Template:Team:UC Davis/MutantWidget

From 2011.igem.org

(Difference between revisions)
Line 212: Line 212:
   [0.56349,  0.00000,  0.00000],
   [0.56349,  0.00000,  0.00000],
   [0.50000,  0.00000,  0.00000]];
   [0.50000,  0.00000,  0.00000]];
 +
 +
//cool_color_ramp = [[0,0,0], [0,0,1], [1,1,1]];
var WIDTH = 650;
var WIDTH = 650;
Line 220: Line 222:
     FAR = 10000;
     FAR = 10000;
-
mutantcolors = ["white", "#ff6666", "orange", "yellow", "#66ff66", "#66ffff", "#ddaaff", "pink"];
+
mutantcolors = ["black", "#ff6666", "orange", "yellow", "#66ff66", "#66ffff", "#ddaaff", "pink"];
selectedColor = "orange";
selectedColor = "orange";
widget_mode = "2D";
widget_mode = "2D";
Line 303: Line 305:
                         {  
                         {  
                             dataseries.push(data[index]);
                             dataseries.push(data[index]);
 +
                            dataseries.push(errbars_2d[index]);
                         }
                         }
                     }
                     }
Line 315: Line 318:
                 xaxis: {max:.014, min:0},
                 xaxis: {max:.014, min:0},
                 yaxis: {max: 1.0, min:0},
                 yaxis: {max: 1.0, min:0},
-
                 grid: { color:"rgba(225, 225, 225, 1)" },
+
                 grid: { },
                                 points: {show: true},  
                                 points: {show: true},  
                                 lines: {show: true}
                                 lines: {show: true}
Line 343: Line 346:
                 $(this).addClass("selected");
                 $(this).addClass("selected");
                 $('#mw_sequencearea').children().hide();
                 $('#mw_sequencearea').children().hide();
-
                $('#mw_sequencearea').children().eq($(this).parent().index()).show();
+
    //          $('#mw_sequencearea').children().eq($(this).parent().index()).show();
             }
             }
if(widget_mode == "2D")
if(widget_mode == "2D")
Line 356: Line 359:
                         {  
                         {  
                             dataseries.push(data[index]);
                             dataseries.push(data[index]);
 +
                            dataseries.push(errbars_2d[index]);
                         }
                         }
                     }
                     }
Line 368: Line 372:
                 xaxis: {max:.014, min:0},
                 xaxis: {max:.014, min:0},
                 yaxis: {max: 1.0, min:0},
                 yaxis: {max: 1.0, min:0},
-
                 grid: { color:"rgba(225, 225, 225, 1)" },
+
                 grid: { },
                                 points: {show: true},  
                                 points: {show: true},  
                                 lines: {show: true}
                                 lines: {show: true}
Line 395: Line 399:
     //Extract plotting data
     //Extract plotting data
     data = [];
     data = [];
 +
    errbars_2d = [];
     $('#mutantwidget .xdata').each(
     $('#mutantwidget .xdata').each(
         function(index)
         function(index)
         {
         {
             data.push({color:mutantcolors[index], data:[]});
             data.push({color:mutantcolors[index], data:[]});
 +
    errbars_2d.push({color:"#ff0000", data:[], points:{show:false}});
             var thisdatax = $(this).text().split(',');
             var thisdatax = $(this).text().split(',');
             var thisdatay = $('#mutantwidget .ydata').eq(index).text().split(',');
             var thisdatay = $('#mutantwidget .ydata').eq(index).text().split(',');
 +
            var thisdataerr = $('#mutantwidget .stdevs').eq(index).text().split(',');
             var i;
             var i;
             for(i=0; i < thisdatay.length; ++i)
             for(i=0; i < thisdatay.length; ++i)
             {
             {
                 thisdatay[i] = parseFloat(thisdatay[i]);
                 thisdatay[i] = parseFloat(thisdatay[i]);
 +
thisdataerr[i] = parseFloat(thisdataerr[i]);
             }
             }
             for(i=0; i < thisdatax.length; ++i)
             for(i=0; i < thisdatax.length; ++i)
Line 410: Line 418:
                 thisdatax[i] = parseFloat(thisdatax[i]);
                 thisdatax[i] = parseFloat(thisdatax[i]);
                 data[index].data.push([thisdatax[i], thisdatay[i]])
                 data[index].data.push([thisdatax[i], thisdatay[i]])
 +
errbars_2d[index].data.push([thisdatax[i], thisdatay[i]+thisdataerr[i]*2])
 +
errbars_2d[index].data.push([thisdatax[i], thisdatay[i]-thisdataerr[i]*2])
 +
errbars_2d[index].data.push([null, null])
             }
             }
              
              
Line 418: Line 429:
                 xaxis: {max:.014, min:0},
                 xaxis: {max:.014, min:0},
                 yaxis: {max: 1.0, min:0},
                 yaxis: {max: 1.0, min:0},
-
                 grid: { color:"rgba(225, 225, 225, 1)" },
+
                 grid: { },
             });
             });
Line 516: Line 527:
thisdatax[i%thisdatax.length]/axisdimensions[1]*100,
thisdatax[i%thisdatax.length]/axisdimensions[1]*100,
thisdatay[Math.floor(i/thisdatax.length)]/axisdimensions[3]*100,
thisdatay[Math.floor(i/thisdatax.length)]/axisdimensions[3]*100,
-
thisdataz[i]/axisdimensions[5]*100-thisdataerr[i]/axisdimensions[5]*100
+
thisdataz[i]/axisdimensions[5]*100-thisdataerr[i]/axisdimensions[5]*100*2
)));
)));
errbargeom.vertices.push(new THREE.Vertex(new THREE.Vector3(
errbargeom.vertices.push(new THREE.Vertex(new THREE.Vector3(
thisdatax[i%thisdatax.length]/axisdimensions[1]*100,
thisdatax[i%thisdatax.length]/axisdimensions[1]*100,
thisdatay[Math.floor(i/thisdatax.length)]/axisdimensions[3]*100,
thisdatay[Math.floor(i/thisdatax.length)]/axisdimensions[3]*100,
-
thisdataz[i]/axisdimensions[5]*100+thisdataerr[i]/axisdimensions[5]*100
+
thisdataz[i]/axisdimensions[5]*100+thisdataerr[i]/axisdimensions[5]*100*2
)));
)));
var errbar = new THREE.Line(errbargeom, axisMat);
var errbar = new THREE.Line(errbargeom, axisMat);
Line 571: Line 582:
                     //Find flanking x,y values
                     //Find flanking x,y values
                     var kx = ky = 0;
                     var kx = ky = 0;
-
                     while(thisx >= thisdatax[kx]) {  
+
                     while(thisx >= thisdatax[kx] && kx < thisdatax.length-1) {  
                         kx=kx+1;  
                         kx=kx+1;  
                     }
                     }
-
                     while(thisy >= thisdatay[ky]) {  
+
                     while(thisy >= thisdatay[ky] && ky < thisdatay.length-1) {  
                         ky=ky+1;  
                         ky=ky+1;  
                     }
                     }
-
if(kx >= thisdatax.length-1)
 
-
{
 
-
kx = thisdatax.length-1
 
-
}
 
-
if(ky >= thisdatay.length-1)
 
-
{
 
-
ky = thisdatay.length-1
 
-
}
 
                     kx--;
                     kx--;
                     ky--;
                     ky--;

Revision as of 20:39, 27 September 2011

Retrieved from "http://2011.igem.org/Template:Team:UC_Davis/MutantWidget"