Team:KIT-Kyoto/yokoigawa
From 2011.igem.org
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<body> | <body> | ||
- | <p | + | <p> |
- | + | ||
- | + | 8/29(月)<BR> | |
- | + | <BR> | |
- | < | + | 武田、横井川<BR> |
- | + | <BR> | |
- | + | 制限酵素処理<br> | |
- | + | 【目的】<BR> | |
- | + | PCR産物とpUAST-flag vectorの制限酵素処理(一回目:<i>Xho</i> I)<br> | |
- | ↓phenol-choloroform(φOH/CIAA)を400 | + | <BR> |
- | + | 【実験操作】<br> | |
- | + | PCR産物の精製(フェノールクロロホルム処理・エタノール沈殿)<br> | |
- | + | ↓PCR産物を400 µlまでddH<sub>2</sub>Oで薄めた<br> | |
- | ↓choloroform(CIAA) | + | ↓phenol-choloroform(φOH/CIAA)を400 µl加えてvoltexした<br> |
- | + | ↓10000rpm、4°Cで2~3min遠心した<br> | |
- | + | ↓水層のみを新しいチューブに移した<br> | |
- | ↓3M | + | ↓choloroform(CIAA)を等量加えてvoltexした<br> |
- | CH<sub>3</sub>COONa(pH 5.27)を1/10量、100% | + | ↓10000rpm、4°Cで2~3min遠心した<br> |
- | + | ↓水層のみを新しいチューブに移した<br> | |
- | + | ↓3M CH<sub>3</sub>COONa(pH 5.27)を1/10量、100% ethanolを3倍量加えて、2~3min静置した<br> | |
- | ↓上澄みを捨て、70% | + | ↓15000rpm、4°Cで10min遠心した<br> |
- | ethanol(EtOH)を200 | + | ↓上澄みを捨て、70% ethanol(EtOH)を200 µl加えた<br> |
- | + | ↓15000rpm、4°Cで5min遠心した<br> | |
- | + | ↓上澄みを捨て、乾燥させた<br> | |
- | + | ↓ddH<sub>2</sub>Oを44 µl加えてvoltexした<br> | |
- | ↓ddH<sub>2</sub>Oを44 | + | ※保存する場合 ↓-20°Cで保存した<br> |
- | + | ||
- | ※保存する場合 ↓- | + | |
<br> | <br> | ||
- | </ | + | <strong>制限酵素処理(<i>Xho</i> I)</strong><br> |
- | < | + | 下記の組成に従って反応液を調整した<br> |
- | + | ||
- | + | <table border="0"><tr><td> | |
+ | <table border="0"> | ||
+ | <tr><td>cDNA</td></tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <table border="1" width="200"> | ||
+ | <tr><td width?150px? align="center">PCR産物 in ddH<sub>2</sub>O</td><td width?50px? align="right">44 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align="center">10 x H Buffer</td><td align="right">5 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align="center"><i>Xho</i>Ⅰ</td><td align="right">1 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td> </td><td align="right">total 50 µl</td></tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | </td><td></td><td></td><td> | ||
+ | <table border="0"> | ||
+ | <tr><td>vector</td></tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <table border="1" width="250"> | ||
+ | <tr><td width?200px? align="center">PUAST-flag vector(500 ng/µl)</td><td width?50px? align="right">10 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align="center">ddH<sub>2</sub>O</td><td align="right">34 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align="center">10 x H Buffer</td><td align="right">5 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align="center"><i>Xho</i>Ⅰ</td><td align="right">1 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td> </td><td align="right">total 50 µl</td></tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | </td></tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | 37°Cで20時間静置した | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | |||
+ | |||
+ | |||
+ | |||
+ | 8/30(火)<BR> | ||
+ | 武田、横井川<BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | 制限酵素処理<br> | ||
+ | 【目的】<br> | ||
+ | PCR産物とpUAST-flag vectorの制限酵素処理(二回目:<i>Xho</i> I)<br> | ||
+ | 【実験操作】<br> | ||
+ | PCR産物の精製(フェノールクロロホルム処理・エタノール沈殿)<br> | ||
+ | ↓PCR産物を400 µlまでddH<sub>2</sub>Oで薄めた<br> | ||
+ | ↓phenol-choloroform(φOH/CIAA)を400 µl加えてvoltexした<br> | ||
+ | ↓10000rpm、4°Cで2~3min遠心した<br> | ||
+ | ↓水層のみを新しいチューブに移した<br> | ||
+ | ↓choloroform(CIAA)を等量加えてvoltexした<br> | ||
+ | ↓10000rpm、4°Cで2~3min遠心した<br> | ||
+ | ↓水層のみを新しいチューブに移した<br> | ||
+ | ↓3M CH<sub>3</sub>COONa(pH 5.27)を1/10量、100% ethanolを3倍量加えて、2~3min静置した<br> | ||
+ | ↓15000rpm、4°Cで10min遠心した<br> | ||
+ | ↓上澄みを捨て、70% ethanol(EtOH)を200 μl加えた<br> | ||
+ | ↓15000rpm、4°Cで5min遠心した<br> | ||
+ | ↓上澄みを捨て、乾燥させた<br> | ||
+ | ↓ddH<sub>2</sub>Oを44 µl加えてvoltexした<br> | ||
+ | <br> | ||
+ | <strong>制限酵素処理(Xba I)</strong></span></span></p><br> | ||
+ | 下記の組成に従って反応液を調整した<br> | ||
+ | <table border="0"><tr><td> | ||
+ | <table border="0"> | ||
+ | <tr><td>DIAP2</td></tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <table border="1" width="200"> | ||
+ | <tr><td width?150px? align="center">PCR産物 in ddH<sub>2</sub>O</td><td width?50px? align="right">44 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align="center">10 x M Buffer</td><td align="right">5 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align="center"><i>Xba</i>Ⅰ</td><td align="right">1 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td> </td><td align="right">total 50 µl</td></tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <tr><td>vector</td></tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <table border="1" width="250"> | ||
+ | <tr><td width?200px? align="center">PUAST-flag vector(500 ng/µl)</td><td width?50px? align="right">10 μl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align="center">ddH<sub>2</sub>O</td><td align="right">34 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align="center">10 x H Buffer</td><td align="right">5 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align="center"><i>Xho</i>Ⅰ</td><td align="right">1 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td> </td><td align="right">total 50 µl</td></tr> | ||
