントセル(DH5α)を作成した。