Team:KIT-Kyoto/れおぽん実験9月
From 2011.igem.org
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Line 118: | Line 118: | ||
アガロースゲル電気泳動<br> | アガロースゲル電気泳動<br> | ||
【目的】<br> | 【目的】<br> | ||
- | <br> | + | PCRで目的のDNAが増幅しているかを調べる。<br> |
+ | <BR> | ||
【実験方法】<br> | 【実験方法】<br> | ||
ゲル1枚当たりの組成 | ゲル1枚当たりの組成 | ||
Line 131: | Line 132: | ||
↓制限酵素処理した反応液50 µlに対して6 x loading dye を10 µl加えた<BR> | ↓制限酵素処理した反応液50 µlに対して6 x loading dye を10 µl加えた<BR> | ||
↓サンプルとDNA maker をコーム穴に入れた<BR> | ↓サンプルとDNA maker をコーム穴に入れた<BR> | ||
- | + | ↓サンプルをセット後、100 V 30minで電気泳動した<BR> | |
↓電気泳動後、EtBrで10minゲルを染色した<BR> | ↓電気泳動後、EtBrで10minゲルを染色した<BR> | ||
↓染色後、MilliQでゲルを数回洗ってプレートにのせた<BR> | ↓染色後、MilliQでゲルを数回洗ってプレートにのせた<BR> | ||
Line 143: | Line 144: | ||
PCR条件(1)の方が少しバンドが濃くなっていた。<BR> | PCR条件(1)の方が少しバンドが濃くなっていた。<BR> | ||
+ | マーカーが流れてしまった。<BR> | ||
<br> | <br> | ||
Line 149: | Line 151: | ||
次回からPCR条件(1)の条件でPCRを行う。<BR> | 次回からPCR条件(1)の条件でPCRを行う。<BR> | ||
- | + | マーカーが流れてしまったので、次回からは泳動時間を短くして電気泳動を行う。<BR> | |
<BR> | <BR> | ||
Line 155: | Line 157: | ||
Flag-tag dMLFの制限酵素処理<br> | Flag-tag dMLFの制限酵素処理<br> | ||
【目的】<br> | 【目的】<br> | ||
- | Flag-tag | + | Flag-tag dMLFのシーケンスを調べたところ、<em>Pst</em>Ⅰと<em>Xba</em>Ⅰの制限酵素サイトがみられたので、Flag-tag dMLFのPCR産物が途中で<em>Pst</em>Ⅰと<em>Xba</em>Ⅰによって切れてしまわないかを調べる<BR> |
<br> | <br> | ||
【実験方法】<br> | 【実験方法】<br> | ||
- | + | 下表に従って、3サンプル制限酵素処理を行った。<BR> | |
+ | (1)<br> | ||
<tr><td><table border=1 width="220px"> | <tr><td><table border=1 width="220px"> | ||
<tr><td width="130px" align=center>MilliQ</td><td width="90px" align=right>6.5 µl</td></tr> | <tr><td width="130px" align=center>MilliQ</td><td width="90px" align=right>6.5 µl</td></tr> | ||
Line 167: | Line 170: | ||
</table> | </table> | ||
<br> | <br> | ||
- | |||
+ | (2)<br> | ||
+ | <tr><td><table border=1 width="220px"> | ||
+ | <tr><td width="130px" align=center>MilliQ</td><td width="90px" align=right>6.5 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>Flag-tag dMLF</td><td align=right>20 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center><em>Xba</em>Ⅰ</td><td align=right>0.5 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>10 x M Buffer</td><td align=right>3 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center> </td><td align=right>total 30 µl</td></tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | (3)<br> | ||
+ | <tr><td><table border=1 width="220px"> | ||
