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document.write("<body><h2 class='section'><span class='section_label'>1</span> <a id='magicparlabel-1044' />Functionality</h2><div class='standard'><a id='magicparlabel-1420' />The AND-Gate takes a logical AND of phosphorelated OmpR and logical NOT YcgE. If INPUT1 is present tRNA is produced which is acetylated in another light-independent reaction. INPUT2 activates the transcription of T7RNA polymerase mRNA. The T7ptag gene that is used in this AND-Gate has two amber mutations. Thus only if both acetylated tRNA and the T7RNAP mRNA are present the mRNA can be translated into the protein.</div><h2 class='section'><span class='section_label'>2</span> <a id='magicparlabel-1416' />Equations</h2><div class='standard'><a id='magicparlabel-1045' /><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mtable>  <mtr>    <mtd>    <mrow><mi>t</mi><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi>    </mrow>    </mtd>    <mtd>    <msub>      <mrow>      <mover>        <mrow><mi>x</mi>        </mrow><mo stretchy='true'>&dot;</mo>      </mover>      </mrow>      <mrow><mn>1</mn>      </mrow>    </msub>    </mtd>    <mtd><mo>=</mo>    </mtd>    <mtd>    <mrow>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow><mi>t</mi>      </mrow>      </msub>      <mfrac>      <mrow>        <msup>        <mrow><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo>          <mfrac>          <mrow>            <mrow><mi>O</mi><mi>m</mi><mi>p</mi><mi>R</mi><mo>-</mo><mi>P</mi>        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class='plain_layout'><a id='magicparlabel-4483' />Name</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-4484' />Source</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-4485' /><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>k</mi>  </mrow>  <mrow><mi>t</mi>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-4486' /><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>46.67</mn>  </mrow>  <mrow><mn>60</mn>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-4487' /><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow>    <mrow><mi>n</mi><mi>M</mi>    </mrow>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-4488' />max transcription rate tRNA</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-4489' />PKU Beijing 2009</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-4490' /><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>k</mi>  </mrow>  <mrow><mi>a</mi>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6171' /><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>0.08</mn>  </mrow>  <mrow><mn>60</mn>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-5659' /><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-4493' />synthesis rate Aa-tRNA</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6724' />PKU Beijing 2009</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-4495' /><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>k</mi>  </mrow>  <mrow>    <mrow><mn>7</mn><mi>p</mi>    </mrow>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6175' /><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1.5625</mn>  </mrow>  <mrow><mn>60</mn>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6148' /><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow>    <mrow><mi>n</mi><mi>M</mi>    </mrow>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-4498' />max transcription rate T7RNAP</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6728' />PKU Beijing 2009</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-4500' /><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>k</mi>  </mrow>  <mrow>    <mrow><mn>7</mn><mi>m</mi>    </mrow>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6179' /><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow>    <mrow><mn>268</mn><mo>*</mo><mn>0.05</mn>    </mrow>  </mrow>  <mrow><mn>60</mn>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-5663' /><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6613' />max translateion rate T7RNAP</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6732' />PKU Beijing 2009</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-4505' /><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>k</mi>  </mrow>  <mrow><mi>S</mi>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-4506' />0.3</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-4507' /><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow>    <mrow><mi>n</mi><mi>M</mi>    </mrow>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-4508' />AND Gate rate</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6736' />PKU Beijing 2009</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-4510' /><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi> &gamma; </mi>  </mrow>  <mrow><mn>0</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-4511' />1</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-4512' />-</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-4513' />threshold Aa-tRNA</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-4514' />guessed</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-4515' /><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi> &gamma; </mi>  </mrow>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6183' /><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow>    <mrow><mn>60</mn><mo>*</mo><mn>60</mn>    </mrow>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-5628' /><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-4518' />degradation of tRNA</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6740' />PKU Beijing 2009</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-4520' /><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi> &gamma; </mi>  </mrow>  <mrow><mn>2</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6187' /><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow>    <mrow><mn>40</mn><mo>*</mo><mn>60</mn>    </mrow>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-5624' /><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-4523' />degradation of Aa-tRNA</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6744' />PKU Beijing 2009</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6401' /><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi> &gamma; </mi>  </mrow>  <mrow><mn>3</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6402' /><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow>    <mrow><mn>4.4</mn><mo>*</mo><mn>60</mn>    </mrow>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6403' /><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6404' />degradation of T7RNAP mRNA</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6748' />PKU Beijing 2009</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6406' /><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi> &gamma; </mi>  </mrow>  <mrow><mn>4</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6407' /><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>46.67</mn>  </mrow>  <mrow>    <mrow><mn>40</mn><mo>*</mo><mn>60</mn>    </mrow>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6408' /><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6409' />degradation of T7RNAP</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6775' />PKU Beijing 2009</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6411' /><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mrow><mi>K</mi><mn>1</mn>  </mrow> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6412' />5</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6413' />nM</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6414' />response param. OmpR-P,tRNA</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6415' />guessed</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6416' /><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mrow><mi>K</mi><mn>3</mn>  </mrow> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6417' />600</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6418' />nM</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6419' />response param. YcgE,T7RNAP</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6420' />guessed</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6421' /><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mrow><mi>K</mi><mn>5</mn>  </mrow> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6422' /><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow>    <mrow><mi>k</mi><mn>7</mn><mi>p</mi>    </mrow>  </mrow>  <mrow>    <mrow><mn>4</mn><mo>*</mo><mi>g</mi><mi>a</mi><mi>m</mi><mi>m</mi><mi>a</mi>    </mrow>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6423' />nM</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6424' />response param T7RNAP,lacZ</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6425' />guessed</div></td></tr></tbody></table></div><h2 class='section'><span class='section_label'>4</span> <a id='magicparlabel-1462' />Reference</h2><div class='standard'><a id='magicparlabel-1480' />The model for our AND-Gate is based on the model of the iGEM team PKU Beijing 2009 for their AND-Gate1. We modified the equations such that the change in tRNA and Aa-tRNA does not include the degradation of the mRNA which caused negativity of some concentrations in our model.</div>");
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document.write("<body><h2 class='section'><span class='section_label'>1</span> <a id='magicparlabel-1044' ></a>Functionality</h2><div class='standard'><a id='magicparlabel-1420' ></a>The AND-Gate takes a logical AND of phosphorelated OmpR and logical NOT YcgE. If INPUT1 is present tRNA is produced which is acetylated in another light-independent reaction. INPUT2 activates the transcription of T7RNA polymerase mRNA. The T7ptag gene that is used in this AND-Gate has two amber mutations. Thus only if both acetylated tRNA and the T7RNAP mRNA are present the mRNA can be translated into the protein.</div><h2 class='section'><span class='section_label'>2</span> <a id='magicparlabel-1416' ></a>Equations</h2><div class='standard'><a id='magicparlabel-1045' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mtable>  <mtr>    <mtd>    <mrow><mi>t</mi><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi>    </mrow>    </mtd>    <mtd>    <msub>      <mrow>      <mover>        <mrow><mi>x</mi>        </mrow><mo stretchy='true'>&dot;</mo>      </mover>      </mrow>      <mrow><mn>1</mn>      </mrow>    </msub>    </mtd>    <mtd><mo>=</mo>    </mtd>    <mtd>    <mrow>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow><mi>t</mi>      </mrow>      </msub>      <mfrac>      <mrow>        <msup>        <mrow><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo>          <mfrac>          <mrow>            <mrow><mi>O</mi><mi>m</mi><mi>p</mi><mi>R</mi><mo>-</mo><mi>P</mi>  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align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-4508' ></a>AND Gate rate</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6736' ></a>PKU Beijing 2009</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-4510' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi> &gamma; </mi>  </mrow>  <mrow><mn>0</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-4511' ></a>1</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-4512' ></a>-</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-4513' ></a>threshold Aa-tRNA</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-4514' ></a>guessed</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-4515' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi> &gamma; </mi>  </mrow>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6183' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow>    <mrow><mn>60</mn><mo>*</mo><mn>60</mn>    </mrow>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-5628' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-4518' ></a>degradation of tRNA</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6740' ></a>PKU Beijing 2009</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-4520' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi> &gamma; </mi>  </mrow>  <mrow><mn>2</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6187' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow>    <mrow><mn>40</mn><mo>*</mo><mn>60</mn>    </mrow>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-5624' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-4523' ></a>degradation of Aa-tRNA</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6744' ></a>PKU Beijing 2009</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6401' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi> &gamma; </mi>  </mrow>  <mrow><mn>3</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6402' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow>    <mrow><mn>4.4</mn><mo>*</mo><mn>60</mn>    </mrow>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6403' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6404' ></a>degradation of T7RNAP mRNA</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6748' ></a>PKU Beijing 2009</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6406' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi> &gamma; </mi>  </mrow>  <mrow><mn>4</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6407' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>46.67</mn>  </mrow>  <mrow>    <mrow><mn>40</mn><mo>*</mo><mn>60</mn>    </mrow>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6408' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6409' ></a>degradation of T7RNAP</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6775' ></a>PKU Beijing 2009</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6411' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mrow><mi>K</mi><mn>1</mn>  </mrow> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6412' ></a>5</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6413' ></a>nM</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6414' ></a>response param. OmpR-P,tRNA</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6415' ></a>guessed</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6416' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mrow><mi>K</mi><mn>3</mn>  </mrow> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6417' ></a>600</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6418' ></a>nM</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6419' ></a>response param. YcgE,T7RNAP</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6420' ></a>guessed</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6421' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mrow><mi>K</mi><mn>5</mn>  </mrow> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6422' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow>    <mrow><mi>k</mi><mn>7</mn><mi>p</mi>    </mrow>  </mrow>  <mrow>    <mrow><mn>4</mn><mo>*</mo><mi>g</mi><mi>a</mi><mi>m</mi><mi>m</mi><mi>a</mi>    </mrow>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6423' ></a>nM</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6424' ></a>response param T7RNAP,lacZ</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-6425' ></a>guessed</div></td></tr></tbody></table></div><h2 class='section'><span class='section_label'>4</span> <a id='magicparlabel-1462' ></a>Reference</h2><div class='standard'><a id='magicparlabel-1480' ></a>The model for our AND-Gate is based on the model of the iGEM team PKU Beijing 2009 for their AND-Gate1. We modified the equations such that the change in tRNA and Aa-tRNA does not include the degradation of the mRNA which caused negativity of some concentrations in our model.</div>");

