Team:TU Munich/model/combineddata

From 2011.igem.org

(Difference between revisions)
 
(6 intermediate revisions not shown)
Line 1: Line 1:
-
document.write("<body><div class='standard'><a id='magicparlabel-3' ></a></div><div class='toc'><div class='tochead part'>Table of Contents</div><div class='lyxtoc-1'><a href='#magicparlabel-4' class='tocentry'>1 Model</a> <a href='#magicparlabel-4' class='tocarrow'>&gt;</a></div><div class='lyxtoc-1'><a href='#magicparlabel-6' class='tocentry'>2 Equations</a> <a href='#magicparlabel-6' class='tocarrow'>&gt;</a></div><div class='lyxtoc-1'><a href='#magicparlabel-8' class='tocentry'>3 Parameters</a> <a href='#magicparlabel-8' class='tocarrow'>&gt;</a></div><div class='lyxtoc-1'><a href='#magicparlabel-996' class='tocentry'>4 Initial Data</a> <a href='#magicparlabel-996' class='tocarrow'>&gt;</a></div><div class='lyxtoc-1'><a href='#magicparlabel-1534' class='tocentry'>5 Simulation</a> <a href='#magicparlabel-1534' class='tocarrow'>&gt;</a></div><div class='lyxtoc-1'><a href='#magicparlabel-12443' class='tocentry'>6 conclusion</a> <a href='#magicparlabel-12443' class='tocarrow'>&gt;</a></div></div><h2 class='section'><span class='section_label'>1</span> <a id='magicparlabel-4' ></a>Model</h2><div class='standard'><a id='magicparlabel-5' ></a>This model combines the work previously done for the red light sensor, the blue light sensor and the AND-Gate. See the respective pages for more details</div><div class='standard'><a id='magicparlabel-3986' ></a><br ></a></div><div class='standard'><a id='magicparlabel-3295' ></a></div><div class='float float-figure'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-3298' ></a><img style='width:100%;' src='6_Users_schaluck_Desktop_igemmodel_completmodel.jpg' alt='image: 6_Users_schaluck_Desktop_igemmodel_completmodel.jpg' ></a></div><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-3299' ></a></div></div><div class='standard'><a id='magicparlabel-1884' ></a><br ></a></div><h2 class='section'><span class='section_label'>2</span> <a id='magicparlabel-6' ></a>Equations</h2><div class='standard'><a id='magicparlabel-7' ></a><math display='block' xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mtable>  <mtr>    <mtd>    <mrow><mi>E</mi><mi>n</mi><mi>v</mi><mi>Z</mi>    </mrow>    </mtd>    <mtd>    <msub>      <mrow>      <mover>        <mrow><mi>x</mi>        </mrow><mo stretchy='true'>&dot;</mo>      </mover>      </mrow>      <mrow><mn>1</mn>      </mrow>    </msub>    </mtd>    <mtd><mo>=</mo>    </mtd>    <mtd>    <mrow>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>a</mi><mi>d</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>2</mn>      </mrow>      </msub><mo>-</mo>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>a</mi><mi>p</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>1</mn>      </mrow>      </msub><mi>R</mi><mi>L</mi><mo>+</mo>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>d</mi><mn>2</mn>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>4</mn>      </mrow>      </msub><mo>-</mo>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>b</mi><mn>2</mn>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>5</mn>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>1</mn>      </mrow>      </msub><mo>-</mo>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>b</mi><mn>3</mn>        </mrow>      </mrow>      </msub><mo>*</mo>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>6</mn>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>1</mn>      </mrow>      </msub><mo>+</mo>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>d</mi><mn>3</mn>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>7</mn>      </mrow>      </msub>    </mrow>    </mtd>  </mtr>  <mtr>    <mtd>    <mrow><mi>E</mi><mi>n</mi><mi>v</mi><mi>Z</mi><mo>-</mo><mi>P</mi>    </mrow>    </mtd>    <mtd>    <msub>      <mrow>      <mover>        <mrow><mi>x</mi>        </mrow><mo stretchy='true'>&dot;</mo>      </mover>      </mrow>      <mrow><mn>2</mn>      </mrow>    </msub>    </mtd>    <mtd><mo>=</mo>    </mtd>    <mtd>    <mrow>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>a</mi><mi>p</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>1</mn>      </mrow>      </msub><mi>R</mi><mi>L</mi><mo>-</mo>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>a</mi><mi>d</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>2</mn>      </mrow>      </msub><mo>+</mo>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>d</mi><mn>1</mn>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>3</mn>      </mrow>      </msub><mo>-</mo>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>b</mi><mn>1</mn>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>6</mn>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>2</mn>      </mrow>      </msub>    </mrow>    </mtd>  </mtr>  <mtr>    <mtd>    <mrow><mi>E</mi><mi>n</mi><mi>v</mi><mi>Z</mi><mo>-</mo><mi>P</mi><mn>.</mn><mi>O</mi><mi>m</mi><mi>p</mi><mi>R</mi>    </mrow>    </mtd>    <mtd>    <msub>      <mrow>      <mover>        <mrow><mi>x</mi>        </mrow><mo stretchy='true'>&dot;</mo>      </mover>      </mrow>      <mrow><mn>3</mn>      </mrow>    </msub>    </mtd>    <mtd><mo>=</mo>    </mtd>    <mtd>    <mrow><mo>-</mo><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo>      <mrow>      <msub>        <mrow><mi>k</mi>        </mrow>        <mrow>        <mrow><mi>d</mi><mn>1</mn>        </mrow>        </mrow>      </msub><mo>+</mo>      <msub>        <mrow><mi>k</mi>        </mrow>        <mrow>        <mrow><mi>p</mi><mi>t</mi>        </mrow>        </mrow>      </msub>      </mrow><mo form='postfix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>)</mo>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>3</mn>      </mrow>      </msub><mo>+</mo>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>b</mi><mn>1</mn>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>6</mn>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>2</mn>      </mrow>      </msub>    </mrow>    </mtd>  </mtr>  <mtr>    <mtd>    <mrow><mi>E</mi><mi>n</mi><mi>v</mi><mi>Z</mi><mn>.</mn><mi>O</mi><mi>m</mi><mi>p</mi><mi>R</mi><mo>-</mo><mi>P</mi>    </mrow>    </mtd>    <mtd>    <msub>      <mrow>      <mover>        <mrow><mi>x</mi>        </mrow><mo stretchy='true'>&dot;</mo>      </mover>      </mrow>      <mrow><mn>4</mn>      </mrow>    </msub>    </mtd>    <mtd><mo>=</mo>    </mtd>    <mtd>    <mrow>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>p</mi><mi>t</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>3</mn>      </mrow>      </msub><mo>-</mo><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo>      <mrow>      <msub>        <mrow><mi>k</mi>        </mrow>        <mrow>        <mrow><mi>p</mi><mi>h</mi>        </mrow>        </mrow>      </msub><mo>+</mo>      <msub>        <mrow><mi>k</mi>        </mrow>        <mrow>        <mrow><mi>d</mi><mn>2</mn>        </mrow>        </mrow>      </msub>      </mrow><mo form='postfix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>)</mo>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>4</mn>      </mrow>      </msub><mo>+</mo>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>b</mi><mn>2</mn>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>5</mn>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>1</mn>      </mrow>      </msub>    </mrow>    </mtd>  </mtr>  <mtr>    <mtd>    <mrow><mi>O</mi><mi>m</mi><mi>p</mi><mi>R</mi><mo>-</mo><mi>P</mi>    </mrow>    </mtd>    <mtd>    <msub>      <mrow>      <mover>        <mrow><mi>x</mi>        </mrow><mo stretchy='true'>&dot;</mo>      </mover>      </mrow>      <mrow><mn>5</mn>      </mrow>    </msub>    </mtd>    <mtd><mo>=</mo>    </mtd>    <mtd>    <mrow>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>d</mi><mn>2</mn>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>4</mn>      </mrow>      </msub><mo>-</mo>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>b</mi><mn>2</mn>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>5</mn>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>1</mn>      </mrow>      </msub>    </mrow>    </mtd>  </mtr>  <mtr>    <mtd>    <mrow><mi>O</mi><mi>m</mi><mi>p</mi><mi>R</mi>    </mrow>    </mtd>    <mtd>    <msub>      <mrow>      <mover>        <mrow><mi>x</mi>        </mrow><mo stretchy='true'>&dot;</mo>      </mover>      </mrow>      <mrow><mn>6</mn>      </mrow>    </msub>    </mtd>    <mtd><mo>=</mo>    </mtd>    <mtd>    <mrow>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>d</mi><mn>1</mn>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>3</mn>      </mrow>      </msub><mo>+</mo>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>d</mi><mn>3</mn>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>7</mn>      </mrow>      </msub><mo>-</mo>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>b</mi><mn>3</mn>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>6</mn>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>1</mn>      </mrow>      </msub><mo>-</mo>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>b</mi><mn>1</mn>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>6</mn>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>2</mn>      </mrow>      </msub>    </mrow>    </mtd>  </mtr>  <mtr>    <mtd>    <mrow><mi>E</mi><mi>n</mi><mi>v</mi><mi>Z</mi><mn>.</mn><mi>O</mi><mi>m</mi><mi>p</mi><mi>R</mi>    </mrow>    </mtd>    <mtd>    <msub>      <mrow>      <mover>        <mrow><mi>x</mi>        </mrow><mo stretchy='true'>&dot;</mo>      </mover>      </mrow>      <mrow><mn>7</mn>      </mrow>    </msub>    </mtd>    <mtd><mo>=</mo>    </mtd>    <mtd>    <mrow>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>p</mi><mi>h</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>4</mn>      </mrow>      </msub><mo>-</mo>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>d</mi><mn>3</mn>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>7</mn>      </mrow>      </msub><mo>+</mo>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>b</mi><mn>3</mn>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>6</mn>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>1</mn>      </mrow>      </msub>    </mrow>    </mtd>  </mtr>  <mtr>    <mtd>    <mrow><mi>Y</mi><mi>c</mi><mi>g</mi>      <msub>      <mrow><mi>F</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>m</mi><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>    </mrow>    </mtd>    <mtd>    <msub>      <mrow>      <mover>        <mrow><mi>x</mi>        </mrow><mo stretchy='true'>&dot;</mo>      </mover>      </mrow>      <mrow><mn>8</mn>      </mrow>    </msub>    </mtd>    <mtd><mo>=</mo>    </mtd>    <mtd>    <mrow>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow><mn>1</mn>      </mrow>      </msub><mo>-</mo>      <msub>      <mrow><mi> &gamma; </mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>m</mi><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>8</mn>      </mrow>      </msub>    </mrow>    </mtd>  </mtr>  <mtr>    <mtd>    <mrow><mi>Y</mi><mi>c</mi><mi>g</mi>      <msub>      <mrow><mi>F</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>i</mi><mi>n</mi><mi>a</mi><mi>c</mi><mi>t</mi><mi>i</mi><mi>v</mi><mi>e</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>    </mrow>    </mtd>    <mtd>    <msub>      <mrow>      <mover>        <mrow><mi>x</mi>        </mrow><mo stretchy='true'>&dot;</mo>      </mover>      </mrow>      <mrow><mn>9</mn>      </mrow>    </msub>    </mtd>    <mtd><mo>=</mo>    </mtd>    <mtd>    <mrow>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow><mn>3</mn>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>8</mn>      </mrow>      </msub><mo>-</mo><mn>2</mn>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>d</mi><mi>i</mi><mi>m</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msubsup>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>9</mn>      </mrow>      <mrow><mn>2</mn>      </mrow>      </msubsup>      <mfrac>      <mrow>        <mrow><mi>B</mi>        <msup>          <mrow><mi>L</mi>          </mrow>          <mrow><mn>2</mn>          </mrow>        </msup>        </mrow>      </mrow>      <mrow>        <msup>        <mrow><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo>          <mrow>          <mfrac>            <mrow><mn>1</mn>            </mrow>            <mrow><mn>2</mn>            </mrow>          </mfrac><mo>+</mo><mi>B</mi><mi>L</mi>          </mrow><mo form='postfix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>)</mo>        </mrow>        <mrow><mn>2</mn>        </mrow>        </msup>      </mrow>      </mfrac><mo>+</mo><mn>2</mn>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>d</mi><mi>i</mi><mi>s</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>10</mn>      </mrow>      </msub><mo>-</mo>      <msub>      <mrow><mi> &gamma; </mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>P</mi><mi>r</mi><mi>o</mi><mi>t</mi><mi>e</mi><mi>i</mi><mi>n</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>9</mn>      </mrow>      </msub>    </mrow>    </mtd>  </mtr>  <mtr>    <mtd>    <mrow><mi>Y</mi><mi>c</mi><mi>g</mi>      <msub>      <mrow><mi>F</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>d</mi><mi>i</mi><mi>m</mi><mi>e</mi><mi>r</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>    </mrow>    </mtd>    <mtd>    <msub>      <mrow>      <mover>        <mrow><mi>x</mi>        </mrow><mo stretchy='true'>&dot;</mo>      </mover>      </mrow>      <mrow><mn>10</mn>      </mrow>    </msub>    </mtd>    <mtd><mo>=</mo>    </mtd>    <mtd>    <mrow><mn>2</mn>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>d</mi><mi>i</mi><mi>m</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msubsup>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>9</mn>      </mrow>      <mrow><mn>2</mn>      </mrow>      </msubsup>      <mfrac>      <mrow>        <mrow><mi>B</mi>        <msup>          <mrow><mi>L</mi>          </mrow>          <mrow><mn>2</mn>          </mrow>        </msup>        </mrow>      </mrow>      <mrow>        <msup>        <mrow><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo>          <mrow>          <mfrac>            <mrow><mn>1</mn>            </mrow>            <mrow><mn>2</mn>            </mrow>          </mfrac><mo>+</mo><mi>B</mi><mi>L</mi>          </mrow><mo form='postfix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>)</mo>        </mrow>        <mrow><mn>2</mn>        </mrow>        </msup>      </mrow>      </mfrac><mo>-</mo>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>b</mi><mi>i</mi><mi>n</mi><mi>d</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>10</mn>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>12</mn>      </mrow>      </msub><mo>-</mo>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>d</mi><mi>i</mi><mi>s</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>10</mn>      </mrow>      </msub><mo>+</mo>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>u</mi><mi>b</mi><mi>i</mi><mi>n</mi><mi>d</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>13</mn>      </mrow>      </msub><mo>-</mo>      <msub>      <mrow><mi> &gamma; </mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>P</mi><mi>r</mi><mi>o</mi><mi>t</mi><mi>e</mi><mi>i</mi><mi>n</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>10</mn>      </mrow>      </msub>    </mrow>    </mtd>  </mtr>  <mtr>    <mtd>    <mrow><mi>Y</mi><mi>c</mi><mi>g</mi>      <msub>      <mrow><mi>E</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>    </mrow>    </mtd>    <mtd>    <msub>      <mrow>      <mover>        <mrow><mi>x</mi>        </mrow><mo stretchy='true'>&dot;</mo>      </mover>      </mrow>      <mrow><mn>11</mn>      </mrow>    </msub>    </mtd>    <mtd><mo>=</mo>    </mtd>    <mtd>    <mrow>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow><mn>2</mn>      </mrow>      </msub><mo>-</mo>      <msub>      <mrow><mi> &gamma; </mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>m</mi><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>11</mn>      </mrow>      </msub>    </mrow>    </mtd>  </mtr>  <mtr>    <mtd>    <mrow><mi>Y</mi><mi>c</mi><mi>g</mi>      <msub>      <mrow><mi>E</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>P</mi><mi>r</mi><mi>o</mi><mi>t</mi><mi>e</mi><mi>i</mi><mi>n</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>    </mrow>    </mtd>    <mtd>    <msub>      <mrow>      <mover>        <mrow><mi>x</mi>        </mrow><mo stretchy='true'>&dot;</mo>      </mover>      </mrow>      <mrow><mn>12</mn>      </mrow>    </msub>    </mtd>    <mtd><mo>=</mo>    </mtd>    <mtd>    <mrow>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow><mn>4</mn>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>11</mn>      </mrow>      </msub><mo>-</mo>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>b</mi><mi>i</mi><mi>n</mi><mi>d</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>10</mn>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>12</mn>      </mrow>      </msub><mo>+</mo>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>u</mi><mi>b</mi><mi>i</mi><mi>n</mi><mi>d</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>13</mn>      </mrow>      </msub><mo>-</mo>      <msub>      <mrow><mi> &gamma; </mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>P</mi><mi>r</mi><mi>o</mi><mi>t</mi><mi>e</mi><mi>i</mi><mi>n</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>12</mn>      </mrow>      </msub>    </mrow>    </mtd>  </mtr>  <mtr>    <mtd>    <mrow><mi>Y</mi><mi>c</mi><mi>g</mi><mi>E</mi><mn>.</mn><mi>Y</mi><mi>c</mi><mi>g</mi>      <msub>      <mrow><mi>F</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>c</mi><mi>o</mi><mi>m</mi><mi>p</mi><mi>l</mi><mi>e</mi><mi>x</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>    </mrow>    </mtd>    <mtd>    <msub>      <mrow>      <mover>        <mrow><mi>x</mi>        </mrow><mo stretchy='true'>&dot;</mo>      </mover>      </mrow>      <mrow><mn>13</mn>      </mrow>    </msub>    </mtd>    <mtd><mo>=</mo>    </mtd>    <mtd>    <mrow><mo>-</mo>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>u</mi><mi>b</mi><mi>i</mi><mi>n</mi><mi>d</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>13</mn>      </mrow>      </msub><mo>+</mo>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>b</mi><mi>i</mi><mi>n</mi><mi>d</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>10</mn>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>12</mn>      </mrow>      </msub>    </mrow>    </mtd>  </mtr>  <mtr>    <mtd>    <mrow><mi>t</mi><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi>    </mrow>    </mtd>    <mtd>    <msub>      <mrow>      <mover>        <mrow><mi>x</mi>        </mrow><mo stretchy='true'>&dot;</mo>      </mover>      </mrow>      <mrow><mn>14</mn>      </mrow>    </msub>    </mtd>    <mtd><mo>=</mo>    </mtd>    <mtd>    <mrow>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow><mi>t</mi>      </mrow>      </msub>      <mfrac>      <mrow>        <msup>        <mrow><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo>          <mfrac>          <mrow>            <msub>            <mrow><mi>x</mi>            </mrow>            <mrow><mn>5</mn>            </mrow>            </msub>          </mrow>          <mrow>            <mrow><mi>K</mi><mn>1</mn>            </mrow>          </mrow>          </mfrac><mo form='postfix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>)</mo>        </mrow>        <mrow><mn>2</mn>        </mrow>        </msup>      </mrow>      <mrow>        <msup>        <mrow><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo>          <mrow><mn>1</mn><mo>+</mo>          <mfrac>            <mrow>            <msub>              <mrow><mi>x</mi>              </mrow>              <mrow><mn>5</mn>              </mrow>            </msub>            </mrow>            <mrow>            <mrow><mi>K</mi><mn>1</mn>            </mrow>            </mrow>          </mfrac>          </mrow><mo form='postfix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>)</mo>        </mrow>        <mrow><mn>2</mn>        </mrow>        </msup>      </mrow>      </mfrac><mo>-</mo><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo>      <mrow>      <msub>        <mrow><mi> &gamma; </mi>        </mrow>        <mrow><mn>1</mn>        </mrow>      </msub><mo>+</mo>      <msub>        <mrow><mi>k</mi>        </mrow>        <mrow><mi>a</mi>        </mrow>      </msub>      </mrow><mo form='postfix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>)</mo>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>14</mn>      </mrow>      </msub><mo>+</mo>      <msub>      <mrow><mi> &gamma; </mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mn>2</mn><mi>p</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>15</mn>      </mrow>      </msub><mo>+</mo><mn>2</mn>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mn>7</mn><mi>p</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>16</mn>      </mrow>      </msub><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo>      <mfrac>      <mrow>        <msub>        <mrow><mi> &gamma; </mi>        </mrow>        <mrow><mn>3</mn>        </mrow>        </msub>      </mrow>      <mrow>        <msub>        <mrow><mi>k</mi>        </mrow>        <mrow>          <mrow><mn>7</mn><mi>m</mi>          </mrow>        </mrow>        </msub>      </mrow>      </mfrac><mo form='postfix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>)</mo>      <msup>      <mrow><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo>        <mfrac>        <mrow>          <msub>          <mrow><mi>x</mi>          </mrow>          <mrow><mn>14</mn>          </mrow>          </msub>        </mrow>        <mrow>          <mrow>          <msub>            <mrow><mi> &gamma; </mi>            </mrow>            <mrow><mn>0</mn>            </mrow>          </msub><mo>+</mo>          <msub>            <mrow><mi>x</mi>            </mrow>            <mrow><mn>14</mn>            </mrow>          </msub>          </mrow>        </mrow>        </mfrac><mo form='postfix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>)</mo>      </mrow>      <mrow><mn>2</mn>      </mrow>      </msup>    </mrow>    </mtd>  </mtr>  <mtr>    <mtd>    <mrow><mi>A</mi><mi>a</mi><mo>-</mo><mi>t</mi><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi>    </mrow>    </mtd>    <mtd>    <msub>      <mrow>      <mover>        <mrow><mi>x</mi>        </mrow><mo stretchy='true'>&dot;</mo>      </mover>      </mrow>      <mrow><mn>15</mn>      </mrow>    </msub>    </mtd>    <mtd><mo>=</mo>    </mtd>    <mtd>    <mrow>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow><mi>a</mi>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>14</mn>      </mrow>      </msub><mo>-</mo><mn>2</mn>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mn>7</mn><mi>p</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>16</mn>      </mrow>      </msub><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo>      <mfrac>      <mrow>        <msub>        <mrow><mi> &gamma; </mi>        </mrow>        <mrow><mn>3</mn>        </mrow>        </msub>      </mrow>      <mrow>        <msub>        <mrow><mi>k</mi>        </mrow>        <mrow>          <mrow><mn>7</mn><mi>m</mi>          </mrow>        </mrow>        </msub>      </mrow>      </mfrac><mo form='postfix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>)</mo>      <msup>      <mrow><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo>        <mfrac>        <mrow>          <msub>          <mrow><mi>x</mi>          </mrow>          <mrow><mn>14</mn>          </mrow>          </msub>        </mrow>        <mrow>          <mrow>          <msub>            <mrow><mi> &gamma; </mi>            </mrow>            <mrow><mn>0</mn>            </mrow>          </msub><mo>+</mo>          <msub>            <mrow><mi>x</mi>            </mrow>            <mrow><mn>14</mn>            </mrow>          </msub>          </mrow>        </mrow>        </mfrac><mo form='postfix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>)</mo>      </mrow>      <mrow><mn>2</mn>      </mrow>      </msup><mo>-</mo>      <msub>      <mrow><mi> &gamma; </mi>      </mrow>      <mrow><mn>2</mn>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>15</mn>      </mrow>      </msub>    </mrow>    </mtd>  </mtr>  <mtr>    <mtd>    <mrow><mi>T</mi><mn>7</mn><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi>      <msub>      <mrow><mi>P</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>m</mi><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>    </mrow>    </mtd>    <mtd>    <msub>      <mrow>      <mover>        <mrow><mi>x</mi>        </mrow><mo stretchy='true'>&dot;</mo>      </mover>      </mrow>      <mrow><mn>16</mn>      </mrow>    </msub>    </mtd>    <mtd><mo>=</mo>    </mtd>    <mtd>    <mrow>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mn>7</mn><mi>m</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo>      <mrow><mn>1</mn><mo>-</mo>      <mfrac>        <mrow>        <msup>          <mrow><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo>          <mfrac>            <mrow>            <msub>              <mrow><mi>x</mi>              </mrow>              <mrow><mn>12</mn>              </mrow>            </msub>            </mrow>            <mrow>            <mrow><mi>K</mi><mn>1</mn>            </mrow>            </mrow>          </mfrac><mo form='postfix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>)</mo>          </mrow>          <mrow><mn>2</mn>          </mrow>        </msup>        </mrow>        <mrow>        <msup>          <mrow><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo>          <mrow><mn>1</mn><mo>+</mo>            <mfrac>            <mrow>              <msub>              <mrow><mi>x</mi>              </mrow>              <mrow><mn>12</mn>              </mrow>              </msub>            </mrow>            <mrow>              <mrow><mi>K</mi><mn>1</mn>              </mrow>            </mrow>            </mfrac>          </mrow><mo form='postfix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>)</mo>          </mrow>          <mrow><mn>2</mn>          </mrow>        </msup>        </mrow>      </mfrac>      </mrow><mo form='postfix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>)</mo><mo>-</mo>      <msub>      <mrow><mi> &gamma; </mi>      </mrow>      <mrow><mn>3</mn>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>16</mn>      </mrow>      </msub>    </mrow>    </mtd>  </mtr>  <mtr>    <mtd>    <mrow><mi>T</mi><mn>7</mn><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi><mi>P</mi>    </mrow>    </mtd>    <mtd>    <msub>      <mrow>      <mover>        <mrow><mi>x</mi>        </mrow><mo stretchy='true'>&dot;</mo>      </mover>      </mrow>      <mrow><mn>17</mn>      </mrow>    </msub>    </mtd>    <mtd><mo>=</mo>    </mtd>    <mtd>    <mrow>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mn>7</mn><mi>p</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>16</mn>      </mrow>      </msub><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo>      <mfrac>      <mrow>        <msub>        <mrow><mi> &gamma; </mi>        </mrow>        <mrow><mn>3</mn>        </mrow>        </msub>      </mrow>      <mrow>        <msub>        <mrow><mi>k</mi>        </mrow>        <mrow>          <mrow><mn>7</mn><mi>m</mi>          </mrow>        </mrow>        </msub>      </mrow>      </mfrac><mo form='postfix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>)</mo>      <msup>      <mrow><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo>        <mfrac>        <mrow>          <msub>          <mrow><mi>x</mi>          </mrow>          <mrow><mn>14</mn>          </mrow>          </msub>        </mrow>        <mrow>          <mrow>          <msub>            <mrow><mi> &gamma; </mi>            </mrow>            <mrow><mn>0</mn>            </mrow>          </msub><mo>+</mo>          <msub>            <mrow><mi>x</mi>            </mrow>            <mrow><mn>14</mn>            </mrow>          </msub>          </mrow>        </mrow>        </mfrac><mo form='postfix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>)</mo>      </mrow>      <mrow><mn>2</mn>      </mrow>      </msup><mo>-</mo>      <msub>      <mrow><mi> &gamma; </mi>      </mrow>      <mrow><mn>4</mn>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>17</mn>      </mrow>      </msub>    </mrow>    </mtd>  </mtr>  <mtr>    <mtd>    <mrow><mi>l</mi><mi>a</mi><mi>c</mi>      <msub>      <mrow><mi>Z</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>m</mi><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>    </mrow>    </mtd>    <mtd>    <msub>      <mrow>      <mover>        <mrow><mi>x</mi>        </mrow><mo stretchy='true'>&dot;</mo>      </mover>      </mrow>      <mrow><mn>18</mn>      </mrow>    </msub>    </mtd>    <mtd><mo>=</mo>    </mtd>    <mtd>    <mrow>      <msub>      <mrow><mi> &alpha; </mi>      </mrow>      <mrow><mi>M</mi>      </mrow>      </msub><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo>      <mrow><mn>1</mn><mo>-</mo>      <mfrac>        <mrow>        <msup>          <mrow><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo>          <mfrac>            <mrow>            <msub>              <mrow><mi>x</mi>              </mrow>              <mrow><mn>5</mn>              </mrow>            </msub>            </mrow>            <mrow>            <mrow><mi>K</mi><mn>5</mn>            </mrow>            </mrow>          </mfrac><mo form='postfix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>)</mo>          </mrow>          <mrow><mn>2</mn>          </mrow>        </msup>        </mrow>        <mrow>        <msup>          <mrow><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo>          <mrow><mn>1</mn><mo>+</mo>            <mfrac>            <mrow>              <msub>              <mrow><mi>x</mi>              </mrow>              <mrow><mn>5</mn>              </mrow>              </msub>            </mrow>            <mrow>              <mrow><mi>K</mi><mn>5</mn>              </mrow>            </mrow>            </mfrac>          </mrow><mo