Team:KIT-Kyoto/matsunami

From 2011.igem.org

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<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=shift_jis">
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<title></title>
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<p>8月8日(月)<br>
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<br>
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松浪、横井川<br>
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<br>
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【目的】<br>
 +
 cDNA
 +
vectorを鋳型としたcDNAの増殖<br>
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<br>
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【実験操作】<br>
 +
 (1)PCR反応液の調製<br>
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&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
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&lt;1本分あたり&gt;<br>
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   Takara&nbsp;Ex&nbsp;Taq          0.1
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&micro;L<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
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10
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x Ex Taq Buffer &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
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2
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&micro;L      <br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
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dNTP(2.0 &micro;M)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
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2
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&micro;L<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;F
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primer&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
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0.4
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&micro;L<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
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R primer&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
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0.4
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&micro;L&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
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Templet
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DNA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
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1
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&micro;L<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
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milliQ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;14.1
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&micro;L<br>
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&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br>
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&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 +
上記の分量を混合した。<br>
 +
   <br>
 +
   *&lt;プライマーの塩基配列&gt;<br>
 +
     ①DIAP2<br>
 +
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
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F
 +
primer&nbsp;&nbsp;:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 +
Tm値<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 +
GCTTCTCGAGACGGAGCTGGGCATGGAGCT     69
 +
℃<br>
 +
       R primer&nbsp;
 +
:<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 +
GCCGTCTAGATCACGAAAGGAACGTGCGCA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 +
66.4
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℃<br>
 +
      増幅サイズ  約1514
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bp<br>
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<br>
 +
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
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②API2-MALT1<br>
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&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 +
F
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primer&nbsp;&nbsp;:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 +
Tm値<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 +
GCCGCTCGAGAACATAGTAGAAAACAGCAT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 +
57.8
 +
℃<br>
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&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 +
R
 +
primer<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;GCCGGCTAGCTCATTTTTCAGAAATTCTGA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 +
56.5
 +
℃<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 +
増幅サイズ  約3131
 +
bp<br>
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   &nbsp;<br>
 +
&nbsp;<br>
 +
 
 +
(2)PCR反応条件<br>
 +
   &lt;1&gt;×1   Pre-denature&nbsp;  
 +
94 ℃   2
 +
min<br>
 +
<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 +
&lt;2&gt;×37  Denature&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 +
 
