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Team:Potsdam Bioware/Meetings
From 2011.igem.org
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*site directed mutagenesis and cloning of TEV and HRV 14_3C proteases into pJC354 vector under control of an Arabinose dependent promoter. The vector also contains the TorA detection system including the protease cleavage sites. The cloning was succesful for TEV protease only. The HRV 14_3C protease still contains iGEM restriction sites in the sequence, that will be removed by site directed mutagenesis. | *site directed mutagenesis and cloning of TEV and HRV 14_3C proteases into pJC354 vector under control of an Arabinose dependent promoter. The vector also contains the TorA detection system including the protease cleavage sites. The cloning was succesful for TEV protease only. The HRV 14_3C protease still contains iGEM restriction sites in the sequence, that will be removed by site directed mutagenesis. | ||
--> Survival assay for picked TEV containing clone | --> Survival assay for picked TEV containing clone | ||
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Microviridin: | Microviridin: | ||
*Creating of expression vectors containing YFP and CFP was performed. The grey blocks in the picture represent promoters. The PCR products are available but were not introduced yet. | *Creating of expression vectors containing YFP and CFP was performed. The grey blocks in the picture represent promoters. The PCR products are available but were not introduced yet. | ||
Revision as of 12:32, 21 September 2011
Meetings
Protokoll zum Treffen am 19.09.2011
- Moderation: Steffi
- Protokoll: Nicole
- Tops
- Nächste Treffen
- Auswertungen und Labor
- Wikifreeze und MIT wiki page
- App
- Auswertung der Ethikumfrage
- Registry
Nächste Treffen
- Mi, 21.09.2011, 11:00 Uhr
- Fr, 23.09.2011, 14:00 Uhr
Auswertungen und Labor
- andere Graphiken erforderlich, nicht nur Klonierungsbilder, wie Agarosegele
- Selection Gruppe: Ampicillin-Test -> Überlebenskurve
- Library: Logoplot
- TorA-CS-Tev -> Charakterisierung
Wikifreeze und MIT wiki page
- besonderes Augenmerk: Datapage
- Verändern des Schemas
- Microcystis zu mdn-cluster
- optimierte Varianten unten im Bild
- Ergänzen eines Periplasmas -> Lupe
- -> TorA Sequenz richtig eintragen
- Verlinkung unserer Biobricks sowohl zur Registry als auch intern
- Verändern des Schemas
- Zitiersystem: Author, Jahr
- Änderunegn auf der MIT Wiki page
- neben Project links: drehendes Mikroviridin
- überall Platzhalter für ein Bild
- Software text in Blocksatz
- 1. Seite: Software more link -> funktioniert nicht
- Screenshots der App und Video einfügen
- Fehlende Fotos der Team-Mitglieder
- Oli -> Sebastian fragt an
- Paul
- Kristian und Katja
- Abstimmung ob Wiki oder Html-Code:
- Primär Wiki-Code
- Html aber auch möglich
App
- bei einigen handys nicht funktionell
- Farben kaum unterscheidbar
- bei Setzen des hakens. Anzeigen der Uhrzeit
- Video drehen zur Illustrierung der App
- Screenshots zu jeder Seite der App in MIT Wiki einfügen
- Bild von Handy eingewickelt in Frischhaltefolie
- Allgemein einleitender Text zur App
- Vorteile
- Idee
Auswertung der Ethikumfrage
- Bilder kompakter darstellen, zwei bis drei neben einander
- Ethik Highlight page -> Kurzfassung
Registry
- Einfrieren der Registry?
- eher unwahrscheinlich
- Hochladen der Sequenzen trotz Punktmutationen, später ändern
- bei jedem Biobrick kurze Erklärung, was Mikroviridin ist
Protokoll zum Treffen am 15.9.2011
- Moderation: Nicole
- Protokoll: Niels
- TOPS
- Website
- Wikifreeze
- Ethics
- Lab
Website
- next week is wikifreeze
- every group should create a text until next monday
- with results
- short summary
- biobricks should be descripted
- until Monday (discussed in seminar)
- every group should create a text until next monday
Ethics
- meeting with the members of our parliament at 27.10.2011
- results of survey: 8 responses
- analysis by Nicole and Niels
Lab progress
- Phage Display:
- mdnA displayed on the phages
- library done – analysis in process
- Microveridin:
- Probleme : cluster ABCDE include 3 additional XbaI restriction sites
- all on the End (E) – if it will cut – its useless
- solution:
- order new primer – will arrive Monday – too late
- try to mutate additional restriction sites
- Western blot in process against mdnB
- fluorescence microscope didn’t see any colonies
- Probleme : cluster ABCDE include 3 additional XbaI restriction sites
- Screening
- sequence of TorA protease : mutations available
- TorA cleavage site alright
- procession protease sequences
- many silent mutations and one missense mutation
- test of ampicillin resistance
- sequence of TorA protease : mutations available
Wiki-freeze
- upload all images this weekend
- create text for almost every part of the wiki
Protokoll zum Treffen am 12.9.2011
- Moderation: Katharina
- Protokoll: Nicole
Tops
- Lab
- Website and pictures
- T-Shirt
- Modelling
- Sponsoring
- Ethics
Lab
- Microviridin
- HPLC analysis of microviridin
- expression of microviridin has to be induced
- induction solution from Elke
- -> figure out which components are in the solution exactly
- get SEPEC colums from Elke to have the possibility to perform these experiments in our lab
- HPLC analysis of microviridin
- Biobrick mdnC, mdnD, mdnBC
- = real biobricks
- -> has to do annotations
- -> upload to parts registry site using genbank format
- Biobrick mdnC, mdnD, mdnBC
- Phage display
- Western Blot failed
- Phages produced in XL1-Blue cells
- positive and negative control
- -> signaly by positive and one negative control, but no signal for samples
- Western Blot failed
- currently ELISA is running
- Phages produced in ER2738 cells
- Phages produced in XL1-Blue cells
- tested other concentration
- verification using myc-tag
- currently ELISA is running
- Screening
- Biobricks
- produced biobricks carry non-silent mutations
- -> use of other polymerases for amplification of gene of interest
- -> for example Phusion polymerase instead of genaxxon taq polymerase
- Biobricks
- Further tasks
- order GATC labels for primer and DNA (sequencing)
- order GATC Böxle
Website
- use summer effect for team pictures (decided unanimously)
- take pictures after the seminar
- header accepted (unanimously)
- draw up a sitemap for MIT wiki (-> Stefan)
T-Shirt
- sponsor's logos missing
- Biozym
- Fermentas
Modelling
- Parts of our project, which play a role in modelling
- expression of protease
- expression of lactamase
- addition of ampicillin
- Figures
a) Beginning (figure 1)
- beginnintg amount of mdnA
- expression of protease -> increase
- inhibiting of protease -> plateau
- -> then start of lactamase expression
b) expression of lactamase (later one plot, figure 2)
- more and more ß-lactamase in periplasm
- -> addition of ampicillin (it's not in the figure's fight now)
Sponsoring
- MLP
- they would not offer us money, but would offer a team building course
- = one day: group interacting stuff
- Who would like to do that: No one.
- Uni Gesellschaft
- sponsoring: 500 €
Ethics
- currently: 5 answers
- Niklas and Tobias: write summary of ethics project
Protokoll zum Treffen am 8.9.2011
- Moderation: Sandrina
- Protokoll: Nadine
- TOPS
Lab
- Mikroviridin
- Library 2 for Screening
- Library for PD today
- mdnABC maybe first biobrick, waiting for the last 2000 bp
- mdnD with non silent mutations… try to get better ones, if not we send this in
- mdnBC and so on: waiting for sequencing
- find out what phusion is
- pSB1A/K3+Ara/IPTG (expression backbones)
- mdnABCDE PCR worked, Transformation today
- HPLC problem: we need Sep pak C18 (RP), and column
- Screening
- not much news
- sequencing results: precission has a three mutations (two silent, one non silent) and today an insert of 10 bp, TEV w/ mutations too -> change polymerase
- biobrick: precission and TEV insert , beta lactamase TorA construct, Proteases will be mutated
- PD
- today: we will see if geneIII and mdnA is on the phage
- BioBrick sequencing was bad -> new sequencing
- geneIII in pARW89 for Library (microviridin group)
- what about proteases for you? (Paul) -> depends on the results from today, more signal for geneIII than for myc tag
- BioBricks deadline: 2011-9-21 (check whether the BioBrick has to be there or send off by this date)
- Nicole checks Registry for uploading sequences and so on…
- proper annotations in gene bank file
- checked on official iGEM homepage:
- judging criteria (Nadine takes care off)
- gold criteria: improve existing BioBrick
- add informations to lactamase (extended use for lactamase, compare our with the one in the registry -> Screening group is responsible)
- add informations to Ara or IPTG
- new approach
- contact whole parlament
- new safety issues: donor recipient issue-> in synthetic biology we don´t have a donor
- submit three favorite BioBricks parts
- mutated mdnA
- mdnABCDE: compare BioBrick w/ origin vector
- geneIII fusion with mdnA
- lactamase construct
- gold criteria: improve existing BioBrick
T-Shirts
- sizes deadline today
- voting (12):
- Pistachio: 0 (0)
- Sorbet: 5 (without sorbet)
- Sunset orange: 3 (3)
- swimming pool: 4 (6)
- white: 0 (1)
Ethics
- generated a new mailing list
- ready for sending today
Protokoll zum Treffen am 1.9.2011
- Moderation: Sabine
- Protokoll: Niels
- TOPS
- Website
- Ethics
- Lab progress
- Travel update
Website
- Leif left
- we need someone who take care of the website
- Solution:
- Nadine asks someone from FH Wildau
- Sabine asks someone from Uni Potsdam (Master)
- Solution:
- we need someone who take care of the website
- we have to decide :
- which topics we use for the website
- which design
- which layout
Ethics
- introduction has to be written
- survey has to be adapted
- Leif has left – so the php-Program should not be able
- Solution:
- Kristian tried to create a website with the questions
- otherwise we have to use a website with costs
- Solution:
Lab progress
- Screening:
- competent cells are not good
- they got a CM-resistance
- Solution:
- Steffi will create some new
- after this : Transformation (again)
- Solution:
- they got a CM-resistance
- Vector has a mutation
- checking again
- competent cells are not good
- Microveridin:
- PCR for biobricks in progress
- after this : order primer for sequencing
- further: start with HPLC
- library : in progress
- PCR for biobricks in progress
- Phage-display:
- Myc-antibody ordered
- have to talk with the Microveridin group about library design
Travel update
- for the fly : send the money to Sascha
- Nadine booked the hotel
Protokoll zum Treffen am 15.08.2011
- Moderator: Stefan
- Protokollant: Paul
Topics
- Laboratory
- Amsterdam
- Park&Science
- Ethics
- App & website
Laboratory
Screening:
- site directed mutagenesis and cloning of TEV and HRV 14_3C proteases into pJC354 vector under control of an Arabinose dependent promoter. The vector also contains the TorA detection system including the protease cleavage sites. The cloning was succesful for TEV protease only. The HRV 14_3C protease still contains iGEM restriction sites in the sequence, that will be removed by site directed mutagenesis.
