Team:TzuChiU Formosa/Notebook/photopaper

From 2011.igem.org

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<Hr Align="left" width="100%" size=3>
<Hr Align="left" width="100%" size=3>
-
<font size=3>2011.09.07</font>
+
<font size=3><b>2011.09.07</b></font>
<br>[[File:Catt.gif|right|250px|caption]]
<br>[[File:Catt.gif|right|250px|caption]]
-
*Rhodobacter rudrum medium
+
<b>Rhodobacter rudrum medium</b>
-
K2HPO4　　　　　　　　　　　　　1g<br>
+
<br>K2HPO4　　　　　　　　　　　　　1g<br>
<br>NaCl　　　　　　　　　　　　　　0.5g<br>
<br>NaCl　　　　　　　　　　　　　　0.5g<br>
<br>FeSO4．7H2O　　　　　　　　　　0.01g<br>
<br>FeSO4．7H2O　　　　　　　　　　0.01g<br>
Line 172: Line 172:
<br><font color="#000000" size=2><b>Raise E. coli(PSB1C3)</B></font>
<br><font color="#000000" size=2><b>Raise E. coli(PSB1C3)</B></font>
<br>
<br>
-
<br>1.50ml LB+500μl CHLORAMPHENICOL
+
:: 1.50ml LB+500μl CHLORAMPHENICOL
-
<br>2.37℃, overnight (14-16hrs)
+
:: 2.37℃, overnight (14-16hrs)
<br>
<br>
<br>
<br>
Line 184: Line 184:
<br>
<br>
<br><font color="#000000" size=2><b>Raise Rhodobacter rubrum</b></font>
<br><font color="#000000" size=2><b>Raise Rhodobacter rubrum</b></font>
-
<br>
+
:: 1.50ml LB+500μl CHLORAMPHENICOL
-
<br>1.50ml LB+500μl CHLORAMPHENICOL
+
:: 2.37℃, overnight (14-16hrs)
-
<br>2.37℃, overnight (14-16hrs)
+
<br>
<br>
<br>
<br>
Line 193: Line 192:
<br>
<br>
<br><font color="#000000" size=2><b>Raise Gluconacetobacter hansenii</b></font>
<br><font color="#000000" size=2><b>Raise Gluconacetobacter hansenii</b></font>
-
<br>
+
:: 1.50ml LB+500μl CHLORAMPHENICOL
-
<br>1.50ml LB+500μl CHLORAMPHENICOL
+
:: 2.37℃, overnight (14-16hrs)
-
<br>2.37℃, overnight (14-16hrs)
+
<br>
<br>
<br>
<br>
Line 204: Line 202:
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<br>
<br>
<br>
-
* [pSB1C3/EcoRI]
+
[pSB1C3/EcoRI]
-
DNA　　　　　　　　　　　 500ng<br>
+
<br>DNA　　　　　　　　　　　 500ng<br>
<br>10×buffer　　　　　　　      5μl<br>
<br>10×buffer　　　　　　　      5μl<br>
<br>BSA　　　　　　　　　　　  5μl<br>
<br>BSA　　　　　　　　　　　  5μl<br>
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<br>
<br>
<br>
-
*[pSB1C3/PstⅠ]
+
[pSB1C3/PstⅠ]
-
DNA　　　　　　　　　　　  500ng<br>
+
<br>DNA　　　　　　　　　　　  500ng<br>
<br>10×buffer　　　　　　　　　　 5μl<br>
<br>10×buffer　　　　　　　　　　 5μl<br>
<br>BSA　　　　　　　　　　　　　  5μl<br>
<br>BSA　　　　　　　　　　　　　  5μl<br>
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<br>
<br>
<br>
-
*[pSB1C3/EcoRⅠ+PstⅠ]
+
[pSB1C3/EcoRⅠ+PstⅠ]
-
DNA　　　　　　　　　　　　　500ng<br>
+
<br>DNA　　　　　　　　　　　　　500ng<br>
<br>10×buffer　　　　　　　　　　 5μl<br>
<br>10×buffer　　　　　　　　　　 5μl<br>
<br>BSA　　　　　　　　　　　　　  5μl<br>
<br>BSA　　　　　　　　　　　　　  5μl<br>
Line 244: Line 242:
<br>
<br>
<br>
<br>
-
*[pSB1C3/XbaⅠ+SpeⅠ]
+
[pSB1C3/XbaⅠ+SpeⅠ]
-
DNA　　　　　　　　　　　　　　　10μl<br>
+
<br>DNA　　　　　　　　　　　　　　　10μl<br>
<br>10×buffer　　　　　　　　　　　　5μl<br>
<br>10×buffer　　　　　　　　　　　　5μl<br>
<br>BSA　　　　　　　　　　　　　　　5μl<br>
<br>BSA　　　　　　　　　　　　　　　5μl<br>
Line 258: Line 256:
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<br>
<br>
<br>
-
*[pSB1C3/SpeⅠ+PstⅠ]
+
[pSB1C3/SpeⅠ+PstⅠ]
-
DNA　　　　　　　　　　　　　　　10μl<br>
+
<br>DNA　　　　　　　　　　　　　　　10μl<br>
<br>10×buffer　　　　　　　　　　　　5μl<br>
<br>10×buffer　　　　　　　　　　　　5μl<br>
<br>BSA　　　　　　　　　　　　　　　5μl<br>
<br>BSA　　　　　　　　　　　　　　　5μl<br>
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<br>
<br>
<br>
-
*[pSB1C3/EcoRⅠ+XbaⅠ]
+
[pSB1C3/EcoRⅠ+XbaⅠ]
-
<br>
+
<br>DNA　　　　　　　　　　　　　　　10μl<br>
<br>DNA　　　　　　　　　　　　　　　10μl<br>
<br>10×buffer　　　　　　　　　　　　5μl<br>
<br>10×buffer　　　　　　　　　　　　5μl<br>
Line 287: Line 284:
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<br>
<br>
<br>
-
*[pSB1A3/EcoRⅠ+PstⅠ]
+
[pSB1A3/EcoRⅠ+PstⅠ]
-
