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Team:LMU-Munich/intern/Status
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===='''CrO<sub>4</sub><sup>2-</sup> / Cr<sub>2</sub>O<sub>7</sub><sup>2-</sup>'''==== | ===='''CrO<sub>4</sub><sup>2-</sup> / Cr<sub>2</sub>O<sub>7</sub><sup>2-</sup>'''==== | ||
=====Beschreibung des Sensors===== | =====Beschreibung des Sensors===== | ||
| - | + | NikR ist ein Repressor für das Nik-Operon, welcher in Anwesenheit von Ni2+ selbiges und an den Promotor des Nik-Operons bindet und dadurch die Translation verhindert. | |
| - | + | Evtl. doppelt-negativ Schleife einbauen. | |
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=====Problembeschreibung===== | =====Problembeschreibung===== | ||
| - | + | Funktioniert nur anaerob, da FNR als Trankriptionsaktivator benötigt wird und FNR durch O2 inaktiviert wird. Evtl. anaerob kultivieren, eintrocknen und dann aerob verwendbar? | |
| - | : | + | Für quantitavie Analyse: Öl überschichten oder Folie drauf. |
| + | Hohes Expressionsniveau ohne Nickel, aber nicht hundertprozentig dicht mit Nickel --> evtl 2. Operator. | ||
| + | Plasmid wurde versprochen, aber noch nicht geschickt. Ansonsten PCR von gDNA E.coli K12 möglich. | ||
=====Literatur===== | =====Literatur===== | ||
| - | + | folgt | |
=====Sequenzen===== | =====Sequenzen===== | ||
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==Aktueller Stand der Recherche== | ==Aktueller Stand der Recherche== | ||
Revision as of 19:38, 14 May 2011
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Contents |
Aktueller Stand der Recherche
Uebersicht Chrom
Bitte vervollstaendigt die Tabelle.
| Metall | Kontakt hergestellt | Plasmid verfuegbar | Plasmid Sequenz bekannt | Klonierungsstrategie | Primerdesign |
|---|---|---|---|---|---|
| CrO42- / Cr2O72- | Teilweise | prinzipiell, ja | nein | PCR moeglich | nein |
Details
Ich wuerde hier die restlichen Informationen einfuegen, und vor allem eventuelle Probleme detailiert beschreiben.
CrO42- / Cr2O72-
Beschreibung des Sensors
- 1998 wurde ein Plasmid (pEBZ141) entwickelt, welches eine Fusion ist von dem Chrom-Resistenz Gen chr und einer Luciferase ist.
- chr kodiert unter anderem fuer einen Chromtransporter.
- Der Sensor ist sehr selektiv (effektiv reagiert er nur auf Chromat und Dichromat) und scheint zuverlaessig zu arbeiten.
- Fuer eine hohe Effizienz wird ein bestimmter Stamm von CH34 benoetigt (AE104), welcher kein naturliches Plasmid besitzt.
Problembeschreibung
- Ich habe den Kontakt mit der Gruppe hergestellt. Prinzipiell koennen wir das Plasmid haben, wir brauchen jedoch die Zustimmung von Bayer. Anfrage wurde versendet (Mittwoch), bisher noch keine Antwort.
- Ein weiteres Problem koennte der CH34 Stamm sein. Angeblich wird eine Einstufung nach S2 diskutiert und der Prof. kann die entsprechenden Staemme deswegeb nicht verschicken. Wir haben ein S2 Labor zur Verfuegung. Noch keine Ruecksprache gehalten. Warte auf Bayer.
Literatur
- http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=pEBZ141
Sequenzen
- Die Sequenz des natuerlichen Plasmids (pMOL28) von welchem chr urspruenglich kloniert wurde.
- http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/291434858?report=fasta
- chr liegt auf dem - Strang zwischen den Basenpaaren 49924 und 52146.
Klonierungsstrategie
Mittels PCR chrBA'::lux vom Plasmid klonieren und in Biobrick einfuegen. Ich habe nach der Sequenz von pEBZ141 noch nicht gefragt.