--> Survival assay for picked TEV containing clone --> Repeat cloning of 14_3C protease into the vector Microviridin:
- Creating of expression vectors containing YFP and CFP was performed. The grey blocks in the picture represent promoters. The PCR products are available but were not introduced yet.
- Mutagenesis of MdnA did not work (tested by sequencing)
Amsterdam
Stefan presented the costs for the trip (wiki --> Amsterdam).
- Travelling by plane was decided by voting
- Bicycle Hotel was chosen by voting
- It will be checked whether flying back on Monday will be possible (for those who is interested in staying longer)
Park & Science
- The article will contain 3000 words
- A picture is needed, will be probably the official team-picture
Ethics
- An email address is needed as a contact-information, a “uni-potsdam” address is preferred
- Ethic questions: Potential and risiko
- Creation of a data sheet or PDF with AdobeReader Pro containing questions should be done
- Questions must be clear and we must have a final text what synthetic biology is about
- Questions will be in german
App and website
- Niklas is gone but Sebastian is in contact with the programmers
- Status of web-site not known, Sebastian will contact Olli for information
Protokoll zum Treffen am 7.08.2011
- Moderator: Niels
- Protokollant: Stefan
Topics
- Screening
- Microviridin
- Phage Display
- MdnA
- Amsterdam (Hotel, )
- Propmega
Screening
Screening:
- Sequencing reactions are done. Amply them from plasmid one iGEM, the TEV protease carries a iGEM restriction side, so side directed mutagenisis is going to be performed. Four primers need to be used Codon usage is optimizedCheck if slownia team already handed TEV biobrick in.
Microviridin
Problems with the digest, incubation was longer, fragment is there (more Gel red is used)
Cut out the lanes and ligation to the digested vector
Ligation has produced three to four colonies per plate
Only 1 fragment in the gel, some ghosts bands of the supercoiled plasmid
Further tasks: PCR with new Primers
Phage Display
Positive clone was sent for sequencing
Amsterdam
Hotel: Bus 66€, Night train140€, easy jet 100€ (one way), Nicole is going to check it Hotel/Hostel: checks (Nicole)
Promega
Questionnaire is sent to Promega
Ethics
- Niklas, Lena, Leif, Nicole
- first question: Do you know what biotechnology is? Yes/no
- second question: What is the impact of biotechnology/synthetic Biology?
- food
- health
- energy
- food
Ask for risk and potential with 3 options with high medium low + don’t know option
- third question: Would you support public education? Yes/No
Protokoll zum Treffen am 01.08.2011
- Moderator: Sebastian
- Protokollant: Nadja
Topics
- Amsterdam
- Laboratory
- APP
- Homepage
- Fun
Amsterdam
- who is carrying the application fee
- who will definitely be a part of the trip
- hostel and traveling booking !?
- Nicole is going to make a Wiki-list everyone who definitely wants to go to Amsterdam has to sign in
Laboratory
- Screening: A PCR failed, is going to be repeated
- Microviridin: idea to try to build in mutations with degenerative primers, cost for side-directed-mutagenesis and organization have to be checked
APP
- Is in progress
Homepage
- Almost finished
Fun
- barbecueing on the 03.08 at 17:00
Protokoll zum Treffen am 30.06.2011
- Moderator: Sebastian
- Protokollant: Tobias
Topics
- Posterentwurf
- Presse
- Seminar
- Sponsoring
- Labor
- Modeling
Vorstellung des Posterentwurfs
Das Plakat dient zur Präsentation unseres Projektes auf dem Strategiekongress Biotechnologie
- Dreigliedrig: Synthetische Biologie, iGEM, Team Potsdam Bioware
- Niclas: Hinzufügen von Infos über unser Labor.
- Das Plakat soll am Montag in den Druck gehen.
Presse
- Susanne Holmann (von Prof. M-R) hat einen überarbeiteten Vorschlag für eine Pressemeldung geschickt.
- Das Studentenmagazin „Friedrich“ hat Interesse gezeigt, einen Artikel über uns zu schreiben.
Seminar
- Wir wollen versuchen, die Ringvorlesung offiziell an diesem einen Termin durch unser Seminar zu ersetzten, da ohnehin viele iGEM Mitglieder (eigentlich) in der zeitgleichen Ringvorlesung sitzen.
Sponsoring
- Fermentas – wir hoffen, noch Enzyme zu bekommen
- Evonic angeschrieben, Alumninetzwerk angeschrieben, Noxxon AG - Zeignon (soll angesprochen werden)
- Zukunftsagentur Brandenburg können uns nicht sponsern, Merck (Absage), Boehringer Ingelheim Pharma (Absage), Mittelbrandenburgische Sparkasse Potsdam (Absage)
- „Mr. Gene“ könnte für uns billig synthetisieren, sind aber nicht zuverlässig
- Beckman Coulter hat Interesse, Unitech hat Interesse, VWR möglicherweise auch
- Deutsche Bank (sieht gut aus)
Reisekosten
- Die Uni Potsdam hat es nicht geschafft, die Wettbewerbsförderung zu übernehmen – die Chancen sind deshalb gering für uns
- evtl. ist es möglich, Reisekostenzuschüsse über VBio oder über GBM zu erhalten.
- Um unsere Chancen für den Antrag (Uni-DAAD) zu erhöhen, müssen wir einen starken Bezug zu Osteuropa herstellen (iGEM Teams: Ungarn, Polen Warschau (Warsaw)
Labor
Screening
- Vektor geschnitten und aufs Geel aufgetragen (sieht gut aus), Alpha-Helix wurde aus dem Vektor herausgeschnitten, das geschnittene Plasmid mit Gen-Kit extrahiert.
Mikroviridin
- 2 Baustellen: Array PCR und Aufsplitten/kochen.
- Neue PCR aber immer noch das Problem mit zu vielen Banden bei Geelelektrophorese.
- Es sollte kein Problem sein, Zyklisierung des Microviridins nachzuweisen.
Phage Display
- Alte PCR hat nicht funktioniert (Primer war zu kurz)
- neue PCR hat funktioniert aber Primer für Phage Display müssen erst ankommen (sind bestellt), bevor es weitergehen kann
Allgemeine Anmerkunge
- Gene Ruler: scheint nicht richtig zu laufen (alte Marker). Kristian ist skeptisch: Vermutlich liegt das Problem doch eher bei den Plasmiden. Evtl. war die Konzenztration zu hoch.
- Empfehlung von Kristian: Bestellung vor dem Absenden ausdrucken und dann noch einmal überprüfen (genauer als Lesen am Bildschirm)
- Wir wollen ein Flussdiagram im Labor erstellen als Übersicht was wo der Stand ist (übersichtliche Ergänzung zu den Protokollen).
System Modelling
- Vorstellung des Modells und der vorläufigen Formel.
- Anschließend wurden schon eine Reihe Erweiterungen und Konkretisierungen eingebracht.
Protokoll zum Treffen am 23.06.2011
- Moderator: Sebastian
- Protokollant: Sabine
Topics
- Laborarbeit
- Human Practice
- Software
- Sponsoring
- Präsentation (Syntethische Biologie)
Laborarbeit
- alle Gefäße, in denen etwas gelagert wird, sind nicht nur mit Datum, sondern auch mit Namen zu beschriften, damit derjenige ggf. angesprochen werden kann
- Entsorgung: gentechnische Flüssigkeitsabfälle müssen autoklaviert werden
Mikroviridin
- Problem: nach Error prone PCR von mdnA erschienen im Agarosegel drei Banden
- möglicher Grund: Enzyme haften teilweise an der DNA, daher Heat shock für 10 min bei 65°C durchführen
Screening
- Suche nach weiteren Proteasen
- erneute Anfrage: Kallikrein
- erneute Anfrage nach Heidelberg, vermutlich keine Rechtsprobleme mehr
Phage Display
- Primer für mdnA-Gen und GenIII sind eingetroffen
(für Strategie 2: mdnA aus pARW089, GenIII aus pak100 amplifizieren, fusionieren, in pARW089 klonieren)
- PCR mit Primern für mdnA (Strategie 1) letzte Woche erfolglos, da ein Primer falsch bestellt wurde, neuer Primer inzwischen eingetroffen, PCR wird wiederholt
Human Practice
Ethikseminar: Prof. Dr. Ralf Stoecker
- Vom Ingenieur zum Schöpfer: Gedanken und Diskussion zur Synthetischen Biologie
- Dienstag, 05.07.2011, 10:15 Uhr, Haus 25, Raum B1.01
- in Veranstaltungen Werbung für das Ethikseminar machen
- bis zum Seminar Fragen zusammenstellen, die dann dort diskutiert werden
Software
- erster Entwurf für Oberfläche wurde vorgestellt
- Elemente, die enthalten sein sollen: generelle Protokolle (iGEM-Unabhängig), Notizfunktion, Abhaken, Timer, Lokalisierungsfunktion (z.B. Gele, Platten)
- Übersichtsanzeige für Protokolle (z.B. benötigte Materialien, Zeitüberblick
- Zusatzelemente, wie z.B. Taschenrechner, Verdünnungskalkulator, bei Protokollen Zusatzbutton für iGEM-Abfragen
Sponsoring
- immer überprüfen, ob eine Firma bereits auf der Liste steht, bevor sie angeschrieben wird, es wurden schon zwei Firmen doppelt angeschrieben
Publicity
- Pressemailing, um evtl. neue Sponsoren zu gewinnen: Text mit 3000 Zeichen bis 01.09.2011 (Kontakt mit Frau Hohlmann, AG Müller-Röber)
Präsentation beim Biotechnologietreffen 2020+, Jahreskongress:
- 20minütiger Vortrag und Postervorstellung
- Postergröße 90 x 125
- Inhalte: Vorstellung der iGEM-Idee, Mikroviridin, unsere Ziele
- Gestaltung mit Excel 2010
- Vorlagen sind vorhanden
- bis nächste Woche Grobentwurf
Suche nach Sponsoren
- mögliches Sponsoring DAAD: Nachfrage muss beim Akademischen Auslandsamt erfolgen
- mögliches Sponsoring HPI: Adresse der Förderstiftung ermittelt, Anfrage erfolgt
- Terminvereinbarungen mit Deutscher Bank, Sparkasse (bei letzterer Frist bereits abgelaufen, andere Möglichkeiten?)
