Team:KIT-Kyoto/matsunami

From 2011.igem.org

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下記の組成に従って試薬をまぜる<br>
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下記の組成に従って試薬をまぜた。<br>
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右に示したプログラムで反応を行う<br>
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右に示したプログラムで反応を行った。<br>
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【目的】<br>
【目的】<br>
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下記の組成に従って試薬をまぜる<br>
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下記の組成に従って試薬をまぜた。<br>
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右に示したプログラムで反応を行う<br>
+
右に示したプログラムで反応を行った。<br>
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【目的】<br>
【目的】<br>
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cDNA vectorを鋳型としたcDNAの増殖とPCR産物の確認<br>
cDNA vectorを鋳型としたcDNAの増殖とPCR産物の確認<br>
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【実験操作】<font color=red>←実験操作を書く。ぷろとこるのテーブルをコピペする!!</font><br>
+
【実験操作】<br>
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8月8日と同じであるが、Annealingについて以下のように変更した。<br>
+
<table border="0"><tr><td>
-
DIAP2&nbsp;&nbsp;&nbsp;
+
<table border="0" width="150px">
-
   &nbsp;&nbsp;  
+
<tr><td align=center>PCR条件</td></tr>
-
    
+
</table>
-
58.9℃<br>
+
<table border=1 width="220px">
-
API2-MALT1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  
+
<tr><td width="150px" align=center>10 µM Primer F</td><td width="70px"  align=right>0.4 µl</td></tr>
-
     53℃<br>
+
<tr><td align=center>10 µM Primer R</td><td align=right>0.4 µl</td></tr>
 +
<tr><td align=center>Template DNA</td><td align=right>1 µl</td></tr>
 +
<tr><td align=center>10 x Ex Taq Buffer</td><td align=right>2 µl</td></tr>
 +
<tr><td align=center>Takara Ex Taq</td><td align=right>0.1 µl</td></tr>
 +
<tr><td align=center>2.0 mM dNTPs</td><td align=right>2 µl</td></tr>
 +
<tr><td align=center>ddH<sub>2</sub>O</td><td align=right>14.1 µl</td></tr>
 +
<tr><td>&nbsp;</td><td align=right>total 20 µl</td></tr>
 +
</table>
 +
</td><TD></TD><TD></TD><td>
 +
<table border="0" width="100px">
 +
<tr><td align=center>Cycle条件</td></tr>
 +
</table>
 +
<table border=1 width="400px">
 +
<tr><td width="100px" align=center>Pre-Denature</td><td width="100px"  align=center>94°C</td><td width="100px"  align=center>2min</td></td><td width="100px">&nbsp;</td></tr>
 +
<tr><td align=center>Denature</td><td align=center>94°C</td><td align=center>30sec</td><td align=center rowspan=3>37 Cycle</td></tr>
 +
<tr><td align=center>Anneling</td><td align=center>(Tm-5)°C</td><td align=center>30sec</td></tr>
 +
<tr><td align=center>Extension</td><td align=center>72°C</td><td align=center>1kb/min</td></tr>
 +
<tr><td align=center>+Extension</td><td align=center>72°C</td><td align=center>10min</td><td width="100px">&nbsp;</td></tr>
 +
<tr><td align=center>End</td><td align=center>4°C</td><td align=center>keep</td><td width="100px">&nbsp;</td></tr>
 +
</table>
 +
</td></tr>
 +
</table>
 +
 
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 +
 
 +
 
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【目的】<br>
【目的】<br>

Revision as of 03:31, 30 September 2011

8月8日(月)

松浪、横井川

【目的】
cDNA vectorを鋳型としたcDNAの増殖

【実験操作】

PCR条件
10 µM Primer F0.4 µl
10 µM Primer R0.4 µl
Template DNA1 µl
10 x Ex Taq Buffer2 µl
Takara Ex Taq0.1 µl
2.0 mM dNTPs2 µl
ddH2O14.1 µl
 total 20 µl
Cycle条件
Pre-Denature94°C2min 
Denature94°C30sec37 Cycle
Anneling(Tm-5)°C30sec
Extension72°C1kb/min
+Extension72°C10min 
End4°Ckeep 