DNA　　　　　　　　　　　　　　　10μl<br>
+
<br>DNA　　　　　　　　　　　　　　　10μl<br>
<br>10×buffer　　　　　　　　　　　　5μl<br>
<br>10×buffer　　　　　　　　　　　　5μl<br>
<br>BSA　　　　　　　　　　　　　　　5μl<br>
<br>BSA　　　　　　　　　　　　　　　5μl<br>
Line 300: Line 297:
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<br>
<br>
<br>
-
*[pSB1A3/EcoRⅠ+SpeⅠ]
+
[pSB1A3/EcoRⅠ+SpeⅠ]
-
<br>
+
<br>DNA　　　　　　　　　　　　　　　10μl<br>
<br>DNA　　　　　　　　　　　　　　　10μl<br>
<br>10×buffer　　　　　　　　　　　　5μl<br>
<br>10×buffer　　　　　　　　　　　　5μl<br>
Line 334: Line 330:
*[acsCD]  
*[acsCD]  
*[CCcax-Ccp]  
*[CCcax-Ccp]  
-
template DNA　　　1μl<br>
+
<br>template DNA　　　1μl<br>
<br>5×Buffer　　　　　4μl<br>
<br>5×Buffer　　　　　4μl<br>
<br>2.5μM dNTP　　　　1.6μl<br>
<br>2.5μM dNTP　　　　1.6μl<br>
Line 362: Line 358:
<br>
<br>
<br>
<br>
-
*[acsAB/ XbaⅠ+SpeⅠ]
+
[acsAB/ XbaⅠ+SpeⅠ]
-
DNA　　　　　　　　　　　10μl<br>
+
<br>DNA　　　　　　　　　　　10μl<br>
<br>10×buffer　　　　　　　　5μl<br>
<br>10×buffer　　　　　　　　5μl<br>
<br>BSA　　　　　　　　　　　5μl<br>
<br>BSA　　　　　　　　　　　5μl<br>
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<br>
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-
*[acsCD/XbaⅠ+SpeⅠ]
+
[acsCD/XbaⅠ+SpeⅠ]
-
DNA　　　　　　　　　　　　10μl<br>
+
<br>DNA　　　　　　　　　　　　10μl<br>
<br>10×buffer　　　　　　　　　5μl<br>
<br>10×buffer　　　　　　　　　5μl<br>
<br>BSA　　　　　　　　　　　　　5μl<br>
<br>BSA　　　　　　　　　　　　　5μl<br>
Line 390: Line 386:
<br>
<br>
<br>
<br>
-
*[CMCax/SpeⅠ+AlwNⅠ]
+
[CMCax/SpeⅠ+AlwNⅠ]
-
DNA　　　　　　　　　　　　10μl<br>
+
<br>DNA　　　　　　　　　　　　10μl<br>
<br>10×buffer　　　　　　　　　5μl<br>
<br>10×buffer　　　　　　　　　5μl<br>
<br>BSA　　　　　　　　　　　　　5μl<br>
<br>BSA　　　　　　　　　　　　　5μl<br>
Line 404: Line 400:
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<br>
<br>
<br>
-
*[Ccp/AlwNⅠ+PstⅠ]
+
[Ccp/AlwNⅠ+PstⅠ]
-
DNA　　　　　　　　　　　　10μl<br>
+
<br>DNA　　　　　　　　　　　　10μl<br>
<br>10×buffer　　　　　　　　　5μl<br>
<br>10×buffer　　　　　　　　　5μl<br>
<br>BSA　　　　　　　　　　　　　5μl<br>
<br>BSA　　　　　　　　　　　　　5μl<br>
Line 432: Line 428:
<br><font color="#000000" size=2><b>Ligation of DNA</b></font>
<br><font color="#000000" size=2><b>Ligation of DNA</b></font>
<br>
<br>
-
*[pSB1C3-acsAB][[File:Cats3.jpg|right|404px|caption]]
+
[pSB1C3-acsAB][[File:Cats3.jpg|right|404px|caption]]
-
Vector　　　　　　　　　　3μl<br>
+
<br>Vector　　　　　　　　　　3μl<br>
<br>Insert　　　　　　　　　　14μl<br>
<br>Insert　　　　　　　　　　14μl<br>
<br>ligase buffer　　　　　  　2μl<br>
<br>ligase buffer　　　　　  　2μl<br>
Line 445: Line 441:
<br>
<br>
<br>
<br>
-
*[pSB1A3-acsCD]
+
[pSB1A3-acsCD]
-
Vector　　　　　　　　　　　3μl<br>
+
<br>Vector　　　　　　　　　　　3μl<br>
<br>Insert　　　　　　　　　　　14μl<br>
<br>Insert　　　　　　　　　　　14μl<br>
<br>ligase buffer　　　　　　　2μl<br>
<br>ligase buffer　　　　　　　2μl<br>
Line 458: Line 454:
<br>
<br>
<br>
<br>
-
*[pSB1C3-acsCD]
+
[pSB1C3-acsCD]
-
Vector　　　　　　　　　　　3μl<br>
+
<br>Vector　　　　　　　　　　　3μl<br>
<br>Insert　　　　　　　　　　　14μl<br>
<br>Insert　　　　　　　　　　　14μl<br>
<br>ligase buffer　　　　　　　2μl<br>
<br>ligase buffer　　　　　　　2μl<br>
Line 471: Line 467:
<br>
<br>
<br>
<br>
-
*[pSB1C3-CMCax-Ccp]
+
[pSB1C3-CMCax-Ccp]
-
Vector　　　　　　　　　　　3μl<br>
+
<br>Vector　　　　　　　　　　　3μl<br>
<br>Insert　　　　　　　　　　　14μl<br>
<br>Insert　　　　　　　　　　　14μl<br>
<br>ligase buffer　　　　　　　2μl<br>
<br>ligase buffer　　　　　　　2μl<br>
Line 490: Line 486:
<br>
<br>
<br>
<br>
-
*[R0011 promoter]
+
[R0011 promoter]
-
R0011 promoter　　　　　　　  1μl<br>
+
<br>R0011 promoter　　　　　　　  1μl<br>
<br>5×Buffer　　　　　　　　　　　　4μl<br>
<br>5×Buffer　　　　　　　　　　　　4μl<br>
<br>2.5μM dNTP　　　　　　　　　　1.6μl<br>
<br>2.5μM dNTP　　　　　　　　　　1.6μl<br>
Line 502: Line 498:
<br>
<br>
<br><font color="#000000" size=3><b>electroelution Purification</b></font>
<br><font color="#000000" size=3><b>electroelution Purification</b></font>
-
<br>
 
