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Team:TU Munich/model/bluelightdata
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Revision as of 17:04, 10 September 2011 by FabianFroehlich (Talk | contribs)
<a id='magicparlabel-15459' ></a>
Table of Contents
<a href='#magicparlabel-15464' class='tocentry'>1 Equations</a> <a href='#magicparlabel-15464' class='tocarrow'>></a>
<a href='#magicparlabel-13179' class='tocentry'>2 Parameters</a> <a href='#magicparlabel-13179' class='tocarrow'>></a>
<a href='#magicparlabel-13617' class='tocentry'>3 Initial Data</a> <a href='#magicparlabel-13617' class='tocarrow'>></a>
<a href='#magicparlabel-13905' class='tocentry'>4 Simulation</a> <a href='#magicparlabel-13905' class='tocarrow'>></a>
<a href='#magicparlabel-13907' class='tocentry'>5 Attribution</a> <a href='#magicparlabel-13907' class='tocarrow'>></a>
Contents |
1 <a id='magicparlabel-15464' ></a>Equations
<a id='magicparlabel-13178' ></a><math display='block' xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mtable> <mtr> <mtd> <mrow><mi>Y</mi><mi>c</mi><mi>g</mi> <msub> <mrow><mi>F</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>m</mi><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi> </mrow> </mrow> </msub> </mrow> </mtd> <mtd> <msub> <mrow> <mover> <mrow><mi>x</mi> </mrow><mo stretchy='true'>˙</mo> </mover> </mrow> <mrow><mn>1</mn> </mrow> </msub> </mtd> <mtd><mo>=</mo> </mtd> <mtd> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow><mn>1</mn> </mrow> </msub><mo>-</mo> <msub> <mrow><mi> γ </mi> </mrow> <mrow><mn>1</mn> </mrow> </msub> <msub> <mrow><mi>x</mi> </mrow> <mrow><mn>1</mn> </mrow> </msub> </mrow> </mtd> </mtr> <mtr> <mtd> <mrow><mi>Y</mi><mi>c</mi><mi>g</mi> <msub> <mrow><mi>F</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>i</mi><mi>n</mi><mi>a</mi><mi>c</mi><mi>t</mi><mi>i</mi><mi>v</mi><mi>e</mi> </mrow> </mrow> </msub> </mrow> </mtd> <mtd> <msub> <mrow> <mover> <mrow><mi>x</mi> </mrow><mo stretchy='true'>˙</mo> </mover> </mrow> 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2 <a id='magicparlabel-13179' ></a>Parameters
<a id='magicparlabel-28304' ></a><thead>
<a id='magicparlabel-28159' ></a>Parameter | <a id='magicparlabel-28160' ></a>Value | <a id='magicparlabel-28161' ></a>Unit | <a id='magicparlabel-28162' ></a>Name | <a id='magicparlabel-28163' ></a>Source |
|---|---|---|---|---|
<a id='magicparlabel-28164' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow><mn>1</mn> </mrow> </msub> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-28165' ></a>1.54e-3 | <a id='magicparlabel-28166' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-28167' ></a>max transcription rate YcgF | <a id='magicparlabel-28168' ></a>[<a href='#kuleuven'>1</a>] |
<a id='magicparlabel-28169' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow><mn>2</mn> </mrow> </msub> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-28170' ></a>0.848e-3 | <a id='magicparlabel-28171' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-28172' ></a>max transcription rate YcgE | <a id='magicparlabel-28173' ></a>[<a href='#kuleuven'>1</a>] |
<a id='magicparlabel-28174' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow><mn>3</mn> </mrow> </msub> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-28175' ></a>0.167 | <a id='magicparlabel-28176' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-28177' ></a>max translation rate YcgF | <a id='magicparlabel-28178' ></a>[<a href='#kuleuven'>1</a>] |
<a id='magicparlabel-28179' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow><mn>4</mn> </mrow> </msub> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-28180' ></a>0.167 | <a id='magicparlabel-28181' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-28182' ></a>max translation rate YcgE | <a id='magicparlabel-28183' ></a>[<a href='#kuleuven'>1</a>] |
<a id='magicparlabel-28184' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>d</mi><mi>i</mi><mi>m</mi> </mrow> </mrow> </msub> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-28185' ></a>0.008 | <a id='magicparlabel-28186' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-28187' ></a>dimerization rate YcgF | <a id='magicparlabel-28188' ></a>[<a href='#kuleuven'>1</a>] |
<a id='magicparlabel-28189' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>d</mi><mi>i</mi><mi>s</mi> </mrow> </mrow> </msub> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-28190' ></a>0.0058 | <a id='magicparlabel-28191' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-28192' ></a>dissociation rate YcgF dimer | <a id='magicparlabel-28193' ></a>[<a href='#kuleuven'>1</a>] |
