Team:KIT-Kyoto/yokoigawa

From 2011.igem.org

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</head>
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<body>
<body>
-
<p style="TEXT-ALIGN: left; MARGIN: 0mm 0mm 0pt; mso-pagination: widow-orphan" class="MsoNormal" align="left"><span style="FONT-FAMILY: 'MS Pゴシック'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt" lang="EN-US">8/29(</span><span style="FONT-FAMILY: 'MS 明朝','serif'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt; mso-ascii-font-family: Century; mso-ascii-theme-font: minor-latin; mso-fareast-font-family: 'MS 明朝'; mso-fareast-theme-font: minor-fareast; mso-hansi-font-family: Century; mso-hansi-theme-font: minor-latin"></span><span style="FONT-FAMILY: 'MS Pゴシック'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt" lang="EN-US">)<o:p></o:P></span></p>
+
<p>
-
<p style="TEXT-ALIGN: left; MARGIN: 0mm 0mm 0pt; mso-pagination: widow-orphan" class="MsoNormal" align="left"><span style="FONT-FAMILY: 'MS 明朝','serif'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt; mso-ascii-font-family: Century; mso-ascii-theme-font: minor-latin; mso-fareast-font-family: 'MS 明朝'; mso-fareast-theme-font: minor-fareast; mso-hansi-font-family: Century; mso-hansi-theme-font: minor-latin">武田、横井川</span><span style="FONT-FAMILY: 'MS Pゴシック'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt" lang="EN-US"><o:p></o:P></span></p>
+
 
-
<p style="TEXT-ALIGN: left; MARGIN: 0mm 0mm 0pt; mso-pagination: widow-orphan" class="MsoNormal" align="left"><span style="FONT-FAMILY: 'MS 明朝','serif'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt; mso-ascii-font-family: Century; mso-ascii-theme-font: minor-latin; mso-fareast-font-family: 'MS 明朝'; mso-fareast-theme-font: minor-fareast; mso-hansi-font-family: Century; mso-hansi-theme-font: minor-latin">【目的】</span><span style="FONT-FAMILY: 'MS Pゴシック'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt" lang="EN-US"><o:p></o:P></span></p>
+
8/29(月)<BR>
-
<p style="TEXT-ALIGN: left; MARGIN: 0mm 0mm 0pt; mso-pagination: widow-orphan" class="MsoNormal" align="left"><span style="FONT-FAMILY: 'MS Pゴシック'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt" lang="EN-US">PCR</span><span style="FONT-FAMILY: 'MS 明朝','serif'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt; mso-ascii-font-family: Century; mso-ascii-theme-font: minor-latin; mso-fareast-font-family: 'MS 明朝'; mso-fareast-theme-font: minor-fareast; mso-hansi-font-family: Century; mso-hansi-theme-font: minor-latin">産物と</span><span style="FONT-FAMILY: 'MS Pゴシック'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt" lang="EN-US">pUAST-flag vector</span><span style="FONT-FAMILY: 'MS 明朝','serif'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt; mso-ascii-font-family: Century; mso-ascii-theme-font: minor-latin; mso-fareast-font-family: 'MS 明朝'; mso-fareast-theme-font: minor-fareast; mso-hansi-font-family: Century; mso-hansi-theme-font: minor-latin">の制限酵素処理(一回目:</span><span style="FONT-FAMILY: 'MS Pゴシック'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt" lang="EN-US">Xho I</span><span style="FONT-FAMILY: 'MS 明朝','serif'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt; mso-ascii-font-family: Century; mso-ascii-theme-font: minor-latin; mso-fareast-font-family: 'MS 明朝'; mso-fareast-theme-font: minor-fareast; mso-hansi-font-family: Century; mso-hansi-theme-font: minor-latin"><br>
+
<BR>
-
</p>
+
武田、横井川<BR>
-
<p style="TEXT-ALIGN: left; MARGIN: 0mm 0mm 0pt; mso-pagination: widow-orphan" class="MsoNormal" align="left"><span style="FONT-FAMILY: 'MS 明朝','serif'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt; mso-ascii-font-family: Century; mso-ascii-theme-font: minor-latin; mso-fareast-font-family: 'MS 明朝'; mso-fareast-theme-font: minor-fareast; mso-hansi-font-family: Century; mso-hansi-theme-font: minor-latin">【実験操作】<br>
+
<BR>
-
</span></span><strong>PCR産物の精製(フェノールクロロホルム処理・エタノール沈殿)<br>
+
制限酵素処理<br>
-
</strong>↓PCR産物を400  
+
【目的】<BR>
-
&micro;lまでddH<sub>2</sub>Oで薄める<br>
+
PCR産物とpUAST-flag vectorの制限酵素処理(一回目:<i>Xho</i> I)<br>
-
↓phenol-choloroform(φOH/CIAA)を400  
+
<BR>
-
&micro;l加えてvoltexする<br>
+
【実験操作】<br>
-
↓10000rpm、4°Cで2~3min遠心する<br>
+
PCR産物の精製(フェノールクロロホルム処理・エタノール沈殿)<br>
-
↓水層のみを新しいチューブに移す<br>
+
↓PCR産物を400 µlまでddH<sub>2</sub>Oで薄めた<br>
-
↓choloroform(CIAA)を等量加えてvoltexする<br>
+
↓phenol-choloroform(φOH/CIAA)を400 µl加えてvoltexした<br>
-
↓10000rpm、4°Cで2~3min遠心する<br>
+
↓10000rpm、4°Cで2~3min遠心した<br>
-
↓水層のみを新しいチューブに移す<br>
+
↓水層のみを新しいチューブに移した<br>
-
↓3M  
+
↓choloroform(CIAA)を等量加えてvoltexした<br>
-
CH<sub>3</sub>COONa(pH 5.27)を1/10量、100%  
+
↓10000rpm、4°Cで2~3min遠心した<br>
-
ethanolを3倍量加えて、2~3min静置する<br>
+
↓水層のみを新しいチューブに移した<br>
-
↓15000rpm、4°Cで10min遠心する<br>
+
↓3M CH<sub>3</sub>COONa(pH 5.27)を1/10量、100% ethanolを3倍量加えて、2~3min静置した<br>
-
↓上澄みを捨て、70%  
+
↓15000rpm、4°Cで10min遠心した<br>
-
ethanol(EtOH)を200  
+
↓上澄みを捨て、70% ethanol(EtOH)を200 µl加えた<br>
-
&micro;l加える<br>
+
↓15000rpm、4°Cで5min遠心した<br>
-
↓15000rpm、4°Cで5min遠心する<br>
+
↓上澄みを捨て、乾燥させた<br>
-
↓上澄みを捨て、乾燥させる<br>
+
↓ddH<sub>2</sub>Oを44 µl加えてvoltexした<br>
-
↓ddH<sub>2</sub>Oを44  
+
※保存する場合 ↓-20°Cで保存した<br>
-
&micro;l加えてvoltexする<br>
+
-
※保存する場合 ↓-20°Cで保存する <br>
+
<br>
<br>
-
</p>
+
<strong>制限酵素処理(<i>Xho</i> I)</strong><br>
-
<p><strong>制限酵素処理(<i>Xho</i>  
+
下記の組成に従って反応液を調整した<br>
-
I)</strong><br>
+
-
下記の組成に従って反応液を調整する下記の組成に従って反応液を調整する<br>
+
<table border="0"><tr><td>
<table border="0"><tr><td>
Line 44: Line 40:
</table>
</table>
<table border="1" width="200">
<table border="1" width="200">
-
<tr><td width?150px? align="center">PCR産物 in ddH<sub>2</sub>O</td><td width?50px? align="right">44 μl</td></tr>
+
<tr><td width?150px? align="center">PCR産物 in ddH<sub>2</sub>O</td><td width?50px? align="right">44 µl</td></tr>
-
<tr><td align="center">10 x H Buffer</td><td align="right">5 μl</td></tr>
+
<tr><td align="center">10 x H Buffer</td><td align="right">5 µl</td></tr>
-
<tr><td align="center"><i>Xho</i>Ⅰ</td><td align="right">1 μl</td></tr>
+
<tr><td align="center"><i>Xho</i>Ⅰ</td><td align="right">1 µl</td></tr>
-
<tr><td>&nbsp;</td><td align="right">total 50 μl</td></tr>
+
<tr><td>&nbsp;</td><td align="right">total 50 µl</td></tr>
</table>
</table>
</td><td></td><td></td><td>
</td><td></td><td></td><td>
Line 54: Line 50:
</table>
</table>
<table border="1" width="250">
<table border="1" width="250">
-
<tr><td width?200px? align="center">PUAST-flag vector(500 ng/μl)</td><td width?50px? align="right">10 μl</td></tr>
+
<tr><td width?200px? align="center">PUAST-flag vector(500 ng/µl)</td><td width?50px? align="right">10 µl</td></tr>
-
<tr><td align="center">ddH<sub>2</sub>O</td><td align="right">34 μl</td></tr>
+
<tr><td align="center">ddH<sub>2</sub>O</td><td align="right">34 µl</td></tr>
-
<tr><td align="center">10 x H Buffer</td><td align="right">5 μl</td></tr>
+
<tr><td align="center">10 x H Buffer</td><td align="right">5 µl</td></tr>
-
<tr><td align="center"><i>Xho</i>Ⅰ</td><td align="right">1 μl</td></tr>
+
<tr><td align="center"><i>Xho</i>Ⅰ</td><td align="right">1 µl</td></tr>
-
<tr><td>&nbsp;</td><td align="right">total 50 μl</td></tr>
+
<tr><td>&nbsp;</td><td align="right">total 50 µl</td></tr>
</table>
</table>
</td></tr>
</td></tr>
</table>
</table>
-
37°Cで20時間静置する
+
37°Cで20時間静置した
-
<br></p>
+
<br>
-
</body>
+
Line 71: Line 66:
-
<head>
+
8/30(火)<BR>
-
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=shift_jis">
+
武田、横井川<BR>
-
<title></title>
+
<BR>
-
</head>
+
制限酵素処理<br>
-
<body>
+
【目的】<br>
-
<p style="TEXT-ALIGN: left; MARGIN: 0mm 0mm 0pt; mso-pagination: widow-orphan" class="MsoNormal" align="left"><span style="FONT-FAMILY: 'MS Pゴシック'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt" lang="EN-US">8/30(</span><span style="FONT-FAMILY: 'MS 明朝','serif'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt; mso-ascii-font-family: Century; mso-ascii-theme-font: minor-latin; mso-fareast-font-family: 'MS 明朝'; mso-fareast-theme-font: minor-fareast; mso-hansi-font-family: Century; mso-hansi-theme-font: minor-latin"></span><span style="FONT-FAMILY: 'MS Pゴシック'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt" lang="EN-US">)<o:p></o:P></span></p>
+
PCR産物とpUAST-flag vectorの制限酵素処理(二回目:<i>Xho</i> I)<br>
-
<p style="TEXT-ALIGN: left; MARGIN: 0mm 0mm 0pt; mso-pagination: widow-orphan" class="MsoNormal" align="left"><span style="FONT-FAMILY: 'MS 明朝','serif'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt; mso-ascii-font-family: Century; mso-ascii-theme-font: minor-latin; mso-fareast-font-family: 'MS 明朝'; mso-fareast-theme-font: minor-fareast; mso-hansi-font-family: Century; mso-hansi-theme-font: minor-latin">武田、横井川</span><span style="FONT-FAMILY: 'MS Pゴシック'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt" lang="EN-US"><o:p></o:P></span></p>
+
【実験操作】<br>
-
<p style="TEXT-ALIGN: left; MARGIN: 0mm 0mm 0pt; mso-pagination: widow-orphan" class="MsoNormal" align="left"><span style="FONT-FAMILY: 'MS 明朝','serif'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt; mso-ascii-font-family: Century; mso-ascii-theme-font: minor-latin; mso-fareast-font-family: 'MS 明朝'; mso-fareast-theme-font: minor-fareast; mso-hansi-font-family: Century; mso-hansi-theme-font: minor-latin">【目的】<br>
+
PCR産物の精製(フェノールクロロホルム処理・エタノール沈殿)<br>
-
</span><span style="FONT-FAMILY: 'MS Pゴシック'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: JA; mso-bidi-language: AR-SA" lang="EN-US">PCR</span><span style="FONT-FAMILY: 'MS 明朝','serif'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt; mso-ascii-font-family: Century; mso-ascii-theme-font: minor-latin; mso-fareast-theme-font: minor-fareast; mso-hansi-font-family: Century; mso-hansi-theme-font: minor-latin; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: JA; mso-bidi-language: AR-SA">産物と</span><span style="FONT-FAMILY: 'MS Pゴシック'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: JA; mso-bidi-language: AR-SA" lang="EN-US">pUAST-flag vector</span><span style="FONT-FAMILY: 'MS 明朝','serif'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt; mso-ascii-font-family: Century; mso-ascii-theme-font: minor-latin; mso-fareast-theme-font: minor-fareast; mso-hansi-font-family: Century; mso-hansi-theme-font: minor-latin; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: JA; mso-bidi-language: AR-SA">の制限酵素処理</span><span style="FONT-FAMILY: 'MS Pゴシック'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: JA; mso-bidi-language: AR-SA" lang="EN-US">(</span><span style="FONT-FAMILY: 'MS 明朝','serif'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt; mso-ascii-font-family: Century; mso-ascii-theme-font: minor-latin; mso-fareast-theme-font: minor-fareast; mso-hansi-font-family: Century; mso-hansi-theme-font: minor-latin; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: JA; mso-bidi-language: AR-SA">二回目:</span><span style="FONT-FAMILY: 'MS Pゴシック'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: JA; mso-bidi-language: AR-SA" lang="EN-US">Xba I)<br>
+
↓PCR産物を400 µlまでddH<sub>2</sub>Oで薄めた<br>
-
<span style="FONT-FAMILY: 'MS 明朝','serif'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt; mso-ascii-font-family: Century; mso-ascii-theme-font: minor-latin; mso-fareast-theme-font: minor-fareast; mso-hansi-font-family: Century; mso-hansi-theme-font: minor-latin; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: JA; mso-bidi-language: AR-SA">【実験操作】<br>
+
↓phenol-choloroform(φOH/CIAA)を400 µl加えてvoltexした<br>
-
<strong>PCR産物の精製(フェノールクロロホルム処理・エタノール沈殿)<br>
+
↓10000rpm、4°Cで2~3min遠心した<br>
-
</strong>↓PCR産物を400  
+
↓水層のみを新しいチューブに移した<br>
-
&micro;lまでddH<sub>2</sub>Oで薄める<br>
+
↓choloroform(CIAA)を等量加えてvoltexした<br>
-
↓phenol-choloroform(φOH/CIAA)を400  
+
↓10000rpm、4°Cで2~3min遠心した<br>
-
&micro;l加えてvoltexする<br>
+
↓水層のみを新しいチューブに移した<br>
-
↓10000rpm、4°Cで2~3min遠心する<br>
+
↓3M CH<sub>3</sub>COONa(pH 5.27)を1/10量、100% ethanolを3倍量加えて、2~3min静置した<br>
-
↓水層のみを新しいチューブに移す<br>
+
↓15000rpm、4°Cで10min遠心した<br>
-
↓choloroform(CIAA)を等量加えてvoltexする<br>
+
↓上澄みを捨て、70% ethanol(EtOH)を200 μl加えた<br>
-
↓10000rpm、4°Cで2~3min遠心する<br>
+
↓15000rpm、4°Cで5min遠心した<br>
-
↓水層のみを新しいチューブに移す<br>
+
↓上澄みを捨て、乾燥させた<br>
-
↓3M  
+
↓ddH<sub>2</sub>Oを44 µl加えてvoltexした<br>
-
CH<sub>3</sub>COONa(pH 5.27)を1/10量、100%  
+
-
ethanolを3倍量加えて、2~3min静置する<br>
+
-
↓15000rpm、4°Cで10min遠心する<br>
+
-
↓上澄みを捨て、70%  
+
-
ethanol(EtOH)を200  
+
-
&micro;l加える<br>
+
-
↓15000rpm、4°Cで5min遠心する<br>
+
-
↓上澄みを捨て、乾燥させる<br>
+
-
↓ddH<sub>2</sub>Oを44  
+
-
&micro;l加えてvoltexする<br>
+
-
※保存する場合 ↓-20°Cで保存する <br>
+
<br>
<br>
-
<strong>制限酵素処理(Xba  
+
<strong>制限酵素処理(Xba I)</strong></span></span></p><br>
-
I)</strong></span></span></p><br>
+
下記の組成に従って反応液を調整した<br>
-
 