- Bewerbung beim Wettbewerb für eLearning-Konzepte (10.000 EUR): Verwendung des Wiki als Präsentations- und Kommunikationssystem
neue Sponsoren
- Biozym und Stratec: Mitarbeiter wollen vorbeikommen
- Gene Analysis spendet 50 Sequenzierungen bis 500bp zu reduziertem Preis
Päsentation (Synthetische Biologie)
- Fortsetzung (Forschungsziele der Synthetischen Biologie)
Protokoll zum Treffen am 16.06.2011
- Moderator: Niels
- Protokollant: Steffi
Topics
- Sponsoring
- Laborupdate
- Human Practice
- Präsentation (Syntethische Biologie)
Sponsoring
- Montag, dem 20.06.2011 ist um 10:15 Uhr, Haus 20 ein Treffen mit Susanne Hohlmann aus der AG Müller-Röber geplant
- Ziel: Pressemailing, um mögliche Sponsoren für das iGEM-Projekt zu gewinnen
- finanzielle Hilfe über DAAD in Betracht gezogen
Förderung über DAAD
- finanzielle Unterstützung hauptsächlich für Akademiker
- Antrag 3 Monate im Vorraus einreichen, läuft über Webformular (online auszufüllen!)
- in den letzten Jahren wurden Gruppenanträge gestellt
- müssen diesmal Einzelanträge hinsichtlich Förderung gestellt werden???
- Tobias versucht die telefonische Kontaktaufnahme mit dem DAAD für weitere Infos
Planungen für das Jamboree in Amsterdam
- Reise geplant vom 30.09.-02.10.2011
- Ankunft vor 17:00 Uhr am 30.09.2011, Vorträge können an diesem Tag nochmal geübt werden
- Samstag, den 01.10.2011 Vorträge eventuell schon ab 09:00 Uhr
- Referenten müssen festgelegt werden (Postervertreter, Vorträge, etc.; kein Limit gesetzt hinsichtlich Personenanzahl)
- Konferenzgebühren müssen organisiert werden (225$ pro Student, Verpflegung inklusive)
- Buchung eines Hotels/ Hostels so früh wie möglich
- Wieviele Personen fahren mit nach Amsterdam? Wie sieht es mit Zuschüssen aus? Spritkosten?
- Junior GBM: ist eine Fahrtkostenförderung möglich für Jungmitglieder?
- Buchung der Tickets über die Deutsche Bahn (Sonderangebot allerdings nur noch 2 Wochen gültig)
- Sondertickets fürs Ausland inklusive ICE
- ist eine Reservierung bei der Bahn möglich, wenn nicht eventuell Gruppenrabatt???
weitere Möglichkeiten:
- Fahrt mit privaten Autos? Spritkosten aus eigener Tasche?
- Ist ein Flug möglich?
- Mieten von Kleinbussen (für 9 Personen)?
- Berliner Linienbus?
Laborupdate
- Abstimmung über Termin zur Einführung der Bachelor in die Laborarbeit
- möglicher Termin: Freitag, den 15.07.2011, 16:00 Uhr
- Emailverteiler an alle, Rückmeldung ist erwünscht!
- einzelne Gruppen werden einen kurzen Vortrag über die Laborarbeit und bisherigen Ergebnisse vorbereiten
Screening
- Suche nach weiteren Proteasen
- VJ hat Zusagen für 3 Proteasen erhalten
- bishergie Proteasen: uPA, MMP-2, MMP-9
- werden in Vektor kloniert und System durchgetestet>
Phage Display
- Primer für mdnA-Gen designt
- SfiI-Schnittstellen für Phagenvektor
- PCR leider negativ, wird wiederholt
- Phagenvektor wurde bereits verdaut, um Konstrukt reinzuklonieren
- nächsten Schritte: PCR, Klonierung
- Hilfe für weitere Arbeiten ist erwünscht
Mikroviridin
- Durchführung von PCR für mdnA-Gen sowie gesamtes Cluster
- nächste Schritte: Error prone PCR, myc-Tag einfügen, Material/Methodenteil von Elke besorgen
weitere Aufgaben
- interne Koordination der einzelnen Gruppen zur Klärung über Experimente
- Liste erstellen für benötigte Materialien und Lösungen
- was ist vorhanden, was muss bestellt werden?
- Boxen für Fragmente (was für ein Fragment, wie geschnitten), Konstrukte (finale Konstrukte die weggeschickt werden), Zwischenkonstrukte
- Zusatz-PCR für ein iGEM-Konstrukt mit iGEM-Schnittstellen
- Herstellung von Lösungen und Medien (LB-Medium, etc.)sowie chemisch kompetenten Zellen (XL1-blue für Trafo, RF308 für Expression), Eppis und Spitzen autoklavieren
- NanoDrop-Messungen auf das Wiki stellen
- Erstellung eines digitalen Labjournals, sowie Anlegung eines Ordners fürs Labor
Human Practice
Vortrag von Lena und Niklas, angelehnt an das Ethikseminar am 29.06.2011 durch die Junior GBM
Ethikseminar
- Termin: Mittwoch, den 29.06.2011 mit Herrn Hiebl
- Thema: Tierschutz
- 60minütiger Vortrag und anschließende Diskussion mit einem Fragebogen
- mögliche Fragen: z.B. Wie von der Veranstaltung erfahren?
- Werbung machen, Flyerentwürfe liegen der Sekretärin von Prof. Dr. Dr. h.c. Volker Gerhardt vor
- Soll eigener Vortrag an diesem Tag mit einbezogen werden?
Vorstellung von Ideen für das Ethikseminar
Umfrage
- erstellen über die Synthetische Biologie für Politik, Verbände, Kirchen, Biologen, Medizinische Industrie, Juristen (10 Fragen + 3 mögliche Antworten)
- Auswertung: Was soll das Gesamtziel sein?
- Ausweitung der Umfrage auf EU, Asien, USA
- Umfrage in verschiedenen Sprachen oder auf Englisch?
- Umfrage in Kooperation mit anderen iGEM-Teams aus unterschiedlichen Ländern (Tobias kümmert sich um Kontakte)
- Briefentwurf als Serienbrief vorgestellt
- Adressen raussuchen (Deutschland, Ausland): Presseabteilung, Ausschüsse, Vertreter der Parteien, (Bauern-)Verbände, Kirchen
- bis zum 15.07.2011 Fragen auf dem Wiki veröffentlichen, abstimmen und mögliche Anregungen äußern
Karikaturwettbewerb
- für Kunststudenten an Universitäten, iGEM-Gruppen und Schülern von Kunst-LK bis 31.08.2011
- Thema: Synthetische Biologie/ Genveränderte Organismen in Forschung und Medizin/ Gentechnik in der Medikamentenherstellung
- Preis ausschreiben: Was?
- Flyer designen und verteilen, Kontaktpersonen ermitteln
Vortrag Prof. Dr. Ralf Stoecker
- Mitglied im Vorstand der Akademie für Ethik in der Medizin
- Thema: Vom Ingenieur zum Schöpfer: Gedanken und Diskussion zur Synthetischen Biologie
- Termin: Dienstag, 05.07.2011, 10:15 Uhr, Haus 25, Raum B1.01
Weitere Aufgaben
Bewertungskriterien
- Nadine übernimmt die Aufgabe für Ferdinand
- Wer macht überhaupt noch mit?
- bis zum 15.07.2011 klären
Päsentation (Synthetische Biologie)
- Fortsetzung: 23.06.2011
- letzte Folie: Firmenliste
Protokoll zum Treffen am 09.06.2011
- Moderator: Stefan
- Protokollant: Nicole
Topics
- Human Practise
- Software
- Mikroviridin (Labor)
- Screening
- Präsentation (Syntethische Biologie)
Human Practise
Ethikseminar: zwei mögliche Vorschläge bzw. Dozenten
1. Ralf Stöcker
- Professor für Praktische Philosophie an der Uni Potsdam
- Thema: Bioethik
- Termin: Dienstag, 05.07.2011
2. Tierversuche
- Veranstaltung der Junior Gesellschaft für Biochemie und Molekularbiologie Potsdam
- Thema: Tierversuche/ Ethik
- Dozent: Prof. Dr. Dr. h.c. Volker Gerhardt (Mitglied des deutschen Ethikrates)
- Termin: 29.06.2011, 17:00 Uhr
- Flyer werden von der GBM erstellt
Abstimmung, ob Möglichkeit 1 oder 2
- Vorschlag 1 (Ralf Stöcker): 10
- Vorschlag 2 (Volker Gerhardt): 5
- Enthaltung: 1
= Ethikseminar mit Ralf Stöcker am 05.07.2011
Vorzubreiten
- Flyer (Öffentlichkeit einbeziehen)
- Umfrage: verwenden der Umfrage von iGEM Freiburg 2009, Fragen anpassen und ergänzen, an Politiker senden
- Raum buchen
- Geld für Veranstaltung organisieren
Software
Vorstellen eines Vorentwurfs für den Vertrag mit SmallApp
Arbeitsbestandteile
iGEM
- Design
- Idee
- Protokolle
- Funktionen
- Werbung
Arbeitsbestandteile SmallApp
- Programmierung
- Vertrieb
- Nachbetreuung
- Erstellen/ Betreuen der Datenbank
- Langzeitpflege
Ergänzungen/ Änderungen
- iGEM im Moment vertreten durch
- bei Weiterentwicklungen durch iGEM: Gewinnaufteilung weiterhin 50:50
- Verkauf durch SmallApp nur mit Zustimmung von iGEM bzw. Verkauf von nur deren Anteil
- §8: Frist 02.10.2011
- §10: Forsetzungsoption drei Monate vor Ende
Noch zu klären: interne Weiterverteilung der Gewinne bei Gewinn
Mikroviridin (Labor)
Experimente der letzten Woche
- Test, ob PCR des kompletten mdn Clusters möglich --> ist möglich
- Test, ob PCR von mdnA erfolgreich --> funktioniert
- Auswerten der Sequenzierung
Nächste Schritte
- Sequenzierdaten von Elke mit unseren vergleichen
- Mutieren von mdnA mittels Error prone PCR
Screening
Erledigte Aufgaben
- Vektor wurde annotiert
- mögliche Protease von AG Ignatova
- Idee: Fusionieren der Protease an ß-Lactamase
- Primer wurden bestellt und bereits geliefert
- da AG ignatova Protease aus Heidelberg (Bernd Bukau) bekommen hat: Anfrage, ob er uns diese geben könnte
- --> nein, da er diese selbst nicht weitergeben darf
Weitere Aufgaben
- Herausfinden der Quelle und Besorgen der Protease
- zwei weitere Labore wegen Proteasen anschreiben
- Anfrage bei MPI und Frauenhofer
- Steffi kann evtl. Kallikrein Protease besorgen
Weitere Aufgaben
1. Erstellen von Verzeichnissen und Listen
- Lagerung der Primer, Plasmide, Glycerol stocks etc. - Was ist wo im Labor zu finden
- Liste der vorhandenen Oligos und Plasmide
- Liste der Bestellungen
wöchentlicher Upload (Wiki)
2. Seminar im August/ Ende Juli
- für Bachelorstudenten, alle die dann ins Labor wollen
- Vorstellen, was bis dahin erledigt wurde und welche Experimente anstehen
- Definieren der Ziele
Päsentation (Synthetische Biologie)
- Fortsetzung: 16.06.2011
- letzte Folie: Firmenliste
Protokoll zum Treffen am 26.05.11
- Moderator: Stefan
- Protokollant: Jessica
Topics
- Screening
- Lab safety
- Phage-Display
- Logo
- Microviridin
- Lab journal
- Software-Team
- Sponsoring
Screening
To test activity of protease: construct of ?(I didn't really get what kind of protein that was) with linker to ß-Lactamase.
