Team:KIT-Kyoto/matsunami
From 2011.igem.org
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+ | 【目的】<br> | ||
+ | cDNA | ||
+ | vectorを鋳型としたcDNAの増殖<br> | ||
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+ | 【実験操作】<br> | ||
+ | (1)PCR反応液の調製<br> | ||
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+ | 上記の条件でPCRを行った。<br> | ||
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+ | 【目的】<br> | ||
+ | PCR産物の確認<br> | ||
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+ | 【実験操作】<br> PCR反応液 2 µL<br> | ||
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+ | milliQ | ||
+ | 8 µL<br> | ||
+ | 6 x loading dye 2 | ||
+ | µL<br> | ||
+ | 上記の溶液を混合し、この溶液を1%アガロースゲルで100 | ||
+ | V、30分の条件で電気泳動した。<br> | ||
+ | 泳動後、EtBr染色を行い、写真を撮った。<br> | ||
+ | <br> | ||
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+ | 【目的】<br> | ||
+ | pUAST溶液の形質転換<br> | ||
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+ | 【実験操作】<br> | ||
+ | pUAST 1 µLとコンピテントセルを混合した。これを氷上で15分間放置し、43℃で30秒間温め、さらに氷上で10分間放置した。<br> | ||
+ | これをLBプレートに塗り37℃でincubateした。<br> | ||
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+ | 【目的】<br> | ||
+ | cDNA | ||
+ | vectorを鋳型としたcDNAの増殖<br> | ||
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+ | 【実験操作】<br> | ||
+ | 8月8日と同様である。<br> | ||
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+ | <br> | ||
+ | 【目的】<br> | ||
+ | 大腸菌の培養<br> | ||
+ | <br> | ||
+ | 【実験操作】<br> | ||
+ | ①ガスバーナーで加熱滅菌したつまようじでLB(amp+)プレートから生えてきた大腸菌のコロニーをついた。<br> | ||
+ | ②ついた先端を2個のLB培地(amp+)2mLに攪拌した。<br> | ||
+ | ③pUASTとコンピテントセルの混合物を10 µL、100 | ||
+ | µLをそれぞれまいた。<br> | ||
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+ | 8月11日(木)<br> | ||
+ | <br> | ||
+ | 松浪<br> | ||
+ | <br> | ||
+ | 【目的】<br> | ||
+ | pUAST flag | ||
+ | vectorの大量精製<br> | ||
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+ | 【実験操作】<br> | ||
+ | ①培養液1.5 mLを、15000rpm、5分、4℃の条件で遠心した。この間にglucose | ||
+ | solution、5M K-acetate pH 4.8を氷上で冷やした。<br> | ||
+ | ②5分後、上清を廃棄しglucose solution 100 | ||
+ | µL加えて攪拌した。<br> | ||
+ | ③沈殿物を溶解した後、0.2N NaOH 1% SDS 200 | ||
+ | µLを加えてよく混ぜ、氷上に5分間放置した。<br> | ||
+ | ④5分後、5M K-acetate pH 4.8 150 | ||
+ | µLを加えてよく混ぜ、氷上に5分間放置した。<br> | ||
+ | ⑤5分後、15000rpm、10分、4℃の条件で遠心した。<br> | ||
+ | ⑥上清を新しいチューブに移し、isopropanolを等量入れ攪拌し3分間静置した。<br> | ||