 +
94 ℃  &nbsp; 15
 +
sec<br>
 +
<br>
 +
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 +
(DIAP2)<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 +
Annealing&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 +
56.9
 +
℃  &nbsp;&nbsp; 30
 +
sec<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 +
Extension&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 72
 +
℃&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 +
1
 +
min
 +
40
 +
sec<br>
 +
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 +
(API2-MALT1)<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Annealing&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 +
51.5
 +
℃  &nbsp;&nbsp;
 +
30
 +
sec<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 +
Extension&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 72
 +
℃&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 +
3
 +
min&nbsp;
 +
20
 +
sec<br>
 +
<br>
 +
<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 +
上記の条件でPCRを行った。<br>
 +
<br>
 +
<br>
 +
<br>
 +
8月9日(火)<br>
 +
<br>
 +
松浪、横井川<br>
 +
<br>
 +
【目的】<br>
 +
 PCR産物の確認<br>
 +
<br>
 +
 +
 +
【実験操作】<br>&nbsp;&nbsp;PCR反応液   &nbsp;&nbsp;&nbsp; 2 &micro;L<br>
 +
&nbsp;
 +
milliQ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 +
8 &micro;L<br>
 +
&nbsp; 6 x loading dye&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2
 +
&micro;L<br>
 +
&nbsp; 上記の溶液を混合し、この溶液を1%アガロースゲルで100
 +
V、30分の条件で電気泳動した。<br>
 +
 泳動後、EtBr染色を行い、写真を撮った。<br>
 +
<br>
 +
<br>
 +
【目的】<br>
 +
 pUAST溶液の形質転換<br>
 +
<br>
 +
【実験操作】<br>
 +
 pUAST 1&nbsp;&micro;Lとコンピテントセルを混合した。これを氷上で15分間放置し、43℃で30秒間温め、さらに氷上で10分間放置した。<br>
 +
 これをLBプレートに塗り37℃でincubateした。<br>
 +
<br>
 +
<br>
 +
<br>
 +
8月10日(水)<br>
 +
<br>
 +
松浪<br>
 +
<br>
 +
【目的】<br>
 +
 cDNA
 +
vectorを鋳型としたcDNAの増殖<br>
 +
<br>
 +
【実験操作】<br>
 +
 8月8日と同様である。<br>
 +
<br>
 +
<br>
 +
【目的】<br>
 +
 大腸菌の培養<br>
 +
<br>
 +
【実験操作】<br>
 +
 ①ガスバーナーで加熱滅菌したつまようじでLB(amp+)プレートから生えてきた大腸菌のコロニーをついた。<br>
 +
 ②ついた先端を2個のLB培地(amp+)2mLに攪拌した。<br>
 +
 ③pUASTとコンピテントセルの混合物を10&nbsp;&micro;L、100
 +
&micro;Lをそれぞれまいた。<br>
 +
<br>
 +
<br>
 +
8月11日(木)<br>
 +
<br>
 +
松浪<br>
 +
<br>
 +
【目的】<br>
 +
 pUAST flag
 +
vectorの大量精製<br>
 +
<br>
 +
【実験操作】<br>
 +
 ①培養液1.5 mLを、15000rpm、5分、4℃の条件で遠心した。この間にglucose
 +
solution、5M K-acetate pH 4.8を氷上で冷やした。<br>
 +
 ②5分後、上清を廃棄しglucose solution 100
 +
&micro;L加えて攪拌した。<br>
 +
 ③沈殿物を溶解した後、0.2N NaOH 1% SDS 200
 +
&micro;Lを加えてよく混ぜ、氷上に5分間放置した。<br>
 +
 ④5分後、5M K-acetate pH 4.8 150
 +
&micro;Lを加えてよく混ぜ、氷上に5分間放置した。<br>
 +
 ⑤5分後、15000rpm、10分、4℃の条件で遠心した。<br>