If there is no protease activity, the construct stays complete and ß-Lactamase gets to the periplasm. Otherwise, the linker is cleaved and the ß-Lactamase remains in the cytoplasm. Testing for resistance against Amp or other ß-Lactamase-sensitive antibiotics.
- Construct on same plasmid as protease
- Constant expression or inducible promoter
- Question: Microviridin in cytoplasm fully folded?
- 2 other selection marker for microviridin (KanR on phagemid) and protease necessary.
- Also compatible ori needed
Search for protease:
Groups working with proteases need to be contacted to get the genes
(also considering those that may be difficult to express in E.coli as activity may be high enough to detect it)
Lab safety
instruction by Kristian:
- S1 lab
- Be careful with: sharp items (scalpell...), inflammable (Ethanol...) or toxic (Acrylamid, Ethidiumbromid) substances, liquid nitrogen (-> safety goggles), collisions
- Accidents
- Acting in case of emergency
Signing for instructions
Phage display
approach 1:
- Cloning mdnA (out of pARW089) into pak100 (containing gene3)
- PCR with overlapping primers for iGEM restriction sites
- pelB (signal peptide) as BioBrick?
approach 2:
- Cloning gene3 into pARW089
Why can pARW089 be used for phage display?
Has f1 ori that enables single stranded replication and packaging into phage particles
Won't there be problems with the cleavage of the leader peptide?
Fusion protein would have microviridin at the N-terminus and gene3 at the C-terminus. So the leader peptide can be cleaved.
remark: maybe a linker between microviridin and gene3 is necessary to ensure correct processing.
->Check with a detection tag whether it interferes with processing
Will there be a sterical problem with the binding of the microviridin to the protease?
That needs to be tested.
Another option would be a fusion protein gene3-microviridin (but problem with cleavage -> mutate site?)
Problem: mdnB and mdnC use same promoter as mdnA
Coexpression of two vectors: 1. the one with the mdnA-gene3 fusion protein, 2. the one with mdnA, mdnB and mdnC.
Remark: competition in processing of fusion protein and unmodified microviridin
Logo
- Adjustment of logo using logo of Faculty of Science to avoid legally problems
- Slides uploaded containing layout for the group (at least for presentation at the end)
Microviridin
Update on lab work:
- Primers have been designed
- Glycerol stocks of E. coli cells carrying pARW071 and pARW089
(see lab journal)
Lab journal
- It would be better just to use wiki code.
- Use point instead of comma
- Labjournal should be grouped by month
- Different colors for different groups (microvirin, screening, phage display)? Would be easier to find what you are searching for.
- Naming picture files: should contain "UP_", date and abreviation for type of experiment
->create list of abreviations (Sebastian)
- Create template for protocols
- Important: Where does the sample/plasmid come from? (for trace back)
- Create separate list with all plasmids and primers
- Every new clone should also be created in the computer (maybe even first)
- List of E. colis in glycerol stocks
Software-Team
Meeting with ”Small Lab” is about to happend to discuss set up of app and website
Lab plan
- sequencing of the microviridin vector
- starting with phage display (PCR of mdnA, cloning)
- cloning tag to microviridin, detection with western blot
Further topics
Don't forget about other cyclic peptides (as alternative)
Sponsoring
- website needs to be modified, esp. spelling mistakes give an unprofessional impression towards possible sponsors
- some message about money for "Exzellenz der Lehre" by UP
- ask again/call where the firm hasn't reacted
- contact UP Pressestelle if there is a possibility for an press statement (Tom)
Protokoll zum Treffen am 19.05.11
- Moderator: Sascha
- Protokollant: Stefan
Topics
- Screening
- Phage-Display
- Sponsoring
- Software-Team
- Modelling-Team
- General topic
- Diploma thesis (Phage Display of cyclic peptides)
Screening
Target enzyme: Protease NS3a/4a (serin protease) of Hep C Virus;
Screening strategies for function:
A system to screen in vivo could be the Yeast-two-hybrid system. As reporter gen an antibiotic resistence or an antibiotic is used. Screening for survival is performed. Nobody has worked with with this protease in the literature. Two screening vectors are available in Kristian's research group.
Question: Does the hybrid system works in E. coli
Another screening could be fusion proteins with single parts of GFP with a peptid linker between the two single parts. So GFP is active when the peptide linker is not cleaved.
Screening strategy for interaction:
Microarray in vitro screening
Phage Display/Diploma thesis
A cyclic model system is introduced by one of Katja's PHD students. Linear peptide is stabilized by small organic molecule. This work didn't include disulfide bonds. Cyclization is performed with organic chemystry. The phage display was done to find the best inhibition candidate. But the results were not as expected.
They also performed an IC50 value test (standard assay system)
Modelling
Microviridine L (NIES843) targets serin proteases. Possible candidates: Thermostable Penicillin G acylase, subtilisin-like protease, membrane bound bifunctional transglycosylase (PBP1b)
Question: Are these proteases a good comparison for our aim?
Team introduces itself to the different server and programms to find a good way to model the connection betwenn mnicroviridin and our target protease. Therefore screening and modeling will connect more over the next few weeeks.
RimK domain (I didn't get that part, maybe Niklas will tell us more the next time)
Sponsoring
Adlershof (job meeting on 7 June)
500€ from GBM
Software team
Question from the audience was: If we have a safety issue because of personal data people will upload on the side? There will be no SSL because only Nicknames are used, so no fragile data on the webpage.
the data volume is a problem. Therefore Data compression is necessary. The aim is to keep the data flow as low as possible. Cooperation with ”Small Lab” there will be a meeting next week with the CEO, biobrick system including in the system (jugeding criteria)
Layout introduction by Oliver, search function will be most important, 2 or 3 functions
General topics
More labwork going on.
Protokoll zum Treffen am 12.05.11
- Moderation: Niklas
- Protokollant: Sandrina
Topics
- Vorträge der verschiedenen Fachgruppen
- Logofindung
- Human Practice
- offizielle iGEM-Anforderungen
- Laboreinführung
Vorträge der verschiedenen Fachgruppen
Screening
- Problem: Elastase wird glykosiliert > kann nicht in E.coli expremiert werden
- Lösungsansätze: 1) anderes Expressionssystem; 2) nach einer anderen Protease Ausschau halten, die therapeutisch interessant sein könnte; 3) auf Restaktivität ohne Glykosilierung bauen
- evt. Ansatz 2 und 3 parallel verfolgen
Phage Display
- zunächst: mit unmodifiziertem Microviridin testen, ob Phage Display überhaupt möglich ist (gegen eine vorhandene Protease)
- später: testen der modifzierten Microviridine gegen ausgewählte Protease
- Zeitplan: Erstellung eines monovalenten Displays; Verwendung des Phagen M13
- 1) Herstellen der Phagemide und Transformation von E.coli; zusätzlich Infektion der Zellen mit Wildtyp-Phagen (Helferphagen)
- 2) durchführen von 3-4 Panningrunden
- 3) DNA präparieren und sequenzieren
- 4) evt. Aktivitätstest mit Protease
- ca. 2 Wochen für die Kontruktion der Phagen; ca. 2 Wochen für die Panning-Schritte
Sponsoring
- bisher einige Firmen angeschrieben, aber von den meisten noch keine Antwort (siehe Seite der Sponsoring-Gruppe)
- Anmeldegebühr wird von Studium Plus übernommen (1400 €)
- es wurden ca. 40 Biotech-Firmen auf das Wiki hochgeladen, um daraus passende Firmen auswählen zu können
Microviridin
- nahe Ziele: "nachkochen" von Material und Methoden von Elke Dittmann
- Konstrukt des Microviridins
- Expression in E.coli
- Aufreinigung über HPLC
- Nachweis mittels Western Blot und Maldi-TOF-MS
- Quantifizierung der Wachstumskurve und Ausbeute
- Protease Inhibitions-Assays
- zur Verfügung gestellt:
- Klon des Minimalkonstrukts Microviridin L
- Fosmide Microviridin B und Microviridin J
- weitere Ziele:
- Nachweis über Myc-Tag
- Einfügen von iGEM-Schnittstellen
- Aufteilung des Genclusters
- induzierbarer Promotor für Ligasen zur Überexpression
- Mutationen zur Verbesserung der Elastase-Inhibition
- am Ende: in vitro Assays; Problem: Kosten?
