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Revision as of 09:29, 15 May 2011

1 Aktueller Stand der Recherche
2 Uebersicht Chrom
- 2.1 Details
  - 2.1.1 CrO₄^2- / Cr₂O₇^2-
3 Uebersicht Nickel NikR
- 3.1 Details
4 Uebersicht Eisen
- 4.1 Details
  - 4.1.1 Fe²⁺ (Mn²⁺
5 Uebersicht Chrom
- 5.1 Details
  - 5.1.1 CrO₄^2- / Cr₂O₇^2-
6 Uebersicht Chrom
- 6.1 Details
  - 6.1.1 CrO₄^2- / Cr₂O₇^2-
7 Uebersicht Chrom
- 7.1 Details
  - 7.1.1 CrO₄^2- / Cr₂O₇^2-
8 Uebersicht Chrom
- 8.1 Details
  - 8.1.1 CrO₄^2- / Cr₂O₇^2-

Aktueller Stand der Recherche

Uebersicht Chrom

Bitte vervollstaendigt die Tabelle.

Metall	Kontakt hergestellt	Plasmid verfuegbar	Plasmid Sequenz bekannt	Klonierungsstrategie	Primerdesign
CrO₄^2- / Cr₂O₇^2-	Teilweise	prinzipiell, ja	nein	PCR moeglich	nein

Details

Ich wuerde hier die restlichen Informationen einfuegen, und vor allem eventuelle Probleme detailiert beschreiben.

CrO₄^2- / Cr₂O₇^2-

Beschreibung des Sensors

1998 wurde ein Plasmid (pEBZ141) entwickelt, welches eine Fusion ist von dem Chrom-Resistenz Gen chr und einer Luciferase ist.

chr kodiert unter anderem fuer einen Chromtransporter.

Der Sensor ist sehr selektiv (effektiv reagiert er nur auf Chromat und Dichromat) und scheint zuverlaessig zu arbeiten.

Fuer eine hohe Effizienz wird ein bestimmter Stamm von CH34 benoetigt (AE104), welcher kein naturliches Plasmid besitzt.

Problembeschreibung

Ich habe den Kontakt mit der Gruppe hergestellt. Prinzipiell koennen wir das Plasmid haben, wir brauchen jedoch die Zustimmung von Bayer. Anfrage wurde versendet (Mittwoch), bisher noch keine Antwort.

Ein weiteres Problem koennte der CH34 Stamm sein. Angeblich wird eine Einstufung nach S2 diskutiert und der Prof. kann die entsprechenden Staemme deswegeb nicht verschicken. Wir haben ein S2 Labor zur Verfuegung. Noch keine Ruecksprache gehalten. Warte auf Bayer.

Literatur

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=pEBZ141

Sequenzen

Die Sequenz des natuerlichen Plasmids (pMOL28) von welchem chr urspruenglich kloniert wurde.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/291434858?report=fasta

chr liegt auf dem - Strang zwischen den Basenpaaren 49924 und 52146.

Klonierungsstrategie

Mittels PCR chrBA'::lux vom Plasmid klonieren und in Biobrick einfuegen. Ich habe nach der Sequenz von pEBZ141 noch nicht gefragt.

Primerdesign

Stop-Codon sei rot Überhang sei durch ein Leerzeichen getrennt

Primer	Sequenz	Tm	Schnittstellen	Besonderheiten	für Konstrukt
Name1f	AAA	60°C	E,N,X	liegt auf Plasmid	NikR
Name2r	AAA	60°C	S,(N,P)	liegt auf Plasmid	NikR
Name3f	AAA	60°C	E,N,X	Mutagenierung	NikR
Name4r	AAA	60°C	S,(N,P)	Mutagenierung	NikR

Sonstiges

Uebersicht Nickel NikR

Bitte vervollstaendigt die Tabelle.

Metall	Kontakt hergestellt	Plasmid verfuegbar	Plasmid Sequenz bekannt	Klonierungsstrategie	Primerdesign
Ni2+	ja	versprochen, noch nicht angekommen	nein	PCR moeglich, evtl 2.Operator per Primer-Dimer einbauen	alle bis auf einen

Details

Ich wuerde hier die restlichen Informationen einfuegen, und vor allem eventuelle Probleme detailiert beschreiben.

Beschreibung des Sensors

NikR ist ein Repressor für das Nik-Operon, welcher in Anwesenheit von Ni2+ selbiges und an den Promotor des Nik-Operons bindet und dadurch die Translation verhindert. Evtl. doppelt-negativ Schleife einbauen.