form='postfix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>)</mo>          </mrow>          <mrow><mn>2</mn>          </mrow>        </msup>        </mrow>      </mfrac>      </mrow><mo form='postfix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>)</mo><mo>-</mo>      <msub>      <mrow><mi> &gamma; </mi>      </mrow>      <mrow><mi>M</mi>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>18</mn>      </mrow>      </msub>    </mrow>    </mtd>  </mtr>  <mtr>    <mtd>    <mrow><mi> &beta; </mi><mo>-</mo><mi>G</mi><mi>a</mi><mi>l</mi><mi>a</mi><mi>c</mi><mi>t</mi><mi>o</mi><mi>s</mi><mi>i</mi><mi>d</mi><mi>a</mi><mi>s</mi><mi>e</mi>    </mrow>    </mtd>    <mtd>    <msub>      <mrow>      <mover>        <mrow><mi>x</mi>        </mrow><mo stretchy='true'>&dot;</mo>      </mover>      </mrow>      <mrow><mn>19</mn>      </mrow>    </msub>    </mtd>    <mtd><mo>=</mo>    </mtd>    <mtd>    <mrow>      <msub>      <mrow><mi> &alpha; </mi>      </mrow>      <mrow><mi>B</mi>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>18</mn>      </mrow>      </msub><mo>-</mo>      <msub>      <mrow><mi> &gamma; </mi>      </mrow>      <mrow><mi>B</mi>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>19</mn>      </mrow>      </msub>    </mrow>    </mtd>  </mtr>  <mtr>    <mtd>    <mrow><mi>d</mi><mi>y</mi><mi>e</mi>    </mrow>    </mtd>    <mtd>    <msub>      <mrow>      <mover>        <mrow><mi>x</mi>        </mrow><mo stretchy='true'>&dot;</mo>      </mover>      </mrow>      <mrow><mn>20</mn>      </mrow>    </msub>    </mtd>    <mtd><mo>=</mo>    </mtd>    <mtd>    <mrow>      <msub>      <mrow><mi> &alpha; </mi>      </mrow>      <mrow><mi>A</mi>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>19</mn>      </mrow>      </msub>    </mrow>    </mtd>  </mtr>  </mtable> </mrow></math></div><h2 class='section'><span class='section_label'>3</span> <a id='magicparlabel-8' ></a>Parameters</h2><div class='standard'><a id='magicparlabel-9' ></a><div class='longtable' style='text-align: center;'><table><thead><tr><th align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-413' ></a>Parameter</div></th><th align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-416' ></a>Value</div></th><th align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-419' ></a>Unit</div></th><th align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-422' ></a>Name</div></th><th align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-425' ></a>Source</div></th></tr></thead><tbody><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-428' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>k</mi>  </mrow>  <mrow>    <mrow><mi>a</mi><mi>p</mi>    </mrow>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-431' ></a>0.1</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-434' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-437' ></a>EnvZ autophosphorelation rate</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-440' ></a>[<a href='#Igoshin-2008'>3</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-443' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>k</mi>  </mrow>  <mrow>    <mrow><mi>a</mi><mi>d</mi>    </mrow>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-446' ></a>0.001</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-449' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-452' ></a>EnvZ dephospholeration rate</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-455' ></a>[<a href='#Igoshin-2008'>3</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-458' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>k</mi>  </mrow>  <mrow>    <mrow><mi>b</mi><mn>1</mn>    </mrow>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-461' ></a>0.5</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-464' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-467' ></a>binding rate EnvZ-P &amp; OmpR</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-470' ></a>[<a href='#Igoshin-2008'>3</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-473' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>k</mi>  </mrow>  <mrow>    <mrow><mi>d</mi><mn>1</mn>    </mrow>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-476' ></a>0.5</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-479' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-482' ></a>unbinding rate EnvZ-P.OmpR</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-485' ></a>[<a href='#Igoshin-2008'>3</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-488' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>k</mi>  </mrow>  <mrow>    <mrow><mi>b</mi><mn>2</mn>    </mrow>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-491' ></a>0.05</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-494' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-497' ></a>binding rate EnvZ &amp; OmpR-P</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-500' ></a>[<a href='#Igoshin-2008'>3</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-503' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>k</mi>  </mrow>  <mrow>    <mrow><mi>d</mi><mn>2</mn>    </mrow>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-506' ></a>0.5</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-509' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-512' ></a>unbinding rate EnvZ.OmpR-P</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-515' ></a>[<a href='#Igoshin-2008'>3</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-518' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>k</mi>  </mrow>  <mrow>    <mrow><mi>b</mi><mn>3</mn>    </mrow>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-521' ></a>0.5</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-524' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-527' ></a>binding rate EnvZ &amp; OmpR</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-530' ></a>[<a href='#Igoshin-2008'>3</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-533' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>k</mi>  </mrow>  <mrow>    <mrow><mi>d</mi><mn>3</mn>    </mrow>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-536' ></a>5</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-539' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-542' ></a>unbinding rate EnvZ.OmpR</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-545' ></a>[<a href='#Igoshin-2008'>3</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-548' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>k</mi>  </mrow>  <mrow>    <mrow><mi>p</mi><mi>h</mi>    </mrow>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-551' ></a>0.05</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-554' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-557' ></a>dephosphorelation rate EnvZ.OmpR-P</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-560' ></a>[<a href='#Igoshin-2008'>3</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-563' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>k</mi>  </mrow>  <mrow>    <mrow><mi>p</mi><mi>t</mi>    </mrow>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-566' ></a>1.5</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-569' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-572' ></a>phosphotransfer rate</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-575' ></a>[<a href='#Igoshin-2008'>3</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-578' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>k</mi>  </mrow>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-581' ></a>1.54e-3</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-584' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-587' ></a>max transcription rate YcgF</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-590' ></a>[<a href='#kuleuven'>2</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-593' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>k</mi>  </mrow>  <mrow><mn>2</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-596' ></a>0.848e-3</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-599' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-602' ></a>max transcription rate YcgE</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-605' ></a>[<a href='#kuleuven'>2</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-608' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>k</mi>  </mrow>  <mrow><mn>3</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-611' ></a>0.167</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-614' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-617' ></a>max translation rate YcgF</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-620' ></a>[<a href='#kuleuven'>2</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-623' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>k</mi>  </mrow>  <mrow><mn>4</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-626' ></a>0.167</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-629' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-632' ></a>max translation rate YcgE</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-635' ></a>[<a href='#kuleuven'>2</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-638' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>k</mi>  </mrow>  <mrow>    <mrow><mi>d</mi><mi>i</mi><mi>m</mi>    </mrow>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-641' ></a>0.008</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-644' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-647' ></a>dimerization rate YcgF</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-650' ></a>[<a href='#kuleuven'>2</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-653' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>k</mi>  </mrow>  <mrow>    <mrow><mi>d</mi><mi>i</mi><mi>s</mi>    </mrow>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-656' ></a>0.0058</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-659' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-662' ></a>dissociation rate YcgF dimer</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-665' ></a>[<a href='#kuleuven'>2</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-668' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>k</mi>  </mrow>  <mrow>    <mrow><mi>b</mi><mi>i</mi><mi>n</mi><mi>d</mi>    </mrow>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-671' ></a>100</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-674' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-677' ></a>binding rate YcgF dimer to YcgE</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-680' ></a>[<a href='#kuleuven'>2</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-683' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>k</mi>  </mrow>  <mrow>    <mrow><mi>u</mi><mi>b</mi><mi>i</mi><mi>n</mi><mi>d</mi>    </mrow>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-686' ></a>1</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-689' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-692' ></a>unbinding rate YcgF.YcgE</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-695' ></a>[<a href='#kuleuven'>2</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-698' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi> &gamma; </mi>  </mrow>  <mrow>    <mrow><mi>m</mi><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi>    </mrow>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-701' ></a>2.3105e-3</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-704' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-707' ></a>degradation mRNA YcgE/YcgF</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-710' ></a>[<a href='#kuleuven'>2</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-713' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi> &gamma; </mi>  </mrow>  <mrow>    <mrow><mi>P</mi><mi>r</mi><mi>o</mi><mi>t</mi><mi>e</mi><mi>i</mi><mi>n</mi>    </mrow>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-716' ></a>1.9254e-5</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-719' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-722' ></a>degradation rate Protein YcgE/YcgF</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-725' ></a>[<a href='#kuleuven'>2</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-728' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>k</mi>  </mrow>  <mrow><mi>t</mi>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-731' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>46.67</mn>  </mrow>  <mrow><mn>60</mn>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-734' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow>    <mrow><mi>n</mi><mi>M</mi>    </mrow>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-737' ></a>max transcription rate tRNA</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-740' ></a>[<a href='#pkubeijing'>1</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-743' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>k</mi>  </mrow>  <mrow><mi>a</mi>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-746' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>0.08</mn>  </mrow>  <mrow><mn>60</mn>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-749' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-752' ></a>synthesis rate Aa-tRNA</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-755' ></a>[<a href='#pkubeijing'>1</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-758' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>k</mi>  </mrow>  <mrow>    <mrow><mn>7</mn><mi>p</mi>    </mrow>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-761' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1.5625</mn>  </mrow>  <mrow><mn>60</mn>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-764' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow>    <mrow><mi>n</mi><mi>M</mi>    </mrow>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-767' ></a>max transcription rate T7RNAP</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-770' ></a>[<a href='#pkubeijing'>1</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-773' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>k</mi>  </mrow>  <mrow>    <mrow><mn>7</mn><mi>m</mi>    </mrow>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-776' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow>    <mrow><mn>268</mn><mo>*</mo><mn>0.05</mn>    </mrow>  </mrow>  <mrow><mn>60</mn>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-779' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-782' ></a>max translation rate T7RNAP</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-785' ></a>[<a href='#pkubeijing'>1</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-788' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>k</mi>  </mrow>  <mrow><mi>S</mi>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-791' ></a>0.3</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-794' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow>    <mrow><mi>n</mi><mi>M</mi>    </mrow>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-797' ></a>AND Gate rate</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-800' ></a>[<a href='#pkubeijing'>1</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-803' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi> &gamma; </mi>  </mrow>  <mrow><mn>0</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-806' ></a>1</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-809' ></a>-</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-812' ></a>threshold Aa-tRNA</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-815' ></a>guessed</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-818' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi> &gamma; </mi>  </mrow>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-821' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow>    <mrow><mn>60</mn><mo>*</mo><mn>60</mn>    </mrow>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-824' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-827' ></a>degradation of tRNA</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-830' ></a>[<a href='#pkubeijing'>1</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-833' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi> &gamma; </mi>  </mrow>  <mrow><mn>2</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-836' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow>    <mrow><mn>40</mn><mo>*</mo><mn>60</mn>    </mrow>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-839' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-842' ></a>degradation of Aa-tRNA</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-845' ></a>[<a href='#pkubeijing'>1</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-848' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi> &gamma; </mi>  </mrow>  <mrow><mn>3</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-851' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow>    <mrow><mn>4.4</mn><mo>*</mo><mn>60</mn>    </mrow>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-854' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-857' ></a>degradation of T7RNAP mRNA</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-860' ></a>[<a href='#pkubeijing'>1</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-863' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi> &gamma; </mi>  </mrow>  <mrow><mn>4</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-866' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>46.67</mn>  </mrow>  <mrow>    <mrow><mn>40</mn><mo>*</mo><mn>60</mn>    </mrow>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-869' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-872' ></a>degradation of T7RNAP</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-875' ></a>[<a href='#pkubeijing'>1</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-878' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mrow><mi>K</mi><mn>1</mn>  </mrow> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-881' ></a>5</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-884' ></a>nM</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-887' ></a>response param. OmpR-P,tRNA</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-890' ></a>guessed</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-893' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mrow><mi>K</mi><mn>3</mn>  </mrow> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-896' ></a>600</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-899' ></a>nM</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-902' ></a>response param. YcgE,T7RNAP</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-905' ></a>guessed</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-908' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mrow><mi>K</mi><mn>5</mn>  </mrow> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-911' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow>    <mrow><mi>k</mi><mn>7</mn><mi>p</mi>    </mrow>  </mrow>  <mrow>    <mrow><mn>4</mn><mo>*</mo>    <msub>      <mrow><mi> &gamma; </mi>      </mrow>      <mrow><mn>4</mn>      </mrow>    </msub>    </mrow>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-914' ></a>nM</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-917' ></a>response param T7RNAP,lacZ</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-920' ></a>guessed</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-923' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi> &alpha; </mi>  </mrow>  <mrow><mi>M</mi>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-926' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>0.997</mn>  </mrow>  <mrow><mn>60</mn>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-929' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow>    <mrow><mi>n</mi><mi>M</mi>    </mrow>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-932' ></a>max transcription rate lacZ</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-935' ></a>[<a href='#Yildirim-2004'>4</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-938' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi> &alpha; </mi>  </mrow>  <mrow><mi>B</mi>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-941' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow>    <mrow><mn>1.661</mn><mi>e</mi><mo>-</mo><mn>5</mn>    </mrow>  </mrow>  <mrow><mn>60</mn>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-944' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-947' ></a>max translation rate lacZ</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-950' ></a>[<a href='#Yildirim-2004'>4</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-953' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi> &alpha; </mi>  </mrow>  <mrow><mi>A</mi>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-956' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>20</mn>  </mrow>  <mrow><mn>60</mn>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-959' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-962' ></a>enzymatic reaction rate</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-965' ></a>[<a href='#Yildirim-2004'>4</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-968' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi> &gamma; </mi>  </mrow>  <mrow><mi>M</mi>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-971' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>0.411</mn>  </mrow>  <mrow><mn>60</mn>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-974' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-977' ></a>degradation lacZ mRNA</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-980' ></a>[<a href='#Yildirim-2004'>4</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-983' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi> &gamma; </mi>  </mrow>  <mrow><mi>B</mi>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-986' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow>    <mrow><mn>8.331</mn><mi>e</mi><mo>-</mo><mn>4</mn>    </mrow>  </mrow>  <mrow><mn>60</mn>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-989' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-992' ></a>degradation <math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow><mi> &beta; </mi> </mrow></math>-Galactosidase</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-995' ></a>[<a href='#Yildirim-2004'>4</a>]</div></td></tr></tbody></table></div></div><h2 class='section'><span class='section_label'>4</span> <a id='magicparlabel-996' ></a>Initial Data</h2><div class='standard'><a id='magicparlabel-997' ></a><div class='longtable' style='text-align: center;'><table><thead><tr><th align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1221' ></a>Name</div></th><th align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1224' ></a>Variable</div></th><th align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1227' ></a>Initial Value</div></th><th align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1230' ></a>Comment</div></th><th align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1233' ></a>Source</div></th></tr></thead><tbody><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1236' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mrow><mi>E</mi><mi>n</mi><mi>v</mi><mi>Z</mi>  </mrow> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1239' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>x</mi>  </mrow>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1242' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>3500</mn>  </mrow>  <mrow><mn>0.60221</mn>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1245' ></a>3500 molecules per cell</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1248' ></a>[<a href='#Igoshin-2008'>3</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1251' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mrow><mi>E</mi><mi>n</mi><mi>v</mi><mi>Z</mi><mo>-</mo><mi>P</mi>  </mrow> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1254' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>x</mi>  </mrow>  <mrow><mn>2</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1257' ></a>0</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1260' ></a></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1263' ></a></div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1266' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mrow><mi>E</mi><mi>n</mi><mi>v</mi><mi>Z</mi><mo>-</mo><mi>P</mi><mn>.</mn><mi>O</mi><mi>m</mi><mi>p</mi><mi>R</mi>  </mrow> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1269' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>x</mi>  </mrow>  <mrow><mn>3</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1272' ></a>0</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1275' ></a></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1278' ></a></div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1281' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mrow><mi>E</mi><mi>n</mi><mi>v</mi><mi>Z</mi><mn>.</mn><mi>O</mi><mi>m</mi><mi>p</mi><mi>R</mi><mo>-</mo><mi>P</mi>  </mrow> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1284' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>x</mi>  </mrow>  <mrow><mn>4</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1287' ></a>0</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1290' ></a></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1293' ></a></div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1296' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mrow><mi>O</mi><mi>m</mi><mi>p</mi><mi>R</mi><mo>-</mo><mi>P</mi>  </mrow> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1299' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>x</mi>  </mrow>  <mrow><mn>5</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1302' ></a>0</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1305' ></a></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1308' ></a></div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1311' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mrow><mi>O</mi><mi>m</mi><mi>p</mi><mi>R</mi>  </mrow> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1314' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>x</mi>  </mrow>  <mrow><mn>6</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1317' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>100</mn>  </mrow>  <mrow><mn>0.60221</mn>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1320' ></a>100 molecules per cell</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1323' ></a>[<a href='#Igoshin-2008'>3</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1326' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mrow><mi>E</mi><mi>n</mi><mi>v</mi><mi>Z</mi><mn>.</mn><mi>O</mi><mi>m</mi><mi>p</mi><mi>R</mi>  </mrow> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1329' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>x</mi>  </mrow>  <mrow><mn>7</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1332' ></a>0</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1335' ></a></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1338' ></a></div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1341' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mrow><mi>Y</mi><mi>c</mi><mi>g</mi>  <msub>    <mrow><mi>F</mi>    </mrow>    <mrow>    <mrow><mi>m</mi><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi>    </mrow>    </mrow>  </msub>  </mrow> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1344' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>x</mi>  </mrow>  <mrow><mn>8</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1347' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow>    <msub>    <mrow><mi>k</mi>    </mrow>    <mrow><mn>1</mn>    </mrow>    </msub>  </mrow>  <mrow>    <msub>    <mrow><mi> &gamma; </mi>    </mrow>    <mrow>      <mrow><mi>m</mi><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi>      </mrow>    </mrow>    </msub>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1350' ></a>steady state</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1353' ></a></div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1356' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mrow><mi>Y</mi><mi>c</mi><mi>g</mi>  <msub>    <mrow><mi>F</mi>    </mrow>    <mrow>    <mrow><mi>i</mi><mi>n</mi><mi>a</mi><mi>c</mi><mi>t</mi><mi>i</mi><mi>v</mi><mi>e</mi>    </mrow>    </mrow>  </msub>  </mrow> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1359' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>x</mi>  </mrow>  <mrow><mn>9</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1362' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mrow>  <mfrac>    <mrow>    <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow><mn>3</mn>      </mrow>    </msub>    </mrow>    <mrow>    <msub>      <mrow><mi> &gamma; </mi>      </mrow>      <mrow>      <mrow><mi>P</mi><mi>r</mi><mi>o</mi><mi>t</mi><mi>e</mi><mi>i</mi><mi>n</mi>      </mrow>      </mrow>    </msub>    </mrow>  </mfrac>  <mfrac>    <mrow>    <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow><mn>1</mn>      </mrow>    </msub>    </mrow>    <mrow>    <msub>      <mrow><mi> &gamma; </mi>      </mrow>      <mrow>      <mrow><mi>m</mi><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi>      </mrow>      </mrow>    </msub>    </mrow>  </mfrac>  </mrow> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1365' ></a>steady state</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1368' ></a></div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1371' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mrow><mi>Y</mi><mi>c</mi><mi>g</mi>  <msub>    <mrow><mi>F</mi>    </mrow>    <mrow>    <mrow><mi>d</mi><mi>i</mi><mi>m</mi><mi>e</mi><mi>r</mi>    </mrow>    </mrow>  </msub>  </mrow> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1374' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>x</mi>  </mrow>  <mrow><mn>10</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1377' ></a>0</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1380' ></a></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1383' ></a></div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1386' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mrow><mi>Y</mi><mi>c</mi><mi>g</mi>  <msub>    <mrow><mi>E</mi>    </mrow>    <mrow>    <mrow><mi>m</mi><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi>    </mrow>    </mrow>  </msub>  </mrow> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1389' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>x</mi>  </mrow>  <mrow><mn>11</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1392' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow>    <msub>    <mrow><mi>k</mi>    </mrow>    <mrow><mn>2</mn>    </mrow>    </msub>  </mrow>  <mrow>    <msub>    <mrow><mi> &gamma; </mi>    </mrow>    <mrow>      <mrow><mi>m</mi><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi>      </mrow>    </mrow>    </msub>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1395' ></a>steady state</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1398' ></a></div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1401' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mrow><mi>Y</mi><mi>c</mi><mi>g</mi><mi>E</mi>  </mrow> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1404' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>x</mi>  </mrow>  <mrow><mn>12</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1407' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mrow>  <mfrac>    <mrow>    <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow><mn>4</mn>      </mrow>    </msub>    </mrow>    <mrow>    <msub>      <mrow><mi> &gamma; </mi>      </mrow>      <mrow>      <mrow><mi>P</mi><mi>r</mi><mi>o</mi><mi>t</mi><mi>e</mi><mi>i</mi><mi>n</mi>      </mrow>      </mrow>    </msub>    </mrow>  </mfrac>  <mfrac>    <mrow>    <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow><mn>2</mn>      </mrow>    </msub>    </mrow>    <mrow>    <msub>      <mrow><mi> &gamma; </mi>      </mrow>      <mrow>      <mrow><mi>m</mi><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi>      </mrow>      </mrow>    </msub>    </mrow>  </mfrac>  </mrow> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1410' ></a>steady state</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1413' ></a></div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1416' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mrow><mi>Y</mi><mi>c</mi><mi>g</mi><mi>E</mi><mn>.