Team:TzuChiU Formosa/Notebook/photopaper

From 2011.igem.org

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==='''2011.09.21'''===
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'''Digestion of DNA'''
'''Digestion of DNA'''
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acsAB/ XbaⅠ+SpeⅠ
+
<br>[acsAB/ XbaⅠ+SpeⅠ]
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DNA 10μl
+
<br>DNA　　　　　　　　　　　10μl
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10×buffer 5μl
+
<br>10×buffer　　　　　　　　5μl
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BSA 5μl
+
<br>BSA　　　　　　　　　　　5μl
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EcoRⅠ 1μl
+
<br>EcoRⅠ　　　　　　　　　　1μl
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pstⅠ 1μl
+
<br>pstⅠ　　　　　　　　　　　1μl
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ddH2O 28μl
+
<br>ddH2O　　　　　　　　　　28μl
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                                                  （＋
+
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+
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                                        50μl
+
total　　　　　　　　　　　　　50μl
-
→37℃ for 16 hr
+
<br>→37℃ for 16 hr
'''Digestion of DNA'''
'''Digestion of DNA'''
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                                         50μl
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→37℃ for 16 hr
→37℃ for 16 hr
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==='''2011.09.22'''===
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'''Ligation of DNA'''
'''Ligation of DNA'''
PSB1C3-acsAB
PSB1C3-acsAB
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______________________________________________________
                                         20μl
                                         20μl
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+
 
==='''2011.09.23'''===
==='''2011.09.23'''===
-
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+
 
'''PCR'''
'''PCR'''
PR0011 promoter                        1μl
PR0011 promoter                        1μl
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______________________________________________________
______________________________________________________
                                         20μl
                                         20μl
-
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==='''2011.09.24'''===
==='''2011.09.24'''===
-
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+
 
'''Transformation of DNA'''
'''Transformation of DNA'''
PSB1C3-acsAB
PSB1C3-acsAB
Line 335: Line 334:
Transform into E.coli
Transform into E.coli
LB+Ampicillin+CHLORAMPHENICOL
LB+Ampicillin+CHLORAMPHENICOL
-
</pre>
+
 
==='''2011.09.24'''===
==='''2011.09.24'''===
-
<pre>
+
 
'''Ligation of DNA'''
'''Ligation of DNA'''
PSB1C3-promoter
PSB1C3-promoter
Line 350: Line 349:
______________________________________________________
______________________________________________________
                                         20μl
                                         20μl
-
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Revision as of 19:17, 2 October 2011

Contents

Photopaper

Meeting Notes

2011.02.24

Discussion:

  • Team organization
    caption
  • Brain storming
    • paper made by bacteria with add-ons such as colors, fragrance, etc.
    • "light up" the plants for replacing lamp posts.


2011.03.04

Discussion:

  • Team advisory
  • Brain storming
    • Add-ons: colorful cellulose which produced by bacteria such as beta-carotene
    • information exchange with iGEM 2009 Cambridge team


2011.03.14

Discussion:

  • Task Allocation
  • Brain storming
    • Avatar - "light up" the plants by transfecting symbiotic bacteria which cloned into fluorescence gene
    • Eco-friendly warmer - biotic thermal pad


2011.03.23

Discussion:

    • Project : paperia
    • Option 1 : Culture bacteria which has pigment gene
    • Option 2 : Cellulose-producing bacteria secrete pigment into the medium


2011.03.24

Discussion:

  • Exp. procedure:
    • cloning of cellulose gene’s CDS
    • the product should operate within E. coli.


2011.06.22

Discussion:

  • Due to some unforseen reason, the team decided to change their project.
  • New project: Biojenny

　　　　　　　　　-economical and humane way to produce paper in large quantities.
　　　　　　　　　-yeast to be our host

2011.07.01

Discussion:

  • Freeze > grin > genome DNA isolation > Cloning = silk protein gene


2011.07.09

Discussion:

  • the connections between 3 silk proteins : Fibl Fibh P25
  • major proteins : H-chain, L-chain, P25


2011.07.15

Discussion:

  • Due to limited resources and techniques required, the team decided to switch back to the previous project. Paper making !
  • However it would be modified to be more innovative and creative.


2011.07.18

Discussion:

  • Latest project : Photo paper
  • cyanobacteria is designed as the host, cellulose made up of the glucose produced by cyanobacteria could be one of the main attraction of the project.


2011.07.23

Discussion:

  • system modification to overcome the problems arises during preliminary round
  • Biobricks from Tokyo 2010 team will be utilized
    • regulator promoter in order to regulate the secretion of cellulose to solve the aggregation of the bacteria


2011.09.15

Genome miniprep
Gluconacetobacter hansenii


2011.09.18

Gel/PCR DNA extraction
Gluconacetobacter hansenii


Protocols

2011.09.07

caption

Rhodobacter rudrum medium
K2HPO4　　　　　　　　　　　　1g
NaCl　　　　　　　　　　　　　0.5g
FeSO4．7H2O　　　　　　　　　0.01g
CaCl2　　　　　　　　　　　　　0.02g
MnCl2．4H2O　　　　　　　　　0.002g
MgSO4．7H2O　　　　　　　　　0.2g
NaMO2O4．2H2O　　　　　　　　0.01g
ddH2O　　　　　　　　　　　　　998.258 ml
________________________________________
　　　　　　　　　　　　　　　　1L　→take100ml

