Summer events/2011 JAPAN Meetup

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Revision as of 11:30, 27 September 2011

第三回iGEM学生懇親会＠理学部2号館　第一講義室

時間　14:30～18:00

参加人数　約35人　

内容　

・各大学によるプロジェクトの発表と質疑応答

・歓談（３グループに分かれ自由に意見交換や話をした）

内容

○各大学によるプロジェクトの発表と質疑応答

＜大阪大学＞発表時間７分５０秒質疑応答１１分テーマ「生体線量計」目標 ①UV刺激に応答する色素生産回路の作成 ②放射線に対する耐性強化

手段 ①→カルテノイド系色素を用いる ②→放射線耐性菌のタンパク（RecA,PprA,PprI,PprM)を用い、Biobrick化する　評価：放射線照射時間や強度に応じた生存率を調べる

質疑応答・DNAを損傷させるものは何か →UVと薬品によってDNAを損傷させる・カルテノイド系色素でのレスポンスはどの程度なのか →応答に時間がかかってしまうので、リアルタイムでの計測が難しい。今後の課題に・大腸菌で敢えて行うメリットは →既製のものを使うより学生が容易に扱えて実験できる大腸菌を使った方が楽しい・どの程度RecAプロモーターはDNA損傷度を分かるのか、またどの程度UVを照射したらどれくらい損傷するのか →未だ不明・もともと大腸菌内にRecAが存在するというのになぜ耐性をつけて強化するのか →確かに耐性を付加させるとあまり損傷されなくなりRecAが正常に働かなくなる可能性もあるが未だ調査中

＜首都大学東京＞発表時間１５分１０秒質疑応答９分テーマ「BeE.coli」目標 ①Speedを上げる ②Targetを追うようにする ③刺す

手段 ①→H-NS108Iタンパクを発現させることで、鞭毛を制御し移動速度を増加させる検証実験円筒状の容器の底部（酸素濃度小）に作成した大腸菌と標準大腸菌を入れ、上部（酸素濃度大）に向かって一定時間移動させ、その距離で評価する

②菌の分泌するAHL濃度が高いところを感知する→CheZを発現させて大腸菌を直進させる検証実験作成した大腸菌が濾紙かプレート上でAHLとControlのどちらに向かって進むかで検証

③大腸菌の接合と利用し、致死遺伝子を対象に送り込む検証実験接合だけしたらRFPにより赤色、接合と送り込みに成功したらGFPとRFPの両方が蛍光するようにし、三種類の試験管を用意（BeE.coliのみ、BeE.coliとTarget、Targetのみ）し、両方入れたものだけがGFPのみ光れば成功

課題・方向制御・preventing from getting tolerance ・in the intestines ・specification of the target Future ・Application for medical field

質疑応答・①の検証実験で酸素濃度が低いと大腸菌が弱まるのでは →比較実験なので大丈夫・①で酸素濃度はどうするのか →定量的には酸素濃度は計測しない・②で濾紙などの培地を使用すると、AHLが時間によって拡散しプレート上に広がるので実験の検証は難しいのでは →検討してみる・H-NS108Iで速度が50％上がるのは直進には直接関係しないのか →ちゃんと文献によればうまくいくはず・③で送り込むのは全てのプラスミドか、ならば自身が死なないようするための致死遺伝子抑制因子はおくられないのか →抑制するものは別のプラスミドにコードされているので大丈夫だろう・速度的なことはコロニーが移動するのか →コロニーの広がりを移動とみなす・AHLは大腸菌自身も出しているが →大腸菌のAHLとは異なるAHLを使用する予定

＜東大＞発表時間１０分４０秒質疑応答１３分１０秒概要環境分野において特定物質を探知する過程で多数の大腸菌を用いて行う

目標 ①AspでE.coliを引き寄せる ②２種類の大腸菌を作る　a信号を受けるとAspを放出する　b鞭毛を動かして運動させる

手段 a→アスパラギン酸濃度勾配を形成させる（信号＜UV＞→破裂→アスパラギン酸放出→濃度勾配発生） b→CheZを用いて運動を制御（Asp→UV領域への移動→CheZの消失→停滞）