-
<br>
 
*[R0011 promoter]
*[R0011 promoter]
<br><font color="#000000" size=2><b>Transformation of DNA</b></font>
<br><font color="#000000" size=2><b>Transformation of DNA</b></font>
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<br>
*[pSB1C3-acsAB]
*[pSB1C3-acsAB]
-
Transform into E.coli
+
:: Transform into E.coli
-
<br>LB+CHLORAMPHENICOL
+
:: LB+CHLORAMPHENICOL
-
<br>→37℃ for 14 hr  
+
:: →37℃ for 14 hr  
<br>
<br>
<br>
<br>
*[pSB1C3-acsCD]
*[pSB1C3-acsCD]
-
Transform into E.coli
+
:: Transform into E.coli
-
<br>LB+CHLORAMPHENICOL
+
:: LB+CHLORAMPHENICOL
-
<br>→37℃ for 14 hr  
+
:: →37℃ for 14 hr  
<br>
<br>
 +
<br>
<br>
*[pSB1A3-acsCD]
*[pSB1A3-acsCD]
-
Transform into E.coli
+
:: Transform into E.coli
-
<br>LB+Ampicillin
+
:: LB+Ampicillin
-
<br>→37℃ for 14 hr  
+
:: →37℃ for 14 hr  
<br>
<br>
<br>
<br>
*[pSB1C3-CMCax-Ccp]
*[pSB1C3-CMCax-Ccp]
-
Transform into E.coli
+
:: Transform into E.coli
-
<br>LB+CHLORAMPHENICOL
+
:: LB+CHLORAMPHENICOL
-
<br>→37℃ for 14 hr  
+
:: →37℃ for 14 hr  
<br>
<br>
<br>
<br>
Line 538: Line 533:
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-
*[R0011 promoter/EcoRⅠ+XbaⅠ]  
+
[R0011 promoter/EcoRⅠ+XbaⅠ]  
-
DNA　　　　　　　　　　　10μl<br>
+
<br>DNA　　　　　　　　　　　10μl<br>
<br>10×buffer　　　　　　　　5μl<br>
<br>10×buffer　　　　　　　　5μl<br>
<br>BSA　　　　　　　　　　　5μl<br>
<br>BSA　　　　　　　　　　　5μl<br>
Line 552: Line 547:
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<br><font color="#000000" size=2><b>electroelution Purification</b></font>
<br><font color="#000000" size=2><b>electroelution Purification</b></font>
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<br>
 