 +
 ⑥上清を新しいチューブに移し、isopropanolを等量入れ攪拌し3分間静置した。<br>
 +
 ⑦3分後、15000rpm、10分、25℃の条件で遠心した。<br>
 +
 ⑧遠心後、上清を廃棄し70%
 +
EtOH 200
 +
&micro;Lを加えて軽く攪拌し3分間静置した。その後、15000rpm、10分、25℃の条件で再び遠心した。<br>
 +
 ⑨遠心後、上清を廃棄し乾燥させてRnase in
 +
TE 20
 +
&micro;Lを加えた。<br>
 +
 <br>
 +
 この溶液とPCR産物を電気泳動した。<br>
 +
 操作は8月9日と同様である。<br>
 +
<br>
 +
<br>
 +
<br>
 +
8月12日(金)<br>
 +
<br>
 +
松浪、横井川<br>
 +
<br>
 +
【目的】<br>
 +
 pUAST
 +
flag
 +
vectorの大量精製<br>
 +
<br>
 +
【実験操作】<br>
 +
 ①培養した大腸菌をオートクレーブした遠心管で4000G、10分、25℃の条件で遠心し、遠心後上清を捨てた。<br>
 +
 ②R3
 +
with RNase A4 を4 mL加えて、攪拌し完全に溶解させた。<br>
 +
 ③L7を4
 +
mLを加え丁寧に混合し5分間室温で静置した。<br>
 +
 ④5分後、N3を4
 +
mL加えてすぐに混ぜた。これを12000G、10分、25℃の条件で遠心し、遠心後上清を捨てた。<br>
 +
 ⑤事前にEQ1 10
 +
mLを加えて平衡化していたカラムに上清をLoadし、上清が流れ落ちるのを待った。このとき、一部をチューブに保存した。<br>
 +
 ⑥Wash Buffer (W8)
 +
10 mLを加えて洗浄した。これを2回行った。<br>
 +
 ⑦Elution buffer (E4)を5 mL加えてDNAを溶出させた。追加で、E4 2
 +
mLをLoadし、別のチューブに保存した。<br>
 +
 ⑧isopropanol 3.5
 +
mLを加えて混合し、これを15000G、40分、4℃の条件で遠心し、遠心後上清を捨てた。<br>
 +
 ⑨70% EtOH
 +
3mLを加えて再懸濁し、15000G、5分、4℃の条件で再び遠心し、遠心後上清を捨てた。<br>
 +
 ⑩Air-dryで乾燥させ200
 +
&micro;LでのTEに溶かした。<br>
 +
<br>
 +
 次にこの溶液のDNA濃度測定を行った。<br>
 +
 ①milliQ 100
 +
&micro;Lおよび、精製したDNA溶液を100倍希釈した溶液を準備した。<br>
 +
 ②milliQ 100
 +
&micro;Lでゼロ補正を行い、サンプル1、5の吸光度を測定した。結果を以下に示す(表1)。<br>
 +
                表1、サンプル1、5の吸光度の値<br>
 +
 <br>
 +
 サンプル1<br>
 +
 +
<table border="1" cellspacing="0" cellpadding="0" width="75%">
 +
  <tr>
 +
    <td> 0.189</td>
 +
    <td> 0.208</td>
 +
    <td>0.192 </td>
 +
    <td>0.190 </td>
 +
    <td>0.191 </td>
 +
  </tr>
 +
</table>平均は0.194であった。<br>
 +
これより、サンプル1のDNA濃度は0.970
 +
&micro;g/&micro;Lであった。<br>
 +
<br>
 +
サンプル5<br>
 +
 +
<table border="1" cellspacing="0" cellpadding="0" width="75%">
 +
  <tr>
 +
    <td> 0.282</td>
 +
    <td>0.276 </td>
 +
    <td>0.278 </td>
 +
    <td>0.269 </td>
 +
    <td>0.269 </td>
 +
  </tr>
 +
</table>平均は0.275でった。<br>
 +
これより、サンプル5のDNA濃度は1.37
 +
&micro;g/&micro;Lであった。<br>
 +
<br>
 +
 次にこれらの溶液について電気泳動を行った。<br>
 +
  操作は8月9日と同様である。<br>
 +
<br>
 +
<br>
 +
8月15日(月)<br>
 +
<br>
 +
松浪、横井川<br>
 +
<br>
 +
【目的】<br>
 +
 cDNA
 +
vectorを鋳型としたcDNAの増殖とPCR産物の確認<br>
 +
<br>
 +
【実験操作】<br>
 +
 8月8日と同じであるが、Annealing&nbsp;について以下のように変更した。<br>
 +
 DIAP2②    &nbsp;&nbsp;    
 +
56.9℃<br>
 +
 API2-MALT1②     53℃<br>
 +
<br>
 +
 その後、電気泳動を行った。操作は8月9日と同様である。<br>
 +
<br>
 +
<br>
 +
8月16日(火)<br>
 +
<br>
 +
松浪<br>
 +
<br>
 +
【目的】<br>
 +
 cDNA
 +
vectorを鋳型としたcDNAの増殖とPCR産物の確認<br>
 +
<br>
 +
【実験操作】<br>
 +
 8月8日と同じであるが、Annealing&nbsp;について以下のように変更した。<br>
 +
 DIAP2②    &nbsp;&nbsp;  
 +
    
