Team:KIT-Kyoto/nakagawa9月

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ベクターのゲル抽出、GFP改良版のPCR<BR>
ベクターのゲル抽出、GFP改良版のPCR<BR>
(方法)<BR>
(方法)<BR>
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<a herf="http://www.qiagen.com/products/dnacleanup/gelpcrsicleanupsystems/qiaquickgelextractionkit.aspx">QIAquick Gel Extraction Kit</a>を使用する<BR>
 
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↓1 x TAEに溶かしたアガロースゲルをつくる<BR>
 
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↓DNAとLording Dyeをまぜたものとマーカーをゲルにのせる<BR>
 
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<tr><td><table border=1 width="230px">
 
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<tr><td width="130px" align=center>1 kbp or 100bp マーカー</td><td width="100px"  align=right>3 ml</td></tr>
 
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<tr><td align=center>★DNAサンプル入力</td><td align=right>★入力</td></tr>
 
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<tr><td align=center>Lording Dyi</td><td align=right>7 ml</td></tr>
 
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↓50 Vで60分間電気泳動した<BR>
 
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↓EtBrでゲルを40分間染色した<BR>
 
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↓UVを照射してDNAのバンドを可視化した<BR>
 
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↓清潔で鋭利な手術用メスでゲルからDNA断片を切りだした<BR>
 
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↓1.5 mlチューブ中のゲルスライスの重さを量った<BR>
 
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↓ゲル100 mgに対して、3倍量(300 µl)のBuffer QGを加えた<BR>
 
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↓42-50°Cで10分間放置し、ゲルを完全に溶かした<BR>
 
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↓ゲルが完全に溶けたら、溶液が黄色であることを確認した<BR>
 
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↓ゲル100 mgに対して、当量(100 µl)の2-プロパノールを加え、混ぜた<BR>
 
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↓カラムにサンプルをのせた<BR>
 
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↓10,000 rpmで1分間遠心し、抽出物を捨てた<BR>
 
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↓500 µlのBuffer QGをカラムに加え、残りのゲルを溶かした<BR>
 
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↓10,000 rpmで1分間遠心し、ろ液を捨てた<BR>
 
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↓750 µlのwash Buffer PEをカラムに加えた<BR>
 
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↓10,000 rpmで1分間遠心し、ろ液を捨てた<BR>
 
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↓カラムを新しい1.5 mlチューブに移しかえた<BR>
 
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↓10,000 rpmで1分間遠心した<BR>
 
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↓カラムを新しい1.5 mlチューブに移しかえた<BR>
 
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↓37 µlのMilliQを加えた<BR>
 
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↓10,000 rpmで1分間遠心した<BR>
 
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↓そのうち5 µlを20倍希釈し、濃度測定をした<BR>
 
<a herf="http://www.qiagen.com/products/dnacleanup/gelpcrsicleanupsystems/qiaquickgelextractionkit.aspx">QIAquick Gel Extraction Kit</a>を使用した<BR>
<a herf="http://www.qiagen.com/products/dnacleanup/gelpcrsicleanupsystems/qiaquickgelextractionkit.aspx">QIAquick Gel Extraction Kit</a>を使用した<BR>
↓1 x TAEに溶かしたアガロースゲルをつくった<BR>
↓1 x TAEに溶かしたアガロースゲルをつくった<BR>

Revision as of 02:47, 28 September 2011

9/1
(目的)
ベクターのゲル抽出、GFP改良版のPCR
(方法)
QIAquick Gel Extraction Kitを使用した
↓1 x TAEに溶かしたアガロースゲルをつくった
↓DNAとLording Dyeをまぜたものとマーカーをゲルにのせた

1 kbp or 100bp マーカー3 ml
★DNAサンプル入力★入力
Lording Dyi7 ml
↓50 Vで60分間電気泳動した
↓EtBrでゲルを40分間染色した
↓UVを照射してDNAのバンドを可視化した
↓清潔で鋭利な手術用メスでゲルからDNA断片を切りだした
↓1.5 mlチューブ中のゲルスライスの重さを量った
↓ゲル100 mgに対して、3倍量(300 µl)のBuffer QGを加えた
↓42-50°Cで10分間放置し、ゲルを完全に溶かした
↓ゲルが完全に溶けたら、溶液が黄色であることを確認した
↓ゲル100 mgに対して、当量(100 µl)の2-プロパノールを加え、混ぜた
↓カラムにサンプルをのせた
↓10,000 rpmで1分間遠心し、抽出物を捨てた
↓500 µlのBuffer QGをカラムに加え、残りのゲルを溶かした
↓10,000 rpmで1分間遠心し、ろ液を捨てた
↓750 µlのwash Buffer PEをカラムに加えた
↓10,000 rpmで1分間遠心し、ろ液を捨てた
↓カラムを新しい1.5 mlチューブに移しかえた
↓10,000 rpmで1分間遠心した
↓カラムを新しい1.5 mlチューブに移しかえた
↓37 µlのMilliQを加えた
↓10,000 rpmで1分間遠心した
↓そのうち5 µlを20倍希釈し、濃度測定をした