Modelling
- Problem: Microviridin sehr kurz (15 AS)> viele Server funktionieren dafür nicht
- Frage: soll Leaderpeptid mit einbezogen werden?
- Herr Seckler hat gesagt, dass es möglich ist, wenn die 2D Struktur bekannt ist, aber sehr lange dauert
- in PDB ist bereits ein Microviridin vorhanden
- Ziele: Struktur von Serinproteasen betrachten; Microviridin L-Form; Enzyme des Genclusters
Software
- Idee: App, die man abrufen kann
- dazu: Website erstellen (einfacher zu programmieren), die dann minimiert in der App dargestellt wird
- Minimalziele:
- Notizenfunktion wenn man eingeloggt ist
- Kommentarfunktion
- Rechner, z.B. für Puffer
- Timer
- Optional: Bilder bearbeiten, z.B. eingescannte Proteingele
Logofindung
- die Doodle-Umfrage ergab das Ergebnis:
Media:UP Logo Entwurf Schema2 Entwurf1.png
Human-Practice
- Volker Gerhard hat abgesagt
- es wurde eine von ihm vorgeschlagene Kollegin angeschrieben
offizielle iGEM-Anforderungen
- Gruppe aus ungraduierten Studenten und 2 Betreuern
- kann flexibles Team aus mehreren Hochschulen sein (und umgekehrt)
- Teilnahmegebühren pro Student zu zahlen; es ist noch nicht ganz klar, ob Masterstudenten bereits als graduiert gelten>müssten dann mehr bezahlen
- Workshop für Instruktoren
- Wiki-Seite vom MIT muss beschrieben und dokumentiert werden
- DNA muss eine Woche vor dem Jamboree eingeschickt werden
- Wiki-freeze: 1 Woche vor dem Jamboree
- Bio-Bricks müssen als Plasmide eingeschickt werden
- es soll eine software entwickelt und genutzt werden
- Quellen und eigene Erkenntnisse müssen klar getrennt werden
- Safety-Questions
- 20 min Präsentation und Poster
Laboreinführung
- erste Gruppe: 12.5. und 13.5.
- weitere Gruppen: im Laufe der darauffolgenden Woche
Protokoll zum Treffen am 5.05.11
- Moderation: Tobias
- Protokoll: Nadine
Topics
- Infos zum Modul
- Gruppeneinteilung
- Laboreinführung
- Logo
- Allgemeines
Neuerungen im Modul
- siehe auch Moodle-Eintrag
- Anforderungen:
- besteht aus VL und Seminar
- neu/wichtig: Kleingruppenarbeit (Selbstinitiative, individuelle Arbeit in kleinerer Gruppe, Vorträge im Hauptseminar, Beratung durch Katja und Kristian)
- Laborabeit
- Selbststudium (Protokolle, Literaturstudien etc.)
- Teilleistungen werden bewertet (keine Abschlussprüfung)
Gruppeneinteilung
- einige sind noch nicht eingetragen … auch nach dem Eintrag bleibt die Gruppen-Wahl flexibel
- bitte bis morgen 6.5.11 eintragen mit Mail-Adresse
- bis zum nächsten Treffen (12.5.): in den Gruppen Arbeitsplan vorbereiten
Mikorvirdin
- bisheriges Team: Stefanie, Julia
- Aufgaben/Ziel: Modifizierung des Microvirdin-Genclusters, gentechnische Grundlagen, Klonierung, Nachweis/Detektion
Screening
- bisheriges Team: Sebastian, Sascha, Paul
- Ziel/Aufgabe: schneller/günstiger Screening-Assay für die Bindung und Inhibition der Protease durch die Microviridin-Varianten
- Wissen über Proteasen
- Annahme/Grundlage: Protease sind i.d.R toxisch, was die Wachstumsrate von E.coli verlangsamen sollte (Einstellung des Expressionsniveaus, Modifizierung der Shine-Dalgarno-Sequenz etc.)
- Ausgangsgedanke: Hemmung der Elastase, die das Lungenemphysem verursacht
Phage-Display
- bisheriges Team: Sandrina, Sabina, Alexandra
- Aufgaben/Ziel: Funktioniert diese Methode überhaupt? Wie kann man sie mit Microviridin und Varianten durchführen?
Modelling
- bisheriges Team: Tobias, Niklas
- Aufgaben/Ziel: Strukturmodelling von Microviridin (wie könnte die 3D Struktur aussehen? CASP), Microviridin-Synthese (Reaktionsmechanismus im Detail)
- vielleicht Hilfe durch die Bioinformatik (es gibt einen Kurs Modelling)
- Niklas kümmert sich um die Struktur (mit Hilfe von CASP)
Human Practice/Ethik
- an den diesjährigen Anforderungen von iGEM orientieren
- in Planung: Ethik Seminar
- Niklas: Volker Gerhard angeschrieben (noch keine Rückmeldung)
- Gibt es weitere Vorschläge für mögliche Redner?
- Umfragebögen
- an verschiedene Parteien senden
- Niklas: mögliche Fragen bei wiki hochgeladen
- Tobias: bereitet Vortrag über die Stellungnahme zur Ethik vor
Software
- bisheriges Team: Niklas, Dominik, Oliver, Tom
- Aufgaben/Ziel: App-Design
cyclische Peptide
- Aufgaben/Zeil: Theorie zu anderen cyclischen Peptide und Klasse, den anderen Gencluster von Elke im Hinterkopf haben
- allgemeiner Überblick über das Themenfeld
- wichtige Vorbereitung für Jamboree
- Themen fürs Literaturseminar
Sponsoring
- bisheriges Team: Stefan, Vanessa, Niklas, Nadine
- Aufgaben/Ziel: Finanzierung des Projekts, Planung und Organisation der Anschreiben
- HTML-Mail wird in Kürze für alle im wiki zugängliche sein (im Moment nur als Word-Datei online)
Organisation
- bisher: Ferdinand
- Aufgaben/Anforderungen: Überblick über die Anforderungen von iGEM, wichtige Daten/deadlines (wie: wann wird die Website eingefroren? etc.)
Wiki-Seite
- bisheriges Team: Leif, Stefan, Nadine
- Aufgaben/Ziel: Organisation der Website
- HTML crash kurs: Montag 9.5.2011, 16 Uhr, Haus 25, unter Computerpools
Laboreinführung
- Termin: voraussichtlich Ende nächster Woche (Do und Freitag), wird noch im wiki bekannt gegeben
- Klonierung: wie kloniert man generell? wie kloniert man bei iGEM?
Logo
- einige Entwürfe sind hochgeladen
- Ferdinand erstellt am Samstag eine doodle-Umfrage:
- http://doodle.com/nif3kfp4evetrnxs
- `` deswegen bitte bis morgen 6.05.11 die restlichen Entwürfe hochladen bzw. Entwürfe, die nicht zur Wahl stehen sollen, löschen`` (wenn möglich, auch Varianten in schwarz/weiß)
- bis Mittwoch 11.5. abstimmen
Allgemeines
- Paper im wiki ``mit Abstract und Link`` einstellen
- für die Vorträge wird es ein neues Verzeichnis geben
- wird von Sascha angelegt
- bitte alle Vorträge dort hinterlegen
- Wie kommt man in die AstA-Mailingliste?
- Rundmail: ASTA-Mailingliste läuft separat vom Wiki, Mail an diese Adresse geht an alle,
- google: mail.asta.uni-potsdam.de
- Lange Liste von Mailingliste…iGEM… eintragen
- Zusammenfassung der Metting in einer Rundmail?!? nur wiki-Protokoll, zeigt das Interesse der Studenten an iGEM (Selektion)
- Tipp von Niklas:
- wiki-Funktionen recent changes
- mit dieser Funktion kann man sich schnell einen Überblick verschaffen, welche Seiten in der letzten Zeit aktualisiert wurden
- kurz angeschnitten: Kontakt zu anderen iGEM-Teams aufbauen
- Junior GBM hat Dortmund kontaktiert (bisher noch keine Antwort)
- Tobias: internationale Team kontaktieren (z.B. Japan)
- Vorschlag: Grillabend Freitag 13.05.11 ab 16 Uhr vor Haus 25
- Pläne für das nächste Treffen:
- unbedingt bis morgen abend in die Gruppen einteilen, bis Donnerstag soll ein Verlaufsplan präsentiert werden (Ziele, Zeiten, Aufgabe)
- Paul Screening-Vortrag
Protokoll zum iGEM-Treffen am 26.04.2011
Protokollant: Katharina
Topics
- 1 Infos zum Microviridin von Elke Dittmann
- 2 Webseite
- 3 Einteilung in Gruppen zur Bearbeitung bestimmter Themenkomplexe
- 4 Vorträge (Cyclotide, Phage Display, BioBrick Standard Assembly)
- 5 Logo
- 6 Allgemeines
1 Infos zum Microviridin von Elke Dittmann
- Microviridin wurde als neue Familie der ribosomalen Proteine entdeckt
- besitzt proteaseinhibitorische Wirkung
- Produktion in E. coli möglich (Fosmid-Bibliothek) aber die Prozessierung klappt nicht so gut
- Microviridin besitzt eine Core-Sequenz und eine Leader-Sequenz
- konservierte Region im Leader-Motiv: PFFARFL
- Zyklisierung beschränkt sich auf das Core-Motiv: konserviertes Motiv KYPSD
- Ligasen erkennen dieses Motiv
- Herstellung von Einfach- bzw. Mehrfachmutanten
- bei Mehrfachmutanten wurde kein Microviridin gebildet, was vermutlich daran liegt, dass keine Zyklisierung stattfand und das lineare Peptid in E. coli abgebaut wurde
- durch die Arbeitsgruppe konnte bereits ein Minimalsystem in E. coli hergestellt werden
- als wichtige Gene wurden mdmB-E genannt
- Zyklisierung ohne diese Gene nicht möglich
- Was könnte für unser Projekt interessant sein?
- Interaktionsmotiv der Ligase in der Leader-Sequenz
- Bioaktivität von Microviridin: Microviridin extrahieren und gegen Proteasen testen
- Welche Proteasen werden inhibiert? Unterschiedliche Stärke der Inhibition?
