Team:KIT-Kyoto/matsunami
From 2011.igem.org
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<BR> | <BR> | ||
- | + | 下記の組成に従って試薬をまぜた。<br> | |
- | + | 右に示したプログラムで反応を行った。<br> | |
<br> | <br> | ||
*<プライマーの塩基配列><br> | *<プライマーの塩基配列><br> | ||
Line 253: | Line 253: | ||
cDNA vectorを鋳型としたcDNAの増殖とPCR産物の確認<br> | cDNA vectorを鋳型としたcDNAの増殖とPCR産物の確認<br> | ||
<br> | <br> | ||
- | 【実験操作】 | + | 【実験操作】<br> |
+ | ・API2-MALT1<br> | ||
<table border="0"><tr><td> | <table border="0"><tr><td> | ||
<table border="0" width="150px"> | <table border="0" width="150px"> | ||
Line 275: | Line 276: | ||
<tr><td width="100px" align=center>Pre-Denature</td><td width="100px" align=center>94°C</td><td width="100px" align=center>2min</td></td><td width="100px"> </td></tr> | <tr><td width="100px" align=center>Pre-Denature</td><td width="100px" align=center>94°C</td><td width="100px" align=center>2min</td></td><td width="100px"> </td></tr> | ||
<tr><td align=center>Denature</td><td align=center>94°C</td><td align=center>30sec</td><td align=center rowspan=3>37 Cycle</td></tr> | <tr><td align=center>Denature</td><td align=center>94°C</td><td align=center>30sec</td><td align=center rowspan=3>37 Cycle</td></tr> | ||
- | <tr><td align=center>Anneling</td><td align=center> | + | <tr><td align=center>Anneling</td><td align=center>58.9°C</td><td align=center>30sec</td></tr> |
<tr><td align=center>Extension</td><td align=center>72°C</td><td align=center>1kb/min</td></tr> | <tr><td align=center>Extension</td><td align=center>72°C</td><td align=center>1kb/min</td></tr> | ||
<tr><td align=center>+Extension</td><td align=center>72°C</td><td align=center>10min</td><td width="100px"> </td></tr> | <tr><td align=center>+Extension</td><td align=center>72°C</td><td align=center>10min</td><td width="100px"> </td></tr> | ||
Line 282: | Line 283: | ||
</td></tr> | </td></tr> | ||
</table> | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | ・DIAP2<br> | ||
+ | <table border="0"><tr><td> | ||
+ | <table border="0" width="150px"> | ||
+ | <tr><td align=center>PCR条件</td></tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <table border=1 width="220px"> | ||
+ | <tr><td width="150px" align=center>10 µM Primer F</td><td width="70px" align=right>0.4 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>10 µM Primer R</td><td align=right>0.4 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>Template DNA</td><td align=right>1 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>10 x Ex Taq Buffer</td><td align=right>2 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>Takara Ex Taq</td><td align=right>0.1 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>2.0 mM dNTPs</td><td align=right>2 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>ddH<sub>2</sub>O</td><td align=right>14.1 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td> </td><td align=right>total 20 µl</td></tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | </td><TD></TD><TD></TD><td> | ||
+ | <table border="0" width="100px"> | ||
+ | <tr><td align=center>Cycle条件</td></tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <table border=1 width="400px"> | ||