Revision as of 12:53, 10 September 2011

document.write("<body>

Contents

1 <a id='magicparlabel-1044' ></a>Functionality

<a id='magicparlabel-1420' ></a>The AND-Gate takes a logical AND of phosphorelated OmpR and logical NOT YcgE. If INPUT1 is present tRNA is produced which is acetylated in another light-independent reaction. INPUT2 activates the transcription of T7RNA polymerase mRNA. The T7ptag gene that is used in this AND-Gate has two amber mutations. Thus only if both acetylated tRNA and the T7RNAP mRNA are present the mRNA can be translated into the protein.

2 <a id='magicparlabel-1416' ></a>Equations

<a id='magicparlabel-1045' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mtable> <mtr> <mtd> <mrow><mi>t</mi><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi> </mrow> </mtd> <mtd> <msub> <mrow> <mover> <mrow><mi>x</mi> </mrow><mo stretchy='true'>&dot;</mo> </mover> </mrow> <mrow><mn>1</mn> </mrow> </msub> </mtd> <mtd><mo>=</mo> </mtd> <mtd> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow><mi>t</mi> </mrow> </msub> <mfrac> <mrow> <msup> <mrow><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo> <mfrac> <mrow> <mrow><mi>O</mi><mi>m</mi><mi>p</mi><mi>R</mi><mo>-</mo><mi>P</mi> </mrow> </mrow> <mrow> <mrow><mi>K</mi><mn>1</mn> </mrow> </mrow> </mfrac><mo form='postfix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>)</mo> </mrow> <mrow><mn>2</mn> </mrow> </msup> </mrow> <mrow> <msup> <mrow><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo> <mrow><mn>1</mn><mo>+</mo> <mfrac> <mrow> <mrow><mi>O</mi><mi>m</mi><mi>p</mi><mi>R</mi><mo>-</mo><mi>P</mi> </mrow> 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<mrow> <mrow><mn>7</mn><mi>m</mi> </mrow> </mrow> </msub> </mrow> </mfrac><mo form='postfix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>)</mo> <msup> <mrow><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo> <mfrac> <mrow> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>1</mn> </mrow> </msub> </mrow> <mrow> <mrow> <msub> <mrow><mi> γ </mi> </mrow> <mrow><mn>0</mn> </mrow> </msub><mo>+</mo> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>1</mn> </mrow> </msub> </mrow> </mrow> </mfrac><mo form='postfix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>)</mo> </mrow> <mrow><mn>2</mn> </mrow> </msup> </mrow> </mtd> </mtr> <mtr> <mtd> <mrow><mi>A</mi><mi>a</mi><mo>-</mo><mi>t</mi><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi> </mrow> </mtd> <mtd> <msub> <mrow> <mover> <mrow><mi>x</mi> </mrow><mo stretchy='true'>&dot;</mo> </mover> </mrow> <mrow><mn>2</mn> </mrow> </msub> </mtd> <mtd><mo>=</mo> </mtd> <mtd> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow><mi>a</mi> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>1</mn> </mrow> </msub><mo>-</mo><mn>2</mn> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mn>7</mn><mi>p</mi> </mrow> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>3</mn> </mrow> </msub><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo> <mfrac> <mrow> <msub> <mrow><mi> γ </mi> </mrow> <mrow><mn>3</mn> </mrow> </msub> </mrow> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mn>7</mn><mi>m</mi> </mrow> </mrow> </msub> </mrow> </mfrac><mo form='postfix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>)</mo> <msup> <mrow><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo> <mfrac> <mrow> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>1</mn> </mrow> </msub> </mrow> <mrow> <mrow> <msub> <mrow><mi> γ </mi> </mrow> <mrow><mn>0</mn> </mrow> </msub><mo>+</mo> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>1</mn> </mrow> </msub> </mrow> </mrow> </mfrac><mo form='postfix' fence='true' stretchy='true' 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3 <a id='magicparlabel-1046' ></a>Parameters