+
-
下記の組成に従って反応液を調整する<br>
+
-
 
+
<table border="0"><tr><td>
<table border="0"><tr><td>
<table border="0">
<table border="0">
Line 114: Line 95:
</table>
</table>
<table border="1" width="200">
<table border="1" width="200">
-
<tr><td width?150px? align="center">PCR産物 in ddH<sub>2</sub>O</td><td width?50px? align="right">44 μl</td></tr>
+
<tr><td width?150px? align="center">PCR産物 in ddH<sub>2</sub>O</td><td width?50px? align="right">44 µl</td></tr>
-
<tr><td align="center">10 x M Buffer</td><td align="right">5 μl</td></tr>
+
<tr><td align="center">10 x M Buffer</td><td align="right">5 µl</td></tr>
-
<tr><td align="center"><i>Xba</i>Ⅰ</td><td align="right">1 μl</td></tr>
+
<tr><td align="center"><i>Xba</i>Ⅰ</td><td align="right">1 µl</td></tr>
-
<tr><td>&nbsp;</td><td align="right">total 50 μl</td></tr>
+
<tr><td>&nbsp;</td><td align="right">total 50 µl</td></tr>
</table>
</table>
Line 123: Line 104:
</table>
</table>
<table border="1" width="250">
<table border="1" width="250">
-
<tr><td width?200px? align="center">PUAST-flag vector(500 ng/μl)</td><td width?50px? align="right">10 μl</td></tr>
+
<tr><td width?200px? align="center">PUAST-flag vector(500 ng/µl)</td><td width?50px? align="right">10 μl</td></tr>
-
<tr><td align="center">ddH<sub>2</sub>O</td><td align="right">34 μl</td></tr>
+
<tr><td align="center">ddH<sub>2</sub>O</td><td align="right">34 µl</td></tr>
-
<tr><td align="center">10 x H Buffer</td><td align="right">5 μl</td></tr>
+
<tr><td align="center">10 x H Buffer</td><td align="right">5 µl</td></tr>
-
<tr><td align="center"><i>Xho</i>Ⅰ</td><td align="right">1 μl</td></tr>
+
<tr><td align="center"><i>Xho</i>Ⅰ</td><td align="right">1 µl</td></tr>
-
<tr><td>&nbsp;</td><td align="right">total 50 μl</td></tr>
+
<tr><td>&nbsp;</td><td align="right">total 50 µl</td></tr>
-
</table></td></tr></table>37°Cで20時間静置する <br>
+
</table></td></tr></table>37°Cで20時間静置した <br>
-
</body>
+
-
 