Primerdesign
Sonstiges
Aktueller Stand der Recherche
Uebersicht Nickel NikR
Bitte vervollstaendigt die Tabelle.
| Metall | Kontakt hergestellt | Plasmid verfuegbar | Plasmid Sequenz bekannt | Klonierungsstrategie | Primerdesign |
|---|---|---|---|---|---|
| Ni2+ | ja | versprochen, noch nicht angekommen | nein | PCR moeglich, evtl 2.Operator per Primer-Dimer einbauen | alle bis auf einen |
Details
Ich wuerde hier die restlichen Informationen einfuegen, und vor allem eventuelle Probleme detailiert beschreiben.
CrO42- / Cr2O72-
Beschreibung des Sensors
NikR ist ein Repressor für das Nik-Operon, welcher in Anwesenheit von Ni2+ selbiges und an den Promotor des Nik-Operons bindet und dadurch die Translation verhindert. Evtl. doppelt-negativ Schleife einbauen.
Problembeschreibung
Funktioniert nur anaerob, da FNR als Trankriptionsaktivator benötigt wird und FNR durch O2 inaktiviert wird. Evtl. anaerob kultivieren, eintrocknen und dann aerob verwendbar? Für quantitavie Analyse: Öl überschichten oder Folie drauf. Hohes Expressionsniveau ohne Nickel, aber nicht hundertprozentig dicht mit Nickel --> evtl 2. Operator. Plasmid wurde versprochen, aber noch nicht geschickt. Ansonsten PCR von gDNA E.coli K12 möglich.
Literatur
folgt
Sequenzen
folgt
Klonierungsstrategie
folgt
Primerdesign
Sonstiges
Aktueller Stand der Recherche
Uebersicht Chrom
Bitte vervollstaendigt die Tabelle.
| Metall | Kontakt hergestellt | Plasmid verfuegbar | Plasmid Sequenz bekannt | Klonierungsstrategie | Primerdesign |
|---|---|---|---|---|---|
| CrO42- / Cr2O72- | Teilweise | prinzipiell, ja | nein | PCR moeglich | nein |
Details
Ich wuerde hier die restlichen Informationen einfuegen, und vor allem eventuelle Probleme detailiert beschreiben.
CrO42- / Cr2O72-
Beschreibung des Sensors
- 1998 wurde ein Plasmid (pEBZ141) entwickelt, welches eine Fusion ist von dem Chrom-Resistenz Gen chr und einer Luciferase ist.
- chr kodiert unter anderem fuer einen Chromtransporter.
- Der Sensor ist sehr selektiv (effektiv reagiert er nur auf Chromat und Dichromat) und scheint zuverlaessig zu arbeiten.
- Fuer eine hohe Effizienz wird ein bestimmter Stamm von CH34 benoetigt (AE104), welcher kein naturliches Plasmid besitzt.
Problembeschreibung
- Ich habe den Kontakt mit der Gruppe hergestellt. Prinzipiell koennen wir das Plasmid haben, wir brauchen jedoch die Zustimmung von Bayer. Anfrage wurde versendet (Mittwoch), bisher noch keine Antwort.
- Ein weiteres Problem koennte der CH34 Stamm sein. Angeblich wird eine Einstufung nach S2 diskutiert und der Prof. kann die entsprechenden Staemme deswegeb nicht verschicken. Wir haben ein S2 Labor zur Verfuegung. Noch keine Ruecksprache gehalten. Warte auf Bayer.
Literatur
- http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=pEBZ141
Sequenzen
- Die Sequenz des natuerlichen Plasmids (pMOL28) von welchem chr urspruenglich kloniert wurde.
- http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/291434858?report=fasta
- chr liegt auf dem - Strang zwischen den Basenpaaren 49924 und 52146.
Klonierungsstrategie
Mittels PCR chrBA'::lux vom Plasmid klonieren und in Biobrick einfuegen. Ich habe nach der Sequenz von pEBZ141 noch nicht gefragt.
Primerdesign
Sonstiges
Aktueller Stand der Recherche
Uebersicht Chrom
Bitte vervollstaendigt die Tabelle.
| Metall | Kontakt hergestellt | Plasmid verfuegbar | Plasmid Sequenz bekannt | Klonierungsstrategie | Primerdesign |
|---|---|---|---|---|---|
| CrO42- / Cr2O72- | Teilweise | prinzipiell, ja | nein | PCR moeglich | nein |
Details
Ich wuerde hier die restlichen Informationen einfuegen, und vor allem eventuelle Probleme detailiert beschreiben.