+ | <tr><td width="100px" align=center>Pre-Denature</td><td width="100px" align=center>94°C</td><td width="100px" align=center>2min</td></td><td width="100px"> </td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>Denature</td><td align=center>94°C</td><td align=center>30sec</td><td align=center rowspan=3>37 Cycle</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>Anneling</td><td align=center>53°C</td><td align=center>30sec</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>Extension</td><td align=center>72°C</td><td align=center>1kb/min</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>+Extension</td><td align=center>72°C</td><td align=center>10min</td><td width="100px"> </td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>End</td><td align=center>4°C</td><td align=center>keep</td><td width="100px"> </td></tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | </td></tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | |||
<BR> | <BR> | ||
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<br> | <br> | ||
【実験操作】<br> | 【実験操作】<br> | ||
+ | ・API2-MALT1<br> | ||
<table border="0"><tr><td> | <table border="0"><tr><td> | ||
<table border="0" width="150px"> | <table border="0" width="150px"> | ||
Line 332: | Line 366: | ||
<tr><td width="100px" align=center>Pre-Denature</td><td width="100px" align=center>94°C</td><td width="100px" align=center>2min</td></td><td width="100px"> </td></tr> | <tr><td width="100px" align=center>Pre-Denature</td><td width="100px" align=center>94°C</td><td width="100px" align=center>2min</td></td><td width="100px"> </td></tr> | ||
<tr><td align=center>Denature</td><td align=center>94°C</td><td align=center>30sec</td><td align=center rowspan=3>37 Cycle</td></tr> | <tr><td align=center>Denature</td><td align=center>94°C</td><td align=center>30sec</td><td align=center rowspan=3>37 Cycle</td></tr> | ||
- | <tr><td align=center>Anneling</td><td align=center> | + | <tr><td align=center>Anneling</td><td align=center>53°C</td><td align=center>30sec</td></tr> |
<tr><td align=center>Extension</td><td align=center>72°C</td><td align=center>1kb/min</td></tr> | <tr><td align=center>Extension</td><td align=center>72°C</td><td align=center>1kb/min</td></tr> | ||
<tr><td align=center>+Extension</td><td align=center>72°C</td><td align=center>10min</td><td width="100px"> </td></tr> | <tr><td align=center>+Extension</td><td align=center>72°C</td><td align=center>10min</td><td width="100px"> </td></tr> | ||
Line 339: | Line 373: | ||
</td></tr> | </td></tr> | ||
</table> | </table> | ||
+ | |||
+ | ・DIAP2<br> | ||
+ | <table border="0"><tr><td> | ||
+ | <table border="0" width="150px"> | ||
+ | <tr><td align=center>PCR条件</td></tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <table border=1 width="220px"> | ||
+ | <tr><td width="150px" align=center>10 µM Primer F</td><td width="70px" align=right>0.4 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>10 µM Primer R</td><td align=right>0.4 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>Template DNA</td><td align=right>1 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>10 x Ex Taq Buffer</td><td align=right>2 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>Takara Ex Taq</td><td align=right>0.1 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>2.0 mM dNTPs</td><td align=right>2 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>ddH<sub>2</sub>O</td><td align=right>14.1 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td> </td><td align=right>total 20 µl</td></tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | </td><TD></TD><TD></TD><td> | ||
+ | <table border="0" width="100px"> | ||
+ | <tr><td align=center>Cycle条件</td></tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <table border=1 width="400px"> | ||