+
-
 
+
-
<head>
+
-
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=shift_jis">
+
-
<title></title>
+
-
</head>
+
-
<body>
+
-
<p style="TEXT-ALIGN: left; MARGIN: 0mm 0mm 0pt; mso-pagination: widow-orphan" class="MsoNormal" align="left"><span style="FONT-FAMILY: 'MS Pゴシック'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt" lang="EN-US">8/31(</span><span style="FONT-FAMILY: 'MS 明朝','serif'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt; mso-ascii-font-family: Century; mso-ascii-theme-font: minor-latin; mso-fareast-font-family: 'MS 明朝'; mso-fareast-theme-font: minor-fareast; mso-hansi-font-family: Century; mso-hansi-theme-font: minor-latin">水</span><span style="FONT-FAMILY: 'MS Pゴシック'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt" lang="EN-US">)<o:p></o:P></span></p>
+
-
<p style="TEXT-ALIGN: left; MARGIN: 0mm 0mm 0pt; mso-pagination: widow-orphan" class="MsoNormal" align="left"><span style="FONT-FAMILY: 'MS 明朝','serif'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt; mso-ascii-font-family: Century; mso-ascii-theme-font: minor-latin; mso-fareast-font-family: 'MS 明朝'; mso-fareast-theme-font: minor-fareast; mso-hansi-font-family: Century; mso-hansi-theme-font: minor-latin">武田、横井川</span><span style="FONT-FAMILY: 'MS Pゴシック'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt" lang="EN-US"><o:p></o:P></span></p>
+
-
<p style="TEXT-ALIGN: left; MARGIN: 0mm 0mm 0pt; mso-pagination: widow-orphan" class="MsoNormal" align="left"><span style="FONT-FAMILY: 'MS 明朝','serif'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt; mso-ascii-font-family: Century; mso-ascii-theme-font: minor-latin; mso-fareast-font-family: 'MS 明朝'; mso-fareast-theme-font: minor-fareast; mso-hansi-font-family: Century; mso-hansi-theme-font: minor-latin">【目的】</span><span style="FONT-FAMILY: 'MS Pゴシック'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt" lang="EN-US"><o:p></o:P></span></p>
+
-
<p style="TEXT-ALIGN: left; MARGIN: 0mm 0mm 0pt; mso-pagination: widow-orphan" class="MsoNormal" align="left"><span style="FONT-FAMILY: 'MS 明朝','serif'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt; mso-ascii-font-family: Century; mso-ascii-theme-font: minor-latin; mso-fareast-font-family: 'MS 明朝'; mso-fareast-theme-font: minor-fareast; mso-hansi-font-family: Century; mso-hansi-theme-font: minor-latin">制限酵素処理した</span><span style="FONT-FAMILY: 'MS Pゴシック'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt" lang="EN-US">PCR</span><span style="FONT-FAMILY: 'MS 明朝','serif'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt; mso-ascii-font-family: Century; mso-ascii-theme-font: minor-latin; mso-fareast-font-family: 'MS 明朝'; mso-fareast-theme-font: minor-fareast; mso-hansi-font-family: Century; mso-hansi-theme-font: minor-latin">産物・</span><span style="FONT-FAMILY: 'MS Pゴシック'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt" lang="EN-US">vector</span><span style="FONT-FAMILY: 'MS 明朝','serif'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt; mso-ascii-font-family: Century; mso-ascii-theme-font: minor-latin; mso-fareast-font-family: 'MS 明朝'; mso-fareast-theme-font: minor-fareast; mso-hansi-font-family: Century; mso-hansi-theme-font: minor-latin">のゲル抽出<br>
+
-
</span><span style="FONT-FAMILY: 'MS 明朝','serif'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt; mso-ascii-font-family: Century; mso-ascii-theme-font: minor-latin; mso-fareast-theme-font: minor-fareast; mso-hansi-font-family: Century; mso-hansi-theme-font: minor-latin; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: JA; mso-bidi-language: AR-SA">【実験操作】</span></p>
+
-
<p><strong>ゲルからのDNA抽出<br>
+
-
</strong>
+
 +
8/31(水)<BR>
 +
武田、横井川<BR>
 +
ゲル抽出<br>
 +
【目的】<BR>
 +
制限酵素処理したPCR産物・vectorの精製<br>
 +
<BR>
 +
【実験操作】<BR>
 +
ゲルからのDNA抽出<br>
<a herf="http://www.qiagen.com/products/dnacleanup/gelpcrsicleanupsystems/qiaquickgelextractionkit.aspx">QIAquick Gel Extraction Kit</a>を使用する<br>
<a herf="http://www.qiagen.com/products/dnacleanup/gelpcrsicleanupsystems/qiaquickgelextractionkit.aspx">QIAquick Gel Extraction Kit</a>を使用する<br>
-
↓1 x TAEに溶かしたアガロースゲルをつくる<br>
+
↓1 x TAEに溶かしたアガロースゲルをつくった<br>
-
↓DNAとLording Dyeをまぜたものとマーカーをゲルにのせる<br>
+
↓DNAとLording Dyeをまぜたものとマーカーをゲルにのせた<br>
<tr><td><table border="1" width="230">
<tr><td><table border="1" width="230">
-
<tr><td width="130" align="center">1 kbpマーカー</td><td width="100"  align="right">5 ml</td></tr>
+
<tr><td width="130" align="center">1 kbpマーカー</td><td width="100"  align="right">5 µl</td></tr>
-
<tr><td align="center">DIAP2 or PUAST-flag vector</td><td align="right">50 ml</td></tr>
+
<tr><td align="center">DIAP2 or PUAST-flag vector</td><td align="right">50 µl</td></tr>
-
<tr><td align="center">Lording Dyi</td><td align="right">10 ml</td></tr>
+
<tr><td align="center">Lording Dyi</td><td align="right">10 µl</td></tr>
</table>
</table>
-
↓50 Vで60分間電気泳動する<br>
+
↓50 Vで60分間電気泳動した<br>
-
↓EtBrでゲルを40分間染色する<br>
+
↓EtBrでゲルを10分間染色した<br>
-
↓UVを照射してDNAのバンドを可視化する<br>
+
↓UVを照射してDNAのバンドを可視化した<br>
-
↓清潔で鋭利な手術用メスでゲルからDNA断片を切りだす<br>
+
↓清潔で鋭利な手術用メスでゲルからDNA断片を切りだした<br>
-
↓1.5 mlチューブ中のゲルスライスの重さを量る<br>
+
↓1.5 mlチューブ中のゲルスライスの重さを量った<br>
-
↓ゲル100 mgに対して、3倍量(300 μl)のBuffer QGを加える<br>
+
↓ゲル100 mgに対して、3倍量(300 µl)のBuffer QGを加えた<br>
-
↓42-50°Cで10分間放置し、ゲルを完全に溶かす<br>
+
↓42-50°Cで10分間放置し、ゲルを完全に溶かした<br>
-
↓ゲルが完全に溶けたら、溶液が黄色であることを確認する<br>
+
↓ゲルが完全に溶けたら、溶液が黄色であることを確認した<br>
-
↓ゲル100 mgに対して、当量(100 μl)の2-プロパノールを加え、混ぜる<br>
+
↓ゲル100 mgに対して、当量(100 µl)の2-プロパノールを加え、混ぜた<br>
-
↓カラムにサンプルをのせる<br>
+
↓カラムにサンプルをのせた<br>
-
↓10,000 rpmで1分間遠心し、抽出物を捨てる<br>
+
↓10,000 rpmで1分間遠心し、抽出物を捨てた<br>
-
↓500 μlのBuffer QGをカラムに加え、残りのゲルを溶かす<br>
+
↓500 µlのBuffer QGをカラムに加え、残りのゲルを溶かした<br>
-
↓10,000 rpmで1分間遠心し、ろ液を捨てる<br>
+
↓10,000 rpmで1分間遠心し、ろ液を捨てた<br>
-
↓750 μlのwash Buffer PEをカラムに加える<br>
+
↓750 µlのwash Buffer PEをカラムに加えた<br>
-
↓10,000 rpmで1分間遠心し、ろ液を捨てる<br>
+
↓10,000 rpmで1分間遠心し、ろ液を捨てた<br>
-
↓カラムを新しい1.5 mlチューブに移しかえる<br>
+
↓カラムを新しい1.5 mlチューブに移しかえた<br>
-
↓10,000 rpmで1分間遠心する<br>
+
↓10,000 rpmで1分間遠心した<br>
-
↓カラムを新しい1.5 mlチューブに移しかえる<br>
+
↓カラムを新しい1.5 mlチューブに移しかえた<br>
-
↓37 μlのMilliQを加える<br>
+
↓37 µlのMilliQを加えた<br>
-
↓10,000 rpmで1分間遠心する<br>
+
↓10,000 rpmで1分間遠心した<br>
-
↓そのうち5 μlを20倍希釈し、濃度測定をする<br>
+
↓そのうち5 µlを20倍希釈し、濃度測定をした<br>
-
</p>
+
<BR>
-
<p style="TEXT-ALIGN: left; MARGIN: 0mm 0mm 0pt; mso-pagination: widow-orphan" class="MsoNormal" align="left"><span style="FONT-FAMILY: 'MS 明朝','serif'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt; mso-ascii-font-family: Century; mso-ascii-theme-font: minor-latin; mso-fareast-font-family: 'MS 明朝'; mso-fareast-theme-font: minor-fareast; mso-hansi-font-family: Century; mso-hansi-theme-font: minor-latin">【結果】</span><span style="FONT-FAMILY: 'MS Pゴシック'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt" lang="EN-US"><?xml:namespace prefix ="" o ns =""
+
<BR>
-
"urn:schemas-microsoft-com:office:office" /><o:p></o:p></span></p>
+
【結果】<BR>
-
<p style="TEXT-ALIGN: left; MARGIN: 0mm 0mm 0pt; mso-pagination: widow-orphan" class="MsoNormal" align="left"><span style="FONT-FAMILY: 'MS Pゴシック'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt" lang="EN-US">pUAST-flag vector</span><span style="FONT-FAMILY: 'MS 明朝','serif'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt; mso-ascii-font-family: Century; mso-ascii-theme-font: minor-latin; mso-fareast-font-family: 'MS 明朝'; mso-fareast-theme-font: minor-fareast; mso-hansi-font-family: Century; mso-hansi-theme-font: minor-latin">は精製でき、濃度は</span><span style="FONT-FAMILY: 'MS Pゴシック'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt" lang="EN-US">45.0375ng/</span><span style="FONT-FAMILY: 'MS 明朝','serif'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt; mso-ascii-font-family: Century; mso-ascii-theme-font: minor-latin; mso-fareast-font-family: 'MS 明朝'; mso-fareast-theme-font: minor-fareast; mso-hansi-font-family: Century; mso-hansi-theme-font: minor-latin">μ</span><span style="FONT-FAMILY: 'MS Pゴシック'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt" lang="EN-US">l</span><span style="FONT-FAMILY: 'MS 明朝','serif'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt; mso-ascii-font-family: Century; mso-ascii-theme-font: minor-latin; mso-fareast-font-family: 'MS 明朝'; mso-fareast-theme-font: minor-fareast; mso-hansi-font-family: Century; mso-hansi-theme-font: minor-latin">であった。</span><span style="FONT-FAMILY: 'MS Pゴシック'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt" lang="EN-US"><o:p></o:p></span></p>
+
pUAST-flag vectorは精製でき、濃度は45.0375 ng/µlであった。<BR>
-
<p style="TEXT-ALIGN: left; MARGIN: 0mm 0mm 0pt; mso-pagination: widow-orphan" class="MsoNormal" align="left"><span style="FONT-FAMILY: 'MS Pゴシック'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt" lang="EN-US">DIAP2</span><span style="FONT-FAMILY: 'MS 明朝','serif'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt; mso-ascii-font-family: Century; mso-ascii-theme-font: minor-latin; mso-fareast-font-family: 'MS 明朝'; mso-fareast-theme-font: minor-fareast; mso-hansi-font-family: Century; mso-hansi-theme-font: minor-latin">はゲル抽出でバンドが見られなかった。</span><span style="FONT-FAMILY: 'MS Pゴシック'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt" lang="EN-US"><o:p></o:p></span></p>
+
DIAP2はゲル抽出でバンドが見られなかった。<BR>
-
<p>
+
-
<br></p>
+
-
</body>
+
<BR>
 +
<BR>
 +
<BR>
-
<head>
+
9/1(木)<BR>
-
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=shift_jis">
+
武田<BR>
-
<title></title>
+
<br>
-
</head>
+
PCR<BR>
-
<body>
+
【目的】<br>
-
<p style="TEXT-ALIGN: left; MARGIN: 0mm 0mm 0pt; mso-pagination: widow-orphan" class="MsoNormal" align="left"><span style="FONT-FAMILY: 'MS Pゴシック'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt" lang="EN-US">9/1(</span><span style="FONT-FAMILY: 'MS 明朝','serif'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt; mso-ascii-font-family: Century; mso-ascii-theme-font: minor-latin; mso-fareast-font-family: 'MS 明朝'; mso-fareast-theme-font: minor-fareast; mso-hansi-font-family: Century; mso-hansi-theme-font: minor-latin"></span><span style="FONT-FAMILY: 'MS Pゴシック'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt" lang="EN-US">)<o:p></o:P></span></p>
+
-
<p style="TEXT-ALIGN: left; MARGIN: 0mm 0mm 0pt; mso-pagination: widow-orphan" class="MsoNormal" align="left"><span style="FONT-FAMILY: 'MS 明朝','serif'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt; mso-ascii-font-family: Century; mso-ascii-theme-font: minor-latin; mso-fareast-font-family: 'MS 明朝'; mso-fareast-theme-font: minor-fareast; mso-hansi-font-family: Century; mso-hansi-theme-font: minor-latin">武田</span><span style="FONT-FAMILY: 'MS Pゴシック'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt" lang="EN-US"><o:p></o:P></span></p>
+
-
<p style="TEXT-ALIGN: left; MARGIN: 0mm 0mm 0pt; mso-pagination: widow-orphan" class="MsoNormal" align="left"><span style="FONT-FAMILY: 'MS 明朝','serif'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt; mso-ascii-font-family: Century; mso-ascii-theme-font: minor-latin; mso-fareast-font-family: 'MS 明朝'; mso-fareast-theme-font: minor-fareast; mso-hansi-font-family: Century; mso-hansi-theme-font: minor-latin">【目的】<br>
+
DIAP2のポリメラーゼ連鎖反応<br>
DIAP2のポリメラーゼ連鎖反応<br>
-
</p>
+
<BR>
-
<p style="TEXT-ALIGN: left; MARGIN: 0mm 0mm 0pt; mso-pagination: widow-orphan" class="MsoNormal" align="left"><span style="FONT-FAMILY: 'MS 明朝','serif'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt; mso-ascii-font-family: Century; mso-ascii-theme-font: minor-latin; mso-fareast-font-family: 'MS 明朝'; mso-fareast-theme-font: minor-fareast; mso-hansi-font-family: Century; mso-hansi-theme-font: minor-latin">【実験操作】<br>
+
【実験操作】<br>
-
</span><span style="FONT-FAMILY: 'MS Pゴシック'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt" lang="EN-US"><o:p>下記の組成に従って試薬をまぜる<br>
+
下記の組成に従って試薬をまぜた<br>
-
右に示したプログラムで反応を行う<br></o:P></span></p></span>
+
右に示したプログラムで反応を行った<br>
<table border="0"><tr><td>
<table border="0"><tr><td>
<table border="0" width="150">
<table border="0" width="150">
Line 206: Line 177:
</table>
</table>
<table border="1" width="220">
<table border="1" width="220">
-
<tr><td width="150" align="center">10 μM Primer F</td><td width="70"  align="right">1.5 μl</td></tr>
+
<tr><td width="150" align="center">10 µM Primer F</td><td width="70"  align="right">1.5 µl</td></tr>
-
<tr><td align="center">10 μM Primer R</td><td align="right">1.5 μl</td></tr>
+
<tr><td align="center">10 µM Primer R</td><td align="right">1.5 µl</td></tr>
-
<tr><td align="center">Template DNA</td><td align="right">1 μl</td></tr>
+
<tr><td align="center">Template DNA</td><td align="right">1 µl</td></tr>
-
<tr><td align="center">10 x PCR Buffer</td><td align="right">5 μl</td></tr>
+
<tr><td align="center">10 x PCR Buffer</td><td align="right">5 µl</td></tr>
-
<tr><td align="center">dNTPs</td><td align="right">5 μl</td></tr>
+
<tr><td align="center">dNTPs</td><td align="right">5 µl</td></tr>
-
<tr><td align="center">MgSO<sub>4</sub></td><td align="right">2 μl or 4 μl</td></tr>
+
<tr><td align="center">MgSO<sub>4</sub></td><td align="right">2 µl or 4 µl</td></tr>
-
<tr><td align="center">ddH<sub>2</sub>O</td><td align="right">33 μl or 31 μl</td></tr>
+
<tr><td align="center">ddH<sub>2</sub>O</td><td align="right">33 µl or 31 µl</td></tr>
-
<tr><td align="center">KOD<sup>+</sup> polymelase</td><td align="right">1 μl</td></tr>
+
<tr><td align="center">KOD<sup>+</sup> polymelase</td><td align="right">1 µl</td></tr>
-
<tr><td>&nbsp;</td><td align="right">total 50 μl</td></tr>
+
<tr><td>&nbsp;</td><td align="right">total 50 µl</td></tr>
</table>
</table>
</td><td></td><td></td><td>
</td><td></td><td></td><td>
Line 227: Line 198:
<tr><td align="center">Extension</td><td align="center">68°C</td><td align="center">100sec</td></tr>
<tr><td align="center">Extension</td><td align="center">68°C</td><td align="center">100sec</td></tr>
<tr><td align="center">End</td><td align="center">4°C</td><td align="center">keep</td><td width="100">&nbsp;</td></tr>
<tr><td align="center">End</td><td align="center">4°C</td><td align="center">keep</td><td width="100">&nbsp;</td></tr>
-
</table></td></tr></tbody></table><span style="FONT-FAMILY: 'MS 明朝','serif'; COLOR: black; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: Arial; mso-font-kerning: 0pt; mso-ascii-theme-font: minor-fareast; mso-fareast-theme-font: minor-fareast; mso-hansi-theme-font: minor-fareast; mso-bidi-font-size: 10.5pt; mso-ansi-language: EN; mso-fareast-language: JA; mso-bidi-language: AR-SA">【目的】<span lang="EN"><br>
+
</table></td></tr></tbody></table>
-
</span> <span lang="EN">PCR</span>産物の確認<br>
+
 
-
<span style="FONT-FAMILY: 'MS 明朝','serif'; COLOR: black; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: Arial; mso-font-kerning: 0pt; mso-ascii-theme-font: minor-fareast; mso-fareast-theme-font: minor-fareast; mso-hansi-theme-font: minor-fareast; mso-bidi-font-size: 10.5pt; mso-ansi-language: EN; mso-fareast-language: JA; mso-bidi-language: AR-SA">【実験操作】<br>
+
<BR>
-
</span></span>
+
<BR>
-
<p><strong>ゲル電気泳動</strong></p>
+
【目的】<BR>
 +
PCR産物の確認<br>
 +
<BR>
 +
【実験操作】<br>
 +
<strong>ゲル電気泳動</strong></p><BR>
Line 242: Line 217:
<br>
<br>
-
↓上記の組成に従い、試薬を三角フラスコで混ぜてレンジで加熱し、専用容器に入れて固める<br>
+
↓上記の組成に従い、試薬を三角フラスコで混ぜてレンジで加熱し、専用容器に入れて固めた<br>
-
↓制限酵素処理した反応液50 μlに対して6 x loading dye を10 μl加える<br>
+
↓制限酵素処理した反応液50 μlに対して6 x loading dye を10 μl加えた<br>
-
↓サンプルとDNA maker をコーム穴に入れる<br>
+
↓サンプルとDNA maker をコーム穴に入れた<br>
-
↓サンプルをセット後、50 V 60minで電気泳動する<br>
+
↓サンプルをセット後、50 V 60minで電気泳動した<br>
-
↓電気泳動後、EtBrで10minゲルを染色する<br>
+
↓電気泳動後、EtBrで10minゲルを染色した<br>
-
↓染色後、MilliQでゲルを数回洗ってプレートにのせる<br>
+
↓染色後、MilliQでゲルを数回洗ってプレートにのせた<br>
-
↓UVを照射してDNAのバンドを可視化する<br>
+
↓UVを照射してDNAのバンドを可視化した<br>
 +
【結果】<br>
 +
正しい位置にバンドが確認できた
 +
 
