Team:CongoDRC-Bel Campus

ABSRTACT
NB. We have two differents approaches for this project: modelling transmission and engineered mycobacterial vaccine.

1.TRANSMISSION

Buruli Ulcer (BU) is a debilitating disease that mainly affects the skin but which can also affect the bone. The causative agent is called Mycobacterium ulcerans, which although different, belongs to the same family of organisms that cause leprosy and tuberculosis. This affection is one of the most common mycobacterial diseases in human health. Several cases of BU have been identified in at least 26 countries in the African Region since the early 1940s. However, in recent years, an increasing number of cases have been recorded in nearly all Western Africa countries, along the Gulf of Guinea. The causative agent is Mycobacterium ulcerans. For it to cause disease, it must either be transmitted from one infected individual directly to another (e.g.; direct contact) or through the environment (e.g.; via an intermediate host) to a susceptible host. It must also have the capability of surviving and multiplying in either the environment or the host or in both.

Generally, the reservoir of infection is not exactly known but is believed to be either the sick individual or the environment, especially marshy soil and vegetation along slow-flowing streams and rivers, or perhaps an intermediate host that thrives in such environment conditions. The latent period for infection to progress to disease in the susceptible host is also not well known. The mode of transmission is not entirely known. Recent evidence suggests that certain aquatic insects (aquatic bug) belonging to the genus Naucoris and Diplonychus may be involved in the transmission of the infection. The causative agent is commonly introduced into the skin (from surface contamination) through traumatic breaches in the skin (irrespective of size). However, it is not well understood whether infection can occur directly through the intact skin, after an insect bite, or by direct person –to-person contact.


One interesting hypothesis concerns the possibility of transmission by some aquatic species. Nevertheless, this bacteria it’s environmental, the simple hypothesis is the direct transmission of M.ulcerans by contaminated water. To identify the more probable way of transmission of M.ulcerans in environment, we rely on data and mathematical modeling transmission of M.ulcerans. Using Synthetic biology approaches we managed to build two different epidemiological models taken account of these two ways of possible transmission. The first model concerns the “environmental” transmission by contact with mycobacteria, through contaminated water. The second epidemiological model concerns the transmission of mycobacterium by ecological “networks”. The parameters of these two epidemiological models will be estimated from data of field with the more probable mode of transmission.

2.VACCINE.
M. ulcerans causing by B.U. This infection can be treated with multi drugs regime (rifampicin and streptomycin) but this is often associated with induced antibiotic resistance and does not protect individuals from re-infection Vaccination against M. ulcerans can therefore be aviable alternator to control this wide spread infection. However, developing an effective vaccine against M. ulcerans has presented a challenge because M. ulcérans or its components.

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NB. Sisi differents njia mbili kwa ajili ya mradi huu: modeling maambukizi na engineered mycobacterial chanjo.

1.TRANSMISSION


Buruli kidonda (Bu) ni ugonjwa wa lazima kwamba hasa unaathiri ngozi lakini ambayo inaweza pia kuathiri mifupa. wakala causative inaitwa Mycobacterium ulcerans, ambayo ingawa tofauti, ni mali ya familia moja ya viumbe kwamba sababu ukoma na kifua kikuu. Upendo hii ni moja ya magonjwa ya kawaida mycobacterial katika afya ya binadamu. Matukio kadhaa ya Bu zinajulikana kwa uchache katika nchi 26 katika Mkoa wa Afrika tangu miaka ya 1940 mapema. Hata hivyo, katika miaka ya hivi karibuni, kuongezeka kwa idadi ya kesi wamekuwa kumbukumbu katika karibu nchi zote za Afrika Magharibi, pamoja na Ghuba ya Guinea. wakala causative ni Mycobacterium ulcerans. Kwa maana kwa sababu ya ugonjwa, ni lazima aidha kuambukizwa kutoka kwa mtu mmoja kuambukizwa moja kwa moja hadi nyingine (kwa mfano, kuwasiliana moja kwa moja) au kwa njia ya mazingira (mfano; kupitia jeshi kati) na mwenyeji wanahusika. Ni lazima pia kuwa na uwezo wa kuishi na kuzidisha katika mazingira ama au mwenyeji au zote mbili.