Problembeschreibung

Funktioniert nur anaerob, da FNR als Trankriptionsaktivator benötigt wird und FNR durch O2 inaktiviert wird. Evtl. anaerob kultivieren, eintrocknen und dann aerob verwendbar? Für quantitavie Analyse: Öl überschichten oder Folie drauf. Hohes Expressionsniveau ohne Nickel, aber nicht hundertprozentig dicht mit Nickel --> evtl 2. Operator. Plasmid wurde versprochen, aber noch nicht geschickt. Ansonsten PCR von gDNA E.coli K12 möglich.

Literatur

• Complex Transcriptional Control Links NikABCDE-Dependent Nickel Transport with Hydrogenase Expression in Escherichia coli (Rowe, Starnes, Chivers, 2005) "Link"

• Coordinating intracellular nickel-metal-site structure-function relationships and the NikR and RcnR repressors (Iwig, Chivers, 2010) "Abstract"habs leider bis jetzt nur ausgedruckt

• Nickel homeostasis in Escherichia coli – the rcnR-rcnA efflux pathway and its linkage to NikR function (Iwig, Lowe, Chivers, 2006) bald auf "Link"

• A microbial biosensor to predict bioavailable nickel in soil and its transfer to plants (Tibazarwa, Corbisier, Mench, Bossus, Solda, Mergeay, Wyns, van der Lelie, 2000) bald auf "Link"

• Regulation of High Affinity Nickel Uptake in Bacteria (Chivers, Sauer, 2000) http://team.rapidpages.com/

• http://genome-www.stanford.edu/vectordb/vector_descrip/COMPLETE/PACYC184.SEQ.html (Plasmid)

• http://genolist.pasteur.fr/Colibri/genome.cgi

Sequenzen

NikR operator site: TAATCAGTATGACGAATACTTAAAATCGTCATACTTATTT

Pnik:

NikR (nicht benötigt)

Klonierungsstrategie

Pnik mit den Primern Pnikf und Pnikr aus Plasmid/gDNA per PCR herausholen, mit E+S vor Reportergen klonieren.

Primerdesign

Stop-Codon sei rot Überhang sei durch ein Leerzeichen getrennt

Primer	Sequenz	Tm	Schnittstellen	Besonderheiten	für Konstrukt
Name1f	AAA	60°C	E,N,X	liegt auf Plasmid	NikR
Name2r	AAA	60°C	S,(N,P)	liegt auf Plasmid	NikR
Name3f	AAA	60°C	E,N,X	Mutagenierung	NikR
Name4r	AAA	60°C	S,(N,P)	Mutagenierung	NikR

Sonstiges

Uebersicht Eisen

Metall	Kontakt hergestellt	Plasmid verfuegbar	Plasmid Sequenz bekannt	Klonierungsstrategie	Primerdesign
Fe²⁺ (Mn²⁺	Ja	eventuel (muss noch gesucht werden)	nein, kann aber zusammengesetzt werden	PCR moeglich	teilweise

Details

Fe²⁺ (Mn²⁺

Beschreibung des Sensors

norB als Promotor. Wobei Fur als Aktivator bei Eisenbindung wirkt

eventuel N. meningitidis Fur benötigt, auch bereits angefragt (muss noch gesucht werden)

dabei ein Fur deletierten E.coli Stamm nötig, auch bereits angefragt (noch keine Antwort)

Problembeschreibung

Wenn Plasmid nicht gefunden wird, müssen wir mit einem krankheitserregenden Bakterium arbeiten

Literatur

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15130126

Sequenzen

Klonierungsstrategie

Mit PCR norB herausholen und in Biobrick vector klonieren. Als auch mit Fur.

Primerdesign

kommt noch

Primer	Sequenz	Tm	Schnittstellen	Besonderheiten	für Konstrukt
Name1f	AAA	60°C	E,N,X	liegt auf Plasmid	NikR
Name2r	AAA	60°C	S,(N,P)	liegt auf Plasmid	NikR
Name3f	AAA	60°C	E,N,X	Mutagenierung	NikR
Name4r	AAA	60°C	S,(N,P)	Mutagenierung	NikR

Sonstiges

Uebersicht Chrom

Bitte vervollstaendigt die Tabelle.