+ | <tr><td width="130px" align=center>MilliQ</td><td width="90px" align=right>6 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>Flag-tag dMLF</td><td align=right>20 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center><em>Pst</em>Ⅰ</td><td align=right>0.5 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center><em>Xba</em>Ⅰ</td><td align=right>0.5 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>10 x M Buffer</td><td align=right>3 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center> </td><td align=right>total 30 µl</td></tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | 37゜Cで50分間インキュベートした後、アガロースゲル電気泳動を行った。<br> | ||
+ | <BR> | ||
+ | |||
+ | ゲル1枚当たりの組成 | ||
+ | <tr><td><table border=1 width="200px"> | ||
+ | <tr><td width="150px" align=center>SeaKem<sup>R</sup>GTG<sup>R</sup>-agar</td><td width="50px" align=right>0.2 g</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>1 x TAE</td><td align=right>20 ml</td></tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <BR> | ||
+ | |||
+ | ↓上記の組成に従い、試薬を三角フラスコで混ぜてレンジで加熱し、専用容器に入れて固めた<BR> | ||
+ | ↓制限酵素処理した反応液50 µlに対して6 x loading dye を10 µl加えた<BR> | ||
+ | ↓サンプルとDNA maker をコーム穴に入れた<BR> | ||
+ | ↓サンプルをセット後、100 V 20minで電気泳動した<BR> | ||
+ | ↓電気泳動後、EtBrで10minゲルを染色した<BR> | ||
+ | ↓染色後、MilliQでゲルを数回洗ってプレートにのせた<BR> | ||
+ | ↓UVを照射してDNAのバンドを可視化した<BR> | ||
+ | |||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | 【結果】<br> | ||
+ | 泳動後の写真<BR> | ||
+ | <IMG src="https://static.igem.org/mediawiki/2011/8/8a/2011.09.13MLF%E3%83%81%E3%82%A7%E3%83%83%E3%82%AFPst.Xba.JPG | ||
+ | " width="240px" height="280px" border="0"> | ||
+ | |||
+ | <IMG src="https://static.igem.org/mediawiki/2011/d/dc/2011.09.13MLF%E3%83%81%E3%82%A7%E3%83%83%E3%82%AFXba.JPG | ||
+ | " width="240px" height="280px" border="0"><BR> | ||
+ | Flag-tag dMLFは<em>Pst</em>Ⅰと<em>Xba</em>Ⅰの制限酵素処理によって切れることはなかった。<BR> | ||
+ | マーカーが開ききっていなかった。<BR> | ||
+ | |||
+ | <BR> | ||
+ | |||
+ | 【考察】<BR> | ||
+ | 今回の実験ではFlag-tag dMLFは<em>Pst</em>Ⅰと<em>Xba</em>Ⅰの制限酵素処理によって切れることはなかったが、制限酵素処理時間が短いという可能性があるため、制限酵素処理時間を長くして再度実験を行う。<BR> | ||
+ | また、マーカーのラダーが開ききっていないため、泳動時間が短かったと考えられる。<BR> | ||
+ | 次回はゲルの濃度を2倍にして電気泳動を行う。<BR> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | <BR> | ||
+ | |||
+ | PCR<br> | ||
+ | 【目的】<br> | ||
+ | 9/6に作製したプライマーを用いてをFlag-tag dMLFを増幅させる<br> | ||
+ | <br> | ||
+ | 【実験方法】<br> | ||
+ | 以下の条件で4サンプルPCRを行った。<BR> | ||
+ | <table border="0"><tr><td> | ||
+ | <table border="0" width="150px"> | ||
+ | <tr><td align=center>PCR条件</td></tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <table border=1 width="220px"> | ||