+ | <tr><td width="100px" align=center>Pre-Denature</td><td width="100px" align=center>94°C</td><td width="100px" align=center>2min</td></td><td width="100px"> </td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>Denature</td><td align=center>94°C</td><td align=center>30sec</td><td align=center rowspan=3>37 Cycle</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>Anneling</td><td align=center>58.9°C</td><td align=center>30sec</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>Extension</td><td align=center>72°C</td><td align=center>1kb/min</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>+Extension</td><td align=center>72°C</td><td align=center>10min</td><td width="100px"> </td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>End</td><td align=center>4°C</td><td align=center>keep</td><td width="100px"> </td></tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | </td></tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | |||
Line 368: | Line 434: | ||
cDNA vectorを鋳型としたcDNAの増殖とPCR産物の確認<br> | cDNA vectorを鋳型としたcDNAの増殖とPCR産物の確認<br> | ||
<br> | <br> | ||
- | 【実験操作】< | + | 【実験操作】<br> |
- | + | ・API2-MALT1<br> | |
- | + | <table border="0"><tr><td> | |
- | + | <table border="0" width="150px"> | |
- | + | <tr><td align=center>PCR条件</td></tr> | |
- | + | </table> | |
- | + | <table border=1 width="220px"> | |
- | < | + | <tr><td width="150px" align=center>10 µM Primer F</td><td width="70px" align=right>0.4 µl</td></tr> |
+ | <tr><td align=center>10 µM Primer R</td><td align=right>0.4 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>Template DNA</td><td align=right>1 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>10 x Ex Taq Buffer</td><td align=right>2 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>Takara Ex Taq</td><td align=right>0.1 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>2.0 mM dNTPs</td><td align=right>2 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>ddH<sub>2</sub>O</td><td align=right>14.1 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td> </td><td align=right>total 20 µl</td></tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | </td><TD></TD><TD></TD><td> | ||
+ | <table border="0" width="100px"> | ||
+ | <tr><td align=center>Cycle条件</td></tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <table border=1 width="400px"> | ||
+ | <tr><td width="100px" align=center>Pre-Denature</td><td width="100px" align=center>94°C</td><td width="100px" align=center>2min</td></td><td width="100px"> </td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>Denature</td><td align=center>94°C</td><td align=center>30sec</td><td align=center rowspan=3>37 Cycle</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>Anneling</td><td align=center>53.5°C</td><td align=center>30sec</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>Extension</td><td align=center>72°C</td><td align=center>1kb/min</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>+Extension</td><td align=center>72°C</td><td align=center>10min</td><td width="100px"> </td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>End</td><td align=center>4°C</td><td align=center>keep</td><td width="100px"> </td></tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | </td></tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | ・DIAP2<br> | ||
+ | <table border="0"><tr><td> | ||
+ | <table border="0" width="150px"> | ||
+ | <tr><td align=center>PCR条件</td></tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <table border=1 width="220px"> | ||