-
<br>
 
*[R0011 promoter/EcoRⅠ+XbaⅠ]  
*[R0011 promoter/EcoRⅠ+XbaⅠ]  
Line 561: Line 554:
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<br>
<br>
<br>
-
*[pSB1C3-R0011]
+
[pSB1C3-R0011]
-
Vector　　　　　　　　　　3μl<br>
+
<br>Vector　　　　　　　　　　3μl<br>
<br>Insert　　　　　　　　　　14μl<br>
<br>Insert　　　　　　　　　　14μl<br>
<br>ligase buffer　　　　　  　2μl<br>
<br>ligase buffer　　　　　  　2μl<br>
Line 574: Line 567:
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<br>
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<br>
-
*[R0011-acsAB]
+
[R0011-acsAB]
-
Vector　　　　　　　　　　3μl<br>
+
<br>Vector　　　　　　　　　　3μl<br>
<br>Insert　　　　　　　　　　14μl<br>
<br>Insert　　　　　　　　　　14μl<br>
<br>ligase buffer　　　　　  　2μl<br>
<br>ligase buffer　　　　　  　2μl<br>
Line 586: Line 579:
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<br>
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-
*[R0011-acsCD]
+
[R0011-acsCD]
-
Vector　　　　　　　　　　3μl<br>
+
<br>Vector　　　　　　　　　　3μl<br>
<br>Insert　　　　　　　　　　14μl<br>
<br>Insert　　　　　　　　　　14μl<br>
<br>ligase buffer　　　　　  　2μl<br>
<br>ligase buffer　　　　　  　2μl<br>
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<br>
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-
*[R0011-acsAB/EcoRⅠ+SpeⅠ]  
+
[R0011-acsAB/EcoRⅠ+SpeⅠ]  
-
DNA　　　　　　　　　　　10μl<br>
+
<br>DNA　　　　　　　　　　　10μl<br>
<br>10×buffer　　　　　　　　5μl<br>
<br>10×buffer　　　　　　　　5μl<br>
<br>BSA　　　　　　　　　　　5μl<br>
<br>BSA　　　　　　　　　　　5μl<br>
Line 618: Line 611:
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-
*[R0011-acsCD/EcoRⅠ+SpeⅠ]  
+
[R0011-acsCD/EcoRⅠ+SpeⅠ]  
-
DNA　　　　　　　　　　　10μl<br>
+
<br>DNA　　　　　　　　　　　10μl<br>
<br>10×buffer　　　　　　　　5μl<br>
<br>10×buffer　　　　　　　　5μl<br>
<br>BSA　　　　　　　　　　　5μl<br>
<br>BSA　　　　　　　　　　　5μl<br>
Line 647: Line 640:
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-
*[pSB1C3-R0011-acsAB]
+
[pSB1C3-R0011-acsAB]
-
Vector　　　　　　　　　　3μl<br>
+
<br>Vector　　　　　　　　　　3μl<br>
<br>Insert　　　　　　　　　　14μl<br>
<br>Insert　　　　　　　　　　14μl<br>
<br>ligase buffer　　　　　  　2μl<br>
<br>ligase buffer　　　　　  　2μl<br>
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-
*[pSB1C3-R0011-acsCD]
+
[pSB1C3-R0011-acsCD]
-
Vector　　　　　　　　　　3μl<br>
+
<br>Vector　　　　　　　　　　3μl<br>
<br>Insert　　　　　　　　　　14μl<br>
<br>Insert　　　　　　　　　　14μl<br>
<br>ligase buffer　　　　　  　2μl<br>
<br>ligase buffer　　　　　  　2μl<br>
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<br>
*[pSB1C3-R0011-acsAB]
*[pSB1C3-R0011-acsAB]
-
Transform into E.coli
+
:: Transform into E.coli
-
<br>LB+CHLORAMPHENICOL
+
:: LB+CHLORAMPHENICOL
-
<br>→37℃ for 14 hr  
+
:: →37℃ for 14 hr  
<br>
<br>
<br>
<br>
*[pSB1C3-R0011-acsCD]
*[pSB1C3-R0011-acsCD]
-
ransform into E.coli
+
:: Transform into E.coli
-
<br>LB+CHLORAMPHENICOL
+
:: LB+CHLORAMPHENICOL
-
<br>→37℃ for 14 hr  
+
:: →37℃ for 14 hr  
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<br>
Line 694: Line 687:
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<br>
-
*[pSB1C3-R0011-acsCD/SpeⅠ+PstⅠ]  
+
[pSB1C3-R0011-acsCD/SpeⅠ+PstⅠ]  
-
DNA　　　　　　　　　　　10μl<br>
+
<br>DNA　　　　　　　　　　　10μl<br>
<br>10×buffer　　　　　　　　5μl<br>
<br>10×buffer　　　　　　　　5μl<br>
<br>BSA　　　　　　　　　　　5μl<br>
<br>BSA　　　　　　　　　　　5μl<br>
Line 717: Line 710:
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<br>
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<br>
-
*[pSB1C3-R0011-acsCD-CMCax-Ccp]
+
[pSB1C3-R0011-acsCD-CMCax-Ccp]
-
Vector　　　　　　　　　　3μl<br>
+
<br>Vector　　　　　　　　　　3μl<br>
<br>Insert　　　　　　　　　　14μl<br>
<br>Insert　　　　　　　　　　14μl<br>
<br>ligase buffer　　　　　  　2μl<br>
<br>ligase buffer　　　　　  　2μl<br>
Line 732: Line 725:
<br>
<br>
<br>
<br>
-
*[pSB1C3-R0011-acsCD-CMCax-Ccp/PstⅠ+EcoRⅠ]  
+
[pSB1C3-R0011-acsCD-CMCax-Ccp/PstⅠ+EcoRⅠ]  
-
DNA　　　　　　　　　　　10μl<br>
+
<br>DNA　　　　　　　　　　　10μl<br>
<br>10×buffer　　　　　　　　5μl<br>
<br>10×buffer　　　　　　　　5μl<br>
<br>BSA　　　　　　　　　　　5μl<br>
<br>BSA　　　　　　　　　　　5μl<br>
Line 755: Line 748:
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<br>
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<br>
-
*[pSB1A3-R0011-acsCD-CMCax-Ccp]
+
[pSB1A3-R0011-acsCD-CMCax-Ccp]
-
Vector　　　　　　　　　　3μl<br>
+
<br>Vector　　　　　　　　　　3μl<br>
<br>Insert　　　　　　　　　　14μl<br>
<br>Insert　　　　　　　　　　14μl<br>
<br>ligase buffer　　　　　  　2μl<br>
<br>ligase buffer　　　　　  　2μl<br>
Line 774: Line 767:
*[pSB1C3-R0011-acsAB]
*[pSB1C3-R0011-acsAB]
*[pSB1A3-R0011-acsAB-CMCax-Ccp]
*[pSB1A3-R0011-acsAB-CMCax-Ccp]
-
<br>Transform into E.coli
+
:: Transform into E.coli
-
<br>LB+Ampiclin+CHLORAMPHENICOL
+
:: LB+Ampiclin+CHLORAMPHENICOL
-
<br>→37℃ for 14 hr  
+
:: →37℃ for 14 hr  
<br>
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<br>
<br>
<br>

