Team:KIT-Kyoto/matsunami/9月
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GCCGGCTAGCTCATTTTTCAGAAATTCTGA<br> | GCCGGCTAGCTCATTTTTCAGAAATTCTGA<br> | ||
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GCCGTCTAGATCACGAAAGGAACGTGCGCA<br> | GCCGTCTAGATCACGAAAGGAACGTGCGCA<br> | ||
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【実験操作】<br>↓PCR産物を400 µlまでddH<sub>2</sub>Oで薄めた。<BR> | 【実験操作】<br>↓PCR産物を400 µlまでddH<sub>2</sub>Oで薄めた。<BR> | ||
↓phenol-choloroform(φOH/CIAA)を400 µl加えてvoltexした。<BR> | ↓phenol-choloroform(φOH/CIAA)を400 µl加えてvoltexした。<BR> | ||
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↓水層のみを新しいチューブに移した。<BR> | ↓水層のみを新しいチューブに移した。<BR> | ||
↓choloroform(CIAA)を等量加えてvoltexした。<BR> | ↓choloroform(CIAA)を等量加えてvoltexした。<BR> | ||
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↓水層のみを新しいチューブに移した。<BR> | ↓水層のみを新しいチューブに移した。<BR> | ||
↓3M CH<sub>3</sub>COONa(pH 5.27)を1/10量、100% ethanolを3倍量加えて、2~3min静置した。<BR> | ↓3M CH<sub>3</sub>COONa(pH 5.27)を1/10量、100% ethanolを3倍量加えて、2~3min静置した。<BR> | ||
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↓上澄みを捨て、70% ethanol(EtOH)を200 µl加えた。<BR> | ↓上澄みを捨て、70% ethanol(EtOH)を200 µl加えた。<BR> | ||
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↓上澄みを捨て、乾燥させた。<BR> | ↓上澄みを捨て、乾燥させた。<BR> | ||
↓ddH<sub>2</sub>Oを44 µl加えてvoltexした。<BR> | ↓ddH<sub>2</sub>Oを44 µl加えてvoltexした。<BR> | ||
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【実験操作】<br>↓PCR産物を400 µlまでddH<sub>2</sub>Oで薄めた。<BR> | 【実験操作】<br>↓PCR産物を400 µlまでddH<sub>2</sub>Oで薄めた。<BR> | ||
↓phenol-choloroform(φOH/CIAA)を400 µl加えてvoltexした。<BR> | ↓phenol-choloroform(φOH/CIAA)を400 µl加えてvoltexした。<BR> | ||
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↓choloroform(CIAA)を等量加えてvoltexした。<BR> | ↓choloroform(CIAA)を等量加えてvoltexした。<BR> | ||
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↓水層のみを新しいチューブに移した。<BR> | ↓水層のみを新しいチューブに移した。<BR> | ||
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↓上澄みを捨て、70% ethanol(EtOH)を200 µl加えた。<BR> | ↓上澄みを捨て、70% ethanol(EtOH)を200 µl加えた。<BR> | ||
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↓上澄みを捨て、乾燥させた。<BR> | ↓上澄みを捨て、乾燥させた。<BR> | ||
↓ddH<sub>2</sub>Oを44 µl加えてvoltexした。<BR> | ↓ddH<sub>2</sub>Oを44 µl加えてvoltexした。<BR> | ||
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上記の溶液を混合し、この溶液を1%アガロースゲルで50 V,60minの条件で電気泳動した。<br> | 上記の溶液を混合し、この溶液を1%アガロースゲルで50 V,60minの条件で電気泳動した。<br> | ||
EtBr染色を行い、写真を撮った。<br> | EtBr染色を行い、写真を撮った。<br> | ||