+ | </table></td></tr></table>37°Cで20時間静置した <br> | ||
+ | |||
+ | 8/31(水)<BR> | ||
+ | 武田、横井川<BR> | ||
+ | ゲル抽出<br> | ||
+ | 【目的】<BR> | ||
+ | 制限酵素処理したPCR産物・vectorの精製<br> | ||
+ | <BR> | ||
+ | 【実験操作】<BR> | ||
+ | ゲルからのDNA抽出<br> | ||
+ | <a herf="http://www.qiagen.com/products/dnacleanup/gelpcrsicleanupsystems/qiaquickgelextractionkit.aspx">QIAquick Gel Extraction Kit</a>を使用する<br> | ||
+ | ↓1 x TAEに溶かしたアガロースゲルをつくった<br> | ||
+ | ↓DNAとLording Dyeをまぜたものとマーカーをゲルにのせた<br> | ||
+ | |||
+ | <tr><td><table border="1" width="230"> | ||
+ | <tr><td width="130" align="center">1 kbpマーカー</td><td width="100" align="right">5 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align="center">DIAP2 or PUAST-flag vector</td><td align="right">50 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align="center">Lording Dyi</td><td align="right">10 µl</td></tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | |||
+ | ↓50 Vで60分間電気泳動した<br> | ||
+ | ↓EtBrでゲルを10分間染色した<br> | ||
+ | ↓UVを照射してDNAのバンドを可視化した<br> | ||
+ | ↓清潔で鋭利な手術用メスでゲルからDNA断片を切りだした<br> | ||
+ | ↓1.5 mlチューブ中のゲルスライスの重さを量った<br> | ||
+ | ↓ゲル100 mgに対して、3倍量(300 µl)のBuffer QGを加えた<br> | ||
+ | ↓42-50°Cで10分間放置し、ゲルを完全に溶かした<br> | ||
+ | ↓ゲルが完全に溶けたら、溶液が黄色であることを確認した<br> | ||
+ | ↓ゲル100 mgに対して、当量(100 µl)の2-プロパノールを加え、混ぜた<br> | ||
+ | ↓カラムにサンプルをのせた<br> | ||
+ | ↓10,000 rpmで1分間遠心し、抽出物を捨てた<br> | ||
+ | ↓500 µlのBuffer QGをカラムに加え、残りのゲルを溶かした<br> | ||
+ | ↓10,000 rpmで1分間遠心し、ろ液を捨てた<br> | ||
+ | ↓750 µlのwash Buffer PEをカラムに加えた<br> | ||
+ | ↓10,000 rpmで1分間遠心し、ろ液を捨てた<br> | ||
+ | ↓カラムを新しい1.5 mlチューブに移しかえた<br> | ||
+ | ↓10,000 rpmで1分間遠心した<br> | ||
+ | ↓カラムを新しい1.5 mlチューブに移しかえた<br> | ||
+ | ↓37 µlのMilliQを加えた<br> | ||
+ | ↓10,000 rpmで1分間遠心した<br> | ||
+ | ↓そのうち5 µlを20倍希釈し、濃度測定をした<br> | ||
+ | <BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | 【結果】<BR> | ||
+ | pUAST-flag vectorは精製でき、濃度は45.0375 ng/µlであった。<BR> | ||
+ | DIAP2はゲル抽出でバンドが見られなかった。<BR> | ||
+ | |||
+ | <BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | |||
+ | 9/1(木)<BR> | ||
+ | 武田<BR> | ||
+ | <br> | ||
+ | PCR<BR> | ||
+ | 【目的】<br> | ||
+ | DIAP2のポリメラーゼ連鎖反応<br> | ||
+ | <BR> | ||
+ | 【実験操作】<br> | ||
+ | 下記の組成に従って試薬をまぜた<br> | ||
+ | 右に示したプログラムで反応を行った<br> | ||
+ | <table border="0"><tr><td> | ||
+ | <table border="0" width="150"> | ||
+ | <tr><td align="center">PCR条件</td></tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <table border="1" width="220"> | ||
+ | <tr><td width="150" align="center">10 µM Primer F</td><td width="70" align="right">1.5 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align="center">10 µM Primer R</td><td align="right">1.5 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align="center">Template DNA</td><td align="right">1 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align="center">10 x PCR Buffer</td><td align="right">5 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align="center">dNTPs</td><td align="right">5 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align="center">MgSO<sub>4</sub></td><td align="right">2 µl or 4 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align="center">ddH<sub>2</sub>O</td><td align="right">33 µl or 31 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align="center">KOD<sup>+</sup> polymelase</td><td align="right">1 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td> </td><td align="right">total 50 µl</td></tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | </td><td></td><td></td><td> | ||
+ | <table border="0" width="100"> | ||
+ | <tr><td align="center">Cycle条件</td></tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <table border="1" width="400"> | ||
+ | <tbody> | ||
+ | <tr><td width="100" align="center">Pre-Denature</td><td width="100" align="center">94°C</td><td width="100" align="center">2min</td></td><td width="100"> </td></tr> | ||
+ | <tr><td align="center">Denature</td><td align="center">94°C</td><td align="center">15sec</td><td align="center" rowspan="3">35 Cyle</td></tr> | ||
+ | <tr><td align="center">Anneling</td><td align="center">50.5°C</td><td align="center">30sec</td></tr> | ||
+ | <tr><td align="center">Extension</td><td align="center">68°C</td><td align="center">100sec</td></tr> | ||
+ | <tr><td align="center">End</td><td align="center">4°C</td><td align="center">keep</td><td width="100"> </td></tr> | ||
+ | </table></td></tr></tbody></table> | ||
+ | |||
+ | <BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | 【目的】<BR> | ||
+ | PCR産物の確認<br> | ||
+ | <BR> | ||
+ | 【実験操作】<br> | ||
+ | <strong>ゲル電気泳動</strong></p><BR> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ゲル1枚当たりの組成 | ||
+ | <tr><td><table border="1" width="200"> | ||
