Team:KIT-Kyoto/matsunami
From 2011.igem.org
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vectorを鋳型としたcDNAの増殖<br> | vectorを鋳型としたcDNAの増殖<br> | ||
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- | + | 【実験方法】<br> | |
- | + | 以下の条件でPCRを行った。<BR> | |
- | + | <table border="0"><tr><td> | |
- | + | <table border="0" width="150px"> | |
- | + | <tr><td align=center>PCR条件</td></tr> | |
- | 1 | + | </table> |
- | + | <table border=1 width="220px"> | |
- | + | <tr><td width="150px" align=center>10 µM Primer F</td><td width="70px" align=right>1.5 µl</td></tr> | |
- | + | <tr><td align=center>10 µM Primer R</td><td align=right>1.5 µl</td></tr> | |
- | + | <tr><td align=center>Template DNA</td><td align=right>1 µl</td></tr> | |
- | + | <tr><td align=center>10 x PCR Buffer for KOD Plus</td><td align=right>5 µl</td></tr> | |
- | + | <tr><td align=center>dNTPs</td><td align=right>5 µl</td></tr> | |
- | + | <tr><td align=center>MgSO<sub>4</sub></td><td align=right>2 µl</td></tr> | |
- | + | <tr><td align=center>ddH<sub>2</sub>O</td><td align=right>33 µl</td></tr> | |
- | 1.5 | + | <tr><td align=center>KOD Plus</td><td align=right>1 µl</td></tr> |
- | + | <tr><td> </td><td align=right>total 50 µl</td></tr> | |
- | + | </table> | |
- | 1 | + | </td><TD></TD><TD></TD><td> |
- | + | <table border="0" width="100px"> | |
- | + | <tr><td align=center>Cycle条件</td></tr> | |
- | + | </table> | |
- | + | <table border=1 width="400px"> | |
- | 1 | + | <tr><td width="100px" align=center>Pre-Denature</td><td width="100px" align=center>94°C</td><td width="100px" align=center>2min</td></td><td width="100px"> </td></tr> |
- | + | <tr><td align=center>Denature</td><td align=center>94°C</td><td align=center>15sec</td><td align=center rowspan=3>35 Cycle</td></tr> | |
- | + | <tr><td align=center>Anneling</td><td align=center>50.5°C</td><td align=center>30sec</td></tr> | |
- | + | <tr><td align=center>Extension</td><td align=center>68°C</td><td align=center>1min 40sec</td></tr> | |
- | | + | <tr><td align=center>End</td><td align=center>4°C</td><td align=center>keep</td><td width="100px"> </td></tr> |
- | + | </table> | |
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+ | 各サンプルを回収し、-20゜Cで保存した。 | ||
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*<プライマーの塩基配列><br> | *<プライマーの塩基配列><br> | ||