Kwa ujumla, hifadhi ya ukimwi si hasa inajulikana lakini ni kuamini kuwa aidha mtu mgonjwa au mazingira, hasa marshy udongo na mimea kwenye mito inapita polepole na mito, au labda jeshi kati kwamba vyema katika hali ya vile mazingira. kipindi latent kwa maambukizi ya maendeleo na ugonjwa huo katika jeshi wanahusika pia si vizuri sana. mode ya maambukizi si inajulikana kabisa. Ushahidi wa karibuni unaonyesha kuwa baadhi ya wadudu majini (majini bug) mali ya Naucoris jenasi na Diplonychus anaweza kushiriki katika maambukizi ya ukimwi. wakala causative ni kawaida kuletwa ndani ya ngozi (kutoka ytkontaminering) kwa njia ya ukiukaji kiwewe katika ngozi (bila kujali ukubwa). Hata hivyo, si vyema kama maambukizi yanaweza kutokea moja kwa moja kupitia ngozi intact, baada ya kuumwa na wadudu, au kwa kuwasiliana moja kwa moja mtu hadi mtu.

One hypothesis ya kuvutia wasiwasi ya uwezekano wa maambukizi kwa baadhi ya aina ya majini. Hata hivyo, hii ni bakteria mazingira, hypothesis rahisi ni maambukizi ya moja kwa moja ya M.ulcerans na maji yenye vimelea. Kutambua njia inaelekea zaidi ya maambukizi ya M.ulcerans katika mazingira, sisi kutegemea data na maambukizi ya hisabati modeling M.ulcerans. Kutumia mbinu biolojia Synthetic sisi imeweza kujenga mbili tofauti mifano epidemiological kuchukuliwa akaunti ya njia hizo mbili ya maambukizi iwezekanavyo. mtindo wa kwanza wasiwasi "mazingira" maambukizi kwa kuwasiliana na mycobacteria, kwa njia ya maji yenye vimelea. pili mfano epidemiological wasiwasi maambukizi ya mycobacterium na "mtandao" kiikolojia. vigezo ya mifano miwili epidemiological inakadiriwa kuwa na data ya shamba kwa mode inaelekea zaidi ya maambukizi.

2.VACCINE.

M. ulcerans na kusababisha kwa B.U. Maambukizi inaweza kutibiwa na serikali mbalimbali ya kulevya (Rifampicin na streptomycin) lakini hii ni mara nyingi zinazohusiana na upinzani ikiwa antibiotic na haina kulinda watu binafsi kutoka re-Chanjo dhidi ya maambukizi ya M. ulcerans hiyo anaweza kuwa aviable alternator kudhibiti kuenea kwa maambukizi ya upana huu. Hata hivyo, kuendeleza chanjo ufanisi dhidi ya M. ulcerans ina changamoto ya kuwasilishwa kwa sababu M. ulcérans au sehemu yake.


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Nous avons deux approches différentes pour ce projet: la transmission de modélisation et d'ingénierie de vaccins mycobactéries.

1.TRANSMISSION


Ulcère de Buruli (UB) est une maladie débilitante qui affecte principalement la peau mais qui peut aussi affecter l'os. L'agent causal est appelé Mycobacterium ulcerans, qui bien que différents, appartient à la même famille d'organismes qui causent la lèpre et la tuberculose. Cette affection est l'une des maladies les plus courantes mycobactérienne dans la santé humaine. Plusieurs cas d'UB ont été identifiés dans au moins 26 pays dans la Région africaine depuis le début des années 1940. Cependant, ces dernières années, un nombre croissant de cas ont été enregistrés dans presque tous les pays d'Afrique de l'Ouest, le long du golfe de Guinée. Car c'est de provoquer une maladie, il doit soit être transmis d'un individu infecté directement à un autre (par exemple, un contact direct) ou par le biais de l'environnement (par exemple, via un hôte intermédiaire) à un hôte sensible. Il doit également avoir la capacité de survivre et de se multiplier dans l'environnement ou de l'hôte ou dans les deux.

