Team:KIT-Kyoto/nakagawa

From 2011.igem.org

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<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=shift_jis">
 
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<title></title>
 
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</head>
 
<body>
<body>
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8/22<BR>
+
8/25<BR>
-
 
+
（目的）<BR>
（目的）<BR>
-
iGEMからのGFPを増やすために大腸菌に形質転換する（トランスフォーメーション）
+
LBプレートの作成　PCR フェノクロ処理、電気泳動、制限酵素処理<BR>
-
<BR><BR>
+
<BR>
（方法）<BR>
（方法）<BR>
 +
LBプレート作成<BR>
 +
<tr><td><table border=1 width="170px">
 +
<tr><td width="100px" align=center>LB培地</td><td width="70px" align=right>&nbsp;</td></tr>
 +
<tr><td align=center>bacto-agar</td><td align=right>15 g/l</td></tr>
 +
</table>
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<p><strong>トランスフォーメーション</strong></p>
+
<BR>
 +
↓LB培地を作製する<BR>
 +
↓1 Lあたり15 gのbacto-agarを入れて、オートクレーブ滅菌した<BR>
 +
↓オートクレーブから取り出し、冷めないうちにスターラーで均一になるまで撹拌した<BR>
 +
↓65°C程度に冷めたら、必要であれば抗生物質を加えた<BR>
 +
↓10 cmのディスポプラスチックシャーレ1枚につき、20～25 ml分注した<BR>
 +
↓水平な所に置いて固まらせた<BR>
<BR>
<BR>
 +
PCR(GFP)<BR>
 +
<table border="0"><tr><td>
 +
<table border="0" width="150px">
 +
<tr><td align=center>PCR条件</td></tr>
 +
</table>
 +
<table border=1 width="220px">
 +
<tr><td width="150px" align=center>10 µM Primer F</td><td width="70px"  align=right>1.5 µl</td></tr>
 +
<tr><td align=center>10 µM Primer R</td><td align=right>1.5 µl</td></tr>
 +
<tr><td align=center>Template DNA</td><td align=right>1 µl</td></tr>
 +
<tr><td align=center>10 x PCR Buffer for KOD Plus</td><td align=right>5 µl</td></tr>
 +
<tr><td align=center>dNTPs</td><td align=right>4 µl</td></tr>
 +
<tr><td align=center>MgSO<sub>4</sub></td><td align=right>4 µl</td></tr>
 +
<tr><td align=center>ddH<sub>2</sub>O</td><td align=right>32 µl</td></tr>
 +
<tr><td align=center>KOD Plus</td><td align=right>1 µl</td></tr>
 +
<tr><td>&nbsp;</td><td align=right>total 50 µl</td></tr>
 +
</table>
 +
</td><TD></TD><TD></TD><td>
 +
<table border="0" width="100px">
 +
<tr><td align=center>Cycle条件</td></tr>
 +
</table>
 +
<table border=1 width="400px">
 +
<tr><td width="100px" align=center>Pre-Denature</td><td width="100px"  align=center>95°C</td><td width="100px"  align=center>30sec</td></td><td width="100px">&nbsp;</td></tr>
 +
<tr><td align=center>Denature</td><td align=center>95°C</td><td align=center>30sec</td><td align=center rowspan=3>30 Cyle</td></tr>
 +
<tr><td align=center>Anneling</td><td align=center>(60)°C</td><td align=center>1min</td></tr>
 +
<tr><td align=center>Extension</td><td align=center>68°C</td><td align=center>1kb/min</td></tr>
 +
<tr><td align=center>End</td><td align=center>4°C</td><td align=center>keep</td><td width="100px">&nbsp;</td></tr>
 +
</table>
 +
</td></tr>
 +
</table>
 +
<BR>
 +
フェノクロ処理
 +
↓前回泳動した残りサンプルを合わせて135μlにした<BR>
 +
↓ddH<sub>2</sub>O65μl加えて全量を200μlにした<BR>
 +
↓フェノール/クロロホルムを等量入れた<BR>
 +
↓しっかりvoltexして、15000rpm,5分,25℃で遠心した<BR>
 +
↓水層を別のエッペンに入れた（下の層がフェノール層）<BR>
 +
↓次にクロロホルムのみで同様におこない、水層を別のエッペンに移した<BR>
 +
↓1/10等量の3M酢酸ナトリウムを加えた<BR>
 +
↓等量のイソプロパノールを加え、よく振った<BR>
 +
↓12000rpm,20分25℃で遠心した<BR>
 +
↓沈殿をとらないように上澄みだけ除いた<BR>
 +
↓70%エタノールを200μl加えた<BR>
 +
↓軽く混ぜた後12000rpm,10分,25℃で遠心<BR>
 +
↓上澄みを除いた後乾燥させて長期保存ならTE、すぐに使うのでddH<sub>2</sub>O50μlに溶かした<BR>
 +
<BR>
 +
 +
電気泳動<BR>
 +
↓3本のＤＮＡ溶液サンプル　5μlにddH<sub>2</sub>O0.3ml EcoR1　0.5μlPst1　0.5μl10×Buffer 0.7μlを
 +
加え37℃30分インキュベート<BR>
 +
↓１%agaゲル20μlより0.2gのagaを使いそこにTMNを20ml加えてゲルとした<BR>
 +
↓電子レンジで沸騰させて粒がなくなった後ゲルが固まるまで待った<BR>
 +
↓1kbaseのマーカー5μlとDNAのLoading dye(×6)1μlとサンプル5μlとを足したもので計七個のサンプルをゲルの穴に注いだ<BR>
 +
↓電気泳動　100V 30分<BR>
 +
↓EtBr染色(手袋をつけて)　10分<BR>
 +
↓紫外線ランプを付けた元で撮影<BR>
 +
<BR>
 +
制限酵素処理<BR>
 +
<BR>
 +
先ほどのDNA溶液50μlと切りたい場所の制限酵素（今回はPst1,EcoR1）を1μl、Bufferを使用する制限酵素にあわせたものを6μl（今回は10×H Buffer）、ddH<sub>2</sub>Oを2μlを混ぜたものを37℃でインキュベートした
 +
8/26<BR>
 +
(目的)<BR>
 +
大腸菌のベクターのトランスフォーム<BR>
 +
<BR>
 +
(方法)<BR>
↓氷上でコンピテント細胞(DH5 Alpha:大腸菌株)を解凍した<BR>
↓氷上でコンピテント細胞(DH5 Alpha:大腸菌株)を解凍した<BR>
↓前もって冷やしておいた1.5 mlチューブに100 µlのコンピテント細胞を分注した<BR>
↓前もって冷やしておいた1.5 mlチューブに100 µlのコンピテント細胞を分注した<BR>
Line 25: Line 95:
↓37°Cで一晩培養した<BR>
↓37°Cで一晩培養した<BR>
<BR>
<BR>
-
（結果）
+
(結果)<BR>
-
翌日コロニーの生育を確認することができた
+
赤色のコロニーが多く生えてきた。GFPの色が赤色のDNAより大きく問題はなさそうであった。
<BR>
<BR>
 +
8/29<BR>
 +
(目的)<BR>
 +
大会提出用ベクターPsb1C3の培養とアルカリミニプレップ<BR>
 +
(方法)<BR>
 +
8/26に培養した提出用ベクターのコロニーの生えたプレートを用いた<BR>
 +
↓LBプレート(amp+)に大腸菌をまき、37°C(API2-MALT1は30°C)で一晩培養した<BR>
 +
↓プレートからシングルコロニーを分離した<BR>
 +
↓2 mlのLB培地で37°C(API2-MALT1は30°C)で一晩振とう培養した<BR>
<BR>
<BR>
-
8/23
+
(結果)<BR>
 +
翌日コンタミしてると考えられるビン3本培養に成功したビンが3本できた<BR>
 +
ただ念を入れて翌日同じ操作を行うことにした。<BR>
<BR>
<BR>
-
 