+ | <tr><td width="150" align="center">SeaKem<sup>R</sup>GTG<sup>R</sup>-agar</td><td width="50" align="right">0.2 g</td></tr> | ||
+ | <tr><td align="center">1 x TAE</td><td align="right">20 ml</td></tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ↓上記の組成に従い、試薬を三角フラスコで混ぜてレンジで加熱し、専用容器に入れて固めた<br> | ||
+ | ↓制限酵素処理した反応液50 μlに対して6 x loading dye を10 μl加えた<br> | ||
+ | ↓サンプルとDNA maker をコーム穴に入れた<br> | ||
+ | ↓サンプルをセット後、50 V 60minで電気泳動した<br> | ||
+ | ↓電気泳動後、EtBrで10minゲルを染色した<br> | ||
+ | ↓染色後、MilliQでゲルを数回洗ってプレートにのせた<br> | ||
+ | ↓UVを照射してDNAのバンドを可視化した<br> | ||
+ | 【結果】<br> | ||
+ | 正しい位置にバンドが確認できた | ||
+ | |||
+ | <br> | ||
+ | <BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | 9/5(月)<BR> | ||
+ | 横井川<BR> | ||
+ | 制限酵素処理<br> | ||
+ | 【目的】<BR> | ||
+ | DIAP2のPCR産物の制限酵素処理(一回目:Xho I)<br> | ||
+ | <BR> | ||
+ | 【実験操作】<br> | ||
+ | PCR産物の精製(フェノールクロロホルム処理・エタノール沈殿)<br> | ||
+ | ↓PCR産物を400 µlまでddH<sub>2</sub>Oで薄めた<br> | ||
+ | ↓phenol-choloroform(φOH/CIAA)を400 µl加えてvoltexした<br> | ||
+ | ↓10000rpm、4°Cで2~3min遠心した<br> | ||
+ | ↓水層のみを新しいチューブに移した<br> | ||
+ | ↓choloroform(CIAA)を等量加えてvoltexした<br> | ||
+ | ↓10000rpm、4°Cで2~3min遠心した<br> | ||
+ | ↓水層のみを新しいチューブに移した<br> | ||
+ | ↓3M CH<sub>3</sub>COONa(pH 5.27)を1/10量、100% ethanolを3倍量加えて、2~3min静置した<br> | ||
+ | ↓15000rpm、4°Cで10min遠心した<br> | ||
+ | ↓上澄みを捨て、70% ethanol(EtOH)を200 µl加えた<br> | ||
+ | ↓15000rpm、4°Cで5min遠心した<br> | ||
+ | ↓上澄みを捨て、乾燥させた<br> | ||
+ | ↓ddH<sub>2</sub>Oを44 µl加えてvoltexした<br> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | <br> | ||
+ | <BR> | ||
+ | |||
+ | 制限酵素処理(<i>Xho</i> I)<br> | ||
+ | 下記の組成に従って反応液を調整した<br> | ||
<table border="0"><tr><td> | <table border="0"><tr><td> | ||
Line 62: | Line 282: | ||
</td></tr> | </td></tr> | ||
</table> | </table> | ||
- | |||
+ | 37°Cで20時間静置した | ||
+ | <br></p> | ||
+ | </body> | ||
+ | 9/6(火)<BR> | ||
+ | 横井川<BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | 制限酵素処理<br> | ||
+ | 【目的】<br> | ||
+ | DIAP2のPCR産物の制限酵素処理(二回目:Xba I)<br> | ||
+ | <BR> | ||
+ | 【実験操作】<br> | ||
+ | PCR産物の精製(フェノールクロロホルム処理・エタノール沈殿)<br> | ||
+ | </strong>↓PCR産物を400 μlまでddH<sub>2</sub>Oで薄めた<br> | ||
+ | ↓phenol-choloroform(φOH/CIAA)を400 μl加えてvoltexした<br> | ||
+ | ↓10000rpm、4°Cで2~3min遠心した<br> | ||
+ | ↓水層のみを新しいチューブに移した<br> | ||
+ | ↓choloroform(CIAA)を等量加えてvoltexした<br> | ||
+ | ↓10000rpm、4°Cで2~3min遠心した<br> | ||
+ | ↓水層のみを新しいチューブに移した<br> | ||
+ | ↓3M CH<sub>3</sub>COONa(pH 5.27)を1/10量、100% ethanolを3倍量加えて、2~3min静置した<br> | ||
+ | ↓15000rpm、4°Cで10min遠心した<br> | ||
+ | ↓上澄みを捨て、70% ethanol(EtOH)を200 μl加えた<br> | ||
+ | ↓15000rpm、4°Cで5min遠心した<br> | ||
+ | ↓上澄みを捨て、乾燥させた<br> | ||
+ | ↓ddH<sub>2</sub>Oを44 μl加えてvoltexした<br> | ||
+ | <br> | ||
+ | <br> | ||
+ | <BR> | ||
+ | 制限酵素処理(Xba I)<br> | ||
+ | |||
+ | 下記の組成に従って反応液を調整した<br> | ||
+ | |||
+ | <table border="0"><tr><td> | ||
+ | <table border="0"> | ||
+ | <tr><td>DIAP2</td></tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <table border="1" width="200"> | ||
+ | <tr><td width?150px? align="center">PCR産物 in ddH<sub>2</sub>O</td><td width?50px? align="right">44 μl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align="center">10 x M Buffer</td><td align="right">5 μl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align="center"><i>Xba</i>Ⅰ</td><td align="right">1 μl</td></tr> | ||
+ | <tr><td> </td><td align="right">total 50 μl</td></tr> | ||
+ | </table></td></tr></table> | ||
+ | |||
+ | 37°Cで20時間静置した | ||
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<br> | <br> | ||
- | < | + | <BR> |
- | + | 9/7(水)<BR> | |
+ | 横井川<BR> | ||
+ | ゲル抽出<br> | ||
+ | 【目的】<BR> | ||
+ | 制限酵素処理したDIAP2のPCR産物のゲル抽出<BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | 【実験操作】<br> | ||
+ | ゲルからのDNA抽出<br> | ||
+ | <BR> | ||
+ | <a herf="http://www.qiagen.com/products/dnacleanup/gelpcrsicleanupsystems/qiaquickgelextractionkit.aspx">QIAquick Gel Extraction Kit</a>を使用する<br> | ||
+ | ↓1 x TAEに溶かしたアガロースゲルをつった<br> | ||
+ | ↓DNAとLording Dyeをまぜたものとマーカーをゲルにのせた<br> | ||
- | + | <tr><td><table border="1" width="230"> | |
+ | <tr><td width="130" align="center">1 kbp マーカー</td><td width="100" align="right">3 μl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align="center">DIAP2</td><td align="right">50 μl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align="center">Lording Dyi</td><td align="right">10 μl</td></tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | |||
+ | ↓50 Vで60分間電気泳動した<br> | ||
+ | ↓EtBrでゲルを10分間染色した<br> | ||
+ | ↓UVを照射してDNAのバンドを可視化した<br> | ||
+ | <BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | 【結果】<BR> | ||
+ | バンドが確認できなかったためゲル抽出を行う事が出来なかった。<BR> | ||
+ | |||
+ | <BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | |||
+ | 9/17(土)<BR> | ||
+ | 制限酵素処理<br> | ||
+ | 【目的】<br> | ||
+ | DIAP2のPCR産物の制限酵素処理(二回目:Xba I)<br> | ||
+ | <BR> | ||
+ | 【実験操作】<br> | ||
+ | 制限酵素処理(Xba I)<br> | ||
+ | |||
+ | 下記の組成に従って反応液を調整した<br> | ||
<table border="0"><tr><td> | <table border="0"><tr><td> | ||
Line 119: | Line 387: | ||