Généralement, le réservoir de l'infection n'est pas exactement connue, mais on croit être de l'individu soit malade ou l'environnement, le sol marécageux et la végétation en particulier le long cours d'eau lents et les rivières, ou peut-être un hôte intermédiaire qui prospère dans des conditions un tel environnement. La période de latence de l'infection au progrès de la maladie dans l'hôte sensible est également mal connue. Des données récentes suggèrent que certains insectes aquatiques (bug aquatiques) appartenant à la Naucoris genre et Diplonychus peuvent être impliqués dans la transmission de l'infection. L'agent causal est généralement introduit dans la peau (de la contamination de surface) à travers les brèches traumatiques dans la peau (indépendamment de leur taille). Cependant, il n'est pas bien compris si l'infection peut se produire directement par la peau intacte, après une piqûre d'insecte ou par contact direct de personne à personne.

Une hypothèse intéressante concerne la possibilité de transmission par certaines espèces aquatiques. Néanmoins, cette bactérie c'est l'environnement, l'hypothèse est simple: la transmission directe de M. ulcerans par l'eau contaminée. Pour identifier la manière la plus probable de transmission de M. ulcerans dans l'environnement, nous nous appuyons sur des données et la modélisation mathématique de la transmission M. ulcerans. En utilisant des approches de biologie de synthèse, nous avons réussi à construire deux différents modèles épidémiologiques prises en compte de ces deux modes de transmission possibles. Le premier modèle concerne les "environnementaux" la transmission par contact avec des mycobactéries, par l'eau contaminée. Le second modèle épidémiologique concerne la transmission de Mycobacterium par des facteurs écologiques "réseaux". Les paramètres de ces deux modèles épidémiologiques seront estimés à partir des données du terrain avec le mode plus probable de transmission.
2.VACCINE.

M. ulcerans provoquant par B.U. Cette infection peut être traitée avec le régime des médicaments multiples (rifampicine et streptomycine) mais cela est souvent associée à la résistance aux antibiotiques induite et ne protège pas les individus de ré-infection vaccination contre M. ulcerans peut donc être l'alternateur aviable pour contrôler cette infection très répandue. Toutefois, le développement d'un vaccin efficace contre M. ulcerans a présenté un défi parce que M. ulcerans ou de ses composants.

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NB. Tenemos dos enfoques diferentes para este proyecto: la transmisión de modelos y la vacuna de micobacterias de ingeniería.

1.TRANSMISSION


Úlcera de Buruli (UB) es una enfermedad debilitante que afecta principalmente la piel, sino que también pueden afectar el hueso. El agente etiológico es Mycobacterium ulcerans, que aunque son diferentes, pertenece a la misma familia de organismos que causan la lepra y la tuberculosis. Esta afección es una de las enfermedades micobacterianas más común en la salud humana. Varios casos de la UB se han identificado en al menos 26 países de la Región de África desde la década de 1940. Sin embargo, en los últimos años, un creciente número de casos se han registrado en casi todos los países de África occidental, a lo largo del Golfo de Guinea. Para que causan la enfermedad, éste deberá ser transmitido de una persona infectada directamente a otro (por ejemplo, el contacto directo) o por el medio ambiente (por ejemplo, a través de un huésped intermediario) a un huésped susceptible. También debe tener la capacidad de sobrevivir y multiplicarse en el medio ambiente o el anfitrión o en ambos.

En general, el reservorio de la infección no se conoce con exactitud, pero se cree que sea el enfermo o el medio ambiente, especialmente el suelo pantanoso y de la vegetación a lo largo de arroyos de corriente lenta y ríos, o tal vez de un huésped intermediario que prospera en condiciones de ese entorno. El período de latencia de la infección para el progreso de la enfermedad en el huésped susceptible tampoco es bien conocida. Evidencias recientes sugieren que ciertos insectos acuáticos (insectos acuáticos), perteneciente al género y Naucoris Diplonychus pueden estar implicados en la transmisión de la infección. El agente causal es común introduce en la piel (de la contaminación de la superficie) a través de violaciones traumáticas en la piel (independientemente de su tamaño). Sin embargo, no se entiende bien si la infección puede ocurrir directamente a través de la piel intacta, después de una picadura de insecto, o por contacto directo de persona a persona.

