Une course entre deux stratégies différentes a été utilisé afin d'obtenir la première part

Chez E. coli le système de production de curli est organisé en deux opérons divergeant avec les gènes csgA, csgB et csgC d'un côté et csgD, csgE, csgF et csgG de l'autre. Donc, pour atteindre la première approche du projet, il est nécessaire de commencer par la création de trois " sous-parties ": la première serait la partie avec le promoteur exclusif PrcnA, la seconde serait le partie avec les gènes csgA et csgB et la dernière serait la partie avec les gènes csgE, csgF et csgG.

La synthèse de cette première part d'ADN (le promoteur Prcn-csgBAEFG inductible par le cobalt, conçu pour induire la formation de biofilm et à promouvoir l'adhésion cellulaire) a été conçu en mettant en concurrence les deux méthodes: une approche complètement synthétique, et une méthode "manuel" impliquant des étapes de PCR suivie par des ligations.

• The first approach consist in ordering the whole part at a private company (Genecust).


• The second approach was to made it directly at the bench, this approach included three steps: first the amplification by PCR of each of the sub parts, second a mutagenesis step to remove all the natural internal EcoRI sites located in the sub parts, and finally the ligation of these parts.

Both approches were initiated at the same time, and if the second one allowed us to obtain PCR amplifications of the correct size (see figure) and a complete Prcn-csgBAEFG construction, unfortunately sequencing analysis revealed unexpected mutations that were not removed before reception of the whole part made by Genecust. In brief the "click and order" strategy wins the race !

PCR amplification of sub-parts : csgEFG 1.8kb (lane 1), csgBA 1kb (lane 3) et Prcn 0.5kb (lane 5) and PCR negative controls (lanes 2, 4 and 6)