<tr><td align="center"><i>Xba</i>Ⅰ</td><td align="right">1 μl</td></tr> | <tr><td align="center"><i>Xba</i>Ⅰ</td><td align="right">1 μl</td></tr> | ||
<tr><td> </td><td align="right">total 50 μl</td></tr> | <tr><td> </td><td align="right">total 50 μl</td></tr> | ||
+ | </table></td></tr></table>37°Cで20時間静置した | ||
+ | <br> | ||
+ | <BR> | ||
+ | |||
+ | 9/18(日)<BR> | ||
+ | 横井川<BR> | ||
+ | LB培地<BR> | ||
+ | |||
+ | <tr><td><table border="1" width="200"> | ||
+ | <tr><td width="150" align="center">bacto tryptone</td><td width="50" align="right">10 g</td></tr> | ||
+ | <tr><td align="center">bacto yeast evtract</td><td align="right">5 g</td></tr> | ||
+ | <tr><td align="center">NaCl</td><td align="right">10 g</td></tr> | ||
</table> | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | ↓LB培地用の試薬を計り、ビーカーに入れた<br> | ||
+ | ↓950 mlの蒸留水を入れ、スターラーで混ぜて溶かした<br> | ||
+ | ↓三角フラスコに分注し、アルミ箔で二重にフタをした<br> | ||
+ | ↓121°Cで20分オートクレーブ滅菌した<br> | ||
- | <tr><td> | + | |
+ | <br><br><br> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ゲル抽出<br> | ||
+ | 【目的】<BR> | ||
+ | 制限酵素処理したDIAP2のPCR産物の精製<BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | 【実験操作】<br> | ||
+ | ゲルからのDNA抽出<br> | ||
+ | <BR> | ||
+ | <a herf="http://www.qiagen.com/products/dnacleanup/gelpcrsicleanupsystems/qiaquickgelextractionkit.aspx">QIAquick Gel Extraction Kit</a>を使用した<br> | ||
+ | ↓1 x TAEに溶かしたアガロースゲルをつくった<br> | ||
+ | ↓DNAとLording Dyeをまぜたものとマーカーをゲルにのせた<br> | ||
+ | |||
+ | <tr><td><table border="1" width="230"> | ||
+ | <tr><td width="130" align="center">1 kbp マーカー</td><td width="100" align="right">3 μl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align="center">DIAP2</td><td align="right">50 μl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align="center">Lording Dyi</td><td align="right">10 μl</td></tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | ↓50 Vで60分間電気泳動した<br> | ||
+ | ↓EtBrでゲルを10分間染色した<br> | ||
+ | ↓UVを照射してDNAのバンドを可視化した<br></p> | ||
+ | <BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | 【結果】<BR> | ||
+ | バンドが確認できなかったためゲル抽出を行う事が出来なかった。<BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | 9/20(火)<br> | ||
+ | 【目的】<BR> | ||
+ | DIAP2のPCR産物の確認<br> | ||
+ | <BR> | ||
+ | 【実験操作】<BR> | ||
+ | ゲル電気泳動<BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | ゲル1枚当たりの組成 | ||
+ | <tr><td><table border="1" width="200"> | ||
+ | <tr><td width="150" align="center">SeaKem<sup>R</sup>GTG<sup>R</sup>-agar</td><td width="50" align="right">0.2 g</td></tr> | ||
+ | <tr><td align="center">1 x TAE</td><td align="right">20 ml</td></tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | ↓上記の組成に従い、試薬を三角フラスコで混ぜてレンジで加熱し、専用容器に入れて固めた<br> | ||
+ | ↓制限酵素処理した反応液50 μlに対して6 x loading dye を10 μl加えた<br> | ||
+ | ↓サンプルとDNA maker をコーム穴に入れた<br> | ||
+ | ↓サンプルをセット後、50 V 60minで電気泳動した<br> | ||
+ | ↓電気泳動後、EtBrで10minゲルを染色した<br> | ||
+ | ↓染色後、MilliQでゲルを数回洗ってプレートにのせた<br> | ||
+ | ↓UVを照射してDNAのバンドを可視化した<br> | ||
+ | <br> | ||
+ | <BR> | ||
+ | ゲル抽出<br> | ||
+ | 【目的】<br> | ||
+ | MLFバンドを切り出し、そのゲル片からDNAを抽出・精製<br> | ||
+ | <BR> | ||
+ | 【実験方法】<br> | ||
+ | ゲルからのDNA抽出<br> | ||
+ | <a herf="http://www.qiagen.com/products/dnacleanup/gelpcrsicleanupsystems/qiaquickgelextractionkit.aspx">QIAquick Gel Extraction Kit</a>を使用する<br> | ||
+ | ↓1 x TAEに溶かしたアガロースゲルをつくった<br> | ||
+ | ↓DNAとLording Dyeをまぜたものとマーカーをゲルにのせた<br> | ||
+ | <tr><td><table border="1" width="230"> | ||
+ | <tr><td width="130" align="center">100bp マーカー</td><td width="100" align="right">3 μl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align="center"> | ||
+ | MLF</td><td align="right">50 μl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align="center">Lording Dyi</td><td align="right">7 μl</td></tr> | ||
</table> | </table> | ||
- | |||
- | |||
- | |||
- | |||
- | |||
- | |||
- | |||
+ | ↓50 Vで60分間電気泳動した<br> | ||
+ | ↓EtBrでゲルを40分間染色した<br> | ||
+ | ↓UVを照射してDNAのバンドを可視化した<br> | ||
+ | ↓清潔で鋭利な手術用メスでゲルからDNA断片を切りだした<br> | ||
+ | ↓1.5 mlチューブ中のゲルスライスの重さを量った<br> | ||
+ | ↓ゲル100 mgに対して、3倍量(300 μl)のBuffer QGを加えた<br> | ||
+ | ↓42-50°Cで10分間放置し、ゲルを完全に溶かした<br> | ||
+ | ↓ゲルが完全に溶けたら、溶液が黄色であることを確認すした<br> | ||
+ | ↓ゲル100 mgに対して、当量(100 μl)の2-プロパノールを加え、混ぜた<br> | ||
+ | ↓カラムにサンプルをのせた<br> | ||
+ | ↓10,000 rpmで1分間遠心し、抽出物を捨てた<br> | ||
+ | ↓500 μlのBuffer QGをカラムに加え、残りのゲルを溶かした<br> | ||
+ | ↓10,000 rpmで1分間遠心し、ろ液を捨てた<br> | ||
+ | ↓750 μlのwash Buffer PEをカラムに加えた<br> | ||
+ | ↓10,000 rpmで1分間遠心し、ろ液を捨てた<br> | ||
+ | ↓カラムを新しい1.5 mlチューブに移しかえた<br> | ||
+ | ↓10,000 rpmで1分間遠心した<br> | ||
+ | ↓カラムを新しい1.5 mlチューブに移しかえた<br> | ||
+ | ↓37 μlのMilliQを加えた<br> | ||
+ | ↓10,000 rpmで1分間遠心した<br> | ||
+ | ↓そのうち5 μlを20倍希釈し、濃度測定をした<br> | ||
+ | <BR> | ||
+ | 【結果】<br> | ||
+ | 濃度は70 ng/μlだった。<br> | ||
+ | <br> | ||
+ | <br> | ||
+ | トランスフォーメーション<br> | ||
+ | 【目的】<br> | ||
+ | MLFのライゲーション産物の増殖<br> | ||
+ | 【実験方法】<br> | ||
+ | トランスフォーメーション<br> | ||
+ | ↓氷上でコンピテント細胞(DH5 Alpha:大腸菌株)を解凍した<br> | ||
+ | ↓前もって冷やしておいた1.5 mlチューブに30 μlのコンピテント細胞を分注した<br> | ||
+ | ↓余ったコンピテント細胞は-80°Cの冷凍庫に戻した<br>↓DNAをチューブに3 μl加えて、氷上で30分間冷やした<br> | ||