　　　　　　　　　　＋　


Yeast Extrat　　　　　　　　　　　　　　0.5g
Sodium malate
(Sodium succinate dibasic hexohydrate)　　5g
NH4Cl　　　　　　　　　　　　　　　　　1g
ddH2O　　　　　　　　　　　　　　　　　893.5ml
_________________________________________________
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　1L


Raise E. coli(PSB1C3)

1.50ml LB+500μl CHLORAMPHENICOL
2.37℃, overnight (14-16hrs)


2011.09.08-13


Plasmid miniprep kit
PSB1C3 plasmid

Raise Rhodobacter rubrum
1.50ml LB+500μl CHLORAMPHENICOL
2.37℃, overnight (14-16hrs)


2011.09.09

Raise Gluconacetobacter hansenii
1.50ml LB+500μl CHLORAMPHENICOL
2.37℃, overnight (14-16hrs)

2011.09.10-11


Digestion check of DNA
[PSB1C3/EcoRI]
DNA　　　　　　　　　　　500ng
10×buffer　　　　　　　5μl
BSA　　　　　　　　　　　5μl
EcoRⅠ　　　　　　　　　　1μl
ddH2O　　　　　　　　　29μl
_______________________________
total　　　　　　　　　　50μl


[PSB1C3/pstⅠ]
DNA　　　　　　　　　　　500ng
10×buffer　　　　　　　　　　5μl
BSA　　　　　　　　　　　　　5μl
pstⅠ　　　　　　　　　　　　　1μl
ddH2O　　　　　　　　　　　29μl
_________________________________
total　　　　　　　　　　　　50μl

[PSB1C3/EcoRⅠ+pstⅠ]
DNA　　　　　　　　　　　　　　500ng
10×buffer　　　　　　　　　　　　5μl
BSA　　　　　　　　　　　　　5μl
EcoRⅠ　　　　　　　　　　　　1μl
pstⅠ　　　　　　　　　　　　　1μl
ddH2O　　　　　　　　　　　　28μl
__________________________________
　　　　　　　　　　　　　　　　 total　　　　　　　　　　　　　50μl
→37℃ for 30 mins


Digestion of DNA
[PSB1C3/EcoRⅠ+pstⅠ]
DNA　　　　　　　　　　　　　　　10μl
10×buffer　　　　　　　　　　　　5μl
BSA　　　　　　　　　　　　　　　5μl
EcoRⅠ　　　　　　　　　　　　　　1μl
pstⅠ　　　　　　　　　　　　　　　1μl
ddH2O　　　　　　　　　　　　　　28μl
____________________________________
total 　　　　　　　　　　　　　50μl
→37℃ for 2 hrs
electroelution Purification
PSB1C3 backbone

2011.09.14-24

PCR

caption

template DNA　　　1μl
5×Buffer　　　　　4μl
2.5μM dNTP　　　　1.6μl
10μM F　　　　　　1μl
10μM R　　　　　　1μl
Taq　　　　　　　　0.2μl
ddH2O　　　　　　8.8μl
_______________________________
total　　　　　　　20μl


2011.09.21

Digestion of DNA
[acsAB/ XbaⅠ+SpeⅠ]
DNA　　　　　　　　　　　10μl
10×buffer　　　　　　　　5μl
BSA　　　　　　　　　　　5μl
EcoRⅠ　　　　　　　　　　1μl
pstⅠ　　　　　　　　　　　1μl
ddH2O　　　　　　　　　　28μl
____________________________
total　　　　　　　　　　　　　50μl
→37℃ for 16 hr

Digestion of DNA acsCD/ XbaⅠ+SpeⅠ DNA 10μl 10×buffer 5μl BSA 5μl EcoRⅠ 1μl pstⅠ 1μl ddH2O 28μl 

                                                 （＋

______________________________________________________ 

                                       50μl

→37℃ for 16 hr


2011.09.22

Ligation of DNA PSB1C3-acsAB Vector 3μl Insert 14μl ligase buffer 2μl ligase 1μl ddH2O -μl 

                                                 （＋

______________________________________________________ 

                                       20μl

Ligation of DNA PSB1A3-acsCD Vector 3μl Insert 14μl ligase buffer 2μl ligase 1μl ddH2O -μl 

                                                （＋

______________________________________________________ 

                                       20μl


2011.09.23

PCR PR0011 promoter 1μl 5×Buffer 4μl 2.5μM dNTP 1.6μl Taq 0.2μl ddH2O 13.2μl 

                                                 （＋

______________________________________________________ 

                                       20μl


2011.09.24

Transformation of DNA PSB1C3-acsAB Transform into E.coli LB+CHLORAMPHENICOL

Transformation of DNA PSB1A3-acsCD Transform into E.coli LB+Ampicillin

Transformation of DNA PSB1C3-acsAB PSB1A3-acsCD Transform into E.coli LB+Ampicillin+CHLORAMPHENICOL


2011.09.24

Ligation of DNA PSB1C3-promoter Vector 3μl Insert 14μl ligase buffer 2μl ligase 1μl ddH2O -μl 

                                                 （＋

______________________________________________________ 

                                       20μl
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