下記の組成に従って試薬をまぜる
右に示したプログラムで反応を行う

*<プライマーの塩基配列>
・DIAP2
F primer:GCTTCTCGAGACGGAGCTGGGCATGGAGCT
Tm値 69゜C
R primer:GCCGTCTAGATCACGAAAGGAACGTGCGCA
Tm値 66.4゜C
増幅サイズ  約1514 bp

・API2-MALT1
F primer:GCCGCTCGAGAACATAGTAGAAAACAGCAT Tm値 57.8゜C
R primer:GCCGGCTAGCTCATTTTTCAGAAATTCTGA
Tm値 56.5゜C
増幅サイズ  約3131 bp


8月9日(火)

松浪、横井川

【目的】
PCR産物の確認
【実験操作】
PCR反応液2 µl
ddH2O8 µl
6 x loading dye2 µl

上記の溶液を混合し、この溶液を1%アガロースゲルで100 V、30minの条件で電気泳動した。
EtBr染色を行い、写真を撮った。


【目的】
pUAST溶液の形質転換
【実験操作】
↓pUAST 1 µlとコンピテントセルを混合した。
↓これを氷上で15min放置した。
↓43°Cで30sec温め、氷上で10min放置した。
↓これをLBプレートに塗り37°Cでincubateした。

8月10日(水)

松浪

【目的】
cDNA vectorを鋳型としたcDNAの増殖

【実験操作】
PCR条件
10 µM Primer F0.4 µl
10 µM Primer R0.4 µl
Template DNA1 µl
10 x Ex Taq Buffer2 µl
Takara Ex Taq0.1 µl
2.0 mM dNTPs2 µl
ddH2O14.1 µl
 total 20 µl
Cycle条件
Pre-Denature94°C2min 
Denature94°C30sec37 Cycle
Anneling(Tm-5)°C30sec
Extension72°C1kb/min
+Extension72°C10min 
End4°Ckeep 

下記の組成に従って試薬をまぜた。
右に示したプログラムで反応を行った。

【目的】
大腸菌の培養

【実験操作】
↓ガスバーナーで加熱滅菌したつまようじでLB(amp+)プレートから生えてきた大腸菌のコロニーをついた。
↓ついた先端を2個のLB培地(amp+)2 mlに攪拌した。
↓pUASTとコンピテントセルの混合物を10 µl、100 µlをそれぞれまいた。

8月11日(木)

松浪

【目的】
pUAST flag vectorの大量精製

【実験操作】
↓培養液1.5 mLを、15000 rpm、5min、4°Cの条件で遠心した。この間にglucose solution、5M K-acetate pH 4.8を氷上で冷やした。
↓上清を廃棄しglucose solution 100 µl加えて攪拌し、沈殿物を溶解した。
↓0.2N NaOH 1% SDS 200 µlを加えてよく混ぜ、氷上に5min放置した。
↓5M K-acetate pH 4.8 150 µlを加えてよく混ぜ、氷上に5min放置した。
↓15000 rpm、10min、4°Cの条件で遠心した。
↓上清を新しいチューブに移し、isopropanolを等量入れ攪拌し3min静置した。
↓15000 rpm、10min、25°Cの条件で遠心した。
↓上清を廃棄し70% EtOH 200 µlを加えて軽く攪拌し3min静置した。その後、15000 rpm、10min、25°Cの条件で再び遠心した。
↓上清を廃棄し乾燥させてRnase in TE 20 µlを加えた。
 
【目的】
PCR産物の確認

【実験操作】
PCR反応液2 µl
ddH2O8 µl
6 x loading dye2 µl
上記の溶液を混合し、この溶液を1%アガロースゲルで100 V、30minの条件で電気泳動した。
EtBr染色を行い、写真を撮った。

8月12日(金)