+ | ↓42°Cで45秒間熱ショックを与えた<br> | ||
+ | ↓90 μlのSOC培地を加えた<br> | ||
+ | ↓37°Cで1時間、振りながら回復培養した<br> | ||
+ | ↓LBプレート(+chloramphenicol)にまいた。<br> | ||
+ | ↓37゜Cで一晩インキュベートした。<br> | ||
+ | <br> | ||
+ | 【結果】<br> | ||
+ | <br> | ||
+ | <br> | ||
+ | <br> | ||
+ | 9/21(水)<br> | ||
+ | LBプレート作成<BR> | ||
+ | </p><table border="1" width="170"> | ||
+ | <tr><td width="100" align="center">LB培地</td><td width="70" align="right"> </td></tr> | ||
+ | <tr><td align="center">bacto-agar</td><td align="right">15 g/l</td></tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | ↓LB培地を作製した<br> | ||
+ | ↓1 Lあたり15 gのbacto-agarを入れて、オートクレーブ滅菌した<br> | ||
+ | ↓オートクレーブから取り出し、冷めないうちにスターラーで均一になるまで撹拌した<br> | ||
+ | ↓65°C程度に冷めたら、必要であれば抗生物質を加えた<br> | ||
+ | ↓10 cmのディスポプラスチックシャーレ1枚につき、20~25 ml分注した<br> | ||
+ | ↓水平な所に置いて固まらせた<br> | ||
+ | <br> | ||
+ | ライゲーション<br> | ||
+ | 【目的】<br> | ||
+ | pSB1C3 vectorとMLFのライゲーション | ||
+ | |||
+ | |||
+ | <br>【実験方法】<br> | ||
+ | <br> | ||
+ | トランスフォーメーション<br> | ||
+ | 【目的】<br> | ||
+ | MLFのライゲーション産物の増殖<br> | ||
+ | 【実験方法】<br> | ||
+ | トランスフォーメーション<br> | ||
+ | ↓氷上でコンピテント細胞(DH5 Alpha:大腸菌株)を解凍した<br> | ||
+ | ↓前もって冷やしておいた1.5 mlチューブに30 μlのコンピテント細胞を分注した<br> | ||
+ | ↓余ったコンピテント細胞は-80°Cの冷凍庫に戻した<br> | ||
+ | ↓DNAをチューブに3 μl加えて、氷上で30分間冷やした<br> | ||
+ | ↓42°Cで45秒間熱ショックを与えた<br> | ||
+ | ↓60 μlのSOC培地を加えた<br> | ||
+ | ↓37°Cで1時間、振りながら回復培養した<br> | ||
+ | ↓LBプレート(+chloramphenicol)にまいた<br> | ||
+ | ↓37゜Cで一晩インキュベートした<br> | ||
+ | |||
+ | <br> | ||
+ | 【結果】<br> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | 9/22(木)<br> | ||
+ | ライゲーション<br> | ||
+ | 【目的】<br> | ||
+ | pSB1C3 vectorとMLF、pSB1C3 vectorとGFPのライゲーション<br> | ||
+ | <br> | ||
+ | 【実験方法】<br> | ||
+ | <br> | ||
+ | トランスフォーメーション<br> | ||
+ | 【目的】<br> | ||
+ | MLFおよびGFPのライゲーション産物の増殖<br> | ||
+ | 【実験方法】<br> | ||
+ | トランスフォーメーション<br> | ||
+ | ↓氷上でコンピテント細胞(DH5 Alpha:大腸菌株)を解凍した<br> | ||
+ | ↓前もって冷やしておいた1.5 mlチューブに30 μlのコンピテント細胞を分注した<br> | ||
+ | ↓余ったコンピテント細胞は-80°Cの冷凍庫に戻した<br> | ||
+ | ↓DNAをチューブに3 μl加えて、氷上で30分間冷やした<br> | ||
+ | ↓42°Cで45秒間熱ショックを与えた<br> | ||
+ | ↓60 μlのSOC培地を加えた<br> | ||
+ | ↓37°Cで1時間、振りながら回復培養した<br> | ||
+ | ↓LBプレート(+chloramphenicol)にまいた<br> | ||
+ | ↓37゜Cで一晩インキュベートした<br> | ||
+ | <br> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | 9/23<br> | ||
+ | ライゲーション<br> | ||
+ | 【目的】<br> | ||
+ | MLFおよびGFPのライゲーション<br> | ||
+ | 【実験方法】<br> | ||
+ | <br> | ||
+ | <br> | ||
+ | 9/24<br> | ||
+ | プレカルチャー<br> | ||
+ | 【目的】 | ||
+ | pSB1C3の増殖<br> | ||
+ | 【実験方法】<br> | ||
+ | <br> | ||
+ | <br> | ||
+ | 9/25<br> | ||
+ | 濃度チェック<br> | ||
+ | 【目的】 | ||
+ | 電気泳動によるGFPの濃度測定<br> | ||
+ | 【実験方法】<br> | ||
+ | <br> | ||
+ | ライゲーション<br> | ||
+ | 【目的】 | ||
+ | pSB1C3 vectorとGFPのライゲーション<br> | ||
+ | 【実験方法】<br> | ||
+ | <br> | ||
+ | トランスフォーメーション<br> | ||
+ | 【目的】<br> | ||
+ | pSB1C3 vectorとGFPのライゲーション産物のトランスフォーメーション<br> | ||
+ | 【実験方法】<br> | ||
+ | トランスフォーメーション<br> | ||
+ | ↓氷上でコンピテント細胞(DH5 Alpha:大腸菌株)を解凍した<br> | ||
+ | ↓前もって冷やしておいた1.5 mlチューブに30 μlのコンピテント細胞を分注した<br> | ||
+ | ↓余ったコンピテント細胞は-80°Cの冷凍庫に戻した<br> | ||
+ | ↓DNAをチューブに3 μl加えて、氷上で30分間冷やした<br> | ||
+ | ↓42°Cで45秒間熱ショックを与えた<br> | ||
+ | ↓60 μlのSOC培地を加えた<br> | ||
+ | ↓37°Cで1時間、振りながら回復培養した<br> | ||
+ | ↓LBプレート(+chloramphenicol)にまいた。<br> | ||
+ | ↓37゜Cで一晩インキュベートした。<br> | ||
+ | <br> | ||
+ | 9/26<br> | ||
+ | ゲル抽出<br> | ||
+ | 【目的】 | ||
+ | MLF,pSB1C3 vectorの精製<br> | ||
+ | 【実験方法】 | ||
+ | ゲルからのDNA抽出<br> | ||
+ | |||
+ | <a herf="http://www.qiagen.com/products/dnacleanup/gelpcrsicleanupsystems/qiaquickgelextractionkit.aspx">QIAquick Gel Extraction Kit</a>を使用する<br> | ||
+ | ↓1 x TAEに溶かしたアガロースゲルをつくった<br> | ||
+ | ↓DNAとLording Dyeをまぜたものとマーカーをゲルにのせた<br> | ||
+ | |||
+ | <tr><td><table border="1" width="230"> | ||
+ | <tr><td width="130" align="center">1 kbp or 100bp マーカー</td><td width="100" align="right">3 μl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align="center"> | ||
+ | MLF or pSB1C3</td><td align="right">50 μl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align="center">Lording Dyi</td><td align="right">7 μl</td></tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | |||
+ | ↓50 Vで60分間電気泳動した<br> | ||
+ | ↓EtBrでゲルを40分間染色した<br> | ||
+ | ↓UVを照射してDNAのバンドを可視化した<br> | ||
+ | ↓清潔で鋭利な手術用メスでゲルからDNA断片を切りだした<br> | ||
+ | ↓1.5 mlチューブ中のゲルスライスの重さを量った<br> | ||
+ | ↓ゲル100 mgに対して、3倍量(300 μl)のBuffer QGを加えた<br> | ||
+ | ↓42-50°Cで10分間放置し、ゲルを完全に溶かした<br> | ||
+ | ↓ゲルが完全に溶けたら、溶液が黄色であることを確認すした<br> | ||
+ | ↓ゲル100 mgに対して、当量(100 μl)の2-プロパノールを加え、混ぜた<br> | ||
+ | ↓カラムにサンプルをのせた<br> | ||
+ | ↓10,000 rpmで1分間遠心し、抽出物を捨てた<br> | ||
+ | ↓500 μlのBuffer QGをカラムに加え、残りのゲルを溶かした<br> | ||
+ | ↓10,000 rpmで1分間遠心し、ろ液を捨てた<br> | ||
+ | ↓750 μlのwash Buffer PEをカラムに加えた<br> | ||
+ | ↓10,000 rpmで1分間遠心し、ろ液を捨てた<br> | ||
+ | ↓カラムを新しい1.5 mlチューブに移しかえた<br> | ||
+ | ↓10,000 rpmで1分間遠心した<br> | ||
+ | ↓カラムを新しい1.5 mlチューブに移しかえた<br> | ||
+ | ↓37 μlのMilliQを加えた<br> | ||
+ | ↓10,000 rpmで1分間遠心した<br> | ||
+ | <br> | ||
+ | 9/27<br> | ||
+ | ゲル抽出<BR> | ||
+ | 【目的】<BR> | ||