+ | <tr><td width="150px" align=center>10 µM Primer F</td><td width="70px" align=right>1.5 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>10 µM Primer R</td><td align=right>1.5 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>Template DNA</td><td align=right>1 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>10 x PCR Buffer for KOD Plus</td><td align=right>5 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>dNTPs</td><td align=right>4 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>MgSO<sub>4</sub></td><td align=right>4 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>ddH<sub>2</sub>O</td><td align=right>32 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>KOD Plus</td><td align=right>1 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td> </td><td align=right>total 50 µl</td></tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | </td><TD></TD><TD></TD><td> | ||
+ | <table border="0" width="100px"> | ||
+ | <tr><td align=center>Cycle条件</td></tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <table border=1 width="400px"> | ||
+ | <tr><td width="100px" align=center>Pre-Denature</td><td width="100px" align=center>94°C</td><td width="100px" align=center>2min</td></td><td width="100px"> </td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>Denature</td><td align=center>94°C</td><td align=center>15sec</td><td align=center rowspan=3>35 Cycle</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>Anneling</td><td align=center>55°C</td><td align=center>30sec</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>Extension</td><td align=center>68°C</td><td align=center>1min 20sec</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>End</td><td align=center>4°C</td><td align=center>keep</td><td width="100px"> </td></tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | </td></tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <br> | ||
+ | 各サンプルを回収し、-20゜Cで保存した。 | ||
+ | <br> | ||
+ | <br> | ||
+ | 【結果】<br> | ||
+ | アガロースゲル電気泳動に続く | ||
+ | <br> | ||
+ | <br> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | 9/14(水)<BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | 吉村<BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | アガロースゲル電気泳動<br> | ||
+ | 【目的】<br> | ||
+ | PCRで目的のDNAが増幅しているかを調べる。<br> | ||
+ | <BR> | ||
+ | 【実験方法】<br> | ||
+ | ゲル1枚当たりの組成 | ||
+ | <tr><td><table border=1 width="200px"> | ||
+ | <tr><td width="150px" align=center>SeaKem<sup>R</sup>GTG<sup>R</sup>-agar</td><td width="50px" align=right>0.4 g</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>1 x TAE</td><td align=right>20 ml</td></tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <BR> | ||
+ | |||
+ | ↓上記の組成に従い、試薬を三角フラスコで混ぜてレンジで加熱し、専用容器に入れて固めた<BR> | ||
+ | ↓制限酵素処理した反応液50 µlに対して6 x loading dye を10 µl加えた<BR> | ||
+ | ↓サンプルとDNA maker をコーム穴に入れた<BR> | ||