Revision as of 08:26, 4 October 2011

Photopaper

Meeting Notes

2011.02.24
Discussion:

  • Team organization
    caption
  • Brain storming
    • paper made by bacteria with add-ons such as colors, fragrance, etc.
    • "light up" the plants for replacing lamp posts.



2011.03.04
Discussion:

  • Team advisory
  • Brain storming
    • Add-ons: colorful cellulose which produced by bacteria such as beta-carotene
    • information exchange with iGEM 2009 Cambridge team




2011.03.14
Discussion:

  • Task Allocation
  • Brain storming
    • Avatar - "light up" the plants by transfecting symbiotic bacteria which cloned into fluorescence gene
    • Eco-friendly warmer - biotic thermal pad



2011.03.23
Discussion:

    • Project : paperia
    • Option 1 : Culture bacteria which has pigment gene
    • Option 2 : Cellulose-producing bacteria secrete pigment into the medium



2011.03.24
Discussion:

  • Exp. procedure:
    • cloning of cellulose gene’s CDS
    • the product should operate within E. coli.



2011.06.22
Discussion:

  • Due to some unforseen reason, the team decided to change their project.
  • New project: Biojenny

　　　　　　　　　-economical and humane way to produce paper in large quantities.
　　　　　　　　　-yeast to be our host



2011.07.01
Discussion:

  • Freeze > grin > genome DNA isolation > Cloning = silk protein gene



2011.07.09
Discussion:

  • the connections between 3 silk proteins : Fibl Fibh P25
  • major proteins : H-chain, L-chain, P25



2011.07.15
Discussion:

  • Due to limited resources and techniques required, the team decided to switch back to the previous project. Paper making !
  • However it would be modified to be more innovative and creative.



2011.07.18
Discussion:

  • Latest project : Photo paper
  • cyanobacteria is designed as the host, cellulose made up of the glucose produced by cyanobacteria could be one of the main attraction of the project.



2011.07.23
Discussion:

  • system modification to overcome the problems arises during preliminary round
  • Biobricks from Tokyo 2010 team will be utilized
    • regulator promoter in order to regulate the secretion of cellulose to solve the aggregation of the bacteria




2011.09.15

Genome miniprep
Gluconacetobacter hansenii



2011.09.18

Gel/PCR DNA extraction
Gluconacetobacter hansenii


Protocols

2011.09.07


caption

Rhodobacter rudrum medium
K2HPO4　　　　　　　　　　　　　1g

NaCl　　　　　　　　　　　　　　0.5g

FeSO4．7H2O　　　　　　　　　　0.01g

CaCl2　　　　　　　　　　　　　　0.02g

MnCl2．4H2O　　　　　　　　　　0.002g

MgSO4．7H2O　　　　　　　　　　0.2g

NaMO2O4．2H2O　　　　　　　　　0.01g

ddH2O　　　　　　　　　　　　　　998.258ml

________________________________________
　　　　　　　　　　　　　　 　　1L　→take100ml

　　　　　　　　　　＋　


Yeast Extrat　　　　　　　　　　　　　　　　0.5g

Sodium malate
(Sodium succinate dibasic hexohydrate)　 　5g

NH4Cl　　　　　　　　　　　　　　　 　 　1g

ddH2O　　　　　　　　　　　　　　　　　 893.5ml

_________________________________________________
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　 　1L



Raise E. coli(PSB1C3)

1.50ml LB+500μl CHLORAMPHENICOL
2.37℃, overnight (14-16hrs)





2011.09.08-13

Plasmid miniprep kit

  • PSB1C3 plasmid
    caption




Raise Rhodobacter rubrum

1.50ml LB+500μl CHLORAMPHENICOL
2.37℃, overnight (14-16hrs)