+ | 制限酵素処理後のpSB1C3の精製<BR> | ||
+ | 【実験方法】<BR> | ||
+ | ゲルからのDNA抽出<br> | ||
+ | |||
+ | <a herf="http://www.qiagen.com/products/dnacleanup/gelpcrsicleanupsystems/qiaquickgelextractionkit.aspx">QIAquick Gel Extraction Kit</a>を使用する<br> | ||
+ | ↓1 x TAEに溶かしたアガロースゲルをつくった<br> | ||
+ | ↓DNAとLording Dyeをまぜたものとマーカーをゲルにのせた<br> | ||
+ | |||
+ | <tr><td><table border="1" width="230"> | ||
+ | <tr><td width="130" align="center">1 kbp マーカー</td><td width="100" align="right">3 μl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align="center"> | ||
+ | pSB1C3</td><td align="right">50 μl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align="center">Lording Dyi</td><td align="right">7 μl</td></tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | |||
+ | ↓50 Vで60分間電気泳動した<br> | ||
+ | ↓EtBrでゲルを40分間染色した<br> | ||
+ | ↓UVを照射してDNAのバンドを可視化した<br> | ||
+ | ↓清潔で鋭利な手術用メスでゲルからDNA断片を切りだした<br> | ||
+ | ↓1.5 mlチューブ中のゲルスライスの重さを量った<br> | ||
+ | ↓ゲル100 mgに対して、3倍量(300 μl)のBuffer QGを加えた<br> | ||
+ | ↓42-50°Cで10分間放置し、ゲルを完全に溶かした<br> | ||
+ | ↓ゲルが完全に溶けたら、溶液が黄色であることを確認すした<br> | ||
+ | ↓ゲル100 mgに対して、当量(100 μl)の2-プロパノールを加え、混ぜた<br> | ||
+ | ↓カラムにサンプルをのせた<br> | ||
+ | ↓10,000 rpmで1分間遠心し、抽出物を捨てた<br> | ||
+ | ↓500 μlのBuffer QGをカラムに加え、残りのゲルを溶かした<br> | ||
+ | ↓10,000 rpmで1分間遠心し、ろ液を捨てた<br> | ||
+ | ↓750 μlのwash Buffer PEをカラムに加えた<br> | ||
+ | ↓10,000 rpmで1分間遠心し、ろ液を捨てた<br> | ||
+ | ↓カラムを新しい1.5 mlチューブに移しかえた<br> | ||
+ | ↓10,000 rpmで1分間遠心した<br> | ||
+ | ↓カラムを新しい1.5 mlチューブに移しかえた<br> | ||
+ | ↓37 μlのMilliQを加えた<br> | ||
+ | ↓10,000 rpmで1分間遠心した<br> | ||
+ | ↓そのうち5 μlを20倍希釈し、濃度測定をした<BR> | ||
+ | 【結果】<BR> | ||
+ | サンプル①の濃度は30 ng/μl サンプル②の濃度は22 ng/μl サンプル③の濃度は26 ng/μl<BR> | ||
+ | サンプル④の濃度は24 ng/μl サンプル⑤の濃度は22 ng/μl サンプル⑥の濃度は29 ng/μl<BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | ライゲーション<BR> | ||
+ | 【目的】<BR> | ||
+ | pSB1C3 vectorとMLF、pSB1C3 vectorとGFPのライゲーション<BR> | ||
+ | 【実験方法】<BR> | ||
+ | ↓vector:insert=1:10となるように調製し10 μlにメスアップした<BR> | ||
+ | ↓ | ||
+ | <br> | ||
+ | <br> | ||
+ | トランスフォーメーション<BR> | ||
+ | 【目的】<BR> | ||
+ | MLFおよびGFPのライゲーション産物の増殖<BR> | ||
+ | 【実験方法】<BR> | ||
+ | トランスフォーメーション<br> | ||
+ | ↓氷上でコンピテント細胞(DH5 Alpha:大腸菌株)を解凍した<br> | ||
+ | ↓前もって冷やしておいた1.5 mlチューブに50 μlのコンピテント細胞を分注した<br> | ||
+ | ↓余ったコンピテント細胞は-80°Cの冷凍庫に戻した<br> | ||
+ | ↓DNAをチューブに5 μl加えて、氷上で30分間冷やした<br> | ||
+ | ↓42°Cで45秒間熱ショックを与えた<br> | ||
+ | ↓300 μlのSOC培地を加えた<br> | ||
+ | ↓37°Cで1時間、振りながら回復培養した<br> | ||
+ | ↓LBプレート(+chloramphenicol)にまいた。<br> | ||
+ | ↓37゜Cで一晩インキュベートした。<br> | ||
+ | 【結果】<BR> | ||
+ | コロニーが見られなかった<BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | |||
+ | 9/28<BR> | ||
+ | 制限酵素処理<BR> | ||
+ | 【目的】<BR> | ||
+ | pSB1C3の調整<BR> | ||
+ | 【実験方法】<BR> | ||
+ | 下表に従って、制限酵素処理を行った。<BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | <tr><td><table border=1 width="220px"> | ||
+ | <tr><td width="130px" align=center>MilliQ</td><td width="90px" align=right>6 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>pSB1C3</td><td align=right>20 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center><em>Pst</em>Ⅰ</td><td align=right>0.5 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center><em>Xba</em>Ⅰ</td><td align=right>0.5 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>10 x M Buffer</td><td align=right>3 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center> </td><td align=right>total 30 µl</td></tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | <BR> | ||
+ | ライゲーション<BR> | ||
+ | 【目的】<BR> | ||
+ | pSB1C3 vectorとMLF、pSB1C3 vectorとGFPのライゲーション<BR> | ||
+ | 【実験方法】<BR> | ||
+ | vector:insert=1:10となるように下記の組成に従って反応液を調整した<BR> | ||
+ | |||
+ | <table border=1 width="200px"> | ||
+ | <tr><td width="130px" align=center>insert</td><td width="70px" align=right>0.5 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>vector</td><td align=right>0.5 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>10 x Buffer</td><td align=right>2.5 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>F4 ligase</td><td align=right>0.5 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>ddH<sub>2</sub>O</td><td align=right>1.0 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td> </td><td align=right>total 5 µl</td></tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <BR> | ||
+ | 16°C、30minでincubateした<BR> | ||
+ | <br> | ||
+ | トランスフォーメーション<br> | ||
+ | 【目的】<br> | ||
+ | pSB1C3 vectorとGFPのライゲーション産物のトランスフォーメーション<br> | ||
+ | 【実験方法】<br> | ||
+ | トランスフォーメーション<br> | ||
+ | ↓氷上でコンピテント細胞(DH5 Alpha:大腸菌株)を解凍した<br> | ||
+ | ↓前もって冷やしておいた1.5 mlチューブに50 μlのコンピテント細胞を分注した<br> | ||
+ | ↓余ったコンピテント細胞は-80°Cの冷凍庫に戻した<br> | ||
+ | ↓DNAをチューブに3 μl加えて、氷上で30分間冷やした<br> | ||
+ | ↓42°Cで45秒間熱ショックを与えた<br> | ||
+ | ↓300 μlのSOC培地を加えた<br> | ||
+ | ↓37°Cで1時間、振りながら回復培養した<br> | ||
+ | ↓LBプレート(+chloramphenicol)にまいた。<br> | ||
+ | ↓37゜Cで一晩インキュベートした。<br> | ||
+ | 【結果】<BR> | ||
+ | GFPのコロニーが見られた | ||
+ | |||
+ | |||
+ | |||
+ | <BR> | ||
+ | |||
+ | </p> | ||
</body> | </body> | ||
+ | |||
</html> | </html> |
