Team:Lyon-INSA-ENS/Realisation/Week3Fr

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     <p style="text-align : center"> <small> From Monday the 27th of June to Friday the 1st of July 2011 </small> </p>
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     <p style="text-align : center"> <small> Du Lundi le 27 juin au Vendredi 1er Juillet 2011 </small> </p>
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Another PCR is launched to collect more DNA (Failure).<br/>
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Une autre PCR est lancée pour collecter plus d'ADN (Echec).<br/>
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Culture of the wrong strains for the transformation...(Failure : the strain already had a plasmid)<br/>
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Culture des mauvaises souches pour les transformations...(Echec : la souche avait déjà un plasmide). <br/>
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Alcoholic precipitation of PCR product from the previous week.<br/>
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Précipitation alcoolique des produits de PCR des semaines précédentes. <br/>
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   <h6 style="text-align :left"> Tuesday </h6> <HR>
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   <h6 style="text-align :left"> Mardi </h6> <HR>
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Culture of NM522 cells for later transformations and Curli for extraction. <br/><br/>
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Culture des cellules NM522 pour des transformations ultérieures et culture de bactéries Curli pour extraction.
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Ligation of PCR products in pGem-T easy vector to make them standard parts. Transformation in NM522 strain of the ligation product. Selection on ampicilline, X-Gal, IPTG plate. Only CsgAB was not transformed this day.
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Ligation des produits de PCR dans pGem-T easy vector pour en faire des parts standards. Transformation dans la souche NM522 des produits de ligation. Selection sur boîtes d'ampicilline, d'X-Gal, d'IPTG. Seul CsgAB n'a pas été transformé ce jour-là.
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<h6 style="text-align :left"> Wednesday </h6> <HR>
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<h6 style="text-align :left"> Mercredi </h6> <HR>
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Miniprep, digestion and electrophoresis of the Curli plasmid.<br/><br/>
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Miniprep, digestion et électrophorèse du plasmide Curli. <br/><br/>
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Sélection des colonies blanches sur la boîte pour les parts RcnR and CsgEFG. Culture liquide pour miniprep.<br/><br/>
-
Selection of white colonies on the plate for part RcnR and CsgEFG. Liquid culture for miniprep.<br/><br/>
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Transformation dans NM522 de la part CsgAB.
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Transformation in NM522 of part CsgAB.
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<h6 style="text-align :left"> Thursday </h6> <HR>
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<h6 style="text-align :left"> Jeudi </h6> <HR>
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CaCl2 chemical transformation of some iGEM kit distribution DNA : <br/><br/>
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Transformation chimique au CaCl2 de certains "iGEM kit distribution DNA" : <br/><br/>
<U>Plate 1 : </U><br/>
<U>Plate 1 : </U><br/>
18A (constitutive promoter, Amp )<br/>
18A (constitutive promoter, Amp )<br/>
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2M ( strong RBS, Amp ) <br/>
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2M (RBS fort, Amp ) <br/>
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5L ( weak RBS, Amp )<br/>
+
5L (RBS faible, Amp )<br/>
22M ( RBS+YFP, Amp)<br/><br/>
22M ( RBS+YFP, Amp)<br/><br/>
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2L (GFP, Amp ) <br/><br/>
2L (GFP, Amp ) <br/><br/>
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Miniprep of clones with CsgEFG and RcnR. Digestion of plasmid with EcoRI to check part insertions. <br/>
+
Miniprep de clones portant CsgEFG et RcnR. Digestion du plasmide avec EcoRI pour vérifier l'insertion de la part. <br/>
     </p>
     </p>
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The local newspaper "VIVA" interviewed us. They ask about our project, our team and about iGEM's organization.
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Le journal local "VIVA" nous a interviewés. Ils se sont intéressés à notre projet, à l'équipe et à l'organisation du concours iGEM.
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<h6 style="text-align :left"> Friday </h6> <HR>
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<h6 style="text-align :left"> Vendredi </h6> <HR>
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Miniprep using the QuickPure kit of the previous 6 iGEM parts. <br/><br/>
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Miniprep des 6 parts iGEM précédentes en utilisant le kit QuickPure. <br/><br/>
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Digestion with :<br/>
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Digestion avec :<br/>
S + P : 18A, 2M, 5L<br/>
S + P : 18A, 2M, 5L<br/>
X + P : 22M, 2L, 24E<br/><br/>
X + P : 22M, 2L, 24E<br/><br/>
-
Electrophoresis of the digested plasmids versus the non digested.<br/>
+
Électrophorèse plasmides digérés et des non-digérés.<br/>
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All the strains had the correct plasmid : they were plated on LB + amp medium.<br/><br/>
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Miniprep of clones with Csg AB. Digestion of plasmid with EcoRI. Send to GATC for sequencing.
+
 +
Toutes les souches n'ont pas le bon plasmide : les souches ont été étalées sur un milieu LB + amp.<br/><br/>
 +
Miniprep des clones avec CSgAB. Digestion des plasmides avec ECoRI. Envoi à GATC pour séquençage.
   </p>
   </p>

Latest revision as of 20:04, 21 September 2011









Semaine 3


Du Lundi le 27 juin au Vendredi 1er Juillet 2011







Lundi

Une autre PCR est lancée pour collecter plus d'ADN (Echec).
Culture des mauvaises souches pour les transformations...(Echec : la souche avait déjà un plasmide).
Précipitation alcoolique des produits de PCR des semaines précédentes.





Mardi

Culture des cellules NM522 pour des transformations ultérieures et culture de bactéries Curli pour extraction.

Ligation des produits de PCR dans pGem-T easy vector pour en faire des parts standards. Transformation dans la souche NM522 des produits de ligation. Selection sur boîtes d'ampicilline, d'X-Gal, d'IPTG. Seul CsgAB n'a pas été transformé ce jour-là.





Mercredi

Miniprep, digestion et électrophorèse du plasmide Curli.

Sélection des colonies blanches sur la boîte pour les parts RcnR and CsgEFG. Culture liquide pour miniprep.

Transformation dans NM522 de la part CsgAB.





Jeudi

Transformation chimique au CaCl2 de certains "iGEM kit distribution DNA" :

Plate 1 :
18A (constitutive promoter, Amp )
2M (RBS fort, Amp )
5L (RBS faible, Amp )
22M ( RBS+YFP, Amp)

Plate 2 :
24E (YFP, Amp + Kan )
2L (GFP, Amp )

Miniprep de clones portant CsgEFG et RcnR. Digestion du plasmide avec EcoRI pour vérifier l'insertion de la part.


Le journal local "VIVA" nous a interviewés. Ils se sont intéressés à notre projet, à l'équipe et à l'organisation du concours iGEM.





Vendredi

Miniprep des 6 parts iGEM précédentes en utilisant le kit QuickPure.

Digestion avec :
S + P : 18A, 2M, 5L
X + P : 22M, 2L, 24E

Électrophorèse plasmides digérés et des non-digérés.
Toutes les souches n'ont pas le bon plasmide : les souches ont été étalées sur un milieu LB + amp.

Miniprep des clones avec CSgAB. Digestion des plasmides avec ECoRI. Envoi à GATC pour séquençage.









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