+ | <tr><td width="150px" align=center>10 µM Primer F</td><td width="70px" align=right>0.4 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>10 µM Primer R</td><td align=right>0.4 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>Template DNA</td><td align=right>1 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>10 x Ex Taq Buffer</td><td align=right>2 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>Takara Ex Taq</td><td align=right>0.1 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>2.0 mM dNTPs</td><td align=right>2 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>ddH<sub>2</sub>O</td><td align=right>14.1 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td> </td><td align=right>total 20 µl</td></tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | </td><TD></TD><TD></TD><td> | ||
+ | <table border="0" width="100px"> | ||
+ | <tr><td align=center>Cycle条件</td></tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <table border=1 width="400px"> | ||
+ | <tr><td width="100px" align=center>Pre-Denature</td><td width="100px" align=center>94°C</td><td width="100px" align=center>2min</td></td><td width="100px"> </td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>Denature</td><td align=center>94°C</td><td align=center>30sec</td><td align=center rowspan=3>37 Cycle</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>Anneling</td><td align=center>50.5°C</td><td align=center>30sec</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>Extension</td><td align=center>72°C</td><td align=center>1kb/min</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>+Extension</td><td align=center>72°C</td><td align=center>10min</td><td width="100px"> </td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>End</td><td align=center>4°C</td><td align=center>keep</td><td width="100px"> </td></tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | </td></tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | |||
+ | |||
【目的】<br> | 【目的】<br> | ||
PCR産物の確認<br> | PCR産物の確認<br> | ||
Line 493: | Line 615: | ||
cDNA vectorを鋳型としたcDNAの増殖<br> | cDNA vectorを鋳型としたcDNAの増殖<br> | ||
<br> | <br> | ||
- | 【実験操作】< | + | 【実験操作】<br> |
- | + | ・API2-MALT1<br> | |
- | + | <table border="0"><tr><td> | |
- | + | <table border="0" width="150px"> | |
- | + | <tr><td align=center>PCR条件</td></tr> | |
- | + | </table> | |
- | + | <table border=1 width="220px"> | |
- | + | <tr><td width="150px" align=center>10 µM Primer F</td><td width="70px" align=right>0.4 µl</td></tr> | |
- | + | <tr><td align=center>10 µM Primer R</td><td align=right>0.4 µl</td></tr> | |
- | + | <tr><td align=center>Template DNA</td><td align=right>1 µl</td></tr> | |
- | + | <tr><td align=center>10 x Ex Taq Buffer</td><td align=right>2 µl</td></tr> | |
- | + | <tr><td align=center>Takara Ex Taq</td><td align=right>0.1 µl</td></tr> | |
- | + | <tr><td align=center>2.0 mM dNTPs</td><td align=right>2 µl</td></tr> | |
- | + | <tr><td align=center>ddH<sub>2</sub>O</td><td align=right>14.1 µl</td></tr> | |
- | 0.4 | + | <tr><td> </td><td align=right>total 20 µl</td></tr> |
- | + | </table> | |
- | + | </td><TD></TD><TD></TD><td> | |
- | 0.4 | + | <table border="0" width="100px"> |
- | + | <tr><td align=center>Cycle条件</td></tr> | |
- | + | </table> | |
- | + | <table border=1 width="400px"> | |
- | + | <tr><td width="100px" align=center>Pre-Denature</td><td width="100px" align=center>94°C</td><td width="100px" align=center>2min</td></td><td width="100px"> </td></tr> | |
- | 1 | + | <tr><td align=center>Denature</td><td align=center>94°C</td><td align=center>30sec</td><td align=center rowspan=3>37 Cycle</td></tr> |