松浪、横井川

【目的】
pUAST flag vectorの大量精製

【実験操作】
↓培養した大腸菌をオートクレーブした遠心管で4000 G、10min、25°Cの条件で遠心し、遠心後上清を捨てた。
↓R3 with RNase A4 を4 mL加えて、攪拌し完全に溶解させた。
↓L7を4 mLを加え丁寧に混合し5min室温で静置した。
↓N3を4 mL加えてすぐに混ぜた。これを12000 G、10min、25°Cの条件で遠心し、遠心後上清を捨てた。
↓事前にEQ1 10 mLを加えて平衡化していたカラムに上清をLoadし、上清が流れ落ちるのを待った。このとき、一部をチューブに保存した。
↓Wash Buffer (W8) 10 mLを加えて洗浄した。これを2回行った。
↓Elution buffer (E4)を5 mL加えてDNAを溶出させた。追加で、E4 2 mLをLoadし、別のチューブに保存した。
↓isopropanol 3.5 mLを加えて混合し、これを15000 G、40min、4°Cの条件で遠心し、上清を捨てた。
↓70% EtOH 3mLを加えて再懸濁し、15000G、5min、4℃の条件で再び遠心し、上清を捨てた。
↓Air-dryで乾燥させ200 µlでのTEに溶かした。

↓次にこの溶液のDNA濃度測定を行った。
↓ddH2O 100 µlおよび、精製したDNA溶液を100倍希釈した溶液を準備した。
↓ddH2O 100 µlでゼロ補正を行い、サンプル1、5の吸光度を測定した。結果を以下に示す(表1)。
表1、サンプル1、5の吸光度の値
サンプル1
0.1890.2080.1920.1900.191

 平均は0.194であった。
これより、サンプル1のDNA濃度は0.970 µg/µlであった。

サンプル5
0.2820.2760.2780.2690.269

平均は0.275でった。
これより、サンプル5のDNA濃度は1.37 µg/µlであった。

【目的】
PCR産物の確認

【実験操作】
PCR反応液2 µl
ddH2O8 µl
6 x loading dye2 µl
上記の溶液を混合し、この溶液を1%アガロースゲルで100 V、30minの条件で電気泳動した。
EtBr染色を行い、写真を撮った。


8月15日(月)

松浪、横井川

【目的】
cDNA vectorを鋳型としたcDNAの増殖とPCR産物の確認

【実験操作】
PCR条件
10 µM Primer F0.4 µl
10 µM Primer R0.4 µl
Template DNA1 µl
10 x Ex Taq Buffer2 µl
Takara Ex Taq0.1 µl
2.0 mM dNTPs2 µl
ddH2O14.1 µl
 total 20 µl
Cycle条件
Pre-Denature94°C2min 
Denature94°C30sec37 Cycle
Anneling(Tm-5)°C30sec
Extension72°C1kb/min
+Extension72°C10min 
End4°Ckeep 

下記の組成に従って試薬をまぜた。
右に示したプログラムで反応を行った。

【目的】
PCR産物の確認

【実験操作】
PCR反応液2 µl
ddH2O8 µl
6 x loading dye2 µl
上記の溶液を混合し、この溶液を1%アガロースゲルで100 V、30minの条件で電気泳動した。
EtBr染色を行い、写真を撮った。


8月16日(火)

松浪

【目的】
cDNA vectorを鋳型としたcDNAの増殖とPCR産物の確認

【実験操作】
PCR条件
10 µM Primer F0.4 µl
10 µM Primer R0.4 µl
Template DNA1 µl
10 x Ex Taq Buffer2 µl
Takara Ex Taq0.1 µl
2.0 mM dNTPs2 µl
ddH2O14.1 µl
 total 20 µl
Cycle条件
Pre-Denature94°C2min 
Denature94°C30sec37 Cycle
Anneling(Tm-5)°C30sec
Extension72°C1kb/min
+Extension72°C10min 
End4°Ckeep 

【目的】
PCR産物の確認

【実験操作】
PCR反応液2 µl
ddH2O8 µl
6 x loading dye2 µl
上記の溶液を混合し、この溶液を1%アガロースゲルで100 V、30minの条件で電気泳動した。
EtBr染色を行い、写真を撮った。



