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Team:TU Munich/model/redlightdata
From 2011.igem.org
document.write("<style type='text/css'>table { border: 1px solid black; display: inline-block; }td { border: 1px solid black; padding: 0.5ex; }</style><style type='text/css'>div.bibtexentry { margin-left: 2em; text-indent: -2em; }span.bibtexlabel:before{ content: '['; }span.bibtexlabel:after{ content: '] '; }</style><style type='text/css'>div.standard {text-align: left;}h2.section {font-weight: normal;font-style: normal;font-variant: small-caps;font-size: medium;margin-top: 1.3ex;margin-bottom: 0.7ex;text-align: center;}div.plain_layout {text-align: left;}</style><a id='magicparlabel-3' ></a>
Table of Contents
<a href='#magicparlabel-906' class='tocentry'>1 Model</a> <a href='#magicparlabel-906' class='tocarrow'>></a>
<a href='#magicparlabel-4' class='tocentry'>2 Equations</a> <a href='#magicparlabel-4' class='tocarrow'>></a>
<a href='#magicparlabel-6' class='tocentry'>3 Parameters</a> <a href='#magicparlabel-6' class='tocarrow'>></a>
<a href='#magicparlabel-444' class='tocentry'>4 Initial Data</a> <a href='#magicparlabel-444' class='tocarrow'>></a>
<a href='#magicparlabel-732' class='tocentry'>5 Simulation</a> <a href='#magicparlabel-732' class='tocarrow'>></a>
<a href='#magicparlabel-26809' class='tocentry'>6 Conclusion</a> <a href='#magicparlabel-26809' class='tocarrow'>></a>
Contents |
1 <a id='magicparlabel-906' ></a>Model
<a id='magicparlabel-913' ></a>For the Red Light Sensor the approach was to omit the PhyB pathway and guess that the autophosphorelation rate of EnvZ increases linearly with the Intensity of Red Light. If you want to include the PhyB pathway in your model the Paper by Rausenberger [<a href='#Rausenberger-2010'>2</a>] should be of great help. The EnvZ/OmpR pathway was modeled according to the Paper by Igoshin [<a href='#Igoshin-2008'>1</a>]. Finally the dye output was an adaption of the model proposed in the paper by Yildirim [<a href='#Yildirim-2004'>3</a>].
<a id='magicparlabel-24389' ></a>
<a id='magicparlabel-24391' ></a><img style='width:100%;' src='https://static.igem.org/mediawiki/2011/6/63/4_Users_schaluck_Desktop_redlight.png' alt='image: 4_Users_schaluck_Desktop_redlight.png' ></a>
<a id='magicparlabel-24392' ></a>
<a id='magicparlabel-23864' ></a>If the binding mechanics for the OmpR promoter are of interest, one should consult the paper by Yoshida [<a href='#Yoshida-2006'>4</a>]. They have not been integrated in this model, see the guide for details on how to do that.
2 <a id='magicparlabel-14'></a>Equations
<a id='magicparlabel-15'></a><math display='block' xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mtable> <mtr> <mtd> <mrow><mi>E</mi><mi>n</mi><mi>v</mi><mi>Z</mi> </mrow> </mtd> <mtd> <msub> <mrow> <mover> <mrow><mi>x</mi> </mrow><mo stretchy='true'>˙</mo> </mover> </mrow> <mrow><mn>1</mn> </mrow> </msub> </mtd> <mtd><mo>=</mo> </mtd> <mtd> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>a</mi><mi>d</mi> </mrow> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>2</mn> </mrow> </msub><mo>-</mo> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>a</mi><mi>p</mi> </mrow> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>1</mn> </mrow> </msub><mi>R</mi><mi>e</mi><mi>d</mi><mi>L</mi><mi>i</mi><mi>g</mi><mi>h</mi><mi>t</mi><mo>⁡</mo><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo><mi>t</mi><mo form='postfix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>)</mo><mo>+</mo> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>d</mi><mn>2</mn> 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3 <a id='magicparlabel-6' ></a>Parameters
<a id='magicparlabel-7' ></a><thead>
<a id='magicparlabel-191' ></a>Parameter | <a id='magicparlabel-194' ></a>Value | <a id='magicparlabel-197' ></a>Unit | <a id='magicparlabel-200' ></a>Name | <a id='magicparlabel-203' ></a>Source |
|---|---|---|---|---|
<a id='magicparlabel-206' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>a</mi><mi>p</mi> </mrow> </mrow> </msub> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-209' ></a>0.1 | <a id='magicparlabel-212' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-215' ></a>EnvZ autophosphorelation rate | <a id='magicparlabel-218' ></a>[<a href='#Igoshin-2008'>1</a>] |
<a id='magicparlabel-221' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>a</mi><mi>d</mi> </mrow> </mrow> </msub> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-224' ></a>0.001 | <a id='magicparlabel-227' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-230' ></a>EnvZ dephospholeration rate | <a id='magicparlabel-233' ></a>[<a href='#Igoshin-2008'>1</a>] |
<a id='magicparlabel-236' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>b</mi><mn>1</mn> </mrow> </mrow> </msub> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-239' ></a>0.5 | <a id='magicparlabel-242' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-245' ></a>binding rate EnvZ-P & OmpR | <a id='magicparlabel-248' ></a>[<a href='#Igoshin-2008'>1</a>] |