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【目的】<br> | 【目的】<br> | ||
PCR産物の確認<br> | PCR産物の確認<br> |
Revision as of 02:09, 26 September 2011
8月8日(月)
松浪、横井川
【目的】
cDNA
vectorを鋳型としたcDNAの増殖
【実験操作】
(1)PCR反応液の調製
*DIAP2
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*API2-MALT1
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*<プライマーの塩基配列>
・DIAP2
F primer:GCTTCTCGAGACGGAGCTGGGCATGGAGCT
Tm値 69゜C
R primer:GCCGTCTAGATCACGAAAGGAACGTGCGCA
Tm値 66.4゜C
増幅サイズ 約1514 bp
・API2-MALT1
F primer:GCCGCTCGAGAACATAGTAGAAAACAGCAT Tm値 57.8゜C
R primer:GCCGGCTAGCTCATTTTTCAGAAATTCTGA
Tm値 56.5゜C
増幅サイズ 約3131 bp
8月9日(火)
松浪、横井川
【目的】
PCR産物の確認
【実験操作】
PCR反応液 2 µl
milliQ 8 µl
6 x loading dye 2 µl
上記の溶液を混合し、この溶液を1%アガロースゲルで100 V、30分の条件で電気泳動した。 泳動後、EtBr染色を行い、写真を撮った。 【目的】 pUAST溶液の形質転換 【実験操作】 pUAST 1 µLとコンピテントセルを混合した。 ↓これを氷上で15分間放置した。 ↓43℃で30秒間温め、氷上で10分間放置した。 これをLBプレートに塗り37℃でincubateした。 8月10日(水) 松浪 【目的】 cDNA vectorを鋳型としたcDNAの増殖 【実験操作】 8月8日と同様である。 【目的】 大腸菌の培養 【実験操作】 ガスバーナーで加熱滅菌したつまようじでLB(amp+)プレートから生えてきた大腸菌のコロニーをついた。 ↓ついた先端を2個のLB培地(amp+)2mLに攪拌した。 pUASTとコンピテントセルの混合物を10 µL、100 µLをそれぞれまいた。 8月11日(木) 松浪 【目的】 pUAST flag vectorの大量精製 【実験操作】 培養液1.5 mLを、15000rpm、5分、4℃の条件で遠心した。この間にglucose solution、5M K-acetate pH 4.8を氷上で冷やした。 ↓5分後、上清を廃棄しglucose solution 100 µL加えて攪拌した。 ↓沈殿物を溶解した後、0.2N NaOH 1% SDS 200 µLを加えてよく混ぜ、氷上に5分間放置した。 ↓5分後、5M K-acetate pH 4.8 150 µLを加えてよく混ぜ、氷上に5分間放置した。 ↓5分後、15000rpm、10分、4℃の条件で遠心した。 ↓上清を新しいチューブに移し、isopropanolを等量入れ攪拌し3分間静置した。 ↓3分後、15000rpm、10分、25℃の条件で遠心した。 ↓遠心後、上清を廃棄し70% EtOH 200 µLを加えて軽く攪拌し3分間静置した。その後、15000rpm、10分、25℃の条件で再び遠心した。 遠心後、上清を廃棄し乾燥させてRnase in TE 20 µLを加えた。 【目的】 PCR産物の確認 【実験操作】 PCR反応液 2 µL milliQ 8 µL 6 x loading dye 2 µL 上記の溶液を混合し、この溶液を1%アガロースゲルで100 V、30分の条件で電気泳動した。 泳動後、EtBr染色を行い、写真を撮った。 8月12日(金) 松浪、横井川 【目的】 pUAST flag vectorの大量精製 【実験操作】 培養した大腸菌をオートクレーブした遠心管で4000G、10分、25℃の条件で遠心し、遠心後上清を捨てた。 ↓R3 with RNase A4 を4 mL加えて、攪拌し完全に溶解させた。 ↓L7を4 mLを加え丁寧に混合し5分間室温で静置した。 ↓5分後、N3を4 mL加えてすぐに混ぜた。これを12000G、10分、25℃の条件で遠心し、遠心後上清を捨てた。 ↓事前にEQ1 10 mLを加えて平衡化していたカラムに上清をLoadし、上清が流れ落ちるのを待った。このとき、一部をチューブに保存した。 ↓Wash Buffer (W8) 10 mLを加えて洗浄した。これを2回行った。 ↓Elution buffer (E4)を5 mL加えてDNAを溶出させた。追加で、E4 2 mLをLoadし、別のチューブに保存した。 ↓isopropanol 3.5 mLを加えて混合し、これを15000G、40分、4℃の条件で遠心し、遠心後上清を捨てた。 ↓70% EtOH 3mLを加えて再懸濁し、15000G、5分、4℃の条件で再び遠心し、遠心後上清を捨てた。 Air-dryで乾燥させ200 µLでのTEに溶かした。 次にこの溶液のDNA濃度測定を行った。 milliQ 100 µLおよび、精製したDNA溶液を100倍希釈した溶液を準備した。 ↓milliQ 100 µLでゼロ補正を行い、サンプル1、5の吸光度を測定した。結果を以下に示す(表1)。 表1、サンプル1、5の吸光度の値 サンプル1