+
8/30<BR>
-
（目的）<BR>
+
(目的)<BR>
-
GFP開始コドン抜きのPCRプライマー設計　提出用ベクターのプレカルチャー
+
大会提出用ベクターpsb1c3の培養→トラフォ(二回目)
 +
(方法)<BR>
 +
8/26に培養した提出用ベクターのコロニーの生えたプレートを昨日同様用いた<BR>
 +
↓LBプレート(amp+)に大腸菌をまき、37°C(API2-MALT1は30°C)で一晩培養した<BR>
 +
↓プレートからシングルコロニーを分離した<BR>
 +
↓2 mlのLB培地で37°C(API2-MALT1は30°C)で一晩振とう培養した<BR>
<BR>
<BR>
-
（方法）
+
(結果)<BR>
-
<BR>PCRのプライマー設計の条件<BR>
+
翌日6本培養したがコンタミすることなく無事に大腸菌を回収することができた<BR>
-
大腸菌のベクターにはEXSPの制限酵素で切れる場所がありEX DNA SPとなる<BR>
+
-
今回はまず制限酵素サイトの間に付けられる塩基数が決まっていてEが2~3、Xが2~3、でSは3、でPは何塩基でもつけてよい。<BR>
+
-
そしてGFPにつなげる上で15塩基必要なのでその条件で設計した。<BR>
+
-
またプライマー設計においてもうリバースの方はアンチコドンで設計する必要がある。<BR>
+
-
そしてプライマー作成サイトでは温度が65度をなるべく超えないように注意した<BR>
+
<BR>
<BR>
-
プレカルチャー<BR>
+
8/31<BR>
-
<BR>
+
(目的)<BR>
-
昨日増やした提出用ベクターのコロニーを取りだした<BR>
+
培養した菌液のアルカリミニプレップ、フェノールクロロホルム処理、電気泳動、制限酵素処理<BR>
-
そこにコロニーのふたにマジックで印をつけて先を焦がしたつまようじでコロニーを突っついた<BR>
+
アルカリミニプレを最初に行った。<BR>
-
LB液体培地2mlとクローラムフェニコール2μlを合わせた容器につまようじを入れた<BR>
+
-
これを6本分行った<BR>
+
-
一晩振とう培養をした<BR>
+
-
<BR>
+
-
（結果）<BR>
+
-
翌日、菌液は十分に濁っていて増殖していたことが分かった<BR>
+
-
PCRのプライマーも設計し終わり2～3日で届くことになった<BR>
+
-
<BR>
+
-
<BR>
+
-
8/24<BR><BR>
+
-
(目的）　　アルカリミニプレップ（プラスミド回収）電気泳動
+
-
<BR>
+
-
<BR>
+
-
（方法）<BR>
+
-
 