+ | ↓サンプルをセット後、100 V 30minで電気泳動した<BR> | ||
+ | ↓電気泳動後、EtBrで10minゲルを染色した<BR> | ||
+ | ↓染色後、MilliQでゲルを数回洗ってプレートにのせた<BR> | ||
+ | ↓UVを照射してDNAのバンドを可視化した<BR> | ||
+ | |||
+ | <br> | ||
+ | 【結果】<br> | ||
+ | 泳動後の写真<BR> | ||
+ | <IMG src="https://static.igem.org/mediawiki/2011/5/53/2011.09.14MLF-PCR%E3%83%81%E3%82%A7%E3%83%83%E3%82%AF.JPG | ||
+ | " width="240px" height="280px" border="0"><BR> | ||
+ | ゲルの濃度を2倍にしたところ、マーカーが流れることがなかった。<BR> | ||
+ | Flag-tag MLFの電気泳動に関しては今後、2%のアガロースゲルで行うこととする。<BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | 9/17(土)<BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | 吉村・横井川<BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | ライゲーション<BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | 9/19(月) | ||
+ | <BR> | ||
+ | トランスフォーメーション<BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | 【目的】<BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | 【実験方法】 | ||
+ | ↓氷上でコンピテント細胞(XL1-Blue:大腸菌株)を解凍した<BR> | ||
+ | ↓前もって冷やしておいた1.5 mlチューブに100 µlのコンピテント細胞を分注した<BR> | ||
+ | ↓余ったコンピテント細胞は-80°Cの冷凍庫に戻した<BR> | ||
+ | ↓DNAをチューブに1~5 µl加えて、氷上で30分間冷やす<BR> | ||
+ | ↓42°Cで45秒間熱ショックを与えた<BR> | ||
+ | ↓0.9 mlのSOC培地を加えた<BR> | ||
+ | ↓37°Cで1時間、振とう培養した<BR> | ||
+ | ↓1 mlをLBプレート(+amp,+kan,+camのいずれか)にまいた<BR> | ||
+ | ↓37°Cで一晩培養した<BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | 【結果】<BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | 制限酵素処理<BR> | ||
+ | 【目的】<BR> | ||
+ | Flag-tag dMLFのシーケンスを調べたところ、PstⅠとXbaⅠの制限酵素サイトがみられたので、Flag-tag dMLFのPCR産物が途中でPstⅠとXbaⅠによって切れてしまわないかを調べる。<BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | 【実験方法】<BR> | ||
+ | 下表に従って、3サンプル制限酵素処理を行った。<BR> | ||
+ | (1)<br> | ||
+ | <tr><td><table border=1 width="220px"> | ||
+ | <tr><td width="130px" align=center>MilliQ</td><td width="90px" align=right>6.5 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>Flag-tag dMLF</td><td align=right>20 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center><em>Pst</em>Ⅰ</td><td align=right>0.5 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>10 x H Buffer</td><td align=right>3 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center> </td><td align=right>total 30 µl</td></tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | (2)<br> | ||
+ | <tr><td><table border=1 width="220px"> | ||
+ | <tr><td width="130px" align=center>MilliQ</td><td width="90px" align=right>6.5 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>Flag-tag dMLF</td><td align=right>20 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center><em>Xba</em>Ⅰ</td><td align=right>0.5 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>10 x M Buffer</td><td align=right>3 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center> </td><td align=right>total 30 µl</td></tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | (3)<br> | ||