<a id='magicparlabel-4165' ></a><tbody></tbody>
<a id='magicparlabel-4480' ></a>Parameter
<a id='magicparlabel-4481' ></a>Value
<a id='magicparlabel-4482' ></a>Unit
<a id='magicparlabel-4483' ></a>Name
<a id='magicparlabel-4484' ></a>Source
<a id='magicparlabel-4485' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow><mi>t</mi> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-4486' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>46.67</mn> </mrow> <mrow><mn>60</mn> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-4487' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow> <mrow><mi>n</mi><mi>M</mi> </mrow> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-4488' ></a>max transcription rate tRNA
<a id='magicparlabel-4489' ></a>PKU Beijing 2009
<a id='magicparlabel-4490' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow><mi>a</mi> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-6171' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>0.08</mn> </mrow> <mrow><mn>60</mn> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-5659' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-4493' ></a>synthesis rate Aa-tRNA
<a id='magicparlabel-6724' ></a>PKU Beijing 2009
<a id='magicparlabel-4495' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mn>7</mn><mi>p</mi> </mrow> </mrow> </msub> </mrow></math>
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<a id='magicparlabel-4498' ></a>max transcription rate T7RNAP
<a id='magicparlabel-6728' ></a>PKU Beijing 2009
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<a id='magicparlabel-6613' ></a>max translateion rate T7RNAP
<a id='magicparlabel-6732' ></a>PKU Beijing 2009
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<a id='magicparlabel-4506' ></a>0.3
<a id='magicparlabel-4507' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow> <mrow><mi>n</mi><mi>M</mi> </mrow> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-4508' ></a>AND Gate rate
<a id='magicparlabel-6736' ></a>PKU Beijing 2009
<a id='magicparlabel-4510' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi> γ </mi> </mrow> <mrow><mn>0</mn> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-4511' ></a>1
<a id='magicparlabel-4512' ></a>-
<a id='magicparlabel-4513' ></a>threshold Aa-tRNA
<a id='magicparlabel-4514' ></a>guessed
<a id='magicparlabel-4515' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi> γ </mi> </mrow> <mrow><mn>1</mn> </mrow> </msub> </mrow></math>
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<a id='magicparlabel-4518' ></a>degradation of tRNA
<a id='magicparlabel-6740' ></a>PKU Beijing 2009
<a id='magicparlabel-4520' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi> γ </mi> </mrow> <mrow><mn>2</mn> </mrow> </msub> </mrow></math>
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<a id='magicparlabel-4523' ></a>degradation of Aa-tRNA
<a id='magicparlabel-6744' ></a>PKU Beijing 2009
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<a id='magicparlabel-6403' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-6404' ></a>degradation of T7RNAP mRNA
<a id='magicparlabel-6748' ></a>PKU Beijing 2009
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<a id='magicparlabel-6407' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>46.67</mn> </mrow> <mrow> <mrow><mn>40</mn><mo>*</mo><mn>60</mn> </mrow> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-6408' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-6409' ></a>degradation of T7RNAP
<a id='magicparlabel-6775' ></a>PKU Beijing 2009
<a id='magicparlabel-6411' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mrow><mi>K</mi><mn>1</mn> </mrow> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-6412' ></a>5
<a id='magicparlabel-6413' ></a>nM
<a id='magicparlabel-6414' ></a>response param. OmpR-P,tRNA
<a id='magicparlabel-6415' ></a>guessed
<a id='magicparlabel-6416' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mrow><mi>K</mi><mn>3</mn> </mrow> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-6417' ></a>600
<a id='magicparlabel-6418' ></a>nM
<a id='magicparlabel-6419' ></a>response param. YcgE,T7RNAP
<a id='magicparlabel-6420' ></a>guessed
<a id='magicparlabel-6421' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mrow><mi>K</mi><mn>5</mn> </mrow> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-6422' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow> <mrow><mi>k</mi><mn>7</mn><mi>p</mi> </mrow> </mrow> <mrow> <mrow><mn>4</mn><mo>*</mo><mi>g</mi><mi>a</mi><mi>m</mi><mi>m</mi><mi>a</mi> </mrow> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-6423' ></a>nM
<a id='magicparlabel-6424' ></a>response param T7RNAP,lacZ
<a id='magicparlabel-6425' ></a>guessed

4 <a id='magicparlabel-1462' ></a>Reference

<a id='magicparlabel-1480' ></a>The model for our AND-Gate is based on the model of the iGEM team PKU Beijing 2009 for their AND-Gate1. We modified the equations such that the change in tRNA and Aa-tRNA does not include the degradation of the mRNA which caused negativity of some concentrations in our model.
");
Retrieved from "http://2011.igem.org/Team:TU_Munich/model/andgatedata"