8月17日(水)

松浪、横井川


【目的】
cDNA vectorを鋳型としたcDNAの増殖とPCR産物の確認

【実験操作】←実験操作を書く。ぷろとこるのテーブルをコピペする!!
8月8日と同じであるが、Annealing について以下のように変更した。
DIAP2              50.5℃
API2-MALT1        53.5℃

【目的】
 PCR産物の確認

【実験操作】
PCR反応液2 µl
ddH2O8 µl
6 x loading dye2 µl
上記の溶液を混合し、この溶液を1%アガロースゲルで100 V、30minの条件で電気泳動した。
EtBr染色を行い、写真を撮った。

   8/23(火)

松浪

【目的】
cDNA vectorを鋳型としたcDNAの増殖

【実験操作】←ぷろとこるのテーブルをコピペする!!
 (1)PCR反応液の調製
       <1本分あたり>
   KOD+ polymelase           1 µL
       10 x Buffer                           2 µL      
       dNTP(2.0 µM)                         5 µL
       F primer(10 µM)                    1.5 µL
       R primer(10 µM)                    1.5 µL      
       Templet DNA                          1 µL
       milliQ                                   33 µL
       
       上記の分量を混合した。
   
                  
 
  (2)PCR反応条件
   <1>×1   Pre-denature    94 ℃   2 min

       <2>×35  Denature          94 ℃    15 sec
          
       ・DIAP2
                       Annealing        50.5 ℃     30 sec
                       Extension          68 ℃       1 min 40 sec
               ・API2-MALT1
           Annealing              ℃     30 sec
                       Extension          68 ℃       3 min


       <3>                                   72℃    10 min
       <4>                                     4℃        ∞
                       

        上記の条件でPCRを行った。

【目的】
PCR産物の確認

【実験操作】
PCR反応液2 µl
ddH2O8 µl
6 x loading dye2 µl
上記の溶液を混合し、この溶液を1%アガロースゲルで100 V、30minの条件で電気泳動した。
EtBr染色を行い、写真を撮った。



8月24日(水)

松浪

【目的】
cDNA vectorを鋳型としたcDNAの増殖

【実験操作】←ぷろとこるのテーブルをコピペする!!
 (1)PCR反応液の調製
       <1本分あたり>
   Takara Ex Taq          0.1 µL
       10 x Ex Taq Buffer                 2 µL      
       dNTP(2.0 µM)                         2 µL
       F primer                              0.4 µL
       R primer                              0.4 µL      
       Templet DNA                          1 µL
       milliQ                                 14.1 µL
       
       上記の分量を混合した。
   ただし、10倍希釈、100倍希釈したAPI2-MALT1のTemplet DNAを用いた。
 
  (2)PCR反応条件
   <1>×1   Pre-denature    94 ℃   2 min

       <2>×37  Denature          94 ℃    15 sec
                       Annealing        51.5 ℃     30 sec
                       Extension          72 ℃       3 min  20 sec


        上記の条件でPCRを行った。

【目的】
PCR産物の確認

【実験操作】
PCR反応液2 µl
ddH2O8 µl
6 x loading dye2 µl
上記の溶液を混合し、この溶液を1%アガロースゲルで100 V、30minの条件で電気泳動した。
EtBr染色を行い、写真を撮った。


8月25日(木)

松浪

【目的】
cDNA vectorを鋳型としたcDNAの増殖

【実験操作】←ぷろとこるのテーブルをコピペする!!
  ・API2-MALT1
  (1)PCR反応液の調製
       <1本分あたり>
   Takara Ex Taq          0.1 µL
       10 x Ex Taq Buffer                 2 µL      
       dNTP(2.0 µM)                         2 µL
       F primer                              0.4 µL
       R primer                              0.4 µL      
       Templet DNA                          1 µL
       milliQ                                 14.1 µL
       