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- | + | マーカー(1 Kbp)のバンドのみが見られた。制限酵素処理を行ったDIAP2のサンプルはすべてバンドが見られなかった。<br> | |
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9月18日(日)<br> | 9月18日(日)<br> | ||
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【目的】<br> | 【目的】<br> | ||
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【実験操作】<br> | 【実験操作】<br> | ||
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【実験操作】<br>↓PCR産物を400 µlまでddH<sub>2</sub>Oで薄めた。<BR> | 【実験操作】<br>↓PCR産物を400 µlまでddH<sub>2</sub>Oで薄めた。<BR> | ||
↓phenol-choloroform(φOH/CIAA)を400 µl加えてvoltexした。<BR> | ↓phenol-choloroform(φOH/CIAA)を400 µl加えてvoltexした。<BR> | ||
- | + | ↓10000g、4°Cで2~3min遠心した。<BR> | |
↓水層のみを新しいチューブに移した。<BR> | ↓水層のみを新しいチューブに移した。<BR> | ||
↓choloroform(CIAA)を等量加えてvoltexした。<BR> | ↓choloroform(CIAA)を等量加えてvoltexした。<BR> | ||
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↓水層のみを新しいチューブに移した。<BR> | ↓水層のみを新しいチューブに移した。<BR> | ||
↓3M CH<sub>3</sub>COONa(pH 5.27)を1/10量、100% ethanolを3倍量加えて、2~3min静置した。<BR> | ↓3M CH<sub>3</sub>COONa(pH 5.27)を1/10量、100% ethanolを3倍量加えて、2~3min静置した。<BR> | ||
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↓上澄みを捨て、70% ethanol(EtOH)を200 µl加えた。<BR> | ↓上澄みを捨て、70% ethanol(EtOH)を200 µl加えた。<BR> | ||
↓15000rpm、4°Cで5min遠心した。<BR> | ↓15000rpm、4°Cで5min遠心した。<BR> | ||
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【実験操作】<br>↓PCR産物を400 µlまでddH<sub>2</sub>Oで薄めた。<BR> | 【実験操作】<br>↓PCR産物を400 µlまでddH<sub>2</sub>Oで薄めた。<BR> | ||
↓phenol-choloroform(φOH/CIAA)を400 µl加えてvoltexした。<BR> | ↓phenol-choloroform(φOH/CIAA)を400 µl加えてvoltexした。<BR> | ||
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↓水層のみを新しいチューブに移した。<BR> | ↓水層のみを新しいチューブに移した。<BR> | ||
↓choloroform(CIAA)を等量加えてvoltexした。<BR> | ↓choloroform(CIAA)を等量加えてvoltexした。<BR> | ||
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↓水層のみを新しいチューブに移した。<BR> | ↓水層のみを新しいチューブに移した。<BR> | ||
↓3M CH<sub>3</sub>COONa(pH 5.27)を1/10量、100% ethanolを3倍量加えて、2~3min静置した。<BR> | ↓3M CH<sub>3</sub>COONa(pH 5.27)を1/10量、100% ethanolを3倍量加えて、2~3min静置した。<BR> | ||
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↓上澄みを捨て、70% ethanol(EtOH)を200 µl加えた。<BR> | ↓上澄みを捨て、70% ethanol(EtOH)を200 µl加えた。<BR> | ||
- | + | ↓15000g、4°Cで5min遠心した。<BR> | |
↓上澄みを捨て、乾燥させた。<BR> | ↓上澄みを捨て、乾燥させた。<BR> | ||
↓ddH<sub>2</sub>Oを44 µl加えてvoltexした。<BR> | ↓ddH<sub>2</sub>Oを44 µl加えてvoltexした。<BR> | ||
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【目的】<br> | 【目的】<br> | ||