+
<tr><td><table border=1 width="280px">
<tr><td><table border=1 width="280px">
<tr><td width="80px" align=center>Solution I</td><td width="200px"  align=right>50 mM グルコース (MW 180)</td></tr>
<tr><td width="80px" align=center>Solution I</td><td width="200px"  align=right>50 mM グルコース (MW 180)</td></tr>
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<tr><td>&nbsp;</td><td align=right>1.8 M 酢酸</td></tr>
<tr><td>&nbsp;</td><td align=right>1.8 M 酢酸</td></tr>
</table>
</table>
 +
 +
 +
↓LBプレート(amp+)に大腸菌をまき、37°C(API2-MALT1は30°C)で一晩培養した<BR>
 +
↓プレートからシングルコロニーを分離した<BR>
 +
↓2 mlのLB培地で37°C(API2-MALT1は30°C)で一晩振とう培養した<BR>
 +
↓1.5 mlの培養液を1.5 mlチューブにうつし、15,000 rpm、4°Cで5分間遠心し、上清を捨てた<BR>
 +
↓100 µlの氷冷したSolution Iを加え、ボルテックスした<BR>
 +
↓沈殿物を溶かした後、200 µlのSolution IIを加え、混ぜた、ボルテックスは使用しない<BR>
 +
↓氷上で5分間冷やした<BR>
 +
↓150 µlのSolution IIIを加え、混ぜた、ボルテックスは使用しない<BR>
 +
↓氷上で5分間冷やした<BR>
 +
↓15,000 rpm、4°Cで10分間遠心した<BR>
 +
↓上清を新しいチューブにとり、沈殿物は廃棄した<BR>
 +
↓450 µlのイソプロパノールを加え、混ぜた<BR>
 +
↓2分間室温で放置した<BR>
 +
↓15,000 rpm、室温で10分間遠心し、上清を捨てた<BR>
 +
↓150～200 µlの70%エタノールを加え、軽くボルテックスした<BR>
 +
↓2分間室温で放置した<BR>
 +
↓15,000 rpm、室温で10分間遠心し、上清を捨てた<BR>
 +
↓沈殿を10分～15分乾かした<BR>
 +
↓RNaseのはいったTEを20 µl加えて37°Cで培養した<BR>
<BR>
<BR>
-
↓1.5 mlの培養液を1.5 mlチューブにうつし、15,000 rpm、4°Cで5分間遠心し、上清を捨てる<BR>
 