GFPのフレームシフトが懸念されたのでその不安材料をのぞくために新たなプライマーを作成しPCRにかけた

PCR条件
10 µM Primer F1.5 µl
10 µM Primer R1.5 µl
Template DNA1 µl
10 x PCR Buffer for KOD Plus5 µl
dNTPs4 µl
MgSO44 µl
ddH2O32 µl
KOD Plus1 µl
 total 50 µl
Cycle条件
Pre-Denature95°C30sec 
Denature95°C30sec30 Cycle
Anneling48.5°C1min
Extension68°C1kb/min
End4°Ckeep 

上記の組成に従って混ぜる
(結果)
ゲル抽出の時に現れたバンドがベクターが約2kbなのであるべき場所にあることが分かった
PCRに関しては翌日電気泳動で確認したところあるべきバンドが出ていたので成功しているといえた

9/2
(目的)
GFPのフェノクロ処理、電気泳動、制限酵素処理

フェノクロ処理
↓PCR産物を400 µlまでddH2Oで薄めた
↓phenol-choloroform(φOH/CIAA)を400 µl加えてvoltexした
↓10000rpm、4°Cで2~3min遠心した
↓水層のみを新しいチューブに移した
↓choloroform(CIAA)を等量加えてvoltexした
↓10000rpm、4°Cで2~3min遠心した
↓水層のみを新しいチューブに移した
↓3M CH3COONa(pH 5.27)を1/10量、100% ethanolを3倍量加えて、2~3min静置した
↓15000rpm、4°Cで10min遠心した
↓上澄みを捨て、70% ethanol(EtOH)を200 µl加えた
↓15000rpm、4°Cで5min遠心した
↓上澄みを捨て、乾燥させた
↓ddH2Oを44 µl加えてvoltexした

制限酵素処理(GFP)
下記の組成に従って反応液を調整する
cDNA
PCR産物 in ddH2O44 µl
10 x H Buffer5 µl
Pst1,Ecoli11 µl
 total 51 µl
vector
PUAST-flag vector(500 ng/µl)10 µl
ddH2O34 µl
10 x H Buffer5 µl
Pst1,Ecoli11 µl
 total 51 µl
37°Cで20時間静置する
9/3
(目的)
GFPのゲル抽出
(方法)
QIAquick Gel Extraction Kitを使用する
↓1 x TAEに溶かしたアガロースゲルをつくる
↓DNAとLording Dyeをまぜたものとマーカーをゲルにのせる
1 kbp or 100bp マーカー3 ml
★DNAサンプル入力★入力
Lording Dyi7 ml
↓50 Vで60分間電気泳動した
↓EtBrでゲルを40分間染色した
↓UVを照射してDNAのバンドを可視化した
↓清潔で鋭利な手術用メスでゲルからDNA断片を切りだした
↓1.5 mlチューブ中のゲルスライスの重さを量った
↓ゲル100 mgに対して、3倍量(300 µl)のBuffer QGを加えた
↓42-50°Cで10分間放置し、ゲルを完全に溶かした
↓ゲルが完全に溶けたら、溶液が黄色であることを確認した
↓ゲル100 mgに対して、当量(100 µl)の2-プロパノールを加え、混ぜた
↓カラムにサンプルをのせた
↓10,000 rpmで1分間遠心し、抽出物を捨てた
↓500 µlのBuffer QGをカラムに加え、残りのゲルを溶かした
↓10,000 rpmで1分間遠心し、ろ液を捨てた
↓750 µlのwash Buffer PEをカラムに加えた
↓10,000 rpmで1分間遠心し、ろ液を捨てた
↓カラムを新しい1.5 mlチューブに移しかえた
↓10,000 rpmで1分間遠心した
↓カラムを新しい1.5 mlチューブに移しかえた
↓37 µlのMilliQを加えた
↓10,000 rpmで1分間遠心した
↓そのうち5 µlを20倍希釈し、濃度測定をした
QIAquick Gel Extraction Kitを使用した
↓1 x TAEに溶かしたアガロースゲルをつくった
↓DNAとLording Dyeをまぜたものとマーカーをゲルにのせた
1 kbp or 100bp マーカー3 ml
★DNAサンプル入力★入力
Lording Dyi7 ml
↓50 Vで60分間電気泳動した
↓EtBrでゲルを40分間染色した
↓UVを照射してDNAのバンドを可視化した
↓清潔で鋭利な手術用メスでゲルからDNA断片を切りだした
↓1.5 mlチューブ中のゲルスライスの重さを量った
↓ゲル100 mgに対して、3倍量(300 µl)のBuffer QGを加えた
↓42-50°Cで10分間放置し、ゲルを完全に溶かした
↓ゲルが完全に溶けたら、溶液が黄色であることを確認した
↓ゲル100 mgに対して、当量(100 µl)の2-プロパノールを加え、混ぜた
↓カラムにサンプルをのせた
↓10,000 rpmで1分間遠心し、抽出物を捨てた
↓500 µlのBuffer QGをカラムに加え、残りのゲルを溶かした
↓10,000 rpmで1分間遠心し、ろ液を捨てた
↓750 µlのwash Buffer PEをカラムに加えた
↓10,000 rpmで1分間遠心し、ろ液を捨てた
↓カラムを新しい1.5 mlチューブに移しかえた
↓10,000 rpmで1分間遠心した
↓カラムを新しい1.5 mlチューブに移しかえた
↓37 µlのMilliQを加えた
↓10,000 rpmで1分間遠心した
↓そのうち5 µlを20倍希釈し、濃度測定をした