- | + | コンピテントセル(DH5α)の作成<br> | |
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【実験操作】<br> | 【実験操作】<br> | ||
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【実験操作】<br> | 【実験操作】<br> | ||
↓OD<sob>600</sub>=0.478に達しとところで培養を止め、三角フラスコを氷上で10min冷却した。<BR> | ↓OD<sob>600</sub>=0.478に達しとところで培養を止め、三角フラスコを氷上で10min冷却した。<BR> | ||
- | + | ↓4°Cで10min遠心(4.5 x 10<sup>3</sup> g)した。<BR> | |
↓上澄みを除き、沈殿した大腸菌を84 mlの氷冷したTBに懸濁した。<BR> | ↓上澄みを除き、沈殿した大腸菌を84 mlの氷冷したTBに懸濁した。<BR> | ||
↓氷上で10 min保冷した。<BR> | ↓氷上で10 min保冷した。<BR> | ||
- | + | ↓4°Cで10min遠心(5 x 10<sup>3</sup> g)した。<BR> | |
↓上澄みを除き、大腸菌を40 mlの氷冷したTBに懸濁した。<BR> | ↓上澄みを除き、大腸菌を40 mlの氷冷したTBに懸濁した。<BR> | ||
↓1.5 mlのDMSO(7%)を加え、氷上で10 min保冷した。<BR> | ↓1.5 mlのDMSO(7%)を加え、氷上で10 min保冷した。<BR> | ||
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↓完全に凍ったら液体窒素タンク中で保存した。<BR> | ↓完全に凍ったら液体窒素タンク中で保存した。<BR> | ||
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Latest revision as of 09:17, 4 October 2011
9月12日(月)
松浪、横井川
【目的】
cDNA vectorを鋳型としたcDNAの増殖
【実験操作】
*プライマーの塩基配列
・DIAP2
F primer
GCTTCTCGATTGACGGAGCTGGGCATGGAGCT
Tm値
62 °C
R primer
GCCGTCTAGATCACGAAAGGAACGTGCGCA
Tm値
66.4°C
増幅サイズ 約1514 bp
|
|
上記の条件でPCRを行った。
9月13日(火)
松浪、横井川
【目的】
PCR産物の確認
【実験操作】
PCR反応液 | 2 µl |
ddH2O | 8 µl |
6 x loading dye | 2 µl |
EtBr染色を行い、写真を撮った。
【結果】
左から順に1レーン;マーカー(1 Kbp)、2・3レーン;DIAP2
期待される場所にバンドが見られた。
9月14日(水)
松浪、横井川
【目的】
cDNA vectorを鋳型としたcDNAの増殖
【実験操作】
|
|
*プライマーの塩基配列
・API2-MALT1
F primer
GCCGCTCGAGAACATAGTAGAAAACAGCAT
Tm値
57.8 °C
R primer
GCCGGCTAGCTCATTTTTCAGAAATTCTGA
Tm値
56.5 °C
増幅サイズ 約3131 bp
【目的】
PCR産物の確認
【実験操作】
PCR反応液 | 2 µl |
ddH2O | 8 µl |
6 x loading dye | 2 µl |
EtBr染色を行い、写真を撮った。
【結果】
マーカー(1 Kbp)のみバンドが見られた。
9月15日(木)
松浪、横井川
【目的】
cDNA vectorを鋳型としたcDNAの増殖
【実験方法】
以下の条件でPCRを行った。
・API2-MALT1
|
|
・DIAP2
|
|
各サンプルを回収し、-20゜Cで保存した。
*プライマーの塩基配列
・DIAP2
F primer
GCTTCTCGATTGACGGAGCTGGGCATGGAGCT
Tm値
62°C
R primer
GCCGTCTAGATCACGAAAGGAACGTGCGCA
Tm値
66.4°C
増幅サイズ
約1514 bp
【目的】
PCR産物の確認
【実験操作】
PCR反応液 | 2 µl |
ddH2O | 8 µl |
6 x loading dye | 2 µl |
EtBr染色を行い、写真を撮った。
【結果】
左から順に1レーン;マーカー(1 Kbp)、2~5レーン;DIAP2、6~8レーン;API2-MALT1
DIAP2に関しては予想される位置にバンドが見られたが、API2-MALT1は見られなかった。
【目的】
PCR産物の制限酵素処理
【実験操作】
↓PCR産物を400 µlまでddH2Oで薄めた。
↓phenol-choloroform(φOH/CIAA)を400 µl加えてvoltexした。
↓10000g、4°Cで2~3min遠心した。
↓水層のみを新しいチューブに移した。
↓choloroform(CIAA)を等量加えてvoltexした。
↓10000g、4°Cで2~3min遠心した。
↓水層のみを新しいチューブに移した。
↓3M CH3COONa(pH 5.27)を1/10量、100% ethanolを3倍量加えて、2~3min静置した。
↓15000g、4°Cで10min遠心した。
↓上澄みを捨て、70% ethanol(EtOH)を200 µl加えた。