-
↓100 µlの氷冷したSolution Iを加え、ボルテックスする<BR>
 
-
↓沈殿物を溶かした後、200 µlのSolution IIを加え、混ぜる、ボルテックスは使用しない<BR>
 
-
↓氷上で5分間冷やす<BR>
 
-
↓150 µlのSolution IIIを加え、混ぜる、ボルテックスは使用しない<BR>
 
-
↓氷上で5分間冷やす<BR>
 
-
↓15,000 rpm、4°Cで10分間遠心する<BR>
 
-
↓上清を新しいチューブにとり、沈殿物は廃棄する<BR>
 
-
↓450 µlのイソプロパノールを加え、混ぜる<BR>
 
-
↓2分間室温で放置する<BR>
 
-
↓15,000 rpm、室温で10分間遠心し、上清を捨てる<BR>
 
-
↓150～200 µlの70%エタノールを加え、軽くボルテックスする<BR>
 
-
↓2分間室温で放置する<BR>
 
-
↓15,000 rpm、室温で10分間遠心し、上清を捨てる<BR>
 
-
↓沈殿を10分～15分乾かす<BR>
 
-
↓RNaseのはいったTEを20 µl加えて37°Cで培養する<BR>
 
-
電気泳動<BR>
+
 
-
↓6本の乾燥ＤＮＡにmilliQ　0.3ml DNA　5μl　EcoR1　0.5μlPst1　0.5μl10×Buffer 0.7μl
+
-
加え37℃30分インキュベート
+
-
↓１%agaゲル20μlより0.2gのagaを使いそこにTMNを20ml加えてゲルとする
+
-
↓電子レンジで沸騰させて粒がなくなった後約20分待つ
+
-
↓1kbaseのマーカー5μlとDNAのマーカー(×6)1μlとサンプル5μlとを足したもので計七個のサンプルをゲルの穴に注ぐ
+
-
↓電気泳動　100V 30分
+
-
↓EtBr染色(手袋をつけて)　10分
+
-
↓紫外線ランプを付けた元で撮影
+
</body>
</body>
</html>
</html>

Latest revision as of 02:41, 30 September 2011

8/25
（目的）
LBプレートの作成　PCR フェノクロ処理、電気泳動、制限酵素処理

（方法）
LBプレート作成

LB培地 
bacto-agar15 g/l

↓LB培地を作製する
↓1 Lあたり15 gのbacto-agarを入れて、オートクレーブ滅菌した
↓オートクレーブから取り出し、冷めないうちにスターラーで均一になるまで撹拌した
↓65°C程度に冷めたら、必要であれば抗生物質を加えた
↓10 cmのディスポプラスチックシャーレ1枚につき、20～25 ml分注した
↓水平な所に置いて固まらせた

PCR(GFP)
PCR条件
10 µM Primer F1.5 µl
10 µM Primer R1.5 µl
Template DNA1 µl
10 x PCR Buffer for KOD Plus5 µl
dNTPs4 µl
MgSO44 µl
ddH2O32 µl
KOD Plus1 µl
 total 50 µl
Cycle条件
Pre-Denature95°C30sec 
Denature95°C30sec30 Cyle
Anneling(60)°C1min
Extension68°C1kb/min
End4°Ckeep 

フェノクロ処理 ↓前回泳動した残りサンプルを合わせて135μlにした
↓ddH2O65μl加えて全量を200μlにした
↓フェノール/クロロホルムを等量入れた
↓しっかりvoltexして、15000rpm,5分,25℃で遠心した
↓水層を別のエッペンに入れた（下の層がフェノール層）
↓次にクロロホルムのみで同様におこない、水層を別のエッペンに移した
↓1/10等量の3M酢酸ナトリウムを加えた
↓等量のイソプロパノールを加え、よく振った
↓12000rpm,20分25℃で遠心した
↓沈殿をとらないように上澄みだけ除いた
↓70%エタノールを200μl加えた
↓軽く混ぜた後12000rpm,10分,25℃で遠心
↓上澄みを除いた後乾燥させて長期保存ならTE、すぐに使うのでddH2O50μlに溶かした

電気泳動
↓3本のＤＮＡ溶液サンプル　5μlにddH2O0.3ml EcoR1　0.5μlPst1　0.5μl10×Buffer 0.7μlを 加え37℃30分インキュベート
↓１%agaゲル20μlより0.2gのagaを使いそこにTMNを20ml加えてゲルとした
↓電子レンジで沸騰させて粒がなくなった後ゲルが固まるまで待った
↓1kbaseのマーカー5μlとDNAのLoading dye(×6)1μlとサンプル5μlとを足したもので計七個のサンプルをゲルの穴に注いだ
↓電気泳動　100V 30分
↓EtBr染色(手袋をつけて)　10分
↓紫外線ランプを付けた元で撮影