</mn><mi>Y</mi><mi>c</mi><mi>g</mi><mi>F</mi>  </mrow> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1419' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>x</mi>  </mrow>  <mrow><mn>13</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1422' ></a>0</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1425' ></a></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1428' ></a></div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1431' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mrow><mi>t</mi><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi>  </mrow> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1434' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>x</mi>  </mrow>  <mrow><mn>14</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1437' ></a>0</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1440' ></a></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1443' ></a></div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1446' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mrow><mi>A</mi><mi>a</mi><mo>-</mo><mi>t</mi><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi>  </mrow> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1449' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>x</mi>  </mrow>  <mrow><mn>15</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1452' ></a>0</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1455' ></a></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1458' ></a></div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1461' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mrow><mi>T</mi><mn>7</mn><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi>  <msub>    <mrow><mi>P</mi>    </mrow>    <mrow>    <mrow><mi>m</mi><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi>    </mrow>    </mrow>  </msub>  </mrow> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1464' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>x</mi>  </mrow>  <mrow><mn>16</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1467' ></a>0</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1470' ></a></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1473' ></a></div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1476' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mrow><mi>T</mi><mn>7</mn><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi><mi>P</mi>  </mrow> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1479' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>x</mi>  </mrow>  <mrow><mn>17</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1482' ></a>0</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1485' ></a></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1488' ></a></div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1491' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mrow><mi>l</mi><mi>a</mi><mi>c</mi>  <msub>    <mrow><mi>Z</mi>    </mrow>    <mrow>    <mrow><mi>m</mi><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi>    </mrow>    </mrow>  </msub>  </mrow> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1494' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>x</mi>  </mrow>  <mrow><mn>18</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1497' ></a>0</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1500' ></a></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1503' ></a></div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1506' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mrow><mi> &beta; </mi><mo>-</mo><mi>G</mi><mi>a</mi><mi>l</mi><mi>a</mi><mi>c</mi><mi>t</mi><mi>o</mi><mi>s</mi><mi>i</mi><mi>d</mi><mi>a</mi><mi>s</mi><mi>e</mi>  </mrow> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1509' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>x</mi>  </mrow>  <mrow><mn>19</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1512' ></a>0</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1515' ></a></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1518' ></a></div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1521' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mrow><mi>d</mi><mi>y</mi><mi>e</mi>  </mrow> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1524' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>x</mi>  </mrow>  <mrow><mn>20</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1527' ></a>0</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1530' ></a></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1533' ></a></div></td></tr></tbody></table></div></div><h2 class='section'><span class='section_label'>5</span> <a id='magicparlabel-1534' ></a>Simulation</h2><div class='standard'><a id='magicparlabel-7578' ></a>In all graphics the unit for time is seconds. Both intensities were varieed, but the intensities for blue and red light were scaled by a factor of <math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mn>10</mn>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math> and <math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow><mn>10</mn> </mrow></math> respectively. The duration for blue light was scaled by a factor of <math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mn>5</mn>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math>. These scaling factors were used to have vary between the same intensities and exposure times that were used in the simulation of the seperate parts. Although it would be desirable only to vary only the characteristics of the light of the wavelength that affects the corresponding part of the system, this was not done since the equations intrinsically provide that each wavelength only affects one part of the system and computations were a lot faster like this.</div><div class='standard'><a id='magicparlabel-4665' ></a>Firstly the activation time of the blue light sensor part was simulated since the pathway was extended by the T7 Polymerase mRNA production. The threshold for the activation was <math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mrow><mn>1</mn><mi>n</mi><mi>M</mi>  </mrow> </mrow></math> T7pol mRNA. </div><div class='standard'><a id='magicparlabel-17791' ></a><br ></a></div><div class='standard'><a id='magicparlabel-1538' ></a></div><div class='float float-figure'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1541' ></a><img style='width:100%;' src='0_Users_schaluck_Desktop_cbactive.png' alt='image: 0_Users_schaluck_Desktop_cbactive.png' ></a></div></div><div class='standard'><a id='magicparlabel-1535' ></a>Values of -20 indicate that the threshold was not passed in the 60,000 seconds of simulation. Other values are in seconds. We see that if a minumum exposure time is exceeded the activation time only depends on the light intensity. This should coincide with real behaviour. The spikes are due to numeric inaccuracies.</div><div class='standard'><a id='magicparlabel-7200' ></a>Secondly the deactivation time, the time at which the concentration dropped below the threshold, was simulated.</div><div class='standard'><a id='magicparlabel-5728' ></a></div><div class='float float-figure'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1552' ></a><img style='width:100%;' src='1_Users_schaluck_Desktop_cbdeactive.png' alt='image: 1_Users_schaluck_Desktop_cbdeactive.png' ></a></div></div><div class='standard'><a id='magicparlabel-8044' ></a>We can observe that altough the deactivation time depends on both intensity and exposure time but saturates very fast with respect to both variables.</div><div class='standard'><a id='magicparlabel-8726' ></a>The same procedure was done for the red light sensor part. Here the concentration of tRNA served as reference and a threshold of <math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mrow><mn>30</mn><mi>n</mi><mi>M</mi>  </mrow> </mrow></math> was used.</div><div class='standard'><a id='magicparlabel-8005' ></a></div><div class='float float-figure'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-2559' ></a><img style='width:100%;' src='3_Users_schaluck_Desktop_cractive.png' alt='image: 3_Users_schaluck_Desktop_cractive.png' ></a></div></div><div class='standard'><a id='magicparlabel-2577' ></a>Here accurate predictions about the behaviour is difficult since the values are monotonic neither in intensity nor exposure time. Still the activation time seems to be more or less independent of exposure time after a certain amount of time. The threshold is probably due to the fact that the signal needs to cascade down a pathway that involves slower reactions which dampen the signal speed if the orginial signal is no longer present. Wether this behaviour is realistic is questionable.<br ></a></div><div class='standard'><a id='magicparlabel-8761' ></a></div><div class='float float-figure'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-2580' ></a><img style='width:100%;' src='4_Users_schaluck_Desktop_crdeactive.png' alt='image: 4_Users_schaluck_Desktop_crdeactive.png' ></a></div><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-2581' ></a></div></div><div class='standard'><a id='magicparlabel-2592' ></a>The deactivation time of the red light sensor part also depends on intensity and exposure time but saturation is achieved a lot slower than for the blue light sensor part.</div><div class='standard'><a id='magicparlabel-12437' ></a>Finally the output of dye was simulated.</div><div class='standard'><a id='magicparlabel-11588' ></a></div><div class='float float-figure'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-2595' ></a><img style='width:100%;' src='5_Users_schaluck_Desktop_coutput.png' alt='image: 5_Users_schaluck_Desktop_coutput.png' ></a></div><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-2596' ></a></div></div><div class='standard'><a id='magicparlabel-3277' ></a>We can see that the output of dye depends on both intensity and exposure time. Of course here a simulation where both intensity and exposure time are varyied indepently for each wavelenght would be desirable. This would mean an scaling in potency by 4 instead of 2 in the computation time and would lead to the question how to present the data in a good fashion. Also it would be questionable wether any real information would be gained due to the inaccurarcy in the parameters.</div><h2 class='section'><span class='section_label'>6</span> <a id='magicparlabel-12443' ></a>conclusion</h2><div class='standard'><a id='magicparlabel-13900' ></a>All simulations should be treated with extreme care, since some parameters were only guessed and the sensitivity to errors in the guessing increases with the complexity of the whole system. Hence the results should be only used as indicator for the qualitative behaviour of the system and not the quantitative behaviour. Unfortunatly our assays did not provide enough data to make reasonable assumptions about the missing parameters, but if this data would be available the model could also be further refined.</div><div class='standard'><a id='magicparlabel-1549' ></a><h2 class='bibtex'>References</h2><div class='bibtex'><div class='bibtexentry'><a id='pkubeijing' ></a><span class='bibtexlabel'>1</span><span class='bibtexinfo'>PKU Beijing 2009, 'AND Gate 1' (2009).</span></div><div class='bibtexentry'><a id='kuleuven' ></a><span class='bibtexlabel'>2</span><span class='bibtexinfo'>KU Leuven 2009, 'Blue Light Receptor: Modeling' (2009).</span></div><div class='bibtexentry'><a id='Igoshin-2008' ></a><span class='bibtexlabel'>3</span><span class='bibtexinfo'>Igoshin, Oleg A and Alves, Rui and Savageau, Michael A, 'Hysteretic and graded responses in bacterial two-component signal transduction', <i>Mol Microbiol</i> (2008), 1196-215.</span></div><div class='bibtexentry'><a id='Yildirim-2004' ></a><span class='bibtexlabel'>4</span><span class='bibtexinfo'>Yildirim, N and Santillan, M and Horike, D and Mackey, MC, 'Dynamics and bistability in a reduced model of the lac operon', <i>CHAOS</i> (2004), 279-292.</span></div></div></div>");
+
document.write("<style type='text/css'>table { border: 1px solid black; display: inline-block; }td { border: 1px solid black; padding: 0.5ex; }</style><style type='text/css'>div.bibtexentry { margin-left: 2em; text-indent: -2em; }span.bibtexlabel:before{ content: '['; }span.bibtexlabel:after{ content: '] '; }</style><!-- Layout-provided Styles --><style type='text/css'>div.standard {text-align: left;}h2.section {font-weight: normal;font-style: normal;font-variant: small-caps;font-size: medium;margin-top: 1.3ex;margin-bottom: 0.7ex;text-align: center;}div.plain_layout {text-align: left;}</style><div class='standard'><a id='magicparlabel-3' ></a></div><div class='toc'><div class='tochead part'>Table of Contents</div><div class='lyxtoc-1'><a href='#magicparlabel-4' class='tocentry'>1 Model</a> <a href='#magicparlabel-4' class='tocarrow'>&gt;</a></div><div class='lyxtoc-1'><a href='#magicparlabel-6' class='tocentry'>2 Equations</a> <a href='#magicparlabel-6' class='tocarrow'>&gt;</a></div><div class='lyxtoc-1'><a href='#magicparlabel-8' class='tocentry'>3 Parameters</a> <a href='#magicparlabel-8' class='tocarrow'>&gt;</a></div><div class='lyxtoc-1'><a href='#magicparlabel-996' class='tocentry'>4 Initial Data</a> <a href='#magicparlabel-996' class='tocarrow'>&gt;</a></div><div class='lyxtoc-1'><a href='#magicparlabel-1534' class='tocentry'>5 Simulation</a> <a href='#magicparlabel-1534' class='tocarrow'>&gt;</a></div><div class='lyxtoc-1'><a href='#magicparlabel-12443' class='tocentry'>6 conclusion</a> <a href='#magicparlabel-12443' class='tocarrow'>&gt;</a></div></div><h2 class='section'><span class='section_label'>1</span> <a id='magicparlabel-4' ></a>Model</h2><div class='standard'><a id='magicparlabel-5' ></a>This model combines the work previously done for the red light sensor, the blue light sensor and the AND-Gate. See the respective pages for more details</div><div class='standard'><a id='magicparlabel-3986' ></a></div><div class='standard'><a id='magicparlabel-3295' ></a></div><div class='float float-figure'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-3298' ></a><img style='width:100%;' src='https://static.igem.org/mediawiki/2011/0/0e/6_Users_schaluck_Desktop_igemmodel_completmodel.jpg' alt='image: 6_Users_schaluck_Desktop_igemmodel_completmodel.jpg' ></a></div><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-3299' ></a></div></div><div class='standard'><a id='magicparlabel-1884' ></a><br ></a></div><h2 class='section'><span class='section_label'>1</span> <a id='magicparlabel-2740' ></a>Equations</h2><div class='standard'><a id='magicparlabel-2741' ></a><math display='block' xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mtable>  <mtr>    <mtd>    <mrow><mi>E</mi><mi>n</mi><mi>v</mi><mi>Z</mi>    </mrow>    </mtd>    <mtd>    <msub>      <mrow>      <mover>        <mrow><mi>x</mi>        </mrow><mo stretchy='true'>&dot;</mo>      </mover>      </mrow>      <mrow><mn>1</mn>      </mrow>    </msub>    </mtd>    <mtd><mo>=</mo>    </mtd>    <mtd>    <mrow>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>a</mi><mi>d</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>2</mn>      </mrow>      </msub><mo>-</mo>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>a</mi><mi>p</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>1</mn>      </mrow>      </msub><mi>R</mi><mi>L</mi><mo>+</mo>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>d</mi><mn>2</mn>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>4</mn>      </mrow>      </msub><mo>-</mo>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>b</mi><mn>2</mn>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>5</mn>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>1</mn>      </mrow>      </msub><mo>-</mo>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>b</mi><mn>3</mn>        </mrow>      </mrow>      </msub><mo>*</mo>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>6</mn>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>1</mn>      </mrow>      </msub><mo>+</mo>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>d</mi><mn>3</mn>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>7</mn>      </mrow>      </msub>    </mrow>    </mtd>  </mtr>  <mtr>    <mtd>    <mrow><mi>E</mi><mi>n</mi><mi>v</mi><mi>Z</mi><mo>-</mo><mi>P</mi>    </mrow>    </mtd>    <mtd>    <msub>      <mrow>      <mover>        <mrow><mi>x</mi>        </mrow><mo stretchy='true'>&dot;</mo>      </mover>      </mrow>      <mrow><mn>2</mn>      </mrow>    </msub>    </mtd>    <mtd><mo>=</mo>    </mtd>    <mtd>    <mrow>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>a</mi><mi>p</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>1</mn>      </mrow>      </msub><mi>R</mi><mi>L</mi><mo>-</mo>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>a</mi><mi>d</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>2</mn>      </mrow>      </msub><mo>+</mo>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>d</mi><mn>1</mn>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>3</mn>      </mrow>      </msub><mo>-</mo>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>b</mi><mn>1</mn>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>6</mn>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>2</mn>      </mrow>      </msub>    </mrow>    </mtd>  </mtr>  <mtr>    <mtd>    <mrow><mi>E</mi><mi>n</mi><mi>v</mi><mi>Z</mi><mo>-</mo><mi>P</mi><mn>.</mn><mi>O</mi><mi>m</mi><mi>p</mi><mi>R</mi>    </mrow>    </mtd>    <mtd>    <msub>      <mrow>      <mover>        <mrow><mi>x</mi>        </mrow><mo stretchy='true'>&dot;</mo>      </mover>      </mrow>      <mrow><mn>3</mn>      </mrow>    </msub>    </mtd>    <mtd><mo>=</mo>    </mtd>    <mtd>    <mrow><mo>-</mo><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo>      <mrow>      <msub>        <mrow><mi>k</mi>        </mrow>        <mrow>        <mrow><mi>d</mi><mn>1</mn>        </mrow>        </mrow>      </msub><mo>+</mo>      <msub>        <mrow><mi>k</mi>        </mrow>        <mrow>        <mrow><mi>p</mi><mi>t</mi>        </mrow>        </mrow>      </msub>      </mrow><mo form='postfix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>)</mo>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>3</mn>      </mrow>      </msub><mo>+</mo>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>b</mi><mn>1</mn>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>6</mn>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>2</mn>      </mrow>      </msub>    </mrow>    </mtd>  </mtr>  <mtr>    <mtd>    <mrow><mi>E</mi><mi>n</mi><mi>v</mi><mi>Z</mi><mn>.</mn><mi>O</mi><mi>m</mi><mi>p</mi><mi>R</mi><mo>-</mo><mi>P</mi>    </mrow>    </mtd>    <mtd>    <msub>      <mrow>      <mover>        <mrow><mi>x</mi>        </mrow><mo stretchy='true'>&dot;</mo>      </mover>      </mrow>      <mrow><mn>4</mn>      </mrow>    </msub>    </mtd>    <mtd><mo>=</mo>    </mtd>    <mtd>    <mrow>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>p</mi><mi>t</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>3</mn>      </mrow>      </msub><mo>-</mo><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo>      <mrow>      <msub>        <mrow><mi>k</mi>        </mrow>        <mrow>        <mrow><mi>p</mi><mi>h</mi>        </mrow>        </mrow>      </msub><mo>+</mo>      <msub>        <mrow><mi>k</mi>        </mrow>        <mrow>        <mrow><mi>d</mi><mn>2</mn>        </mrow>        </mrow>      </msub>      </mrow><mo form='postfix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>)</mo>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>4</mn>      </mrow>      </msub><mo>+</mo>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>b</mi><mn>2</mn>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>5</mn>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>1</mn>      </mrow>      </msub>    </mrow>    </mtd>  </mtr>  <mtr>    <mtd>    <mrow><mi>O</mi><mi>m</mi><mi>p</mi><mi>R</mi><mo>-</mo><mi>P</mi>    </mrow>    </mtd>    <mtd>    <msub>      <mrow>      <mover>        <mrow><mi>x</mi>        </mrow><mo stretchy='true'>&dot;</mo>      </mover>      </mrow>      <mrow><mn>5</mn>      </mrow>    </msub>    </mtd>    <mtd><mo>=</mo>    </mtd>    <mtd>    <mrow>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>d</mi><mn>2</mn>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>4</mn>      </mrow>      </msub><mo>-</mo>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>b</mi><mn>2</mn>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>5</mn>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>1</mn>      </mrow>      </msub>    </mrow>    </mtd>  </mtr>  <mtr>    <mtd>    <mrow><mi>O</mi><mi>m</mi><mi>p</mi><mi>R</mi>    </mrow>    </mtd>    <mtd>    <msub>      <mrow>      <mover>        <mrow><mi>x</mi>        </mrow><mo stretchy='true'>&dot;</mo>      </mover>      </mrow>      <mrow><mn>6</mn>      </mrow>    </msub>    </mtd>    <mtd><mo>=</mo>    </mtd>    <mtd>    <mrow>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>d</mi><mn>1</mn>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>3</mn>      </mrow>      </msub><mo>+</mo>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>d</mi><mn>3</mn>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>7</mn>      </mrow>      </msub><mo>-</mo>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>b</mi><mn>3</mn>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>6</mn>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>1</mn>      </mrow>      </msub><mo>-</mo>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>b</mi><mn>1</mn>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>6</mn>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>2</mn>      </mrow>      </msub>    </mrow>    </mtd>  </mtr>  <mtr>    <mtd>    <mrow><mi>E</mi><mi>n</mi><mi>v</mi><mi>Z</mi><mn>.</mn><mi>O</mi><mi>m</mi><mi>p</mi><mi>R</mi>    </mrow>    </mtd>    <mtd>    <msub>      <mrow>      <mover>        <mrow><mi>x</mi>        </mrow><mo stretchy='true'>&dot;</mo>      </mover>      </mrow>      <mrow><mn>7</mn>      </mrow>    </msub>    </mtd>    <mtd><mo>=</mo>    </mtd>    <mtd>    <mrow>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>p</mi><mi>h</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>4</mn>      </mrow>      </msub><mo>-</mo>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>d</mi><mn>3</mn>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>7</mn>      </mrow>      </msub><mo>+</mo>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>b</mi><mn>3</mn>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>6</mn>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>1</mn>      </mrow>      </msub>    </mrow>    </mtd>  </mtr>  <mtr>    <mtd>    <mrow><mi>Y</mi><mi>c</mi><mi>g</mi>      <msub>      <mrow><mi>F</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>m</mi><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>    </mrow>    </mtd>    <mtd>    <msub>      <mrow>      <mover>        <mrow><mi>x</mi>        </mrow><mo stretchy='true'>&dot;</mo>      </mover>      </mrow>      <mrow><mn>8</mn>      </mrow>    </msub>    </mtd>    <mtd><mo>=</mo>    </mtd>    <mtd>    <mrow>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow><mn>1</mn>      </mrow>      </msub><mo>-</mo>      <msub>      <mrow><mi> &gamma; </mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>m</mi><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>8</mn>      </mrow>      </msub>    </mrow>    </mtd>  </mtr>  <mtr>    <mtd>    <mrow><mi>Y</mi><mi>c</mi><mi>g</mi>      <msub>      <mrow><mi>F</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>i</mi><mi>n</mi><mi>a</mi><mi>c</mi><mi>t</mi><mi>i</mi><mi>v</mi><mi>e</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>    </mrow>    </mtd>    <mtd>    <msub>      <mrow>      <mover>        <mrow><mi>x</mi>        </mrow><mo stretchy='true'>&dot;</mo>      </mover>      </mrow>      <mrow><mn>9</mn>      </mrow>    </msub>    </mtd>    <mtd><mo>=</mo>    </mtd>    <mtd>    <mrow>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow><mn>3</mn>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>8</mn>      </mrow>      </msub><mo>-</mo>      <msub>      <mrow><mi> &gamma; </mi>      </mrow>      <mrow><mn>2</mn>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>9</mn>      </mrow>      </msub><mo>-</mo><mn>2</mn>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>d</mi><mi>i</mi><mi>m</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msubsup>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>9</mn>      </mrow>      <mrow><mn>2</mn>      </mrow>      </msubsup>      <mfrac>      <mrow>        <mrow><mi>B</mi>        <msup>          <mrow><mi>L</mi>          </mrow>          <mrow><mn>2</mn>          </mrow>        </msup>        </mrow>      </mrow>      <mrow>        <msup>        <mrow>          <mrow>          <mfrac>            <mrow><mn>1</mn>            </mrow>            <mrow><mn>4</mn>            </mrow>          </mfrac><mo>+</mo><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo>          <mrow><mi>B</mi><mi>L</mi>          </mrow><mo form='postfix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>)</mo>          </mrow>        </mrow>        <mrow><mn>2</mn>        </mrow>        </msup>      </mrow>      </mfrac><mo>+</mo><mn>2</mn>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>d</mi><mi>i</mi><mi>s</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>10</mn>      </mrow>      </msub><mo>-</mo>      <msub>      <mrow><mi> &gamma; </mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>P</mi><mi>r</mi><mi>o</mi><mi>t</mi><mi>e</mi><mi>i</mi><mi>n</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>9</mn>      </mrow>      </msub>    </mrow>    </mtd>  </mtr>  <mtr>    <mtd>    <mrow><mi>Y</mi><mi>c</mi><mi>g</mi>      <msub>      <mrow><mi>F</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>d</mi><mi>i</mi><mi>m</mi><mi>e</mi><mi>r</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>    </mrow>    </mtd>    <mtd>    <msub>      <mrow>      <mover>        <mrow><mi>x</mi>        </mrow><mo stretchy='true'>&dot;</mo>      </mover>      </mrow>      <mrow><mn>10</mn>      </mrow>    </msub>    </mtd>    <mtd><mo>=</mo>    </mtd>    <mtd>    <mrow><mn>2</mn>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>d</mi><mi>i</mi><mi>m</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msubsup>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>9</mn>      </mrow>      <mrow><mn>2</mn>      </mrow>      </msubsup>      <mfrac>      <mrow>        <mrow><mi>B</mi>        <msup>          <mrow><mi>L</mi>          </mrow>          <mrow><mn>2</mn>          </mrow>        </msup>        </mrow>      </mrow>      <mrow>        <msup>        <mrow>          <mrow>          <mfrac>            <mrow><mn>1</mn>            </mrow>            <mrow><mn>4</mn>            </mrow>          </mfrac><mo>+</mo><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo>          <mrow><mi>B</mi><mi>L</mi>          </mrow><mo form='postfix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>)</mo>          </mrow>        </mrow>        <mrow><mn>2</mn>        </mrow>        </msup>      </mrow>      </mfrac><mo>-</mo>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>b</mi><mi>i</mi><mi>n</mi><mi>d</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>10</mn>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>12</mn>      </mrow>      </msub><mo>-</mo>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>d</mi><mi>i</mi><mi>s</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>10</mn>      </mrow>      </msub><mo>+</mo>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>u</mi><mi>b</mi><mi>i</mi><mi>n</mi><mi>d</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>13</mn>      </mrow>      </msub><mo>-</mo>      <msub>      <mrow><mi> &gamma; </mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>P</mi><mi>r</mi><mi>o</mi><mi>t</mi><mi>e</mi><mi>i</mi><mi>n</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>10</mn>      </mrow>      </msub>    </mrow>    </mtd>  </mtr>  <mtr>    <mtd>    <mrow><mi>Y</mi><mi>c</mi><mi>g</mi>      <msub>      <mrow><mi>E</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>    </mrow>    </mtd>    <mtd>    <msub>      <mrow>      <mover>        <mrow><mi>x</mi>        </mrow><mo stretchy='true'>&dot;</mo>      </mover>      </mrow>      <mrow><mn>11</mn>      </mrow>    </msub>    </mtd>    <mtd><mo>=</mo>    </mtd>    <mtd>    <mrow>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow><mn>2</mn>      </mrow>      </msub><mo>-</mo>      <msub>      <mrow><mi> &gamma; </mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>m</mi><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>11</mn>      </mrow>      </msub>    </mrow>    </mtd>  </mtr>  <mtr>    <mtd>    <mrow><mi>Y</mi><mi>c</mi><mi>g</mi>      <msub>      <mrow><mi>E</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>P</mi><mi>r</mi><mi>o</mi><mi>t</mi><mi>e</mi><mi>i</mi><mi>n</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>    </mrow>    </mtd>    <mtd>    <msub>      <mrow>      <mover>        <mrow><mi>x</mi>        </mrow><mo stretchy='true'>&dot;</mo>      </mover>      </mrow>      <mrow><mn>12</mn>      </mrow>    </msub>    </mtd>    <mtd><mo>=</mo>    </mtd>    <mtd>    <mrow>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow><mn>4</mn>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>11</mn>      </mrow>      </msub><mo>-</mo>      <msub>      <mrow><mi> &gamma; </mi>      </mrow>      <mrow><mn>2</mn>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>12</mn>      </mrow>      </msub><mo>-</mo>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>b</mi><mi>i</mi><mi>n</mi><mi>d</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>10</mn>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>12</mn>      </mrow>      </msub><mo>+</mo>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>u</mi><mi>b</mi><mi>i</mi><mi>n</mi><mi>d</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>13</mn>      </mrow>      </msub><mo>-</mo>      <msub>      <mrow><mi> &gamma; </mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>P</mi><mi>r</mi><mi>o</mi><mi>t</mi><mi>e</mi><mi>i</mi><mi>n</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>12</mn>      </mrow>      </msub>    </mrow>    </mtd>  </mtr>  <mtr>    <mtd>    <mrow><mi>Y</mi><mi>c</mi><mi>g</mi><mi>E</mi><mn>.