- Sind bestimmte Aminosäuren wichtig für die Aktivität?
- Wie könnte die Ringgröße variiert werden?
- Methoden zum Nachweis von Microviridin? (Tag)
- Durchführung von Phage Display?
- Arbeiten betreffend der Proteaseaktivität wären mit einem Doktoranden von Frau Dittmann möglich
2 Webseite
- Es wäre möglich einen Informatiker für das Projekt zu gewinnen.
- Stefan und Kristian werden erstmal daran arbeiten
- Über Niklas besteht Kontakt zu Studenten, die neues Projekt suchen und das Poster gestalten würden
- Einschub: Was genau ist das Ziel des Projektes?
- Proteaseinhibition (wäre medizinisch interessant)
- Bindeproteine des Microviridin finden
- Screeningverfahren
- Manipulation des Microviridin auf Genebene
3 Einteilung in Gruppen zur Bearbeitung bestimmter Themenkomplexe
- a) Microviridin
- b) Screening
- c) Phage Display
- d) Sponsoring
- e) Modelling (Struktur und mathematisches Modelling)
- f) cyclische Peptide
- g) Laboreinführung (aus jeder Gruppe einer)
- Gruppeneinteilung wird über das Wiki festgelegt
- es sollte sich für jede Gruppe ein Gruppenkoordinator finden, der auch als Ansprechpartner für die anderen Gruppen zur Verfügung steht
4 Vorträge
- Anmerkung: in den Vorträgen sollte vermerkt werden aus welchen Publikationen die Abbildungen stammen, sodass darauf zugegriffen werden kann
- Cyclotide (Sebastian und Paul)
- zyklische Peptide ohne C- und N-Terminus
- Quervernetzung wird über Verknüpfung konservierter Cysteine erreicht (durch die Enzyme AEP und PDI)
- durch diese Vernetzung sind Cyclotide besonders stabil und proteaseresitent
- in Bakterien erfolgte die Expression bisher nur in niedriger Ausbeute
- Phage Display war bisher auch noch nicht erfolgreich, da zyklische Proteine nicht fusioniert und nicht präsentiert werden konnten
- Phage Display (Niels)
- Selektionssystem
- klassischerweise wird der Phage M13 genutzt, da er nicht lytisch ist
- Proteine können an der Außenseite des Phagen expremiert werden
- dazu ist N-terminale Fusion notwendig (C-terminal führt dazu, dass Proteine nach innen expremiert werden)
- andere Selektionssysteme: Ribosom-Display, Protein-Display, mRNA-Display, Yeast-Two-Hybrid
- BioBrick Standard Assembly (Sascha)
- BioBrick mit flankierenden Sequenzen, welche Restriktionsenzymschnittstellen beinhalten
- erlaubt folgende REs: EcoRI, XbaI, SpeI, PstI
- 3A-Assembly (3 Antibiotika)
- Präfix- und Suffixstrukturen sind vorgegeben
- Einschub: auch andere Standards sind möglich, vorher aber nachfragen!!
5 Logo
- Vorschlag: für Sponsoring wird ersteinmal das allgemeine iGEM-Logo verwendet, bis das Logo endgültig feststeht
6 Allgemeines
- Termin bleibt erstmal bei Donnerstag
- Aufgabenverteilung zu nächster Woche
- a) Tabelle mit Gruppeneinteilung im Wiki, wo sich jeder eintragen sollte (Wechsel in andere Gruppe immer noch möglich): Gruppenleiter markieren
- b) jede Gruppe soll Zeitplan vorstellen ("Meilensteine")
- c) Google-Kalender: wer arbeitet wann im Labor?
- Organisation eines allgemeinen Kennenlernens mit Grillen?
Protokoll zum iGEM-Treffen am 21.04.2011
Protokollant: Sebastian
Topics
- iGEM-Logo für UP Bioware
- verteilte Aufgaben der letzten Woche
- StudiumPlus Sponsoring - Auswertung
- Sponsoring Allgemein
- Planung des Seminars
Verteilte Aufgaben der letzten Woche
Durchsuchen der BioBrick Datenbank:
- kaum Einträge gefunden, wenn zyklisch gefunden wruden, dann ging es um cAMP
- Schlussfolgerung: bisher keine Projekte über zyklische Peptide
StudiumPlus Sponsoring - Auswertung
2 Studentische Vertretter waren anwesend und der Dozent.
Die "Geldgeber" waren nicht ganz überzeugt vom Projekt. Der Finanzplan ist noch zu unstrukturiert und es ist eher nur eine Teilfinanzierung möglich. Zusätzlich wurde gefragt, ob die Reisekosten vom AstA getragen werden könnten. Jedoch ist das nicht möglich, da der AstA keine Lehrenden unterstützt und die Reise im Rahmen des Moduls wäre. Ausweg: das Modul 2 Wochen vorher enden lassen und die Reise als studentische Exkursion "tarnen".
Wenn die Finanzierung durch StudiumPlus klappen würde, könnten einfacher weitere Sponsoren gewonnen werden, da die Uni ihre Unterstützung zeigt.
- Einwurf von Teilnehmerin: Möglicherweise kann doch das MPI als Sponsor dienen - Sie wird versuchen, die entsprechenden Leute zu kontaktieren.
Weiterhin muss die Interdisziplinarität des Moduls gezeigt werden um die StudiumPlus verantwortlichen zu überzeugen
- Ethikseminar
- Fachfremdekompetenzen für Nicht-Biologen
Warum überhaupt StudiumPlus als Sponsor?
- Als Schlüsselkompetenzfinanzierung für Studenten gedacht
Weitere Planung Dienstag (26.4.2011) erneutes Treffen bei Kristian im Büro um das ganze Abzusprechen und "rund" zu machen, das StudiumPlus-Gremium am Mittwoch (27.4.2011) überzeugt werden kann.
Vorgaben von StudiumPlus
- genaue Aufschlüsselung der Schlüsselqualis
- Einteilung des Finanzplans in Phasen, für erhöhte Transparenz für "Geldgeber"
Media: StudiumPlus_iGEM_Antrag_v1.docx
Hier habe ich mal Schlüsselqualis gelistet und den Auszug aus der Modulbeschreibung für BBWs reingehauen.
Ferdinand
Media: Aufschluesselung_SQ.docx
Sponsoring Allgemein
Sponsorenbrief ist jetzt online verfügbar.
Amerkung zum Sponsorenbrief:
- Sponsorkategorien einfügen (Bronze-, Silber- und Gold-Sponsoren)
- Bronze bis 499,-€
- Silber bis 1999,-€
- Gold ab 2000,-€
- Platin ab 5000,-€
- Logo des Sponsors wird auf dem Wiki pärsentiert und später für lange Zeit auf dem MIT-Wiki verewigt.
Problem, ob Brief oder Email:
- Brief teuer aber man wirft ihn nicht so einfach weg
- Email zu unpersönlich aber für die Firmen einfacher, da die Email einfach weitergeleitet werden kann
Einwurf von Sascha: Aus dem Brief "Eine Gruppe von engagierten Studenten" entfernen, da die Firmen sich denken könnten: "Das geht eh schief, da verschwenden wir kein Geld", ABER das ist nun mal das Prinzip und der Hauptgedanke vom iGEM (Kristian)
Grundidee von Stefan:
Liste mit Möglichen Sponsoren erstellen und an die "Freiwilligen" aufteilen, damit die potentiellen Sponsoren nicht doppelt oder dreifach angeschrieben werden.
Größe der Firma ist dabei eher unwichtig: kleine Firmen können nicht soviel Spenden, Größere mehr und eher Finanziell/Sachspenden.
Halbwegs sinnvolle Sponsoren sollen gefunden werden, jedoch können alle Firmen gefragt/angeschrieben werden, "denn Geld stinkt nicht". (Kristian)
Niklaas: Auch Botschaften (Konsulat in Bosten) können fördern - Beispiel der Kunststudenten, die Berlin in Bosten vorgestellt hat, und mit 500€ gefördert wurde.
DFG - Auf Antrag gibt es Förderung von Forschungsprojekten, jedoch dauert die offizielle Forschungsförderung etwa 5 Monate. Man kann jedoch veruschen die Stellen des DFG für Öffentlichkeitsarbeit anschreiben und, gut begründet das unser Projekt dort rein passt, Gelder beantragen/"gewinnen".
Hasso-Plattner anschreiben, um auch so mögliche Förderungen zu bekommen. Problem dabei ist jedoch das nicht klar ist, was effektiver ist:
- Studenten schreiben an > Studentisches Projekt
- Dozenten (Kristian und Katja) schreiben an und versuchen Förderung für die Lehre im Rahmen des iGEM zu gewinnen
- Kristian schreibt Email
Bei Hasso-Plattner auch andere Untergruppen möglich (HPI, Subgruppen des HPI).
Tobias - Wettbewerb der Telekom
- Möglichkeit 5000,-€ zu gewinnen
- Studentengruppierungen bewerben sich, um diese Förderung zu gewinnen
- Tobias wird auf Grundlage des StudiumPlus-Briefes ein Schreiben verfassen und den Wettbewerbsgremium schicken
Zusätzlich wurde bei StudiumPlus empfohlen, die "Freunde der Uni" anzuschreiben.
Aufgabe zum nächsten Treffen:
JEDER soll mögliche Sponsoren suchen und in die Tabelle des Wikis eintragen.
iGEM e.V.
Mitglieder werden noch gesucht! 4 Vorstände und min. 4 Mitglieder.
Logo des iGEM-Team UP-Biowae
Vorstellen der Logo's (Logos sind auf dem Wiki und können dort angeschaut werden)
Grundlagen für die Logo's:
- es muss nicht mit dem Thema im Zusamenhang stehen (wäre aber besser wenn)
- iGEM oder UP muss nicht erwähnt werden (wäre aber besser)
- Logo wenn möglich in schwarz weiß um den späteren Druck zu ermöglichen
- es sollte nicht überladen wirken!
- Elemente, die das Logo mit dem iGEM-Wettbewerb und der UP verbinden
Anmerkung: Wenn Logos mit anderen Programmen erstellt werden, dann bitte auch die Quelldateien, damit anderer Kreative modifizieren kann!
Anmerkung (Sebastian): Diskussion etwas zu komplex, da ich nicht schreiben möchte was andere meinten...
ZU nächter Woche: Weitere Logo's entwerfen, zeigt eure Kreativität!
