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Team:TU Munich/model/redlightdata
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Revision as of 17:05, 10 September 2011 by FabianFroehlich (Talk | contribs)
<a id='magicparlabel-11836' ></a>
Table of Contents
<a href='#magicparlabel-12572' class='tocentry'>1 Equations</a> <a href='#magicparlabel-12572' class='tocarrow'>></a>
<a href='#magicparlabel-11838' class='tocentry'>2 Parameters</a> <a href='#magicparlabel-11838' class='tocarrow'>></a>
<a href='#magicparlabel-12276' class='tocentry'>3 Initial Data</a> <a href='#magicparlabel-12276' class='tocarrow'>></a>
<a href='#magicparlabel-12564' class='tocentry'>4 Simulation</a> <a href='#magicparlabel-12564' class='tocarrow'>></a>
<a href='#magicparlabel-12566' class='tocentry'>5 Attribution</a> <a href='#magicparlabel-12566' class='tocarrow'>></a>
Contents |
1 <a id='magicparlabel-12572' ></a>Equations
<a id='magicparlabel-11837' ></a><math display='block' xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mtable> <mtr> <mtd> <mrow><mi>E</mi><mi>n</mi><mi>v</mi><mi>Z</mi> </mrow> </mtd> <mtd> <msub> <mrow> <mover> <mrow><mi>x</mi> </mrow><mo stretchy='true'>˙</mo> </mover> </mrow> <mrow><mn>1</mn> </mrow> </msub> </mtd> <mtd><mo>=</mo> </mtd> <mtd> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>a</mi><mi>d</mi> </mrow> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>2</mn> </mrow> </msub><mo>-</mo> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>a</mi><mi>p</mi> </mrow> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>1</mn> </mrow> </msub><mi>R</mi><mi>L</mi><mo>+</mo> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>d</mi><mn>2</mn> </mrow> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>4</mn> </mrow> </msub><mo>-</mo> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>b</mi><mn>2</mn> </mrow> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> 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2 <a id='magicparlabel-11838' ></a>Parameters
<a id='magicparlabel-11839' ></a><thead>
<a id='magicparlabel-12023' ></a>Parameter | <a id='magicparlabel-12026' ></a>Value | <a id='magicparlabel-12029' ></a>Unit | <a id='magicparlabel-12032' ></a>Name | <a id='magicparlabel-12035' ></a>Source |
|---|---|---|---|---|
<a id='magicparlabel-12038' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>a</mi><mi>p</mi> </mrow> </mrow> </msub> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-12041' ></a>0.1 | <a id='magicparlabel-12044' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-12047' ></a>EnvZ autophosphorelation rate | <a id='magicparlabel-12050' ></a>[<a href='#Igoshin-2008'>1</a>] |
<a id='magicparlabel-12053' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>a</mi><mi>d</mi> </mrow> </mrow> </msub> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-12056' ></a>0.001 | <a id='magicparlabel-12059' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-12062' ></a>EnvZ dephospholeration rate | <a id='magicparlabel-12065' ></a>[<a href='#Igoshin-2008'>1</a>] |
<a id='magicparlabel-12068' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>b</mi><mn>1</mn> </mrow> </mrow> </msub> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-12071' ></a>0.5 | <a id='magicparlabel-12074' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-12077' ></a>binding rate EnvZ-P & OmpR | <a id='magicparlabel-12080' ></a>[<a href='#Igoshin-2008'>1</a>] |
<a id='magicparlabel-12083' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>d</mi><mn>1</mn> </mrow> </mrow> </msub> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-12086' ></a>0.5 | <a id='magicparlabel-12089' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-12092' ></a>unbinding rate EnvZ-P.OmpR | <a id='magicparlabel-12095' ></a>[<a href='#Igoshin-2008'>1</a>] |
<a id='magicparlabel-12098' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>b</mi><mn>2</mn> </mrow> </mrow> </msub> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-12101' ></a>0.05 | <a id='magicparlabel-12104' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-12107' ></a>binding rate EnvZ & OmpR-P | <a id='magicparlabel-12110' ></a>[<a href='#Igoshin-2008'>1</a>] |
<a id='magicparlabel-12113' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>d</mi><mn>2</mn> </mrow> </mrow> </msub> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-12116' ></a>0.5 | <a id='magicparlabel-12119' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-12122' ></a>unbinding rate EnvZ.OmpR-P | <a id='magicparlabel-12125' ></a>[<a href='#Igoshin-2008'>1</a>] |
<a id='magicparlabel-12128' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>b</mi><mn>3</mn> </mrow> </mrow> </msub> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-12131' ></a>0.5 | <a id='magicparlabel-12134' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-12137' ></a>binding rate EnvZ & OmpR | <a id='magicparlabel-12140' ></a>[<a href='#Igoshin-2008'>1</a>] |
<a id='magicparlabel-12143' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>d</mi><mn>3</mn> </mrow> </mrow> </msub> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-12146' ></a>5 | <a id='magicparlabel-12149' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-12152' ></a>unbinding rate EnvZ.OmpR | <a id='magicparlabel-12155' ></a>[<a href='#Igoshin-2008'>1</a>] |