+ | <tr><td><table border=1 width="220px"> | ||
+ | <tr><td width="130px" align=center>MilliQ</td><td width="90px" align=right>6 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>Flag-tag dMLF</td><td align=right>20 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center><em>Pst</em>Ⅰ</td><td align=right>0.5 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center><em>Xba</em>Ⅰ</td><td align=right>0.5 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>10 x M Buffer</td><td align=right>3 µl</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center> </td><td align=right>total 30 µl</td></tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | 37゜Cで18時間インキュベートした後、アガロースゲル電気泳動を行った。<br> | ||
+ | <BR> | ||
+ | |||
+ | ゲル1枚当たりの組成 | ||
+ | <tr><td><table border=1 width="200px"> | ||
+ | <tr><td width="150px" align=center>SeaKem<sup>R</sup>GTG<sup>R</sup>-agar</td><td width="50px" align=right>0.4 g</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>1 x TAE</td><td align=right>20 ml</td></tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <BR> | ||
+ | |||
+ | ↓上記の組成に従い、試薬を三角フラスコで混ぜてレンジで加熱し、専用容器に入れて固めた<BR> | ||
+ | ↓制限酵素処理した反応液50 µlに対して6 x loading dye を10 µl加えた<BR> | ||
+ | ↓サンプルとDNA maker をコーム穴に入れた<BR> | ||
+ | ↓サンプルをセット後、100 V 20minで電気泳動した<BR> | ||
+ | ↓電気泳動後、EtBrで10minゲルを染色した<BR> | ||
+ | ↓染色後、MilliQでゲルを数回洗ってプレートにのせた<BR> | ||
+ | ↓UVを照射してDNAのバンドを可視化した<BR> | ||
+ | |||
+ | <br> | ||
+ | <BR> | ||
+ | 【結果】<BR> | ||
+ | 泳動後の写真<BR> | ||
+ | <IMG src="https://static.igem.org/mediawiki/2011/9/98/2011.09.19MLF%E3%83%81%E3%82%A7%E3%83%83%E3%82%AF.JPG | ||
+ | " width="240px" height="280px" border="0"> | ||
+ | <BR> | ||
+ | Flag-tag dMLFは<em>Pst</em>Ⅰと<em>Xba</em>Ⅰの制限酵素処理によって切れることはなかった。<BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | 9/20(火)<BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | アルカリミニプレップ<BR> | ||
+ | 【目的】<BR> | ||
+ | 形質転換した大腸菌からプラスミドDNAを回収、精製する。 <BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | 【実験方法】<BR> | ||
+ | <tr><td><table border=1 width="280px"> | ||
+ | <tr><td width="80px" align=center>Solution I</td><td width="200px" align=right>50 mM グルコース (MW 180)</td></tr> | ||
+ | <tr><td> </td><td align=right>10 mM EDTA(pH 8.0)</td></tr> | ||
+ | <tr><td> </td><td align=right>25 mM Tris-HCl (pH 8.0)</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>Solution II</td><td align=right>0.2 N NaOH</td></tr> | ||
+ | <tr><td> </td><td align=right>1% SDS</td></tr> | ||