Diskussion
Sollte die UP bzw. das UP-Logo im Teamlogo erscheinen, da durch Tobias auch Studenten der TU Berlin im Team sind und er sicht nicht so sehr mit der UP identifiziert.
Zusätzliche Themen
- erneute Einführung in das Wiki
- für Datei-Upload immer UP davor setzten
- Beispiel: UP_FileName.Extenion (UP_Protokoll_Datum.pdf)
- Fotos in die Team-Rubrik hochladen und bitte die Mobilnummer hinterlassen, damit notfalls eine schnelle Absprache möglich ist
Planung der restlichen Randbedingungen für iGEM:
- Sicherheitsevaluierung des eigenen Themas
- Ethikbeitrag (durch Seminare und andere Projekte) erfüllen
Wenn Ethikseminar bzw. Workshop zum Thema Ethik in "Wissenschaft/Biomedizin/...(andere interessante Themen)" dann wäre das ganze über die Junior-GMB finanzierbar (Flyer, Getränke usw.)
Möglicher Termin: Vor der Klausurzeit, damit alle Zeit haben, viele da sind und somit viele Teilnehmen kommen könnten.
Alternative wäre Umfrage über Gentechnik/synthetische Biologie:
- Umfrage von Parteien beantworten zu lassen
- Umfrage direkt von Politikern beantworten lassen (ohne Pressesprecher)
- Umfrage von "Menschen auf der Straße"
Vernetzung der iGEM-Teams: Bochum, Darmstadt und andere Team innerhalb von Deutschland (der Einfachhalt halber...) sollen vernetzt werden, um die Rahmenbedingungen des iGEM-Wettbewerbs zu erfüllen.
Softwareteam - Entwicklung einer Applikation für Android-basierte Systeme um so die Protokollierung und den generellen Laboralltag zu vereinfachen (Puffer berechnen, Archivieren von Proben, Arbeitsprotokolle abrufen usw.)
Kristian: Applikation in der geplanten Richtung existiert bereits (in der Art).
Planung für die nächste Woche
- StudiumPlus Entwurf weiter bearbeiten
- Weitere Logos entwerfen
- Website umdesignen
- Sponsorenbrief vervollständigen
- iGEM-Klonierungsstrategie vorstellen: Sascha
- Aktuelle Daten zu den Microviridinen von Elke Dittmann abrufen und vorstellen:
- Überblick über zyklische Peptide (Cyclide, Microviridine usw,) geben: Sebastian, Paul
- Vortrag über Selektionstechniken/systeme (Phage- und Yeastdisplay, in-vivo Selektionssysteme usw.): Niels
- Mitglieder für das Softwareteam?
- Fragen für das potentielle Seminar ausdenken (etwa 5 Stück pro Teilnehmer)
- WICHTIG Nächster Termin umgelegt! (da Kristian nach Bremen fährt und Katja nicht da ist) Dienstag (26.4.2011) um 12 Uhr, Raum wird noch bekannt geben!
Detailplanung erst später in kleinen Gruppen. Anfang Mai wird es eine Laboreinführung geben und dann wird die Laborarbeit starten.
Protokoll zum iGEM-Treffen am 15.04.2011
In der Sitzung wurden die angesprochenen und abgesprochenen Vorträge der Letzten Sitzung vorgestellt und gleichzeitig neue Interessenten in das Thema „Cyclische Peptide“ im Rahmen des iGEM-Projektes eingeführt.
Themen der Sitzung
- Erneute Einführung in das iGEM-Projekt
- Sponsoring
- Organisatorisches zum Modul
- Thema vorstellen für die „Neuen“
- vorbereitet Vorträge
- Sonstiges
Sitzungsprotokoll
Organisatorisches
Tabelle mit den möglichen Zeiten für das iGEM-Treffen und möglicher Vorlesungstermin.
Einteilung in iGEM-Interessierte und in Modul-Teilnehmer
Do, 8-10 Uhr bekam die meisten Stimmen und wurde als Vorlesungstermin für Theorie der Synthetischen Biologie festgelegt
Rahmen der zu erbringenden Leistungen für das Modul:
- Laborjournal und Protokolle auf dem Wiki
- Seminarvorträge
- Abschlussbericht
- Seminarzusatzleistungen wie Protokollführung
Vorstellung der Wiki-Seite des Vorjahres-iGEM-Team aus Freiburg
Ziele für die finale Seite:
- Wiki auf der MIT-Seite führen (nach spätestens 3 Monaten)
- eigene Webseite erstellen und designen
- alle organisatorische Sachen werden über Moodle geklärt; Daten, Protokolle und co auf dem Wiki
Gliederung der Laborarbeit
- möglichst verschachtelt, damit nicht zu viele Menschen im Labor sind
- Vorlieben berücksichtigen (Aufreinigung, Klonierung usw.)
- Einführung ins Labor, anfangs viel Theorie und später mehr Laborarbeit
- vorraussichtliche Laborzeit von Mitte/Ende Mai bis Mitte/Ende September
- Modellierer, Chemiker und Physiker/Mathematiker für das Projekt beigeistern und anheuern
Themen vorstellen für die „Neuen“
Cyclische Peptide
- linear synthetisierte Peptide, die posttranslationell cyclisiert werden
- speziell Microviridine als Proteaseinhibitoren, da durch Elke Dittmann „know-how“ vorhanden ist
- Proteaseinhibitoren als Therapheutika intressant (Liste mit Beispielen auf dem Wiki)
- Analyse durch Phagedisplay, Inhibitionsstudien und anderes
- Klonierung und Expression der Gen-Cluster in E.coli bisher noch nicht perfektioniert (möglich ja, aber noch nicht unter Elke Dittmann erfolgreich, jedoch liegt Idee zur Realisierung vor)
Kurzer Einschub von Student: Ist Synthetische Biologie nicht überschneidend mit Genetik und Gentechnik? Kurze Diskussion und Erklärung der „Synthetischen Biologie“
Media:UP_Pres_Zielstruktur.ppt
- Microviridine hemmen Serinprotasen, besonders Elastasen im nanomolaren Bereich
- Elastin 72 kDA je Monomer
- Lungenemphisem: entzündliche Veränderung des Lungengewebes
- Gleichgewicht zwischen Proteasen und Protasehemmer mehr zu den Proteasen und nicht reversibel
- führt zur Degradtion der Aveolen und dmait zur Aufblähung der Lunge
- <math>\alpha\,\!</math>-1-Proteaseinhibitor (mal schaun ob das LaTex-PlugIn läuft)
- Test über Teststreifen und damit nachweis des genetischen Defekts
- Medikamntös behandelbar durch $\alpha$-1-Proteaseinhibitor (nach Isolation aus dem Blutplasma)
- keine Struktur des Proteins vorhanden bzw. nicht gefunden
Vortrag: Natural combinatorial peptide libaries in cyanobacterial symbiont of marine ascidians
- Ascidiane bestitzen einen Symbionten, der den Pat-Gencluster, der cyclische Peptide herstellt (Patelleamide)
- Gencluster beherbergt patABCDEFG, nur patE variabel (kodiert die verschiedenen cyclischen Peptide)
- Vorstellung der veschiedenen Patellamide (siehe Präsentation bzw. Paper)
- patE-Sequenzen besitzen immer acht Aminosäuren nur patE3 mit sieben AS
- genereller Bau: variable Region der acht AS gefolgt von konstanten Teil und erneuter variabler Region, immer einer Synthese von 2 cyclischen Peptiden
- Genbereich zwischen Proteinen und patE sind wichtig für die Synthese
- Nutzen der verschiedenen cyclischen Peptide als sekundärmetabolite (unklar wofür, nicht im vorgestellten Paper beschrieben)
- wahrscheinlich über zwei Vektoren exprimiert
- Ausbeuten sehr gering, nur 100 µg/l, bei Veränderung schlechtere Ausbeuten (eigenes Konstrukt nur 20 µg/l)
Vortrag: Microviridine
- Microviridin K – Proteaseinhibitor, D und C helfen bei der Cyclisierung und bei der Faltung
- Zentrale Frage: gibt es eine spezielle Reihenfolge bei der Modifikation und welche AS sind essentiell und welche sind variabel?
- Aufklärung: wo sind denn die drei Zyklen im Peptid?
- Beispiele der vorherigen Mutagensen und deren Auswertung im MS
Sponsoring
Mögliche Varianten der Reisefinanzierung, Ahnzahl der Teilnehmer am Jombree in Amsterdam besprochen.
Studium-Plus (Uni-intern) Abteilung, die Studenten Geld bieten für Schlüsselqualifikationen die auch anderen Fachbereichen zugänglich gemacht wird. Nächsten Mittwoch (20.4.11) Besprechung und Vorstellung bei der Versammlung für Studium-Plus, warum gerade das iGEM das Geld braucht.
Montag 16:00 Uhr 2.25.B 1.06, im kleinen Kreis für die Ausarbeitung der Vorstellung des iGEM für Studium-Plus. (Teilnehmer: Kristian und Studis)
Finale Vorstellung bei Studium-Plus-Ausschuss um 13:00 uhr, da Martin kann nicht, muss er vertretten werden. Dazu haben sich Vanessa und weitere bereit erklärt.
Wissenschaftsjahr für Extrageld
Aufgaben zum nächsten Treffen
- Martin fragen, wie wiet die Page ist und ob er sich noch drum kümmern kann
- Flyer und Sponsorenbrief
- Laura, Leif, Nadine und Vanessa und „der Physiker“ wegen Brief für Sponsoring, Website usw
7 April 2011
Notes, meeting 7 April 2011, 16:30
Participants:
TOPs
- Thema: Präsentation der Umfrage
- Weiter Planung im Detail; Aufteilung in Gruppen
- Finanzierung
- Planung Termintreffen
- Homepage
- Softwareprojekt
- Laboreinführung
Aufgaben
Thema:
- Ergebnis der Umfrage:
- Microviridine: 16
- Quorum sensing: 1
- Weitere Schritte in der Planung:
- Timeline/Planung: Literaturphase, Laborphase, etc.
Weiter Planung im Detail; Aufteilung in Gruppen
- Welche Gebiete müssen abgedeckt werden?
- Labor einrichten
- iGEM Bricks, gibt es nützliche?