Latest revision as of 12:42, 2 October 2011
8/29(月)
武田、横井川
制限酵素処理
【目的】
PCR産物とpUAST-flag vectorの制限酵素処理(一回目:Xho I)
【実験操作】
PCR産物の精製(フェノールクロロホルム処理・エタノール沈殿)
↓PCR産物を400 µlまでddH2Oで薄めた
↓phenol-choloroform(φOH/CIAA)を400 µl加えてvoltexした
↓10000rpm、4°Cで2~3min遠心した
↓水層のみを新しいチューブに移した
↓choloroform(CIAA)を等量加えてvoltexした
↓10000rpm、4°Cで2~3min遠心した
↓水層のみを新しいチューブに移した
↓3M CH3COONa(pH 5.27)を1/10量、100% ethanolを3倍量加えて、2~3min静置した
↓15000rpm、4°Cで10min遠心した
↓上澄みを捨て、70% ethanol(EtOH)を200 µl加えた
↓15000rpm、4°Cで5min遠心した
↓上澄みを捨て、乾燥させた
↓ddH2Oを44 µl加えてvoltexした
※保存する場合 ↓-20°Cで保存した
制限酵素処理(Xho I)
下記の組成に従って反応液を調整した
|
|
8/30(火)
武田、横井川
制限酵素処理
【目的】
PCR産物とpUAST-flag vectorの制限酵素処理(二回目:Xho I)
【実験操作】
PCR産物の精製(フェノールクロロホルム処理・エタノール沈殿)
↓PCR産物を400 µlまでddH2Oで薄めた
↓phenol-choloroform(φOH/CIAA)を400 µl加えてvoltexした
↓10000rpm、4°Cで2~3min遠心した
↓水層のみを新しいチューブに移した
↓choloroform(CIAA)を等量加えてvoltexした
↓10000rpm、4°Cで2~3min遠心した
↓水層のみを新しいチューブに移した
↓3M CH3COONa(pH 5.27)を1/10量、100% ethanolを3倍量加えて、2~3min静置した
↓15000rpm、4°Cで10min遠心した
↓上澄みを捨て、70% ethanol(EtOH)を200 μl加えた
↓15000rpm、4°Cで5min遠心した
↓上澄みを捨て、乾燥させた
↓ddH2Oを44 µl加えてvoltexした
制限酵素処理(Xba I)
下記の組成に従って反応液を調整した
| |||||||||
vector |
PUAST-flag vector(500 ng/µl) | 10 μl |
ddH2O | 34 µl |
10 x H Buffer | 5 µl |
XhoⅠ | 1 µl |
total 50 µl |
8/31(水)
武田、横井川
ゲル抽出
【目的】
制限酵素処理したPCR産物・vectorの精製
【実験操作】
ゲルからのDNA抽出
QIAquick Gel Extraction Kitを使用する
↓1 x TAEに溶かしたアガロースゲルをつくった
↓DNAとLording Dyeをまぜたものとマーカーをゲルにのせた
1 kbpマーカー | 5 µl |
DIAP2 or PUAST-flag vector | 50 µl |
Lording Dyi | 10 µl |
↓EtBrでゲルを10分間染色した
↓UVを照射してDNAのバンドを可視化した
↓清潔で鋭利な手術用メスでゲルからDNA断片を切りだした
↓1.5 mlチューブ中のゲルスライスの重さを量った
↓ゲル100 mgに対して、3倍量(300 µl)のBuffer QGを加えた
↓42-50°Cで10分間放置し、ゲルを完全に溶かした
↓ゲルが完全に溶けたら、溶液が黄色であることを確認した
↓ゲル100 mgに対して、当量(100 µl)の2-プロパノールを加え、混ぜた
↓カラムにサンプルをのせた
↓10,000 rpmで1分間遠心し、抽出物を捨てた
↓500 µlのBuffer QGをカラムに加え、残りのゲルを溶かした
↓10,000 rpmで1分間遠心し、ろ液を捨てた
↓750 µlのwash Buffer PEをカラムに加えた
↓10,000 rpmで1分間遠心し、ろ液を捨てた
↓カラムを新しい1.5 mlチューブに移しかえた
↓10,000 rpmで1分間遠心した
↓カラムを新しい1.5 mlチューブに移しかえた
↓37 µlのMilliQを加えた
↓10,000 rpmで1分間遠心した
↓そのうち5 µlを20倍希釈し、濃度測定をした
【結果】
pUAST-flag vectorは精製でき、濃度は45.0375 ng/µlであった。
DIAP2はゲル抽出でバンドが見られなかった。
9/1(木)
武田
PCR
【目的】
DIAP2のポリメラーゼ連鎖反応
【実験操作】
下記の組成に従って試薬をまぜた
右に示したプログラムで反応を行った
|
|
【目的】
PCR産物の確認
【実験操作】
ゲル電気泳動
ゲル1枚当たりの組成
SeaKemRGTGR-agar | 0.2 g |
1 x TAE | 20 ml |
↓上記の組成に従い、試薬を三角フラスコで混ぜてレンジで加熱し、専用容器に入れて固めた
↓制限酵素処理した反応液50 μlに対して6 x loading dye を10 μl加えた
↓サンプルとDNA maker をコーム穴に入れた
↓サンプルをセット後、50 V 60minで電気泳動した
↓電気泳動後、EtBrで10minゲルを染色した
↓染色後、MilliQでゲルを数回洗ってプレートにのせた
↓UVを照射してDNAのバンドを可視化した
【結果】
正しい位置にバンドが確認できた
9/5(月)
横井川
制限酵素処理
【目的】
DIAP2のPCR産物の制限酵素処理(一回目:Xho I)
【実験操作】
PCR産物の精製(フェノールクロロホルム処理・エタノール沈殿)
↓PCR産物を400 µlまでddH2Oで薄めた
↓phenol-choloroform(φOH/CIAA)を400 µl加えてvoltexした
↓10000rpm、4°Cで2~3min遠心した
↓水層のみを新しいチューブに移した
↓choloroform(CIAA)を等量加えてvoltexした
↓10000rpm、4°Cで2~3min遠心した
↓水層のみを新しいチューブに移した
↓3M CH3COONa(pH 5.27)を1/10量、100% ethanolを3倍量加えて、2~3min静置した
↓15000rpm、4°Cで10min遠心した
↓上澄みを捨て、70% ethanol(EtOH)を200 µl加えた
↓15000rpm、4°Cで5min遠心した
↓上澄みを捨て、乾燥させた
↓ddH2Oを44 µl加えてvoltexした
制限酵素処理(Xho I)
下記の組成に従って反応液を調整した
|
|
9/6(火)
横井川
制限酵素処理
【目的】
DIAP2のPCR産物の制限酵素処理(二回目:Xba I)
【実験操作】
PCR産物の精製(フェノールクロロホルム処理・エタノール沈殿)
↓PCR産物を400 μlまでddH2Oで薄めた
↓phenol-choloroform(φOH/CIAA)を400 μl加えてvoltexした
↓10000rpm、4°Cで2~3min遠心した
↓水層のみを新しいチューブに移した
↓choloroform(CIAA)を等量加えてvoltexした
↓10000rpm、4°Cで2~3min遠心した
↓水層のみを新しいチューブに移した
↓3M CH3COONa(pH 5.27)を1/10量、100% ethanolを3倍量加えて、2~3min静置した
↓15000rpm、4°Cで10min遠心した
↓上澄みを捨て、70% ethanol(EtOH)を200 μl加えた
↓15000rpm、4°Cで5min遠心した
↓上澄みを捨て、乾燥させた
↓ddH2Oを44 μl加えてvoltexした
制限酵素処理(Xba I)
下記の組成に従って反応液を調整した
|
9/7(水)
横井川
ゲル抽出
【目的】
制限酵素処理したDIAP2のPCR産物のゲル抽出
【実験操作】
ゲルからのDNA抽出
QIAquick Gel Extraction Kitを使用する
↓1 x TAEに溶かしたアガロースゲルをつった
↓DNAとLording Dyeをまぜたものとマーカーをゲルにのせた
1 kbp マーカー | 3 μl |
DIAP2 | 50 μl |
Lording Dyi | 10 μl |
↓EtBrでゲルを10分間染色した
↓UVを照射してDNAのバンドを可視化した
【結果】
バンドが確認できなかったためゲル抽出を行う事が出来なかった。
9/17(土)
制限酵素処理
【目的】
DIAP2のPCR産物の制限酵素処理(二回目:Xba I)
【実験操作】
制限酵素処理(Xba I)
下記の組成に従って反応液を調整した
|
9/18(日)
横井川
LB培地
bacto tryptone | 10 g |
bacto yeast evtract | 5 g |
NaCl | 10 g |
↓LB培地用の試薬を計り、ビーカーに入れた
↓950 mlの蒸留水を入れ、スターラーで混ぜて溶かした
↓三角フラスコに分注し、アルミ箔で二重にフタをした
↓121°Cで20分オートクレーブ滅菌した
ゲル抽出
【目的】
制限酵素処理したDIAP2のPCR産物の精製
【実験操作】
ゲルからのDNA抽出
QIAquick Gel Extraction Kitを使用した
↓1 x TAEに溶かしたアガロースゲルをつくった
↓DNAとLording Dyeをまぜたものとマーカーをゲルにのせた
1 kbp マーカー | 3 μl |
DIAP2 | 50 μl |
Lording Dyi | 10 μl |
↓EtBrでゲルを10分間染色した
↓UVを照射してDNAのバンドを可視化した
【結果】
バンドが確認できなかったためゲル抽出を行う事が出来なかった。
9/20(火)
【目的】
DIAP2のPCR産物の確認
【実験操作】
ゲル電気泳動
ゲル1枚当たりの組成
SeaKemRGTGR-agar | 0.2 g |
1 x TAE | 20 ml |
↓上記の組成に従い、試薬を三角フラスコで混ぜてレンジで加熱し、専用容器に入れて固めた
↓制限酵素処理した反応液50 μlに対して6 x loading dye を10 μl加えた
↓サンプルとDNA maker をコーム穴に入れた
↓サンプルをセット後、50 V 60minで電気泳動した
↓電気泳動後、EtBrで10minゲルを染色した
↓染色後、MilliQでゲルを数回洗ってプレートにのせた
↓UVを照射してDNAのバンドを可視化した
ゲル抽出
【目的】
MLFバンドを切り出し、そのゲル片からDNAを抽出・精製
【実験方法】
ゲルからのDNA抽出
QIAquick Gel Extraction Kitを使用する
↓1 x TAEに溶かしたアガロースゲルをつくった
↓DNAとLording Dyeをまぜたものとマーカーをゲルにのせた
100bp マーカー | 3 μl |
MLF | 50 μl |
Lording Dyi | 7 μl |
↓EtBrでゲルを40分間染色した
↓UVを照射してDNAのバンドを可視化した
↓清潔で鋭利な手術用メスでゲルからDNA断片を切りだした
↓1.5 mlチューブ中のゲルスライスの重さを量った