+ | <tr><td align=center>Solution III</td><td align=right>3 M 酢酸カリウム</td></tr> | ||
+ | <tr><td> </td><td align=right>1.8 M 酢酸</td></tr> | ||
+ | </table><BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | ↓前日にプレカルチャーした1.5 mlの培養液を1.5 mlチューブにうつした<BR> | ||
+ | ↓15,000 rpm、4°Cで1分間遠心し、上清を捨てた<BR> | ||
+ | ↓100 µlの氷冷したSolution Iを沈殿に加え、懸濁した<BR> | ||
+ | ↓200 µlのSolution IIを加え、混ぜた<BR> | ||
+ | ↓氷上で5分間冷やした<BR> | ||
+ | ↓150 µlの氷冷したSolution IIIを加え、穏やかに反転し混ぜた<BR> | ||
+ | ↓氷上で5分間冷やした<BR> | ||
+ | ↓15,000 rpm、4°Cで5分間遠心した<BR> | ||
+ | ↓400 µlのきれいな上清を注意してピペットで新しいチューブにとった<BR> | ||
+ | ↓900 µlのイソプロパノールを加え、混ぜた<BR> | ||
+ | ↓2分間室温で放置した<BR> | ||
+ | ↓15,000 rpm、4°Cで10分間遠心し、上清を捨てた<BR> | ||
+ | ↓1 mlの70%エタノールを加えた<BR> | ||
+ | ↓ 15,000 rpm、4°Cで2分間遠心し、上清を捨てた<BR> | ||
+ | ↓沈殿を10分~15分乾かした<BR> | ||
+ | ↓プラスミドDNAを30 µlのRNaseのはいったTEに溶かした<BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | 【結果】<BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | トランスフォーメーション<BR> | ||
+ | 【目的】<BR> | ||
+ | pSB1C3のバックグラウンドチェック<BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | 【実験方法】<BR> | ||
+ | |||
+ | ↓氷上でコンピテント細胞(XL1-Blue:大腸菌株)を解凍した<BR> | ||
+ | ↓前もって冷やしておいた1.5 mlチューブに100 µlのコンピテント細胞を分注した<BR> | ||
+ | ↓DNAをチューブに1~5 µl加えて、氷上で30分間冷やした<BR> | ||
+ | ↓42°Cで45秒間熱ショックを与えた<BR> | ||
+ | ↓素早く氷上に移し、2分間冷やした<BR> | ||
+ | ↓300 µlのSOC培地を加えた<BR> | ||
+ | ↓37°Cで1時間、振りながら回復培養した<BR> | ||
+ | ↓1 mlをLBプレート(+クロラムフェニコール)にまいた<BR> | ||
+ | ↓37°Cで一晩培養した<BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | 【結果】<BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | ライゲーション<BR> | ||
+ | 【目的】<BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | 【実験方法】<BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | 【結果】<BR> | ||
+ | どのプレートにも無数のコロニーが生えていた。<BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | 9/22(木)<BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | ライゲーション<BR> | ||
+ | 【目的】<BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | 【実験方法】<BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | 【結果】<BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | 9/23(金)<BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | トランスフォーメーション<BR> | ||
+ | 【目的】<BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | 【実験方法】<BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | 【結果】<BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | <BR> | ||
+ | <BR> | ||
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Latest revision as of 04:19, 29 September 2011
9/6(火)
吉村、中川
プライマー設計
【目的】
pUAST Fiag-tag dMLFからFiag-tag dMLFを単離・増殖させる。
【実験方法】
pUAST Fiag-tag dMLFからの Fiag-tag
