Team:NTNU Trondheim/Journal

From 2011.igem.org

(Difference between revisions)
(→Lab Journal)
(→Lab Journal)
Line 43: Line 43:
-
P1 rrnB P1 BBa_K112118
 
-
lambdaPR lambda pR mod BBa_R0051
 
-
RFP TetR + p(TetR)+RFP BBa_K092600
 
-
Lux TetR + p(TetR)+RFP+luxI BBa_K092700
 
-
rrnB P1, lamda pR, RFP og Lux. Prosedyre gitt i Prosedyrer / Oppskrifter.
+
'''Saturday 25/6'''
-
Lørdag 25. juni
+
Plates with transformants were moved to fridge.
-
Flyttet plater til kjøleskap.
+
-
Søndag 26. juni
+
'''Sunday 26/6'''
-
De fire Biobrickene (p1, lamda pR, RFP og Lux) ble inokulert i 3mL LB for isolering av plasmid.  
+
Transformants were inoculated in 3 ml LB + proper antibiotics to prepare for isolation of plasmid.
-
Mandag 27. juni
+
'''Monday 27/6'''
 +
 
 +
Plasmids that contained P1, lambda pR, RFP and Lux biobricks were isolated by using miniprep kit from Promega.
 +
 
 +
Consentrations of the biobricks were measured and were as follows:
 +
 
 +
{|border="1" align="left" style="text-align:left;"
 +
 
 +
!Biobrick
 +
!Consentration (ng/µl)
 +
|-
 +
|P1
 +
|98.4
 +
|-
 +
|lamda pR
 +
|43.8
 +
|-
 +
|RFP
 +
|141.8
 +
|-
 +
|Lux
 +
|62.8
 +
|-
 +
|}
-
Plasmid ble isolert fra P1, lamda pR, RFP og Lux Biobrickene ved bruk av promega miniprep kit.
 
Konsentrasjoner:
Konsentrasjoner:

Revision as of 09:02, 5 July 2011



Lab Journal

Thursday 23/6

Lab equipment was prepared: Pipette tips, 1.5 ml tubes, toothpicks, SOC, LA with 100 µg/ml ampicillin/ 100 µg/ml spectinomycin (from 1988). Recipies are given in recipies section.

Friday 24/6

Biobricks were taken out from kit by resuspending them in sterile water followed by transformation to E.coli DH5 alpha. The biobricks that were taken out are given below:

Abbreviation Name Part number Resistance
P1 rrnB P1 BBa_K112118 Spec
lambda pR lambda pR mod BBa_R0051 Amp
RFP TetR + p(TetR)+RFP BBa_K092600 Amp
Lux TetR + p(TetR)+RFP+luxI BBa_K092700 Amp


Saturday 25/6

Plates with transformants were moved to fridge.

Sunday 26/6

Transformants were inoculated in 3 ml LB + proper antibiotics to prepare for isolation of plasmid.

Monday 27/6

Plasmids that contained P1, lambda pR, RFP and Lux biobricks were isolated by using miniprep kit from Promega.

Consentrations of the biobricks were measured and were as follows:

Biobrick Consentration (ng/µl)
P1 98.4
lamda pR 43.8
RFP 141.8
Lux 62.8


Konsentrasjoner:

P1 98,4 ng / µL lambda Pr: 43,8 ng / µL RFP 141,8 ng / µL Lux 62,8 ng / µL


Transformantene med lux/RFP var verken røde eller lysende. Det ble foreslått at dette kunne være pga. mulig ekspresjon av tetR som er repressor for pTet som styrer ekspresjon av RFP/lux. Denne antagelsen ble bekreftet av erfaringer som er gjort av tidligere grupper med samme konstrukt.

Siden tetR sin påvirking på pTet blir inhibert av Tc(tetracyclin) prøvde vi å gro cellene i subletale konsentrasjoner av Tc.

E. coli med plasmid med RFP-konstruktet ble grodd i 0 0,1 0,3 0,6 1,0 1,5 og 100 µg/ml Tc i 3 ml LB.


Måling av fluorescens: Hanne Jørgensen kan ordne dette, dersom vi gror kultur med RFP-uttrykk og uten (blank kontroll). Hun må også bli informert om bølgelengde for exitation (584 nm) og emission (607 nm).

mail : hanne.jorgensen@biotech.ntnu.no

Tirsdag 28 juni

Jon Har Bursdag! Jippi!! Hoi Hoi Hoi!!

Ligering av lambda pR inn i backbone:

· Kutte RFP og RFP + luxI construct med EcoRI og XbaI.

· Kutte lambda pR med EcoRI og SpeI

· Ligate them bitches – win


Kuttet RFP, Lux og Lambda Pr promotor ved bruk av iGem sin protokoll. http://partsregistry.org/Help:Protocols/Restriction_Digest


Alternativ design av system som skal gjøre cellene røde ved tilsats av ppGpp:

Retrieved from "http://2011.igem.org/Team:NTNU_Trondheim/Journal"