CrO42- / Cr2O72-
Beschreibung des Sensors
- 1998 wurde ein Plasmid (pEBZ141) entwickelt, welches eine Fusion ist von dem Chrom-Resistenz Gen chr und einer Luciferase ist.
- chr kodiert unter anderem fuer einen Chromtransporter.
- Der Sensor ist sehr selektiv (effektiv reagiert er nur auf Chromat und Dichromat) und scheint zuverlaessig zu arbeiten.
- Fuer eine hohe Effizienz wird ein bestimmter Stamm von CH34 benoetigt (AE104), welcher kein naturliches Plasmid besitzt.
Problembeschreibung
- Ich habe den Kontakt mit der Gruppe hergestellt. Prinzipiell koennen wir das Plasmid haben, wir brauchen jedoch die Zustimmung von Bayer. Anfrage wurde versendet (Mittwoch), bisher noch keine Antwort.
- Ein weiteres Problem koennte der CH34 Stamm sein. Angeblich wird eine Einstufung nach S2 diskutiert und der Prof. kann die entsprechenden Staemme deswegeb nicht verschicken. Wir haben ein S2 Labor zur Verfuegung. Noch keine Ruecksprache gehalten. Warte auf Bayer.
Literatur
- http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=pEBZ141
Sequenzen
- Die Sequenz des natuerlichen Plasmids (pMOL28) von welchem chr urspruenglich kloniert wurde.
- http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/291434858?report=fasta
- chr liegt auf dem - Strang zwischen den Basenpaaren 49924 und 52146.
Klonierungsstrategie
Mittels PCR chrBA'::lux vom Plasmid klonieren und in Biobrick einfuegen. Ich habe nach der Sequenz von pEBZ141 noch nicht gefragt.
Primerdesign
Sonstiges
Aktueller Stand der Recherche
Uebersicht Chrom
Bitte vervollstaendigt die Tabelle.
| Metall | Kontakt hergestellt | Plasmid verfuegbar | Plasmid Sequenz bekannt | Klonierungsstrategie | Primerdesign |
|---|---|---|---|---|---|
| CrO42- / Cr2O72- | Teilweise | prinzipiell, ja | nein | PCR moeglich | nein |
Details
Ich wuerde hier die restlichen Informationen einfuegen, und vor allem eventuelle Probleme detailiert beschreiben.
CrO42- / Cr2O72-
Beschreibung des Sensors
- 1998 wurde ein Plasmid (pEBZ141) entwickelt, welches eine Fusion ist von dem Chrom-Resistenz Gen chr und einer Luciferase ist.
- chr kodiert unter anderem fuer einen Chromtransporter.
- Der Sensor ist sehr selektiv (effektiv reagiert er nur auf Chromat und Dichromat) und scheint zuverlaessig zu arbeiten.
- Fuer eine hohe Effizienz wird ein bestimmter Stamm von CH34 benoetigt (AE104), welcher kein naturliches Plasmid besitzt.
Problembeschreibung
- Ich habe den Kontakt mit der Gruppe hergestellt. Prinzipiell koennen wir das Plasmid haben, wir brauchen jedoch die Zustimmung von Bayer. Anfrage wurde versendet (Mittwoch), bisher noch keine Antwort.
- Ein weiteres Problem koennte der CH34 Stamm sein. Angeblich wird eine Einstufung nach S2 diskutiert und der Prof. kann die entsprechenden Staemme deswegeb nicht verschicken. Wir haben ein S2 Labor zur Verfuegung. Noch keine Ruecksprache gehalten. Warte auf Bayer.
Literatur
- http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=pEBZ141
Sequenzen
- Die Sequenz des natuerlichen Plasmids (pMOL28) von welchem chr urspruenglich kloniert wurde.
- http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/291434858?report=fasta
- chr liegt auf dem - Strang zwischen den Basenpaaren 49924 und 52146.
Klonierungsstrategie
Mittels PCR chrBA'::lux vom Plasmid klonieren und in Biobrick einfuegen. Ich habe nach der Sequenz von pEBZ141 noch nicht gefragt.
Primerdesign
Sonstiges
Aktueller Stand der Recherche
Uebersicht Chrom
Bitte vervollstaendigt die Tabelle.
| Metall | Kontakt hergestellt | Plasmid verfuegbar | Plasmid Sequenz bekannt | Klonierungsstrategie | Primerdesign |
|---|---|---|---|---|---|
| CrO42- / Cr2O72- | Teilweise | prinzipiell, ja | nein | PCR moeglich | nein |
Details
Ich wuerde hier die restlichen Informationen einfuegen, und vor allem eventuelle Probleme detailiert beschreiben.