Metall	Kontakt hergestellt	Plasmid verfuegbar	Plasmid Sequenz bekannt	Klonierungsstrategie	Primerdesign
CrO₄^2- / Cr₂O₇^2-	Teilweise	prinzipiell, ja	nein	PCR moeglich	nein

Details

Ich wuerde hier die restlichen Informationen einfuegen, und vor allem eventuelle Probleme detailiert beschreiben.

CrO₄^2- / Cr₂O₇^2-

Beschreibung des Sensors

1998 wurde ein Plasmid (pEBZ141) entwickelt, welches eine Fusion ist von dem Chrom-Resistenz Gen chr und einer Luciferase ist.

chr kodiert unter anderem fuer einen Chromtransporter.

Der Sensor ist sehr selektiv (effektiv reagiert er nur auf Chromat und Dichromat) und scheint zuverlaessig zu arbeiten.

Fuer eine hohe Effizienz wird ein bestimmter Stamm von CH34 benoetigt (AE104), welcher kein naturliches Plasmid besitzt.

Problembeschreibung

Ich habe den Kontakt mit der Gruppe hergestellt. Prinzipiell koennen wir das Plasmid haben, wir brauchen jedoch die Zustimmung von Bayer. Anfrage wurde versendet (Mittwoch), bisher noch keine Antwort.

Ein weiteres Problem koennte der CH34 Stamm sein. Angeblich wird eine Einstufung nach S2 diskutiert und der Prof. kann die entsprechenden Staemme deswegeb nicht verschicken. Wir haben ein S2 Labor zur Verfuegung. Noch keine Ruecksprache gehalten. Warte auf Bayer.

Literatur

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=pEBZ141

Sequenzen

Die Sequenz des natuerlichen Plasmids (pMOL28) von welchem chr urspruenglich kloniert wurde.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/291434858?report=fasta

chr liegt auf dem - Strang zwischen den Basenpaaren 49924 und 52146.

Klonierungsstrategie

Mittels PCR chrBA'::lux vom Plasmid klonieren und in Biobrick einfuegen. Ich habe nach der Sequenz von pEBZ141 noch nicht gefragt.

Primerdesign

Stop-Codon sei rot Überhang sei durch ein Leerzeichen getrennt

Primer	Sequenz	Tm	Schnittstellen	Besonderheiten	für Konstrukt
Name1f	AAA	60°C	E,N,X	liegt auf Plasmid	NikR
Name2r	AAA	60°C	S,(N,P)	liegt auf Plasmid	NikR
Name3f	AAA	60°C	E,N,X	Mutagenierung	NikR
Name4r	AAA	60°C	S,(N,P)	Mutagenierung	NikR

Sonstiges

Uebersicht Chrom

Bitte vervollstaendigt die Tabelle.

Metall	Kontakt hergestellt	Plasmid verfuegbar	Plasmid Sequenz bekannt	Klonierungsstrategie	Primerdesign
CrO₄^2- / Cr₂O₇^2-	Teilweise	prinzipiell, ja	nein	PCR moeglich	nein

Details

Ich wuerde hier die restlichen Informationen einfuegen, und vor allem eventuelle Probleme detailiert beschreiben.

CrO₄^2- / Cr₂O₇^2-

Beschreibung des Sensors

1998 wurde ein Plasmid (pEBZ141) entwickelt, welches eine Fusion ist von dem Chrom-Resistenz Gen chr und einer Luciferase ist.

chr kodiert unter anderem fuer einen Chromtransporter.

Der Sensor ist sehr selektiv (effektiv reagiert er nur auf Chromat und Dichromat) und scheint zuverlaessig zu arbeiten.

Fuer eine hohe Effizienz wird ein bestimmter Stamm von CH34 benoetigt (AE104), welcher kein naturliches Plasmid besitzt.

Problembeschreibung

Ich habe den Kontakt mit der Gruppe hergestellt. Prinzipiell koennen wir das Plasmid haben, wir brauchen jedoch die Zustimmung von Bayer. Anfrage wurde versendet (Mittwoch), bisher noch keine Antwort.

Ein weiteres Problem koennte der CH34 Stamm sein. Angeblich wird eine Einstufung nach S2 diskutiert und der Prof. kann die entsprechenden Staemme deswegeb nicht verschicken. Wir haben ein S2 Labor zur Verfuegung. Noch keine Ruecksprache gehalten. Warte auf Bayer.