Una hipótesis interesante es la posibilidad de transmisión de algunas especies acuáticas. Sin embargo, esta bacteria es el medio ambiente, la simple hipótesis es la transmisión directa de M.ulcerans por el agua contaminada. Para identificar la forma más probable de transmisión de M.ulcerans en el ambiente, nos basamos en los datos y la transmisión de modelos matemáticos de M.ulcerans. La biología sintética utilizando enfoques nos las arreglamos para la construcción de dos diferentes modelos epidemiológicos tenido en cuenta estas dos formas de posible transmisión. El primer modelo se refiere a la "ambiental", la transmisión por el contacto con las micobacterias, a través de agua contaminada. El modelo epidemiológico segundo se refiere a la transmisión de Mycobacterium ecológica "redes". Los parámetros de estos dos modelos epidemiológicos se calculará a partir de datos de campo con el modo más probable de transmisión.

2.VACCINE.

M. ulcerans causa por B.U. Esta infección puede ser tratada con el régimen de medicamentos múltiples (rifampicina y estreptomicina), pero esto a menudo se asocia con resistencia a los antibióticos inducido y no proteger a las personas de la vacunación contra la re-infección de Mycobacterium ulcerans y por lo tanto, puede ser el alternador aviable para controlar esta infección de forma generalizada. Sin embargo, el desarrollo de una vacuna eficaz contra M. ulcerans ha presentado un reto, porque M. ulcerans o sus componentes.


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NB。我们有两个differents这个项目的方法：模拟传输和工程分枝杆菌疫苗。

1.TRANSMISSION


布鲁里溃疡（BU）是一种使人衰弱的疾病，主要侵犯皮肤，但它也影响骨。病原体被称为溃疡分枝杆菌，这虽然是不同的，属于同一家庭的生物体引起麻风病和肺结核。这种感情是人类健康的最常见的分枝杆菌疾病之一。卜的几起案件已确定在20世纪40年代初以来，至少有26个非洲地区国家。然而，近年来，越来越多的案件已被记录在几乎所有西非国家，沿几内亚湾。病原体是溃疡分枝杆菌。它引起疾病，它必须被发送从一个受感染的个人直接到另一个（例如，直接接触）或通过环境（例如，通过中间宿主）易感宿主。它也必须有能力的生存环境或主机，或在两个乘以。

一般而言，感染水库是不完全清楚，但被认为是患病的个人或环境，尤其是沼泽土壤和植被沿缓慢流动的溪流和河流，或者在这样的环境条件下茁壮成长的中间宿主，。潜伏期感染的易感宿主疾病进展也没有众所周知的。的传播方式是不完全知道。最近的证据表明，某些水生昆虫（水产品错误），属于属Naucoris和Diplonychus可能被感染的传播。常见的病原体是通过创伤违反皮肤在皮肤上（从表面污染）（不论大小）引入。但是，它没有很好地理解是否可以直接通过完整的皮肤发生感染，昆虫叮咬后，或由人对人的直接接触。

一个有趣的假设是关于传输的一些水生物种的可能性。然而，这种细菌的环境，简单的假设是M.ulcerans由被污染的水直接传输。为了识别环境中的M.ulcerans传输方式更可能，我们依靠的数据和数学建模传输M.ulcerans。使用合成生物学的方法，我们成功地建立两个不同的流行病学模型，采取的这两种方式可能传播的帐户。第一种模式关注的“环境”与分枝杆菌接触传播，通过污染的水。第二流行病学模型关注分枝杆菌的传播生态的“网络”。这两个流行病学模型参数估计的现场数据传输更可能的模式。

2.VACCINE。

B.U.引起的溃疡分枝杆菌多药物制度（利福平和链霉素），但是这往往是与诱导抗生素耐药性，并不能防止再感染对溃疡分枝杆菌疫苗的个人，因此，可以aviable发电机控制这种广泛的传播感染，这种感染是可以治疗的。然而，发展中国家对溃疡分枝杆菌有效的疫苗提出了挑战，因为溃疡分枝杆菌或其组成部分。

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ABSTRACT

NB. Wir haben zwei differents Ansätze für dieses Projekt: Modellierung Übertragung und entwickelt mykobakterielle Impfstoff.