<a id='magicparlabel-28194' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>b</mi><mi>i</mi><mi>n</mi><mi>d</mi> </mrow> </mrow> </msub> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-28195' ></a>100 | <a id='magicparlabel-28196' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-28197' ></a>binding rate YcgF dimer to YcgE | <a id='magicparlabel-28198' ></a>[<a href='#kuleuven'>1</a>] |
<a id='magicparlabel-28199' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi>k</mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>u</mi><mi>b</mi><mi>i</mi><mi>n</mi><mi>d</mi> </mrow> </mrow> </msub> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-28200' ></a>1 | <a id='magicparlabel-28201' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-28202' ></a>unbinding rate YcgF.YcgE | <a id='magicparlabel-28203' ></a>[<a href='#kuleuven'>1</a>] |
<a id='magicparlabel-28204' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi> γ </mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>m</mi><mi>R</mi><mi>N</mi><mi>A</mi> </mrow> </mrow> </msub> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-28205' ></a>2.3105e-3 | <a id='magicparlabel-28206' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-28207' ></a>degradation mRNA YcgE/YcgF | <a id='magicparlabel-28208' ></a>[<a href='#kuleuven'>1</a>] |
<a id='magicparlabel-28209' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi> γ </mi> </mrow> <mrow> <mrow><mi>P</mi><mi>r</mi><mi>o</mi><mi>t</mi><mi>e</mi><mi>i</mi><mi>n</mi> </mrow> </mrow> </msub> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-28210' ></a>1.9254e-5 | <a id='magicparlabel-28211' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-28212' ></a>degradation rate Protein YcgE/YcgF | <a id='magicparlabel-28213' ></a>[<a href='#kuleuven'>1</a>] |
<a id='magicparlabel-29224' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mrow><mi>K</mi><mn>3</mn> </mrow> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-29225' ></a>600 | <a id='magicparlabel-29226' ></a>nM | <a id='magicparlabel-29227' ></a>response param. YcgE,lacZ | <a id='magicparlabel-29228' ></a>guessed |
<a id='magicparlabel-29350' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi> α </mi> </mrow> <mrow><mi>M</mi> </mrow> </msub> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-29351' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>0.997</mn> </mrow> <mrow><mn>60</mn> </mrow> </mfrac> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-29352' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow> <mrow><mi>n</mi><mi>M</mi> </mrow> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-29353' ></a>max transcription rate lacZ | <a id='magicparlabel-29354' ></a>[<a href='#Yildirim-2004'>2</a>] |
<a id='magicparlabel-29355' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <msub> <mrow><mi> α </mi> </mrow> <mrow><mi>B</mi> </mrow> </msub> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-29356' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow> <mrow><mn>1.661</mn><mi>e</mi><mo>-</mo><mn>5</mn> </mrow> </mrow> <mrow><mn>60</mn> </mrow> </mfrac> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-29357' ></a><math xmlns='http://www.w3.org/1998/Math/MathML'> <mrow> <mfrac> <mrow><mn>1</mn> </mrow> <mrow><mi>s</mi> </mrow> </mfrac> </mrow></math> | <a id='magicparlabel-29358' ></a>max translation rate lacZ | <a id='magicparlabel-29359' ></a>[<a href='#Yildirim-2004'>2</a>] |
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4 <a id='magicparlabel-13905' ></a>Simulation
<a id='magicparlabel-13906' ></a>TBD
5 <a id='magicparlabel-13907' ></a>Attribution
<a id='magicparlabel-13908' ></a>The blue light sensor was modeled with help of the model by the iGEM team KU Leuven 2009[<a href='#kuleuven'>1</a>]
<a id='magicparlabel-13909' ></a>The expression of lacZ is an adaption of the model given by “Dynamics and bistability in a reduced model of the lac operon”[<a href='#Yildirim-2004'>2</a>]
<a id='magicparlabel-13910' ></a>
")
References
<a id='kuleuven' ></a>1KU Leuven 2009, 'Blue Light Receptor: Modeling' (2009).
<a id='Yildirim-2004' ></a>2Yildirim, N and Santillan, M and Horike, D and Mackey, MC, 'Dynamics and bistability in a reduced model of the lac operon', CHAOS (2004), 279-292.
