Team:KIT-Kyoto/Notebook/LabNote/GFPMLF8J

From 2011.igem.org

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<div id=NAKAMI>
<div id=NAKAMI>
{| style="color:#000080;background-color:transparent;" cellpadding="3" cellspacing="1" border="0" bordercolor="#0000FF" width="900px" align="center"
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:吉村、中川、松浪
:吉村、中川、松浪
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<b>Purpose</b>
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:BBa_E0240のトランスフォーメーションをした。
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:BBa_E0240のトランスフォーメーション
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<b>Results</b>
<b>Results</b>
:コロニーの生育がみられた。
:コロニーの生育がみられた。
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==''8月23日''==
==''8月23日''==
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:吉村、中川
:吉村、中川
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<b>Purpose</b>
 
:1.BBa_E0240のプレカルチャー<br>
:1.BBa_E0240のプレカルチャー<br>
:2.BBa_E0240からATG GFPを作るためのプライマー設計<br>
:2.BBa_E0240からATG GFPを作るためのプライマー設計<br>
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:1.全てのサンプルに大腸菌の増殖がみられた。
:1.全てのサンプルに大腸菌の増殖がみられた。
:2.以下のように設計した。
:2.以下のように設計した。
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::<span style="FONT-FAMILY: 'ArialMT','sans-serif'; mso-hansi-font-family: ArialMT; mso-bidi-font-family: 'Times New Roman'" lang="EN-US"> F: 3' TT<span style="COLOR: red">GAATTC</span>TT<span style="COLOR: red">TCTAGA</span>TTCGTAAAGGAGAAGAA<br>
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::F: 3' TT<span style="COLOR: red">GAATTC</span>TT<span style="COLOR: red">TCTAGA</span>TTCGTAAAGGAGAAGAA<br>
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     <em>Eco</em>RⅠ    <em>Xba</em>Ⅰ<br>
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             <em>Eco</em>RⅠ   <em>Xba</em>Ⅰ<br>
::Tm値:67.75°C  33塩基<br>
::Tm値:67.75°C  33塩基<br>
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::R: 5' AAA<font color="#ff0000">CTGCAG</font>AAA<font color="#ff0000">ACTAGT</font>TTTTTATTATTTGTATAG<br>
::R: 5' AAA<font color="#ff0000">CTGCAG</font>AAA<font color="#ff0000">ACTAGT</font>TTTTTATTATTTGTATAG<br>
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      <em>Pst</em>Ⅰ     <em>Spe</em>Ⅰ<br>
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             <em>Pst</em>Ⅰ   <em>Spe</em>Ⅰ<br>
::Tm値:67.66°C  36塩基
::Tm値:67.66°C  36塩基
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==''8月24日''==
==''8月24日''==
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:吉村、中川
:吉村、中川
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<b>Purpose</b>
 
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:BBa_E0240のアルカリミニプレップ
 
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:BBa_E0240のアガロース電気泳動
 
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<b>Method</b>
 
:BBa_E0240のアルカリミニプレップをした後、下表に従って、30分37℃で制限酵素処理を行った。
:BBa_E0240のアルカリミニプレップをした後、下表に従って、30分37℃で制限酵素処理を行った。
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:800bpあたりにバンドが出ていた。
:800bpあたりにバンドが出ていた。
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==''8月25日''==
==''8月25日''==
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:吉村、中川<br>
:吉村、中川<br>
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-
<b>Purpose</b>
+
:23日に作製したプライマーを用いて、以下の条件でPCRを行った。
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:PCR(23日に作製したプライマーを用いた)
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:アガロース電気泳動(PCR産物の増幅確認)
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<b>Method</b>
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:以下の条件でPCRを行った。
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:<table border="0"><tr><td>
:<table border="0"><tr><td>
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:800bpあたりにバンドが見られ、PCR産物の増幅が確認できた。
:800bpあたりにバンドが見られ、PCR産物の増幅が確認できた。
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==''8月26日''==
==''8月26日''==
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:中川<br>
:中川<br>
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-
<b>Purpose</b>
 
:1.ゲルからのDNA抽出
:1.ゲルからのDNA抽出
:2.pSB1C3のトランスフォーメーション
:2.pSB1C3のトランスフォーメーション
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:2.小さいが、コロニーが生えていた。念のために、翌日再度トランスフォーメーションをする。
:2.小さいが、コロニーが生えていた。念のために、翌日再度トランスフォーメーションをする。
-
 
+
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==''8月27日''==
==''8月27日''==
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:吉村
:吉村
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-
<b>Purpose</b>
 
:pSB1C3のトランスフォーメーション
:pSB1C3のトランスフォーメーション
<br>
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<b>Results</b>
<b>Results</b>
:小さいコロニーの生育がみられた。
:小さいコロニーの生育がみられた。
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+
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==''8月29日''==
==''8月29日''==
Line 173: Line 160:
:吉村、中川
:吉村、中川
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-
<b>Purpose</b>
 
:pSB1C3のプレカルチャー(6サンプル)
:pSB1C3のプレカルチャー(6サンプル)
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:6サンプルのうち3サンプルは培養に成功した。
:6サンプルのうち3サンプルは培養に成功した。
:3サンプルはコンタミの可能性があるため、念を入れて翌日もプレカルチャーを行うことにした。
:3サンプルはコンタミの可能性があるため、念を入れて翌日もプレカルチャーを行うことにした。
-
 
+
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==''8月30日''==
==''8月30日''==
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:中川<br>
:中川<br>
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-
<b>Purpose</b>
 