2011.09.09

Raise Gluconacetobacter hansenii

1.50ml LB+500μl CHLORAMPHENICOL
2.37℃, overnight (14-16hrs)





2011.09.10-11

Digestion check of DNA

[pSB1C3/EcoRI]
DNA　　　　　　　　　　　 500ng

10×buffer　　　　　　　 5μl

BSA　　　　　　　　　　　 5μl

EcoRⅠ　　　　　　　　　　 1μl

ddH2O　　　　　　　　　 29μl

_______________________________

total　　　　　　　　　　 50μl



[pSB1C3/PstⅠ]
DNA　　　　　　　　　　　 500ng

10×buffer　　　　　　　　　　 5μl

BSA　　　　　　　　　　　　　 5μl

PstⅠ　　　　　　　　　　　　 1μl

ddH2O　　　　　　　　　　　 29μl

_________________________________

total　　　　　　　　　　　 50μl



Digestion of DNA

[pSB1C3/EcoRⅠ+PstⅠ]
DNA　　　　　　　　　　　　　500ng

10×buffer　　　　　　　　　　 5μl

BSA　　　　　　　　　　　　　 5μl

EcoRⅠ　　　　　　　　　　　　 1μl

pstⅠ　　　　　　　　　　　　　 1μl

ddH2O　　　　　　　　　　　　28μl

__________________________________

total　　　　　　　　　　　　50μl

→37℃ for 30 mins


[pSB1C3/XbaⅠ+SpeⅠ]
DNA　　　　　　　　　　　　　　　10μl

10×buffer　　　　　　　　　　　　5μl

BSA　　　　　　　　　　　　　　　5μl

XbaⅠ　　　　　　　　　　　　　　 1μl

SpeⅠ　　　　　　　　　　　　　　　1μl

ddH2O　　　　　　　　　　　　　　28μl

____________________________________

total 　　　　　　　　　　　　　50μl

→37℃ for 2 hrs


[pSB1C3/SpeⅠ+PstⅠ]
DNA　　　　　　　　　　　　　　　10μl

10×buffer　　　　　　　　　　　　5μl

BSA　　　　　　　　　　　　　　　5μl

SpeⅠ　　　　　　　　　　　　　　1μl

pstⅠ　　　　　　　　　　　　　　　1μl

ddH2O　　　　　　　　　　　　　　28μl

____________________________________

total 　　　　　　　　　　　　　50μl

→37℃ for 2 hrs


[pSB1C3/EcoRⅠ+XbaⅠ]
DNA　　　　　　　　　　　　　　　10μl

10×buffer　　　　　　　　　　　　5μl

BSA　　　　　　　　　　　　　　　5μl

EcoRⅠ　　　　　　　　　　　　　　1μl

XbaⅠ　　　　　　　　　　　　　　　1μl

ddH2O　　　　　　　　　　　　　　28μl

____________________________________

total 　　　　　　　　　　　　　50μl

→37℃ for 2 hrs


[pSB1A3/EcoRⅠ+PstⅠ]
DNA　　　　　　　　　　　　　　　10μl

10×buffer　　　　　　　　　　　　5μl

BSA　　　　　　　　　　　　　　　5μl

EcoRⅠ　　　　　　　　　　　　　　1μl

PstⅠ　　　　　　　　　　　　　　　1μl

ddH2O　　　　　　　　　　　　　　28μl

____________________________________

total 　　　　　　　　　　　　　50μl

→37℃ for 2 hrs

[pSB1A3/EcoRⅠ+SpeⅠ]
DNA　　　　　　　　　　　　　　　10μl

10×buffer　　　　　　　　　　　　5μl

BSA　　　　　　　　　　　　　　　5μl

EcoRⅠ　　　　　　　　　　　　　　1μl

SpeⅠ　　　　　　　　　　　　　　　1μl

ddH2O　　　　　　　　　　　　　　28μl

____________________________________

total 　　　　　　　　　　　　　50μl

→37℃ for 2 hrs


electroelution Purification

  • [pSB1C3/EcoRⅠ+PstⅠ]
  • [pSB1C3/XbaⅠ+SpeⅠ]
  • [pSB1C3/SpeⅠ+PstⅠ]
  • [pSB1C3/EcoRⅠ+XbaⅠ]
  • [pSB1A3/EcoRⅠ+PstⅠ]
  • [pSB1A3/EcoRⅠ+SpeⅠ]




2011.09.12-20

PCR

caption


  • [acsAB]
  • [acsCD]
  • [CCcax-Ccp]


template DNA　　　1μl

5×Buffer　　　　　4μl

2.5μM dNTP　　　　1.6μl

10μM F　　　　　　1μl

10μM R　　　　　　1μl

Taq　　　　　　　　0.2μl

ddH2O　　　　　　8.8μl

_______________________________

total　　　　　　　20μl




electroelution Purification

  • [acsAB]
  • [acsCD]
  • [CMCax-Ccp]