+ | ⑦3分後、15000rpm、10分、25℃の条件で遠心した。<br> | ||
+ | ⑧遠心後、上清を廃棄し70% | ||
+ | EtOH 200 | ||
+ | µLを加えて軽く攪拌し3分間静置した。その後、15000rpm、10分、25℃の条件で再び遠心した。<br> | ||
+ | ⑨遠心後、上清を廃棄し乾燥させてRnase in | ||
+ | TE 20 | ||
+ | µLを加えた。<br> | ||
+ | <br> | ||
+ | この溶液とPCR産物を電気泳動した。<br> | ||
+ | 操作は8月9日と同様である。<br> | ||
+ | <br> | ||
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+ | 8月12日(金)<br> | ||
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+ | 松浪、横井川<br> | ||
+ | <br> | ||
+ | 【目的】<br> | ||
+ | pUAST | ||
+ | flag | ||
+ | vectorの大量精製<br> | ||
+ | <br> | ||
+ | 【実験操作】<br> | ||
+ | ①培養した大腸菌をオートクレーブした遠心管で4000G、10分、25℃の条件で遠心し、遠心後上清を捨てた。<br> | ||
+ | ②R3 | ||
+ | with RNase A4 を4 mL加えて、攪拌し完全に溶解させた。<br> | ||
+ | ③L7を4 | ||
+ | mLを加え丁寧に混合し5分間室温で静置した。<br> | ||
+ | ④5分後、N3を4 | ||
+ | mL加えてすぐに混ぜた。これを12000G、10分、25℃の条件で遠心し、遠心後上清を捨てた。<br> | ||
+ | ⑤事前にEQ1 10 | ||
+ | mLを加えて平衡化していたカラムに上清をLoadし、上清が流れ落ちるのを待った。このとき、一部をチューブに保存した。<br> | ||
+ | ⑥Wash Buffer (W8) | ||
+ | 10 mLを加えて洗浄した。これを2回行った。<br> | ||
+ | ⑦Elution buffer (E4)を5 mL加えてDNAを溶出させた。追加で、E4 2 | ||
+ | mLをLoadし、別のチューブに保存した。<br> | ||
+ | ⑧isopropanol 3.5 | ||
+ | mLを加えて混合し、これを15000G、40分、4℃の条件で遠心し、遠心後上清を捨てた。<br> | ||
+ | ⑨70% EtOH | ||
+ | 3mLを加えて再懸濁し、15000G、5分、4℃の条件で再び遠心し、遠心後上清を捨てた。<br> | ||
+ | ⑩Air-dryで乾燥させ200 | ||
+ | µLでのTEに溶かした。<br> | ||
+ | <br> | ||
+ | 次にこの溶液のDNA濃度測定を行った。<br> | ||
+ | ①milliQ 100 | ||
+ | µLおよび、精製したDNA溶液を100倍希釈した溶液を準備した。<br> | ||
+ | ②milliQ 100 | ||
+ | µLでゼロ補正を行い、サンプル1、5の吸光度を測定した。結果を以下に示す(表1)。<br> | ||
+ | 表1、サンプル1、5の吸光度の値<br> | ||
+ | <br> | ||
+ | サンプル1<br> | ||
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+ | これより、サンプル1のDNA濃度は0.970 | ||
+ | µg/µLであった。<br> | ||
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+ | これより、サンプル5のDNA濃度は1.37 | ||
+ | µg/µLであった。<br> | ||
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+ | 次にこれらの溶液について電気泳動を行った。<br> | ||
+ | 操作は8月9日と同様である。<br> | ||
+ | <br> | ||
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+ | 8月15日(月)<br> | ||
+ | <br> | ||
+ | 松浪、横井川<br> | ||
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+ | 【目的】<br> | ||
+ | cDNA | ||
+ | vectorを鋳型としたcDNAの増殖とPCR産物の確認<br> | ||
+ | <br> | ||
+ | 【実験操作】<br> | ||
+ | 8月8日と同じであるが、Annealing について以下のように変更した。<br> | ||
