Team:NTNU Trondheim/Journal

From 2011.igem.org

(Difference between revisions)
(Created page with "=Lab Journal=")
(→Lab Journal: Started editing this page)
Line 1: Line 1:
 +
{{:Team:NTNU_Trondheim/NTNU_header}}
 +
 +
 +
=Lab Journal=
=Lab Journal=
 +
 +
'''Thursday 23/6'''
 +
Forberedte diverse labutstyr. Autoklaverte spisser, eppendorfrør, tannpirkere, SOC, LB, LA plater med ampicillin og spectinomycin (fra 1988).
 +
Oppskrifter står i Prosedyrer / Oppskrifter
 +
 +
Fredag 24. juni
 +
Resuspenderte og transformerte BioBricks rrnB P1, lamda pR, RFP og Lux. Prosedyre gitt i Prosedyrer / Oppskrifter.
 +
 +
Lørdag 25. juni
 +
Flyttet plater til kjøleskap.
 +
 +
Søndag 26. juni
 +
 +
De fire Biobrickene (p1, lamda pR, RFP og Lux) ble inokulert i 3mL LB for isolering av plasmid.
 +
 +
Mandag 27. juni
 +
 +
Plasmid ble isolert fra P1, lamda pR, RFP og Lux Biobrickene ved bruk av promega miniprep kit.
 +
 +
Konsentrasjoner:
 +
 +
P1        98,4 ng / µL
 +
lambda Pr:    43,8 ng / µL
 +
RFP        141,8 ng / µL
 +
Lux        62,8 ng / µL
 +
 +
 +
Transformantene med lux/RFP var verken røde eller lysende. Det ble foreslått at dette kunne være pga. mulig ekspresjon av tetR som er repressor for pTet som styrer ekspresjon av RFP/lux. Denne antagelsen ble bekreftet av erfaringer som er gjort av tidligere grupper med samme konstrukt.
 +
 +
Siden tetR sin påvirking på pTet blir inhibert av Tc(tetracyclin) prøvde vi å gro cellene i subletale konsentrasjoner av Tc.
 +
 +
E. coli med plasmid med RFP-konstruktet ble grodd i 0      0,1    0,3      0,6      1,0        1,5 og 100 µg/ml Tc i 3 ml LB.
 +
 +
 +
Måling av fluorescens:
 +
Hanne Jørgensen kan ordne dette, dersom vi gror kultur med RFP-uttrykk og uten (blank kontroll). Hun må også bli informert om bølgelengde for exitation (584 nm) og emission (607 nm).
 +
 +
mail : hanne.jorgensen@biotech.ntnu.no
 +
 +
Tirsdag 28 juni
 +
 +
Jon Har Bursdag! Jippi!! Hoi Hoi Hoi!!
 +
 +
Ligering av lambda pR inn i backbone:
 +
 +
·        Kutte RFP og RFP + luxI construct med EcoRI og XbaI.
 +
 +
·        Kutte lambda pR med EcoRI og SpeI
 +
 +
·        Ligate them bitches – win
 +
 +
 +
 +
Kuttet RFP, Lux og Lambda Pr promotor ved bruk av iGem sin protokoll.
 +
http://partsregistry.org/Help:Protocols/Restriction_Digest
 +
 +
 +
 +
Alternativ design av system som skal gjøre cellene røde ved tilsats av ppGpp:
 +
 +
{{:Team:NTNU_Trondheim/NTNU_footer}}

Revision as of 08:35, 5 July 2011



Lab Journal

Thursday 23/6 Forberedte diverse labutstyr. Autoklaverte spisser, eppendorfrør, tannpirkere, SOC, LB, LA plater med ampicillin og spectinomycin (fra 1988). Oppskrifter står i Prosedyrer / Oppskrifter

Fredag 24. juni Resuspenderte og transformerte BioBricks rrnB P1, lamda pR, RFP og Lux. Prosedyre gitt i Prosedyrer / Oppskrifter.

Lørdag 25. juni Flyttet plater til kjøleskap.

Søndag 26. juni

De fire Biobrickene (p1, lamda pR, RFP og Lux) ble inokulert i 3mL LB for isolering av plasmid.

Mandag 27. juni

Plasmid ble isolert fra P1, lamda pR, RFP og Lux Biobrickene ved bruk av promega miniprep kit.

Konsentrasjoner:

P1 98,4 ng / µL lambda Pr: 43,8 ng / µL RFP 141,8 ng / µL Lux 62,8 ng / µL


Transformantene med lux/RFP var verken røde eller lysende. Det ble foreslått at dette kunne være pga. mulig ekspresjon av tetR som er repressor for pTet som styrer ekspresjon av RFP/lux. Denne antagelsen ble bekreftet av erfaringer som er gjort av tidligere grupper med samme konstrukt.

Siden tetR sin påvirking på pTet blir inhibert av Tc(tetracyclin) prøvde vi å gro cellene i subletale konsentrasjoner av Tc.

E. coli med plasmid med RFP-konstruktet ble grodd i 0 0,1 0,3 0,6 1,0 1,5 og 100 µg/ml Tc i 3 ml LB.


Måling av fluorescens: Hanne Jørgensen kan ordne dette, dersom vi gror kultur med RFP-uttrykk og uten (blank kontroll). Hun må også bli informert om bølgelengde for exitation (584 nm) og emission (607 nm).

mail : hanne.jorgensen@biotech.ntnu.no

Tirsdag 28 juni

Jon Har Bursdag! Jippi!! Hoi Hoi Hoi!!

Ligering av lambda pR inn i backbone:

· Kutte RFP og RFP + luxI construct med EcoRI og XbaI.

· Kutte lambda pR med EcoRI og SpeI

· Ligate them bitches – win


Kuttet RFP, Lux og Lambda Pr promotor ved bruk av iGem sin protokoll. http://partsregistry.org/Help:Protocols/Restriction_Digest


Alternativ design av system som skal gjøre cellene røde ved tilsats av ppGpp:

Retrieved from "http://2011.igem.org/Team:NTNU_Trondheim/Journal"