制限酵素処理

先ほどのDNA溶液50μlと切りたい場所の制限酵素（今回はPst1,EcoR1）を1μl、Bufferを使用する制限酵素にあわせたものを6μl（今回は10×H Buffer）、ddH2Oを2μlを混ぜたものを37℃でインキュベートした 8/26
(目的)
大腸菌のベクターのトランスフォーム

(方法)
↓氷上でコンピテント細胞(DH5 Alpha:大腸菌株)を解凍した
↓前もって冷やしておいた1.5 mlチューブに100 µlのコンピテント細胞を分注した
↓余ったコンピテント細胞は-80°Cの冷凍庫に戻した
↓DNAをチューブに1～5 µl加えて、氷上で30分間冷やした
↓42°Cで45秒間熱ショックを与えた
↓0.9 mlのSOC培地を加えた
↓37°Cで1時間、振りながら回復培養した
↓1 mlをLBプレート(+amp,+kan,+camのいずれか)にまいた
↓37°Cで一晩培養した

(結果)
赤色のコロニーが多く生えてきた。GFPの色が赤色のDNAより大きく問題はなさそうであった。
8/29
(目的)
大会提出用ベクターPsb1C3の培養とアルカリミニプレップ
(方法)
8/26に培養した提出用ベクターのコロニーの生えたプレートを用いた
↓LBプレート(amp+)に大腸菌をまき、37°C(API2-MALT1は30°C)で一晩培養した
↓プレートからシングルコロニーを分離した
↓2 mlのLB培地で37°C(API2-MALT1は30°C)で一晩振とう培養した

(結果)
翌日コンタミしてると考えられるビン3本培養に成功したビンが3本できた
ただ念を入れて翌日同じ操作を行うことにした。

8/30
(目的)
大会提出用ベクターpsb1c3の培養→トラフォ(二回目) (方法)
8/26に培養した提出用ベクターのコロニーの生えたプレートを昨日同様用いた
↓LBプレート(amp+)に大腸菌をまき、37°C(API2-MALT1は30°C)で一晩培養した
↓プレートからシングルコロニーを分離した
↓2 mlのLB培地で37°C(API2-MALT1は30°C)で一晩振とう培養した

(結果)
翌日6本培養したがコンタミすることなく無事に大腸菌を回収することができた

8/31
(目的)
培養した菌液のアルカリミニプレップ、フェノールクロロホルム処理、電気泳動、制限酵素処理
アルカリミニプレを最初に行った。
Solution I50 mM グルコース (MW 180)
 10 mM EDTA(pH 8.0)
 25 mM Tris-HCl (pH 8.0)
Solution II0.2 N NaOH
 1% SDS
Solution III3 M 酢酸カリウム
 1.8 M 酢酸
↓LBプレート(amp+)に大腸菌をまき、37°C(API2-MALT1は30°C)で一晩培養した
↓プレートからシングルコロニーを分離した
↓2 mlのLB培地で37°C(API2-MALT1は30°C)で一晩振とう培養した
↓1.5 mlの培養液を1.5 mlチューブにうつし、15,000 rpm、4°Cで5分間遠心し、上清を捨てた
↓100 µlの氷冷したSolution Iを加え、ボルテックスした
↓沈殿物を溶かした後、200 µlのSolution IIを加え、混ぜた、ボルテックスは使用しない
↓氷上で5分間冷やした
↓150 µlのSolution IIIを加え、混ぜた、ボルテックスは使用しない
↓氷上で5分間冷やした
↓15,000 rpm、4°Cで10分間遠心した
↓上清を新しいチューブにとり、沈殿物は廃棄した
↓450 µlのイソプロパノールを加え、混ぜた
↓2分間室温で放置した
↓15,000 rpm、室温で10分間遠心し、上清を捨てた
↓150～200 µlの70%エタノールを加え、軽くボルテックスした
↓2分間室温で放置した
↓15,000 rpm、室温で10分間遠心し、上清を捨てた
↓沈殿を10分～15分乾かした
↓RNaseのはいったTEを20 µl加えて37°Cで培養した

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