- | + | <tr><td align=center>Anneling</td><td align=center>51.5°C</td><td align=center>30sec</td></tr> | |
- | + | <tr><td align=center>Extension</td><td align=center>72°C</td><td align=center>1kb/min</td></tr> | |
- | + | <tr><td align=center>+Extension</td><td align=center>72°C</td><td align=center>10min</td><td width="100px"> </td></tr> | |
- | + | <tr><td align=center>End</td><td align=center>4°C</td><td align=center>keep</td><td width="100px"> </td></tr> | |
- | + | </table> | |
- | + | </td></tr> | |
- | + | </table> | |
- | + | ||
- | + | 鋳型DNAを10、100倍希釈後、上記の条件でPCRを行った。<br> | |
- | + | ||
- | + | ||
- | + | ||
- | < | + | |
- | + | ||
- | + | ||
- | + | ||
- | + | ||
- | + | ||
- | 51. | + | |
- | + | ||
- | + | ||
- | Extension | + | |
- | + | ||
- | + | ||
- | < | + | |
- | < | + | |
- | + | ||
- | + | ||
<br> | <br> | ||
【目的】<br> | 【目的】<br> | ||
Line 567: | Line 670: | ||
<br> | <br> | ||
【実験操作】<font color=red>←ぷろとこるのテーブルをコピペする!!</font><br> | 【実験操作】<font color=red>←ぷろとこるのテーブルをコピペする!!</font><br> | ||
- | + | ・API2-MALT1<br> | |
- | + | <table border="0"><tr><td> | |
- | + | <table border="0" width="150px"> | |
- | + | <tr><td align=center>PCR条件</td></tr> | |
- | + | </table> | |
- | + | <table border=1 width="220px"> | |
- | + | <tr><td width="150px" align=center>10 µM Primer F</td><td width="70px" align=right>0.4 µl</td></tr> | |
- | + | <tr><td align=center>10 µM Primer R</td><td align=right>0.4 µl</td></tr> | |
- | + | <tr><td align=center>Template DNA</td><td align=right>1 µl</td></tr> | |
- | + | <tr><td align=center>10 x Ex Taq Buffer</td><td align=right>2 µl</td></tr> | |
- | + | <tr><td align=center>Takara Ex Taq</td><td align=right>0.1 µl</td></tr> | |
- | + | <tr><td align=center>2.0 mM dNTPs</td><td align=right>2 µl</td></tr> | |
- | + | <tr><td align=center>ddH<sub>2</sub>O</td><td align=right>14.1 µl</td></tr> | |
- | + | <tr><td> </td><td align=right>total 20 µl</td></tr> | |
- | + | </table> | |
- | 0.4 | + | </td><TD></TD><TD></TD><td> |
- | + | <table border="0" width="100px"> | |
- | + | <tr><td align=center>Cycle条件</td></tr> | |
- | 0.4 | + | </table> |
- | + | <table border=1 width="400px"> | |
- | + | <tr><td width="100px" align=center>Pre-Denature</td><td width="100px" align=center>94°C</td><td width="100px" align=center>2min</td></td><td width="100px"> </td></tr> | |
- | + | <tr><td align=center>Denature</td><td align=center>94°C</td><td align=center>30sec</td><td align=center rowspan=3>37 Cycle</td></tr> | |
- | + | <tr><td align=center>Anneling</td><td align=center>51.5°C</td><td align=center>30sec</td></tr> | |
- | 1 | + | <tr><td align=center>Extension</td><td align=center>72°C</td><td align=center>1kb/min</td></tr> |
- | + | <tr><td align=center>+Extension</td><td align=center>72°C</td><td align=center>10min</td><td width="100px"> </td></tr> | |
- | + | <tr><td align=center>End</td><td align=center>4°C</td><td align=center>keep</td><td width="100px"> </td></tr> | |
- | + | </table> | |
- | + | </td></tr> | |
- | + | </table> | |
- | + | ||
- | + | ||
- | + | ||
- | + | ||
- | + | ||
- | < | + | |
- | + | ||
- | + | ||
- | + | ||
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- | + | ||
- | 51. | + | |
- | + | ||
- | + | ||
- | Extension | + | |
- | + | ||
- | + | ||
<br> | <br> | ||
| | ||
Line 798: | Line 885: | ||
cDNA vectorを鋳型としたcDNAの増殖<br> | cDNA vectorを鋳型としたcDNAの増殖<br> | ||
<br> | <br> | ||
- | 【実験操作】< | + | 【実験操作】<br> |