 +
<br>
 +
<BR>
 +
<BR>
 +
9/5(月)<BR>
 +
横井川<BR>
 +
制限酵素処理<br>
 +
【目的】<BR>
 +
DIAP2のPCR産物の制限酵素処理(一回目:Xho I)<br>
 +
<BR>
 +
【実験操作】<br>
 +
PCR産物の精製(フェノールクロロホルム処理・エタノール沈殿)<br>
 +
↓PCR産物を400 µlまでddH<sub>2</sub>Oで薄めた<br>
 +
↓phenol-choloroform(φOH/CIAA)を400 µl加えてvoltexした<br>
 +
↓10000rpm、4°Cで2~3min遠心した<br>
 +
↓水層のみを新しいチューブに移した<br>
 +
↓choloroform(CIAA)を等量加えてvoltexした<br>
 +
↓10000rpm、4°Cで2~3min遠心した<br>
 +
↓水層のみを新しいチューブに移した<br>
 +
↓3M CH<sub>3</sub>COONa(pH 5.27)を1/10量、100% ethanolを3倍量加えて、2~3min静置した<br>
 +
↓15000rpm、4°Cで10min遠心した<br>
 +
↓上澄みを捨て、70% ethanol(EtOH)を200 µl加えた<br>
 +
↓15000rpm、4°Cで5min遠心した<br>
 +
↓上澄みを捨て、乾燥させた<br>
 +
↓ddH<sub>2</sub>Oを44 µl加えてvoltexした<br>
<br>
<br>
-
</body>
+
<BR>
-
<head>
+
制限酵素処理(<i>Xho</i> I)<br>
-
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=shift_jis">
+
下記の組成に従って反応液を調整した<br>
-
<title></title>
+
-
</head>
+
-
<body><span style="FONT-FAMILY: 'MS Pゴシック'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt" lang="EN-US">
+
-
<p style="TEXT-ALIGN: left; MARGIN: 0mm 0mm 0pt; mso-pagination: widow-orphan" class="MsoNormal" align="left"><span style="FONT-FAMILY: 'MS Pゴシック'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt; mso-bidi-font-size: 10.5pt" lang="EN-US">9/5(</span><span style="FONT-FAMILY: 'MS 明朝','serif'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt; mso-ascii-font-family: Century; mso-ascii-theme-font: minor-latin; mso-fareast-font-family: 'MS 明朝'; mso-fareast-theme-font: minor-fareast; mso-hansi-font-family: Century; mso-hansi-theme-font: minor-latin; mso-bidi-font-size: 10.5pt">月</span><span style="FONT-FAMILY: 'MS Pゴシック'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt; mso-bidi-font-size: 10.5pt" lang="EN-US">)</span><span style="FONT-FAMILY: 'MS Pゴシック'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt" lang="EN-US"><o:p></o:P></span></p>
+
-
<p style="TEXT-ALIGN: left; MARGIN: 0mm 0mm 0pt; mso-pagination: widow-orphan" class="MsoNormal" align="left"></span><span style="FONT-FAMILY: 'MS 明朝','serif'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt; mso-ascii-font-family: Century; mso-ascii-theme-font: minor-latin; mso-fareast-font-family: 'MS 明朝'; mso-fareast-theme-font: minor-fareast; mso-hansi-font-family: Century; mso-hansi-theme-font: minor-latin">横井川</span><span style="FONT-FAMILY: 'MS Pゴシック'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt" lang="EN-US"><o:p></o:P></span></p>
+
-
<p style="TEXT-ALIGN: left; MARGIN: 0mm 0mm 0pt; mso-pagination: widow-orphan" class="MsoNormal" align="left"><span style="FONT-FAMILY: 'MS 明朝','serif'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt; mso-ascii-font-family: Century; mso-ascii-theme-font: minor-latin; mso-fareast-font-family: 'MS 明朝'; mso-fareast-theme-font: minor-fareast; mso-hansi-font-family: Century; mso-hansi-theme-font: minor-latin">【目的】</span><span style="FONT-FAMILY: 'MS Pゴシック'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt" lang="EN-US"><o:p></o:P></span></p>
+
-
<p style="TEXT-ALIGN: left; MARGIN: 0mm 0mm 0pt; mso-pagination: widow-orphan" class="MsoNormal" align="left"><span style="FONT-FAMILY: 'MS Pゴシック'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt" lang="EN-US">PCR</span><span style="FONT-FAMILY: 'MS 明朝','serif'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt; mso-ascii-font-family: Century; mso-ascii-theme-font: minor-latin; mso-fareast-font-family: 'MS 明朝'; mso-fareast-theme-font: minor-fareast; mso-hansi-font-family: Century; mso-hansi-theme-font: minor-latin">産物と</span><span style="FONT-FAMILY: 'MS Pゴシック'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt" lang="EN-US">pUAST-flag vector</span><span style="FONT-FAMILY: 'MS 明朝','serif'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt; mso-ascii-font-family: Century; mso-ascii-theme-font: minor-latin; mso-fareast-font-family: 'MS 明朝'; mso-fareast-theme-font: minor-fareast; mso-hansi-font-family: Century; mso-hansi-theme-font: minor-latin">の制限酵素処理(一回目:</span><span style="FONT-FAMILY: 'MS Pゴシック'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt" lang="EN-US">Xho I</span><span style="FONT-FAMILY: 'MS 明朝','serif'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt; mso-ascii-font-family: Century; mso-ascii-theme-font: minor-latin; mso-fareast-font-family: 'MS 明朝'; mso-fareast-theme-font: minor-fareast; mso-hansi-font-family: Century; mso-hansi-theme-font: minor-latin">)<br>
+
-
</p>
+
-
<p style="TEXT-ALIGN: left; MARGIN: 0mm 0mm 0pt; mso-pagination: widow-orphan" class="MsoNormal" align="left"><span style="FONT-FAMILY: 'MS 明朝','serif'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt; mso-ascii-font-family: Century; mso-ascii-theme-font: minor-latin; mso-fareast-font-family: 'MS 明朝'; mso-fareast-theme-font: minor-fareast; mso-hansi-font-family: Century; mso-hansi-theme-font: minor-latin">【実験操作】<br>
+
-
</span></span><strong>PCR産物の精製(フェノールクロロホルム処理・エタノール沈殿)<br>
+
-
</strong>↓PCR産物を400
+
-
&micro;lまでddH<sub>2</sub>Oで薄める<br>
+
-
↓phenol-choloroform(φOH/CIAA)を400
+
-
&micro;l加えてvoltexする<br>
+
-
↓10000rpm、4°Cで2~3min遠心する<br>
+
-
↓水層のみを新しいチューブに移す<br>
+
-
↓choloroform(CIAA)を等量加えてvoltexする<br>
+
-
↓10000rpm、4°Cで2~3min遠心する<br>
+
-
↓水層のみを新しいチューブに移す<br>
+
-
↓3M
+
-
CH<sub>3</sub>COONa(pH 5.27)を1/10量、100%
+
-
ethanolを3倍量加えて、2~3min静置する<br>
+
-
↓15000rpm、4°Cで10min遠心する<br>
+
-
↓上澄みを捨て、70%
+
-
ethanol(EtOH)を200
+
-
&micro;l加える<br>
+
-
↓15000rpm、4°Cで5min遠心する<br>
+
-
↓上澄みを捨て、乾燥させる<br>
+
-
↓ddH<sub>2</sub>Oを44
+
-
&micro;l加えてvoltexする<br>
+
-
※保存する場合 ↓-20°Cで保存する <br>
+
-
<br>
+
-
</p>
+
-
<p><strong>制限酵素処理(<i>Xho</i>  
+
-
I)</strong><br>
+
-
下記の組成に従って反応液を調整する下記の組成に従って反応液を調整する<br>
+
<table border="0"><tr><td>
<table border="0"><tr><td>
Line 318: Line 284:
-
37°Cで20時間静置する
+
37°Cで20時間静置した
<br></p>
<br></p>
</body>
</body>
-
<head>
+
9/6(火)<BR>
-
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=shift_jis">
+
横井川<BR>
-
<title></title>
+
<BR>
-
</head>
+
制限酵素処理<br>
-
<body><span style="FONT-FAMILY: 'MS Pゴシック'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt" lang="EN-US">
+
【目的】<br>
-
<p style="TEXT-ALIGN: left; MARGIN: 0mm 0mm 0pt; mso-pagination: widow-orphan" class="MsoNormal" align="left"><span style="FONT-FAMILY: 'MS Pゴシック'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt; mso-bidi-font-size: 10.5pt" lang="EN-US">9/6(</span><span style="FONT-FAMILY: 'MS 明朝','serif'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt; mso-ascii-font-family: Century; mso-ascii-theme-font: minor-latin; mso-fareast-font-family: 'MS 明朝'; mso-fareast-theme-font: minor-fareast; mso-hansi-font-family: Century; mso-hansi-theme-font: minor-latin; mso-bidi-font-size: 10.5pt"></span><span style="FONT-FAMILY: 'MS Pゴシック'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt; mso-bidi-font-size: 10.5pt" lang="EN-US">)</span><span style="FONT-FAMILY: 'MS Pゴシック'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt" lang="EN-US"><o:p></o:P></span></p>
+
DIAP2のPCR産物の制限酵素処理(二回目:Xba I)<br>
-
<p style="TEXT-ALIGN: left; MARGIN: 0mm 0mm 0pt; mso-pagination: widow-orphan" class="MsoNormal" align="left"></span><span style="FONT-FAMILY: 'MS 明朝','serif'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt; mso-ascii-font-family: Century; mso-ascii-theme-font: minor-latin; mso-fareast-font-family: 'MS 明朝'; mso-fareast-theme-font: minor-fareast; mso-hansi-font-family: Century; mso-hansi-theme-font: minor-latin">横井川</span><span style="FONT-FAMILY: 'MS Pゴシック'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt" lang="EN-US"><o:p></o:P></span></p>
+
<BR>
-
<p style="TEXT-ALIGN: left; MARGIN: 0mm 0mm 0pt; mso-pagination: widow-orphan" class="MsoNormal" align="left"><span style="FONT-FAMILY: 'MS 明朝','serif'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt; mso-ascii-font-family: Century; mso-ascii-theme-font: minor-latin; mso-fareast-font-family: 'MS 明朝'; mso-fareast-theme-font: minor-fareast; mso-hansi-font-family: Century; mso-hansi-theme-font: minor-latin">【目的】<br>
+
【実験操作】<br>
-
</span><span style="FONT-FAMILY: 'MS Pゴシック'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: JA; mso-bidi-language: AR-SA" lang="EN-US">PCR</span><span style="FONT-FAMILY: 'MS 明朝','serif'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt; mso-ascii-font-family: Century; mso-ascii-theme-font: minor-latin; mso-fareast-theme-font: minor-fareast; mso-hansi-font-family: Century; mso-hansi-theme-font: minor-latin; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: JA; mso-bidi-language: AR-SA">産物と</span><span style="FONT-FAMILY: 'MS Pゴシック'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: JA; mso-bidi-language: AR-SA" lang="EN-US">pUAST-flag vector</span><span style="FONT-FAMILY: 'MS 明朝','serif'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt; mso-ascii-font-family: Century; mso-ascii-theme-font: minor-latin; mso-fareast-theme-font: minor-fareast; mso-hansi-font-family: Century; mso-hansi-theme-font: minor-latin; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: JA; mso-bidi-language: AR-SA">の制限酵素処理</span><span style="FONT-FAMILY: 'MS Pゴシック'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: JA; mso-bidi-language: AR-SA" lang="EN-US">(</span><span style="FONT-FAMILY: 'MS 明朝','serif'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt; mso-ascii-font-family: Century; mso-ascii-theme-font: minor-latin; mso-fareast-theme-font: minor-fareast; mso-hansi-font-family: Century; mso-hansi-theme-font: minor-latin; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: JA; mso-bidi-language: AR-SA">二回目:</span><span style="FONT-FAMILY: 'MS Pゴシック'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: JA; mso-bidi-language: AR-SA" lang="EN-US">Xba I)<br>
+
PCR産物の精製(フェノールクロロホルム処理・エタノール沈殿)<br>
-
<span style="FONT-FAMILY: 'MS 明朝','serif'; FONT-SIZE: 12pt; mso-bidi-font-family: 'MS Pゴシック'; mso-font-kerning: 0pt; mso-ascii-font-family: Century; mso-ascii-theme-font: minor-latin; mso-fareast-theme-font: minor-fareast; mso-hansi-font-family: Century; mso-hansi-theme-font: minor-latin; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: JA; mso-bidi-language: AR-SA">【実験操作】<br>
+
</strong>↓PCR産物を400 μlまでddH<sub>2</sub>Oで薄めた<br>
-
<strong>PCR産物の精製(フェノールクロロホルム処理・エタノール沈殿)<br>
+
↓phenol-choloroform(φOH/CIAA)を400 μl加えてvoltexした<br>
-
</strong>↓PCR産物を400  
+
↓10000rpm、4°Cで2~3min遠心した<br>
-
&micro;lまでddH<sub>2</sub>Oで薄める<br>
+
↓水層のみを新しいチューブに移した<br>
-
↓phenol-choloroform(φOH/CIAA)を400  
+
↓choloroform(CIAA)を等量加えてvoltexした<br>
-
&micro;l加えてvoltexする<br>
+
↓10000rpm、4°Cで2~3min遠心した<br>
-
↓10000rpm、4°Cで2~3min遠心する<br>
+
↓水層のみを新しいチューブに移した<br>
-
↓水層のみを新しいチューブに移す<br>
+
↓3M CH<sub>3</sub>COONa(pH 5.27)を1/10量、100% ethanolを3倍量加えて、2~3min静置した<br>
-
↓choloroform(CIAA)を等量加えてvoltexする<br>
+
↓15000rpm、4°Cで10min遠心した<br>
-
↓10000rpm、4°Cで2~3min遠心する<br>
+
↓上澄みを捨て、70% ethanol(EtOH)を200 μl加えた<br>
-
↓水層のみを新しいチューブに移す<br>
+
↓15000rpm、4°Cで5min遠心した<br>
-
↓3M  
+
↓上澄みを捨て、乾燥させた<br>
-
CH<sub>3</sub>COONa(pH 5.27)を1/10量、100%  
+
↓ddH<sub>2</sub>Oを44 μl加えてvoltexした<br>
-
ethanolを3倍量加えて、2~3min静置する<br>
+
<br>
-
↓15000rpm、4°Cで10min遠心する<br>
+
 