2011.09.21

Digestion of DNA

[acsAB/ XbaⅠ+SpeⅠ]
DNA　　　　　　　　　　　10μl

10×buffer　　　　　　　　5μl

BSA　　　　　　　　　　　5μl

EcoRⅠ　　　　　　　　　　1μl

pstⅠ　　　　　　　　　　　1μl

ddH2O　　　　　　　　　　28μl

____________________________

total　　　　　　　　　　　　　50μl

→37℃ for 16 hr


[acsCD/XbaⅠ+SpeⅠ]
DNA　　　　　　　　　　　　10μl

10×buffer　　　　　　　　　5μl

BSA　　　　　　　　　　　　　5μl

XbaⅠ　　　　　　　　　　　　1μl

SpeⅠ　　　　　　　　　　　　　1μl

ddH2O　　　　　　　　　　　　28μl

__________________________________
total　　　　　　　　　　　　　　　50μl

→37℃ for 16 hr


[CMCax/SpeⅠ+AlwNⅠ]
DNA　　　　　　　　　　　　10μl

10×buffer　　　　　　　　　5μl

BSA　　　　　　　　　　　　　5μl

SpeⅠ　　　　　　　　　　　　1μl

AlwNⅠ　　　　　　　　　　　　　1μl

ddH2O　　　　　　　　　　　　28μl

__________________________________

total　　　　　　　　　　　　　　　50μl

→37℃ for 16 hr


[Ccp/AlwNⅠ+PstⅠ]
DNA　　　　　　　　　　　　10μl

10×buffer　　　　　　　　　5μl

BSA　　　　　　　　　　　　　5μl

AlwNⅠ　　　　　　　　　　　　1μl

PstⅠ 　　　　　　　　　　　　1μl

ddH2O　　　　　　　　　　　　28μl

__________________________________
total　　　　　　　　　　　　　　　50μl

→37℃ for 16 hr



electroelution Purification

  • [acsAB/ XbaⅠ+SpeⅠ]
  • [acsCD/XbaⅠ+SpeⅠ]
  • [CMCax/SpeⅠ+AlwNⅠ]
  • [Ccp/AlwNⅠ+PstⅠ]




2011.09.22

Ligation of DNA

[pSB1C3-acsAB]
caption


Vector　　　　　　　　　　3μl

Insert　　　　　　　　　　14μl

ligase buffer　　　　　 　2μl

ligase　　　　　　　　　　1μl

ddH2O　　　　　　　　　　　-μl

________________________________

total　　　　　　　　　　20μl

→16℃ for 16 hr


[pSB1A3-acsCD]
Vector　　　　　　　　　　　3μl

Insert　　　　　　　　　　　14μl

ligase buffer　　　　　　　2μl

ligase　　　　　　　　　　　　1μl

ddH2O　　　　　　　　　　　　　-μl

_________________________________

total　　　　　　　　　　　20μl

→16℃ for 16 hr


[pSB1C3-acsCD]
Vector　　　　　　　　　　　3μl

Insert　　　　　　　　　　　14μl

ligase buffer　　　　　　　2μl

ligase　　　　　　　　　　　　1μl

ddH2O　　　　　　　　　　　　　-μl

_________________________________

total　　　　　　　　　　　20μl

→16℃ for 16 hr


[pSB1C3-CMCax-Ccp]
Vector　　　　　　　　　　　3μl

Insert　　　　　　　　　　　14μl

ligase buffer　　　　　　　2μl

ligase　　　　　　　　　　　　1μl

ddH2O　　　　　　　　　　　　　-μl

_________________________________

total　　　　　　　　　　　20μl

→16℃ for 16 hr



2011.09.23

PCR

[R0011 promoter]
R0011 promoter　　　　　　　 1μl

5×Buffer　　　　　　　　　　　　4μl

2.5μM dNTP　　　　　　　　　　1.6μl

Taq　　　　　　　　　　　　　　　0.2μl

ddH2O　　　　　　　　　　　　　13.2μl

_____________________________________

total　　　　　　　　　　　　　　20μl



electroelution Purification

  • [R0011 promoter]


Transformation of DNA

  • [pSB1C3-acsAB]
Transform into E.coli
LB+CHLORAMPHENICOL
→37℃ for 14 hr



  • [pSB1C3-acsCD]
Transform into E.coli
LB+CHLORAMPHENICOL
→37℃ for 14 hr



  • [pSB1A3-acsCD]
Transform into E.coli
LB+Ampicillin
→37℃ for 14 hr



  • [pSB1C3-CMCax-Ccp]
Transform into E.coli
LB+CHLORAMPHENICOL
→37℃ for 14 hr




Digestion of DNA

[R0011 promoter/EcoRⅠ+XbaⅠ]
DNA　　　　　　　　　　　10μl

10×buffer　　　　　　　　5μl

BSA　　　　　　　　　　　5μl

EcoRⅠ　　　　　　　　　　1μl

XbaⅠ　　　　　　　　　　　1μl

ddH2O　　　　　　　　　　28μl

____________________________


total　　　　　　　　　　　　　50μl

→37℃ for 16 hr


electroelution Purification

  • [R0011 promoter/EcoRⅠ+XbaⅠ]