<a id='magicparlabel-251' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>d</mi><mn>1</mn> </mrow> </mrow> </msub> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-254' ></a>0.5 | <a id='magicparlabel-257' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-260' ></a>unbinding rate EnvZ-P.OmpR | <a id='magicparlabel-263' ></a>[<a href='#Igoshin-2008'>1</a>] |
<a id='magicparlabel-266' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>b</mi><mn>2</mn> </mrow> </mrow> </msub> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-269' ></a>0.05 | <a id='magicparlabel-272' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-275' ></a>binding rate EnvZ & OmpR-P | <a id='magicparlabel-278' ></a>[<a href='#Igoshin-2008'>1</a>] |
<a id='magicparlabel-281' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>d</mi><mn>2</mn> </mrow> </mrow> </msub> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-284' ></a>0.5 | <a id='magicparlabel-287' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-290' ></a>unbinding rate EnvZ.OmpR-P | <a id='magicparlabel-293' ></a>[<a href='#Igoshin-2008'>1</a>] |
<a id='magicparlabel-296' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>b</mi><mn>3</mn> </mrow> </mrow> </msub> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-299' ></a>0.5 | <a id='magicparlabel-302' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-305' ></a>binding rate EnvZ & OmpR | <a id='magicparlabel-308' ></a>[<a href='#Igoshin-2008'>1</a>] |
<a id='magicparlabel-311' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>d</mi><mn>3</mn> </mrow> </mrow> </msub> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-314' ></a>5 | <a id='magicparlabel-317' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-320' ></a>unbinding rate EnvZ.OmpR | <a id='magicparlabel-323' ></a>[<a href='#Igoshin-2008'>1</a>] |
<a id='magicparlabel-326' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>p</mi><mi>h</mi> </mrow> </mrow> </msub> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-329' ></a>0.05 | <a id='magicparlabel-332' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-335' ></a>dephosphorelation rate EnvZ.OmpR-P | <a id='magicparlabel-338' ></a>[<a href='#Igoshin-2008'>1</a>] |
<a id='magicparlabel-341' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>p</mi><mi>t</mi> </mrow> </mrow> </msub> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-344' ></a>1.5 | <a id='magicparlabel-347' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-350' ></a>phosphotransfer rate | <a id='magicparlabel-353' ></a>[<a href='#Igoshin-2008'>1</a>] |
<a id='magicparlabel-356' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mrow><mi>K</mi><mn>1</mn> </mrow> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-359' ></a>5 | <a id='magicparlabel-362' ></a>nM | <a id='magicparlabel-365' ></a>response param. OmpR-P,lacZ | <a id='magicparlabel-368' ></a>guessed |
<a id='magicparlabel-371' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi> α </mi> </mrow> <mrow><mi>M</mi> </mrow> </msub> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-374' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>0.997</mn> </mrow> <mrow><mn>60</mn> </mrow> </mfrac> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-377' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow> <mrow><mi>n</mi><mi>M</mi> </mrow> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-380' ></a>max transcription rate lacZ | <a id='magicparlabel-383' ></a>[<a href='#Yildirim-2004'>3</a>] |
<a id='magicparlabel-386' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi> α </mi> </mrow> <mrow><mi>B</mi> </mrow> </msub> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-389' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow> <mrow><mn>1.661</mn><mi>e</mi><mo>-</mo><mn>5</mn> </mrow> </mrow> <mrow><mn>60</mn> </mrow> </mfrac> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-392' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-395' ></a>max translation rate lacZ | <a id='magicparlabel-398' ></a>[<a href='#Yildirim-2004'>3</a>] |
<a id='magicparlabel-401' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi> α </mi> </mrow> <mrow><mi>A</mi> </mrow> </msub> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-404' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>20</mn> </mrow> <mrow><mn>60</mn> </mrow> </mfrac> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-407' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-410' ></a>enzymatic reaction rate | <a id='magicparlabel-413' ></a>[<a href='#Yildirim-2004'>3</a>] |
<a id='magicparlabel-416' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi> γ </mi> </mrow> <mrow><mi>M</mi> </mrow> </msub> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-419' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>0.411</mn> </mrow> <mrow><mn>60</mn> </mrow> </mfrac> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-422' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-425' ></a>degradation lacZ mRNA | <a id='magicparlabel-428' ></a>[<a href='#Yildirim-2004'>3</a>] |