質疑応答・Aspは十分量放出されるのか →文献では大腸菌が認識するレベルまでは放出される・UVで大腸菌は死なないのか →a:アスパラギン酸を放出し破裂するのでそもそも死ぬ　b:即死しない程度のUVで行うため、支障はないのではないか・Aspによって大腸菌が密集するが、大腸菌自体の行動に影響が出ないか →Aspの濃度などは基本影響しないと思われるが、大腸菌自体の密度による影響は確かに考えられる・UVを使うのは扱いやすいためか、UV探知を目的としたためか →DNA損傷物質である放射線の代用としてUVを選んだが、入力信号の一つとしてそして損傷物質としてUVを用いているが、他の入力信号でも応用可能が期待されるから・セルライシスが足りないのではないか →SOSインデュースは40種類以上あり、応答時間や強度が変動するので組み合わせを考えることでうまく機能するものを見つける。UV以外の入力の時は、別のプロモーターを選択する必要がある・Asp合成酵素はうまく機能するのか →時間差のある特異的な系であるので、うまくいくと思う・Aspを外部に放出させる際に、トランスポーターを用いないのか →調整が難しく面倒なので、破裂させるようにした

＜京大＞発表時間１９分３０秒質疑応答１１分４０秒テーマ「食虫大腸菌」目標 ①飢餓遺伝子を発現させる ②発光する ③捕虫 ④消化手段 ①飢餓：グルタミン濃度の減少を飢餓状態とする ②発光：発光大腸菌を利用する（BioBrick) ③捕虫：N－アセチルグルコサミンを用いる ④消化：放線菌由来のキチナーゼとプロテアーゼを用いる

質疑応答・④のプロテアーゼは周辺環境（実験環境）によって活性が変化するが、その実験方法は考慮しているのか →最適pHでなくても、プロテアーゼは働きをする程度で良いと思っている・（↑に続き）膜などに対してどういう環境がベストなのか →不明・どれくらいプロテアーゼがでたら溶かせるのか →不明・ハエ以外でもやってみたらよかったのでは →了解・捕虫したあとも発光したままなのか →文献では周りにアミノ酸があれば発光は止んでいくらしい →→そこまで踏み込んだ方がストーリー性があってよい・②の発光でコロニーによる光量は大丈夫か →未だ不明だが、だめなら液体培地を利用するなどの手段をとりたい・発現量のチェックはどうするか →（ハエの捕虫に関して）実際にくっつくかを実験する程度