Literatur

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=pEBZ141

Sequenzen

Die Sequenz des natuerlichen Plasmids (pMOL28) von welchem chr urspruenglich kloniert wurde.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/291434858?report=fasta

chr liegt auf dem - Strang zwischen den Basenpaaren 49924 und 52146.

Klonierungsstrategie

Mittels PCR chrBA'::lux vom Plasmid klonieren und in Biobrick einfuegen. Ich habe nach der Sequenz von pEBZ141 noch nicht gefragt.

Primerdesign

Stop-Codon sei rot Überhang sei durch ein Leerzeichen getrennt

Primer	Sequenz	Tm	Schnittstellen	Besonderheiten	für Konstrukt
Name1f	AAA	60°C	E,N,X	liegt auf Plasmid	NikR
Name2r	AAA	60°C	S,(N,P)	liegt auf Plasmid	NikR
Name3f	AAA	60°C	E,N,X	Mutagenierung	NikR
Name4r	AAA	60°C	S,(N,P)	Mutagenierung	NikR

Sonstiges

Uebersicht Chrom

Bitte vervollstaendigt die Tabelle.

Metall	Kontakt hergestellt	Plasmid verfuegbar	Plasmid Sequenz bekannt	Klonierungsstrategie	Primerdesign
CrO₄^2- / Cr₂O₇^2-	Teilweise	prinzipiell, ja	nein	PCR moeglich	nein

Details

Ich wuerde hier die restlichen Informationen einfuegen, und vor allem eventuelle Probleme detailiert beschreiben.

CrO₄^2- / Cr₂O₇^2-

Beschreibung des Sensors

1998 wurde ein Plasmid (pEBZ141) entwickelt, welches eine Fusion ist von dem Chrom-Resistenz Gen chr und einer Luciferase ist.

chr kodiert unter anderem fuer einen Chromtransporter.

Der Sensor ist sehr selektiv (effektiv reagiert er nur auf Chromat und Dichromat) und scheint zuverlaessig zu arbeiten.

Fuer eine hohe Effizienz wird ein bestimmter Stamm von CH34 benoetigt (AE104), welcher kein naturliches Plasmid besitzt.

Problembeschreibung

Ich habe den Kontakt mit der Gruppe hergestellt. Prinzipiell koennen wir das Plasmid haben, wir brauchen jedoch die Zustimmung von Bayer. Anfrage wurde versendet (Mittwoch), bisher noch keine Antwort.

Ein weiteres Problem koennte der CH34 Stamm sein. Angeblich wird eine Einstufung nach S2 diskutiert und der Prof. kann die entsprechenden Staemme deswegeb nicht verschicken. Wir haben ein S2 Labor zur Verfuegung. Noch keine Ruecksprache gehalten. Warte auf Bayer.

Literatur

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=pEBZ141

Sequenzen

Die Sequenz des natuerlichen Plasmids (pMOL28) von welchem chr urspruenglich kloniert wurde.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/291434858?report=fasta

chr liegt auf dem - Strang zwischen den Basenpaaren 49924 und 52146.

Klonierungsstrategie

Mittels PCR chrBA'::lux vom Plasmid klonieren und in Biobrick einfuegen. Ich habe nach der Sequenz von pEBZ141 noch nicht gefragt.

Primerdesign

Stop-Codon sei rot Überhang sei durch ein Leerzeichen getrennt

Primer	Sequenz	Tm	Schnittstellen	Besonderheiten	für Konstrukt
Name1f	AAA	60°C	E,N,X	liegt auf Plasmid	NikR
Name2r	AAA	60°C	S,(N,P)	liegt auf Plasmid	NikR
Name3f	AAA	60°C	E,N,X	Mutagenierung	NikR
Name4r	AAA	60°C	S,(N,P)	Mutagenierung	NikR

Sonstiges

Uebersicht Chrom

Bitte vervollstaendigt die Tabelle.

Metall	Kontakt hergestellt	Plasmid verfuegbar	Plasmid Sequenz bekannt	Klonierungsstrategie	Primerdesign
CrO₄^2- / Cr₂O₇^2-	Teilweise	prinzipiell, ja	nein	PCR moeglich	nein

Details

Ich wuerde hier die restlichen Informationen einfuegen, und vor allem eventuelle Probleme detailiert beschreiben.