<a id='magicparlabel-431' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi> γ </mi> </mrow> <mrow><mi>B</mi> </mrow> </msub> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-434' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow> <mrow><mn>8.331</mn><mi>e</mi><mo>-</mo><mn>4</mn> </mrow> </mrow> <mrow><mn>60</mn> </mrow> </mfrac> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-437' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-440' ></a>degradation <math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow><mi> β </mi> </mrow></math>-Galactosidase | <a id='magicparlabel-443' ></a>[<a href='#Yildirim-2004'>3</a>] |
4 <a id='magicparlabel-444' ></a>Initial Data
<a id='magicparlabel-445' ></a><thead>
<a id='magicparlabel-569' ></a>Name | <a id='magicparlabel-572' ></a>Variable | <a id='magicparlabel-575' ></a>Initial Value | <a id='magicparlabel-578' ></a>Comment | <a id='magicparlabel-581' ></a>Source |
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<a id='magicparlabel-584' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mrow><mi>E</mi><mi>n</mi><mi>v</mi><mi>Z</mi> </mrow> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-587' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>1</mn> </mrow> </msub> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-590' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>3500</mn> </mrow> <mrow><mn>0.60221</mn> </mrow> </mfrac> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-593' ></a>3500 molecules per cell | <a id='magicparlabel-596' ></a>[<a href='#Igoshin-2008'>1</a>] |
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<a id='magicparlabel-629' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mrow><mi>E</mi><mi>n</mi><mi>v</mi><mi>Z</mi><mn>.</mn><mi>O</mi><mi>m</mi><mi>p</mi><mi>R</mi><mo>-</mo><mi>P</mi> </mrow> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-632' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>4</mn> </mrow> </msub> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-635' ></a>0 | <a id='magicparlabel-638' ></a> | <a id='magicparlabel-641' ></a> |
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<a id='magicparlabel-659' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mrow><mi>O</mi><mi>m</mi><mi>p</mi><mi>R</mi> </mrow> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-662' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>6</mn> </mrow> </msub> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-665' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>100</mn> </mrow> <mrow><mn>0.60221</mn> </mrow> </mfrac> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-668' ></a>100 molecules per cell | <a id='magicparlabel-671' ></a>[<a href='#Igoshin-2008'>1</a>] |
<a id='magicparlabel-674' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mrow><mi>E</mi><mi>n</mi><mi>v</mi><mi>Z</mi><mn>.</mn><mi>O</mi><mi>m</mi><mi>p</mi><mi>R</mi> </mrow> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-677' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>7</mn> </mrow> </msub> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-680' ></a>0 | <a id='magicparlabel-683' ></a> | <a id='magicparlabel-686' ></a> |
<a id='magicparlabel-689' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mrow><mi>l</mi><mi>a</mi><mi>c</mi> <msub> <mrow><mi>Z</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>m</mi><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi> </mrow> </mrow> </msub> </mrow> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-692' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>8</mn> </mrow> </msub> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-695' ></a>0 | <a id='magicparlabel-698' ></a> | <a id='magicparlabel-701' ></a> |
<a id='magicparlabel-704' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mrow><mi> β </mi><mo>-</mo><mi>G</mi><mi>a</mi><mi>l</mi><mi>a</mi><mi>c</mi><mi>t</mi><mi>o</mi><mi>s</mi><mi>i</mi><mi>d</mi><mi>a</mi><mi>s</mi><mi>e</mi> </mrow> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-707' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>9</mn> </mrow> </msub> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-710' ></a>0 | <a id='magicparlabel-713' ></a> | <a id='magicparlabel-716' ></a> |
<a id='magicparlabel-719' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mrow><mi>d</mi><mi>y</mi><mi>e</mi> </mrow> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-722' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>10</mn> </mrow> </msub> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-725' ></a>0 | <a id='magicparlabel-728' ></a> | <a id='magicparlabel-731' ></a> |
5 <a id='magicparlabel-732' ></a>Simulation
<a id='magicparlabel-733' ></a>The goal of the simulation was to investigate the dependence of the activation time and deactivation time as well as the output of dye on the irradiation time and the irradiation intesity.
