Team:TzuChiU Formosa/Notebook/photopaper

From 2011.igem.org

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'''Rhodobacter rudrum medium'''
'''Rhodobacter rudrum medium'''
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+
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<br>MgSO4．7H2O　　　　　　　　                0.2g
+
<br>MgSO4．7H2O　　　　　　　　                0.2g<br>
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<br>NaMO2O4．2H2O　　　　　　                  0.01g
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+
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<br>Sodium malate
<br>Sodium malate
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<br>(Sodium succinate dibasic hexohydrate)　  　5g
+
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+
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'''PCR'''
'''PCR'''
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<br>template DNA　　　1μl
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+
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<br>[acsAB/ XbaⅠ+SpeⅠ]
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<br>→37℃ for 16 hr
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<br>ligase buffer　　　　　　　2μl
+
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<br>ligase　　　　　　　　　　　　1μl
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'''PCR'''
'''PCR'''
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<br>PR0011 promoter　　　　　　　1μl
+
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<br>5×Buffer　　　　　　　　　　　　4μl
+
<br>5×Buffer　　　　　　　　　　　　4μl<br>
-
<br>2.5μM dNTP　　　　　　　　　　1.6μl
+
<br>2.5μM dNTP　　　　　　　　　　1.6μl<br>
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<br>Taq　　　　　　　　　　　　　　　0.2μl
+
<br>Taq　　　　　　　　　　　　　　　0.2μl<br>
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<br>ddH2O　　　　　　　　　　　　　　13.2μl
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<br>[PSB1C3-promoter]
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<br>ligase buffer　　　　　　　　2μl
+
<br>ligase buffer　　　　　　　　2μl<br>
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<br>ligase　　　　　　　　　　　　1μl
+
<br>ligase　　　　　　　　　　　　1μl<br>
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<br>ddH2O　　　　　　　　　　　　　-μl
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Revision as of 15:16, 3 October 2011

Contents

Photopaper

Meeting Notes

2011.02.24

Discussion:

  • Team organization
    caption
  • Brain storming
    • paper made by bacteria with add-ons such as colors, fragrance, etc.
    • "light up" the plants for replacing lamp posts.


2011.03.04

Discussion:

  • Team advisory
  • Brain storming
    • Add-ons: colorful cellulose which produced by bacteria such as beta-carotene
    • information exchange with iGEM 2009 Cambridge team


2011.03.14

Discussion:

  • Task Allocation
  • Brain storming
    • Avatar - "light up" the plants by transfecting symbiotic bacteria which cloned into fluorescence gene
    • Eco-friendly warmer - biotic thermal pad


2011.03.23

Discussion:

    • Project : paperia
    • Option 1 : Culture bacteria which has pigment gene
    • Option 2 : Cellulose-producing bacteria secrete pigment into the medium


2011.03.24

Discussion:

  • Exp. procedure:
    • cloning of cellulose gene’s CDS
    • the product should operate within E. coli.


2011.06.22

Discussion:

  • Due to some unforseen reason, the team decided to change their project.
  • New project: Biojenny

　　　　　　　　　-economical and humane way to produce paper in large quantities.
　　　　　　　　　-yeast to be our host

2011.07.01

Discussion:

  • Freeze > grin > genome DNA isolation > Cloning = silk protein gene


2011.07.09

Discussion:

  • the connections between 3 silk proteins : Fibl Fibh P25
  • major proteins : H-chain, L-chain, P25


2011.07.15

Discussion:

  • Due to limited resources and techniques required, the team decided to switch back to the previous project. Paper making !
  • However it would be modified to be more innovative and creative.


2011.07.18

Discussion:

  • Latest project : Photo paper
  • cyanobacteria is designed as the host, cellulose made up of the glucose produced by cyanobacteria could be one of the main attraction of the project.


2011.07.23

Discussion:

  • system modification to overcome the problems arises during preliminary round
  • Biobricks from Tokyo 2010 team will be utilized
    • regulator promoter in order to regulate the secretion of cellulose to solve the aggregation of the bacteria


2011.09.15

Genome miniprep
Gluconacetobacter hansenii


2011.09.18

Gel/PCR DNA extraction
Gluconacetobacter hansenii


Protocols

2011.09.07


caption

Rhodobacter rudrum medium

K2HPO4　　　　　　　　　　　 　 1g

NaCl　　　　　　　　　　　　 　 0.5g

FeSO4．7H2O　　　　　　　　 0.01g

CaCl2　　　　　　　　　　　　 0.02g

MnCl2．4H2O　　　　　　　　 0.002g

MgSO4．7H2O　　　　　　　　 0.2g

NaMO2O4．2H2O　　　　　　 0.01g

ddH2O　　　　　　　　　　　　　998.258ml

________________________________________
　　　　　　　　　　　　　　　　1L　→take100ml

　　　　　　　　　　＋　


Yeast Extrat　　　　　　　　　　　　　 0.5g

Sodium malate
(Sodium succinate dibasic hexohydrate)　 　5g

NH4Cl　　　　　　　　　　　　　　　 　 　1g

ddH2O　　　　　　　　　　　　　　　　　 893.5ml

_________________________________________________
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　 　1L


Raise E. coli(PSB1C3)

1.50ml LB+500μl CHLORAMPHENICOL
2.37℃, overnight (14-16hrs)