</mn><mi>Y</mi><mi>c</mi><mi>g</mi>      <msub>      <mrow><mi>F</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>c</mi><mi>o</mi><mi>m</mi><mi>p</mi><mi>l</mi><mi>e</mi><mi>x</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>    </mrow>    </mtd>    <mtd>    <msub>      <mrow>      <mover>        <mrow><mi>x</mi>        </mrow><mo stretchy='true'>&dot;</mo>      </mover>      </mrow>      <mrow><mn>13</mn>      </mrow>    </msub>    </mtd>    <mtd><mo>=</mo>    </mtd>    <mtd>    <mrow><mo>-</mo>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>u</mi><mi>b</mi><mi>i</mi><mi>n</mi><mi>d</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>13</mn>      </mrow>      </msub><mo>+</mo>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>b</mi><mi>i</mi><mi>n</mi><mi>d</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>10</mn>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>12</mn>      </mrow>      </msub>    </mrow>    </mtd>  </mtr>  <mtr>    <mtd>    <mrow><mi>t</mi><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi>    </mrow>    </mtd>    <mtd>    <msub>      <mrow>      <mover>        <mrow><mi>x</mi>        </mrow><mo stretchy='true'>&dot;</mo>      </mover>      </mrow>      <mrow><mn>14</mn>      </mrow>    </msub>    </mtd>    <mtd><mo>=</mo>    </mtd>    <mtd>    <mrow>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow><mi>t</mi>      </mrow>      </msub>      <mfrac>      <mrow>        <msup>        <mrow><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo>          <mfrac>          <mrow>            <msub>            <mrow><mi>x</mi>            </mrow>            <mrow><mn>5</mn>            </mrow>            </msub>          </mrow>          <mrow>            <mrow><mi>K</mi><mn>1</mn>            </mrow>          </mrow>          </mfrac><mo form='postfix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>)</mo>        </mrow>        <mrow><mn>2</mn>        </mrow>        </msup>      </mrow>      <mrow>        <msup>        <mrow>          <mrow><mn>1</mn><mi>+</mi><mo>&af;</mo><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo>          <mfrac>            <mrow>            <msub>              <mrow><mi>x</mi>              </mrow>              <mrow><mn>5</mn>              </mrow>            </msub>            </mrow>            <mrow>            <mrow><mi>K</mi><mn>1</mn>            </mrow>            </mrow>          </mfrac><mo form='postfix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>)</mo>          </mrow>        </mrow>        <mrow><mn>2</mn>        </mrow>        </msup>      </mrow>      </mfrac><mo>-</mo><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo>      <mrow>      <msub>        <mrow><mi> &gamma; </mi>        </mrow>        <mrow><mn>1</mn>        </mrow>      </msub><mo>+</mo>      <msub>        <mrow><mi>k</mi>        </mrow>        <mrow><mi>a</mi>        </mrow>      </msub>      </mrow><mo form='postfix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>)</mo>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>14</mn>      </mrow>      </msub><mo>+</mo>      <msub>      <mrow><mi> &gamma; </mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mn>2</mn><mi>p</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>15</mn>      </mrow>      </msub><mo>+</mo><mn>2</mn>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mn>7</mn><mi>p</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>16</mn>      </mrow>      </msub><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo>      <mfrac>      <mrow>        <msub>        <mrow><mi> &gamma; </mi>        </mrow>        <mrow><mn>3</mn>        </mrow>        </msub>      </mrow>      <mrow>        <msub>        <mrow><mi>k</mi>        </mrow>        <mrow>          <mrow><mn>7</mn><mi>m</mi>          </mrow>        </mrow>        </msub>      </mrow>      </mfrac><mo form='postfix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>)</mo>      <msup>      <mrow><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo>        <mfrac>        <mrow>          <msub>          <mrow><mi>x</mi>          </mrow>          <mrow><mn>14</mn>          </mrow>          </msub>        </mrow>        <mrow>          <mrow>          <msub>            <mrow><mi> &gamma; </mi>            </mrow>            <mrow><mn>0</mn>            </mrow>          </msub><mo>+</mo>          <msub>            <mrow><mi>x</mi>            </mrow>            <mrow><mn>14</mn>            </mrow>          </msub>          </mrow>        </mrow>        </mfrac><mo form='postfix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>)</mo>      </mrow>      <mrow><mn>2</mn>      </mrow>      </msup>    </mrow>    </mtd>  </mtr>  <mtr>    <mtd>    <mrow><mi>A</mi><mi>a</mi><mo>-</mo><mi>t</mi><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi>    </mrow>    </mtd>    <mtd>    <msub>      <mrow>      <mover>        <mrow><mi>x</mi>        </mrow><mo stretchy='true'>&dot;</mo>      </mover>      </mrow>      <mrow><mn>15</mn>      </mrow>    </msub>    </mtd>    <mtd><mo>=</mo>    </mtd>    <mtd>    <mrow>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow><mi>a</mi>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>14</mn>      </mrow>      </msub><mo>-</mo><mn>2</mn>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mn>7</mn><mi>p</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>16</mn>      </mrow>      </msub><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo>      <mfrac>      <mrow>        <msub>        <mrow><mi> &gamma; </mi>        </mrow>        <mrow><mn>3</mn>        </mrow>        </msub>      </mrow>      <mrow>        <msub>        <mrow><mi>k</mi>        </mrow>        <mrow>          <mrow><mn>7</mn><mi>m</mi>          </mrow>        </mrow>        </msub>      </mrow>      </mfrac><mo form='postfix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>)</mo>      <msup>      <mrow><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo>        <mfrac>        <mrow>          <msub>          <mrow><mi>x</mi>          </mrow>          <mrow><mn>14</mn>          </mrow>          </msub>        </mrow>        <mrow>          <mrow>          <msub>            <mrow><mi> &gamma; </mi>            </mrow>            <mrow><mn>0</mn>            </mrow>          </msub><mo>+</mo>          <msub>            <mrow><mi>x</mi>            </mrow>            <mrow><mn>14</mn>            </mrow>          </msub>          </mrow>        </mrow>        </mfrac><mo form='postfix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>)</mo>      </mrow>      <mrow><mn>2</mn>      </mrow>      </msup><mo>-</mo>      <msub>      <mrow><mi> &gamma; </mi>      </mrow>      <mrow><mn>2</mn>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>15</mn>      </mrow>      </msub>    </mrow>    </mtd>  </mtr>  <mtr>    <mtd>    <mrow><mi>T</mi><mn>7</mn><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi>      <msub>      <mrow><mi>P</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>m</mi><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>    </mrow>    </mtd>    <mtd>    <msub>      <mrow>      <mover>        <mrow><mi>x</mi>        </mrow><mo stretchy='true'>&dot;</mo>      </mover>      </mrow>      <mrow><mn>16</mn>      </mrow>    </msub>    </mtd>    <mtd><mo>=</mo>    </mtd>    <mtd>    <mrow>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mn>7</mn><mi>m</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo>      <mrow><mn>1</mn><mo>-</mo>      <mfrac>        <mrow>        <msup>          <mrow><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo>          <mfrac>            <mrow>            <msub>              <mrow><mi>x</mi>              </mrow>              <mrow><mn>12</mn>              </mrow>            </msub>            </mrow>            <mrow>            <mrow><mi>K</mi><mn>1</mn>            </mrow>            </mrow>          </mfrac><mo form='postfix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>)</mo>          </mrow>          <mrow><mn>2</mn>          </mrow>        </msup>        </mrow>        <mrow>        <msup>          <mrow>          <mrow><mn>1</mn><mi>+</mi><mo>&af;</mo><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo>            <mfrac>            <mrow>              <msub>              <mrow><mi>x</mi>              </mrow>              <mrow><mn>12</mn>              </mrow>              </msub>            </mrow>            <mrow>              <mrow><mi>K</mi><mn>1</mn>              </mrow>            </mrow>            </mfrac><mo form='postfix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>)</mo>          </mrow>          </mrow>          <mrow><mn>2</mn>          </mrow>        </msup>        </mrow>      </mfrac>      </mrow><mo form='postfix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>)</mo><mo>-</mo>      <msub>      <mrow><mi> &gamma; </mi>      </mrow>      <mrow><mn>3</mn>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>16</mn>      </mrow>      </msub>    </mrow>    </mtd>  </mtr>  <mtr>    <mtd>    <mrow><mi>T</mi><mn>7</mn><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi><mi>P</mi>    </mrow>    </mtd>    <mtd>    <msub>      <mrow>      <mover>        <mrow><mi>x</mi>        </mrow><mo stretchy='true'>&dot;</mo>      </mover>      </mrow>      <mrow><mn>17</mn>      </mrow>    </msub>    </mtd>    <mtd><mo>=</mo>    </mtd>    <mtd>    <mrow>      <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mn>7</mn><mi>p</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>16</mn>      </mrow>      </msub><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo>      <mfrac>      <mrow>        <msub>        <mrow><mi> &gamma; </mi>        </mrow>        <mrow><mn>3</mn>        </mrow>        </msub>      </mrow>      <mrow>        <msub>        <mrow><mi>k</mi>        </mrow>        <mrow>          <mrow><mn>7</mn><mi>m</mi>          </mrow>        </mrow>        </msub>      </mrow>      </mfrac><mo form='postfix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>)</mo>      <msup>      <mrow><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo>        <mfrac>        <mrow>          <msub>          <mrow><mi>x</mi>          </mrow>          <mrow><mn>14</mn>          </mrow>          </msub>        </mrow>        <mrow>          <mrow>          <msub>            <mrow><mi> &gamma; </mi>            </mrow>            <mrow><mn>0</mn>            </mrow>          </msub><mo>+</mo>          <msub>            <mrow><mi>x</mi>            </mrow>            <mrow><mn>14</mn>            </mrow>          </msub>          </mrow>        </mrow>        </mfrac><mo form='postfix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>)</mo>      </mrow>      <mrow><mn>2</mn>      </mrow>      </msup><mo>-</mo>      <msub>      <mrow><mi> &gamma; </mi>      </mrow>      <mrow><mn>4</mn>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>17</mn>      </mrow>      </msub>    </mrow>    </mtd>  </mtr>  <mtr>    <mtd>    <mrow><mi>l</mi><mi>a</mi><mi>c</mi>      <msub>      <mrow><mi>Z</mi>      </mrow>      <mrow>        <mrow><mi>m</mi><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi>        </mrow>      </mrow>      </msub>    </mrow>    </mtd>    <mtd>    <msub>      <mrow>      <mover>        <mrow><mi>x</mi>        </mrow><mo stretchy='true'>&dot;</mo>      </mover>      </mrow>      <mrow><mn>18</mn>      </mrow>    </msub>    </mtd>    <mtd><mo>=</mo>    </mtd>    <mtd>    <mrow>      <msub>      <mrow><mi> &alpha; </mi>      </mrow>      <mrow><mi>M</mi>      </mrow>      </msub><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo>      <mrow><mn>1</mn><mo>-</mo>      <mfrac>        <mrow>        <msup>          <mrow><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo>          <mfrac>            <mrow>            <msub>              <mrow><mi>x</mi>              </mrow>              <mrow><mn>17</mn>              </mrow>            </msub>            </mrow>            <mrow>            <mrow><mi>K</mi><mn>5</mn>            </mrow>            </mrow>          </mfrac><mo form='postfix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>)</mo>          </mrow>          <mrow><mn>2</mn>          </mrow>        </msup>        </mrow>        <mrow>        <msup>          <mrow>          <mrow><mn>1</mn><mi>+</mi><mo>&af;</mo><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo>            <mfrac>            <mrow>              <msub>              <mrow><mi>x</mi>              </mrow>              <mrow><mn>17</mn>              </mrow>              </msub>            </mrow>            <mrow>              <mrow><mi>K</mi><mn>5</mn>              </mrow>            </mrow>            </mfrac><mo form='postfix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>)</mo>          </mrow>          </mrow>          <mrow><mn>2</mn>          </mrow>        </msup>        </mrow>      </mfrac>      </mrow><mo form='postfix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>)</mo><mo>-</mo>      <msub>      <mrow><mi> &gamma; </mi>      </mrow>      <mrow><mi>M</mi>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>18</mn>      </mrow>      </msub>    </mrow>    </mtd>  </mtr>  <mtr>    <mtd>    <mrow><mi> &beta; </mi><mo>-</mo><mi>G</mi><mi>a</mi><mi>l</mi><mi>a</mi><mi>c</mi><mi>t</mi><mi>o</mi><mi>s</mi><mi>i</mi><mi>d</mi><mi>a</mi><mi>s</mi><mi>e</mi>    </mrow>    </mtd>    <mtd>    <msub>      <mrow>      <mover>        <mrow><mi>x</mi>        </mrow><mo stretchy='true'>&dot;</mo>      </mover>      </mrow>      <mrow><mn>19</mn>      </mrow>    </msub>    </mtd>    <mtd><mo>=</mo>    </mtd>    <mtd>    <mrow>      <msub>      <mrow><mi> &alpha; </mi>      </mrow>      <mrow><mi>B</mi>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>18</mn>      </mrow>      </msub><mo>-</mo>      <msub>      <mrow><mi> &gamma; </mi>      </mrow>      <mrow><mi>B</mi>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>19</mn>      </mrow>      </msub>    </mrow>    </mtd>  </mtr>  <mtr>    <mtd>    <mrow><mi>d</mi><mi>y</mi><mi>e</mi>    </mrow>    </mtd>    <mtd>    <msub>      <mrow>      <mover>        <mrow><mi>x</mi>        </mrow><mo stretchy='true'>&dot;</mo>      </mover>      </mrow>      <mrow><mn>20</mn>      </mrow>    </msub>    </mtd>    <mtd><mo>=</mo>    </mtd>    <mtd>    <mrow>      <msub>      <mrow><mi> &alpha; </mi>      </mrow>      <mrow><mi>A</mi>      </mrow>      </msub>      <msub>      <mrow><mi>x</mi>      </mrow>      <mrow><mn>19</mn>      </mrow>      </msub>    </mrow>    </mtd>  </mtr>  </mtable> </mrow></math></div><h2 class='section'><span class='section_label'>3</span> <a id='magicparlabel-8' ></a>Parameters</h2><div class='standard'><a id='magicparlabel-9' ></a><div class='longtable' style='text-align: center;'><table><thead><tr><th align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-413' ></a>Parameter</div></th><th align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-416' ></a>Value</div></th><th align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-419' ></a>Unit</div></th><th align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-422' ></a>Name</div></th><th align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-425' ></a>Source</div></th></tr></thead><tbody><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-428' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>k</mi>  </mrow>  <mrow>    <mrow><mi>a</mi><mi>p</mi>    </mrow>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-431' ></a>0.1</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-434' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-437' ></a>EnvZ autophosphorelation rate</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-440' ></a>[<a href='#Igoshin-2008'>3</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-443' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>k</mi>  </mrow>  <mrow>    <mrow><mi>a</mi><mi>d</mi>    </mrow>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-446' ></a>0.001</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-449' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-452' ></a>EnvZ dephospholeration rate</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-455' ></a>[<a href='#Igoshin-2008'>3</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-458' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>k</mi>  </mrow>  <mrow>    <mrow><mi>b</mi><mn>1</mn>    </mrow>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-461' ></a>0.5</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-464' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-467' ></a>binding rate EnvZ-P &amp; OmpR</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-470' ></a>[<a href='#Igoshin-2008'>3</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-473' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>k</mi>  </mrow>  <mrow>    <mrow><mi>d</mi><mn>1</mn>    </mrow>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-476' ></a>0.5</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-479' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-482' ></a>unbinding rate EnvZ-P.OmpR</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-485' ></a>[<a href='#Igoshin-2008'>3</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-488' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>k</mi>  </mrow>  <mrow>    <mrow><mi>b</mi><mn>2</mn>    </mrow>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-491' ></a>0.05</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-494' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-497' ></a>binding rate EnvZ &amp; OmpR-P</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-500' ></a>[<a href='#Igoshin-2008'>3</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-503' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>k</mi>  </mrow>  <mrow>    <mrow><mi>d</mi><mn>2</mn>    </mrow>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-506' ></a>0.5</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-509' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-512' ></a>unbinding rate EnvZ.OmpR-P</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-515' ></a>[<a href='#Igoshin-2008'>3</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-518' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>k</mi>  </mrow>  <mrow>    <mrow><mi>b</mi><mn>3</mn>    </mrow>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-521' ></a>0.5</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-524' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-527' ></a>binding rate EnvZ &amp; OmpR</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-530' ></a>[<a href='#Igoshin-2008'>3</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-533' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>k</mi>  </mrow>  <mrow>    <mrow><mi>d</mi><mn>3</mn>    </mrow>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-536' ></a>5</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-539' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-542' ></a>unbinding rate EnvZ.OmpR</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-545' ></a>[<a href='#Igoshin-2008'>3</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-548' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>k</mi>  </mrow>  <mrow>    <mrow><mi>p</mi><mi>h</mi>    </mrow>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-551' ></a>0.05</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-554' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-557' ></a>dephosphorelation rate EnvZ.OmpR-P</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-560' ></a>[<a href='#Igoshin-2008'>3</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-563' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>k</mi>  </mrow>  <mrow>    <mrow><mi>p</mi><mi>t</mi>    </mrow>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-566' ></a>1.5</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-569' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-572' ></a>phosphotransfer rate</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-575' ></a>[<a href='#Igoshin-2008'>3</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-578' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>k</mi>  </mrow>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-581' ></a>1.54e-3</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-584' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-587' ></a>max transcription rate YcgF</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-590' ></a>[<a href='#kuleuven'>2</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-593' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>k</mi>  </mrow>  <mrow><mn>2</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-596' ></a>0.848e-3</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-599' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-602' ></a>max transcription rate YcgE</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-605' ></a>[<a href='#kuleuven'>2</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-608' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>k</mi>  </mrow>  <mrow><mn>3</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-611' ></a>0.167</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-614' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-617' ></a>max translation rate YcgF</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-620' ></a>[<a href='#kuleuven'>2</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-623' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>k</mi>  </mrow>  <mrow><mn>4</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-626' ></a>0.167</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-629' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-632' ></a>max translation rate YcgE</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-635' ></a>[<a href='#kuleuven'>2</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-638' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>k</mi>  </mrow>  <mrow>    <mrow><mi>d</mi><mi>i</mi><mi>m</mi>    </mrow>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-641' ></a>0.008</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-644' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-647' ></a>dimerization rate YcgF</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-650' ></a>[<a href='#kuleuven'>2</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-653' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>k</mi>  </mrow>  <mrow>    <mrow><mi>d</mi><mi>i</mi><mi>s</mi>    </mrow>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-656' ></a>0.0058</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-659' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-662' ></a>dissociation rate YcgF dimer</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-665' ></a>[<a href='#kuleuven'>2</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-668' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>k</mi>  </mrow>  <mrow>    <mrow><mi>b</mi><mi>i</mi><mi>n</mi><mi>d</mi>    </mrow>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-671' ></a>100</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-674' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-677' ></a>binding rate YcgF dimer to YcgE</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-680' ></a>[<a href='#kuleuven'>2</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-683' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>k</mi>  </mrow>  <mrow>    <mrow><mi>u</mi><mi>b</mi><mi>i</mi><mi>n</mi><mi>d</mi>    </mrow>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-686' ></a>1</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-689' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-692' ></a>unbinding rate YcgF.YcgE</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-695' ></a>[<a href='#kuleuven'>2</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-698' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi> &gamma; </mi>  </mrow>  <mrow>    <mrow><mi>m</mi><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi>    </mrow>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-701' ></a>2.3105e-3</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-704' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-707' ></a>degradation mRNA YcgE/YcgF</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-710' ></a>[<a href='#kuleuven'>2</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-713' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi> &gamma; </mi>  </mrow>  <mrow>    <mrow><mi>P</mi><mi>r</mi><mi>o</mi><mi>t</mi><mi>e</mi><mi>i</mi><mi>n</mi>    </mrow>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-716' ></a>1.9254e-5</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-719' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-722' ></a>degradation rate Protein YcgE/YcgF</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-725' ></a>[<a href='#kuleuven'>2</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-728' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>k</mi>  </mrow>  <mrow><mi>t</mi>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-731' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>46.67</mn>  </mrow>  <mrow><mn>60</mn>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-734' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow>    <mrow><mi>n</mi><mi>M</mi>    </mrow>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-737' ></a>max transcription rate tRNA</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-740' ></a>[<a href='#pkubeijing'>1</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-743' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>k</mi>  </mrow>  <mrow><mi>a</mi>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-746' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>0.08</mn>  </mrow>  <mrow><mn>60</mn>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-749' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-752' ></a>synthesis rate Aa-tRNA</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-755' ></a>[<a href='#pkubeijing'>1</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-758' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>k</mi>  </mrow>  <mrow>    <mrow><mn>7</mn><mi>p</mi>    </mrow>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-761' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1.5625</mn>  </mrow>  <mrow><mn>60</mn>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-764' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow>    <mrow><mi>n</mi><mi>M</mi>    </mrow>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-767' ></a>max transcription rate T7RNAP</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-770' ></a>[<a href='#pkubeijing'>1</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-773' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>k</mi>  </mrow>  <mrow>    <mrow><mn>7</mn><mi>m</mi>    </mrow>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-776' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow>    <mrow><mn>268</mn><mo>*</mo><mn>0.05</mn>    </mrow>  </mrow>  <mrow><mn>60</mn>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-779' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-782' ></a>max translation rate T7RNAP</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-785' ></a>[<a href='#pkubeijing'>1</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-788' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>k</mi>  </mrow>  <mrow><mi>S</mi>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-791' ></a>0.3</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-794' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow>    <mrow><mi>n</mi><mi>M</mi>    </mrow>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-797' ></a>AND Gate rate</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-800' ></a>[<a href='#pkubeijing'>1</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-803' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi> &gamma; </mi>  </mrow>  <mrow><mn>0</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-806' ></a>1</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-809' ></a>-</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-812' ></a>threshold Aa-tRNA</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-815' ></a>guessed</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-818' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi> &gamma; </mi>  </mrow>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-821' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow>    <mrow><mn>60</mn><mo>*</mo><mn>60</mn>    </mrow>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-824' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-827' ></a>degradation of tRNA</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-830' ></a>[<a href='#pkubeijing'>1</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-833' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi> &gamma; </mi>  </mrow>  <mrow><mn>2</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-836' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow>    <mrow><mn>40</mn><mo>*</mo><mn>60</mn>    </mrow>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-839' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-842' ></a>degradation of Aa-tRNA</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-845' ></a>[<a href='#pkubeijing'>1</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-848' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi> &gamma; </mi>  </mrow>  <mrow><mn>3</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-851' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow>    <mrow><mn>4.4</mn><mo>*</mo><mn>60</mn>    </mrow>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-854' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-857' ></a>degradation of T7RNAP mRNA</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-860' ></a>[<a href='#pkubeijing'>1</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-863' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi> &gamma; </mi>  </mrow>  <mrow><mn>4</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-866' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>46.67</mn>  </mrow>  <mrow>    <mrow><mn>40</mn><mo>*</mo><mn>60</mn>    </mrow>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-869' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-872' ></a>degradation of T7RNAP</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-875' ></a>[<a href='#pkubeijing'>1</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-878' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mrow><mi>K</mi><mn>1</mn>  </mrow> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-881' ></a>5</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-884' ></a>nM</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-887' ></a>response param. OmpR-P,tRNA</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-890' ></a>guessed</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-893' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mrow><mi>K</mi><mn>3</mn>  </mrow> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-896' ></a>600</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-899' ></a>nM</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-902' ></a>response param. YcgE,T7RNAP</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-905' ></a>guessed</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-908' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mrow><mi>K</mi><mn>5</mn>  </mrow> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-911' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow>    <mrow><mi>k</mi><mn>7</mn><mi>p</mi>    </mrow>  </mrow>  <mrow>    <mrow><mn>4</mn><mo>*</mo>    <msub>      <mrow><mi> &gamma; </mi>      </mrow>      <mrow><mn>4</mn>      </mrow>    </msub>    </mrow>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-914' ></a>nM</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-917' ></a>response param T7RNAP,lacZ</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-920' ></a>guessed</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-923' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi> &alpha; </mi>  </mrow>  <mrow><mi>M</mi>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-926' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>0.997</mn>  </mrow>  <mrow><mn>60</mn>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-929' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow>    <mrow><mi>n</mi><mi>M</mi>    </mrow>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-932' ></a>max transcription rate lacZ</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-935' ></a>[<a href='#Yildirim-2004'>4</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-938' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi> &alpha; </mi>  </mrow>  <mrow><mi>B</mi>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-941' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow>    <mrow><mn>1.661</mn><mi>e</mi><mo>-</mo><mn>5</mn>    </mrow>  </mrow>  <mrow><mn>60</mn>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-944' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-947' ></a>max translation rate lacZ</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-950' ></a>[<a href='#Yildirim-2004'>4</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-953' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi> &alpha; </mi>  </mrow>  <mrow><mi>A</mi>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-956' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>20</mn>  </mrow>  <mrow><mn>60</mn>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-959' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-962' ></a>enzymatic reaction rate</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-965' ></a>[<a href='#Yildirim-2004'>4</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-968' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi> &gamma; </mi>  </mrow>  <mrow><mi>M</mi>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-971' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>0.411</mn>  </mrow>  <mrow><mn>60</mn>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-974' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-977' ></a>degradation lacZ mRNA</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-980' ></a>[<a href='#Yildirim-2004'>4</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-983' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi> &gamma; </mi>  </mrow>  <mrow><mi>B</mi>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-986' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow>    <mrow><mn>8.331</mn><mi>e</mi><mo>-</mo><mn>4</mn>    </mrow>  </mrow>  <mrow><mn>60</mn>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-989' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mi>s</mi>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-992' ></a>degradation <math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow><mi> &beta; </mi> </mrow></math>-Galactosidase</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-995' ></a>[<a href='#Yildirim-2004'>4</a>]</div></td></tr></tbody></table></div></div><h2 class='section'><span class='section_label'>4</span> <a id='magicparlabel-996' ></a>Initial Data</h2><div class='standard'><a id='magicparlabel-997' ></a><div class='longtable' style='text-align: center;'><table><thead><tr><th align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1221' ></a>Name</div></th><th align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1224' ></a>Variable</div></th><th align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1227' ></a>Initial Value</div></th><th align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1230' ></a>Comment</div></th><th align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1233' ></a>Source</div></th></tr></thead><tbody><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1236' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mrow><mi>E</mi><mi>n</mi><mi>v</mi><mi>Z</mi>  </mrow> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1239' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>x</mi>  </mrow>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1242' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>3500</mn>  </mrow>  <mrow><mn>0.60221</mn>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1245' ></a>3500 molecules per cell</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1248' ></a>[<a href='#Igoshin-2008'>3</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1251' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mrow><mi>E</mi><mi>n</mi><mi>v</mi><mi>Z</mi><mo>-</mo><mi>P</mi>  </mrow> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1254' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>x</mi>  </mrow>  <mrow><mn>2</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1257' ></a>0</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1260' ></a></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1263' ></a></div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1266' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mrow><mi>E</mi><mi>n</mi><mi>v</mi><mi>Z</mi><mo>-</mo><mi>P</mi><mn>.</mn><mi>O</mi><mi>m</mi><mi>p</mi><mi>R</mi>  </mrow> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1269' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>x</mi>  </mrow>  <mrow><mn>3</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1272' ></a>0</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1275' ></a></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1278' ></a></div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1281' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mrow><mi>E</mi><mi>n</mi><mi>v</mi><mi>Z</mi><mn>.</mn><mi>O</mi><mi>m</mi><mi>p</mi><mi>R</mi><mo>-</mo><mi>P</mi>  </mrow> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1284' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>x</mi>  </mrow>  <mrow><mn>4</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1287' ></a>0</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1290' ></a></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1293' ></a></div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1296' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mrow><mi>O</mi><mi>m</mi><mi>p</mi><mi>R</mi><mo>-</mo><mi>P</mi>  </mrow> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1299' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>x</mi>  </mrow>  <mrow><mn>5</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1302' ></a>0</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1305' ></a></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1308' ></a></div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1311' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mrow><mi>O</mi><mi>m</mi><mi>p</mi><mi>R</mi>  </mrow> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1314' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>x</mi>  </mrow>  <mrow><mn>6</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1317' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>100</mn>  </mrow>  <mrow><mn>0.60221</mn>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1320' ></a>100 molecules per cell</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1323' ></a>[<a href='#Igoshin-2008'>3</a>]</div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1326' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mrow><mi>E</mi><mi>n</mi><mi>v</mi><mi>Z</mi><mn>.</mn><mi>O</mi><mi>m</mi><mi>p</mi><mi>R</mi>  </mrow> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1329' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>x</mi>  </mrow>  <mrow><mn>7</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1332' ></a>0</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1335' ></a></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1338' ></a></div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1341' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mrow><mi>Y</mi><mi>c</mi><mi>g</mi>  <msub>    <mrow><mi>F</mi>    </mrow>    <mrow>    <mrow><mi>m</mi><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi>    </mrow>    </mrow>  </msub>  </mrow> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1344' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>x</mi>  </mrow>  <mrow><mn>8</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1347' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow>    <msub>    <mrow><mi>k</mi>    </mrow>    <mrow><mn>1</mn>    </mrow>    </msub>  </mrow>  <mrow>    <msub>    <mrow><mi> &gamma; </mi>    </mrow>    <mrow>      <mrow><mi>m</mi><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi>      </mrow>    </mrow>    </msub>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1350' ></a>steady state</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1353' ></a></div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1356' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mrow><mi>Y</mi><mi>c</mi><mi>g</mi>  <msub>    <mrow><mi>F</mi>    </mrow>    <mrow>    <mrow><mi>i</mi><mi>n</mi><mi>a</mi><mi>c</mi><mi>t</mi><mi>i</mi><mi>v</mi><mi>e</mi>    </mrow>    </mrow>  </msub>  </mrow> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1359' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>x</mi>  </mrow>  <mrow><mn>9</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1362' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mrow>  <mfrac>    <mrow>    <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow><mn>3</mn>      </mrow>    </msub>    </mrow>    <mrow>    <msub>      <mrow><mi> &gamma; </mi>      </mrow>      <mrow>      <mrow><mi>P</mi><mi>r</mi><mi>o</mi><mi>t</mi><mi>e</mi><mi>i</mi><mi>n</mi>      </mrow>      </mrow>    </msub>    </mrow>  </mfrac>  <mfrac>    <mrow>    <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow><mn>1</mn>      </mrow>    </msub>    </mrow>    <mrow>    <msub>      <mrow><mi> &gamma; </mi>      </mrow>      <mrow>      <mrow><mi>m</mi><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi>      </mrow>      </mrow>    </msub>    </mrow>  </mfrac>  </mrow> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1365' ></a>steady state</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1368' ></a></div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1371' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mrow><mi>Y</mi><mi>c</mi><mi>g</mi>  <msub>    <mrow><mi>F</mi>    </mrow>    <mrow>    <mrow><mi>d</mi><mi>i</mi><mi>m</mi><mi>e</mi><mi>r</mi>    </mrow>    </mrow>  </msub>  </mrow> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1374' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>x</mi>  </mrow>  <mrow><mn>10</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1377' ></a>0</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1380' ></a></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1383' ></a></div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1386' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mrow><mi>Y</mi><mi>c</mi><mi>g</mi>  <msub>    <mrow><mi>E</mi>    </mrow>    <mrow>    <mrow><mi>m</mi><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi>    </mrow>    </mrow>  </msub>  </mrow> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1389' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>x</mi>  </mrow>  <mrow><mn>11</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1392' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow>    <msub>    <mrow><mi>k</mi>    </mrow>    <mrow><mn>2</mn>    </mrow>    </msub>  </mrow>  <mrow>    <msub>    <mrow><mi> &gamma; </mi>    </mrow>    <mrow>      <mrow><mi>m</mi><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi>      </mrow>    </mrow>    </msub>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1395' ></a>steady state</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1398' ></a></div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1401' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mrow><mi>Y</mi><mi>c</mi><mi>g</mi><mi>E</mi>  </mrow> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1404' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>x</mi>  </mrow>  <mrow><mn>12</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1407' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mrow>  <mfrac>    <mrow>    <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow><mn>4</mn>      </mrow>    </msub>    </mrow>    <mrow>    <msub>      <mrow><mi> &gamma; </mi>      </mrow>      <mrow>      <mrow><mi>P</mi><mi>r</mi><mi>o</mi><mi>t</mi><mi>e</mi><mi>i</mi><mi>n</mi>      </mrow>      </mrow>    </msub>    </mrow>  </mfrac>  <mfrac>    <mrow>    <msub>      <mrow><mi>k</mi>      </mrow>      <mrow><mn>2</mn>      </mrow>    </msub>    </mrow>    <mrow>    <msub>      <mrow><mi> &gamma; </mi>      </mrow>      <mrow>      <mrow><mi>m</mi><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi>      </mrow>      </mrow>    </msub>    </mrow>  </mfrac>  </mrow> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1410' ></a>steady state</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1413' ></a></div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1416' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mrow><mi>Y</mi><mi>c</mi><mi>g</mi><mi>E</mi><mn>.</mn><mi>Y</mi><mi>c</mi><mi>g</mi><mi>F</mi>  </mrow> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1419' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>x</mi>  </mrow>  <mrow><mn>13</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1422' ></a>0</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1425' ></a></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1428' ></a></div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1431' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mrow><mi>t</mi><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi>  </mrow> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1434' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>x</mi>  </mrow>  <mrow><mn>14</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1437' ></a>0</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1440' ></a></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1443' ></a></div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1446' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mrow><mi>A</mi><mi>a</mi><mo>-</mo><mi>t</mi><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi>  </mrow> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1449' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>x</mi>  </mrow>  <mrow><mn>15</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1452' ></a>0</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1455' ></a></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1458' ></a></div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1461' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mrow><mi>T</mi><mn>7</mn><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi>  <msub>    <mrow><mi>P</mi>    </mrow>    <mrow>    <mrow><mi>m</mi><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi>    </mrow>    </mrow>  </msub>  </mrow> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1464' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>x</mi>  </mrow>  <mrow><mn>16</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1467' ></a>0</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1470' ></a></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1473' ></a></div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1476' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mrow><mi>T</mi><mn>7</mn><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi><mi>P</mi>  </mrow> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1479' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>x</mi>  </mrow>  <mrow><mn>17</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1482' ></a>0</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1485' ></a></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1488' ></a></div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1491' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mrow><mi>l</mi><mi>a</mi><mi>c</mi>  <msub>    <mrow><mi>Z</mi>    </mrow>    <mrow>    <mrow><mi>m</mi><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi>    </mrow>    </mrow>  </msub>  </mrow> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1494' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>x</mi>  </mrow>  <mrow><mn>18</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1497' ></a>0</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1500' ></a></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1503' ></a></div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1506' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mrow><mi> &beta; </mi><mo>-</mo><mi>G</mi><mi>a</mi><mi>l</mi><mi>a</mi><mi>c</mi><mi>t</mi><mi>o</mi><mi>s</mi><mi>i</mi><mi>d</mi><mi>a</mi><mi>s</mi><mi>e</mi>  </mrow> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1509' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>x</mi>  </mrow>  <mrow><mn>19</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1512' ></a>0</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1515' ></a></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1518' ></a></div></td></tr><tr><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1521' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mrow><mi>d</mi><mi>y</mi><mi>e</mi>  </mrow> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1524' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <msub>  <mrow><mi>x</mi>  </mrow>  <mrow><mn>20</mn>  </mrow>  </msub> </mrow></math></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1527' ></a>0</div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1530' ></a></div></td><td align='center' valign='top'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1533' ></a></div></td></tr></tbody></table></div></div><h2 class='section'><span class='section_label'>5</span> <a id='magicparlabel-1534' ></a>Simulation</h2><div class='standard'><a id='magicparlabel-7578' ></a>In all graphics the unit for time is seconds. Both intensities were varieed, but the intensities for blue and red light were scaled by a factor of <math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mn>10</mn>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math> and <math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow><mn>10</mn> </mrow></math> respectively. The duration for blue light was scaled by a factor of <math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mfrac>  <mrow><mn>1</mn>  </mrow>  <mrow><mn>5</mn>  </mrow>  </mfrac> </mrow></math>. These scaling factors were used to have vary between the same intensities and exposure times that were used in the simulation of the seperate parts. Although it would be desirable only to vary only the characteristics of the light of the wavelength that affects the corresponding part of the system, this was not done since the equations intrinsically provide that each wavelength only affects one part of the system and computations were a lot faster like this.</div><div class='standard'><a id='magicparlabel-4665' ></a>Firstly the activation time of the blue light sensor part was simulated since the pathway was extended by the T7 Polymerase mRNA production. The threshold for the activation was <math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mrow><mn>1</mn><mi>n</mi><mi>M</mi>  </mrow> </mrow></math> T7pol mRNA. </div><div class='standard'><a id='magicparlabel-17791' ></a><br ></a></div><div class='standard'><a id='magicparlabel-1538' ></a></div><div class='float float-figure'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1541' ></a><img style='width:100%;' src='https://static.igem.org/mediawiki/2011/f/f8/0_Users_schaluck_Desktop_cbactive.png' alt='image: 0_Users_schaluck_Desktop_cbactive.png' ></a></div></div><div class='standard'><a id='magicparlabel-1535' ></a>Values of -20 indicate that the threshold was not passed in the 60,000 seconds of simulation. Other values are in seconds. We see that if a minimum exposure time is exceeded the activation time only depends on the light intensity. This should coincide with real behavior. The spikes are due to numeric inaccuracies.</div><div class='standard'><a id='magicparlabel-7200' ></a>Secondly the deactivation time, the time at which the concentration dropped below the threshold, was simulated.</div><div class='standard'><a id='magicparlabel-5728' ></a></div><div class='float float-figure'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-1552' ></a><img style='width:100%;' src='https://static.igem.org/mediawiki/2011/5/51/1_Users_schaluck_Desktop_cbdeactive.png' alt='image: 1_Users_schaluck_Desktop_cbdeactive.png' ></a></div></div><div class='standard'><a id='magicparlabel-8044' ></a>We can observe that although the deactivation time depends on both intensity and exposure time but saturates very fast with respect to both variables.</div><div class='standard'><a id='magicparlabel-8726' ></a>The same procedure was done for the red light sensor part. Here the concentration of tRNA served as reference and a threshold of <math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow>  <mrow><mn>30</mn><mi>n</mi><mi>M</mi>  </mrow> </mrow></math> was used.</div><div class='standard'><a id='magicparlabel-8005' ></a></div><div class='float float-figure'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-2559' ></a><img style='width:100%;' src='https://static.igem.org/mediawiki/2011/3/35/3_Users_schaluck_Desktop_cractive.png' alt='image: 3_Users_schaluck_Desktop_cractive.png' ></a></div></div><div class='standard'><a id='magicparlabel-2577' ></a>Here accurate predictions about the behavior is difficult since the values are monotonic neither in intensity nor exposure time. Still the activation time seems to be more or less independent of exposure time after a certain amount of time. The threshold is probably due to the fact that the signal needs to cascade down a pathway that involves slower reactions which dampen the signal speed if the original signal is no longer present. Wether this behavior is realistic is questionable.<br ></a></div><div class='standard'><a id='magicparlabel-8761' ></a></div><div class='float float-figure'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-2580' ></a><img style='width:100%;' src='https://static.igem.org/mediawiki/2011/1/19/4_Users_schaluck_Desktop_crdeactive.png' alt='image: 4_Users_schaluck_Desktop_crdeactive.png' ></a></div><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-2581' ></a></div></div><div class='standard'><a id='magicparlabel-2592' ></a>The deactivation time of the red light sensor part also depends on intensity and exposure time but saturation is achieved a lot slower than for the blue light sensor part.</div><div class='standard'><a id='magicparlabel-12437' ></a>Finally the output of dye was simulated.</div><div class='standard'><a id='magicparlabel-11588' ></a></div><div class='float float-figure'><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-2595' ></a><img style='width:100%;' src='https://static.igem.org/mediawiki/2011/7/79/5_Users_schaluck_Desktop_coutput.png' ></a></div><div class='plain_layout'><a id='magicparlabel-2596' ></a></div></div><div class='standard'><a id='magicparlabel-3277' ></a>We can see that the output of dye depends on both intensity and exposure time. Of course here a simulation where both intensity and exposure time are varied independently for each wavelength would be desirable. This would mean an scaling in potency by 4 instead of 2 in the computation time and would lead to the question how to present the data in a good fashion. Also it would be questionable wether any real information would be gained due to the inaccuracy in the parameters.</div><h2 class='section'><span class='section_label'>6</span> <a id='magicparlabel-12443' ></a>conclusion</h2><div class='standard'><a id='magicparlabel-13900' ></a>All simulations should be treated with extreme care, since some parameters were only guessed and the sensitivity to errors in the guessing increases with the complexity of the whole system. Hence the results should be only used as indicator for the qualitative behavior of the system and not the quantitative behavior. Unfortunately our assays did not provide enough data to make reasonable assumptions about the missing parameters, but if this data would be available the model could also be further refined.</div><div class='standard'><a id='magicparlabel-1549' ></a><h2 class='bibtex'>References</h2><div class='bibtex'><div class='bibtexentry'><a id='pkubeijing' ></a><span class='bibtexlabel'>1. </span><span class='bibtexinfo'>PKU Beijing 2009, 'AND Gate 1' (2009).</span></div><div class='bibtexentry'><a id='kuleuven' ></a><span class='bibtexlabel'>2. </span><span class='bibtexinfo'>KU Leuven 2009, 'Blue Light Receptor: Modeling' (2009).</span></div><div class='bibtexentry'><a id='Igoshin-2008' ></a><span class='bibtexlabel'>3. </span><span class='bibtexinfo'>Igoshin, Oleg A and Alves, Rui and Savageau, Michael A, 'Hysteretic and graded responses in bacterial two-component signal transduction', <i>Mol Microbiol</i> (2008), 1196-215.</span></div><div class='bibtexentry'><a id='Yildirim-2004' ></a><span class='bibtexlabel'>4. </span><span class='bibtexinfo'>Yildirim, N and Santillan, M and Horike, D and Mackey, MC, 'Dynamics and bistability in a reduced model of the lac operon', <i>CHAOS</i> (2004), 279-292.</span></div></div></div>");