- | + | <table border="0"><tr><td> | |
- | + | <table border="0" width="150px"> | |
- | + | <tr><td align=center>PCR条件</td></tr> | |
- | + | </table> | |
- | + | <table border=1 width="220px"> | |
- | + | <tr><td width="150px" align=center>10 µM Primer F</td><td width="70px" align=right>0.4 µl</td></tr> | |
- | + | <tr><td align=center>10 µM Primer R</td><td align=right>0.4 µl</td></tr> | |
- | 2 | + | <tr><td align=center>Template DNA</td><td align=right>1 µl</td></tr> |
- | + | <tr><td align=center>10 x Ex Taq Buffer</td><td align=right>2 µl</td></tr> | |
- | + | <tr><td align=center>Takara Ex Taq</td><td align=right>0.1 µl</td></tr> | |
- | + | <tr><td align=center>2.0 mM dNTPs</td><td align=right>2 µl</td></tr> | |
- | + | <tr><td align=center>ddH<sub>2</sub>O</td><td align=right>14.1 µl</td></tr> | |
- | + | <tr><td> </td><td align=right>total 20 µl</td></tr> | |
- | + | </table> | |
- | + | </td><TD></TD><TD></TD><td> | |
- | + | <table border="0" width="100px"> | |
- | + | <tr><td align=center>Cycle条件</td></tr> | |
- | + | </table> | |
- | | + | <table border=1 width="400px"> |
- | + | <tr><td width="100px" align=center>Pre-Denature</td><td width="100px" align=center>94°C</td><td width="100px" align=center>2min</td></td><td width="100px"> </td></tr> | |
- | + | <tr><td align=center>Denature</td><td align=center>94°C</td><td align=center>30sec</td><td align=center rowspan=3>37 Cycle</td></tr> | |
- | + | <tr><td align=center>Anneling</td><td align=center>51.5°C</td><td align=center>30sec</td></tr> | |
- | + | <tr><td align=center>Extension</td><td align=center>72°C</td><td align=center>1kb/min</td></tr> | |
- | + | <tr><td align=center>+Extension</td><td align=center>72°C</td><td align=center>10min</td><td width="100px"> </td></tr> | |
- | + | <tr><td align=center>End</td><td align=center>4°C</td><td align=center>keep</td><td width="100px"> </td></tr> | |
- | + | </table> | |
- | + | </td></tr> | |
- | + | </table> | |
- | + | <br> | |
- | + | *プライマーの塩基配列<br> | |
- | + | ・API2-MALT1<br> | |
- | + | F primer<br> | |
- | + | GCCGCTCGAGAACATAGTAGAAAACAGCAT<br> | |
- | + | Tm値<br> | |
+ | 57.8 ゜C<br> | ||
+ | R primer<br> | ||
+ | GCCGGCTAGCTCATTTTTCAGAAATTCTGA<br> | ||
Tm値<br> | Tm値<br> | ||
- | + | 56.5 ゜C<br> | |
- | + | 増幅サイズ 約3131 bp<br> | |
- | + | ||
- | + | ||
- | + | ||
- | + | ||
- | + | ||
- | + | ||
- | 56.5 | + | |
- | + | ||
- | + | ||
- | 増幅サイズ 約3131 bp<br> | + | |
- | + | ||
- | + | ||
- | + | ||
- | + | ||
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Latest revision as of 04:27, 30 September 2011
8月8日(月)
松浪、横井川
【目的】
cDNA vectorを鋳型としたcDNAの増殖
【実験操作】
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下記の組成に従って試薬をまぜた。
右に示したプログラムで反応を行った。
*<プライマーの塩基配列>
・DIAP2
F primer:GCTTCTCGAGACGGAGCTGGGCATGGAGCT
Tm値 69゜C
R primer:GCCGTCTAGATCACGAAAGGAACGTGCGCA
Tm値 66.4゜C
増幅サイズ 約1514 bp
・API2-MALT1
F primer:GCCGCTCGAGAACATAGTAGAAAACAGCAT Tm値 57.8゜C
R primer:GCCGGCTAGCTCATTTTTCAGAAATTCTGA
Tm値 56.5゜C
増幅サイズ 約3131 bp
8月9日(火)
松浪、横井川
【目的】
PCR産物の確認
【実験操作】
PCR反応液 | 2 µl |
ddH2O | 8 µl |
6 x loading dye | 2 µl |
上記の溶液を混合し、この溶液を1%アガロースゲルで100 V、30minの条件で電気泳動した。
EtBr染色を行い、写真を撮った。
【目的】
pUAST溶液の形質転換
【実験操作】
↓pUAST 1 µlとコンピテントセルを混合した。
↓これを氷上で15min放置した。
↓43°Cで30sec温め、氷上で10min放置した。
↓これをLBプレートに塗り37°Cでincubateした。
8月10日(水)
松浪
【目的】
cDNA vectorを鋳型としたcDNAの増殖
【実験操作】
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下記の組成に従って試薬をまぜた。
右に示したプログラムで反応を行った。
【目的】
大腸菌の培養
【実験操作】
↓ガスバーナーで加熱滅菌したつまようじでLB(amp+)プレートから生えてきた大腸菌のコロニーをついた。
↓ついた先端を2個のLB培地(amp+)2 mlに攪拌した。