CrO42- / Cr2O72-
Beschreibung des Sensors
- 1998 wurde ein Plasmid (pEBZ141) entwickelt, welches eine Fusion ist von dem Chrom-Resistenz Gen chr und einer Luciferase ist.
- chr kodiert unter anderem fuer einen Chromtransporter.
- Der Sensor ist sehr selektiv (effektiv reagiert er nur auf Chromat und Dichromat) und scheint zuverlaessig zu arbeiten.
- Fuer eine hohe Effizienz wird ein bestimmter Stamm von CH34 benoetigt (AE104), welcher kein naturliches Plasmid besitzt.
Problembeschreibung
- Ich habe den Kontakt mit der Gruppe hergestellt. Prinzipiell koennen wir das Plasmid haben, wir brauchen jedoch die Zustimmung von Bayer. Anfrage wurde versendet (Mittwoch), bisher noch keine Antwort.
- Ein weiteres Problem koennte der CH34 Stamm sein. Angeblich wird eine Einstufung nach S2 diskutiert und der Prof. kann die entsprechenden Staemme deswegeb nicht verschicken. Wir haben ein S2 Labor zur Verfuegung. Noch keine Ruecksprache gehalten. Warte auf Bayer.
Literatur
- http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=pEBZ141
Sequenzen
- Die Sequenz des natuerlichen Plasmids (pMOL28) von welchem chr urspruenglich kloniert wurde.
- http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/291434858?report=fasta
- chr liegt auf dem - Strang zwischen den Basenpaaren 49924 und 52146.
Klonierungsstrategie
Mittels PCR chrBA'::lux vom Plasmid klonieren und in Biobrick einfuegen. Ich habe nach der Sequenz von pEBZ141 noch nicht gefragt.
Primerdesign
Sonstiges
Aktueller Stand der Recherche
Uebersicht Chrom
Bitte vervollstaendigt die Tabelle.
| Metall | Kontakt hergestellt | Plasmid verfuegbar | Plasmid Sequenz bekannt | Klonierungsstrategie | Primerdesign |
|---|---|---|---|---|---|
| CrO42- / Cr2O72- | Teilweise | prinzipiell, ja | nein | PCR moeglich | nein |
Details
Ich wuerde hier die restlichen Informationen einfuegen, und vor allem eventuelle Probleme detailiert beschreiben.
CrO42- / Cr2O72-
Beschreibung des Sensors
- 1998 wurde ein Plasmid (pEBZ141) entwickelt, welches eine Fusion ist von dem Chrom-Resistenz Gen chr und einer Luciferase ist.
- chr kodiert unter anderem fuer einen Chromtransporter.
- Der Sensor ist sehr selektiv (effektiv reagiert er nur auf Chromat und Dichromat) und scheint zuverlaessig zu arbeiten.
- Fuer eine hohe Effizienz wird ein bestimmter Stamm von CH34 benoetigt (AE104), welcher kein naturliches Plasmid besitzt.
Problembeschreibung
- Ich habe den Kontakt mit der Gruppe hergestellt. Prinzipiell koennen wir das Plasmid haben, wir brauchen jedoch die Zustimmung von Bayer. Anfrage wurde versendet (Mittwoch), bisher noch keine Antwort.
- Ein weiteres Problem koennte der CH34 Stamm sein. Angeblich wird eine Einstufung nach S2 diskutiert und der Prof. kann die entsprechenden Staemme deswegeb nicht verschicken. Wir haben ein S2 Labor zur Verfuegung. Noch keine Ruecksprache gehalten. Warte auf Bayer.
Literatur
- http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=pEBZ141
Sequenzen
- Die Sequenz des natuerlichen Plasmids (pMOL28) von welchem chr urspruenglich kloniert wurde.
- http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/291434858?report=fasta
- chr liegt auf dem - Strang zwischen den Basenpaaren 49924 und 52146.
Klonierungsstrategie
Mittels PCR chrBA'::lux vom Plasmid klonieren und in Biobrick einfuegen. Ich habe nach der Sequenz von pEBZ141 noch nicht gefragt.