以上です。

お忙しいなか、参加してくださいましたＯＢ・ＯＧの方、ならびにiGEM関係者

の方々、本当にありがとうございました。貴重なご助言を活かし、これからも

いっそう尽力していきますので、今後とも応援よろしくお願いいたします。

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+第三回iGEM学生懇親会＠理学部2号館　第一講義室
+時間　14:30～18:00
+参加人数　約35人
+内容
+・各大学によるプロジェクトの発表と質疑応答
+・歓談（３グループに分かれ自由に意見交換や話をした）
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+ 内容
+○各大学によるプロジェクトの発表と質疑応答
+＜大阪大学＞
+発表時間７分５０秒
+質疑応答１１分
+テーマ「生体線量計」
+目標
+①UV刺激に応答する色素生産回路の作成
+②放射線に対する耐性強化
+手段
+①→カルテノイド系色素を用いる
+②→放射線耐性菌のタンパク（RecA,PprA,PprI,PprM)を用い、Biobrick化する
+　評価：放射線照射時間や強度に応じた生存率を調べる
+質疑応答
+・DNAを損傷させるものは何か
+→UVと薬品によってDNAを損傷させる
+・カルテノイド系色素でのレスポンスはどの程度なのか
+→応答に時間がかかってしまうので、リアルタイムでの計測が難しい。今後の課題に
+・大腸菌で敢えて行うメリットは
+→既製のものを使うより学生が容易に扱えて実験できる大腸菌を使った方が楽しい
+・どの程度RecAプロモーターはDNA損傷度を分かるのか、またどの程度UVを照射したらどれくらい損傷するのか
+→未だ不明
+・もともと大腸菌内にRecAが存在するというのになぜ耐性をつけて強化するのか
+→確かに耐性を付加させるとあまり損傷されなくなりRecAが正常に働かなくなる可能性もあるが未だ調査中
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+＜首都大学東京＞
+発表時間１５分１０秒
+質疑応答９分
+テーマ「BeE.coli」
+目標
+①Speedを上げる
+②Targetを追うようにする
+③刺す
+手段
+①→H-NS108Iタンパクを発現させることで、鞭毛を制御し移動速度を増加させる
+検証実験
+円筒状の容器の底部（酸素濃度小）に作成した大腸菌と標準大腸菌を入れ、上部（酸素濃度大）に向かって一定時間移動させ、その距離で評価する
+②菌の分泌するAHL濃度が高いところを感知する→CheZを発現させて大腸菌を直進させる
+検証実験
+作成した大腸菌が濾紙かプレート上でAHLとControlのどちらに向かって進むかで検証
+③大腸菌の接合と利用し、致死遺伝子を対象に送り込む
+検証実験
+接合だけしたらRFPにより赤色、接合と送り込みに成功したらGFPとRFPの両方が蛍光するようにし、三種類の試験管を用意（BeE.coliのみ、BeE.coliとTarget、Targetのみ）し、両方入れたものだけがGFPのみ光れば成功
+課題
+・方向制御
+・preventing from getting tolerance
+・in the intestines
+・specification of the target
+Future
+・Application for medical field
+質疑応答
+・①の検証実験で酸素濃度が低いと大腸菌が弱まるのでは
+→比較実験なので大丈夫
+・①で酸素濃度はどうするのか
+→定量的には酸素濃度は計測しない
+・②で濾紙などの培地を使用すると、AHLが時間によって拡散しプレート上に広がるので実験の検証は難しいのでは
+→検討してみる
+・H-NS108Iで速度が50％上がるのは直進には直接関係しないのか
+→ちゃんと文献によればうまくいくはず
+・③で送り込むのは全てのプラスミドか、ならば自身が死なないようするための致死遺伝子抑制因子はおくられないのか
+→抑制するものは別のプラスミドにコードされているので大丈夫だろう
+・速度的なことはコロニーが移動するのか
+→コロニーの広がりを移動とみなす
+・AHLは大腸菌自身も出しているが
+→大腸菌のAHLとは異なるAHLを使用する予定
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+＜東大＞
+発表時間１０分４０秒
+質疑応答１３分１０秒
+概要
+環境分野において特定物質を探知する過程で多数の大腸菌を用いて行う
+目標
+①AspでE.coliを引き寄せる
+②２種類の大腸菌を作る
+　a信号を受けるとAspを放出する
+　b鞭毛を動かして運動させる
+手段
+a→アスパラギン酸濃度勾配を形成させる（信号＜UV＞→破裂→アスパラギン酸放出→濃度勾配発生）
+b→CheZを用いて運動を制御（Asp→UV領域への移動→CheZの消失→停滞）
+質疑応答
+・Aspは十分量放出されるのか
+→文献では大腸菌が認識するレベルまでは放出される
+・UVで大腸菌は死なないのか
+→a:アスパラギン酸を放出し破裂するのでそもそも死ぬ
+　b:即死しない程度のUVで行うため、支障はないのではないか
+・Aspによって大腸菌が密集するが、大腸菌自体の行動に影響が出ないか
+→Aspの濃度などは基本影響しないと思われるが、大腸菌自体の密度による影響は確かに考えられる
+・UVを使うのは扱いやすいためか、UV探知を目的としたためか
+→DNA損傷物質である放射線の代用としてUVを選んだが、入力信号の一つとしてそして損傷物質としてUVを用いているが、他の入力信号でも応用可能が期待されるから
+・セルライシスが足りないのではないか
+→SOSインデュースは40種類以上あり、応答時間や強度が変動するので組み合わせを考えることでうまく機能するものを見つける。UV以外の入力の時は、別のプロモーターを選択する必要がある
+・Asp合成酵素はうまく機能するのか
+→時間差のある特異的な系であるので、うまくいくと思う
+・Aspを外部に放出させる際に、トランスポーターを用いないのか
+→調整が難しく面倒なので、破裂させるようにした
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+＜京大＞
+発表時間１９分３０秒
+質疑応答１１分４０秒
+テーマ「食虫大腸菌」
+目標
+①飢餓遺伝子を発現させる
+②発光する
+③捕虫
+④消化
+手段
+①飢餓：グルタミン濃度の減少を飢餓状態とする
+②発光：発光大腸菌を利用する（BioBrick)
+③捕虫：N－アセチルグルコサミンを用いる
+④消化：放線菌由来のキチナーゼとプロテアーゼを用いる
+質疑応答
+・④のプロテアーゼは周辺環境（実験環境）によって活性が変化するが、その実験方法は考慮しているのか
+→最適pHでなくても、プロテアーゼは働きをする程度で良いと思っている
+・（↑に続き）膜などに対してどういう環境がベストなのか
+→不明
+・どれくらいプロテアーゼがでたら溶かせるのか
+→不明
+・ハエ以外でもやってみたらよかったのでは
+→了解
+・捕虫したあとも発光したままなのか
+→文献では周りにアミノ酸があれば発光は止んでいくらしい
+→→そこまで踏み込んだ方がストーリー性があってよい
+・②の発光でコロニーによる光量は大丈夫か
+→未だ不明だが、だめなら液体培地を利用するなどの手段をとりたい
+・発現量のチェックはどうするか
+→（ハエの捕虫に関して）実際にくっつくかを実験する程度
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+以上です。
+お忙しいなか、参加してくださいましたＯＢ・ＯＧの方、ならびにiGEM関係者
+の方々、本当にありがとうございました。貴重なご助言を活かし、これからも
+いっそう尽力していきますので、今後とも応援よろしくお願いいたします。