Latest revision as of 11:42, 28 October 2011

document.write("<style type='text/css'>table { border: 1px solid black; display: inline-block; }td { border: 1px solid black; padding: 0.5ex; }</style><style type='text/css'>div.bibtexentry { margin-left: 2em; text-indent: -2em; }span.bibtexlabel:before{ content: '['; }span.bibtexlabel:after{ content: '] '; }</style><style type='text/css'>div.standard {text-align: left;}h2.section {font-weight: normal;font-style: normal;font-variant: small-caps;font-size: medium;margin-top: 1.3ex;margin-bottom: 0.7ex;text-align: center;}div.plain_layout {text-align: left;}</style>
<a id='magicparlabel-3' ></a>
Table of Contents
<a href='#magicparlabel-4' class='tocentry'>1 Model</a> <a href='#magicparlabel-4' class='tocarrow'>></a>
<a href='#magicparlabel-6' class='tocentry'>2 Equations</a> <a href='#magicparlabel-6' class='tocarrow'>></a>
<a href='#magicparlabel-8' class='tocentry'>3 Parameters</a> <a href='#magicparlabel-8' class='tocarrow'>></a>
<a href='#magicparlabel-996' class='tocentry'>4 Initial Data</a> <a href='#magicparlabel-996' class='tocarrow'>></a>
<a href='#magicparlabel-1534' class='tocentry'>5 Simulation</a> <a href='#magicparlabel-1534' class='tocarrow'>></a>
<a href='#magicparlabel-12443' class='tocentry'>6 conclusion</a> <a href='#magicparlabel-12443' class='tocarrow'>></a>

Contents

<a id='magicparlabel-4' ></a>Model

<a id='magicparlabel-5' ></a>This model combines the work previously done for the red light sensor, the blue light sensor and the AND-Gate. See the respective pages for more details
<a id='magicparlabel-3986' ></a>
<a id='magicparlabel-3295' ></a>
<a id='magicparlabel-3298' ></a><img style='width:100%;' src='https://static.igem.org/mediawiki/2011/0/0e/6_Users_schaluck_Desktop_igemmodel_completmodel.jpg' alt='image: 6_Users_schaluck_Desktop_igemmodel_completmodel.jpg' ></a>
<a id='magicparlabel-3299' ></a>
<a id='magicparlabel-1884' ></a>
</a>