1.TRANSMISSION


Buruli (BU) ist eine schwächende Krankheit, die vor allem die Haut, sondern die auch Einfluss auf die Knochen. Der Erreger ist Mycobacterium ulcerans, die zwar unterschiedlich, gehört zur selben Familie von Organismen, die Lepra und Tuberkulose verursachen. Diese Zuneigung ist eine der häufigsten Erkrankungen in mykobakterielle die menschliche Gesundheit. Mehrere Fälle von BU wurden in mindestens 26 Ländern in der afrikanischen Region seit den frühen 1940er Jahren identifiziert worden. Doch in den letzten Jahren haben eine zunehmende Zahl von Fällen, in fast allen westlichen Afrika Ländern festzustellen waren, entlang dem Golf von Guinea. Der Erreger ist Mycobacterium ulcerans. (; Direkten Kontakt zB) oder über die Umwelt Denn Krankheit zu verursachen, muss es entweder von einer infizierten Person direkt zu einem anderen übertragen werden (zB, über einen Zwischenwirt) einen empfänglichen Wirt. Es muss auch die Fähigkeit haben, zu überleben und vermehren entweder die Umwelt oder den Host-oder in beiden.

Im Allgemeinen ist das Reservoir der Infektion nicht genau bekannt, aber wird angenommen, dass entweder das kranke Individuum oder die Umwelt, vor allem sumpfigen Boden und Vegetation entlang langsam fließenden Bächen und Flüssen, oder vielleicht einen Zwischenwirt, dass in einer solchen Umgebung Bedingungen gedeiht. Die Latenzzeit für eine Infektion, die Krankheit in den empfänglichen Wirt Fortschritt ist auch nicht bekannt. Die Art der Übertragung ist nicht vollständig bekannt. Jüngsten Untersuchungen zufolge bestimmte Wasserinsekten (aquatische Bug), die zur Gattung Naucoris und Diplonychus kann bei der Übertragung der Infektion beteiligt sein. Der Erreger wird üblicherweise in die Haut (von Oberflächenkontamination) durch traumatische Verletzungen in der Haut (unabhängig von ihrer Größe) eingeführt. Allerdings ist es nicht gut verstanden, ob eine Infektion kann direkt durch die intakte Haut nach einem Insektenstich oder durch direkte Mensch-zu-Person zu kontaktieren.

Eine interessante Hypothese betrifft die Möglichkeit der Übertragung von einigen Wasserlebewesen. Dennoch, dieser Bakterien ist die Umwelt ist, ist die einfache Hypothese der direkten Übertragung von M.ulcerans durch verunreinigtes Wasser. Zur Identifizierung der wahrscheinlichere Weg der Übertragung von M.ulcerans in Umwelt, setzen wir auf Daten und mathematische Modellierung Übertragung von M.ulcerans. Mit Synthetische Biologie Ansätze es uns gelungen, zwei verschiedene epidemiologische Modelle berücksichtigen müssen diese zwei Arten von möglichen Übertragung zu bauen. Das erste Modell betrifft die "Umwelt"-Übertragung durch Kontakt mit Mykobakterien, durch verunreinigtes Wasser. Die zweite epidemiologische Modell betrifft die Übertragung von Mycobacterium durch ökologische "Netzwerke". Die Parameter dieser beiden epidemiologischen Modelle werden aus den Daten des Feldes mit desto wahrscheinlicher Übertragungsweg geschätzt werden.

2.VACCINE.

M. ulcerans verursacht durch B.U. Diese Infektion kann mit mehreren Medikamenten-Regime (Rifampicin und Streptomycin) aber das ist oft mit induzierten Resistenz gegen Antibiotika verbunden und nicht den einzelnen vor Re-Infektion Impfung gegen M. ulcerans kann daher Ansprechtemperatur Lichtmaschine sein, um diese weit verbreitete Infektion Kontrolle behandelt werden.Allerdings hat die Entwicklung eines wirksamen Impfstoffes gegen M. ulcerans eine Herausforderung dar, weil M. ulcerans oder deren Komponenten.