:1.pSB1C3のプレカルチャー(6サンプル)
:1.pSB1C3のプレカルチャー(6サンプル)
:2.プライマーの再設計
:2.プライマーの再設計
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:1.コンタミすることなく培養に成功した。
:1.コンタミすることなく培養に成功した。
:2.以下のように設計した。
:2.以下のように設計した。
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::<span style="FONT-FAMILY: 'ArialMT','sans-serif'; mso-hansi-font-family: ArialMT; mso-bidi-font-family: 'Times New Roman'" lang="EN-US"> F: 3' TT<span style="COLOR: red">GAATTC</span>TTT<span style="COLOR: red">TCTAGA</span>TTTCGTAAAGGAGAAGAA<br>
+
::F: 3' TT<span style="COLOR: red">GAATTC</span>TTT<span style="COLOR: red">TCTAGA</span>TTTCGTAAAGGAGAAGAA<br>
-
     <em>Eco</em>RⅠ      <em>Xba</em>Ⅰ<br>
+
           <em>Eco</em>RⅠ     <em>Xba</em>Ⅰ<br>
::Tm値:68.8゜C  35塩基<br>
::Tm値:68.8゜C  35塩基<br>
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==''8月30日''==
+
==''8月31日''==
<b>Member</b>
<b>Member</b>
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:中川<br>
:中川<br>
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-
<b>Purpose</b>
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:pSB1C3のアルカリミニプレップ、フェノールクロロホルム処理をした後、下表に従って、30分37℃で制限酵素処理を行った。
-
:1.pSB1C3のアルカリミニプレップ
+
-
:2.pSB1C3のアガロース電気泳動
+
-
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+
-
<b>Method</b>
+
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+
-
フェノールクロロホルム処理をした後、下表に従って、30分37℃で制限酵素処理を行った。
+
:<table border=1 width="220px">
:<table border=1 width="220px">
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:</table>
:</table>
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制限酵素処理後、100 V 30minで電気泳動を行った。
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:制限酵素処理後、100 V 30minで電気泳動を行った。
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<b>Results</b>
<b>Results</b>

Latest revision as of 10:38, 4 October 2011



Home Team Project Parts Notebook Safety Human Practice Attributions


Home > Notebook > Lab Note > August Language:English/Japanese

8月22日

Member

吉村、中川、松浪


BBa_E0240のトランスフォーメーションをした。


Results

コロニーの生育がみられた。


8月23日

Member

吉村、中川


1.BBa_E0240のプレカルチャー
2.BBa_E0240からATG GFPを作るためのプライマー設計


Results

1.全てのサンプルに大腸菌の増殖がみられた。
2.以下のように設計した。
F: 3' TTGAATTCTTTCTAGATTCGTAAAGGAGAAGAA

         EcoRⅠ   Xba

Tm値:67.75°C  33塩基


R: 5' AAACTGCAGAAAACTAGTTTTTTATTATTTGTATAG

           PstⅠ   Spe

Tm値:67.66°C  36塩基


8月24日

Member

吉村、中川


BBa_E0240のアルカリミニプレップをした後、下表に従って、30分37℃で制限酵素処理を行った。
ddH2O2 µl
BBa_E024050 µl
EcoRⅠ1 µl
Pst1 µl
10 x H Buffer6 µl
 total 60 µl


制限酵素処理後、100 V 30minでアガロース電気泳動行った。


Results

泳動後の写真


800bpあたりにバンドが出ていた。


8月25日

Member

吉村、中川


23日に作製したプライマーを用いて、以下の条件でPCRを行った。
PCR条件
10 µM GFP Primer F1.5 µl
10 µM GFP Primer R1.5 µl
BBa_E02401 µl
10 x PCR Buffer for KOD Plus5 µl
dNTPs4 µl
MgSO44 µl
ddH2O32 µl
KOD Plus1 µl
 total 50 µl
Cycle条件
Pre-Denature95°C30sec 
Denature95°C30sec30 Cycle
Anneling50°C1min
Extension68°C1min
End4°Ckeep 
PCR産物が増幅していることを確認するため、アガロース電気泳動を行った。
PCR産物の増幅を確認した後、下表に従ってPCR産物の制限酵素処理を行った。(37°C、overnight)
ddH2O2 µl
BBa_E024050 µl
EcoRⅠ1 µl
Pst1 µl
10 x H Buffer6 µl
 total 60 µl


Results

泳動後の写真


800bpあたりにバンドが見られ、PCR産物の増幅が確認できた。


8月26日

Member

中川


1.ゲルからのDNA抽出
2.pSB1C3のトランスフォーメーション


Results

1.ゲル切り出し後の写真


濃度は510 ng/µlだった。


2.小さいが、コロニーが生えていた。念のために、翌日再度トランスフォーメーションをする。


8月27日

Member

吉村


pSB1C3のトランスフォーメーション


Results

小さいコロニーの生育がみられた。


8月29日

Member

吉村、中川


pSB1C3のプレカルチャー(6サンプル)


Results

6サンプルのうち3サンプルは培養に成功した。
3サンプルはコンタミの可能性があるため、念を入れて翌日もプレカルチャーを行うことにした。


8月30日

Member

中川


1.pSB1C3のプレカルチャー(6サンプル)
2.プライマーの再設計


Results

1.コンタミすることなく培養に成功した。
2.以下のように設計した。
F: 3' TTGAATTCTTTTCTAGATTTCGTAAAGGAGAAGAA

         EcoRⅠ    Xba

Tm値:68.8゜C  35塩基


8月31日

Member

中川


pSB1C3のアルカリミニプレップ、フェノールクロロホルム処理をした後、下表に従って、30分37℃で制限酵素処理を行った。
ddH2O2 µl
BBa_E024050 µl
EcoRⅠ1 µl
Pst1 µl
10 x H Buffer6 µl
 total 60 µl


制限酵素処理後、100 V 30minで電気泳動を行った。


Results

泳動後の写真