2011.09.08-13


Plasmid miniprep kit


PSB1C3 plasmid
caption



Raise Rhodobacter rubrum

1.50ml LB+500μl CHLORAMPHENICOL
2.37℃, overnight (14-16hrs)


2011.09.09


Raise Gluconacetobacter hansenii

1.50ml LB+500μl CHLORAMPHENICOL
2.37℃, overnight (14-16hrs)


2011.09.10-11


Digestion check of DNA

[PSB1C3/EcoRI]

DNA　　　　　　　　　　　 500ng

10×buffer　　　　　　　 5μl

BSA　　　　　　　　　　　 5μl

EcoRⅠ　　　　　　　　　　 1μl

ddH2O　　　　　　　　　 29μl

_______________________________

total　　　　　　　　　　 50μl



[pSB1C3/PstⅠ]

DNA　　　　　　　　　　　 500ng

10×buffer　　　　　　　　　　 5μl

BSA　　　　　　　　　　　　　 5μl

pstⅠ　　　　　　　　　　　　 1μl

ddH2O　　　　　　　　　　　 29μl

_________________________________

total　　　　　　　　　　　 50μl



[PSB1C3/EcoRⅠ+PstⅠ]

DNA　　　　　　　　　　　　　500ng

10×buffer　　　　　　　　　　 5μl

BSA　　　　　　　　　　　　　 5μl

EcoRⅠ　　　　　　　　　　　　 1μl

pstⅠ　　　　　　　　　　　　　 1μl

ddH2O　　　　　　　　　　　　28μl

__________________________________

total　　　　　　　　　　　　50μl

→37℃ for 30 mins

Digestion of DNA

[PSB1C3/EcoRⅠ+pstⅠ]

DNA　　　　　　　　　　　　　　　10μl

10×buffer　　　　　　　　　　　　5μl

BSA　　　　　　　　　　　　　　　5μl

EcoRⅠ　　　　　　　　　　　　　　1μl

pstⅠ　　　　　　　　　　　　　　　1μl

ddH2O　　　　　　　　　　　　　　28μl

____________________________________

total 　　　　　　　　　　　　　50μl

→37℃ for 2 hrs
electroelution Purification

PSB1C3 backbone


2011.09.14-24


PCR


caption


template DNA　　　1μl

5×Buffer　　　　　4μl

2.5μM dNTP　　　　1.6μl

10μM F　　　　　　1μl

10μM R　　　　　　1μl

Taq　　　　　　　　0.2μl

ddH2O　　　　　　8.8μl

_______________________________

total　　　　　　　20μl



2011.09.21


Digestion of DNA

[acsAB/ XbaⅠ+SpeⅠ]

DNA　　　　　　　　　　　10μl

10×buffer　　　　　　　　5μl

BSA　　　　　　　　　　　5μl

EcoRⅠ　　　　　　　　　　1μl

pstⅠ　　　　　　　　　　　1μl

ddH2O　　　　　　　　　　28μl

____________________________

total　　　　　　　　　　　　　50μl

→37℃ for 16 hr
Digestion of DNA

[acsCD/XbaⅠ+SpeⅠ]

DNA　　　　　　　　　　　　10μl

10×buffer　　　　　　　　　5μl

BSA　　　　　　　　　　　　　5μl

EcoRⅠ　　　　　　　　　　　　1μl

pstⅠ　　　　　　　　　　　　　1μl

ddH2O　　　　　　　　　　　　28μl

__________________________________
total　　　　　　　　　　　　　　　50μl

→37℃ for 16 hr


2011.09.22

Ligation of DNA


[PSB1C3-acsAB]
caption



Vector　　　　　　　　　　3μl

Insert　　　　　　　　　　14μl

ligase buffer　　　　　　2μl

ligase　　　　　　　　　　1μl

ddH2O　　　　　　　　　　　-μl

________________________________

total　　　　　　　　　　20μl


Ligation of DNA

[PSB1A3-acsCD]

Vector　　　　　　　　　　　3μl

Insert　　　　　　　　　　　14μl

ligase buffer　　　　　　　2μl

ligase　　　　　　　　　　　　1μl

ddH2O　　　　　　　　　　　　　-μl

_________________________________

total　　　　　　　　　　　20μl



2011.09.23


PCR

PR0011 promoter　　　　　　　1μl

5×Buffer　　　　　　　　　　　　4μl

2.5μM dNTP　　　　　　　　　　1.6μl

Taq　　　　　　　　　　　　　　　0.2μl

ddH2O　　　　　　　　　　　　　　13.2μl

_____________________________________

total　　　　　　　　　　　　　　20μl



2011.09.24


Transformation of DNA

PSB1C3-acsAB
Transform into E.coli
LB+CHLORAMPHENICOL

Transformation of DNA

PSB1A3-acsCD
Transform into E.coli
LB+Ampicillin

Transformation of DNA

PSB1C3-acsAB
PSB1A3-acsCD
Transform into E.coli
LB+Ampicillin+CHLORAMPHENICOL


2011.09.24


Ligation of DNA
[PSB1C3-promoter]

Vector　　　　　　　　　　　　3μl

Insert　　　　　　　　　　　　14μl

ligase buffer　　　　　　　　2μl

ligase　　　　　　　　　　　　1μl

ddH2O　　　　　　　　　　　　　-μl

________________________________
total　　　　　　　　　　　　　20μl

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