↓15000g、4°Cで5min遠心した。
↓上澄みを捨て、乾燥させた。
↓ddH2Oを44 µl加えてvoltexした。
下記の組成に従って反応液を調整した。
|
|
9月16日(金)
松浪、横井川
【目的】
PCR産物の制限酵素処理
【実験操作】
↓PCR産物を400 µlまでddH2Oで薄めた。
↓phenol-choloroform(φOH/CIAA)を400 µl加えてvoltexした。
↓10000g、4°Cで2~3min遠心した。
↓水層のみを新しいチューブに移した。
↓choloroform(CIAA)を等量加えてvoltexした。
↓10000g、4°Cで2~3min遠心した。
↓水層のみを新しいチューブに移した。
↓3M CH3COONa(pH 5.27)を1/10量、100% ethanolを3倍量加えて、2~3min静置した。
↓15000g、4°Cで10min遠心した。
↓上澄みを捨て、70% ethanol(EtOH)を200 µl加えた。
↓15000g、4°Cで5min遠心した。
↓上澄みを捨て、乾燥させた。
↓ddH2Oを44 µl加えてvoltexした。
下記の組成に従って反応液を調整した。
|
|
9月17日(土)
松浪
【目的】
制限酵素処理の確認
【実験操作】
制限酵素処理を行ったDIAP2について以下の操作を行った。
DIAP2 | 2 µl |
ddH2O | 8 µl |
6 x loading dye | 2 µl |
EtBr染色を行い、写真を撮った。
【結果】
マーカー(1 Kbp)のバンドのみが見られた。制限酵素処理を行ったDIAP2のサンプルはすべてバンドが見られなかった。
9月18日(日)
松浪
【目的】
コンピテントセル(DH5α)の作成
【実験操作】
SOB培地(1 L)
bacto tryptone | 20 g |
bacto yeast extract | 5 g |
5M NaCl | 2 mL |
2K KCl | 1.25 mL |
↓上記の組成に従って試薬を計り、ビーカーに入れた。
↓ddH2Oでtotal 990 mlにして、121°Cで20分オートクレーブ滅菌した。
Transformation Buffer(TB)
PIPES | 1.5 g |
CaCl2H2O | 1.1 g |
KCl | 9.3 g |
↓上記の組成に従って試薬を計り、ddH2O 400 mlに溶解した。
↓5M KOHでpH 6.7~6.8に合わせるた。
↓MnCl2H2Oを5.45 g添加した。
↓ddH2Oでtotal 500 mlにして、濾過滅菌し、4°Cで保存した。
↓大腸菌をLBプレートにストリークし、37°Cで一晩培養した。
9月19日(月)
松浪
【目的】
コンピテントセルの作成
【実験操作】
↓コロニーを250 mlのSOB培地に植え、18°Cで40~50時間振とう培養した。
9月21日(水)
松浪
【目的】
コンピテントセルの作成
【実験操作】
↓ODを測定したが、OD=0.9を超えてしまった。
【目的】
・DIAP2
|
|
上記の条件でPCRを行った。
【目的】
PCR産物の確認
【実験操作】
PCR反応液 | 2 µl |
ddH2O | 8 µl |
6 x loading dye | 2 µl |
EtBr染色を行い、写真を撮った。
【結果】
左から順に1レーン;マーカー(1 Kbp)、2~7レーン;DIAP2
全てのサンプルでPCRが成功した。
【目的】
PCR産物の制限酵素処理
【実験操作】
↓PCR産物を400 µlまでddH2Oで薄めた。
↓phenol-choloroform(φOH/CIAA)を400 µl加えてvoltexした。
↓10000g、4°Cで2~3min遠心した。
↓水層のみを新しいチューブに移した。
↓choloroform(CIAA)を等量加えてvoltexした。
↓10000g、4°Cで2~3min遠心した。
↓水層のみを新しいチューブに移した。
↓3M CH3COONa(pH 5.27)を1/10量、100% ethanolを3倍量加えて、2~3min静置した。
↓15000g、4°Cで10min遠心した。
↓上澄みを捨て、70% ethanol(EtOH)を200 µl加えた。
↓15000rpm、4°Cで5min遠心した。
↓上澄みを捨て、乾燥させた。
↓ddH2Oを44 µl加えてvoltexした。
下記の組成に従って反応液を調整した。
9月22日(木) 【目的】 PCR産物の制限酵素処理 【実験操作】 ↓PCR産物を400 µlまでddH2Oで薄めた。 ↓phenol-choloroform(φOH/CIAA)を400 µl加えてvoltexした。 ↓10000g、4°Cで2~3min遠心した。 ↓水層のみを新しいチューブに移した。 ↓choloroform(CIAA)を等量加えてvoltexした。 ↓10000g、4°Cで2~3min遠心した。 ↓水層のみを新しいチューブに移した。 ↓3M CH3COONa(pH 5.27)を1/10量、100% ethanolを3倍量加えて、2~3min静置した。 ↓15000g、4°Cで10min遠心した。 ↓上澄みを捨て、70% ethanol(EtOH)を200 µl加えた。 ↓15000g、4°Cで5min遠心した。 ↓上澄みを捨て、乾燥させた。 ↓ddH2Oを44 µl加えてvoltexした。 下記の組成に従って反応液を調整した。
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