↓ゲル100 mgに対して、3倍量(300 μl)のBuffer QGを加えた
↓42-50°Cで10分間放置し、ゲルを完全に溶かした
↓ゲルが完全に溶けたら、溶液が黄色であることを確認すした
↓ゲル100 mgに対して、当量(100 μl)の2-プロパノールを加え、混ぜた
↓カラムにサンプルをのせた
↓10,000 rpmで1分間遠心し、抽出物を捨てた
↓500 μlのBuffer QGをカラムに加え、残りのゲルを溶かした
↓10,000 rpmで1分間遠心し、ろ液を捨てた
↓750 μlのwash Buffer PEをカラムに加えた
↓10,000 rpmで1分間遠心し、ろ液を捨てた
↓カラムを新しい1.5 mlチューブに移しかえた
↓10,000 rpmで1分間遠心した
↓カラムを新しい1.5 mlチューブに移しかえた
↓37 μlのMilliQを加えた
↓10,000 rpmで1分間遠心した
↓そのうち5 μlを20倍希釈し、濃度測定をした
【結果】
濃度は70 ng/μlだった。
トランスフォーメーション
【目的】
MLFのライゲーション産物の増殖
【実験方法】
トランスフォーメーション
↓氷上でコンピテント細胞(DH5 Alpha:大腸菌株)を解凍した
↓前もって冷やしておいた1.5 mlチューブに30 μlのコンピテント細胞を分注した
↓余ったコンピテント細胞は-80°Cの冷凍庫に戻した
↓DNAをチューブに3 μl加えて、氷上で30分間冷やした
↓42°Cで45秒間熱ショックを与えた
↓90 μlのSOC培地を加えた
↓37°Cで1時間、振りながら回復培養した
↓LBプレート(+chloramphenicol)にまいた。
↓37゜Cで一晩インキュベートした。
【結果】
9/21(水)
LBプレート作成
LB培地 | |
bacto-agar | 15 g/l |
↓LB培地を作製した
↓1 Lあたり15 gのbacto-agarを入れて、オートクレーブ滅菌した
↓オートクレーブから取り出し、冷めないうちにスターラーで均一になるまで撹拌した
↓65°C程度に冷めたら、必要であれば抗生物質を加えた
↓10 cmのディスポプラスチックシャーレ1枚につき、20~25 ml分注した
↓水平な所に置いて固まらせた
ライゲーション
【目的】
pSB1C3 vectorとMLFのライゲーション
【実験方法】
トランスフォーメーション
【目的】
MLFのライゲーション産物の増殖
【実験方法】
トランスフォーメーション
↓氷上でコンピテント細胞(DH5 Alpha:大腸菌株)を解凍した
↓前もって冷やしておいた1.5 mlチューブに30 μlのコンピテント細胞を分注した
↓余ったコンピテント細胞は-80°Cの冷凍庫に戻した
↓DNAをチューブに3 μl加えて、氷上で30分間冷やした
↓42°Cで45秒間熱ショックを与えた
↓60 μlのSOC培地を加えた
↓37°Cで1時間、振りながら回復培養した
↓LBプレート(+chloramphenicol)にまいた
↓37゜Cで一晩インキュベートした
【結果】
9/22(木)
ライゲーション
【目的】
pSB1C3 vectorとMLF、pSB1C3 vectorとGFPのライゲーション
【実験方法】
トランスフォーメーション
【目的】
MLFおよびGFPのライゲーション産物の増殖
【実験方法】
トランスフォーメーション
↓氷上でコンピテント細胞(DH5 Alpha:大腸菌株)を解凍した
↓前もって冷やしておいた1.5 mlチューブに30 μlのコンピテント細胞を分注した
↓余ったコンピテント細胞は-80°Cの冷凍庫に戻した
↓DNAをチューブに3 μl加えて、氷上で30分間冷やした
↓42°Cで45秒間熱ショックを与えた
↓60 μlのSOC培地を加えた
↓37°Cで1時間、振りながら回復培養した
↓LBプレート(+chloramphenicol)にまいた
↓37゜Cで一晩インキュベートした
9/23
ライゲーション
【目的】
MLFおよびGFPのライゲーション
【実験方法】
9/24
プレカルチャー
【目的】 pSB1C3の増殖
【実験方法】
9/25
濃度チェック
【目的】 電気泳動によるGFPの濃度測定
【実験方法】
ライゲーション
【目的】 pSB1C3 vectorとGFPのライゲーション
【実験方法】
トランスフォーメーション
【目的】
pSB1C3 vectorとGFPのライゲーション産物のトランスフォーメーション
【実験方法】
トランスフォーメーション
↓氷上でコンピテント細胞(DH5 Alpha:大腸菌株)を解凍した
↓前もって冷やしておいた1.5 mlチューブに30 μlのコンピテント細胞を分注した
↓余ったコンピテント細胞は-80°Cの冷凍庫に戻した
↓DNAをチューブに3 μl加えて、氷上で30分間冷やした
↓42°Cで45秒間熱ショックを与えた
↓60 μlのSOC培地を加えた
↓37°Cで1時間、振りながら回復培養した
↓LBプレート(+chloramphenicol)にまいた。
↓37゜Cで一晩インキュベートした。
9/26
ゲル抽出
【目的】 MLF,pSB1C3 vectorの精製
【実験方法】 ゲルからのDNA抽出
QIAquick Gel Extraction Kitを使用する
↓1 x TAEに溶かしたアガロースゲルをつくった
↓DNAとLording Dyeをまぜたものとマーカーをゲルにのせた
1 kbp or 100bp マーカー | 3 μl |
MLF or pSB1C3 | 50 μl |
Lording Dyi | 7 μl |
↓EtBrでゲルを40分間染色した
↓UVを照射してDNAのバンドを可視化した
↓清潔で鋭利な手術用メスでゲルからDNA断片を切りだした
↓1.5 mlチューブ中のゲルスライスの重さを量った
↓ゲル100 mgに対して、3倍量(300 μl)のBuffer QGを加えた
↓42-50°Cで10分間放置し、ゲルを完全に溶かした
↓ゲルが完全に溶けたら、溶液が黄色であることを確認すした
↓ゲル100 mgに対して、当量(100 μl)の2-プロパノールを加え、混ぜた
↓カラムにサンプルをのせた
↓10,000 rpmで1分間遠心し、抽出物を捨てた
↓500 μlのBuffer QGをカラムに加え、残りのゲルを溶かした
↓10,000 rpmで1分間遠心し、ろ液を捨てた
↓750 μlのwash Buffer PEをカラムに加えた
↓10,000 rpmで1分間遠心し、ろ液を捨てた
↓カラムを新しい1.5 mlチューブに移しかえた
↓10,000 rpmで1分間遠心した
↓カラムを新しい1.5 mlチューブに移しかえた
↓37 μlのMilliQを加えた
↓10,000 rpmで1分間遠心した
9/27
ゲル抽出
【目的】
制限酵素処理後のpSB1C3の精製
【実験方法】
ゲルからのDNA抽出
QIAquick Gel Extraction Kitを使用する
↓1 x TAEに溶かしたアガロースゲルをつくった
↓DNAとLording Dyeをまぜたものとマーカーをゲルにのせた
1 kbp マーカー | 3 μl |
pSB1C3 | 50 μl |
Lording Dyi | 7 μl |
↓EtBrでゲルを40分間染色した
↓UVを照射してDNAのバンドを可視化した
↓清潔で鋭利な手術用メスでゲルからDNA断片を切りだした
↓1.5 mlチューブ中のゲルスライスの重さを量った
↓ゲル100 mgに対して、3倍量(300 μl)のBuffer QGを加えた
↓42-50°Cで10分間放置し、ゲルを完全に溶かした
↓ゲルが完全に溶けたら、溶液が黄色であることを確認すした
↓ゲル100 mgに対して、当量(100 μl)の2-プロパノールを加え、混ぜた
↓カラムにサンプルをのせた
↓10,000 rpmで1分間遠心し、抽出物を捨てた
↓500 μlのBuffer QGをカラムに加え、残りのゲルを溶かした
↓10,000 rpmで1分間遠心し、ろ液を捨てた
↓750 μlのwash Buffer PEをカラムに加えた
↓10,000 rpmで1分間遠心し、ろ液を捨てた
↓カラムを新しい1.5 mlチューブに移しかえた
↓10,000 rpmで1分間遠心した
↓カラムを新しい1.5 mlチューブに移しかえた
↓37 μlのMilliQを加えた
↓10,000 rpmで1分間遠心した
↓そのうち5 μlを20倍希釈し、濃度測定をした
【結果】
サンプル①の濃度は30 ng/μl サンプル②の濃度は22 ng/μl サンプル③の濃度は26 ng/μl
サンプル④の濃度は24 ng/μl サンプル⑤の濃度は22 ng/μl サンプル⑥の濃度は29 ng/μl
ライゲーション
【目的】
pSB1C3 vectorとMLF、pSB1C3 vectorとGFPのライゲーション
【実験方法】
↓vector:insert=1:10となるように調製し10 μlにメスアップした
↓
トランスフォーメーション
【目的】
MLFおよびGFPのライゲーション産物の増殖
【実験方法】
トランスフォーメーション
↓氷上でコンピテント細胞(DH5 Alpha:大腸菌株)を解凍した
↓前もって冷やしておいた1.5 mlチューブに50 μlのコンピテント細胞を分注した
↓余ったコンピテント細胞は-80°Cの冷凍庫に戻した
↓DNAをチューブに5 μl加えて、氷上で30分間冷やした
↓42°Cで45秒間熱ショックを与えた
↓300 μlのSOC培地を加えた
↓37°Cで1時間、振りながら回復培養した
↓LBプレート(+chloramphenicol)にまいた。
↓37゜Cで一晩インキュベートした。
【結果】
コロニーが見られなかった
9/28
制限酵素処理
【目的】
pSB1C3の調整
【実験方法】
下表に従って、制限酵素処理を行った。
MilliQ | 6 µl |
pSB1C3 | 20 µl |
PstⅠ | 0.5 µl |
XbaⅠ | 0.5 µl |
10 x M Buffer | 3 µl |
total 30 µl |
ライゲーション
【目的】
pSB1C3 vectorとMLF、pSB1C3 vectorとGFPのライゲーション
【実験方法】
vector:insert=1:10となるように下記の組成に従って反応液を調整した
insert | 0.5 µl |
vector | 0.5 µl |
10 x Buffer | 2.5 µl |
F4 ligase | 0.5 µl |
ddH2O | 1.0 µl |
total 5 µl |
16°C、30minでincubateした
トランスフォーメーション
【目的】
pSB1C3 vectorとGFPのライゲーション産物のトランスフォーメーション
【実験方法】
トランスフォーメーション
↓氷上でコンピテント細胞(DH5 Alpha:大腸菌株)を解凍した
↓前もって冷やしておいた1.5 mlチューブに50 μlのコンピテント細胞を分注した
↓余ったコンピテント細胞は-80°Cの冷凍庫に戻した
↓DNAをチューブに3 μl加えて、氷上で30分間冷やした
↓42°Cで45秒間熱ショックを与えた
↓300 μlのSOC培地を加えた
↓37°Cで1時間、振りながら回復培養した
↓LBプレート(+chloramphenicol)にまいた。
↓37゜Cで一晩インキュベートした。
【結果】
GFPのコロニーが見られた