これより、サンプル1のDNA濃度は0.970 µg/µLであった。 サンプル5
これより、サンプル5のDNA濃度は1.37 µg/µLであった。 【目的】 PCR産物の確認 【実験操作】 PCR反応液 2 µL milliQ 8 µL 6 x loading dye 2 µL 上記の溶液を混合し、この溶液を1%アガロースゲルで100 V、30分の条件で電気泳動した。 泳動後、EtBr染色を行い、写真を撮った。 8月15日(月) 松浪、横井川 【目的】 cDNA vectorを鋳型としたcDNAの増殖とPCR産物の確認 【実験操作】 8月8日と同じであるが、Annealing について以下のように変更した。 DIAP2 56.9℃ API2-MALT1 53℃ 【目的】 PCR産物の確認 【実験操作】 PCR反応液 2 µL milliQ 8 µL 6 x loading dye 2 µL 上記の溶液を混合し、この溶液を1%アガロースゲルで100 V、30分の条件で電気泳動した。 泳動後、EtBr染色を行い、写真を撮った。 8月16日(火) 松浪 【目的】 cDNA vectorを鋳型としたcDNAの増殖とPCR産物の確認 【実験操作】 8月8日と同じであるが、Annealing について以下のように変更した。 DIAP2 58.9℃ API2-MALT1 53℃ 【目的】 PCR産物の確認 【実験操作】 PCR反応液 2 µL milliQ 8 µL 6 x loading dye 2 µL 上記の溶液を混合し、この溶液を1%アガロースゲルで100 V、30分の条件で電気泳動した。 泳動後、EtBr染色を行い、写真を撮った。 8月17日(水) 松浪、横井川 【目的】 cDNA vectorを鋳型としたcDNAの増殖とPCR産物の確認 【実験操作】 8月8日と同じであるが、Annealing について以下のように変更した。 DIAP2 50.5℃ API2-MALT1 53.5℃ 【目的】 PCR産物の確認 【実験操作】 PCR反応液 2 µL milliQ 8 µL 6 x loading dye 2 µL 上記の溶液を混合し、この溶液を1%アガロースゲルで100 V、30分の条件で電気泳動した。 泳動後、EtBr染色を行い、写真を撮った。
8/23(火)
9月12日(月)
各サンプルを回収し、-20゜Cで保存した。 *<プライマーの塩基配列> ・DIAP2 F primer : Tm値 GCTTCTCGATTGACGGAGCTGGGCATGGAGCT 62 ℃ R primer : GCCGTCTAGATCACGAAAGGAACGTGCGCA 66.4 ℃ 増幅サイズ 約1514 bp 【目的】 PCR産物の確認 【実験操作】 PCR反応液 2 µL milliQ 8 µL 6 x loading dye 2 µL 上記の溶液を混合し、この溶液を1%アガロースゲルで100 V、30分の条件で電気泳動した。 泳動後、EtBr染色を行い、写真を撮った。 【目的】 PCR産物の制限酵素処理 【実験操作】 (1)PCR産物の精製(フェノールクロロホルム処理・エタノール沈殿) PCR産物を400 µLまでmilliQで薄め、フェノールクロロホルムを400 µL加えて攪拌した。 ↓10000 rpm、3 min、4℃で遠心後、水層のみを新しいチューブに移した。 ↓クロロホルムを等量加えて攪拌した。 ↓10000 rpm、3 min、4℃で遠心後、水層のみを新しいチューブに移した。 ↓3 M 酢酸ナトリウム(pH 5.27)を1/10量加え、イソプロパノールを等量加え、3 min静置した。 ↓14000 rpm、10 min、4℃で遠心後、上清を捨て70%エタノールを200 µL加えた。 ↓15000 rpm、5 min、4℃で遠心後、上清を捨て乾燥させた。 ↓乾燥後、milliQ44 µLを加えて攪拌した。 この溶液にXhoIを1 µL、10×H Bufferを5 µLを加え、37℃で20時間静置した。 9月16日(金) 松浪、横井川 【目的】 PCR産物の制限酵素処理 【実験操作】 (1)PCR産物の精製(フェノールクロロホルム処理・エタノール沈殿) PCR産物を400 µLまでmilliQで薄め、フェノールクロロホルムを400 µL加えて攪拌した。 ↓10000 rpm、3 min、4℃で遠心後、水層のみを新しいチューブに移した。 ↓クロロホルムを等量加えて攪拌した。 ↓10000 rpm、3 min、4℃で遠心後、水層のみを新しいチューブに移した。 ↓3 M 酢酸ナトリウム(pH 5.27)を1/10量加え、イソプロパノールを等量加え、3 min静置した。 ↓14000 rpm、10 min、4℃で遠心後、上清を捨て70%エタノールを200 µL加えた。 ↓15000 rpm、5 min、4℃で遠心後、上清を捨て乾燥させた。 乾燥後、TE44 µLを加えて攪拌し-20℃で保存した。 |