Team:TU Munich/model/combineddata

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<thead></thead><tbody></tbody>
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<a id='magicparlabel-219318' ></a>Name
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<a id='magicparlabel-219328' ></a>EnvZ dephospholeration rate
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<a id='magicparlabel-219343' ></a>binding rate EnvZ & OmpR-P
<a id='magicparlabel-219344' ></a>Sal
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<a id='magicparlabel-219348' ></a>unbinding rate EnvZ.OmpR-P
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<a id='magicparlabel-219353' ></a>binding rate EnvZ & OmpR
<a id='magicparlabel-219354' ></a>Sal
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<a id='magicparlabel-219356' ></a>5
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<a id='magicparlabel-219358' ></a>unbinding rate EnvZ.OmpR
<a id='magicparlabel-219359' ></a>Sal
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<a id='magicparlabel-219363' ></a>dephosphorelation rate EnvZ.OmpR-P
<a id='magicparlabel-219364' ></a>Sal
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<a id='magicparlabel-219366' ></a>1.5
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<a id='magicparlabel-219368' ></a>phosphotransfer rate
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<a id='magicparlabel-219373' ></a>max transcription rate tRNA
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<a id='magicparlabel-219378' ></a>max transcription rate tRNA
<a id='magicparlabel-219379' ></a>KU Leuven 2009
<a id='magicparlabel-219380' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow><mn>3</mn> </mrow> </msub> </mrow></math>
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<a id='magicparlabel-219383' ></a>max translation rate T7RNAP
<a id='magicparlabel-219384' ></a>KU Leuven 2009
<a id='magicparlabel-219385' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow><mn>4</mn> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-219386' ></a>0.167
<a id='magicparlabel-219387' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-219388' ></a>max translation rate T7RNAP
<a id='magicparlabel-219389' ></a>KU Leuven 2009
<a id='magicparlabel-219390' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>d</mi><mi>i</mi><mi>m</mi> </mrow> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-219391' ></a>0.008
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<a id='magicparlabel-219393' ></a>dimerization rate YcgF
<a id='magicparlabel-219394' ></a>KU Leuven 2009
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<a id='magicparlabel-219396' ></a>0.0058
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<a id='magicparlabel-219398' ></a>dissociation rate YcgF dimer
<a id='magicparlabel-219399' ></a>KU Leuven 2009
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<a id='magicparlabel-219401' ></a>100
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<a id='magicparlabel-219403' ></a>binding rate YcgF dimer to YcgE
<a id='magicparlabel-219404' ></a>KU Leuven 2009
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<a id='magicparlabel-219406' ></a>1
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<a id='magicparlabel-219408' ></a>unbinding rate YcgF.YcgE
<a id='magicparlabel-219409' ></a>KU Leuven 2009
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<a id='magicparlabel-219411' ></a>2.3105e-3
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<a id='magicparlabel-219413' ></a>degradation mRNA YcgE/YcgF
<a id='magicparlabel-219414' ></a>KU Leuven 2009
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<a id='magicparlabel-219416' ></a>1.9254e-5
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<a id='magicparlabel-219418' ></a>degradation rate Protein YcgE/YcgF
<a id='magicparlabel-219419' ></a>KU Leuven 2009
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<a id='magicparlabel-219423' ></a>max transcription rate tRNA
<a id='magicparlabel-219424' ></a>PKU Beijing 2009
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<a id='magicparlabel-219428' ></a>synthesis rate Aa-tRNA
<a id='magicparlabel-219429' ></a>PKU Beijing 2009
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<a id='magicparlabel-219433' ></a>max transcription rate T7RNAP
<a id='magicparlabel-219434' ></a>PKU Beijing 2009
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<a id='magicparlabel-219438' ></a>max translation rate T7RNAP
<a id='magicparlabel-219439' ></a>PKU Beijing 2009
<a id='magicparlabel-219440' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow><mi>S</mi> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-219441' ></a>0.3
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<a id='magicparlabel-219443' ></a>AND Gate rate
<a id='magicparlabel-219444' ></a>PKU Beijing 2009
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<a id='magicparlabel-219446' ></a>1
<a id='magicparlabel-219447' ></a>-
<a id='magicparlabel-219448' ></a>threshold Aa-tRNA
<a id='magicparlabel-219449' ></a>guessed
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<a id='magicparlabel-219453' ></a>degradation of tRNA
<a id='magicparlabel-219454' ></a>PKU Beijing 2009
<a id='magicparlabel-219455' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi> γ </mi> </mrow> <mrow><mn>2</mn> </mrow> </msub> </mrow></math>
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<a id='magicparlabel-219458' ></a>degradation of Aa-tRNA
<a id='magicparlabel-219459' ></a>PKU Beijing 2009
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<a id='magicparlabel-219463' ></a>degradation of T7RNAP mRNA
<a id='magicparlabel-219464' ></a>PKU Beijing 2009
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<a id='magicparlabel-219466' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>46.67</mn> </mrow> <mrow> <mrow><mn>40</mn><mo>*</mo><mn>60</mn> </mrow> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-219467' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-219468' ></a>degradation of T7RNAP
<a id='magicparlabel-219469' ></a>PKU Beijing 2009
<a id='magicparlabel-219470' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mrow><mi>K</mi><mn>1</mn> </mrow> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-219471' ></a>5
<a id='magicparlabel-219472' ></a>nM
<a id='magicparlabel-219473' ></a>response param. OmpR-P,tRNA
<a id='magicparlabel-219474' ></a>guessed
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<a id='magicparlabel-219476' ></a>600
<a id='magicparlabel-219477' ></a>nM
<a id='magicparlabel-219478' ></a>response param. YcgE,T7RNAP
<a id='magicparlabel-219479' ></a>guessed
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<a id='magicparlabel-219482' ></a>nM
<a id='magicparlabel-219483' ></a>response param T7RNAP,lacZ
<a id='magicparlabel-219484' ></a>guessed
<a id='magicparlabel-219485' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi> α </mi> </mrow> <mrow><mi>M</mi> </mrow> </msub> </mrow></math>
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<a id='magicparlabel-219487' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow> <mrow><mi>n</mi><mi>M</mi> </mrow> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-219488' ></a>max transcription rate lacZ
<a id='magicparlabel-219489' ></a>Chaos Lac
<a id='magicparlabel-219490' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi> α </mi> </mrow> <mrow><mi>B</mi> </mrow> </msub> </mrow></math>
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<a id='magicparlabel-219493' ></a>max translation rate lacZ
<a id='magicparlabel-219494' ></a>Chaos Lac
<a id='magicparlabel-219495' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi> α </mi> </mrow> <mrow><mi>A</mi> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-219496' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>20</mn> </mrow> <mrow><mn>60</mn> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-219497' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-219498' ></a>enzymatic reaction rate
<a id='magicparlabel-219499' ></a>Chaos Lac
<a id='magicparlabel-219500' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi> γ </mi> </mrow> <mrow><mi>M</mi> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-219501' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>0.411</mn> </mrow> <mrow><mn>60</mn> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-219502' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-219503' ></a>degradation lacZ mRNA
<a id='magicparlabel-219504' ></a>Chaos Lac
<a id='magicparlabel-219505' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi> γ </mi> </mrow> <mrow><mi>B</mi> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-219506' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow> <mrow><mn>8.331</mn><mi>e</mi><mo>-</mo><mn>4</mn> </mrow> </mrow> <mrow><mn>60</mn> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-219507' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-219508' ></a>degradation <math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow><mi> β </mi> </mrow></math>-Galactosidase
<a id='magicparlabel-219509' ></a>Chaos Lac