 +
58.9℃<br>
 +
 API2-MALT1①、③     53℃<br>
 +
<br>
 +
 その後、電気泳動を行った。操作は8月9日と同様である。<br>
 +
<br>
 +
<br>
 +
8月17日(水)<br>
 +
<br>
 +
松浪、横井川<br>
 +
<br>
 +
<br>
 +
【目的】<br>
 +
 cDNA
 +
vectorを鋳型としたcDNAの増殖とPCR産物の確認<br>
 +
<br>
 +
【実験操作】<br>
 +
 8月8日と同じであるが、Annealing&nbsp;について以下のように変更した。<br>
 +
 DIAP2②    &nbsp;&nbsp;  
 +
    
 +
50.5℃<br>
 +
 API2-MALT1③、④     53.5℃<br>
 +
<br>
 +
 その後、電気泳動を行った。操作は8月9日と同様である。<br>
 +
<br>
 +
<br>
 +
<br>
 +
<br>
 +
<br>
 +
<br>
 +
<br>
 +
 
 +
<br>
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<br>
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 +
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   </p>
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Revision as of 15:58, 24 August 2011

あいうえお

 さささ  ささsss あああああ 
 T  5  1000
     
     
     
     
     

8月8日(月)

松浪、横井川

【目的】
 cDNA vectorを鋳型としたcDNAの増殖

【実験操作】
 (1)PCR反応液の調製
       <1本分あたり>
   Takara Ex Taq          0.1 µL
       10 x Ex Taq Buffer                 2 µL      
       dNTP(2.0 µM)                         2 µL
       F primer                              0.4 µL
       R primer                              0.4 µL      
       Templet DNA                          1 µL
       milliQ                                 14.1 µL
       
       上記の分量を混合した。
   
   *<プライマーの塩基配列>
     ①DIAP2
              F primer  :                                                             Tm値
                 GCTTCTCGAGACGGAGCTGGGCATGGAGCT     69 ℃
       R primer  :
                 GCCGTCTAGATCACGAAAGGAACGTGCGCA           66.4 ℃
      増幅サイズ  約1514 bp

           ②API2-MALT1
              F primer  :                                                             Tm値
                 GCCGCTCGAGAACATAGTAGAAAACAGCAT            57.8 ℃
              R primer
                 GCCGGCTAGCTCATTTTTCAGAAATTCTGA              56.5 ℃
              増幅サイズ  約3131 bp
    
 
  (2)PCR反応条件
   <1>×1   Pre-denature    94 ℃   2 min

       <2>×37  Denature          94 ℃    15 sec

                       (DIAP2)
                       Annealing        56.9 ℃     30 sec
                       Extension          72 ℃       1 min 40 sec
                       (API2-MALT1)
                       Annealing        51.5 ℃     30 sec
                       Extension          72 ℃       3 min  20 sec


        上記の条件でPCRを行った。



8月9日(火)

松浪、横井川

【目的】
 PCR産物の確認

【実験操作】
  PCR反応液       2 µL
  milliQ                    8 µL
  6 x loading dye       2 µL
  上記の溶液を混合し、この溶液を1%アガロースゲルで100 V、30分の条件で電気泳動した。
 泳動後、EtBr染色を行い、写真を撮った。


【目的】
 pUAST溶液の形質転換

【実験操作】
 pUAST 1 µLとコンピテントセルを混合した。これを氷上で15分間放置し、43℃で30秒間温め、さらに氷上で10分間放置した。
 これをLBプレートに塗り37℃でincubateした。



8月10日(水)

松浪

【目的】
 cDNA vectorを鋳型としたcDNAの増殖

【実験操作】
 8月8日と同様である。


【目的】
 大腸菌の培養

【実験操作】
 ①ガスバーナーで加熱滅菌したつまようじでLB(amp+)プレートから生えてきた大腸菌のコロニーをついた。
 ②ついた先端を2個のLB培地(amp+)2mLに攪拌した。
 ③pUASTとコンピテントセルの混合物を10 µL、100 µLをそれぞれまいた。


8月11日(木)