+ | DIAP2② | ||
+ | 56.9℃<br> | ||
+ | API2-MALT1② 53℃<br> | ||
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+ | その後、電気泳動を行った。操作は8月9日と同様である。<br> | ||
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+ | 8月16日(火)<br> | ||
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+ | 松浪<br> | ||
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+ | 【目的】<br> | ||
+ | cDNA | ||
+ | vectorを鋳型としたcDNAの増殖とPCR産物の確認<br> | ||
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+ | 【実験操作】<br> | ||
+ | 8月8日と同じであるが、Annealing について以下のように変更した。<br> | ||
+ | DIAP2② | ||
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+ | 58.9℃<br> | ||
+ | API2-MALT1①、③ 53℃<br> | ||
+ | <br> | ||
+ | その後、電気泳動を行った。操作は8月9日と同様である。<br> | ||
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+ | 8月17日(水)<br> | ||
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+ | 松浪、横井川<br> | ||
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+ | 【目的】<br> | ||
+ | cDNA | ||
+ | vectorを鋳型としたcDNAの増殖とPCR産物の確認<br> | ||
+ | <br> | ||
+ | 【実験操作】<br> | ||
+ | 8月8日と同じであるが、Annealing について以下のように変更した。<br> | ||
+ | DIAP2② | ||
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+ | 50.5℃<br> | ||
+ | API2-MALT1③、④ 53.5℃<br> | ||
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+ | その後、電気泳動を行った。操作は8月9日と同様である。<br> | ||
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Revision as of 15:58, 24 August 2011
あいうえお
さささ
ささsss
あああああ
TE
50μL
1000
8月8日(月)
松浪、横井川
【目的】
cDNA
vectorを鋳型としたcDNAの増殖
【実験操作】
(1)PCR反応液の調製
<1本分あたり>
Takara Ex Taq 0.1
µL
10
x Ex Taq Buffer
2
µL
dNTP(2.0 µM)
2
µL
F
primer
0.4
µL
R primer
0.4
µL
Templet
DNA
1
µL
milliQ 14.1
µL
上記の分量を混合した。
*<プライマーの塩基配列>
①DIAP2
F
primer :
Tm値
GCTTCTCGAGACGGAGCTGGGCATGGAGCT 69
℃
R primer
:
GCCGTCTAGATCACGAAAGGAACGTGCGCA
66.4
℃
増幅サイズ 約1514
bp
②API2-MALT1
F
primer :
Tm値
GCCGCTCGAGAACATAGTAGAAAACAGCAT
57.8
℃
R
primer
GCCGGCTAGCTCATTTTTCAGAAATTCTGA
56.5
℃
増幅サイズ 約3131
bp
(2)PCR反応条件
<1>×1 Pre-denature
94 ℃ 2
min
<2>×37 Denature
94 ℃ 15
sec
(DIAP2)
Annealing
56.9
℃ 30
sec
Extension 72
℃
1
min
40
sec
(API2-MALT1)
Annealing
51.5
℃
30
sec
Extension 72
℃
3
min
20
sec
上記の条件でPCRを行った。
8月9日(火)
松浪、横井川
【目的】
PCR産物の確認
【実験操作】
PCR反応液 2 µL
milliQ
8 µL
6 x loading dye 2
µL
上記の溶液を混合し、この溶液を1%アガロースゲルで100
V、30分の条件で電気泳動した。
