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Prólogo: el estándar BioBrick

A principios de la primera década del siglo XXI, Tom Knight y colaboradores desarrollaron un marco teórico para estandarizar el proceso de diseño biotecnológico: el estándar BioBrick, que consiste en catalogar cada ínfima función celular que sea dependiente de una secuencia de ADN y darle un formato predefinido. Cada BioBrick empieza y acaba igual, y sólo difieren en la región central. Gracias a las secuencias de los extremos, el método de unión de BioBricks está estandarizado.

Gracias a este estándar, promovido y difundido por el iGEM, muchos equipos de investigación han logrado implementar funciones complejas en una sola célula. Últimamente, algunos equipos están comenzando a distribuir circuitos más complejos entre varias estirpes. Pero el BioBrick presenta ciertas limitaciones que se ponen de manifiesto cuando el circuito se vuelve demasiado complejo dentro de una misma célula, ya que ésto le acarrea una gran carga metabólica. Por otro lado, si se opta por distribuir el circuito entre varias estirpes, el número de sistemas de comunicación entre estirpes (como quorum sensing) aumentará conforme aumente la complejidad, y esto implica que será necesario caracterizar más y más sustancias de comunicación entre estirpes. El Ubbit

Nuestra propuesta es ampliar el estándar BioBrick ,pero no aumentando sus librerías de componentes, sino añadiendo varios escalones en la jerarquía de abstracción. Tenemos verdadera fe en que la tendencia de la biología sintética en esta nueva década va a ser distribuir funciones complejas entre varias estirpes para no sobrecargar a las células. El aumento de sustancias de comunicación limitará a su vez el número de estirpes que pueden estar en un mismo medio. Y ésto nos lleva a la necesidad de separar distintas comunidades de bacterias en distintos lugares físicamente. Este proyecto perseguirá encontrar una sustancia que sirva de comunicación entre comunidades, constituyendo algo así como un quorum sensing sintético. Esta sustancia, el Ubbit (de Universal BioBit), deberá cumplir varios requisitos: primero, debe poder ser biosintetizada; segundo, debe poder ser degradada eficientemente; y tercero, debe poder inducir la expresión génica de lo que queramos en otra célula diana. Nuestro estudio valorará varias sustancias para la candidatura y finalmente publicará los resultado con una licencia de uso libre por determinar (probablemente una licencia Creative Commons).

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