-
↓上澄みを捨て、70%  
+
-
ethanol(EtOH)を200  
+
-
&micro;l加える<br>
+
-
↓15000rpm、4°Cで5min遠心する<br>
+
-
↓上澄みを捨て、乾燥させる<br>
+
-
↓ddH<sub>2</sub>Oを44  
+
-
&micro;l加えてvoltexする<br>
+
-
※保存する場合 ↓-20°Cで保存する <br>
+
-
<br>
+
-
<strong>制限酵素処理(Xba
+
-
I)</strong></span></span></p>
+
<br>
<br>
 +
<BR>
-
下記の組成に従って反応液を調整する<br>
+
制限酵素処理(Xba I)<br>
 +
 
 +
下記の組成に従って反応液を調整した<br>
<table border="0"><tr><td>
<table border="0"><tr><td>
Line 373: Line 331:
</table></td></tr></table>
</table></td></tr></table>
-
37°Cで20時間静置する
+
37°Cで20時間静置した
<br>
<br>
 +
<BR>
 +
9/7(水)<BR>
 +
横井川<BR>
 +
ゲル抽出<br>
 +
【目的】<BR>
 +
制限酵素処理したDIAP2のPCR産物のゲル抽出<BR>
 +
<BR>
 +
【実験操作】<br>
 +
ゲルからのDNA抽出<br>
 +
<BR>
 +
<a herf="http://www.qiagen.com/products/dnacleanup/gelpcrsicleanupsystems/qiaquickgelextractionkit.aspx">QIAquick Gel Extraction Kit</a>を使用する<br>
 +
↓1 x TAEに溶かしたアガロースゲルをつった<br>
 +
↓DNAとLording Dyeをまぜたものとマーカーをゲルにのせた<br>
 +
<tr><td><table border="1" width="230">
 +
<tr><td width="130" align="center">1 kbp マーカー</td><td width="100"  align="right">3 μl</td></tr>
 +
<tr><td align="center">DIAP2</td><td align="right">50 μl</td></tr>
 +
<tr><td align="center">Lording Dyi</td><td align="right">10 μl</td></tr>
 +
</table>
 +
 +
 +
 +
↓50 Vで60分間電気泳動した<br>
 +
↓EtBrでゲルを10分間染色した<br>
 +
↓UVを照射してDNAのバンドを可視化した<br>
 +
<BR>
 +
<BR>
 +
【結果】<BR>
 +
バンドが確認できなかったためゲル抽出を行う事が出来なかった。<BR>
 +
 +
<BR>
 +
<BR>
 +
<BR>
 +
 +
9/17(土)<BR>
 +
制限酵素処理<br>
 +
【目的】<br>
 +
DIAP2のPCR産物の制限酵素処理(二回目:Xba I)<br>
 +
<BR>
 +
【実験操作】<br>
 +
制限酵素処理(Xba I)<br>
 +
 +
下記の組成に従って反応液を調整した<br>
 +
 +
<table border="0"><tr><td>
 +
<table border="0">
 +
<tr><td>DIAP2</td></tr>
 +
</table>
 +
<table border="1" width="200">
 +
<tr><td width?150px? align="center">PCR産物 in ddH<sub>2</sub>O</td><td width?50px? align="right">44 μl</td></tr>
 +
<tr><td align="center">10 x M Buffer</td><td align="right">5 μl</td></tr>
 +
<tr><td align="center"><i>Xba</i>Ⅰ</td><td align="right">1 μl</td></tr>
 +
<tr><td>&nbsp;</td><td align="right">total 50 μl</td></tr>
 +
</table></td></tr></table>37°Cで20時間静置した
 +
<br>
 +
<BR>
 +
 +
9/18(日)<BR>
 +
横井川<BR>
 +
LB培地<BR>
 +
 +
<tr><td><table border="1" width="200">
 +
<tr><td width="150" align="center">bacto tryptone</td><td width="50" align="right">10 g</td></tr>
 +
<tr><td align="center">bacto yeast evtract</td><td align="right">5 g</td></tr>
 +
<tr><td align="center">NaCl</td><td align="right">10 g</td></tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
↓LB培地用の試薬を計り、ビーカーに入れた<br>
 +
↓950 mlの蒸留水を入れ、スターラーで混ぜて溶かした<br>
 +
↓三角フラスコに分注し、アルミ箔で二重にフタをした<br>
 +
↓121°Cで20分オートクレーブ滅菌した<br>
 +
 +
 +
<br><br><br>
 +
 +
 +
ゲル抽出<br>
 +
【目的】<BR>
 +
制限酵素処理したDIAP2のPCR産物の精製<BR>
 +
<BR>
 +
【実験操作】<br>
 +
ゲルからのDNA抽出<br>
 +
<BR>
 +
<a herf="http://www.qiagen.com/products/dnacleanup/gelpcrsicleanupsystems/qiaquickgelextractionkit.aspx">QIAquick Gel Extraction Kit</a>を使用した<br>
 +
↓1 x TAEに溶かしたアガロースゲルをつくった<br>
 +
↓DNAとLording Dyeをまぜたものとマーカーをゲルにのせた<br>
 +
 +
<tr><td><table border="1" width="230">
 +
<tr><td width="130" align="center">1 kbp マーカー</td><td width="100"  align="right">3 μl</td></tr>
 +
<tr><td align="center">DIAP2</td><td align="right">50 μl</td></tr>
 +
<tr><td align="center">Lording Dyi</td><td align="right">10 μl</td></tr>
 +
</table>
 +
↓50 Vで60分間電気泳動した<br>
 +
↓EtBrでゲルを10分間染色した<br>
 +
↓UVを照射してDNAのバンドを可視化した<br></p>
 +
<BR>
 +
<BR>
 +
【結果】<BR>
 +
バンドが確認できなかったためゲル抽出を行う事が出来なかった。<BR>
 +
<BR>
 +
<BR>
 +
<BR>
 +
9/20(火)<br>
 +
【目的】<BR>
 +
DIAP2のPCR産物の確認<br>
 +
<BR>
 +
【実験操作】<BR>
 +
ゲル電気泳動<BR>
 +
<BR>
 +
ゲル1枚当たりの組成
 +
<tr><td><table border="1" width="200">
 +
<tr><td width="150" align="center">SeaKem<sup>R</sup>GTG<sup>R</sup>-agar</td><td width="50" align="right">0.2 g</td></tr>
 +
<tr><td align="center">1 x TAE</td><td align="right">20 ml</td></tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
↓上記の組成に従い、試薬を三角フラスコで混ぜてレンジで加熱し、専用容器に入れて固めた<br>
 +
↓制限酵素処理した反応液50 μlに対して6 x loading dye を10 μl加えた<br>
 +
↓サンプルとDNA maker をコーム穴に入れた<br>
 +
↓サンプルをセット後、50 V 60minで電気泳動した<br>
 +
↓電気泳動後、EtBrで10minゲルを染色した<br>
 +
↓染色後、MilliQでゲルを数回洗ってプレートにのせた<br>
 +
↓UVを照射してDNAのバンドを可視化した<br>
 +
<br>
 +
<BR>
 +
ゲル抽出<br>
 +
【目的】<br>
 +
MLFバンドを切り出し、そのゲル片からDNAを抽出・精製<br>
 +
<BR>
 +
【実験方法】<br>
 +
ゲルからのDNA抽出<br>
 +
<a herf="http://www.qiagen.com/products/dnacleanup/gelpcrsicleanupsystems/qiaquickgelextractionkit.aspx">QIAquick Gel Extraction Kit</a>を使用する<br>
 +
↓1 x TAEに溶かしたアガロースゲルをつくった<br>
 +
↓DNAとLording Dyeをまぜたものとマーカーをゲルにのせた<br>
 +
<tr><td><table border="1" width="230">
 +
<tr><td width="130" align="center">100bp マーカー</td><td width="100"  align="right">3 μl</td></tr>
 +
<tr><td align="center">
 +
MLF</td><td align="right">50 μl</td></tr>
 +
<tr><td align="center">Lording Dyi</td><td align="right">7 μl</td></tr>
 +
</table>
 +
 +
↓50 Vで60分間電気泳動した<br>
 +
↓EtBrでゲルを40分間染色した<br>
 +
↓UVを照射してDNAのバンドを可視化した<br>
 +
↓清潔で鋭利な手術用メスでゲルからDNA断片を切りだした<br>
 +
↓1.5 mlチューブ中のゲルスライスの重さを量った<br>
 +
↓ゲル100 mgに対して、3倍量(300 μl)のBuffer QGを加えた<br>
 +
↓42-50°Cで10分間放置し、ゲルを完全に溶かした<br>
 +
↓ゲルが完全に溶けたら、溶液が黄色であることを確認すした<br>
 +
↓ゲル100 mgに対して、当量(100 μl)の2-プロパノールを加え、混ぜた<br>
 +
↓カラムにサンプルをのせた<br>
 +
↓10,000 rpmで1分間遠心し、抽出物を捨てた<br>
 +
↓500 μlのBuffer QGをカラムに加え、残りのゲルを溶かした<br>
 +
↓10,000 rpmで1分間遠心し、ろ液を捨てた<br>
 +
↓750 μlのwash Buffer PEをカラムに加えた<br>
 +
↓10,000 rpmで1分間遠心し、ろ液を捨てた<br>
 +
↓カラムを新しい1.5 mlチューブに移しかえた<br>
 +
↓10,000 rpmで1分間遠心した<br>
 +
↓カラムを新しい1.5 mlチューブに移しかえた<br>
 +
↓37 μlのMilliQを加えた<br>
 +
↓10,000 rpmで1分間遠心した<br>
 +
↓そのうち5 μlを20倍希釈し、濃度測定をした<br>
 +
<BR>
 +
【結果】<br>
 +
濃度は70 ng/μlだった。<br>
 +
<br>
 +
<br>
 +
トランスフォーメーション<br>
 +
【目的】<br>
 +
MLFのライゲーション産物の増殖<br>
 +
【実験方法】<br>
 +
トランスフォーメーション<br>
 +
↓氷上でコンピテント細胞(DH5 Alpha:大腸菌株)を解凍した<br>
 +
↓前もって冷やしておいた1.5 mlチューブに30 μlのコンピテント細胞を分注した<br>
 +
↓余ったコンピテント細胞は-80°Cの冷凍庫に戻した<br>↓DNAをチューブに3 μl加えて、氷上で30分間冷やした<br>
 +
↓42°Cで45秒間熱ショックを与えた<br>
 +
↓90 μlのSOC培地を加えた<br>
 +
↓37°Cで1時間、振りながら回復培養した<br>
 +
↓LBプレート(+chloramphenicol)にまいた。<br>
 +
↓37゜Cで一晩インキュベートした。<br>
 +
<br>
 +
【結果】<br>
 +
<br>
 +
<br>
 +
<br>
 +
9/21(水)<br>
 +
LBプレート作成<BR>
 +
</p><table border="1" width="170">
 +
<tr><td width="100" align="center">LB培地</td><td width="70" align="right">&nbsp;</td></tr>
 +
<tr><td align="center">bacto-agar</td><td align="right">15 g/l</td></tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
↓LB培地を作製した<br>
 +
↓1 Lあたり15 gのbacto-agarを入れて、オートクレーブ滅菌した<br>
 +
↓オートクレーブから取り出し、冷めないうちにスターラーで均一になるまで撹拌した<br>
 +
↓65°C程度に冷めたら、必要であれば抗生物質を加えた<br>
 +
↓10 cmのディスポプラスチックシャーレ1枚につき、20~25 ml分注した<br>
 +
↓水平な所に置いて固まらせた<br>
 +
 +
<br>
 +
 +
ライゲーション<br>
 +
【目的】<br>
 +
pSB1C3 vectorとMLFのライゲーション
 +
 +
 +
<br>【実験方法】<br>
 +
<br>
 +
トランスフォーメーション<br>
 +
【目的】<br>
 +
MLFのライゲーション産物の増殖<br>
 +
【実験方法】<br>
 +
トランスフォーメーション<br>
 +
↓氷上でコンピテント細胞(DH5 Alpha:大腸菌株)を解凍した<br>
 +
↓前もって冷やしておいた1.5 mlチューブに30 μlのコンピテント細胞を分注した<br>
 +
↓余ったコンピテント細胞は-80°Cの冷凍庫に戻した<br>
 +
↓DNAをチューブに3 μl加えて、氷上で30分間冷やした<br>