泳動後、EtBr染色を行い、写真を撮った。
【目的】
pUAST溶液の形質転換
【実験操作】
pUAST 1 µLとコンピテントセルを混合した。これを氷上で15分間放置し、43℃で30秒間温め、さらに氷上で10分間放置した。
これをLBプレートに塗り37℃でincubateした。
8月10日(水)
松浪
【目的】
cDNA
vectorを鋳型としたcDNAの増殖
【実験操作】
8月8日と同様である。
【目的】
大腸菌の培養
【実験操作】
①ガスバーナーで加熱滅菌したつまようじでLB(amp+)プレートから生えてきた大腸菌のコロニーをついた。
②ついた先端を2個のLB培地(amp+)2mLに攪拌した。
③pUASTとコンピテントセルの混合物を10 µL、100
µLをそれぞれまいた。
8月11日(木)
松浪
【目的】
pUAST flag
vectorの大量精製
【実験操作】
①培養液1.5 mLを、15000rpm、5分、4℃の条件で遠心した。この間にglucose
solution、5M K-acetate pH 4.8を氷上で冷やした。
②5分後、上清を廃棄しglucose solution 100
µL加えて攪拌した。
③沈殿物を溶解した後、0.2N NaOH 1% SDS 200
µLを加えてよく混ぜ、氷上に5分間放置した。
④5分後、5M K-acetate pH 4.8 150
µLを加えてよく混ぜ、氷上に5分間放置した。
⑤5分後、15000rpm、10分、4℃の条件で遠心した。
⑥上清を新しいチューブに移し、isopropanolを等量入れ攪拌し3分間静置した。
⑦3分後、15000rpm、10分、25℃の条件で遠心した。
⑧遠心後、上清を廃棄し70%
EtOH 200
µLを加えて軽く攪拌し3分間静置した。その後、15000rpm、10分、25℃の条件で再び遠心した。
⑨遠心後、上清を廃棄し乾燥させてRnase in
TE 20
µLを加えた。
この溶液とPCR産物を電気泳動した。
操作は8月9日と同様である。
8月12日(金)
松浪、横井川
【目的】
pUAST
flag
vectorの大量精製
【実験操作】
①培養した大腸菌をオートクレーブした遠心管で4000G、10分、25℃の条件で遠心し、遠心後上清を捨てた。
②R3
with RNase A4 を4 mL加えて、攪拌し完全に溶解させた。
③L7を4
mLを加え丁寧に混合し5分間室温で静置した。
④5分後、N3を4
mL加えてすぐに混ぜた。これを12000G、10分、25℃の条件で遠心し、遠心後上清を捨てた。
⑤事前にEQ1 10
mLを加えて平衡化していたカラムに上清をLoadし、上清が流れ落ちるのを待った。このとき、一部をチューブに保存した。
⑥Wash Buffer (W8)
10 mLを加えて洗浄した。これを2回行った。
⑦Elution buffer (E4)を5 mL加えてDNAを溶出させた。追加で、E4 2
mLをLoadし、別のチューブに保存した。
⑧isopropanol 3.5
mLを加えて混合し、これを15000G、40分、4℃の条件で遠心し、遠心後上清を捨てた。
⑨70% EtOH
3mLを加えて再懸濁し、15000G、5分、4℃の条件で再び遠心し、遠心後上清を捨てた。
⑩Air-dryで乾燥させ200
µLでのTEに溶かした。
次にこの溶液のDNA濃度測定を行った。
①milliQ 100
µLおよび、精製したDNA溶液を100倍希釈した溶液を準備した。
②milliQ 100
µLでゼロ補正を行い、サンプル1、5の吸光度を測定した。結果を以下に示す(表1)。
表1、サンプル1、5の吸光度の値
サンプル1
0.189 | 0.208 | 0.192 | 0.190 | 0.191 |
これより、サンプル1のDNA濃度は0.970 µg/µLであった。
サンプル5
0.282 | 0.276 | 0.278 | 0.269 | 0.269 |
これより、サンプル5のDNA濃度は1.37 µg/µLであった。
次にこれらの溶液について電気泳動を行った。
操作は8月9日と同様である。
8月15日(月)
松浪、横井川
【目的】
cDNA vectorを鋳型としたcDNAの増殖とPCR産物の確認
【実験操作】
8月8日と同じであるが、Annealing について以下のように変更した。
DIAP2② 56.9℃
API2-MALT1② 53℃
その後、電気泳動を行った。操作は8月9日と同様である。
8月16日(火)
松浪
【目的】
cDNA vectorを鋳型としたcDNAの増殖とPCR産物の確認
【実験操作】
8月8日と同じであるが、Annealing について以下のように変更した。
DIAP2② 58.9℃
API2-MALT1①、③ 53℃
その後、電気泳動を行った。操作は8月9日と同様である。
8月17日(水)
松浪、横井川
【目的】
cDNA vectorを鋳型としたcDNAの増殖とPCR産物の確認
【実験操作】
8月8日と同じであるが、Annealing について以下のように変更した。
DIAP2② 50.5℃
API2-MALT1③、④ 53.5℃
その後、電気泳動を行った。操作は8月9日と同様である。