<a id='magicparlabel-2740' ></a>Equations

<a id='magicparlabel-2741' ></a><math display='block' xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mtable> <mtr> <mtd> <mrow><mi>E</mi><mi>n</mi><mi>v</mi><mi>Z</mi> </mrow> </mtd> <mtd> <msub> <mrow> <mover> <mrow><mi>x</mi> </mrow><mo stretchy='true'>&dot;</mo> </mover> </mrow> <mrow><mn>1</mn> </mrow> </msub> </mtd> <mtd><mo>=</mo> </mtd> <mtd> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>a</mi><mi>d</mi> </mrow> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>2</mn> </mrow> </msub><mo>-</mo> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>a</mi><mi>p</mi> </mrow> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>1</mn> </mrow> </msub><mi>R</mi><mi>L</mi><mo>+</mo> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>d</mi><mn>2</mn> </mrow> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>4</mn> </mrow> </msub><mo>-</mo> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>b</mi><mn>2</mn> </mrow> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>5</mn> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>1</mn> </mrow> </msub><mo>-</mo> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>b</mi><mn>3</mn> </mrow> </mrow> </msub><mo>*</mo> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>6</mn> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>1</mn> </mrow> </msub><mo>+</mo> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>d</mi><mn>3</mn> </mrow> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>7</mn> </mrow> </msub> </mrow> </mtd> </mtr> <mtr> <mtd> <mrow><mi>E</mi><mi>n</mi><mi>v</mi><mi>Z</mi><mo>-</mo><mi>P</mi> </mrow> </mtd> <mtd> <msub> <mrow> <mover> <mrow><mi>x</mi> </mrow><mo stretchy='true'>&dot;</mo> </mover> </mrow> <mrow><mn>2</mn> </mrow> </msub> </mtd> <mtd><mo>=</mo> </mtd> <mtd> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>a</mi><mi>p</mi> </mrow> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>1</mn> </mrow> </msub><mi>R</mi><mi>L</mi><mo>-</mo> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>a</mi><mi>d</mi> </mrow> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>2</mn> </mrow> </msub><mo>+</mo> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>d</mi><mn>1</mn> </mrow> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>3</mn> </mrow> </msub><mo>-</mo> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>b</mi><mn>1</mn> </mrow> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>6</mn> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>2</mn> </mrow> </msub> </mrow> </mtd> </mtr> <mtr> <mtd> <mrow><mi>E</mi><mi>n</mi><mi>v</mi><mi>Z</mi><mo>-</mo><mi>P</mi><mn>.</mn><mi>O</mi><mi>m</mi><mi>p</mi><mi>R</mi> </mrow> </mtd> <mtd> <msub> <mrow> <mover> <mrow><mi>x</mi> </mrow><mo stretchy='true'>&dot;</mo> </mover> </mrow> <mrow><mn>3</mn> </mrow> </msub> </mtd> <mtd><mo>=</mo> </mtd> <mtd> <mrow><mo>-</mo><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>d</mi><mn>1</mn> </mrow> </mrow> </msub><mo>+</mo> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>p</mi><mi>t</mi> </mrow> </mrow> </msub> </mrow><mo form='postfix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>)</mo> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>3</mn> </mrow> </msub><mo>+</mo> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>b</mi><mn>1</mn> </mrow> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>6</mn> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>2</mn> </mrow> </msub> </mrow> </mtd> </mtr> <mtr> <mtd> <mrow><mi>E</mi><mi>n</mi><mi>v</mi><mi>Z</mi><mn>.</mn><mi>O</mi><mi>m</mi><mi>p</mi><mi>R</mi><mo>-</mo><mi>P</mi> </mrow> </mtd> <mtd> <msub> <mrow> <mover> <mrow><mi>x</mi> </mrow><mo stretchy='true'>&dot;</mo> </mover> </mrow> <mrow><mn>4</mn> </mrow> </msub> </mtd> <mtd><mo>=</mo> </mtd> <mtd> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>p</mi><mi>t</mi> </mrow> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>3</mn> </mrow> </msub><mo>-</mo><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>p</mi><mi>h</mi> </mrow> </mrow> </msub><mo>+</mo> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>d</mi><mn>2</mn> </mrow> </mrow> </msub> </mrow><mo form='postfix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>)</mo> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>4</mn> </mrow> </msub><mo>+</mo> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>b</mi><mn>2</mn> </mrow> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>5</mn> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>1</mn> </mrow> </msub> </mrow> </mtd> </mtr> <mtr> <mtd> <mrow><mi>O</mi><mi>m</mi><mi>p</mi><mi>R</mi><mo>-</mo><mi>P</mi> </mrow> </mtd> <mtd> <msub> <mrow> <mover> <mrow><mi>x</mi> </mrow><mo stretchy='true'>&dot;</mo> </mover> </mrow> <mrow><mn>5</mn> </mrow> </msub> </mtd> <mtd><mo>=</mo> </mtd> <mtd> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>d</mi><mn>2</mn> </mrow> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>4</mn> </mrow> </msub><mo>-</mo> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>b</mi><mn>2</mn> </mrow> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>5</mn> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>1</mn> </mrow> </msub> </mrow> </mtd> </mtr> <mtr> <mtd> <mrow><mi>O</mi><mi>m</mi><mi>p</mi><mi>R</mi> </mrow> </mtd> <mtd> <msub> <mrow> <mover> <mrow><mi>x</mi> </mrow><mo stretchy='true'>&dot;</mo> </mover> </mrow> <mrow><mn>6</mn> </mrow> </msub> </mtd> <mtd><mo>=</mo> </mtd> <mtd> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>d</mi><mn>1</mn> </mrow> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>3</mn> </mrow> </msub><mo>+</mo> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>d</mi><mn>3</mn> </mrow> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>7</mn> </mrow> </msub><mo>-</mo> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>b</mi><mn>3</mn> </mrow> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>6</mn> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>1</mn> </mrow> </msub><mo>-</mo> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>b</mi><mn>1</mn> </mrow> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>6</mn> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>2</mn> </mrow> </msub> </mrow> </mtd> </mtr> <mtr> <mtd> <mrow><mi>E</mi><mi>n</mi><mi>v</mi><mi>Z</mi><mn>.</mn><mi>O</mi><mi>m</mi><mi>p</mi><mi>R</mi> </mrow> </mtd> <mtd> <msub> <mrow> <mover> <mrow><mi>x</mi> </mrow><mo stretchy='true'>&dot;</mo> </mover> </mrow> <mrow><mn>7</mn> </mrow> </msub> </mtd> <mtd><mo>=</mo> </mtd> <mtd> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>p</mi><mi>h</mi> </mrow> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>4</mn> </mrow> </msub><mo>-</mo> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>d</mi><mn>3</mn> </mrow> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>7</mn> </mrow> </msub><mo>+</mo> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>b</mi><mn>3</mn> </mrow> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>6</mn> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>1</mn> </mrow> </msub> </mrow> </mtd> </mtr> <mtr> <mtd> <mrow><mi>Y</mi><mi>c</mi><mi>g</mi> <msub> <mrow><mi>F</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>m</mi><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi> </mrow> </mrow> </msub> </mrow> </mtd> <mtd> <msub> <mrow> <mover> <mrow><mi>x</mi> </mrow><mo stretchy='true'>&dot;</mo> </mover> </mrow> <mrow><mn>8</mn> </mrow> </msub> </mtd> <mtd><mo>=</mo> </mtd> <mtd> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow><mn>1</mn> </mrow> </msub><mo>-</mo> <msub> <mrow><mi> γ </mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>m</mi><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi> </mrow> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>8</mn> </mrow> </msub> </mrow> </mtd> </mtr> <mtr> <mtd> <mrow><mi>Y</mi><mi>c</mi><mi>g</mi> <msub> <mrow><mi>F</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>i</mi><mi>n</mi><mi>a</mi><mi>c</mi><mi>t</mi><mi>i</mi><mi>v</mi><mi>e</mi> </mrow> </mrow> </msub> </mrow> </mtd> <mtd> <msub> <mrow> <mover> <mrow><mi>x</mi> </mrow><mo stretchy='true'>&dot;</mo> </mover> </mrow> <mrow><mn>9</mn> </mrow> </msub> </mtd> <mtd><mo>=</mo> </mtd> <mtd> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow><mn>3</mn> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>8</mn> </mrow> </msub><mo>-</mo> <msub> <mrow><mi> γ </mi> </mrow> <mrow><mn>2</mn> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>9</mn> </mrow> </msub><mo>-</mo><mn>2</mn> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>d</mi><mi>i</mi><mi>m</mi> </mrow> </mrow> </msub> <msubsup> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>9</mn> </mrow> <mrow><mn>2</mn> </mrow> </msubsup> <mfrac> <mrow> <mrow><mi>B</mi> <msup> <mrow><mi>L</mi> </mrow> <mrow><mn>2</mn> </mrow> </msup> </mrow> </mrow> <mrow> <msup> <mrow> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mn>4</mn> </mrow> </mfrac><mo>+</mo><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo> <mrow><mi>B</mi><mi>L</mi> </mrow><mo form='postfix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>)</mo> </mrow> </mrow> <mrow><mn>2</mn> </mrow> </msup> </mrow> </mfrac><mo>+</mo><mn>2</mn> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>d</mi><mi>i</mi><mi>s</mi> </mrow> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>10</mn> </mrow> </msub><mo>-</mo> <msub> <mrow><mi> γ </mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>P</mi><mi>r</mi><mi>o</mi><mi>t</mi><mi>e</mi><mi>i</mi><mi>n</mi> </mrow> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>9</mn> </mrow> </msub> </mrow> </mtd> </mtr> <mtr> <mtd> <mrow><mi>Y</mi><mi>c</mi><mi>g</mi> <msub> <mrow><mi>F</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>d</mi><mi>i</mi><mi>m</mi><mi>e</mi><mi>r</mi> </mrow> </mrow> </msub> </mrow> </mtd> <mtd> <msub> <mrow> <mover> <mrow><mi>x</mi> </mrow><mo stretchy='true'>&dot;</mo> </mover> </mrow> <mrow><mn>10</mn> </mrow> </msub> </mtd> <mtd><mo>=</mo> </mtd> <mtd> <mrow><mn>2</mn> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>d</mi><mi>i</mi><mi>m</mi> </mrow> </mrow> </msub> <msubsup> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>9</mn> </mrow> <mrow><mn>2</mn> </mrow> </msubsup> <mfrac> <mrow> <mrow><mi>B</mi> <msup> <mrow><mi>L</mi> </mrow> <mrow><mn>2</mn> </mrow> </msup> </mrow> </mrow> <mrow> <msup> <mrow> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mn>4</mn> </mrow> </mfrac><mo>+</mo><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo> <mrow><mi>B</mi><mi>L</mi> </mrow><mo form='postfix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>)</mo> </mrow> </mrow> <mrow><mn>2</mn> </mrow> </msup> </mrow> </mfrac><mo>-</mo> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>b</mi><mi>i</mi><mi>n</mi><mi>d</mi> </mrow> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>10</mn> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>12</mn> </mrow> </msub><mo>-</mo> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>d</mi><mi>i</mi><mi>s</mi> </mrow> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>10</mn> </mrow> </msub><mo>+</mo> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>u</mi><mi>b</mi><mi>i</mi><mi>n</mi><mi>d</mi> </mrow> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>13</mn> </mrow> </msub><mo>-</mo> <msub> <mrow><mi> γ </mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>P</mi><mi>r</mi><mi>o</mi><mi>t</mi><mi>e</mi><mi>i</mi><mi>n</mi> </mrow> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>10</mn> </mrow> </msub> </mrow> </mtd> </mtr> <mtr> <mtd> <mrow><mi>Y</mi><mi>c</mi><mi>g</mi> <msub> <mrow><mi>E</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi> </mrow> </mrow> </msub> </mrow> </mtd> <mtd> <msub> <mrow> <mover> <mrow><mi>x</mi> </mrow><mo stretchy='true'>&dot;</mo> </mover> </mrow> <mrow><mn>11</mn> </mrow> </msub> </mtd> <mtd><mo>=</mo> </mtd> <mtd> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow><mn>2</mn> </mrow> </msub><mo>-</mo> <msub> <mrow><mi> γ </mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>m</mi><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi> </mrow> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>11</mn> </mrow> </msub> </mrow> </mtd> </mtr> <mtr> <mtd> <mrow><mi>Y</mi><mi>c</mi><mi>g</mi> <msub> <mrow><mi>E</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>P</mi><mi>r</mi><mi>o</mi><mi>t</mi><mi>e</mi><mi>i</mi><mi>n</mi> </mrow> </mrow> </msub> </mrow> </mtd> <mtd> <msub> <mrow> <mover> <mrow><mi>x</mi> </mrow><mo stretchy='true'>&dot;</mo> </mover> </mrow> <mrow><mn>12</mn> </mrow> </msub> </mtd> <mtd><mo>=</mo> </mtd> <mtd> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow><mn>4</mn> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>11</mn> </mrow> </msub><mo>-</mo> <msub> <mrow><mi> γ </mi> </mrow> <mrow><mn>2</mn> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>12</mn> </mrow> </msub><mo>-</mo> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>b</mi><mi>i</mi><mi>n</mi><mi>d</mi> </mrow> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>10</mn> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>12</mn> </mrow> </msub><mo>+</mo> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>u</mi><mi>b</mi><mi>i</mi><mi>n</mi><mi>d</mi> </mrow> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>13</mn> </mrow> </msub><mo>-</mo> <msub> <mrow><mi> γ </mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>P</mi><mi>r</mi><mi>o</mi><mi>t</mi><mi>e</mi><mi>i</mi><mi>n</mi> </mrow> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>12</mn> </mrow> </msub> </mrow> </mtd> </mtr> <mtr> <mtd> <mrow><mi>Y</mi><mi>c</mi><mi>g</mi><mi>E</mi><mn>.</mn><mi>Y</mi><mi>c</mi><mi>g</mi> <msub> <mrow><mi>F</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>c</mi><mi>o</mi><mi>m</mi><mi>p</mi><mi>l</mi><mi>e</mi><mi>x</mi> </mrow> </mrow> </msub> </mrow> </mtd> <mtd> <msub> <mrow> <mover> <mrow><mi>x</mi> </mrow><mo stretchy='true'>&dot;</mo> </mover> </mrow> <mrow><mn>13</mn> </mrow> </msub> </mtd> <mtd><mo>=</mo> </mtd> <mtd> <mrow><mo>-</mo> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>u</mi><mi>b</mi><mi>i</mi><mi>n</mi><mi>d</mi> </mrow> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>13</mn> </mrow> </msub><mo>+</mo> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>b</mi><mi>i</mi><mi>n</mi><mi>d</mi> </mrow> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>10</mn> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>12</mn> </mrow> </msub> </mrow> </mtd> </mtr> <mtr> <mtd> <mrow><mi>t</mi><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi> </mrow> </mtd> <mtd> <msub> <mrow> <mover> <mrow><mi>x</mi> </mrow><mo stretchy='true'>&dot;</mo> </mover> </mrow> <mrow><mn>14</mn> </mrow> </msub> </mtd> <mtd><mo>=</mo> </mtd> <mtd> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow><mi>t</mi> </mrow> </msub> <mfrac> <mrow> <msup> <mrow><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo> <mfrac> <mrow> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>5</mn> </mrow> </msub> </mrow> <mrow> <mrow><mi>K</mi><mn>1</mn> </mrow> </mrow> </mfrac><mo form='postfix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>)</mo> </mrow> <mrow><mn>2</mn> </mrow> </msup> </mrow> <mrow> <msup> <mrow> <mrow><mn>1</mn><mi>+</mi><mo>&af;</mo><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo> <mfrac> <mrow> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>5</mn> </mrow> </msub> </mrow> <mrow> <mrow><mi>K</mi><mn>1</mn> </mrow> </mrow> </mfrac><mo form='postfix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>)</mo> </mrow> </mrow> <mrow><mn>2</mn> </mrow> </msup> </mrow> </mfrac><mo>-</mo><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo> <mrow> <msub> <mrow><mi> γ </mi> </mrow> <mrow><mn>1</mn> </mrow> </msub><mo>+</mo> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow><mi>a</mi> </mrow> </msub> </mrow><mo form='postfix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>)</mo> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>14</mn> </mrow> </msub><mo>+</mo> <msub> <mrow><mi> γ </mi> </mrow> <mrow> <mrow><mn>2</mn><mi>p</mi> </mrow> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>15</mn> </mrow> </msub><mo>+</mo><mn>2</mn> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mn>7</mn><mi>p</mi> </mrow> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>16</mn> </mrow> </msub><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo> <mfrac> <mrow> <msub> <mrow><mi> γ </mi> </mrow> <mrow><mn>3</mn> </mrow> </msub> </mrow> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mn>7</mn><mi>m</mi> </mrow> </mrow> </msub> </mrow> </mfrac><mo form='postfix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>)</mo> <msup> <mrow><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo> <mfrac> <mrow> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>14</mn> </mrow> </msub> </mrow> <mrow> <mrow> <msub> <mrow><mi> γ </mi> </mrow> <mrow><mn>0</mn> </mrow> </msub><mo>+</mo> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>14</mn> </mrow> </msub> </mrow> </mrow> </mfrac><mo form='postfix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>)</mo> </mrow> <mrow><mn>2</mn> </mrow> </msup> </mrow> </mtd> </mtr> <mtr> <mtd> <mrow><mi>A</mi><mi>a</mi><mo>-</mo><mi>t</mi><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi> </mrow> </mtd> <mtd> <msub> <mrow> <mover> <mrow><mi>x</mi> </mrow><mo stretchy='true'>&dot;</mo> </mover> </mrow> <mrow><mn>15</mn> </mrow> </msub> </mtd> <mtd><mo>=</mo> </mtd> <mtd> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow><mi>a</mi> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>14</mn> </mrow> </msub><mo>-</mo><mn>2</mn> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mn>7</mn><mi>p</mi> </mrow> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>16</mn> </mrow> </msub><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo> <mfrac> <mrow> <msub> <mrow><mi> γ </mi> </mrow> <mrow><mn>3</mn> </mrow> </msub> </mrow> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mn>7</mn><mi>m</mi> </mrow> </mrow> </msub> </mrow> </mfrac><mo form='postfix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>)</mo> <msup> <mrow><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo> <mfrac> <mrow> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>14</mn> </mrow> </msub> </mrow> <mrow> <mrow> <msub> <mrow><mi> γ </mi> </mrow> <mrow><mn>0</mn> </mrow> </msub><mo>+</mo> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>14</mn> </mrow> </msub> </mrow> </mrow> </mfrac><mo form='postfix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>)</mo> </mrow> <mrow><mn>2</mn> </mrow> </msup><mo>-</mo> <msub> <mrow><mi> γ </mi> </mrow> <mrow><mn>2</mn> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>15</mn> </mrow> </msub> </mrow> </mtd> </mtr> <mtr> <mtd> <mrow><mi>T</mi><mn>7</mn><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi> <msub> <mrow><mi>P</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>m</mi><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi> </mrow> </mrow> </msub> </mrow> </mtd> <mtd> <msub> <mrow> <mover> <mrow><mi>x</mi> </mrow><mo stretchy='true'>&dot;</mo> </mover> </mrow> <mrow><mn>16</mn> </mrow> </msub> </mtd> <mtd><mo>=</mo> </mtd> <mtd> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mn>7</mn><mi>m</mi> </mrow> </mrow> </msub><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo> <mrow><mn>1</mn><mo>-</mo> <mfrac> <mrow> <msup> <mrow><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo> <mfrac> <mrow> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>12</mn> </mrow> </msub> </mrow> <mrow> <mrow><mi>K</mi><mn>1</mn> </mrow> </mrow> </mfrac><mo form='postfix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>)</mo> </mrow> <mrow><mn>2</mn> </mrow> </msup> </mrow> <mrow> <msup> <mrow> <mrow><mn>1</mn><mi>+</mi><mo>&af;</mo><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo> <mfrac> <mrow> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>12</mn> </mrow> </msub> </mrow> <mrow> <mrow><mi>K</mi><mn>1</mn> </mrow> </mrow> </mfrac><mo form='postfix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>)</mo> </mrow> </mrow> <mrow><mn>2</mn> </mrow> </msup> </mrow> </mfrac> </mrow><mo form='postfix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>)</mo><mo>-</mo> <msub> <mrow><mi> γ </mi> </mrow> <mrow><mn>3</mn> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>16</mn> </mrow> </msub> </mrow> </mtd> </mtr> <mtr> <mtd> <mrow><mi>T</mi><mn>7</mn><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi><mi>P</mi> </mrow> </mtd> <mtd> <msub> <mrow> <mover> <mrow><mi>x</mi> </mrow><mo stretchy='true'>&dot;</mo> </mover> </mrow> <mrow><mn>17</mn> </mrow> </msub> </mtd> <mtd><mo>=</mo> </mtd> <mtd> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mn>7</mn><mi>p</mi> </mrow> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>16</mn> </mrow> </msub><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo> <mfrac> <mrow> <msub> <mrow><mi> γ </mi> </mrow> <mrow><mn>3</mn> </mrow> </msub> </mrow> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mn>7</mn><mi>m</mi> </mrow> </mrow> </msub> </mrow> </mfrac><mo form='postfix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>)</mo> <msup> <mrow><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo> <mfrac> <mrow> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>14</mn> </mrow> </msub> </mrow> <mrow> <mrow> <msub> <mrow><mi> γ </mi> </mrow> <mrow><mn>0</mn> </mrow> </msub><mo>+</mo> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>14</mn> </mrow> </msub> </mrow> </mrow> </mfrac><mo form='postfix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>)</mo> </mrow> <mrow><mn>2</mn> </mrow> </msup><mo>-</mo> <msub> <mrow><mi> γ </mi> </mrow> <mrow><mn>4</mn> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>17</mn> </mrow> </msub> </mrow> </mtd> </mtr> <mtr> <mtd> <mrow><mi>l</mi><mi>a</mi><mi>c</mi> <msub> <mrow><mi>Z</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>m</mi><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi> </mrow> </mrow> </msub> </mrow> </mtd> <mtd> <msub> <mrow> <mover> <mrow><mi>x</mi> </mrow><mo stretchy='true'>&dot;</mo> </mover> </mrow> <mrow><mn>18</mn> </mrow> </msub> </mtd> <mtd><mo>=</mo> </mtd> <mtd> <mrow> <msub> <mrow><mi> α </mi> </mrow> <mrow><mi>M</mi> </mrow> </msub><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo> <mrow><mn>1</mn><mo>-</mo> <mfrac> <mrow> <msup> <mrow><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo> <mfrac> <mrow> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>17</mn> </mrow> </msub> </mrow> <mrow> <mrow><mi>K</mi><mn>5</mn> </mrow> </mrow> </mfrac><mo form='postfix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>)</mo> </mrow> <mrow><mn>2</mn> </mrow> </msup> </mrow> <mrow> <msup> <mrow> <mrow><mn>1</mn><mi>+</mi><mo>&af;</mo><mo form='prefix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>(</mo> <mfrac> <mrow> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>17</mn> </mrow> </msub> </mrow> <mrow> <mrow><mi>K</mi><mn>5</mn> </mrow> </mrow> </mfrac><mo form='postfix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>)</mo> </mrow> </mrow> <mrow><mn>2</mn> </mrow> </msup> </mrow> </mfrac> </mrow><mo form='postfix' fence='true' stretchy='true' symmetric='true'>)</mo><mo>-</mo> <msub> <mrow><mi> γ </mi> </mrow> <mrow><mi>M</mi> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>18</mn> </mrow> </msub> </mrow> </mtd> </mtr> <mtr> <mtd> <mrow><mi> β </mi><mo>-</mo><mi>G</mi><mi>a</mi><mi>l</mi><mi>a</mi><mi>c</mi><mi>t</mi><mi>o</mi><mi>s</mi><mi>i</mi><mi>d</mi><mi>a</mi><mi>s</mi><mi>e</mi> </mrow> </mtd> <mtd> <msub> <mrow> <mover> <mrow><mi>x</mi> </mrow><mo stretchy='true'>&dot;</mo> </mover> </mrow> <mrow><mn>19</mn> </mrow> </msub> </mtd> <mtd><mo>=</mo> </mtd> <mtd> <mrow> <msub> <mrow><mi> α </mi> </mrow> <mrow><mi>B</mi> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>18</mn> </mrow> </msub><mo>-</mo> <msub> <mrow><mi> γ </mi> </mrow> <mrow><mi>B</mi> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>19</mn> </mrow> </msub> </mrow> </mtd> </mtr> <mtr> <mtd> <mrow><mi>d</mi><mi>y</mi><mi>e</mi> </mrow> </mtd> <mtd> <msub> <mrow> <mover> <mrow><mi>x</mi> </mrow><mo stretchy='true'>&dot;</mo> </mover> </mrow> <mrow><mn>20</mn> </mrow> </msub> </mtd> <mtd><mo>=</mo> </mtd> <mtd> <mrow> <msub> <mrow><mi> α </mi> </mrow> <mrow><mi>A</mi> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>19</mn> </mrow> </msub> </mrow> </mtd> </mtr> </mtable> </mrow></math>