<a id='magicparlabel-1419' ></a>The range of both were adapted such that further increase would lead to no qualitative change.
<a id='magicparlabel-25225' ></a>Irradiation starts immediately at <math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mrow><mi>t</mi><mo>=</mo><mn>0</mn> </mrow> </mrow></math>. The activation time is then determined by the time the mRNA concentration exceeds a concentration of <math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mrow><mn>0.5</mn><mi>n</mi><mi>M</mi> </mrow> </mrow></math>.
<a id='magicparlabel-26255' ></a>
</a>
</a>
<a id='magicparlabel-17094' ></a>
<a id='magicparlabel-17106' ></a>
<a id='magicparlabel-17117' ></a><img style='width:100%;' src='https://static.igem.org/mediawiki/2011/f/f9/1_Users_schaluck_Documents_MATLAB_BT_ractivation.png' alt='image: 1_Users_schaluck_Documents_MATLAB_BT_ractivation.png' ></a>
<a id='magicparlabel-17105' ></a>We see that the activation time only depends on the intensity of the light, not on the exposure time which should coincide with the real world behavior.
<a id='magicparlabel-25627' ></a>The deactivation time is defined as the timespan that the mRNA concentration needs to again drop below the threshold of <math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mrow><mn>0.5</mn><mi>n</mi><mi>M</mi> </mrow> </mrow></math> after expiration of the exposure time.
<a id='magicparlabel-18240' ></a>
<a id='magicparlabel-16240' ></a><img style='width:100%;' src='https://static.igem.org/mediawiki/2011/f/f9/2_Users_schaluck_Documents_MATLAB_BT_rdeactivation.png' alt='image: 2_Users_schaluck_Documents_MATLAB_BT_rdeactivation.png' ></a>
<a id='magicparlabel-1432' ></a>We see that this deactivation time strongly depends on the intensity and approaches its upper bound only slowly. This is due to the fact that increasing the intensity results in an increase of the autophosphorylation rate of EnvZ and thus causes a shift of the stable state for the phosphorylated OmpR to a higher level. Hence more time is needed to dephosporylate all OmpR and drop the mRNA concentration below the threshold.
<a id='magicparlabel-25857' ></a>The final point of interest is the total output of dye. For this the value of <math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mrow> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>10</mn> </mrow> </msub><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo><mn>40000</mn><mo form='postfix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>)</mo> </mrow> </mrow></math> was used. Although this might not be the final output of the system, it should be a rough approximation.
<a id='magicparlabel-26601' ></a>
<a id='magicparlabel-16592' ></a><img style='width:100%;' src='https://static.igem.org/mediawiki/2011/b/bc/3_Users_schaluck_Documents_MATLAB_BT_routput.png' alt='image: 3_Users_schaluck_Documents_MATLAB_BT_routput.png' ></a>
<a id='magicparlabel-16584' ></a>
<a id='magicparlabel-737' ></a>We see that the value depends on both intensity and exposure time, but the upper limit with respect to the intensity is reached quite quickly. The output seems to depend linearly on the exposure time and does not seem to be anywhere near reaching a limit.
6 <a id='magicparlabel-26809' ></a>Conclusion
<a id='magicparlabel-27174' ></a>We can observe that increasing the intensity does increase the deactivation time but does not change the final expression output. For our final system the deactivation time defines the minimum recommended time between two single excitations of focused points. Hence a sufficiently high exposure time at low intensity is desirable.
<a id='magicparlabel-26763' ></a>
")
References
<a id='Igoshin-2008' ></a>1. Igoshin, Oleg A and Alves, Rui and Savageau, Michael A, 'Hysteretic and graded responses in bacterial two-component signal transduction', Mol Microbiol (2008), 1196-215.
<a id='Rausenberger-2010' ></a>2. Rausenberger, Julia and Hussong, Andrea and Kircher, Stefan and Kirchenbauer, Daniel and Timmer, Jens and Nagy, Ferenc and Schäfer, Eberhard and Fleck, Christian, 'An integrative model for phytochrome B mediated photomorphogenesis: from protein dynamics to physiology', PLoS One (2010), e10721.
<a id='Yildirim-2004' ></a>3. Yildirim, N and Santillan, M and Horike, D and Mackey, MC, 'Dynamics and bistability in a reduced model of the lac operon', CHAOS (2004), 279-292.
<a id='Yoshida-2006' ></a>4. T. Yoshida and L. Qin and L. A. Egger and M. Inouye, 'Transcription Regulation of ompf and ompc by a Single Transcription Factor Ompr', Journal of Biological Chemistry (2006), 17114-17123.