       上記の分量を混合した。
    
  (2)PCR反応条件
   <1>×1   Pre-denature    94 ℃   2 min

       <2>×37  Denature          94 ℃    15 sec
                       Annealing        51.5 ℃     30 sec
                       Extension          72 ℃       3 min  20 sec

    ・DIAP2
 (1)PCR反応液の調製()
       <1本分あたり>
   KOD+ polymelase           1 µL
       10 x Buffer                           2 µL      
       dNTP(2.0 µM)                         5 µL
       F primer(10 µM)                    1.5 µL
       R primer(10 µM)                    1.5 µL      
       Templet DNA                          1 µL
       milliQ                                   33 µL
       
       上記の分量を混合した。
                  
 
  (2)PCR反応条件
   <1>×1   Pre-denature    94 ℃   2 min

       <2>×35  Denature          94 ℃    15 sec
                       Annealing        50.5 ℃     30 sec
                       Extension          68 ℃       1 min 40 sec

       <3>                                   4℃        ∞
                       

        上記の条件でPCRを行った。


【目的】
PCR産物の確認

【実験操作】
PCR反応液2 µl
ddH2O8 µl
6 x loading dye2 µl
上記の溶液を混合し、この溶液を1%アガロースゲルで100 V、30minの条件で電気泳動した。
EtBr染色を行い、写真を撮った。






9月12日(月)
松浪、横井川

【目的】
cDNA vectorを鋳型としたcDNAの増殖

【実験操作】←ぷろとこるのテーブルをコピペする!!
 (1)PCR反応液の調製
       <1本分あたり>
   KOD+ polymelase           1 µL
       10 x Buffer                           2 µL      
       dNTP(2.0 µM)                         5 µL
       F primer(10 µM)                    1.5 µL
       R primer(10 µM)                    1.5 µL      
       Templet DNA                          1 µL
       milliQ                                   33 µL
       
       上記の分量を混合した。
   
   *<プライマーの塩基配列>
     ・DIAP2
              F primer  :                                                             Tm値
                 GCTTCTCGATTGACGGAGCTGGGCATGGAGCT    62 ℃
       R primer  :
                 GCCGTCTAGATCACGAAAGGAACGTGCGCA           66.4 ℃
      増幅サイズ  約1514 bp

               
 
  (2)PCR反応条件
   <1>×1   Pre-denature    94 ℃   2 min

       <2>×35  Denature          94 ℃    15 sec
                       Annealing        50.5 ℃     30 sec
                       Extension          68 ℃       1 min 40 sec

       <3>                                   4℃        ∞
                       

        上記の条件でPCRを行った。



9月13日(火)

松浪、横井川

【目的】
PCR産物の確認

【実験操作】
PCR反応液2 µl
ddH2O8 µl
6 x loading dye2 µl
上記の溶液を混合し、この溶液を1%アガロースゲルで100 V、30minの条件で電気泳動した。
EtBr染色を行い、写真を撮った。



9月14日(水)

松浪、横井川

【目的】
cDNA vectorを鋳型としたcDNAの増殖

【実験操作】←ぷろとこるのテーブルをコピペする!!
 (1)PCR反応液の調製
       <1本分あたり>
   Takara Ex Taq          0.1 µL
       10 x Ex Taq Buffer                 2 µL      
       dNTP(2.0 µM)                         2 µL
       F primer                              0.4 µL
       R primer                              0.4 µL      
       Templet DNA                          1 µL
       milliQ                                 14.1 µL
       
       上記の分量を混合した。
   
   *<プライマーの塩基配列>   
    ・API2-MALT1
              F primer  :                                                             Tm値
                 GCCGCTCGAGAACATAGTAGAAAACAGCAT            57.8 ℃
              R primer
                 GCCGGCTAGCTCATTTTTCAGAAATTCTGA              56.5 ℃
              増幅サイズ  約3131 bp
    
 
  (2)PCR反応条件
   <1>×1   Pre-denature    94 ℃   2 min

       <2>×37  Denature          94 ℃    15 sec
                      Annealing        51.5 ℃     30 sec
                       Extension          72 ℃       3 min  20 sec