<a id='magicparlabel-8' ></a>Parameters

<a id='magicparlabel-9' ></a>
<thead></thead><tbody></tbody>
<a id='magicparlabel-413' ></a>Parameter
<a id='magicparlabel-416' ></a>Value
<a id='magicparlabel-419' ></a>Unit
<a id='magicparlabel-422' ></a>Name
<a id='magicparlabel-425' ></a>Source
<a id='magicparlabel-428' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>a</mi><mi>p</mi> </mrow> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-431' ></a>0.1
<a id='magicparlabel-434' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-437' ></a>EnvZ autophosphorelation rate
<a id='magicparlabel-440' ></a>[<a href='#Igoshin-2008'>3</a>]
<a id='magicparlabel-443' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>a</mi><mi>d</mi> </mrow> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-446' ></a>0.001
<a id='magicparlabel-449' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-452' ></a>EnvZ dephospholeration rate
<a id='magicparlabel-455' ></a>[<a href='#Igoshin-2008'>3</a>]
<a id='magicparlabel-458' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>b</mi><mn>1</mn> </mrow> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-461' ></a>0.5
<a id='magicparlabel-464' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-467' ></a>binding rate EnvZ-P & OmpR
<a id='magicparlabel-470' ></a>[<a href='#Igoshin-2008'>3</a>]
<a id='magicparlabel-473' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>d</mi><mn>1</mn> </mrow> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-476' ></a>0.5
<a id='magicparlabel-479' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-482' ></a>unbinding rate EnvZ-P.OmpR
<a id='magicparlabel-485' ></a>[<a href='#Igoshin-2008'>3</a>]
<a id='magicparlabel-488' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>b</mi><mn>2</mn> </mrow> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-491' ></a>0.05
<a id='magicparlabel-494' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-497' ></a>binding rate EnvZ & OmpR-P
<a id='magicparlabel-500' ></a>[<a href='#Igoshin-2008'>3</a>]
<a id='magicparlabel-503' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>d</mi><mn>2</mn> </mrow> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-506' ></a>0.5
<a id='magicparlabel-509' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-512' ></a>unbinding rate EnvZ.OmpR-P
<a id='magicparlabel-515' ></a>[<a href='#Igoshin-2008'>3</a>]
<a id='magicparlabel-518' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>b</mi><mn>3</mn> </mrow> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-521' ></a>0.5
<a id='magicparlabel-524' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-527' ></a>binding rate EnvZ & OmpR
<a id='magicparlabel-530' ></a>[<a href='#Igoshin-2008'>3</a>]
<a id='magicparlabel-533' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>d</mi><mn>3</mn> </mrow> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-536' ></a>5
<a id='magicparlabel-539' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-542' ></a>unbinding rate EnvZ.OmpR
<a id='magicparlabel-545' ></a>[<a href='#Igoshin-2008'>3</a>]
<a id='magicparlabel-548' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>p</mi><mi>h</mi> </mrow> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-551' ></a>0.05
<a id='magicparlabel-554' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-557' ></a>dephosphorelation rate EnvZ.OmpR-P
<a id='magicparlabel-560' ></a>[<a href='#Igoshin-2008'>3</a>]
<a id='magicparlabel-563' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>p</mi><mi>t</mi> </mrow> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-566' ></a>1.5
<a id='magicparlabel-569' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-572' ></a>phosphotransfer rate
<a id='magicparlabel-575' ></a>[<a href='#Igoshin-2008'>3</a>]
<a id='magicparlabel-578' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow><mn>1</mn> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-581' ></a>1.54e-3
<a id='magicparlabel-584' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-587' ></a>max transcription rate YcgF
<a id='magicparlabel-590' ></a>[<a href='#kuleuven'>2</a>]
<a id='magicparlabel-593' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow><mn>2</mn> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-596' ></a>0.848e-3
<a id='magicparlabel-599' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-602' ></a>max transcription rate YcgE
<a id='magicparlabel-605' ></a>[<a href='#kuleuven'>2</a>]
<a id='magicparlabel-608' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow><mn>3</mn> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-611' ></a>0.167
<a id='magicparlabel-614' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-617' ></a>max translation rate YcgF
<a id='magicparlabel-620' ></a>[<a href='#kuleuven'>2</a>]
<a id='magicparlabel-623' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow><mn>4</mn> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-626' ></a>0.167
<a id='magicparlabel-629' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-632' ></a>max translation rate YcgE
<a id='magicparlabel-635' ></a>[<a href='#kuleuven'>2</a>]
<a id='magicparlabel-638' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>d</mi><mi>i</mi><mi>m</mi> </mrow> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-641' ></a>0.008
<a id='magicparlabel-644' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-647' ></a>dimerization rate YcgF
<a id='magicparlabel-650' ></a>[<a href='#kuleuven'>2</a>]
<a id='magicparlabel-653' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>d</mi><mi>i</mi><mi>s</mi> </mrow> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-656' ></a>0.0058
<a id='magicparlabel-659' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-662' ></a>dissociation rate YcgF dimer
<a id='magicparlabel-665' ></a>[<a href='#kuleuven'>2</a>]
<a id='magicparlabel-668' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>b</mi><mi>i</mi><mi>n</mi><mi>d</mi> </mrow> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-671' ></a>100
<a id='magicparlabel-674' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-677' ></a>binding rate YcgF dimer to YcgE
<a id='magicparlabel-680' ></a>[<a href='#kuleuven'>2</a>]
<a id='magicparlabel-683' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>u</mi><mi>b</mi><mi>i</mi><mi>n</mi><mi>d</mi> </mrow> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-686' ></a>1
<a id='magicparlabel-689' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-692' ></a>unbinding rate YcgF.YcgE
<a id='magicparlabel-695' ></a>[<a href='#kuleuven'>2</a>]
<a id='magicparlabel-698' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi> γ </mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>m</mi><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi> </mrow> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-701' ></a>2.3105e-3
<a id='magicparlabel-704' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-707' ></a>degradation mRNA YcgE/YcgF
<a id='magicparlabel-710' ></a>[<a href='#kuleuven'>2</a>]
<a id='magicparlabel-713' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi> γ </mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>P</mi><mi>r</mi><mi>o</mi><mi>t</mi><mi>e</mi><mi>i</mi><mi>n</mi> </mrow> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-716' ></a>1.9254e-5
<a id='magicparlabel-719' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-722' ></a>degradation rate Protein YcgE/YcgF
<a id='magicparlabel-725' ></a>[<a href='#kuleuven'>2</a>]
<a id='magicparlabel-728' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow><mi>t</mi> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-731' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>46.67</mn> </mrow> <mrow><mn>60</mn> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-734' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow> <mrow><mi>n</mi><mi>M</mi> </mrow> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-737' ></a>max transcription rate tRNA
<a id='magicparlabel-740' ></a>[<a href='#pkubeijing'>1</a>]
<a id='magicparlabel-743' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow><mi>a</mi> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-746' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>0.08</mn> </mrow> <mrow><mn>60</mn> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-749' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-752' ></a>synthesis rate Aa-tRNA
<a id='magicparlabel-755' ></a>[<a href='#pkubeijing'>1</a>]
<a id='magicparlabel-758' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mn>7</mn><mi>p</mi> </mrow> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-761' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1.5625</mn> </mrow> <mrow><mn>60</mn> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-764' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow> <mrow><mi>n</mi><mi>M</mi> </mrow> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-767' ></a>max transcription rate T7RNAP
<a id='magicparlabel-770' ></a>[<a href='#pkubeijing'>1</a>]
<a id='magicparlabel-773' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mn>7</mn><mi>m</mi> </mrow> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-776' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow> <mrow><mn>268</mn><mo>*</mo><mn>0.05</mn> </mrow> </mrow> <mrow><mn>60</mn> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-779' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-782' ></a>max translation rate T7RNAP
<a id='magicparlabel-785' ></a>[<a href='#pkubeijing'>1</a>]
<a id='magicparlabel-788' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow><mi>S</mi> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-791' ></a>0.3
<a id='magicparlabel-794' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow> <mrow><mi>n</mi><mi>M</mi> </mrow> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-797' ></a>AND Gate rate
<a id='magicparlabel-800' ></a>[<a href='#pkubeijing'>1</a>]
<a id='magicparlabel-803' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi> γ </mi> </mrow> <mrow><mn>0</mn> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-806' ></a>1
<a id='magicparlabel-809' ></a>-
<a id='magicparlabel-812' ></a>threshold Aa-tRNA
<a id='magicparlabel-815' ></a>guessed
<a id='magicparlabel-818' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi> γ </mi> </mrow> <mrow><mn>1</mn> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-821' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow> <mrow><mn>60</mn><mo>*</mo><mn>60</mn> </mrow> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-824' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-827' ></a>degradation of tRNA
<a id='magicparlabel-830' ></a>[<a href='#pkubeijing'>1</a>]
<a id='magicparlabel-833' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi> γ </mi> </mrow> <mrow><mn>2</mn> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-836' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow> <mrow><mn>40</mn><mo>*</mo><mn>60</mn> </mrow> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-839' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-842' ></a>degradation of Aa-tRNA
<a id='magicparlabel-845' ></a>[<a href='#pkubeijing'>1</a>]
<a id='magicparlabel-848' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi> γ </mi> </mrow> <mrow><mn>3</mn> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-851' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow> <mrow><mn>4.4</mn><mo>*</mo><mn>60</mn> </mrow> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-854' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-857' ></a>degradation of T7RNAP mRNA
<a id='magicparlabel-860' ></a>[<a href='#pkubeijing'>1</a>]
<a id='magicparlabel-863' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi> γ </mi> </mrow> <mrow><mn>4</mn> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-866' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>46.67</mn> </mrow> <mrow> <mrow><mn>40</mn><mo>*</mo><mn>60</mn> </mrow> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-869' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-872' ></a>degradation of T7RNAP
<a id='magicparlabel-875' ></a>[<a href='#pkubeijing'>1</a>]
<a id='magicparlabel-878' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mrow><mi>K</mi><mn>1</mn> </mrow> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-881' ></a>5
<a id='magicparlabel-884' ></a>nM
<a id='magicparlabel-887' ></a>response param. OmpR-P,tRNA
<a id='magicparlabel-890' ></a>guessed
<a id='magicparlabel-893' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mrow><mi>K</mi><mn>3</mn> </mrow> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-896' ></a>600
<a id='magicparlabel-899' ></a>nM
<a id='magicparlabel-902' ></a>response param. YcgE,T7RNAP
<a id='magicparlabel-905' ></a>guessed
<a id='magicparlabel-908' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mrow><mi>K</mi><mn>5</mn> </mrow> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-911' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow> <mrow><mi>k</mi><mn>7</mn><mi>p</mi> </mrow> </mrow> <mrow> <mrow><mn>4</mn><mo>*</mo> <msub> <mrow><mi> γ </mi> </mrow> <mrow><mn>4</mn> </mrow> </msub> </mrow> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-914' ></a>nM
<a id='magicparlabel-917' ></a>response param T7RNAP,lacZ
<a id='magicparlabel-920' ></a>guessed
<a id='magicparlabel-923' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi> α </mi> </mrow> <mrow><mi>M</mi> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-926' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>0.997</mn> </mrow> <mrow><mn>60</mn> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-929' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow> <mrow><mi>n</mi><mi>M</mi> </mrow> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-932' ></a>max transcription rate lacZ
<a id='magicparlabel-935' ></a>[<a href='#Yildirim-2004'>4</a>]
<a id='magicparlabel-938' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi> α </mi> </mrow> <mrow><mi>B</mi> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-941' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow> <mrow><mn>1.661</mn><mi>e</mi><mo>-</mo><mn>5</mn> </mrow> </mrow> <mrow><mn>60</mn> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-944' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-947' ></a>max translation rate lacZ
<a id='magicparlabel-950' ></a>[<a href='#Yildirim-2004'>4</a>]
<a id='magicparlabel-953' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi> α </mi> </mrow> <mrow><mi>A</mi> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-956' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>20</mn> </mrow> <mrow><mn>60</mn> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-959' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-962' ></a>enzymatic reaction rate
<a id='magicparlabel-965' ></a>[<a href='#Yildirim-2004'>4</a>]
<a id='magicparlabel-968' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi> γ </mi> </mrow> <mrow><mi>M</mi> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-971' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>0.411</mn> </mrow> <mrow><mn>60</mn> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-974' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-977' ></a>degradation lacZ mRNA
<a id='magicparlabel-980' ></a>[<a href='#Yildirim-2004'>4</a>]
<a id='magicparlabel-983' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi> γ </mi> </mrow> <mrow><mi>B</mi> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-986' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow> <mrow><mn>8.331</mn><mi>e</mi><mo>-</mo><mn>4</mn> </mrow> </mrow> <mrow><mn>60</mn> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-989' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-992' ></a>degradation <math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow><mi> β </mi> </mrow></math>-Galactosidase
<a id='magicparlabel-995' ></a>[<a href='#Yildirim-2004'>4</a>]

<a id='magicparlabel-996' ></a>Initial Data

<a id='magicparlabel-997' ></a>
<thead></thead><tbody></tbody>
<a id='magicparlabel-1221' ></a>Name
<a id='magicparlabel-1224' ></a>Variable
<a id='magicparlabel-1227' ></a>Initial Value
<a id='magicparlabel-1230' ></a>Comment
<a id='magicparlabel-1233' ></a>Source
<a id='magicparlabel-1236' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mrow><mi>E</mi><mi>n</mi><mi>v</mi><mi>Z</mi> </mrow> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-1239' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>1</mn> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-1242' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>3500</mn> </mrow> <mrow><mn>0.60221</mn> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-1245' ></a>3500 molecules per cell
<a id='magicparlabel-1248' ></a>[<a href='#Igoshin-2008'>3</a>]
<a id='magicparlabel-1251' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mrow><mi>E</mi><mi>n</mi><mi>v</mi><mi>Z</mi><mo>-</mo><mi>P</mi> </mrow> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-1254' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>2</mn> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-1257' ></a>0
<a id='magicparlabel-1260' ></a>
<a id='magicparlabel-1263' ></a>
<a id='magicparlabel-1266' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mrow><mi>E</mi><mi>n</mi><mi>v</mi><mi>Z</mi><mo>-</mo><mi>P</mi><mn>.</mn><mi>O</mi><mi>m</mi><mi>p</mi><mi>R</mi> </mrow> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-1269' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>3</mn> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-1272' ></a>0
<a id='magicparlabel-1275' ></a>
<a id='magicparlabel-1278' ></a>
<a id='magicparlabel-1281' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mrow><mi>E</mi><mi>n</mi><mi>v</mi><mi>Z</mi><mn>.</mn><mi>O</mi><mi>m</mi><mi>p</mi><mi>R</mi><mo>-</mo><mi>P</mi> </mrow> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-1284' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>4</mn> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-1287' ></a>0
<a id='magicparlabel-1290' ></a>
<a id='magicparlabel-1293' ></a>
<a id='magicparlabel-1296' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mrow><mi>O</mi><mi>m</mi><mi>p</mi><mi>R</mi><mo>-</mo><mi>P</mi> </mrow> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-1299' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>5</mn> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-1302' ></a>0
<a id='magicparlabel-1305' ></a>
<a id='magicparlabel-1308' ></a>
<a id='magicparlabel-1311' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mrow><mi>O</mi><mi>m</mi><mi>p</mi><mi>R</mi> </mrow> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-1314' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>6</mn> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-1317' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>100</mn> </mrow> <mrow><mn>0.60221</mn> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-1320' ></a>100 molecules per cell
<a id='magicparlabel-1323' ></a>[<a href='#Igoshin-2008'>3</a>]
<a id='magicparlabel-1326' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mrow><mi>E</mi><mi>n</mi><mi>v</mi><mi>Z</mi><mn>.</mn><mi>O</mi><mi>m</mi><mi>p</mi><mi>R</mi> </mrow> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-1329' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>7</mn> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-1332' ></a>0
<a id='magicparlabel-1335' ></a>
<a id='magicparlabel-1338' ></a>
<a id='magicparlabel-1341' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mrow><mi>Y</mi><mi>c</mi><mi>g</mi> <msub> <mrow><mi>F</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>m</mi><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi> </mrow> </mrow> </msub> </mrow> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-1344' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>8</mn> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-1347' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow><mn>1</mn> </mrow> </msub> </mrow> <mrow> <msub> <mrow><mi> γ </mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>m</mi><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi> </mrow> </mrow> </msub> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-1350' ></a>steady state
<a id='magicparlabel-1353' ></a>
<a id='magicparlabel-1356' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mrow><mi>Y</mi><mi>c</mi><mi>g</mi> <msub> <mrow><mi>F</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>i</mi><mi>n</mi><mi>a</mi><mi>c</mi><mi>t</mi><mi>i</mi><mi>v</mi><mi>e</mi> </mrow> </mrow> </msub> </mrow> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-1359' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>9</mn> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-1362' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mrow> <mfrac> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow><mn>3</mn> </mrow> </msub> </mrow> <mrow> <msub> <mrow><mi> γ </mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>P</mi><mi>r</mi><mi>o</mi><mi>t</mi><mi>e</mi><mi>i</mi><mi>n</mi> </mrow> </mrow> </msub> </mrow> </mfrac> <mfrac> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow><mn>1</mn> </mrow> </msub> </mrow> <mrow> <msub> <mrow><mi> γ </mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>m</mi><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi> </mrow> </mrow> </msub> </mrow> </mfrac> </mrow> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-1365' ></a>steady state
<a id='magicparlabel-1368' ></a>
<a id='magicparlabel-1371' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mrow><mi>Y</mi><mi>c</mi><mi>g</mi> <msub> <mrow><mi>F</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>d</mi><mi>i</mi><mi>m</mi><mi>e</mi><mi>r</mi> </mrow> </mrow> </msub> </mrow> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-1374' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>10</mn> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-1377' ></a>0
<a id='magicparlabel-1380' ></a>
<a id='magicparlabel-1383' ></a>
<a id='magicparlabel-1386' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mrow><mi>Y</mi><mi>c</mi><mi>g</mi> <msub> <mrow><mi>E</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>m</mi><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi> </mrow> </mrow> </msub> </mrow> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-1389' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>11</mn> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-1392' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow><mn>2</mn> </mrow> </msub> </mrow> <mrow> <msub> <mrow><mi> γ </mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>m</mi><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi> </mrow> </mrow> </msub> </mrow> </mfrac> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-1395' ></a>steady state
<a id='magicparlabel-1398' ></a>
<a id='magicparlabel-1401' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mrow><mi>Y</mi><mi>c</mi><mi>g</mi><mi>E</mi> </mrow> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-1404' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>12</mn> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-1407' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mrow> <mfrac> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow><mn>4</mn> </mrow> </msub> </mrow> <mrow> <msub> <mrow><mi> γ </mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>P</mi><mi>r</mi><mi>o</mi><mi>t</mi><mi>e</mi><mi>i</mi><mi>n</mi> </mrow> </mrow> </msub> </mrow> </mfrac> <mfrac> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow><mn>2</mn> </mrow> </msub> </mrow> <mrow> <msub> <mrow><mi> γ </mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>m</mi><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi> </mrow> </mrow> </msub> </mrow> </mfrac> </mrow> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-1410' ></a>steady state
<a id='magicparlabel-1413' ></a>
<a id='magicparlabel-1416' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mrow><mi>Y</mi><mi>c</mi><mi>g</mi><mi>E</mi><mn>.</mn><mi>Y</mi><mi>c</mi><mi>g</mi><mi>F</mi> </mrow> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-1419' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>13</mn> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-1422' ></a>0
<a id='magicparlabel-1425' ></a>
<a id='magicparlabel-1428' ></a>
<a id='magicparlabel-1431' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mrow><mi>t</mi><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi> </mrow> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-1434' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>14</mn> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-1437' ></a>0
<a id='magicparlabel-1440' ></a>
<a id='magicparlabel-1443' ></a>
<a id='magicparlabel-1446' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mrow><mi>A</mi><mi>a</mi><mo>-</mo><mi>t</mi><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi> </mrow> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-1449' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>15</mn> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-1452' ></a>0
<a id='magicparlabel-1455' ></a>
<a id='magicparlabel-1458' ></a>
<a id='magicparlabel-1461' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mrow><mi>T</mi><mn>7</mn><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi> <msub> <mrow><mi>P</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>m</mi><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi> </mrow> </mrow> </msub> </mrow> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-1464' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>16</mn> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-1467' ></a>0
<a id='magicparlabel-1470' ></a>
<a id='magicparlabel-1473' ></a>
<a id='magicparlabel-1476' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mrow><mi>T</mi><mn>7</mn><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi><mi>P</mi> </mrow> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-1479' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>17</mn> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-1482' ></a>0
<a id='magicparlabel-1485' ></a>
<a id='magicparlabel-1488' ></a>
<a id='magicparlabel-1491' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mrow><mi>l</mi><mi>a</mi><mi>c</mi> <msub> <mrow><mi>Z</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>m</mi><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi> </mrow> </mrow> </msub> </mrow> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-1494' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>18</mn> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-1497' ></a>0
<a id='magicparlabel-1500' ></a>
<a id='magicparlabel-1503' ></a>
<a id='magicparlabel-1506' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mrow><mi> β </mi><mo>-</mo><mi>G</mi><mi>a</mi><mi>l</mi><mi>a</mi><mi>c</mi><mi>t</mi><mi>o</mi><mi>s</mi><mi>i</mi><mi>d</mi><mi>a</mi><mi>s</mi><mi>e</mi> </mrow> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-1509' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>19</mn> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-1512' ></a>0
<a id='magicparlabel-1515' ></a>
<a id='magicparlabel-1518' ></a>
<a id='magicparlabel-1521' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mrow><mi>d</mi><mi>y</mi><mi>e</mi> </mrow> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-1524' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>20</mn> </mrow> </msub> </mrow></math>
<a id='magicparlabel-1527' ></a>0
<a id='magicparlabel-1530' ></a>
<a id='magicparlabel-1533' ></a>

<a id='magicparlabel-1534' ></a>Simulation

<a id='magicparlabel-7578' ></a>In all graphics the unit for time is seconds. Both intensities were varieed, but the intensities for blue and red light were scaled by a factor of <math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mn>10</mn> </mrow> </mfrac> </mrow></math> and <math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow><mn>10</mn> </mrow></math> respectively. The duration for blue light was scaled by a factor of <math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mn>5</mn> </mrow> </mfrac> </mrow></math>. These scaling factors were used to have vary between the same intensities and exposure times that were used in the simulation of the seperate parts. Although it would be desirable only to vary only the characteristics of the light of the wavelength that affects the corresponding part of the system, this was not done since the equations intrinsically provide that each wavelength only affects one part of the system and computations were a lot faster like this.
<a id='magicparlabel-4665' ></a>Firstly the activation time of the blue light sensor part was simulated since the pathway was extended by the T7 Polymerase mRNA production. The threshold for the activation was <math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mrow><mn>1</mn><mi>n</mi><mi>M</mi> </mrow> </mrow></math> T7pol mRNA.
<a id='magicparlabel-17791' ></a>
</a>
<a id='magicparlabel-1538' ></a>
<a id='magicparlabel-1541' ></a><img style='width:100%;' src='https://static.igem.org/mediawiki/2011/f/f8/0_Users_schaluck_Desktop_cbactive.png' alt='image: 0_Users_schaluck_Desktop_cbactive.png' ></a>
<a id='magicparlabel-1535' ></a>Values of -20 indicate that the threshold was not passed in the 60,000 seconds of simulation. Other values are in seconds. We see that if a minimum exposure time is exceeded the activation time only depends on the light intensity. This should coincide with real behavior. The spikes are due to numeric inaccuracies.
<a id='magicparlabel-7200' ></a>Secondly the deactivation time, the time at which the concentration dropped below the threshold, was simulated.
<a id='magicparlabel-5728' ></a>
<a id='magicparlabel-1552' ></a><img style='width:100%;' src='https://static.igem.org/mediawiki/2011/5/51/1_Users_schaluck_Desktop_cbdeactive.png' alt='image: 1_Users_schaluck_Desktop_cbdeactive.png' ></a>
<a id='magicparlabel-8044' ></a>We can observe that although the deactivation time depends on both intensity and exposure time but saturates very fast with respect to both variables.
<a id='magicparlabel-8726' ></a>The same procedure was done for the red light sensor part. Here the concentration of tRNA served as reference and a threshold of <math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mrow><mn>30</mn><mi>n</mi><mi>M</mi> </mrow> </mrow></math> was used.
<a id='magicparlabel-8005' ></a>
<a id='magicparlabel-2559' ></a><img style='width:100%;' src='https://static.igem.org/mediawiki/2011/3/35/3_Users_schaluck_Desktop_cractive.png' alt='image: 3_Users_schaluck_Desktop_cractive.png' ></a>
<a id='magicparlabel-2577' ></a>Here accurate predictions about the behavior is difficult since the values are monotonic neither in intensity nor exposure time. Still the activation time seems to be more or less independent of exposure time after a certain amount of time. The threshold is probably due to the fact that the signal needs to cascade down a pathway that involves slower reactions which dampen the signal speed if the original signal is no longer present. Wether this behavior is realistic is questionable.
</a>
<a id='magicparlabel-8761' ></a>
<a id='magicparlabel-2580' ></a><img style='width:100%;' src='https://static.igem.org/mediawiki/2011/1/19/4_Users_schaluck_Desktop_crdeactive.png' alt='image: 4_Users_schaluck_Desktop_crdeactive.png' ></a>
<a id='magicparlabel-2581' ></a>
<a id='magicparlabel-2592' ></a>The deactivation time of the red light sensor part also depends on intensity and exposure time but saturation is achieved a lot slower than for the blue light sensor part.
<a id='magicparlabel-12437' ></a>Finally the output of dye was simulated.
<a id='magicparlabel-11588' ></a>
<a id='magicparlabel-2595' ></a><img style='width:100%;' src='https://static.igem.org/mediawiki/2011/7/79/5_Users_schaluck_Desktop_coutput.png' ></a>
<a id='magicparlabel-2596' ></a>
<a id='magicparlabel-3277' ></a>We can see that the output of dye depends on both intensity and exposure time. Of course here a simulation where both intensity and exposure time are varied independently for each wavelength would be desirable. This would mean an scaling in potency by 4 instead of 2 in the computation time and would lead to the question how to present the data in a good fashion. Also it would be questionable wether any real information would be gained due to the inaccuracy in the parameters.

<a id='magicparlabel-12443' ></a>conclusion

<a id='magicparlabel-13900' ></a>All simulations should be treated with extreme care, since some parameters were only guessed and the sensitivity to errors in the guessing increases with the complexity of the whole system. Hence the results should be only used as indicator for the qualitative behavior of the system and not the quantitative behavior. Unfortunately our assays did not provide enough data to make reasonable assumptions about the missing parameters, but if this data would be available the model could also be further refined.
<a id='magicparlabel-1549' ></a>

References

<a id='pkubeijing' ></a>1. PKU Beijing 2009, 'AND Gate 1' (2009).
<a id='kuleuven' ></a>2. KU Leuven 2009, 'Blue Light Receptor: Modeling' (2009).
<a id='Igoshin-2008' ></a>3. Igoshin, Oleg A and Alves, Rui and Savageau, Michael A, 'Hysteretic and graded responses in bacterial two-component signal transduction', Mol Microbiol (2008), 1196-215.
<a id='Yildirim-2004' ></a>4. Yildirim, N and Santillan, M and Horike, D and Mackey, MC, 'Dynamics and bistability in a reduced model of the lac operon', CHAOS (2004), 279-292.
");