<a id='magicparlabel-12158' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>p</mi><mi>h</mi> </mrow> </mrow> </msub> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-12161' ></a>0.05 | <a id='magicparlabel-12164' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-12167' ></a>dephosphorelation rate EnvZ.OmpR-P | <a id='magicparlabel-12170' ></a>[<a href='#Igoshin-2008'>1</a>] |
<a id='magicparlabel-12173' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>p</mi><mi>t</mi> </mrow> </mrow> </msub> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-12176' ></a>1.5 | <a id='magicparlabel-12179' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-12182' ></a>phosphotransfer rate | <a id='magicparlabel-12185' ></a>[<a href='#Igoshin-2008'>1</a>] |
<a id='magicparlabel-12188' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mrow><mi>K</mi><mn>1</mn> </mrow> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-12191' ></a>5 | <a id='magicparlabel-12194' ></a>nM | <a id='magicparlabel-12197' ></a>response param. OmpR-P,lacZ | <a id='magicparlabel-12200' ></a>guessed |
<a id='magicparlabel-12203' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi> α </mi> </mrow> <mrow><mi>M</mi> </mrow> </msub> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-12206' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>0.997</mn> </mrow> <mrow><mn>60</mn> </mrow> </mfrac> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-12209' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow> <mrow><mi>n</mi><mi>M</mi> </mrow> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-12212' ></a>max transcription rate lacZ | <a id='magicparlabel-12215' ></a>[<a href='#Yildirim-2004'>2</a>] |
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3 <a id='magicparlabel-12276' ></a>Initial Data
<a id='magicparlabel-12277' ></a><thead>
<a id='magicparlabel-12401' ></a>Name | <a id='magicparlabel-12404' ></a>Variable | <a id='magicparlabel-12407' ></a>Initial Value | <a id='magicparlabel-12410' ></a>Comment | <a id='magicparlabel-12413' ></a>Source |
|---|---|---|---|---|
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<a id='magicparlabel-12431' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mrow><mi>E</mi><mi>n</mi><mi>v</mi><mi>Z</mi><mo>-</mo><mi>P</mi> </mrow> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-12434' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>2</mn> </mrow> </msub> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-12437' ></a>0 | <a id='magicparlabel-12440' ></a> | <a id='magicparlabel-12443' ></a> |
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<a id='magicparlabel-12461' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mrow><mi>E</mi><mi>n</mi><mi>v</mi><mi>Z</mi><mn>.</mn><mi>O</mi><mi>m</mi><mi>p</mi><mi>R</mi><mo>-</mo><mi>P</mi> </mrow> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-12464' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>4</mn> </mrow> </msub> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-12467' ></a>0 | <a id='magicparlabel-12470' ></a> | <a id='magicparlabel-12473' ></a> |
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<a id='magicparlabel-12521' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mrow><mi>l</mi><mi>a</mi><mi>c</mi> <msub> <mrow><mi>Z</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>m</mi><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi> </mrow> </mrow> </msub> </mrow> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-12524' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>8</mn> </mrow> </msub> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-12527' ></a>0 | <a id='magicparlabel-12530' ></a> | <a id='magicparlabel-12533' ></a> |
<a id='magicparlabel-12536' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mrow><mi> β </mi><mo>-</mo><mi>G</mi><mi>a</mi><mi>l</mi><mi>a</mi><mi>c</mi><mi>t</mi><mi>o</mi><mi>s</mi><mi>i</mi><mi>d</mi><mi>a</mi><mi>s</mi><mi>e</mi> </mrow> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-12539' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>9</mn> </mrow> </msub> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-12542' ></a>0 | <a id='magicparlabel-12545' ></a> | <a id='magicparlabel-12548' ></a> |
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4 <a id='magicparlabel-12564' ></a>Simulation
<a id='magicparlabel-12565' ></a>TBD
5 <a id='magicparlabel-12566' ></a>Attribution
<a id='magicparlabel-12567' ></a>The red light sensor was modeled according to the paper “Hysteretic and graded responses in bacterial two-component signal transduction”[<a href='#Igoshin-2008'>1</a>]
<a id='magicparlabel-12568' ></a>The Expression of lacZ is an adaption of the model given by “Dynamics and bistability in a reduced model of the lac operon”[<a href='#Yildirim-2004'>2</a>]
<a id='magicparlabel-12569' ></a>
")
References
<a id='Igoshin-2008' ></a>1Igoshin, Oleg A and Alves, Rui and Savageau, Michael A, 'Hysteretic and graded responses in bacterial two-component signal transduction', Mol Microbiol (2008), 1196-215.
<a id='Yildirim-2004' ></a>2Yildirim, N and Santillan, M and Horike, D and Mackey, MC, 'Dynamics and bistability in a reduced model of the lac operon', CHAOS (2004), 279-292.