dMLFの上流にEcoRⅠ、XbaⅠの制限酵素サイト、下流にSpeⅠ、Pst Ⅰの制限酵素サイトがあるようにプライマー設計をした。
【実験結果】
F:AAAGAATTCAAATCTAGAAAAATGGACTACAAGGACGA
EcoRⅠ XbaⅠ
Tm値:72.14℃ 38塩基
R:AAACTGCAGAAAACTAGTAAATACCCTACTTCTTCTTGCC 9/12(月)
PstⅠ SpeⅠ
Tm値:72.16℃ 40塩基
吉村、中川
PCR
【目的】
9/6に作製したプライマーを用いてをFlag-tag dMLFを増幅させる
【実験方法】
以下の2条件で各1サンプルずつPCRを行った。
PCR条件(1)
10 µM Primer F 1.5 µl 10 µM Primer R 1.5 µl Template DNA 1 µl 10 x PCR Buffer for KOD Plus 5 µl dNTPs 4 µl MgSO4 4 µl ddH2O 32 µl KOD Plus 1 µl total 50 µl
Cycle条件
Pre-Denature 94°C 2min Denature 94°C 15sec 35 Cycle Anneling 55°C 30sec Extension 68°C 1min 20sec End 4°C keep
PCR条件(2)
10 µM Primer F 1.5 µl 10 µM Primer R 1.5 µl Template DNA 1 µl 10 x PCR Buffer for KOD Plus 5 µl dNTPs 4 µl MgSO4 2 µl ddH2O 34 µl KOD Plus 1 µl total 50 µl
Cycle条件
Pre-Denature 94°C 2min Denature 94°C 15sec 35 Cycle Anneling 55°C 30sec Extension 68°C 1min 20sec End 4°C keep
各サンプルを回収し、-20゜Cで保存した。
【結果】
アガロースゲル電気泳動に続く
9/13(火)
吉村
アガロースゲル電気泳動
【目的】
PCRで目的のDNAが増幅しているかを調べる。
【実験方法】
ゲル1枚当たりの組成
SeaKemRGTGR-agar 0.2 g 1 x TAE 20 ml
↓上記の組成に従い、試薬を三角フラスコで混ぜてレンジで加熱し、専用容器に入れて固めた
↓制限酵素処理した反応液50 µlに対して6 x loading dye を10 µl加えた
↓サンプルとDNA maker をコーム穴に入れた
↓サンプルをセット後、100 V 30minで電気泳動した
↓電気泳動後、EtBrで10minゲルを染色した
↓染色後、MilliQでゲルを数回洗ってプレートにのせた
↓UVを照射してDNAのバンドを可視化した
【結果】
泳動後の写真
PCR条件(1)の方が少しバンドが濃くなっていた。
マーカーが流れてしまった。
【考察】
次回からPCR条件(1)の条件でPCRを行う。
マーカーが流れてしまったので、次回からは泳動時間を短くして電気泳動を行う。
Flag-tag dMLFの制限酵素処理
【目的】
Flag-tag dMLFのシーケンスを調べたところ、PstⅠとXbaⅠの制限酵素サイトがみられたので、Flag-tag dMLFのPCR産物が途中でPstⅠとXbaⅠによって切れてしまわないかを調べる
【実験方法】
下表に従って、3サンプル制限酵素処理を行った。
(1)
MilliQ 6.5 µl Flag-tag dMLF 20 µl PstⅠ 0.5 µl 10 x H Buffer 3 µl total 30 µl
(2)
MilliQ 6.5 µl Flag-tag dMLF 20 µl XbaⅠ 0.5 µl 10 x M Buffer 3 µl total 30 µl
(3)
MilliQ 6 µl Flag-tag dMLF 20 µl PstⅠ 0.5 µl XbaⅠ 0.5 µl 10 x M Buffer 3 µl total 30 µl
37゜Cで50分間インキュベートした後、アガロースゲル電気泳動を行った。
ゲル1枚当たりの組成
SeaKemRGTGR-agar 0.2 g 1 x TAE 20 ml
↓上記の組成に従い、試薬を三角フラスコで混ぜてレンジで加熱し、専用容器に入れて固めた
↓制限酵素処理した反応液50 µlに対して6 x loading dye を10 µl加えた
↓サンプルとDNA maker をコーム穴に入れた
↓サンプルをセット後、100 V 20minで電気泳動した
↓電気泳動後、EtBrで10minゲルを染色した
↓染色後、MilliQでゲルを数回洗ってプレートにのせた
↓UVを照射してDNAのバンドを可視化した
【結果】
泳動後の写真
Flag-tag dMLFはPstⅠとXbaⅠの制限酵素処理によって切れることはなかった。
マーカーが開ききっていなかった。
【考察】
今回の実験ではFlag-tag dMLFはPstⅠとXbaⅠの制限酵素処理によって切れることはなかったが、制限酵素処理時間が短いという可能性があるため、制限酵素処理時間を長くして再度実験を行う。
また、マーカーのラダーが開ききっていないため、泳動時間が短かったと考えられる。
次回はゲルの濃度を2倍にして電気泳動を行う。
PCR
【目的】
9/6に作製したプライマーを用いてをFlag-tag dMLFを増幅させる
【実験方法】
以下の条件で4サンプルPCRを行った。
PCR条件
10 µM Primer F 1.5 µl 10 µM Primer R 1.5 µl Template DNA 1 µl 10 x PCR Buffer for KOD Plus 5 µl dNTPs 4 µl MgSO4 4 µl ddH2O 32 µl KOD Plus 1 µl total 50 µl
Cycle条件
Pre-Denature 94°C 2min Denature 94°C 15sec 35 Cycle Anneling 55°C 30sec Extension 68°C 1min 20sec End 4°C keep