↓pUASTとコンピテントセルの混合物を10 µl、100 µlをそれぞれまいた。
8月11日(木)
松浪
【目的】
pUAST flag vectorの大量精製
【実験操作】
↓培養液1.5 mLを、15000 rpm、5min、4°Cの条件で遠心した。この間にglucose solution、5M K-acetate pH 4.8を氷上で冷やした。
↓上清を廃棄しglucose solution 100 µl加えて攪拌し、沈殿物を溶解した。
↓0.2N NaOH 1% SDS 200 µlを加えてよく混ぜ、氷上に5min放置した。
↓5M K-acetate pH 4.8 150 µlを加えてよく混ぜ、氷上に5min放置した。
↓15000 rpm、10min、4°Cの条件で遠心した。
↓上清を新しいチューブに移し、isopropanolを等量入れ攪拌し3min静置した。
↓15000 rpm、10min、25°Cの条件で遠心した。
↓上清を廃棄し70% EtOH 200 µlを加えて軽く攪拌し3min静置した。その後、15000 rpm、10min、25°Cの条件で再び遠心した。
↓上清を廃棄し乾燥させてRnase in TE 20 µlを加えた。
【目的】
PCR産物の確認
【実験操作】
PCR反応液 | 2 µl |
ddH2O | 8 µl |
6 x loading dye | 2 µl |
EtBr染色を行い、写真を撮った。
8月12日(金)
松浪、横井川
【目的】
pUAST flag vectorの大量精製
【実験操作】
↓培養した大腸菌をオートクレーブした遠心管で4000 G、10min、25°Cの条件で遠心し、遠心後上清を捨てた。
↓R3 with RNase A4 を4 mL加えて、攪拌し完全に溶解させた。
↓L7を4 mLを加え丁寧に混合し5min室温で静置した。
↓N3を4 mL加えてすぐに混ぜた。これを12000 G、10min、25°Cの条件で遠心し、遠心後上清を捨てた。
↓事前にEQ1 10 mLを加えて平衡化していたカラムに上清をLoadし、上清が流れ落ちるのを待った。このとき、一部をチューブに保存した。
↓Wash Buffer (W8) 10 mLを加えて洗浄した。これを2回行った。
↓Elution buffer (E4)を5 mL加えてDNAを溶出させた。追加で、E4 2 mLをLoadし、別のチューブに保存した。
↓isopropanol 3.5 mLを加えて混合し、これを15000 G、40min、4°Cの条件で遠心し、上清を捨てた。
↓70% EtOH 3mLを加えて再懸濁し、15000G、5min、4℃の条件で再び遠心し、上清を捨てた。
↓Air-dryで乾燥させ200 µlでのTEに溶かした。
↓次にこの溶液のDNA濃度測定を行った。
↓ddH2O 100 µlおよび、精製したDNA溶液を100倍希釈した溶液を準備した。
↓ddH2O 100 µlでゼロ補正を行い、サンプル1、5の吸光度を測定した。結果を以下に示す(表1)。
表1、サンプル1、5の吸光度の値
サンプル1
0.189 | 0.208 | 0.192 | 0.190 | 0.191 |
0.282 | 0.276 | 0.278 | 0.269 | 0.269 |
PCR反応液 | 2 µl |
ddH2O | 8 µl |
6 x loading dye | 2 µl |
EtBr染色を行い、写真を撮った。
8月15日(月)
松浪、横井川
【目的】
cDNA vectorを鋳型としたcDNAの増殖とPCR産物の確認
【実験操作】
・API2-MALT1
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・DIAP2
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下記の組成に従って試薬をまぜた。
右に示したプログラムで反応を行った。
【目的】
PCR産物の確認
【実験操作】
PCR反応液 | 2 µl |
ddH2O | 8 µl |
6 x loading dye | 2 µl |
EtBr染色を行い、写真を撮った。
8月16日(火)
松浪
【目的】
cDNA vectorを鋳型としたcDNAの増殖とPCR産物の確認
【実験操作】
・API2-MALT1
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【目的】
PCR産物の確認
【実験操作】
PCR反応液 | 2 µl |
ddH2O | 8 µl |
6 x loading dye | 2 µl |
EtBr染色を行い、写真を撮った。
8月17日(水)
松浪、横井川
【目的】
cDNA vectorを鋳型としたcDNAの増殖とPCR産物の確認
【実験操作】
・API2-MALT1
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PCR産物の確認
【実験操作】
PCR反応液 | 2 µl |
ddH2O | 8 µl |
6 x loading dye | 2 µl |
EtBr染色を行い、写真を撮った。
8/23(火)
松浪
【目的】
cDNA vectorを鋳型としたcDNAの増殖
【実験操作】←ぷろとこるのテーブルをコピペする!!
(1)PCR反応液の調製
<1本分あたり>
KOD+ polymelase 1 µL
10 x Buffer 2 µL
dNTP(2.0 µM) 5 µL
F primer(10 µM) 1.5 µL
R primer(10 µM) 1.5 µL
Templet DNA 1 µL
milliQ 33 µL
上記の分量を混合した。
(2)PCR反応条件
<1>×1 Pre-denature 94 ℃ 2 min
<2>×35 Denature 94 ℃ 15 sec
・DIAP2
Annealing 50.5 ℃ 30 sec
Extension 68 ℃ 1 min 40 sec
・API2-MALT1
Annealing ℃ 30 sec
Extension 68 ℃ 3 min
<3> 72℃ 10 min
<4> 4℃ ∞
上記の条件でPCRを行った。
【目的】
PCR産物の確認
【実験操作】
PCR反応液 | 2 µl |
ddH2O | 8 µl |
6 x loading dye | 2 µl |
EtBr染色を行い、写真を撮った。
8月24日(水)
松浪
【目的】
cDNA vectorを鋳型としたcDNAの増殖
【実験操作】
・API2-MALT1
|
|
【目的】
PCR産物の確認
【実験操作】
PCR反応液 | 2 µl |
ddH2O | 8 µl |
6 x loading dye | 2 µl |
EtBr染色を行い、写真を撮った。
8月25日(木)
松浪
【目的】
cDNA vectorを鋳型としたcDNAの増殖
【実験操作】←ぷろとこるのテーブルをコピペする!!
・API2-MALT1
|
|
・DIAP2
(1)PCR反応液の調製()
<1本分あたり>
KOD+ polymelase 1 µL
10 x Buffer 2 µL
dNTP(2.0 µM) 5 µL
F primer(10 µM) 1.5 µL
R primer(10 µM) 1.5 µL
Templet DNA 1 µL
milliQ 33 µL
上記の分量を混合した。
(2)PCR反応条件
<1>×1 Pre-denature 94 ℃ 2 min
<2>×35 Denature 94 ℃ 15 sec
Annealing 50.5 ℃ 30 sec
Extension 68 ℃ 1 min 40 sec
<3> 4℃ ∞
上記の条件でPCRを行った。
【目的】
PCR産物の確認
【実験操作】
PCR反応液 | 2 µl |
ddH2O | 8 µl |
6 x loading dye | 2 µl |
EtBr染色を行い、写真を撮った。
9月12日(月)
松浪、横井川
【目的】
cDNA vectorを鋳型としたcDNAの増殖
【実験操作】←ぷろとこるのテーブルをコピペする!!