<a id='magicparlabel-86081' ></a>Initial Data

<a id='magicparlabel-225703' ></a>
<thead></thead><tbody></tbody>
<a id='magicparlabel-225619' ></a>Name
<a id='magicparlabel-225620' ></a>Variable
<a id='magicparlabel-225621' ></a>Initial Value
<a id='magicparlabel-225622' ></a>Comment
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<a id='magicparlabel-225624' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>1</mn> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-225625' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>3500</mn> </mrow> <mrow><mn>0.60221</mn> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-225626' ></a>3500 molecules per cell
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<a id='magicparlabel-225629' ></a>0
<a id='magicparlabel-225630' ></a>
<a id='magicparlabel-225631' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mrow><mi>E</mi><mi>n</mi><mi>v</mi><mi>Z</mi><mo>-</mo><mi>P</mi><mn>.</mn><mi>O</mi><mi>m</mi><mi>p</mi><mi>R</mi> </mrow> </mrow></math>
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<a id='magicparlabel-225633' ></a>0
<a id='magicparlabel-225634' ></a>
<a id='magicparlabel-225635' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mrow><mi>E</mi><mi>n</mi><mi>v</mi><mi>Z</mi><mn>.</mn><mi>O</mi><mi>m</mi><mi>p</mi><mi>R</mi><mo>-</mo><mi>P</mi> </mrow> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-225636' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>4</mn> </mrow> </msub> </mrow></math>
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<a id='magicparlabel-225638' ></a>
<a id='magicparlabel-225639' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mrow><mi>O</mi><mi>m</mi><mi>p</mi><mi>R</mi><mo>-</mo><mi>P</mi> </mrow> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-225640' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>5</mn> </mrow> </msub> </mrow></math>
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<a id='magicparlabel-225642' ></a>
<a id='magicparlabel-225643' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mrow><mi>O</mi><mi>m</mi><mi>p</mi><mi>R</mi> </mrow> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-225644' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>6</mn> </mrow> </msub> </mrow></math>
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<a id='magicparlabel-225646' ></a>100 molecules per cell
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<a id='magicparlabel-225649' ></a>0
<a id='magicparlabel-225650' ></a>
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<a id='magicparlabel-225654' ></a>steady state
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<a id='magicparlabel-225658' ></a>steady state
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<a id='magicparlabel-225666' ></a>steady state
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<a id='magicparlabel-225670' ></a>steady state
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<a id='magicparlabel-225701' ></a>0
<a id='magicparlabel-225702' ></a>

<a id='magicparlabel-67437' ></a>Analysis

<a id='magicparlabel-67438' ></a>TBD

<a id='magicparlabel-67439' ></a>Reference

<a id='magicparlabel-67440' ></a>The red light sensor was modeled according to the paper “Hysteretic and graded responses in bacterial two-component signal transduction”
<a id='magicparlabel-67441' ></a>The model for our AND-Gate is based on the model of the iGEM team PKU Beijing 2009 for their AND-Gate1. We modified the equations such that the change in tRNA and Aa-tRNA does not include the degradation of the mRNA which caused negativity of some concentrations in our model.
<a id='magicparlabel-67442' ></a>The Expression of lacZ is an adaption of the model given by “Dynamics and bistability in a reduced model of the lac operon”
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