- Gencluster organisieren
- Liste mit Literatur zusammensuchen
- Humanressourcegebiet
- generell: cyclische Peptide, was gibt es schon? Fr. Dittmann ansprechen
- Nächste Woche 1-2 Paper/Themen vorstellen
- Phagendisplay (Nicky)
- Paper über cyclische Peptide, die variabler sind; in E.coli exprimierbar (Nicky, Chris)
- Biotechfirmen zu cyclischen Peptiden (Sebastian)
- Paper über Variabilität (Sascha)
- chemische Synthese von cyclischen Peptiden (Nicky schreibt Chemiker an)
- Target: Protease naheliegend--> Protease als Zielmolekül (Stafan, Vanessa)
Finanzierung, Flyer:
- Planung der Sponsorenaquise
- Alten Brief kann größtenteil übernommen werden
- "cyclische Peptide als therapeutische Targets" als Thema--> eher allgemein halten
- am besten persönlich anschreiben, Rundschreiben nicht so effektiv
- Logo designen
- Wen anschreiben?
- Ansprechen von Zulieferbetrieben
- lokale Ansprechpartner (Materialsponsoring)
- Liste von idealen Vertretern erstellen
- Beispiele: Bayer Schering, MPI (Ansprechpartner), Plattner, PERL-Netzwerk, Helmholtzzentrum, Biotop (dort auch nach weiteren Adressen fragen), goforsys, Frauenhoffer Kooperationsfirmen (viele in Henningsdorf), Komplexe in Buch, "Bmoof", DRZ (Fr. Baumgross), Biocrops science, Eppendorf
- Sponsoringteam erstellen, die Mails bzw. Briefe verschicken
- Interessenten: Stefan, Niklas...
- bis nächste Woche Firmensuche
- Sascha stellt Liste, in der Firmen eingetragen werden können, online
- iGEM eV kann als eingetragener, gemeinnütziger Verein Spendenquittungen ausstellen
- DAAD: bis 3 Monate vor Reiseantritt beantragen--> für Amsterdam
- Flyer: Projekt, Team, allgemeine Vorstellung von iGEM, Anschrift
Planung Treffen:
- Welcher Termin passt im Semester
- in Zukunft Vormittags?
- Doodle Link:
- Monatsplanung, wer wann Zeit hat
- Doodle Link: (war von Ferdinand oder Niklas???)
Homepage:
- Timline erstellen
- Welche Hilfe?
Softwareprojekt:
- Aussichten und Möglichkeiten nächste Woche, Oliver (Softwaredesigner) ist krank, Niklas fehlt
- Planung erstellen
Laboreinführung
- 2 Tage (z.B. wie kloniert man?)--> Anfang Mai?
- Software "Genius"
- Literaturverwaltungssoftware "Mendeley"
- Einigung auf Auswertungssoftware: Microsoft (Word, Powerpoint, Excel)
- iGEM- Klonierungsstrategie vorstellen (Lena, Steffi)
- neue Klonierstrategie entwickeln ("blunt-end"-Klonierungsmethode)
31 March 2011
Protokollant: Niklas
Notes, meeting 31 March 2011, 16:30
Participants: Kristian, Anna, Tom, Lena, Steffi, Nicole, Micha, Niels, Vanessa, Sebastian, Sascha, Niklas, Ferdinand, Clemens, Hanna, Martin, Laif, Olli, (weitere s. Anwesenheitsliste)
TOPs
- Thema festlegen
- Finanzierung
- Flyer
- Wiki
- Planung Treffen?
- Homepage
Aufgaben
Thema
Themen:
- Optogentik:
- Präsentation: Protease hilft bei der Expression des G-Proteins
- G-Protein in E.coli zu expremieren schwierig
- Quorum Sensing (QS):
- Vorstellung alter Themen im iGEM-Wettbewerb
- Zwei Komponenten System für QS
- Vorschlag für Plasmidkonstrukt
- Microviridine (aus Microcystis)
- Termin mit Prof. Dittmann vor Ort
- Microviridine: Ringmolekül mit Käfigstruktur ( 2 Ester und 1 Amidbindung zusätzlich)
- Proteaseinhibitor (Serininhibitor)
- wirksam bei sehr geringen Wirkmengen
- Expremierung in E.Coli
- Variabilität möglich
- Microvirine: (aus Microcystis) Erkennt spez. Zucker von Microcystis
- Möglichkeit für HIV-Bekämpfung: Erkennung von Zuckergerüst zur Einschleusung in die Zelle
- Wenige Nebenwirkungen
- Reduzierung der Themen
- Doodle für Endthema
- Vorabstimmung:
- Optogenetik: 7 Stimmen
- Microvirine: 0 Stimmen
- Microviridine: 13 Stimmen
- Quorum Sensing: 7 Stimmen
- Enthaltung: 1 Stimme
- Stichwahl 2tes Thema:
- Optogentik: 6 Stimmen
- Quorum Sensing: 7 Stimmen
- Enthaltung: 1 Stimme
25.3.2011
Protokollant: Niklas
Notes, meeting 25 March 2011, 16:30
Participants: Kristian, Anna, Tom, Lena, Steffi, Nicole, Micha, Niels, Vanessa, Sebastian, Sascha, Niklas, Ferdinand, Clemens, Hanna, Martin
TOPs
- Thema festlegen
- Finanzierung
- Flyer
- Wiki
- Planung Treffen?
- Homepage
Aufgaben
Thema
- Optogentik:
- Kein Problem, aber Tool
- Organismus E.coli
- Selektion Mutationsbibliothek → über Antibiotika Resistenz
- Signalkaskade an lichtabhänige Phycobillinechannel
- Diabetis:
- Problem viel vorangegange Forschung, schwieriges Topic
- Quorum Sensing:
- LuxR und LuxI in E.coli expremieren lassen : AHL Expressions System
- Selektion per Antibiotika
- Alternative über Plasmide
- Verweis auf iGEM Seite für Lux-R: Registry www.partsregistry.org/Catalog
- Microvirine
- Anwendung im Paper HIV
- Anwendung im iGEM: Phagen; Phagedisplay → Atraktiv für Pharmaindustrie
- sehr nah an der Arbeitsgruppe von Elke Dittmann, sowohl positiv als auch negativ
- Drei Phasen System: E.Coli Beweis, Phagentransfer, Proteasensuche
- Präsentation: - Genereller Unterschied Microvirin vs. Microviridin s. iGEM Wiki
- Generelles Verfahren:
- Themenanzahl runterbrechen: polyQ, Diabetis raus
- Termin mit Elke Dittman
- 3 Themen
- Optogenetik: Martin, Ferdinand, Hanna, Anna, Clemens
- Microvirine: Tom, Niklas, Stefan, Nadine, Steffi, Lena, Vanessa, Paul
- Quorumsensing: Sebastian, Sascha
- Termin mit Elke Dittmann
Planung Treffen
- Stundenplan? wieder FR 16:30 bis 11. April
- wiki-Technik Freitag 16:00
Finanzierung:
- Wenn Thema steht
- Studiumplus
- GBM Anfragen
Homepage
- Auf Studiserver 200mb Space
- www.molbiotech.net
- www.molbiotech.net/igem/wiki2011/
- bisherige page umbauen
18.03.2011
Notes; meeting 18. März 2011.
Participants: Kristian, Katja, Niklas, Hanna, Mareike, Christopher, Leif, Micha, Lena, Stefanie, Anna, Tom, Sebastian, Sascha, Stefan, Martin
Topics:
-iGEM Wiki
- Themen für iGEM
-Sponsoring
iGEM Wiki:
-Einleitung:
- Main Page: Übersicht über die einzelnen Seiten: Zeitplan, Sponsoring, Team, Theor. Cloning, Parts, Öffentlichkeitsarbeit (Human Practice) etc.
- Team Page: Team Liste, Email Liste, Researchgate Liste
- Protocols: Hochgeladene, vorgefertigte Textbausteine für eigenes Protokoll
- Homepage/Presse/iGEM e.v. : Informationen
- Wikiediting: Einleitung und Hilfen im Editieren
-Editing in Wiki:
- Editing in HTML-Code oder Wikicode; MIT-Wiki nur HTML
- Möglichkeit für Javascript: z.b. Countdown
- Laborjournal auf dem Wiki: Upload Media: Name der Datei; Wichtig eigenes Zeichen vor die Dateien: up_Dateiname
- Nicht alle Dateitypen freigegeben
- Browseroptimierung am Ende des Projektes, nur grobe Fehler beseitigen
- Backup erstmal auf dem AG Biotech Server
- Diskussion über iGEM Wiki
-Fehlende Mitglieder in Wiki:
- Laura Rose
- Informatiker
- Interdisziplinarität: Modellierungen, Pagescripting, Ethik und Sicherheit
-Eigene Daten aktualsieren
- Wiki
Themen für iGEM
-Themenvorschlag Martin: Light triggered Gene regulatory Network
- Light inducing gene silencing in E.coli; Kontrolle LacZ über PhycobillineDomäne im PM-Channel
- Anwendung: Edge Detection über Gentransduktion, sehr genau
- Kombination mit Aktin-Polymerisation: Arp-2,3 Komplex mit WASP – Protein -> gesteuert durch Cdc 42-GTPase. Kombination mit Phycobillinedomäne: lichtgesteuerte Aktinpolymerisation
- Zusammenfassung: Kombination durch Lichtsignal an PhyB-Domäne in PM steuert über Cdc 42 die Aktinpolymerisation
- Anwendung: z.b. Aktinpolymerisation, Wasserreinigung
-Themenvorschlag Laif: Insulinproduktion über Riboswitches
- Basierend auf Saschas Vorschlag
- Insulinproduktion durch andere Zellen, Steuerung über Riboswitches
- Riboswitchesherstellung: Selex und bekannte Switches
- Simulation an E.coli, besser in Eukaryoten
- Vorteil, neuer Weg für bekanntes Thema
-Themenvorschlag: MRSA Schwächung durch Fremd Plasmide
-Themenvorschlag: Quorumsensing in E.coli
-Themenvorschlag: Forschung Elke Dittmann
- Microvirin: Pharamkonansatz
- Vorteil: schnell neue Biobricks
- Kleines Peptid, cross-link
-Weiteres Verfahren
- Aufteilen in Gruppen: s. Wiki; bitte Aufteilen
- Machbarkeitsstudie: Recherche zu Thema State of Art, Vorwissen an der UP, AG’s
Sponsoring:
- S. Wiki