(1)PCR反応液の調製
<1本分あたり>
KOD+ polymelase 1 µL
10 x Buffer 2 µL
dNTP(2.0 µM) 5 µL
F primer(10 µM) 1.5 µL
R primer(10 µM) 1.5 µL
Templet DNA 1 µL
milliQ 33 µL
上記の分量を混合した。
*<プライマーの塩基配列>
・DIAP2
F primer : Tm値
GCTTCTCGATTGACGGAGCTGGGCATGGAGCT 62 ℃
R primer :
GCCGTCTAGATCACGAAAGGAACGTGCGCA 66.4 ℃
増幅サイズ 約1514 bp
(2)PCR反応条件
<1>×1 Pre-denature 94 ℃ 2 min
<2>×35 Denature 94 ℃ 15 sec
Annealing 50.5 ℃ 30 sec
Extension 68 ℃ 1 min 40 sec
<3> 4℃ ∞
上記の条件でPCRを行った。
9月13日(火)
松浪、横井川
【目的】
PCR産物の確認
【実験操作】
PCR反応液 | 2 µl |
ddH2O | 8 µl |
6 x loading dye | 2 µl |
EtBr染色を行い、写真を撮った。
9月14日(水)
松浪、横井川
【目的】
cDNA vectorを鋳型としたcDNAの増殖
【実験操作】
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*プライマーの塩基配列
・API2-MALT1
F primer
GCCGCTCGAGAACATAGTAGAAAACAGCAT
Tm値
57.8 ゜C
R primer
GCCGGCTAGCTCATTTTTCAGAAATTCTGA
Tm値
56.5 ゜C
増幅サイズ 約3131 bp
【目的】
PCR産物の確認
【実験操作】
PCR反応液 | 2 µl |
ddH2O | 8 µl |
6 x loading dye | 2 µl |
EtBr染色を行い、写真を撮った。
9月15日(木)
松浪、横井川
【目的】
cDNA vectorを鋳型としたcDNAの増殖
【実験方法】
以下の条件でPCRを行った。
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各サンプルを回収し、-20゜Cで保存した。
*<プライマーの塩基配列>
・DIAP2
F primer : Tm値
GCTTCTCGATTGACGGAGCTGGGCATGGAGCT 62 ℃
R primer :
GCCGTCTAGATCACGAAAGGAACGTGCGCA 66.4 ℃
増幅サイズ 約1514 bp
【目的】
PCR産物の確認
【実験操作】
PCR反応液 | 2 µl |
ddH2O | 8 µl |
6 x loading dye | 2 µl |
EtBr染色を行い、写真を撮った。
【目的】
PCR産物の制限酵素処理
【実験操作】
↓PCR産物を400 µlまでddH2Oで薄めた。
↓phenol-choloroform(φOH/CIAA)を400 µl加えてvoltexした。
↓10000rpm、4°Cで2~3min遠心した。
↓水層のみを新しいチューブに移した。
↓choloroform(CIAA)を等量加えてvoltexした。
↓10000rpm、4°Cで2~3min遠心した。
↓水層のみを新しいチューブに移した。
↓3M CH3COONa(pH 5.27)を1/10量、100% ethanolを3倍量加えて、2~3min静置した。
↓15000rpm、4°Cで10min遠心した。
↓上澄みを捨て、70% ethanol(EtOH)を200 µl加えた。
↓15000rpm、4°Cで5min遠心した。
↓上澄みを捨て、乾燥させた。
↓ddH2Oを44 µl加えてvoltexした。
下記の組成に従って反応液を調整した。
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9月16日(金)
松浪、横井川
【目的】
PCR産物の制限酵素処理
【実験操作】
↓PCR産物を400 µlまでddH2Oで薄めた。
↓phenol-choloroform(φOH/CIAA)を400 µl加えてvoltexした。
↓10000rpm、4°Cで2~3min遠心した。
↓水層のみを新しいチューブに移した。
↓choloroform(CIAA)を等量加えてvoltexした。
↓10000rpm、4°Cで2~3min遠心した。
↓水層のみを新しいチューブに移した。
↓3M CH3COONa(pH 5.27)を1/10量、100% ethanolを3倍量加えて、2~3min静置した。
↓15000rpm、4°Cで10min遠心した。
↓上澄みを捨て、70% ethanol(EtOH)を200 µl加えた。
↓15000rpm、4°Cで5min遠心した。
↓上澄みを捨て、乾燥させた。
↓ddH2Oを44 µl加えてvoltexした。
下記の組成に従って反応液を調整した。