松浪

【目的】
 pUAST flag vectorの大量精製

【実験操作】
 ①培養液1.5 mLを、15000rpm、5分、4℃の条件で遠心した。この間にglucose solution、5M K-acetate pH 4.8を氷上で冷やした。
 ②5分後、上清を廃棄しglucose solution 100 µL加えて攪拌した。
 ③沈殿物を溶解した後、0.2N NaOH 1% SDS 200 µLを加えてよく混ぜ、氷上に5分間放置した。
 ④5分後、5M K-acetate pH 4.8 150 µLを加えてよく混ぜ、氷上に5分間放置した。
 ⑤5分後、15000rpm、10分、4℃の条件で遠心した。
 ⑥上清を新しいチューブに移し、isopropanolを等量入れ攪拌し3分間静置した。
 ⑦3分後、15000rpm、10分、25℃の条件で遠心した。
 ⑧遠心後、上清を廃棄し70% EtOH 200 µLを加えて軽く攪拌し3分間静置した。その後、15000rpm、10分、25℃の条件で再び遠心した。
 ⑨遠心後、上清を廃棄し乾燥させてRnase in TE 20 µLを加えた。
 
 この溶液とPCR産物を電気泳動した。
 操作は8月9日と同様である。



8月12日(金)

松浪、横井川

【目的】
 pUAST flag vectorの大量精製

【実験操作】
 ①培養した大腸菌をオートクレーブした遠心管で4000G、10分、25℃の条件で遠心し、遠心後上清を捨てた。
 ②R3 with RNase A4 を4 mL加えて、攪拌し完全に溶解させた。
 ③L7を4 mLを加え丁寧に混合し5分間室温で静置した。
 ④5分後、N3を4 mL加えてすぐに混ぜた。これを12000G、10分、25℃の条件で遠心し、遠心後上清を捨てた。
 ⑤事前にEQ1 10 mLを加えて平衡化していたカラムに上清をLoadし、上清が流れ落ちるのを待った。このとき、一部をチューブに保存した。
 ⑥Wash Buffer (W8) 10 mLを加えて洗浄した。これを2回行った。
 ⑦Elution buffer (E4)を5 mL加えてDNAを溶出させた。追加で、E4 2 mLをLoadし、別のチューブに保存した。
 ⑧isopropanol 3.5 mLを加えて混合し、これを15000G、40分、4℃の条件で遠心し、遠心後上清を捨てた。
 ⑨70% EtOH 3mLを加えて再懸濁し、15000G、5分、4℃の条件で再び遠心し、遠心後上清を捨てた。
 ⑩Air-dryで乾燥させ200 µLでのTEに溶かした。

 次にこの溶液のDNA濃度測定を行った。
 ①milliQ 100 µLおよび、精製したDNA溶液を100倍希釈した溶液を準備した。
 ②milliQ 100 µLでゼロ補正を行い、サンプル1、5の吸光度を測定した。結果を以下に示す(表1)。
                表1、サンプル1、5の吸光度の値
 
 サンプル1

 0.189  0.208 0.192  0.190  0.191 
平均は0.194であった。
これより、サンプル1のDNA濃度は0.970 µg/µLであった。

サンプル5
 0.282 0.276  0.278  0.269  0.269 
平均は0.275でった。
これより、サンプル5のDNA濃度は1.37 µg/µLであった。

 次にこれらの溶液について電気泳動を行った。
  操作は8月9日と同様である。


8月15日(月)

松浪、横井川

【目的】
 cDNA vectorを鋳型としたcDNAの増殖とPCR産物の確認

【実験操作】
 8月8日と同じであるが、Annealing について以下のように変更した。
 DIAP2②           56.9℃
 API2-MALT1②     53℃

 その後、電気泳動を行った。操作は8月9日と同様である。


8月16日(火)

松浪

【目的】
 cDNA vectorを鋳型としたcDNAの増殖とPCR産物の確認

【実験操作】
 8月8日と同じであるが、Annealing について以下のように変更した。
 DIAP2②              58.9℃
 API2-MALT1①、③     53℃

 その後、電気泳動を行った。操作は8月9日と同様である。


8月17日(水)

松浪、横井川


【目的】
 cDNA vectorを鋳型としたcDNAの増殖とPCR産物の確認

【実験操作】
 8月8日と同じであるが、Annealing について以下のように変更した。
 DIAP2②              50.5℃
 API2-MALT1③、④     53.5℃

 その後、電気泳動を行った。操作は8月9日と同様である。