 +
↓42°Cで45秒間熱ショックを与えた<br>
 +
↓60 μlのSOC培地を加えた<br>
 +
↓37°Cで1時間、振りながら回復培養した<br>
 +
↓LBプレート(+chloramphenicol)にまいた<br>
 +
↓37゜Cで一晩インキュベートした<br>
 +
 +
<br>
 +
【結果】<br>
 +
<br>
 +
 +
9/22(木)<br>
 +
ライゲーション<br>
 +
【目的】<br>
 +
pSB1C3 vectorとMLF、pSB1C3 vectorとGFPのライゲーション<br>
 +
<br>
 +
【実験方法】<br>
 +
<br>
 +
トランスフォーメーション<br>
 +
【目的】<br>
 +
MLFおよびGFPのライゲーション産物の増殖<br>
 +
【実験方法】<br>
 +
トランスフォーメーション<br>
 +
↓氷上でコンピテント細胞(DH5 Alpha:大腸菌株)を解凍した<br>
 +
↓前もって冷やしておいた1.5 mlチューブに30 μlのコンピテント細胞を分注した<br>
 +
↓余ったコンピテント細胞は-80°Cの冷凍庫に戻した<br>
 +
↓DNAをチューブに3 μl加えて、氷上で30分間冷やした<br>
 +
↓42°Cで45秒間熱ショックを与えた<br>
 +
↓60 μlのSOC培地を加えた<br>
 +
↓37°Cで1時間、振りながら回復培養した<br>
 +
↓LBプレート(+chloramphenicol)にまいた<br>
 +
↓37゜Cで一晩インキュベートした<br>
 +
<br>
 +
<br>
 +
 +
9/23<br>
 +
ライゲーション<br>
 +
【目的】<br>
 +
MLFおよびGFPのライゲーション<br>
 +
【実験方法】<br>
 +
<br>
 +
<br>
 +
9/24<br>
 +
プレカルチャー<br>
 +
【目的】
 +
pSB1C3の増殖<br>
 +
【実験方法】<br>
 +
<br>
 +
<br>
 +
9/25<br>
 +
濃度チェック<br>
 +
【目的】
 +
電気泳動によるGFPの濃度測定<br>
 +
【実験方法】<br>
 +
<br>
 +
ライゲーション<br>
 +
【目的】
 +
pSB1C3 vectorとGFPのライゲーション<br>
 +
【実験方法】<br>
 +
<br>
 +
トランスフォーメーション<br>
 +
【目的】<br>
 +
pSB1C3 vectorとGFPのライゲーション産物のトランスフォーメーション<br>
 +
【実験方法】<br>
 +
トランスフォーメーション<br>
 +
↓氷上でコンピテント細胞(DH5 Alpha:大腸菌株)を解凍した<br>
 +
↓前もって冷やしておいた1.5 mlチューブに30 μlのコンピテント細胞を分注した<br>
 +
↓余ったコンピテント細胞は-80°Cの冷凍庫に戻した<br>
 +
↓DNAをチューブに3 μl加えて、氷上で30分間冷やした<br>
 +
↓42°Cで45秒間熱ショックを与えた<br>
 +
↓60 μlのSOC培地を加えた<br>
 +
↓37°Cで1時間、振りながら回復培養した<br>
 +
↓LBプレート(+chloramphenicol)にまいた。<br>
 +
↓37゜Cで一晩インキュベートした。<br>
 +
<br>
 +
9/26<br>
 +
ゲル抽出<br>
 +
【目的】
 +
MLF,pSB1C3 vectorの精製<br>
 +
【実験方法】
 +
ゲルからのDNA抽出<br>
 +
 +
<a herf="http://www.qiagen.com/products/dnacleanup/gelpcrsicleanupsystems/qiaquickgelextractionkit.aspx">QIAquick Gel Extraction Kit</a>を使用する<br>
 +
↓1 x TAEに溶かしたアガロースゲルをつくった<br>
 +
↓DNAとLording Dyeをまぜたものとマーカーをゲルにのせた<br>
 +
 +
<tr><td><table border="1" width="230">
 +
<tr><td width="130" align="center">1 kbp or 100bp マーカー</td><td width="100"  align="right">3 μl</td></tr>
 +
<tr><td align="center">
 +
MLF or pSB1C3</td><td align="right">50 μl</td></tr>
 +
<tr><td align="center">Lording Dyi</td><td align="right">7 μl</td></tr>
 +
</table>
 +
 +
 +
 +
↓50 Vで60分間電気泳動した<br>
 +
↓EtBrでゲルを40分間染色した<br>
 +
↓UVを照射してDNAのバンドを可視化した<br>
 +
↓清潔で鋭利な手術用メスでゲルからDNA断片を切りだした<br>
 +
↓1.5 mlチューブ中のゲルスライスの重さを量った<br>
 +
↓ゲル100 mgに対して、3倍量(300 μl)のBuffer QGを加えた<br>
 +
↓42-50°Cで10分間放置し、ゲルを完全に溶かした<br>
 +
↓ゲルが完全に溶けたら、溶液が黄色であることを確認すした<br>
 +
↓ゲル100 mgに対して、当量(100 μl)の2-プロパノールを加え、混ぜた<br>
 +
↓カラムにサンプルをのせた<br>
 +
↓10,000 rpmで1分間遠心し、抽出物を捨てた<br>
 +
↓500 μlのBuffer QGをカラムに加え、残りのゲルを溶かした<br>
 +
↓10,000 rpmで1分間遠心し、ろ液を捨てた<br>
 +
↓750 μlのwash Buffer PEをカラムに加えた<br>
 +
↓10,000 rpmで1分間遠心し、ろ液を捨てた<br>
 +
↓カラムを新しい1.5 mlチューブに移しかえた<br>
 +
↓10,000 rpmで1分間遠心した<br>
 +
↓カラムを新しい1.5 mlチューブに移しかえた<br>
 +
↓37 μlのMilliQを加えた<br>
 +
↓10,000 rpmで1分間遠心した<br>
 +
<br>
 +
9/27<br>
 +
ゲル抽出<BR>
 +
【目的】<BR>
 +
制限酵素処理後のpSB1C3の精製<BR>
 +
【実験方法】<BR>
 +
ゲルからのDNA抽出<br>
 +
 +
<a herf="http://www.qiagen.com/products/dnacleanup/gelpcrsicleanupsystems/qiaquickgelextractionkit.aspx">QIAquick Gel Extraction Kit</a>を使用する<br>
 +
↓1 x TAEに溶かしたアガロースゲルをつくった<br>
 +
↓DNAとLording Dyeをまぜたものとマーカーをゲルにのせた<br>
 +
 +
<tr><td><table border="1" width="230">
 +
<tr><td width="130" align="center">1 kbp マーカー</td><td width="100"  align="right">3 μl</td></tr>
 +
<tr><td align="center">
 +
pSB1C3</td><td align="right">50 μl</td></tr>
 +
<tr><td align="center">Lording Dyi</td><td align="right">7 μl</td></tr>
 +
</table>
 +
 +
 +
 +
↓50 Vで60分間電気泳動した<br>
 +
↓EtBrでゲルを40分間染色した<br>
 +
↓UVを照射してDNAのバンドを可視化した<br>
 +
↓清潔で鋭利な手術用メスでゲルからDNA断片を切りだした<br>
 +
↓1.5 mlチューブ中のゲルスライスの重さを量った<br>
 +
↓ゲル100 mgに対して、3倍量(300 μl)のBuffer QGを加えた<br>
 +
↓42-50°Cで10分間放置し、ゲルを完全に溶かした<br>
 +
↓ゲルが完全に溶けたら、溶液が黄色であることを確認すした<br>
 +
↓ゲル100 mgに対して、当量(100 μl)の2-プロパノールを加え、混ぜた<br>
 +
↓カラムにサンプルをのせた<br>
 +
↓10,000 rpmで1分間遠心し、抽出物を捨てた<br>
 +
↓500 μlのBuffer QGをカラムに加え、残りのゲルを溶かした<br>
 +
↓10,000 rpmで1分間遠心し、ろ液を捨てた<br>
 +
↓750 μlのwash Buffer PEをカラムに加えた<br>
 +
↓10,000 rpmで1分間遠心し、ろ液を捨てた<br>
 +
↓カラムを新しい1.5 mlチューブに移しかえた<br>
 +
↓10,000 rpmで1分間遠心した<br>
 +
↓カラムを新しい1.5 mlチューブに移しかえた<br>
 +
↓37 μlのMilliQを加えた<br>
 +
↓10,000 rpmで1分間遠心した<br>
 +
↓そのうち5 μlを20倍希釈し、濃度測定をした<BR>
 +
【結果】<BR>
 +
サンプル①の濃度は30 ng/μl  サンプル②の濃度は22 ng/μl  サンプル③の濃度は26 ng/μl<BR>
 +
サンプル④の濃度は24 ng/μl  サンプル⑤の濃度は22 ng/μl  サンプル⑥の濃度は29 ng/μl<BR>
 +
<BR>
 +
ライゲーション<BR>
 +
【目的】<BR>
 +
pSB1C3 vectorとMLF、pSB1C3 vectorとGFPのライゲーション<BR>
 +
【実験方法】<BR>
 +
↓vector:insert=1:10となるように調製し10 μlにメスアップした<BR>
 +
 +
<br>
 +
<br>
 +
トランスフォーメーション<BR>
 +
【目的】<BR>
 +
MLFおよびGFPのライゲーション産物の増殖<BR>
 +
【実験方法】<BR>
 +
トランスフォーメーション<br>
 +
↓氷上でコンピテント細胞(DH5 Alpha:大腸菌株)を解凍した<br>
 +
↓前もって冷やしておいた1.5 mlチューブに50 μlのコンピテント細胞を分注した<br>
 +
↓余ったコンピテント細胞は-80°Cの冷凍庫に戻した<br>
 +
↓DNAをチューブに5 μl加えて、氷上で30分間冷やした<br>
 +
↓42°Cで45秒間熱ショックを与えた<br>
 +
↓300 μlのSOC培地を加えた<br>
 +
↓37°Cで1時間、振りながら回復培養した<br>
 +
↓LBプレート(+chloramphenicol)にまいた。<br>
 +
↓37゜Cで一晩インキュベートした。<br>
 +
【結果】<BR>
 +
コロニーが見られなかった<BR>
 +
<BR>
 +
 +
9/28<BR>
 +
制限酵素処理<BR>
 +
【目的】<BR>
 +
pSB1C3の調整<BR>
 +
【実験方法】<BR>
 +
下表に従って、制限酵素処理を行った。<BR>
 +
<BR>
 +
<tr><td><table border=1 width="220px">
 +
<tr><td width="130px" align=center>MilliQ</td><td width="90px"  align=right>6 µl</td></tr>
 +
<tr><td align=center>pSB1C3</td><td align=right>20 µl</td></tr>
 +
<tr><td align=center><em>Pst</em>Ⅰ</td><td align=right>0.5 µl</td></tr>
 +
<tr><td align=center><em>Xba</em>Ⅰ</td><td align=right>0.5 µl</td></tr>
 +
<tr><td align=center>10 x M Buffer</td><td align=right>3 µl</td></tr>
 +
<tr><td align=center>&nbsp;</td><td align=right>total 30 µl</td></tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
<BR>
 +
ライゲーション<BR>
 +
【目的】<BR>
 +
pSB1C3 vectorとMLF、pSB1C3 vectorとGFPのライゲーション<BR>
 +
【実験方法】<BR>
 +
vector:insert=1:10となるように下記の組成に従って反応液を調整した<BR>
 +
 +
<table border=1 width="200px">
 +
<tr><td width="130px" align=center>insert</td><td width="70px" align=right>0.5 µl</td></tr>
 +
<tr><td align=center>vector</td><td align=right>0.5 µl</td></tr>
 +
<tr><td align=center>10 x Buffer</td><td align=right>2.5 µl</td></tr>
 +
<tr><td align=center>F4 ligase</td><td align=right>0.5 µl</td></tr>
 +
<tr><td align=center>ddH<sub>2</sub>O</td><td align=right>1.0 µl</td></tr>
 +
<tr><td>&nbsp;</td><td align=right>total 5 µl</td></tr>
 +
</table>
 +
 +
<BR>
 +
16°C、30minでincubateした<BR>
 +
<br>
 +
トランスフォーメーション<br>
 +
【目的】<br>
 +
pSB1C3 vectorとGFPのライゲーション産物のトランスフォーメーション<br>
 +
【実験方法】<br>
 +
トランスフォーメーション<br>
 +
↓氷上でコンピテント細胞(DH5 Alpha:大腸菌株)を解凍した<br>
 +
↓前もって冷やしておいた1.5 mlチューブに50 μlのコンピテント細胞を分注した<br>
 +
↓余ったコンピテント細胞は-80°Cの冷凍庫に戻した<br>
 +
↓DNAをチューブに3 μl加えて、氷上で30分間冷やした<br>
 +
↓42°Cで45秒間熱ショックを与えた<br>
 +
↓300 μlのSOC培地を加えた<br>
 +
↓37°Cで1時間、振りながら回復培養した<br>
 +
↓LBプレート(+chloramphenicol)にまいた。<br>
 +
↓37゜Cで一晩インキュベートした。<br>
 +
【結果】<BR>
 +
GFPのコロニーが見られた
 +
 +
 +
 +
<BR>
 +
 +
</p>
</body>
</body>
 +
</html>
</html>