各サンプルを回収し、-20゜Cで保存した。
【結果】
アガロースゲル電気泳動に続く
9/14(水)
吉村
アガロースゲル電気泳動
【目的】
PCRで目的のDNAが増幅しているかを調べる。
【実験方法】
ゲル1枚当たりの組成
SeaKemRGTGR-agar 0.4 g 1 x TAE 20 ml
↓上記の組成に従い、試薬を三角フラスコで混ぜてレンジで加熱し、専用容器に入れて固めた
↓制限酵素処理した反応液50 µlに対して6 x loading dye を10 µl加えた
↓サンプルとDNA maker をコーム穴に入れた
↓サンプルをセット後、100 V 30minで電気泳動した
↓電気泳動後、EtBrで10minゲルを染色した
↓染色後、MilliQでゲルを数回洗ってプレートにのせた
↓UVを照射してDNAのバンドを可視化した
【結果】
泳動後の写真
ゲルの濃度を2倍にしたところ、マーカーが流れることがなかった。
Flag-tag MLFの電気泳動に関しては今後、2%のアガロースゲルで行うこととする。
9/17(土)
吉村・横井川
ライゲーション
9/19(月)
トランスフォーメーション
【目的】
【実験方法】
↓氷上でコンピテント細胞(XL1-Blue:大腸菌株)を解凍した
↓前もって冷やしておいた1.5 mlチューブに100 µlのコンピテント細胞を分注した
↓余ったコンピテント細胞は-80°Cの冷凍庫に戻した
↓DNAをチューブに1~5 µl加えて、氷上で30分間冷やす
↓42°Cで45秒間熱ショックを与えた
↓0.9 mlのSOC培地を加えた
↓37°Cで1時間、振とう培養した
↓1 mlをLBプレート(+amp,+kan,+camのいずれか)にまいた
↓37°Cで一晩培養した
【結果】
制限酵素処理
【目的】
Flag-tag dMLFのシーケンスを調べたところ、PstⅠとXbaⅠの制限酵素サイトがみられたので、Flag-tag dMLFのPCR産物が途中でPstⅠとXbaⅠによって切れてしまわないかを調べる。
【実験方法】
下表に従って、3サンプル制限酵素処理を行った。
(1)
MilliQ 6.5 µl Flag-tag dMLF 20 µl PstⅠ 0.5 µl 10 x H Buffer 3 µl total 30 µl
(2)
MilliQ 6.5 µl Flag-tag dMLF 20 µl XbaⅠ 0.5 µl 10 x M Buffer 3 µl total 30 µl
(3)
MilliQ 6 µl Flag-tag dMLF 20 µl PstⅠ 0.5 µl XbaⅠ 0.5 µl 10 x M Buffer 3 µl total 30 µl
37゜Cで18時間インキュベートした後、アガロースゲル電気泳動を行った。
ゲル1枚当たりの組成
SeaKemRGTGR-agar 0.4 g 1 x TAE 20 ml
↓上記の組成に従い、試薬を三角フラスコで混ぜてレンジで加熱し、専用容器に入れて固めた
↓制限酵素処理した反応液50 µlに対して6 x loading dye を10 µl加えた
↓サンプルとDNA maker をコーム穴に入れた
↓サンプルをセット後、100 V 20minで電気泳動した
↓電気泳動後、EtBrで10minゲルを染色した
↓染色後、MilliQでゲルを数回洗ってプレートにのせた
↓UVを照射してDNAのバンドを可視化した
【結果】
泳動後の写真
Flag-tag dMLFはPstⅠとXbaⅠの制限酵素処理によって切れることはなかった。
9/20(火)
アルカリミニプレップ
【目的】
形質転換した大腸菌からプラスミドDNAを回収、精製する。
【実験方法】
Solution I 50 mM グルコース (MW 180) 10 mM EDTA(pH 8.0) 25 mM Tris-HCl (pH 8.0) Solution II 0.2 N NaOH 1% SDS Solution III 3 M 酢酸カリウム 1.8 M 酢酸
↓前日にプレカルチャーした1.5 mlの培養液を1.5 mlチューブにうつした
↓15,000 rpm、4°Cで1分間遠心し、上清を捨てた
↓100 µlの氷冷したSolution Iを沈殿に加え、懸濁した
↓200 µlのSolution IIを加え、混ぜた
↓氷上で5分間冷やした
↓150 µlの氷冷したSolution IIIを加え、穏やかに反転し混ぜた
↓氷上で5分間冷やした
↓15,000 rpm、4°Cで5分間遠心した
↓400 µlのきれいな上清を注意してピペットで新しいチューブにとった
↓900 µlのイソプロパノールを加え、混ぜた
↓2分間室温で放置した
↓15,000 rpm、4°Cで10分間遠心し、上清を捨てた
↓1 mlの70%エタノールを加えた
↓ 15,000 rpm、4°Cで2分間遠心し、上清を捨てた
↓沈殿を10分~15分乾かした
↓プラスミドDNAを30 µlのRNaseのはいったTEに溶かした
【結果】
トランスフォーメーション
【目的】
pSB1C3のバックグラウンドチェック
【実験方法】
↓氷上でコンピテント細胞(XL1-Blue:大腸菌株)を解凍した
↓前もって冷やしておいた1.5 mlチューブに100 µlのコンピテント細胞を分注した
↓DNAをチューブに1~5 µl加えて、氷上で30分間冷やした
↓42°Cで45秒間熱ショックを与えた
↓素早く氷上に移し、2分間冷やした
↓300 µlのSOC培地を加えた
↓37°Cで1時間、振りながら回復培養した
↓1 mlをLBプレート(+クロラムフェニコール)にまいた
↓37°Cで一晩培養した
【結果】
ライゲーション
【目的】
【実験方法】
【結果】
どのプレートにも無数のコロニーが生えていた。
9/22(木)
ライゲーション
【目的】
【実験方法】
【結果】
9/23(金)
トランスフォーメーション
【目的】
【実験方法】
【結果】