        上記の条件でPCRを行った。



【目的】
PCR産物の確認

【実験操作】
PCR反応液2 µl
ddH2O8 µl
6 x loading dye2 µl
上記の溶液を混合し、この溶液を1%アガロースゲルで100 V、30minの条件で電気泳動した。
EtBr染色を行い、写真を撮った。


9月15日(木)

松浪、横井川

【目的】
cDNA vectorを鋳型としたcDNAの増殖

【実験方法】
以下の条件でPCRを行った。
PCR条件
10 µM Primer F1.5 µl
10 µM Primer R1.5 µl
Template DNA1 µl
10 x PCR Buffer for KOD Plus5 µl
dNTPs5 µl
MgSO42 µl
ddH2O33 µl
KOD Plus1 µl
 total 50 µl
Cycle条件
Pre-Denature94°C2min 
Denature94°C15sec35 Cycle
Anneling50.5°C30sec
Extension68°C1min 40sec
End4°Ckeep 

各サンプルを回収し、-20゜Cで保存した。    
   *<プライマーの塩基配列>
     ・DIAP2
              F primer  :                                                             Tm値
                 GCTTCTCGATTGACGGAGCTGGGCATGGAGCT    62 ℃
       R primer  :
                 GCCGTCTAGATCACGAAAGGAACGTGCGCA           66.4 ℃
      増幅サイズ  約1514 bp

               
 
 
【目的】
PCR産物の確認

【実験操作】
PCR反応液2 µl
ddH2O8 µl
6 x loading dye2 µl
上記の溶液を混合し、この溶液を1%アガロースゲルで100 V、30minの条件で電気泳動した。
EtBr染色を行い、写真を撮った。


【目的】
PCR産物の制限酵素処理

【実験操作】
↓PCR産物を400 µlまでddH2Oで薄めた。
↓phenol-choloroform(φOH/CIAA)を400 µl加えてvoltexした。
↓10000rpm、4°Cで2~3min遠心した。
↓水層のみを新しいチューブに移した。
↓choloroform(CIAA)を等量加えてvoltexした。
↓10000rpm、4°Cで2~3min遠心した。
↓水層のみを新しいチューブに移した。
↓3M CH3COONa(pH 5.27)を1/10量、100% ethanolを3倍量加えて、2~3min静置した。
↓15000rpm、4°Cで10min遠心した。
↓上澄みを捨て、70% ethanol(EtOH)を200 µl加えた。
↓15000rpm、4°Cで5min遠心した。
↓上澄みを捨て、乾燥させた。
↓ddH2Oを44 µl加えてvoltexした。

下記の組成に従って反応液を調整した。
cDNA
PCR産物 in ddH2O44 µl
10 x H Buffer5 µl
Xho1 µl
 total 50 µl
vector
PUAST-flag vector(500 ng/µl)10 µl
ddH2O34 µl
10 x H Buffer5 µl
Xho1 µl
 total 50 µl
37°Cで20時間静置した。
9月16日(金)

松浪、横井川

【目的】
PCR産物の制限酵素処理

【実験操作】
↓PCR産物を400 µlまでddH2Oで薄めた。
↓phenol-choloroform(φOH/CIAA)を400 µl加えてvoltexした。
↓10000rpm、4°Cで2~3min遠心した。
↓水層のみを新しいチューブに移した。
↓choloroform(CIAA)を等量加えてvoltexした。
↓10000rpm、4°Cで2~3min遠心した。
↓水層のみを新しいチューブに移した。
↓3M CH3COONa(pH 5.27)を1/10量、100% ethanolを3倍量加えて、2~3min静置した。
↓15000rpm、4°Cで10min遠心した。
↓上澄みを捨て、70% ethanol(EtOH)を200 µl加えた。
↓15000rpm、4°Cで5min遠心した。
↓上澄みを捨て、乾燥させた。
↓ddH2Oを44 µl加えてvoltexした。

下記の組成に従って反応液を調整した。