Latest revision as of 12:42, 2 October 2011

8/29(月)

武田、横井川

制限酵素処理
【目的】
PCR産物とpUAST-flag vectorの制限酵素処理(一回目:Xho I)

【実験操作】
PCR産物の精製(フェノールクロロホルム処理・エタノール沈殿)
↓PCR産物を400 µlまでddH2Oで薄めた
↓phenol-choloroform(φOH/CIAA)を400 µl加えてvoltexした
↓10000rpm、4°Cで2~3min遠心した
↓水層のみを新しいチューブに移した
↓choloroform(CIAA)を等量加えてvoltexした
↓10000rpm、4°Cで2~3min遠心した
↓水層のみを新しいチューブに移した
↓3M CH3COONa(pH 5.27)を1/10量、100% ethanolを3倍量加えて、2~3min静置した
↓15000rpm、4°Cで10min遠心した
↓上澄みを捨て、70% ethanol(EtOH)を200 µl加えた
↓15000rpm、4°Cで5min遠心した
↓上澄みを捨て、乾燥させた
↓ddH2Oを44 µl加えてvoltexした
※保存する場合 ↓-20°Cで保存した

制限酵素処理(Xho I)
下記の組成に従って反応液を調整した

cDNA
PCR産物 in ddH2O44 µl
10 x H Buffer5 µl
Xho1 µl
 total 50 µl
vector
PUAST-flag vector(500 ng/µl)10 µl
ddH2O34 µl
10 x H Buffer5 µl
Xho1 µl
 total 50 µl
37°Cで20時間静置した
8/30(火)
武田、横井川

制限酵素処理
【目的】
PCR産物とpUAST-flag vectorの制限酵素処理(二回目:Xho I)
【実験操作】
PCR産物の精製(フェノールクロロホルム処理・エタノール沈殿)
↓PCR産物を400 µlまでddH2Oで薄めた
↓phenol-choloroform(φOH/CIAA)を400 µl加えてvoltexした
↓10000rpm、4°Cで2~3min遠心した
↓水層のみを新しいチューブに移した
↓choloroform(CIAA)を等量加えてvoltexした
↓10000rpm、4°Cで2~3min遠心した
↓水層のみを新しいチューブに移した
↓3M CH3COONa(pH 5.27)を1/10量、100% ethanolを3倍量加えて、2~3min静置した
↓15000rpm、4°Cで10min遠心した
↓上澄みを捨て、70% ethanol(EtOH)を200 μl加えた
↓15000rpm、4°Cで5min遠心した
↓上澄みを捨て、乾燥させた
↓ddH2Oを44 µl加えてvoltexした

制限酵素処理(Xba I)


下記の組成に従って反応液を調整した
DIAP2
PCR産物 in ddH2O44 µl
10 x M Buffer5 µl
Xba1 µl
 total 50 µl
vector
PUAST-flag vector(500 ng/µl)10 μl
ddH2O34 µl
10 x H Buffer5 µl
Xho1 µl
 total 50 µl
37°Cで20時間静置した
8/31(水)
武田、横井川
ゲル抽出
【目的】
制限酵素処理したPCR産物・vectorの精製

【実験操作】
ゲルからのDNA抽出
QIAquick Gel Extraction Kitを使用する
↓1 x TAEに溶かしたアガロースゲルをつくった
↓DNAとLording Dyeをまぜたものとマーカーをゲルにのせた
1 kbpマーカー5 µl
DIAP2 or PUAST-flag vector50 µl
Lording Dyi10 µl
↓50 Vで60分間電気泳動した
↓EtBrでゲルを10分間染色した
↓UVを照射してDNAのバンドを可視化した
↓清潔で鋭利な手術用メスでゲルからDNA断片を切りだした
↓1.5 mlチューブ中のゲルスライスの重さを量った
↓ゲル100 mgに対して、3倍量(300 µl)のBuffer QGを加えた
↓42-50°Cで10分間放置し、ゲルを完全に溶かした
↓ゲルが完全に溶けたら、溶液が黄色であることを確認した
↓ゲル100 mgに対して、当量(100 µl)の2-プロパノールを加え、混ぜた
↓カラムにサンプルをのせた
↓10,000 rpmで1分間遠心し、抽出物を捨てた
↓500 µlのBuffer QGをカラムに加え、残りのゲルを溶かした
↓10,000 rpmで1分間遠心し、ろ液を捨てた
↓750 µlのwash Buffer PEをカラムに加えた
↓10,000 rpmで1分間遠心し、ろ液を捨てた
↓カラムを新しい1.5 mlチューブに移しかえた
↓10,000 rpmで1分間遠心した
↓カラムを新しい1.5 mlチューブに移しかえた
↓37 µlのMilliQを加えた
↓10,000 rpmで1分間遠心した
↓そのうち5 µlを20倍希釈し、濃度測定をした


【結果】
pUAST-flag vectorは精製でき、濃度は45.0375 ng/µlであった。
DIAP2はゲル抽出でバンドが見られなかった。



9/1(木)
武田

PCR
【目的】
DIAP2のポリメラーゼ連鎖反応

【実験操作】
下記の組成に従って試薬をまぜた
右に示したプログラムで反応を行った
PCR条件
10 µM Primer F1.5 µl
10 µM Primer R1.5 µl
Template DNA1 µl
10 x PCR Buffer5 µl
dNTPs5 µl
MgSO42 µl or 4 µl
ddH2O33 µl or 31 µl
KOD+ polymelase1 µl
 total 50 µl
Cycle条件
Pre-Denature94°C2min 
Denature94°C15sec35 Cyle
Anneling50.5°C30sec
Extension68°C100sec
End4°Ckeep 


【目的】
PCR産物の確認

【実験操作】
ゲル電気泳動


ゲル1枚当たりの組成
SeaKemRGTGR-agar0.2 g
1 x TAE20 ml

↓上記の組成に従い、試薬を三角フラスコで混ぜてレンジで加熱し、専用容器に入れて固めた
↓制限酵素処理した反応液50 μlに対して6 x loading dye を10 μl加えた
↓サンプルとDNA maker をコーム穴に入れた
↓サンプルをセット後、50 V 60minで電気泳動した
↓電気泳動後、EtBrで10minゲルを染色した
↓染色後、MilliQでゲルを数回洗ってプレートにのせた
↓UVを照射してDNAのバンドを可視化した
【結果】
正しい位置にバンドが確認できた


9/5(月)
横井川
制限酵素処理
【目的】
DIAP2のPCR産物の制限酵素処理(一回目:Xho I)

【実験操作】
PCR産物の精製(フェノールクロロホルム処理・エタノール沈殿)
↓PCR産物を400 µlまでddH2Oで薄めた
↓phenol-choloroform(φOH/CIAA)を400 µl加えてvoltexした
↓10000rpm、4°Cで2~3min遠心した
↓水層のみを新しいチューブに移した
↓choloroform(CIAA)を等量加えてvoltexした
↓10000rpm、4°Cで2~3min遠心した
↓水層のみを新しいチューブに移した
↓3M CH3COONa(pH 5.27)を1/10量、100% ethanolを3倍量加えて、2~3min静置した
↓15000rpm、4°Cで10min遠心した
↓上澄みを捨て、70% ethanol(EtOH)を200 µl加えた
↓15000rpm、4°Cで5min遠心した
↓上澄みを捨て、乾燥させた
↓ddH2Oを44 µl加えてvoltexした


制限酵素処理(Xho I)
下記の組成に従って反応液を調整した
cDNA
PCR産物 in ddH2O44 μl
10 x H Buffer5 μl
Xho1 μl
 total 50 μl
vector
PUAST-flag vector(500 ng/μl)10 μl
ddH2O34 μl
10 x H Buffer5 μl
Xho1 μl
 total 50 μl
37°Cで20時間静置した

9/6(火)
横井川

制限酵素処理
【目的】
DIAP2のPCR産物の制限酵素処理(二回目:Xba I)

【実験操作】
PCR産物の精製(フェノールクロロホルム処理・エタノール沈殿)
↓PCR産物を400 μlまでddH2Oで薄めた
↓phenol-choloroform(φOH/CIAA)を400 μl加えてvoltexした
↓10000rpm、4°Cで2~3min遠心した
↓水層のみを新しいチューブに移した
↓choloroform(CIAA)を等量加えてvoltexした
↓10000rpm、4°Cで2~3min遠心した
↓水層のみを新しいチューブに移した
↓3M CH3COONa(pH 5.27)を1/10量、100% ethanolを3倍量加えて、2~3min静置した
↓15000rpm、4°Cで10min遠心した
↓上澄みを捨て、70% ethanol(EtOH)を200 μl加えた
↓15000rpm、4°Cで5min遠心した
↓上澄みを捨て、乾燥させた
↓ddH2Oを44 μl加えてvoltexした



制限酵素処理(Xba I)
下記の組成に従って反応液を調整した
DIAP2
PCR産物 in ddH2O44 μl
10 x M Buffer5 μl
Xba1 μl
 total 50 μl
37°Cで20時間静置した

9/7(水)
横井川
ゲル抽出
【目的】
制限酵素処理したDIAP2のPCR産物のゲル抽出

【実験操作】
ゲルからのDNA抽出

QIAquick Gel Extraction Kitを使用する
↓1 x TAEに溶かしたアガロースゲルをつった
↓DNAとLording Dyeをまぜたものとマーカーをゲルにのせた
1 kbp マーカー3 μl
DIAP250 μl
Lording Dyi10 μl
↓50 Vで60分間電気泳動した
↓EtBrでゲルを10分間染色した
↓UVを照射してDNAのバンドを可視化した


【結果】
バンドが確認できなかったためゲル抽出を行う事が出来なかった。



9/17(土)
制限酵素処理
【目的】
DIAP2のPCR産物の制限酵素処理(二回目:Xba I)

【実験操作】
制限酵素処理(Xba I)
下記の組成に従って反応液を調整した
DIAP2
PCR産物 in ddH2O44 μl
10 x M Buffer5 μl
Xba1 μl
 total 50 μl
37°Cで20時間静置した

9/18(日)
横井川
LB培地
bacto tryptone10 g
bacto yeast evtract5 g
NaCl10 g

↓LB培地用の試薬を計り、ビーカーに入れた
↓950 mlの蒸留水を入れ、スターラーで混ぜて溶かした
↓三角フラスコに分注し、アルミ箔で二重にフタをした
↓121°Cで20分オートクレーブ滅菌した



ゲル抽出
【目的】
制限酵素処理したDIAP2のPCR産物の精製

【実験操作】
ゲルからのDNA抽出

QIAquick Gel Extraction Kitを使用した
↓1 x TAEに溶かしたアガロースゲルをつくった
↓DNAとLording Dyeをまぜたものとマーカーをゲルにのせた
1 kbp マーカー3 μl
DIAP250 μl
Lording Dyi10 μl
↓50 Vで60分間電気泳動した
↓EtBrでゲルを10分間染色した
↓UVを照射してDNAのバンドを可視化した