2011.09.24

Ligation of DNA

[pSB1C3-R0011]
Vector　　　　　　　　　　3μl

Insert　　　　　　　　　　14μl

ligase buffer　　　　　 　2μl

ligase　　　　　　　　　　1μl

ddH2O　　　　　　　　　　　-μl

________________________________

total　　　　　　　　　　20μl

→16℃ for 16 hr


[R0011-acsAB]
Vector　　　　　　　　　　3μl

Insert　　　　　　　　　　14μl

ligase buffer　　　　　 　2μl

ligase　　　　　　　　　　1μl

ddH2O　　　　　　　　　　　-μl

________________________________

total　　　　　　　　　　20μl

→16℃ for 16 hr

[R0011-acsCD]
Vector　　　　　　　　　　3μl

Insert　　　　　　　　　　14μl

ligase buffer　　　　　 　2μl

ligase　　　　　　　　　　1μl

ddH2O　　　　　　　　　　　-μl

________________________________

total　　　　　　　　　　20μl

→16℃ for 16 hr



2011.09.24

Digestion of DNA

[R0011-acsAB/EcoRⅠ+SpeⅠ]
DNA　　　　　　　　　　　10μl

10×buffer　　　　　　　　5μl

BSA　　　　　　　　　　　5μl

EcoRⅠ　　　　　　　　　　1μl

SpeⅠ　　　　　　　　　　　1μl

ddH2O　　　　　　　　　　28μl

____________________________


total　　　　　　　　　　　　　50μl

→37℃ for 16 hr

[R0011-acsCD/EcoRⅠ+SpeⅠ]
DNA　　　　　　　　　　　10μl

10×buffer　　　　　　　　5μl

BSA　　　　　　　　　　　5μl

EcoRⅠ　　　　　　　　　　1μl

SpeⅠ　　　　　　　　　　　1μl

ddH2O　　　　　　　　　　28μl

____________________________

total　　　　　　　　　　　　　50μl

→37℃ for 16 hr



electroelution Purification

  • [R0011-acsAB/EcoRⅠ+SpeⅠ]
  • [R0011-acsCD/EcoRⅠ+SpeⅠ]




2011.09.25

Ligation of DNA

[pSB1C3-R0011-acsAB]
Vector　　　　　　　　　　3μl

Insert　　　　　　　　　　14μl

ligase buffer　　　　　 　2μl

ligase　　　　　　　　　　1μl

ddH2O　　　　　　　　　　　-μl

________________________________

total　　　　　　　　　　20μl

→16℃ for 16 hr


[pSB1C3-R0011-acsCD]
Vector　　　　　　　　　　3μl

Insert　　　　　　　　　　14μl

ligase buffer　　　　　 　2μl

ligase　　　　　　　　　　1μl

ddH2O　　　　　　　　　　　-μl

________________________________

total　　　　　　　　　　20μl

→16℃ for 16 hr


2011.09.26

Transformation of DNA

  • [pSB1C3-R0011-acsAB]
Transform into E.coli
LB+CHLORAMPHENICOL
→37℃ for 14 hr



  • [pSB1C3-R0011-acsCD]
Transform into E.coli
LB+CHLORAMPHENICOL
→37℃ for 14 hr




Digestion of DNA

[pSB1C3-R0011-acsCD/SpeⅠ+PstⅠ]
DNA　　　　　　　　　　　10μl

10×buffer　　　　　　　　5μl

BSA　　　　　　　　　　　5μl

SpeⅠ　　　　　　　　　　1μl

PstⅠ　　　　　　　　　　　1μl

ddH2O　　　　　　　　　　28μl

____________________________


total　　　　　　　　　　　　　50μl

→37℃ for 16 hr


electroelution Purification

  • [pSB1C3-R0011-acsCD/SpeⅠ+PstⅠ]




2011.09.27

Ligation of DNA

[pSB1C3-R0011-acsCD-CMCax-Ccp]
Vector　　　　　　　　　　3μl

Insert　　　　　　　　　　14μl

ligase buffer　　　　　 　2μl

ligase　　　　　　　　　　1μl

ddH2O　　　　　　　　　　　-μl

________________________________

total　　　　　　　　　　20μl

→16℃ for 16 hr


Digestion of DNA

[pSB1C3-R0011-acsCD-CMCax-Ccp/PstⅠ+EcoRⅠ]
DNA　　　　　　　　　　　10μl

10×buffer　　　　　　　　5μl

BSA　　　　　　　　　　　5μl

PstⅠ　　　　　　　　　　1μl

EcoRⅠ　　　　　　　　　　　1μl

ddH2O　　　　　　　　　　28μl

____________________________


total　　　　　　　　　　　　　50μl

→37℃ for 16 hr


electroelution Purification

  • [pSB1C3-R0011-acsCD-CMCax-Ccp/PstⅠ+EcoRⅠ]




2011.09.28

Ligation of DNA

[pSB1A3-R0011-acsCD-CMCax-Ccp]
Vector　　　　　　　　　　3μl

Insert　　　　　　　　　　14μl

ligase buffer　　　　　 　2μl

ligase　　　　　　　　　　1μl

ddH2O　　　　　　　　　　　-μl

________________________________

total　　　　　　　　　　20μl

→16℃ for 16 hr


2011.09.29

Transformation of DNA

  • [pSB1C3-R0011-acsAB]
  • [pSB1A3-R0011-acsAB-CMCax-Ccp]
Transform into E.coli
LB+Ampiclin+CHLORAMPHENICOL
→37℃ for 14 hr




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