CrO₄^2- / Cr₂O₇^2-

Beschreibung des Sensors

1998 wurde ein Plasmid (pEBZ141) entwickelt, welches eine Fusion ist von dem Chrom-Resistenz Gen chr und einer Luciferase ist.

chr kodiert unter anderem fuer einen Chromtransporter.

Der Sensor ist sehr selektiv (effektiv reagiert er nur auf Chromat und Dichromat) und scheint zuverlaessig zu arbeiten.

Fuer eine hohe Effizienz wird ein bestimmter Stamm von CH34 benoetigt (AE104), welcher kein naturliches Plasmid besitzt.

Problembeschreibung

Ich habe den Kontakt mit der Gruppe hergestellt. Prinzipiell koennen wir das Plasmid haben, wir brauchen jedoch die Zustimmung von Bayer. Anfrage wurde versendet (Mittwoch), bisher noch keine Antwort.

Ein weiteres Problem koennte der CH34 Stamm sein. Angeblich wird eine Einstufung nach S2 diskutiert und der Prof. kann die entsprechenden Staemme deswegeb nicht verschicken. Wir haben ein S2 Labor zur Verfuegung. Noch keine Ruecksprache gehalten. Warte auf Bayer.

Literatur

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=pEBZ141

Sequenzen

Die Sequenz des natuerlichen Plasmids (pMOL28) von welchem chr urspruenglich kloniert wurde.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/291434858?report=fasta

chr liegt auf dem - Strang zwischen den Basenpaaren 49924 und 52146.

Klonierungsstrategie

Mittels PCR chrBA'::lux vom Plasmid klonieren und in Biobrick einfuegen. Ich habe nach der Sequenz von pEBZ141 noch nicht gefragt.

Primerdesign

Stop-Codon sei rot Überhang sei durch ein Leerzeichen getrennt

Primer	Sequenz	Tm	Schnittstellen	Besonderheiten	für Konstrukt
Name1f	AAA	60°C	E,N,X	liegt auf Plasmid	NikR
Name2r	AAA	60°C	S,(N,P)	liegt auf Plasmid	NikR
Name3f	AAA	60°C	E,N,X	Mutagenierung	NikR
Name4r	AAA	60°C	S,(N,P)	Mutagenierung	NikR

@@ Line 149: / Line 149: @@
 =====Klonierungsstrategie=====
-folgt
+Pnik mit den Primern Pnikf und Pnikr aus Plasmid/gDNA per PCR herausholen, mit E+S vor Reportergen klonieren.
 =====Primerdesign=====
 Stop-Codon sei <font color="#FF0800">rot</font>

Team:LMU-Munich/intern/Status

From 2011.igem.org

Revision as of 09:29, 15 May 2011

Contents

Aktueller Stand der Recherche

Uebersicht Chrom

Details

CrO42- / Cr2O72-

Beschreibung des Sensors

Problembeschreibung

Literatur

Sequenzen

Klonierungsstrategie

Primerdesign

Sonstiges

Uebersicht Nickel NikR

Details

Beschreibung des Sensors

Problembeschreibung

Literatur

Sequenzen

Klonierungsstrategie

Primerdesign

Sonstiges

Uebersicht Eisen

Details

Fe2+ (Mn2+

Beschreibung des Sensors

Problembeschreibung

Literatur

Sequenzen

Klonierungsstrategie

Primerdesign

Sonstiges

Uebersicht Chrom

Details

CrO42- / Cr2O72-

Beschreibung des Sensors

Problembeschreibung

Literatur

Sequenzen

Klonierungsstrategie

Primerdesign

Sonstiges

Uebersicht Chrom

Details

CrO42- / Cr2O72-

Beschreibung des Sensors

Problembeschreibung

Literatur

Sequenzen

Klonierungsstrategie

Primerdesign

Sonstiges

Uebersicht Chrom

Details

CrO42- / Cr2O72-

Beschreibung des Sensors

Problembeschreibung

Literatur

Sequenzen

Klonierungsstrategie

Primerdesign

Sonstiges

Uebersicht Chrom

Details

CrO42- / Cr2O72-

Beschreibung des Sensors

Problembeschreibung

Literatur

Sequenzen

Klonierungsstrategie

Primerdesign

Sonstiges

CrO₄^2- / Cr₂O₇^2-

Fe²⁺ (Mn²⁺

CrO₄^2- / Cr₂O₇^2-

CrO₄^2- / Cr₂O₇^2-

CrO₄^2- / Cr₂O₇^2-

CrO₄^2- / Cr₂O₇^2-