【結果】
バンドが確認できなかったためゲル抽出を行う事が出来なかった。



9/20(火)
【目的】
DIAP2のPCR産物の確認

【実験操作】
ゲル電気泳動

ゲル1枚当たりの組成
SeaKemRGTGR-agar0.2 g
1 x TAE20 ml

↓上記の組成に従い、試薬を三角フラスコで混ぜてレンジで加熱し、専用容器に入れて固めた
↓制限酵素処理した反応液50 μlに対して6 x loading dye を10 μl加えた
↓サンプルとDNA maker をコーム穴に入れた
↓サンプルをセット後、50 V 60minで電気泳動した
↓電気泳動後、EtBrで10minゲルを染色した
↓染色後、MilliQでゲルを数回洗ってプレートにのせた
↓UVを照射してDNAのバンドを可視化した


ゲル抽出
【目的】
MLFバンドを切り出し、そのゲル片からDNAを抽出・精製

【実験方法】
ゲルからのDNA抽出
QIAquick Gel Extraction Kitを使用する
↓1 x TAEに溶かしたアガロースゲルをつくった
↓DNAとLording Dyeをまぜたものとマーカーをゲルにのせた
100bp マーカー3 μl
MLF50 μl
Lording Dyi7 μl
↓50 Vで60分間電気泳動した
↓EtBrでゲルを40分間染色した
↓UVを照射してDNAのバンドを可視化した
↓清潔で鋭利な手術用メスでゲルからDNA断片を切りだした
↓1.5 mlチューブ中のゲルスライスの重さを量った
↓ゲル100 mgに対して、3倍量(300 μl)のBuffer QGを加えた
↓42-50°Cで10分間放置し、ゲルを完全に溶かした
↓ゲルが完全に溶けたら、溶液が黄色であることを確認すした
↓ゲル100 mgに対して、当量(100 μl)の2-プロパノールを加え、混ぜた
↓カラムにサンプルをのせた
↓10,000 rpmで1分間遠心し、抽出物を捨てた
↓500 μlのBuffer QGをカラムに加え、残りのゲルを溶かした
↓10,000 rpmで1分間遠心し、ろ液を捨てた
↓750 μlのwash Buffer PEをカラムに加えた
↓10,000 rpmで1分間遠心し、ろ液を捨てた
↓カラムを新しい1.5 mlチューブに移しかえた
↓10,000 rpmで1分間遠心した
↓カラムを新しい1.5 mlチューブに移しかえた
↓37 μlのMilliQを加えた
↓10,000 rpmで1分間遠心した
↓そのうち5 μlを20倍希釈し、濃度測定をした

【結果】
濃度は70 ng/μlだった。


トランスフォーメーション
【目的】
MLFのライゲーション産物の増殖
【実験方法】
トランスフォーメーション
↓氷上でコンピテント細胞(DH5 Alpha:大腸菌株)を解凍した
↓前もって冷やしておいた1.5 mlチューブに30 μlのコンピテント細胞を分注した
↓余ったコンピテント細胞は-80°Cの冷凍庫に戻した
↓DNAをチューブに3 μl加えて、氷上で30分間冷やした
↓42°Cで45秒間熱ショックを与えた
↓90 μlのSOC培地を加えた
↓37°Cで1時間、振りながら回復培養した
↓LBプレート(+chloramphenicol)にまいた。
↓37゜Cで一晩インキュベートした。

【結果】



9/21(水)
LBプレート作成

LB培地 
bacto-agar15 g/l

↓LB培地を作製した
↓1 Lあたり15 gのbacto-agarを入れて、オートクレーブ滅菌した
↓オートクレーブから取り出し、冷めないうちにスターラーで均一になるまで撹拌した
↓65°C程度に冷めたら、必要であれば抗生物質を加えた
↓10 cmのディスポプラスチックシャーレ1枚につき、20~25 ml分注した
↓水平な所に置いて固まらせた

ライゲーション
【目的】
pSB1C3 vectorとMLFのライゲーション
【実験方法】

トランスフォーメーション
【目的】
MLFのライゲーション産物の増殖
【実験方法】
トランスフォーメーション
↓氷上でコンピテント細胞(DH5 Alpha:大腸菌株)を解凍した
↓前もって冷やしておいた1.5 mlチューブに30 μlのコンピテント細胞を分注した
↓余ったコンピテント細胞は-80°Cの冷凍庫に戻した
↓DNAをチューブに3 μl加えて、氷上で30分間冷やした
↓42°Cで45秒間熱ショックを与えた
↓60 μlのSOC培地を加えた
↓37°Cで1時間、振りながら回復培養した
↓LBプレート(+chloramphenicol)にまいた
↓37゜Cで一晩インキュベートした

【結果】

9/22(木)
ライゲーション
【目的】
pSB1C3 vectorとMLF、pSB1C3 vectorとGFPのライゲーション

【実験方法】

トランスフォーメーション
【目的】
MLFおよびGFPのライゲーション産物の増殖
【実験方法】
トランスフォーメーション
↓氷上でコンピテント細胞(DH5 Alpha:大腸菌株)を解凍した
↓前もって冷やしておいた1.5 mlチューブに30 μlのコンピテント細胞を分注した
↓余ったコンピテント細胞は-80°Cの冷凍庫に戻した
↓DNAをチューブに3 μl加えて、氷上で30分間冷やした
↓42°Cで45秒間熱ショックを与えた
↓60 μlのSOC培地を加えた
↓37°Cで1時間、振りながら回復培養した
↓LBプレート(+chloramphenicol)にまいた
↓37゜Cで一晩インキュベートした


9/23
ライゲーション
【目的】
MLFおよびGFPのライゲーション
【実験方法】


9/24
プレカルチャー
【目的】 pSB1C3の増殖
【実験方法】


9/25
濃度チェック
【目的】 電気泳動によるGFPの濃度測定
【実験方法】

ライゲーション
【目的】 pSB1C3 vectorとGFPのライゲーション
【実験方法】

トランスフォーメーション
【目的】
pSB1C3 vectorとGFPのライゲーション産物のトランスフォーメーション
【実験方法】
トランスフォーメーション
↓氷上でコンピテント細胞(DH5 Alpha:大腸菌株)を解凍した
↓前もって冷やしておいた1.5 mlチューブに30 μlのコンピテント細胞を分注した
↓余ったコンピテント細胞は-80°Cの冷凍庫に戻した
↓DNAをチューブに3 μl加えて、氷上で30分間冷やした
↓42°Cで45秒間熱ショックを与えた
↓60 μlのSOC培地を加えた
↓37°Cで1時間、振りながら回復培養した
↓LBプレート(+chloramphenicol)にまいた。
↓37゜Cで一晩インキュベートした。

9/26
ゲル抽出
【目的】 MLF,pSB1C3 vectorの精製
【実験方法】 ゲルからのDNA抽出
QIAquick Gel Extraction Kitを使用する
↓1 x TAEに溶かしたアガロースゲルをつくった
↓DNAとLording Dyeをまぜたものとマーカーをゲルにのせた
1 kbp or 100bp マーカー3 μl
MLF or pSB1C350 μl
Lording Dyi7 μl
↓50 Vで60分間電気泳動した
↓EtBrでゲルを40分間染色した
↓UVを照射してDNAのバンドを可視化した
↓清潔で鋭利な手術用メスでゲルからDNA断片を切りだした
↓1.5 mlチューブ中のゲルスライスの重さを量った
↓ゲル100 mgに対して、3倍量(300 μl)のBuffer QGを加えた
↓42-50°Cで10分間放置し、ゲルを完全に溶かした
↓ゲルが完全に溶けたら、溶液が黄色であることを確認すした
↓ゲル100 mgに対して、当量(100 μl)の2-プロパノールを加え、混ぜた
↓カラムにサンプルをのせた
↓10,000 rpmで1分間遠心し、抽出物を捨てた
↓500 μlのBuffer QGをカラムに加え、残りのゲルを溶かした
↓10,000 rpmで1分間遠心し、ろ液を捨てた
↓750 μlのwash Buffer PEをカラムに加えた
↓10,000 rpmで1分間遠心し、ろ液を捨てた
↓カラムを新しい1.5 mlチューブに移しかえた
↓10,000 rpmで1分間遠心した
↓カラムを新しい1.5 mlチューブに移しかえた
↓37 μlのMilliQを加えた
↓10,000 rpmで1分間遠心した

9/27
ゲル抽出
【目的】
制限酵素処理後のpSB1C3の精製
【実験方法】
ゲルからのDNA抽出
QIAquick Gel Extraction Kitを使用する
↓1 x TAEに溶かしたアガロースゲルをつくった
↓DNAとLording Dyeをまぜたものとマーカーをゲルにのせた
1 kbp マーカー3 μl
pSB1C350 μl
Lording Dyi7 μl
↓50 Vで60分間電気泳動した
↓EtBrでゲルを40分間染色した
↓UVを照射してDNAのバンドを可視化した
↓清潔で鋭利な手術用メスでゲルからDNA断片を切りだした
↓1.5 mlチューブ中のゲルスライスの重さを量った
↓ゲル100 mgに対して、3倍量(300 μl)のBuffer QGを加えた
↓42-50°Cで10分間放置し、ゲルを完全に溶かした
↓ゲルが完全に溶けたら、溶液が黄色であることを確認すした
↓ゲル100 mgに対して、当量(100 μl)の2-プロパノールを加え、混ぜた
↓カラムにサンプルをのせた
↓10,000 rpmで1分間遠心し、抽出物を捨てた
↓500 μlのBuffer QGをカラムに加え、残りのゲルを溶かした
↓10,000 rpmで1分間遠心し、ろ液を捨てた
↓750 μlのwash Buffer PEをカラムに加えた
↓10,000 rpmで1分間遠心し、ろ液を捨てた
↓カラムを新しい1.5 mlチューブに移しかえた
↓10,000 rpmで1分間遠心した
↓カラムを新しい1.5 mlチューブに移しかえた
↓37 μlのMilliQを加えた
↓10,000 rpmで1分間遠心した
↓そのうち5 μlを20倍希釈し、濃度測定をした
【結果】
サンプル①の濃度は30 ng/μl サンプル②の濃度は22 ng/μl サンプル③の濃度は26 ng/μl
サンプル④の濃度は24 ng/μl サンプル⑤の濃度は22 ng/μl サンプル⑥の濃度は29 ng/μl

ライゲーション
【目的】
pSB1C3 vectorとMLF、pSB1C3 vectorとGFPのライゲーション
【実験方法】
↓vector:insert=1:10となるように調製し10 μlにメスアップした


トランスフォーメーション
【目的】
MLFおよびGFPのライゲーション産物の増殖
【実験方法】
トランスフォーメーション
↓氷上でコンピテント細胞(DH5 Alpha:大腸菌株)を解凍した
↓前もって冷やしておいた1.5 mlチューブに50 μlのコンピテント細胞を分注した
↓余ったコンピテント細胞は-80°Cの冷凍庫に戻した
↓DNAをチューブに5 μl加えて、氷上で30分間冷やした
↓42°Cで45秒間熱ショックを与えた
↓300 μlのSOC培地を加えた
↓37°Cで1時間、振りながら回復培養した
↓LBプレート(+chloramphenicol)にまいた。
↓37゜Cで一晩インキュベートした。
【結果】
コロニーが見られなかった

9/28
制限酵素処理
【目的】
pSB1C3の調整
【実験方法】
下表に従って、制限酵素処理を行った。

MilliQ6 µl
pSB1C320 µl
Pst0.5 µl
Xba0.5 µl
10 x M Buffer3 µl
 total 30 µl


ライゲーション
【目的】
pSB1C3 vectorとMLF、pSB1C3 vectorとGFPのライゲーション
【実験方法】
vector:insert=1:10となるように下記の組成に従って反応液を調整した
insert0.5 µl
vector0.5 µl
10 x Buffer2.5 µl
F4 ligase0.5 µl
ddH2O1.0 µl
 total 5 µl

16°C、30minでincubateした

トランスフォーメーション
【目的】
pSB1C3 vectorとGFPのライゲーション産物のトランスフォーメーション
【実験方法】
トランスフォーメーション
↓氷上でコンピテント細胞(DH5 Alpha:大腸菌株)を解凍した
↓前もって冷やしておいた1.5 mlチューブに50 μlのコンピテント細胞を分注した
↓余ったコンピテント細胞は-80°Cの冷凍庫に戻した
↓DNAをチューブに3 μl加えて、氷上で30分間冷やした
↓42°Cで45秒間熱ショックを与えた
↓300 μlのSOC培地を加えた
↓37°Cで1時間、振りながら回復培養した
↓LBプレート(+chloramphenicol)にまいた。
↓37゜Cで一晩インキュベートした。
【結果】
GFPのコロニーが見られた